The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of tRNAs with an expanded anticodon loop in the decoding center of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
25
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI0 K; 5FLX O; 4V19 S; 4DR1 K; 4GKK K; 1IBL K; 1I94 K; 4JI5 K; 1HNW K; 1IBM K; 4LF6 K; 2UUB K; 1HR0 K; 5BR8 K; 2UXD K; 4YY3 K; 1IBK K; 4DR2 K; 4DR5 K; 4LFA K; 4LF5 K; 1N32 K; 4DR4 K; 4JI3 K; 4DUY K; 4B3M K; 2UU9 K; 3J7A P; 2UXC K; 4JI2 K; 1XNQ K; 1N34 K; 1N33 K; 4CW7 B; 4YHH K; 4LFC K; 4B3T K; 5LMU K; 3J81 O; 4DR7 K; 4DV2 K; 2UUA K; 4DV7 K; 4CVN E; 4DV5 K; 2ZM6 K; 4DR3 K; 2UUC K; 4DV6 K; 5IT9 O; 4X64 K; 4KHP K; 4LF4 K; 4JI8 K; 4JV5 K; 2VQF K; 3JAM O; 1XMQ K; 4X66 K; 4JYA K; 4DV4 K; 4AQY K; 5IWA K; 5AJ3 K; 4JI4 K; 4B3R K; 4DV3 K; 4GKJ K; 5LMN K; 4JI7 K; 4LF7 K; 4LFB K; 4DV1 K; 1N36 K; 1HNX K; 4K0K K; 4NXN K; 2E5L K; 2F4V K; 3J7Y P; 2HHH K; 2VQE K; 4B3S K; 4X65 K; 1XNR K; 4LF8 K; 4DUZ K; 3T1Y K; 1XMO K; 4OX9 K; 4X62 K; 4NXM K; 4DR6 K; 5LL6 Z; 2UXB K; 4LF9 K; 3J80 O; 5A2Q O; 4JI1 K; 3OTO K; 4JI6 K; 4DV0 K; 1FJG K; 1J5E K; 1HNZ K; 3T1H K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5AQM A; 4GVM A; 3THX A; 1W0H A; 2F8S A; 3UKR B; 1ILY A; 2X6S A; 1S1V A; 4GMJ B; 4MDB A; 3SJH A; 4A2B A; 4B9S A; 4M7X A; 1YVU A; 3VEY A; 3E9O A; 4IG3 A; 3G10 A; 3QEI A; 4J2A A; 4RW8 A; 3HPG A; 4E1M A; 3GE1 A; 5ELZ A; 2P9K B; 4CD1 A; 4FJ9 A; 3IFR A; 4K41 A; 2E1Z A; 1WLJ A; 3LZJ A; 4LC9 B; 4KAZ A; 1TL3 A; 4CJW A; 3KKS A; 4CJ3 A; 5CZ2 A; 5JLH A; 2VGM A; 4M7Y A; 1WAJ A; 3G71 N; 4DQP A; 3ZX2 A; 1TYQ B; 1S3X A; 1Z25 A; 4KV8 A; 1HNV A; 2Q0U A; 3BP8 A; 4KH6 A; 3KIO A; 5AQV A; 4PKH A; 3CER A; 1WBD A; 1J5O A; 3CQX A; 4KHU A; 2E2Q A; 1HYV A; 2KLA A; 3MK6 A; 2HHW A; 3AA2 A; 5DMR A; 3QO9 A; 2ZM6 K; 2F7T A; 1HMV A; 3KZB A; 3VEN A; 3IUC A; 3N4P A; 3FLC O; 1XMQ K; 3LAL A; 3MX5 A; 2NNW A; 4Q5V A; 3SK3 A; 3V81 A; 1NGI A; 3TAQ A; 3OYM A; 4K25 A; 3IAY A; 1L3T A; 1WSF A; 3K5L A; 3VQQ A; 3P4I A; 3KKR A; 3LPT A; 4FOI A; 1K9M O; 3LP3 A; 3O9T A; 3JSM A; 2GEM A; 1EX4 A; 5EU7 A; 4Y1C A; 4AIL C; 5DM7 L; 1LCU A; 3J80 O; 2YHW A; 4L3Q A; 5EY4 A; 5JMV A; 5KQ8 A; 2QWN A; 4PUO A; 4IDH A; 2XY8 A; 3AVK A; 3M5R A; 1WSH A; 3OVN A; 4GW6 A; 4JHD A; 3ZSW A; 3OYJ A; 4KHQ A; 3T1H K; 1QSL A; 4B8C A; 1S1W A; 4RW4 A; 2ZJQ L; 2NLX A; 2BGG A; 3OYK A; 2P9N A; 3O08 A; 5FPN A; 3SPZ A; 2BH1 A; 1IBM K; 3TTC A; 3MEC A; 2E2N A; 4IBN A; 2F9W A; 4IFE A; 1IBK K; 4AHS A; 2FBT A; 4LFA K; 2ZQB A; 4DFK A; 1N32 K; 2DY4 A; 3ZCM A; 4FZX C; 1NLV A; 4KKO A; 1KFD A; 1QQN A; 4B3M K; 3ULE B; 3SV4 A; 3H3N O; 1SKS A; 5AR0 A; 3GOI A; 3H46 O; 2GEL A; 4RCH A; 1WSI A; 3AAQ A; 1XNQ K; 3D2F A; 1N33 K; 4H03 B; 2HHQ A; 1RBU A; 4M63 C; 4BC3 A; 2IVP A; 3CYM A; 3SQ4 A; 4IJN A; 2E1Y A; 1YIT N; 1TKT A; 4JRP A; 3GG4 A; 2Y1J A; 4DR7 K; 1HQU A; 2HBM A; 3OYH A; 3H3O B; 4CED A; 3CFR A; 2VG5 A; 3C7N A; 1YUW A; 3DMJ A; 4O4G A; 4H0O A; 2OZS A; 4JK7 A; 3HM9 A; 1TUU A; 3L2W A; 4BRF A; 2A1S A; 1Q9Y A; 1ASW A; 3VQC A; 3O9Q A; 5HP1 A; 5LMN K; 3TSP A; 3VER A; 4Z4C A; 3SNN A; 4IKF A; 4KH4 A; 5JIC A; 2P9I A; 3K9K A; 2KW4 A; 4FVU A; 4BDY A; 3D45 A; 5SWM A; 3VF2 A; 4B8A B; 4C8K A; 2KFZ A; 3K2P A; 1P90 A; 4ID1 A; 4DFP A; 3ATU A; 4J2D A; 1UA0 A; 4DSI A; 5M1F A; 3CM5 A; 2IIR A; 3ZEU A; 3OYL A; 3VA0 A; 3O9S A; 4E1N A; 1WSE A; 4CHY A; 1DKG D; 3DJC A; 4NLB A; 2Q36 A; 4CFC A; 4WFB L; 4DV0 K; 2HB5 A; 2WFB A; 4YOY A; 3NH2 A; 1XUP O; 2YHY A; 4CFD A; 4GV9 A; 4CI6 A; 5C2F A; 5KPZ A; 3D7E O; 4DHY A; 1VHX A; 4NLC A; 1XQS C; 1CLQ A; 1K73 O; 5FDL A; 1A5X A; 3FGU A; 2I7N A; 2QM1 A; 3L4Q A; 4OGE A; 1HJO A; 1LW0 A; 2XY7 A; 3AO5 A; 5HL7 L; 3UKU A; 1NGD A; 1QQM A; 3FZH A; 3CCV N; 3AVC A; 4E7H A; 1ZYQ A; 2NRT A; 3V9X A; 5AQR A; 3LDQ A; 4A5B A; 3WNE A; 4CBX A; 2QEX N; 1RBS A; 1HKB A; 2UU9 K; 1YIJ N; 1T05 A; 3S3M A; 2HF4 A; 4CZG A; 3MAQ A; 4B3T K; 4DS5 A; 5AQH A; 3MN5 A; 4CJR A; 1T3V A; 4HUF A; 3ASM A; 3C65 A; 1SQK A; 1VSJ A; 3NHG A; 1C0G A; 3VN5 A; 1DLO A; 3U9Z A; 1GLD G; 3WXL A; 3LM9 A; 4H5R A; 5B8H A; 3LM2 A; 4YNQ A; 1LOT B; 2P9P A; 1E4G T; 5IT9 O; 3CI5 A; 4BVO A; 1IJJ A; 4FJM A; 3OA9 A; 4X64 K; 3DLK A; 3UB5 A; 3SBG A; 2YHX A; 3M8S A; 2Z1I A; 3NGI A; 2Q1N A; 4DV3 K; 4DS4 A; 4H8K A; 2D0B A; 3Q7B A; 3D6R A; 1FK9 A; 4M3X A; 4EFH A; 3OBY A; 4CBW A; 3K5O A; 3EYZ A; 1NBW A; 2E5L K; 1S1T A; 3BF1 A; 3AVM A; 4LSL A; 5C25 A; 1BU6 O; 3P5J A; 1KC8 O; 4E1J A; 4DUZ K; 4C8O A; 3MMV A; 4FWK A; 3THW B; 1D5A A; 1EWR A; 4JKA A; 4DCH A; 4BGA A; 4ZTJ A; 4BY9 C; 1XC3 A; 5BPM A; 2OCE A; 3S3N A; 5BN9 A; 3SUN A; 5C12 A; 2ETJ A; 3L0Q A; 3O9R A; 3ZSX A; 1NKB A; 3M8Q A; 5GAH P; 4IOC L; 1BGX T; 5BN8 A; 3KLH A; 1HPM A; 1D4X A; 3OS1 A; 4GKK K; 2P51 A; 4PWD A; 3LDS A; 3E66 A; 3TAM A; 1RIL A; 2A41 A; 3B6P A; 2OTL N; 2E6M A; 1NK4 A; 4NCG A; 4LH5 A; 2X74 A; 1NK8 A; 3NF7 A; 3IRX A; 3RMA A; 5GIN A; 5JVG L; 1SL1 A; 1KAY A; 4B3O A; 4KB1 A; 2RPI A; 4BR5 A; 2GBZ A; 1U4B A; 3ZSV A; 3I55 N; 4C23 A; 1X1P A; 4NYN A; 3DOL A; 1GLJ O; 3AVG A; 1LAV A; 4FWO A; 5M1P A; 4YOU A; 4CJQ A; 5KQD A; 1NK5 A; 4AHV A; 2NRW A; 4ISF A; 4FJJ A; 3N4Q A; 4HUG A; 1RGI A; 3T3F A; 4N56 A; 1RTH A; 1KCF A; 4ILH A; 2YX6 A; 5BPN A; 4JD2 A; 4CES A; 1NMD A; 4B1X B; 3ENH A; 4PL8 A; 2VWJ A; 3HVR A; 2RKI A; 4KHW A; 2UUC K; 3V9Z A; 3FZM A; 2O8E B; 4JHD B; 3CG7 A; 1RDA A; 1UWB A; 5LY3 A; 4FO0 A; 1RDW X; 2WOM A; 2NZT A; 2HHS A; 1VQ7 N; 1ATN A; 3OYG A; 4DTM A; 4K0K K; 2P9N B; 3NF6 A; 4NXN K; 3OYN A; 2FBY A; 4CJ5 A; 4YDU C; 2YJE A; 4E7J A; 4DTX A; 4JKF A; 4JS5 A; 3BY5 A; 1SAZ A; 2UYT A; 4C8M A; 3SQ1 A; 4NCB A; 2E4L A; 4BRE A; 4HVJ A; 3O1B A; 3R3L A; 5J2N A; 5EX5 A; 2DTU A; 1YJ9 N; 1B92 A; 1S1X A; 3L3U A; 1Z26 A; 3SAH A; 4JI1 K; 4DSF A; 5GIO A; 4DTU A; 1J9A A; 1BI4 B; 4CEE A; 3KK1 A; 3D2F B; 3KHY A; 3CJA A; 4FLV A; 4YFU A; 1VQ8 N; 1NGE A; 4ZTF A; 4K43 A; 3TSU A; 3O4W A; 1Z05 A; 1KD1 O; 3G25 A; 2UUB K; 1T44 A; 3VEV A; 4ZHR A; 3LDN A; 4CHQ A; 1YAG A; 3P31 A; 4OLA A; 4CHZ A; 1IKY A; 3AV9 A; 3O8M A; 1HYS A; 2NRZ A; 3C7N B; 3QIC A; 4DR2 K; 4DR5 K; 4PKI A; 4BRQ A; 2KZM A; 3F5T A; 4BWJ A; 3WEE A; 4R5P A; 3QNN A; 4O5F A; 1TVR A; 3T19 A; 2YHA A; 3OS0 A; 3HZ6 A; 2DFE A; 3WXI A; 4DG1 A; 2XO7 A; 4N76 A; 3ZX0 A; 5AQL A; 3VEO A; 5FPM A; 4EP4 A; 4CJE A; 1U45 A; 4H0Y B; 3ZEU B; 4FXD A; 4RW7 A; 1NG9 A; 2V7Y A; 3QIN A; 3DRR A; 5KGW A; 2B5J A; 4E7L A; 3CFO A; 1T03 A; 2G8W A; 3SV3 A; 3C6U A; 4BRG A; 1EXQ A; 4JI8 K; 3U8X A; 2FXU A; 1WBB A; 2GV9 A; 5FPE A; 1HRH A; 5I9E B; 3IS9 A; 4DSJ A; 3KK7 A; 1J54 A; 1JXE A; 1X9W A; 1T6D A; 2HW3 A; 1HJR A; 3OW2 M; 4FK0 A; 4K8Z A; 4FWS A; 4Z4H A; 4CFA A; 2KQ2 A; 1YJW N; 1GLB G; 1ZBS A; 4DKW A; 3CF5 L; 3DM2 A; 4CFB A; 2G8H A; 2W42 A; 4CCH A; 5AQI A; 3L3V A; 1Y64 A; 3WXM B; 5DM6 L; 4WYB A; 1TKX A; 4DMN A; 4F2S A; 1C0U A; 5KGX A; 4FJ5 A; 3KTQ A; 3MWT A; 3CJC A; 1QS4 A; 3H08 A; 3O5B A; 5HRP A; 2P9L A; 4EAH D; 5MLC Q; 3ZT4 A; 5GAE P; 4AH9 A; 1W7A A; 4UY8 O; 3S9H A; 3V9W A; 4O5B A; 4CZM A; 5IWA K; 3PX0 A; 3U3Y A; 3S3O A; 3H6E A; 1IKX A; 3TTF A; 4IOA L; 1LWC A; 5CR4 A; 1JJ2 M; 4PQU A; 3BZC A; 2ITG A; 2YJF A; 1BA1 A; 4B9V A; 4FJK A; 3EKU A; 1RDC A; 1ATS A; 2PYJ A; 4PA1 A; 4BC5 A; 3PO4 A; 5HOO A; 2VYP A; 3TAP A; 1HKG A; 2OPR A; 4FWM A; 3F9M A; 4CZF A; 1HQE A; 5BR8 K; 2NRX A; 1HNI A; 1ZBU A; 2P9P B; 1U49 A; 3KJV A; 3L6Q A; 3ITH A; 4WQ4 C; 3VEZ A; 1FKO A; 1IKW A; 3HM8 A; 4FPB A; 3J7Z O; 4DR4 K; 1R0A A; 3RVC A; 1YVN A; 3AO4 A; 4C8L A; 3ZSY A; 4KI4 A; 3ALY A; 3O3F A; 4QCL A; 3FFI A; 1JKH A; 3RRG A; 3JS6 A; 3CPW M; 4JI2 K; 3SI6 A; 2OYQ A; 1TUY A; 3U4L A; 2YHB A; 1GOC A; 3ZSZ A; 2ZD1 A; 3QFU A; 5CZ1 A; 3E9P A; 4IJA A; 5ADX A; 3VQ6 A; 5FRM A; 1X3M A; 5AQN A; 4GY2 B; 5SZT A; 3CCL N; 4MQ3 A; 4B9Q A; 4M3W A; 1RT5 A; 3ENO A; 3T7Z A; 1LV5 A; 2FSK A; 4DR3 K; 1TGO A; 4DV6 K; 1NKC A; 5AQU A; 2JWK A; 3TAE A; 1MA9 B; 4FJ8 A; 3QEW A; 1ITG A; 3QEX A; 1QZ6 A; 3TU5 A; 4KHP K; 3OY9 A; 3DRP A; 4JV5 K; 4DQI A; 2IVN A; 3JAM O; 3NAE A; 4AQY K; 3VTH A; 1OKJ A; 4QAG A; 2FSJ A; 2DFH A; 3AGK A; 3E9L A; 4BRM A; 2QA4 N; 1NK7 A; 3O6W A; 1N36 K; 1SL0 A; 1OH5 A; 2E2O A; 3V4I A; 4B1Y B; 4FM2 A; 3P38 A; 3M8R A; 3SJJ A; 3JXU A; 1LAW A; 3T69 A; 4X65 K; 1XNR K; 4KB0 A; 4FJX A; 4TSX A; 4ELV A; 1NJZ A; 3ZX3 A; 1RTI A; 4KBO A; 1NK6 A; 4NXM K; 4DR6 K; 1BIZ A; 3R6M A; 1JXB A; 1KXP A; 1ATR A; 4WF9 L; 1YI2 N; 2BTF A; 1YHQ N; 4CGI A; 4CHN A; 3R9P A; 3NGZ A; 2ZGZ A; 4I6M A; 1TK0 A; 4JKB A; 4DTO A; 3NH0 A; 3VQ4 A; 3MXI A; 3HYF A; 3KK3 A; 3SLC A; 2EWS A; 3C6A A; 4OKE A; 4J8F A; 1NKE A; 4FJ7 A; 3LPU A; 5AQP A; 1K8K A; 2D0O A; 3RMC A; 4BG8 A; 1IBL K; 4AM6 A; 3WUH A; 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3NMU A; 2Z1G A; 5C42 A; 4V19 S; 3LP1 A; 3HPO A; 2WON A; 4EIA A; 3NF8 A; 1YTA A; 3TAB A; 3P1G A; 2A40 A; 1E3M A; 4CJK A; 1REV A; 4JI5 K; 3H1Q A; 3EZ5 A; 3KK2 A; 2ZJR L; 3VPZ A; 4CGJ A; 4QOZ B; 2QI2 A; 1HR0 K; 2G8K A; 1KQS M; 3MED A; 4E7I A; 4W5N A; 3OYB A; 3ULD A; 2PFU A; 2VG6 A; 4FJL A; 3NFA A; 4ILG B; 4KTW A; 4EZ6 A; 3MWP A; 4CZL A; 3WNF A; 3RMD A; 3QB0 A; 4B1U B; 1U2V A; 2Z1H A; 4CJL A; 1N34 K; 3CC7 N; 1VQP N; 4AF1 A; 3L2Q A; 2P5G A; 1RDD A; 5BRF A; 4B9N A; 2G8I A; 4W5T A; 3VGM A; 4F3O A; 1CZA N; 1QVG M; 3LAN A; 4B1V A; 3L8B A; 3G0Z A; 5J2M A; 3SUO A; 3L2R A; 2A1R A; 4PL7 A; 3TAG A; 4CER A; 4CZI A; 3QBW A; 1L5U A; 4DQS A; 4BR9 A; 2CH6 A; 1UOC A; 2D4W A; 2QWL A; 2F9T A; 2P9S A; 3V6D A; 2OTJ N; 2EHG A; 3IG1 A; 4QS9 A; 3HT3 A; 5M1N A; 1I3A A; 5GIP A; 3ISN C; 3F2K A; 4WE1 A; 4M3U A; 3TTD A; 1FW6 A; 4BQZ A; 3AY9 A; 3NVK A; 3QML A; 4YOR A; 4YOT A; 1WN7 A; 1D9F A; 2Q31 A; 1M90 O; 1VRT A; 5LL6 Z; 2UXB K; 3MCP A; 1ZBL A; 4MLE A; 4FK4 A; 1N6Q A; 3THX B; 3MN6 A; 3TAF A; 2A6A A; 2GUI A; 5KI6 A; 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