The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism for expanding the decoding capacity of transfer RNAs by modification of uridines.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RRNA
|
| total genus |
26
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF5 K; 4X65 K; 3JAM O; 4DV1 K; 1HNX K; 4LF4 K; 2UUC K; 5IT9 O; 5A2Q O; 4GKK K; 5LL6 Z; 4V19 S; 4GKJ K; 4LF7 K; 1N32 K; 3T1H K; 4JI3 K; 1XNQ K; 4DR4 K; 4DV3 K; 1N36 K; 3J7Y P; 1XNR K; 3OTO K; 1IBM K; 4X62 K; 4X64 K; 4DR7 K; 2UXB K; 4OX9 K; 4CVN E; 4CW7 B; 4DV4 K; 4DR2 K; 2UXC K; 4LFB K; 1HNZ K; 4B3M K; 4JI1 K; 4JI6 K; 1IBK K; 5FLX O; 4DV6 K; 1XMO K; 4NXN K; 2UUB K; 1J5E K; 1XMQ K; 5AJ3 K; 1HR0 K; 4DV5 K; 4LF6 K; 4YY3 K; 4JI4 K; 1FJG K; 4JI0 K; 4X66 K; 3J7A P; 4DV2 K; 4LF9 K; 3J81 O; 1I94 K; 2HHH K; 4NXM K; 4LFC K; 4B3R K; 2VQE K; 4B3S K; 1HNW K; 4JI8 K; 2ZM6 K; 3T1Y K; 4DR5 K; 4K0K K; 4B3T K; 4DUY K; 3J80 O; 4JYA K; 5LMU K; 4DR1 K; 2UU9 K; 4DR3 K; 4JI5 K; 2VQF K; 4DV0 K; 4DUZ K; 2UUA K; 4LF8 K; 2UXD K; 4JV5 K; 1IBL K; 4JI2 K; 4YHH K; 2E5L K; 1N33 K; 5IWA K; 5LMN K; 5BR8 K; 4LFA K; 4DV7 K; 4KHP K; 2F4V K; 4AQY K; 1N34 K; 4JI7 K; 4DR6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AM7 A; 4M45 A; 1XC3 A; 3RMA A; 3K9K A; 3QES A; 1CZA N; 3FGU A; 1BA1 A; 1QVF M; 4E7I A; 1YVN A; 1KD1 O; 3O9Q A; 3NVM A; 3OYA A; 3D2E A; 4BRQ A; 3LDO A; 2O8B A; 3ZT4 A; 5SZT A; 3H3N O; 2YV0 X; 3V6D A; 4EZ9 A; 1QVG M; 4WYB A; 2OYQ A; 5AQF A; 2W42 A; 3KLH A; 3KK3 A; 4BVO A; 3B8A X; 4RW6 A; 3L3U A; 2O8F B; 3AVC A; 4M7Y A; 3TTF A; 3IMX A; 1NKB A; 4DQP A; 3U8X A; 2QWR A; 2ZWH A; 4I7F A; 4ILJ A; 4CJS A; 3HZ6 A; 4E19 A; 4DFP A; 4CJQ A; 5AQU A; 4OVL A; 3SPY A; 4DTR A; 4FWS A; 3VGM A; 1WNS A; 1RT7 A; 3SMP A; 3EO3 A; 4JKC A; 3FR0 A; 4F8R A; 4FJ8 A; 4BAC A; 3O80 A; 3SQ1 A; 1JLF A; 4Y1D A; 3P4I A; 1L5U A; 4IO8 A; 4B9T A; 4Q5V A; 4C8O A; 2O4G A; 1RCH A; 3TSU A; 3OJS A; 3SQ0 A; 3AV9 A; 1J6Z A; 2PYJ A; 2P9U B; 4BC4 A; 3VQB A; 4M42 A; 2G8W A; 4E89 A; 3U9Z A; 3SK3 A; 1IKW A; 3EKS A; 3DAW A; 3O3F A; 3IAY A; 3CC7 N; 3H1Q A; 4B3T K; 1VQ6 N; 2ASO A; 3VEN A; 1RDC A; 1VSE A; 2V7Y A; 2W6L A; 3MN9 A; 3TR8 A; 4PL7 A; 2OPP A; 4FOE A; 1SKR A; 4JAX A; 2VQF K; 4H5N A; 4ILH A; 5BRD A; 4C1N I; 4JI2 K; 2P5G A; 3S41 A; 2KQ2 A; 2RHK A; 4O44 A; 1QS4 A; 2IIR A; 3OA9 A; 3CC4 N; 4H5V A; 4JRP A; 3WNH A; 1C6V A; 2IOC A; 1WSI A; 3B6P A; 4W5T A; 4JKE A; 4DQQ A; 1J5O A; 4LF5 K; 3OYK A; 2HF4 A; 3THW A; 4AHS A; 3MDQ A; 3FZH A; 5LL6 Z; 3VEO A; 2CGL A; 3ZET B; 4FVM A; 4CFA A; 2F9T A; 5HP1 A; 4FM1 A; 4CBX A; 3NH0 A; 1XNQ K; 3QB0 A; 2Q1N A; 1NK6 A; 1K9M O; 1NNE A; 1TL3 A; 4GV3 A; 2QXF A; 3L8B A; 1NK0 A; 3AGR A; 4CEO A; 5HBM A; 3KHY A; 4DR7 K; 2P9U A; 5LJV A; 3MEC A; 4OX9 K; 3HM9 A; 3VN5 A; 1EX4 A; 1RDD A; 1LWC A; 1JCE A; 1BU6 O; 4B3O A; 3T19 A; 4DR2 K; 1WBB A; 1NK9 A; 4U7B A; 1MWK A; 1IKV A; 1HKC A; 3M8R A; 2A5X A; 5AQV A; 1MDU B; 4BRO A; 2OPQ A; 4EFH A; 4C8M A; 3LWM A; 3CJ1 A; 4DV5 K; 5KPT A; 1NWK A; 4BRK A; 1U47 A; 3CCE N; 3N4Q A; 2Q0U A; 3V81 A; 3OS0 A; 3V9Z A; 3S3N A; 1TVR A; 2VQE K; 3BF1 A; 5HRO A; 2NUB A; 3ASM A; 1OH6 A; 1VQL N; 4DR5 K; 1EO1 A; 2QK9 A; 2FF3 B; 3CC2 N; 2O8D A; 3J80 O; 3SAH A; 4GNI A; 4FYD A; 3NBP A; 2HMP A; 1CXU A; 2RF2 A; 1RBT A; 4CZG A; 3D45 A; 4DLE A; 4B9U A; 3IUC A; 3TAR A; 4QOZ B; 5AQX A; 3CJA A; 3WNE A; 4B9Q A; 4FLX A; 5E84 A; 5C0Y A; 2XHB A; 4DU3 A; 3CQY A; 3PX0 A; 3FZL A; 2GUP A; 2V7Z A; 3CPE A; 4CJ7 A; 3QNN A; 3UB5 A; 1NGJ A; 3HVT A; 2D4W A; 1EP4 A; 5GAG P; 1JLA A; 2P9I A; 2PBD A; 3ZEU B; 5EX5 A; 4H0Y B; 1U2V B; 1JCF A; 1N32 K; 3RRG A; 3MCP A; 4CHZ A; 2D0A A; 1HYV A; 1VSJ A; 2AJQ A; 3AO1 A; 4K8Z A; 1ZBI A; 3HYF A; 3G6E N; 4FLU A; 5AZI B; 3D2F A; 5B8H A; 1NGF A; 2HND A; 3AGK A; 4M3R A; 2QEX N; 3CER A; 3NGZ A; 1VSK A; 5HOO A; 4FK0 A; 5FPM A; 1NJZ A; 3A0I X; 1YHQ N; 4M3U A; 5AQN A; 3ZT3 A; 3I0R A; 3ULD A; 4CFD A; 1WAJ A; 1FKO A; 2IVO A; 5KTQ A; 3N4P A; 2YNG A; 4YOX A; 4WFA L; 2CH6 A; 2P9N B; 1XHX A; 3MXJ A; 3OYN A; 3DXM B; 1VSL A; 4FJJ A; 3J7A P; 4Z4F A; 1QQC A; 2FF6 A; 4FM2 A; 1T05 A; 4DTN A; 3FE1 A; 3Q7B A; 3SV3 A; 4FJ7 A; 4OKK A; 2YJE A; 2HF3 A; 3FFK B; 5ADX A; 3ZEU A; 4W5Q A; 3CCJ N; 4ISF A; 4CEC A; 2Q97 A; 3QML A; 4MLE A; 1X3M A; 3RSE B; 3A5L C; 4CJ4 A; 5J1E A; 4OJR A; 4BRM A; 3KK2 A; 3U3Y A; 1NGC A; 4LH5 A; 1KAY A; 1TKZ A; 1HYS A; 4QS9 A; 3O3H A; 1Q81 O; 3P1G A; 1HPZ A; 5JIC A; 4E7J A; 3F5T A; 3FLC O; 4PKI A; 4CJW A; 3TAP A; 1X9S A; 4IEE A; 4BRC A; 1J54 A; 1DLO A; 3L2W A; 3A8Y A; 3WNG A; 1MA9 B; 2OPR A; 4JKG A; 4J2A A; 5GIN A; 1NU0 A; 3KTQ A; 1ZC6 A; 3CJC A; 3AA5 X; 4QAG A; 5CZ1 A; 1BIZ A; 4A57 A; 3CCU N; 3LPU A; 4DV1 K; 1KVA A; 3R1X A; 1JLC A; 3IG1 A; 5J2N A; 1T03 A; 1CZ9 A; 1X9M A; 4CF9 A; 5BRE A; 4XH1 A; 3CCV N; 1C1B A; 2G8V A; 4DHY A; 3H08 A; 2QM1 A; 3T1H K; 4KRF A; 5AQQ A; 1VQN N; 3DXM A; 1NJX A; 2P51 A; 1WLJ A; 3AVN A; 4KAZ A; 2EWS A; 1KVB A; 3KK7 A; 3HK2 A; 2QI2 A; 2P9K B; 2IVP A; 5AQK A; 1L3T A; 3J7Z O; 3MXI A; 1ZYQ A; 4CW7 B; 4DV4 K; 3AVH A; 2VWK A; 5JVG L; 3RSE A; 3ZSY A; 4CFB A; 4PHT X; 3T3F A; 2P9P B; 3RR7 A; 3VA3 A; 4CK1 A; 1FKP A; 3C94 A; 3RR8 A; 2Q31 A; 1QZ5 A; 3T7Z A; 5GIP A; 2NRX A; 3WXI A; 3K5M A; 2E88 A; 4FLW A; 2HNY A; 1ZBF A; 2JLE A; 3PO5 A; 4JD2 A; 4X66 K; 4H0V B; 2GWK A; 5AQO A; 2P9L B; 4JS4 A; 5DK5 A; 3H3O B; 3GL1 A; 3QBW A; 2E6L A; 1I94 K; 1LV5 A; 2HHW A; 4LFC K; 4MDB A; 1E3M A; 3ZT1 A; 3HXM A; 3H45 C; 1HLU A; 3WXK A; 1WBD A; 3I8B A; 1WUA A; 4K0K K; 1DKG D; 3M8Q A; 4CGJ A; 3ATV A; 5CE3 A; 4NB4 A; 1FXX A; 4W5R A; 1NJI O; 4I9Q A; 3QET A; 4H8K A; 3SJH A; 3A5M C; 2FBT A; 5ADX H; 4H4O A; 3OYH A; 4ELV A; 3AO3 A; 4FJI A; 3K57 A; 1U04 A; 3QDK A; 2XY7 A; 4B9N A; 4WQ4 A; 4IZ9 A; 2P9S B; 3ENH A; 3HOS A; 2FBY A; 2YKN A; 2F8T A; 4KBO A; 3ZT2 A; 3HSC A; 2P9P A; 3MWT A; 3HOT A; 2KFZ A; 3F9M A; 3AO5 A; 1YTA A; 3VQ6 A; 1S1T A; 4PKG A; 1JL2 A; 3OYC A; 3CCQ N; 3VQA A; 4DU1 A; 3UKR A; 1S22 A; 1JLG A; 2WC9 A; 1U45 A; 3WUH A; 4CJV A; 2ASP A; 3RMB A; 5C24 A; 5EOY A; 2UXB K; 3C6U A; 4FWN A; 5BN8 A; 1WSG A; 1YF5 L; 1BQN A; 3A5N C; 4B9S A; 1EKE A; 2RKI A; 2ZF5 O; 3VEY A; 3RMC A; 4FJ9 A; 2Q0R A; 1EXQ A; 3H46 O; 1HNZ K; 4FWM A; 3AVK A; 3OYE A; 4DSE A; 4KV8 A; 1JL1 A; 3AA4 A; 5FDL A; 1UA0 A; 4HCC A; 4H0X B; 4CEB A; 1S72 N; 4LH4 A; 4FSV A; 1ITG A; 4N41 A; 4YY3 K; 3V9U A; 4JI4 K; 1F21 A; 3H6E A; 2VGN A; 1OKJ A; 4FJK A; 4H5W A; 2CGJ A; 4LF9 K; 1G15 A; 1X9W A; 1TUU A; 4JN4 A; 4CK2 A; 2G8U A; 1T7P A; 1GLF O; 2HBM A; 4FJL A; 3PX4 A; 1BO5 O; 3TAE A; 3PSI A; 3ID6 A; 3D2E B; 4B1W B; 4CFC A; 1S3X A; 2KLA A; 1M1K O; 4GV6 A; 2HHQ A; 1GLC G; 4BR5 A; 4DR3 K; 1YJN N; 1SS6 A; 1OH8 A; 2O4I A; 4HTU A; 2UUA K; 3CME N; 4BWM A; 3E1Y A; 3HL8 A; 5BR8 K; 2Z1H A; 5SWM A; 4EIA A; 1ASV A; 4B1Y B; 5DMR A; 4KO0 A; 1VK0 A; 4A59 A; 1W0H A; 5HL7 L; 2HB5 A; 1HYZ A; 3K58 A; 4K41 A; 4EAH D; 4DR6 K; 4HUE A; 1YIJ N; 4BRD A; 3P38 A; 1NK7 A; 2BGG A; 3HJF A; 3RTV A; 4BQZ A; 4YFU A; 3A5O C; 4QS7 A; 1IJJ A; 4OPK A; 2ZJQ L; 4BDZ A; 3SYZ A; 3FFI A; 1T3V A; 1TK5 A; 1Q9Y A; 3DOL A; 4CGD A; 1RBU A; 2A42 A; 4B08 A; 3NDK A; 2WOM A; 2OA8 A; 3OW2 M; 4FJM A; 4C1N K; 1BGX T; 4EHU A; 1WSE A; 2O8C A; 4HWI A; 4OGE A; 1EWR A; 1S5J A; 2YKM A; 5AQP A; 1P90 A; 3DLL L; 1O13 A; 4CHQ A; 1S1X A; 3O9R A; 4DTJ A; 4ZTF A; 4B3M K; 1GLL O; 4JHD A; 3DM2 A; 3VQD A; 3KK1 A; 2DY4 A; 1RBR A; 1YIT N; 4MFB A; 2DTU A; 1CLQ A; 1XMO K; 4B1X B; 1WAF A; 2G8I A; 2KZM A; 1J5E K; 1BA0 A; 4ZHR A; 1Q8I A; 3O9T A; 4DS5 A; 2XO7 A; 3VQQ A; 1K73 O; 2OPS A; 3CF5 L; 2RE2 A; 2Q36 A; 3DLG A; 1MWM A; 1Q82 O; 3HVR A; 4BGB A; 3PO4 A; 1TV6 A; 3J81 O; 4F9O A; 3THX A; 1FW6 A; 3CET A; 3CCS N; 3THW B; 4Z4G A; 3TPQ A; 4M3Y A; 2YNH A; 4BDY A; 4AH9 A; 4A2A A; 3G25 A; 3AO2 A; 4CZE A; 1D9D A; 2IDO A; 3DLK A; 1LAV A; 4BE2 A; 4N76 A; 1SAZ A; 4H5T A; 1RTI A; 3L2R A; 1ATR A; 3L6Q A; 1VSF A; 2GEL A; 2VCP A; 1OH5 A; 4CIG A; 2KFN A; 1IO2 A; 1N34 K; 3D6R A; 3WEE A; 5C42 A; 4O8U A; 4A5B A; 5AQS A; 4ISE A; 3DLB A; 3NF8 A; 1I3A A; 3W3D A; 5BPL A; 2JWL A; 3UIQ A; 3LAN A; 5C10 A; 3L4I A; 2OTL N; 3NH1 A; 2WFB A; 1QE1 A; 2E2P A; 4BQL A; 4JKB A; 3PV8 A; 3U4L A; 3QEV A; 4YDU A; 3TAN A; 4UQG A; 2KKZ A; 3KWI A; 5AQL A; 3THV A; 4NYN A; 3AVG A; 3R3L A; 4B1Z A; 4WQ5 A; 2HVI A; 3SLC A; 5FPD A; 1T44 A; 4CER A; 3CQ8 A; 5M1O A; 1RBV A; 4E1J A; 1BIS A; 3OYF A; 3TTD A; 3O4Q A; 2NNW A; 3KLG A; 3EE8 A; 1NOY A; 4CCH A; 3RWU A; 2O8D B; 4CHO A; 3WQU A; 4DSI A; 4N47 A; 2BH1 A; 4DB3 A; 3LDN A; 1IV0 A; 1JKH A; 2QWM A; 4M7X A; 4CZK A; 1SL0 A; 1XMQ K; 2WUS A; 5TKW A; 3VQP A; 3ZYY X; 3MXM A; 3CCL N; 5BR9 A; 4OPJ A; 1KRP A; 2VG7 A; 4Z4E A; 1R0A A; 1NKE A; 1YXQ A; 3VQ5 A; 4F3O A; 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5BRH A; 3TI0 A; 4E0D A; 3U9D A; 4BRF A; 2HOE A; 1TKT A; 3QEW A; 3TAQ A; 1BI4 A; 1U48 A; 1ASU A; 2IGI A; 3TAF A; 1XUP O; 3QBX A; 4DUY K; 2E2Q A; 3VTI A; 5GAE P; 1RT5 A; 4NLB A; 1UA1 A; 5H1S Q; 2OCE A; 3NFA A; 3F73 A; 1KC8 O; 1QSS A; 4ICL A; 5AQH A; 4NO7 A; 5AFU H; 4CF8 A; 5KRS A; 4CEQ A; 3SUO A; 1R59 O; 1Q7Y O; 4CBU A; 2OAN A; 4A5A A; 1ZBS A; 1S9E A; 3MX2 A; 4AM6 A; 2PAV A; 3B6O A; 2QW9 A; 4OKE A; 1OVQ A; 1NKC A; 3V9W A; 3AAQ A; 5A2Q O; 4GKK K; 1YI2 N; 3SUN A; 4V19 S; 2O8E A; 4A61 A; 3V4I A; 3BUZ B; 4AHC A; 3BDP A; 1NJY A; 1BG3 A; 2X78 A; 2GX9 A; 2Z1J A; 3DYA A; 2KTQ A; 1VSD A; 3TAM A; 4JD2 B; 3UE5 A; 1N36 K; 4J2B A; 1JLB A; 2NRR A; 3HM8 A; 5HRN A; 1XNR K; 3ENO A; 4LSN A; 4IFY A; 1GOA A; 2W40 A; 2DFE A; 3G4S N; 4F2S A; 4ELU A; 2F7T A; 4RWT A; 1LW2 A; 5AQJ A; 1BQM A; 3G10 A; 3TTC A; 4CEA A; 4IXC A; 2D0B A; 3VER A; 4KHW A; 3ATU A; 2VWB A; 1E4F T; 4JI6 K; 4FJ5 A; 1L3U A; 3CD6 N; 2VG6 A; 4KB0 A; 1RT3 A; 3UKU B; 4NCB A; 3G0Z A; 2F96 A; 3ULE A; 4BRA A; 5C12 A; 3CM6 A; 4GVM A; 4IFE A; 2G8F A; 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