The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism for expanding the decoding capacity of transfer RNAs by modification of uridines.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
25
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI4 K; 1FJG K; 5IWA K; 4JI1 K; 4DR5 K; 3T1H K; 4B3R K; 4LF7 K; 2UU9 K; 4CVN E; 1HR0 K; 1I94 K; 4V19 S; 4DV3 K; 4X66 K; 4GKJ K; 4JI3 K; 1XMQ K; 4DR6 K; 4CW7 B; 3J81 O; 2F4V K; 2E5L K; 2HHH K; 2UUA K; 2UUC K; 4JI7 K; 1XNR K; 4JI8 K; 4X65 K; 4DR3 K; 5LMN K; 4LFB K; 1IBK K; 4JI0 K; 5LMU K; 4X62 K; 5A2Q O; 3JAM O; 1N36 K; 1N34 K; 4DV5 K; 5AJ3 K; 5IT9 O; 4K0K K; 4DV1 K; 4DR1 K; 1HNW K; 4DV2 K; 3J80 O; 3J7Y P; 4DV4 K; 3T1Y K; 1N32 K; 4LFA K; 4LF8 K; 4DR4 K; 4B3M K; 2UXC K; 4B3S K; 1HNX K; 4GKK K; 4JV5 K; 1IBM K; 4NXN K; 2UUB K; 4LF6 K; 1N33 K; 1XMO K; 3OTO K; 4DUY K; 4DV7 K; 1XNQ K; 4LF4 K; 5FLX O; 4JI6 K; 4X64 K; 4NXM K; 3J7A P; 4OX9 K; 4YY3 K; 4JYA K; 4LF5 K; 4JI2 K; 1J5E K; 2UXD K; 4DV6 K; 4JI5 K; 2ZM6 K; 2VQE K; 4B3T K; 4LF9 K; 4DR2 K; 4AQY K; 1HNZ K; 4LFC K; 1IBL K; 5BR8 K; 4DV0 K; 4DR7 K; 4YHH K; 2UXB K; 2VQF K; 4DUZ K; 5LL6 Z; 4KHP K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3TSP A; 2VGN A; 2Q3S A; 3CCL N; 4E1M A; 4AHT A; 1VQ8 N; 4K8Z A; 4AH9 A; 1XC3 A; 1C0M A; 3EZ5 A; 3NF7 A; 1I94 K; 4JKH A; 3SAH A; 3LAM A; 5EVZ A; 2G8U A; 4CHZ A; 3JXU A; 1WBB A; 1IV0 A; 1NGE A; 1QSL A; 1ASW A; 4GY2 B; 4MO5 A; 5BR9 A; 2UUA K; 3THW B; 2Z1I A; 4QAG A; 4WYB A; 5AQK A; 1MWM A; 2HNY A; 4CK1 A; 3PO5 A; 2HF3 A; 4CFA A; 3VF6 A; 3ZSR A; 3M6G A; 4FWQ A; 2G8F A; 4JKG A; 1LWE A; 3RMC A; 3AA4 A; 1EWR A; 4OPH A; 3D45 A; 3DRR A; 3DLB A; 4BQZ A; 2P9L A; 4K25 A; 3PX0 A; 2W6K A; 1WLJ A; 4WQ5 C; 1J9A A; 2Q31 A; 4WFN L; 1U04 A; 4OKJ A; 5JLF A; 2P9P B; 3TU5 A; 4BVO A; 4CEO A; 1KVA A; 1P8Z A; 3BGR A; 4KH6 A; 5M1K A; 1K9M O; 1ZBU A; 1X9W A; 3MCA B; 3M8R A; 3L0Q A; 4E7K A; 5KGW A; 3MX2 A; 1DTT A; 3OBW A; 4O0J A; 3RR8 A; 4B3O A; 4CBU A; 1LV5 A; 3A2F A; 4PA1 A; 1FKP A; 1HJO A; 4FM2 A; 2B4J A; 3SBG A; 1JCF A; 2RF2 A; 5MLC Q; 4EFH A; 1S1W A; 4CGF A; 3NGI A; 4RW7 A; 1V4S A; 1NU0 A; 4CGJ A; 4PL8 A; 3TAR A; 3FZM A; 4M3X A; 3NGZ A; 3HRG A; 1JKH A; 1S6P A; 4FZX C; 3IFR A; 4IOA L; 2JGU A; 4AHU A; 3U3Y A; 4ID1 A; 3ZSQ A; 2X6N A; 2GUI A; 2HMP A; 1D8Y A; 1XC9 A; 3CMA N; 2ZF5 O; 3QB0 A; 3NH2 A; 1HYV A; 1RIL A; 2D0O A; 2PY5 A; 5FRN A; 4CJR A; 2DPN A; 1L3V A; 1KFD A; 3AAR A; 3KLH A; 4CHN A; 4GV9 A; 3O9U A; 2HHV A; 3VQ5 A; 3TWH A; 1HPM A; 4CCH A; 4FVU A; 4GKJ K; 3WNG A; 3ZET A; 1RTJ A; 1OH7 A; 4I6M B; 3VA3 A; 4DTO A; 3C6U A; 4Z4E A; 3R9P A; 2RN2 A; 3KKR A; 4FPA A; 1ITG A; 1CXQ A; 3DWL A; 3VQP A; 3DLH A; 3EL2 A; 1BA0 A; 4FLT A; 3DXK A; 1KLN A; 3OW2 M; 3AVI A; 4YDU C; 1W2B M; 3D0P A; 3CC4 N; 3E01 A; 4JKA A; 3OYC A; 3NBP A; 3T1A A; 2BGG A; 5CYM A; 1VQL N; 1BWF O; 4CIG A; 4DV2 K; 4C1N K; 1VSL A; 2W40 A; 3ZT2 A; 4EHU A; 3I8D A; 3LDN A; 5HP1 A; 1RDB A; 1IH7 A; 2IVP A; 5AZJ B; 4LF8 K; 4KB0 A; 4CER A; 4BR5 A; 4MDA A; 2WTU A; 1OH8 A; 1HNX K; 3HBT A; 3O3F A; 2YHY A; 4M3T A; 3DRS A; 4J8F A; 4FW1 A; 5AFU H; 4CK2 A; 3JSM A; 3ZEU B; 2O8B A; 1JLQ A; 1RDU A; 3WNH A; 1ILY A; 2HOE A; 2KQ2 A; 2WBN A; 4IG0 A; 4WFA L; 1T44 A; 3OYB A; 1YVN A; 4KBO A; 3OYD A; 1KSP A; 3B6P A; 4LF5 K; 4XH1 A; 1F21 A; 4H5V A; 4LH5 A; 3L2V A; 3OYG A; 4H0T B; 3SAF A; 3KLG A; 1IO2 A; 4FJX A; 4B3T K; 2O8F A; 4ISF A; 4DR2 K; 1UA1 A; 1Q82 O; 4F9O A; 1O13 A; 5JVH L; 4ILJ A; 2HF4 A; 4A59 A; 3EE8 A; 4YHH K; 4KTQ A; 1W0H A; 1I39 A; 5LL6 Z; 4EP4 A; 1QS4 A; 3VQC A; 3TAF A; 5HRR A; 1T8E A; 3P83 D; 4WF9 L; 4FJG A; 1TYQ B; 4OJR A; 1JLA A; 1JL2 A; 4IO9 L; 4JNE A; 3FFI A; 3IKM A; 4KB1 A; 1Q9Y A; 2FBX A; 1BGX T; 2OA8 A; 3HJF A; 5C15 A; 1XNR K; 3AAP A; 1SUQ A; 4K8X A; 3DLG A; 4LFB K; 3DLL L; 4FWM A; 2E2O A; 5AR0 A; 3SV3 A; 3BEX A; 2Y1I A; 4RG8 A; 1N36 K; 1N34 K; 3CCQ N; 1BUP A; 4CBX A; 3LP0 A; 4IWV A; 4CJV A; 4XEI A; 4BC2 A; 4DV1 K; 2HW3 A; 1NKC A; 3CCR N; 4I9Q A; 1VHX A; 4L8R B; 2YNH A; 5GIN A; 2FF3 B; 3OY9 A; 2FBV A; 1K6Y A; 5EX5 A; 4O8K A; 4FJL A; 4BC4 A; 3CPE A; 4FK4 A; 3D2E B; 3EE9 A; 3KIO A; 4BDY A; 1WSI A; 3TAN A; 4B1W B; 3LL3 A; 2RHK A; 1W97 L; 1YTU A; 3SQ2 A; 5GAD P; 3OHR A; 3SUQ A; 1HKC A; 4FJM A; 4RW9 A; 2IC3 A; 3VQ6 A; 3CCM N; 3WEE A; 5EY4 A; 4HVJ A; 3PX4 A; 4OX9 K; 1NK8 A; 4C8M A; 4FK2 A; 1C0F A; 1TAQ A; 2O8C A; 2ZGZ A; 4CGD A; 4DQ8 A; 4BG8 A; 4JI2 K; 1Q81 O; 3AVL A; 2QK9 A; 4DV6 K; 4KRF A; 1JCG A; 3THV A; 3ID8 A; 1ZBF A; 3MN5 A; 1D5A A; 1BIZ A; 4DSK A; 2QWQ A; 5I9E B; 3N4P A; 5AZI B; 4JKG B; 5C10 A; 4FJI A; 4JKD A; 4N5S A; 3OYM A; 3HL8 A; 3THX B; 3M1F A; 2QWO A; 4B1X B; 4BC5 A; 4WQ4 C; 3SI6 A; 3LAK A; 2J4R A; 4F8R A; 1HX1 A; 4OLB A; 4KHP K; 3MXM A; 5KPT A; 2HVI A; 1C0G A; 3R3L A; 3JS6 A; 1WBD A; 1NM1 A; 3ZSZ A; 2JWK A; 3T1H K; 4CZG A; 4M63 C; 3OYE A; 3I55 N; 3LPT A; 3O3H A; 1RBS A; 4H0P A; 4V19 S; 1YAG A; 3TTF A; 4FW2 A; 2GWK A; 3ASM A; 4Z4I A; 1TK8 A; 4CW7 B; 1VQN N; 3LDL A; 5FRO A; 3SQ1 A; 4N41 A; 1SL2 A; 4IBN A; 3CXC M; 1DTQ A; 1NGJ A; 4BRC A; 3ZSY A; 4X65 K; 1WUA A; 4CEA A; 2DFE A; 3NF6 A; 4AHR A; 4JD2 A; 2ZJQ L; 1ASU A; 4M3Y A; 3CFP A; 1OVY A; 4PUO A; 1XWL A; 4O55 A; 4ZTJ A; 4ICL A; 1GLL O; 4YOR A; 4E7L A; 2FSK A; 4J2E A; 1UAX A; 3ZSV A; 2CGK A; 2GV9 A; 1JLB A; 1ZC6 A; 3E9L A; 4W5O A; 2QWR A; 1WOQ A; 1VQK N; 3RMB A; 5KQD A; 3KK7 A; 4DR4 K; 3PUF A; 4BE1 A; 5LJV A; 2G8K A; 3O80 A; 4EAH D; 3AY9 A; 3WT0 A; 4M3U A; 4QCL A; 4Z4G A; 4A2A A; 4FWN A; 5H1S Q; 4JK7 A; 1DKG D; 3AGR A; 5AQW A; 4RW6 A; 3ZET B; 1XNQ K; 5C25 A; 4KO0 A; 2HB5 A; 3LAL A; 2GEM A; 4JI6 K; 1LW0 A; 3C95 A; 3PV8 A; 3DXK B; 3I33 A; 2D0A A; 1S3X A; 4E7J A; 3OBY A; 1ZYQ A; 3G25 A; 3VQB A; 3MEC A; 2EWS A; 3P38 A; 2I7N A; 5BPN A; 4CK3 A; 4WE1 A; 2R7Y A; 2FXU A; 5FPD A; 4LH4 A; 4GV6 A; 1C1B A; 1KVB A; 3PO4 A; 2PZS A; 2WUS A; 3K5N A; 4K43 A; 4DR5 K; 1W7A A; 1S9G A; 4BR7 A; 4KTZ A; 1Z26 A; 3VEZ A; 4DFM A; 1HR0 K; 2O4G A; 2IAJ A; 4JKF A; 5JIC A; 3K57 A; 3TPQ A; 4CJK A; 2YNG A; 3OVN A; 5C12 A; 4DR6 K; 2GTD A; 3O3G A; 2E5L K; 3DAW A; 3WXM B; 5JS1 A; 4AHC A; 1BA1 A; 1LOT B; 4JRQ A; 3MEG A; 3O9S A; 3M8Q A; 3S3N A; 2EHG A; 3G0Z A; 1VSH A; 3IMX A; 3NVK A; 3O9T A; 4B1Z A; 3ITH A; 3VQ7 A; 3OJS A; 3VQA A; 3O6W A; 3SMP A; 4KHU A; 3C65 A; 1K8K B; 5AQP A; 2VGM A; 3J80 O; 5GAE P; 3AA3 A; 2O8F B; 1Z05 A; 2QTD A; 2F9T A; 3FGU A; 2QXF A; 1IKY A; 4CJ3 A; 4ZHR A; 4JEP A; 3QEP A; 2Z1G A; 1NGC A; 4DQR A; 1VQ6 N; 2NRT A; 4B08 A; 1TL1 A; 4GKK K; 4Z0U A; 1FXX A; 5F1X A; 4B1Y B; 3HOS A; 1Z6R A; 4Z94 A; 1JLF A; 3CQY A; 1VRT A; 5AQS A; 4Y1D A; 3QBW A; 3I0R A; 4G1Q A; 2YKN A; 4XH5 A; 1TKD A; 4FJN A; 3CM5 A; 1RT4 A; 3L8B A; 2G8I A; 1A5W A; 3J7A P; 4CHQ A; 4BAC A; 2HHQ A; 1NGH A; 3QNO A; 1SV5 A; 2W42 A; 3WXL A; 4CZJ A; 4E1N A; 2A1S A; 3B6O A; 3NH0 A; 4EIA A; 3HM8 A; 4A5B A; 5BRD A; 5J2Q A; 3D7E O; 3TAP A; 4LFC K; 5ADX H; 3E66 A; 3KLF A; 5J2N A; 2BH1 A; 3OYJ A; 4CJL A; 1KRP A; 4IFV A; 1VSI A; 5C24 A; 4BRH A; 3HK2 A; 1BQN A; 4Y1C A; 3SPZ A; 3F9M A; 1BQM A; 4CD3 A; 4YNQ A; 3LP3 A; 4MLH A; 4NCG A; 4JKE A; 4MLE A; 4DSE A; 3CCS N; 4FJK A; 3TAM A; 1D9F A; 1YXQ A; 1XUP O; 2OPP A; 4CHO A; 1OVQ A; 4DFJ A; 3DOL A; 2O8E A; 1J53 A; 4M42 A; 4FPB A; 3A8Y A; 3L3V A; 3WEE B; 2QWP A; 3H1V X; 1B9F A; 1KXP A; 3ZT3 A; 3SV4 A; 2P9I A; 3LPU A; 3VET A; 1REV A; 3MN6 A; 4BRN A; 3RRH A; 2G8H A; 2O8C B; 5F0X A; 3OS0 A; 2ZGY A; 1KAX A; 1CZA N; 1T6D A; 1Q18 A; 3LWL A; 2CH6 A; 2VWB A; 1EWQ A; 3QNN A; 3ATU A; 2QWL A; 5KRT A; 1U47 A; 3VF4 A; 1TKT A; 3OA9 A; 1SZ2 A; 1HYS A; 2YKM A; 3AVC A; 3K2P A; 2KFZ A; 4A62 A; 4CZM A; 1NK5 A; 2HHT A; 2BAN A; 1A5X A; 1K73 O; 3CCV N; 4OO1 J; 3CJA A; 3AAQ A; 4DU3 A; 4H0V B; 4IFE A; 3LM2 A; 5BN8 A; 3LDS A; 1NMD A; 1VSK A; 1H1V A; 3LAN A; 4W5N A; 3AO4 A; 4MDB A; 1X3M A; 3T19 A; 4CBW A; 1YVU A; 3ZT1 A; 4DQQ A; 3V9Z A; 4YOX A; 3EYZ A; 1BI4 A; 3VF2 A; 4CJE A; 4KHW A; 2VWK A; 4CJ4 A; 4EP5 A; 4MO4 A; 4L3Q A; 4JI5 K; 4J2B A; 1LWF A; 4OPA A; 3DM2 A; 4BE0 A; 3PIO L; 2QXL A; 4LY7 A; 3D2F B; 5HLF A; 5KPR A; 1ATN A; 4DR7 K; 3H08 A; 2AA4 A; 5GAG P; 1YIT N; 5K14 A; 2BUP A; 1JLC A; 3V9S A; 4PHT X; 1NJI O; 2WON A; 4DLG A; 1FJG K; 3VTH A; 4F2R A; 1RBU A; 3O9Q A; 3QEW A; 3U9Z A; 3GOI A; 1YIJ N; 3AA2 A; 5CZ1 A; 1U45 A; 3SYZ A; 3P5J A; 4M3R A; 2OPQ A; 3RMA A; 3BDP A; 3TSQ A; 1VAZ A; 3CJC A; 3EEQ A; 3M8P A; 1GOC A; 3CIP A; 2UUC K; 1NGF A; 2D0B A; 3AO1 A; 1L3S A; 2HBM A; 1RFQ A; 4DSF A; 1EKE A; 3MED A; 1WNS A; 2P9U A; 4IKF A; 4PQU A; 2YJF A; 1B9D A; 4DLE A; 4CEE A; 5AJ3 K; 1K8A O; 3SCX A; 4DR1 K; 3WQU A; 5AQM A; 4R79 A; 3CER A; 4M3W A; 4FWL A; 1N32 K; 2YHX A; 4LFA K; 2OZM A; 2CH5 A; 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3L4Q A; 3CG7 A; 1D9D A; 3V6D A; 3BF1 A; 1WAF A; 4C23 A; 3QIN A; 3AGK A; 4B3S K; 4CZF A; 4IJA A; 1KVC A; 3HYF A; 3AVN A; 3L2U A; 4CD1 A; 2OCE A; 3Q7B A; 4ELT A; 2P5O A; 2F8T A; 4N47 A; 3HT3 A; 2NRV A; 4LF6 K; 1HYZ A; 1C0T A; 1CXU A; 1N33 K; 4BRE A; 4Z4H A; 3CJ9 A; 3BZC A; 4I9L A; 1QQC A; 3OS2 A; 3NHG A; 1N5Y A; 3OYK A; 3RRG A; 4CJP A; 1BCO A; 3ZSW A; 1KAZ A; 3DLE A; 5JVG L; 4E0D A; 4H0X B; 3WXJ A; 4YY3 K; 4AIL C; 2FSJ A; 3VQ9 A; 1X9J A; 4BRP A; 4KAZ A; 1C6V A; 2P9I B; 3O1B A; 3A0I X; 3ZT4 A; 4CEZ A; 1IKX A; 4WFB L; 3TTD A; 3BUZ B; 4B8C A; 4JHD A; 1Q86 O; 5BR8 K; 3CQX A; 4DV0 K; 3VEW A; 1RT7 A; 4A57 A; 3FZL A; 1ATR A; 4FJH A; 3LP1 A; 2E1Y A; 2YV0 X; 1JLE A; 1GLC G; 5EU7 A; 3G71 N; 3V4I A; 4OKK A; 3MXI A; 1UOC A; 4OVL A; 3P4I A; 4RWT A; 2ASP A; 1HQE A; 1L3U A; 1BDG A; 4M45 A; 1UWB A; 1E4G T; 4BE2 A; 2QI2 A; 5AQI A; 3SQ0 A; 2D0P A; 1EP4 A; 2P9L B; 1JLG A; 3CCJ N; 3CHW A; 4PWD A; 2GWJ A; 2FBY A; 3NDK A; 4ISE A; 3P31 A; 1MU2 A; 3CF5 L; 1SL1 A; 4KKO A; 3K5L A; 4W5Q A; 1SKR A; 1BI4 B; 1WSE A; 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