The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of tRNAs with an expanded anticodon loop in the decoding center of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
25
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFA K; 4JI1 K; 1XMO K; 5BR8 K; 4JI4 K; 3J81 O; 4X64 K; 4DV3 K; 4NXM K; 4DV5 K; 3J7A P; 2ZM6 K; 4JI5 K; 1N32 K; 3JAM O; 4OX9 K; 1I94 K; 4DUY K; 4JI3 K; 4DR7 K; 4DR5 K; 4JI6 K; 2UXC K; 5IWA K; 1HNX K; 2E5L K; 2UXD K; 1J5E K; 4LF6 K; 4DR1 K; 2HHH K; 4JI7 K; 4CVN E; 4LF5 K; 5LL6 Z; 4CW7 B; 2UUA K; 4LF4 K; 2UU9 K; 1N36 K; 1N33 K; 5A2Q O; 5FLX O; 4B3T K; 4B3M K; 3J80 O; 4X65 K; 2VQF K; 3OTO K; 2UUB K; 4JI0 K; 1N34 K; 4DUZ K; 4JI2 K; 1IBM K; 1FJG K; 4DR3 K; 4DR4 K; 1XNR K; 4DV7 K; 4KHP K; 4LF9 K; 4DV2 K; 3T1Y K; 4X62 K; 4B3S K; 4YHH K; 2UUC K; 4X66 K; 5AJ3 K; 4DR2 K; 1XNQ K; 4DR6 K; 2F4V K; 4DV0 K; 4B3R K; 1IBL K; 1IBK K; 1HR0 K; 4LFB K; 4LFC K; 3J7Y P; 5LMU K; 4GKK K; 4DV6 K; 4JI8 K; 5LMN K; 4DV4 K; 4NXN K; 4JYA K; 4DV1 K; 1XMQ K; 4YY3 K; 4AQY K; 4LF8 K; 4GKJ K; 4JV5 K; 5IT9 O; 4V19 S; 4LF7 K; 3T1H K; 2VQE K; 1HNZ K; 4K0K K; 2UXB K; 1HNW K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3D7E O; 3R9P A; 3D2E B; 4LFA K; 4KHQ A; 1TK5 A; 5CHI A; 1TL3 A; 3KKR A; 3HSC A; 5MLC Q; 3U9Z A; 3WNH A; 1CZA N; 3R6M A; 3DI6 A; 1WBB A; 4BQL A; 2QWN A; 3SYZ A; 3KZB A; 4JS4 A; 2GWK A; 2HMP A; 3CC7 N; 4K41 A; 1SQK A; 5JLH A; 4FZY A; 3QDK A; 4DTX A; 1JL1 A; 3U6F A; 2AP1 A; 5AQY A; 1QZ5 A; 1X9W A; 3R1X A; 1NWK A; 1Z26 A; 5AQR A; 3K0S A; 5CZ1 A; 5JS2 A; 3OS2 A; 1FXX A; 3KKS A; 4I7F A; 4GVE A; 4DSK A; 1T03 A; 3CCJ N; 3KD1 E; 3EEQ A; 1TGO A; 4ILJ A; 1C1B A; 3ASM A; 3DXM A; 2QWQ A; 3QIP A; 4BG9 A; 1HQE A; 4B3T K; 5AQU A; 2E2Q A; 3OYG A; 4BDZ A; 1S22 A; 5HL7 L; 1J9A A; 2BE2 A; 3GBT A; 4K8X A; 3VQB A; 5KPZ A; 4Z4G A; 3S9H A; 3LDS A; 4QOZ B; 3AO5 A; 1JLE A; 3UB5 A; 3V9X A; 4BR0 A; 2Z1H A; 2FXU A; 5KPR A; 4BRL A; 3A2F A; 1ASV A; 2P9N B; 4Z4I A; 5LJV A; 3ZEU B; 5JMV A; 1NGB A; 5BRH A; 3DXK A; 3C7N B; 4BRE A; 3P38 A; 3GOI A; 4KBO A; 3E9P A; 1U2V B; 2YHA A; 1X3N A; 3SQ4 A; 4FJ5 A; 3DRR A; 4FO0 A; 1TV6 A; 4BAC A; 1MDU B; 5AQP A; 4N47 A; 1KAY A; 3DLE A; 3GE1 A; 2V7Z A; 4DQR A; 3E9O A; 3KIO A; 1HJO A; 3N4Q A; 2PYJ A; 1HLU A; 3CCS N; 2O8B A; 4DSI A; 5GAD P; 2P9K A; 4FWR A; 4CEB A; 4QCL A; 1HNV A; 2B5J A; 3OYM A; 3DWL A; 2KW4 A; 4IDH A; 3OYF A; 4MLH A; 3QEV A; 3C6T A; 2W42 A; 3RMD A; 3AVJ A; 4JI3 K; 4ELT A; 4DFM A; 1BDG A; 3AVF A; 4M3Y A; 4DFP A; 5FPD A; 1U4B A; 4FYD A; 2PFU A; 1IKW A; 4O5F A; 2FSK A; 3A5O C; 3CPW M; 4DQQ A; 3CFO A; 4IFV A; 1S6P A; 3QES A; 4JKA A; 4NCB A; 1QVF M; 3ITH A; 2NRZ A; 1O13 A; 3DJC A; 3NF9 A; 2E2N A; 2PZS A; 4FJG A; 4FCY A; 2D4W A; 2OYQ A; 4HCB A; 4BRG A; 3C6U A; 3S3O A; 1P90 A; 4JI0 K; 2HW3 A; 3IUC A; 1REV A; 1Y64 A; 4IO9 L; 1VK0 A; 2F7T A; 3NDK A; 4Z0U A; 4FWQ A; 1LCU A; 1ZBS A; 5C12 A; 3S3M A; 4XH1 A; 2DFE A; 1YJN N; 3QBW A; 3BY5 A; 1BI4 A; 1D4X A; 4FM2 A; 4M41 A; 4CK1 A; 3THY A; 4H5T A; 1V4T A; 2NRW A; 5AQN A; 4OLB A; 1NJY A; 2YHX A; 3OYE A; 1EP4 A; 1EWQ A; 5KGX A; 3SMP A; 4CHZ A; 3WXI A; 2XHB A; 4O55 A; 4PKI A; 5HP1 A; 1RBV A; 1OH7 A; 2YHY A; 1QQO A; 4GW6 A; 2RF2 A; 1D9D A; 4RCH A; 4B8C A; 1KLN A; 2NRT A; 4C8O A; 2O4I A; 2QK9 A; 3SBG A; 4EP4 A; 2IGI A; 3M6G A; 1BQN A; 4CFB A; 3ULE A; 5KQD A; 2GEM A; 3H08 A; 1NK8 A; 2QWO A; 2VG5 A; 1YIJ N; 3NAE A; 4YNQ A; 3D2F B; 3H6E A; 4CBU A; 1HNW K; 3DOK A; 3G6E N; 4DCH A; 3LAL A; 4YOT A; 4JI1 K; 1YHQ N; 2ITG A; 1CLQ A; 1NG9 A; 4KKO A; 3HL8 A; 3MXJ A; 2WBN A; 4FL9 A; 4DTR A; 1GLA G; 4B9U A; 2WOM A; 3WT0 A; 3UKR A; 4YOR A; 1VQO N; 3VEY A; 1NJI O; 4H5W A; 3AA4 A; 4W5Q A; 4KV8 A; 3OS1 A; 4CBX A; 1NKB A; 3D45 A; 1HJR A; 1VQP N; 1CZ9 A; 1NGE A; 2P9I B; 3K9J A; 4B8A B; 2E5L K; 4K25 A; 4LF6 K; 1YTU A; 4R79 A; 4JN4 A; 1XQS C; 5AZJ B; 1BIZ A; 4M3W A; 2XY8 A; 4AIL C; 1C0G A; 3QO9 A; 1RT5 A; 4ILH A; 3P5J A; 1MWK A; 4GV6 A; 5KQ8 A; 3CCL N; 3VER A; 3HO1 A; 5AFU H; 3TSU A; 4O0J A; 4CF1 A; 4FLV A; 2XY7 A; 4H0T B; 1W97 L; 2GWJ A; 1RBT A; 3RMA A; 1S1X A; 2HNZ A; 4CZE A; 4DV7 K; 4FWM A; 1ATS A; 1MA9 B; 3BGR A; 3ZET A; 1TK8 A; 3T1Y K; 4X62 K; 3C0B A; 4CJS A; 3VQP A; 1NK5 A; 1SL1 A; 3M1F A; 4CZM A; 2VWJ A; 4DU4 A; 1IG9 A; 2BAN A; 1KAX A; 4KH6 A; 5I42 A; 2OPQ A; 3BP8 A; 4OGC A; 4CJV A; 4O4G A; 4E89 A; 2ZWH A; 1I39 A; 3RSE A; 3LL3 A; 3ENH A; 1QHT A; 3NVK A; 3CIP A; 1RT4 A; 3QIO A; 3ZSV A; 4BR9 A; 5CE3 A; 4CHP A; 1BIS A; 5HRO A; 3ZYY X; 3HTV A; 4WQ5 C; 2F9T A; 3CCQ N; 1NMN A; 3MAQ A; 2O8F A; 4DB3 A; 2EWS A; 5M1O A; 1XMO K; 4K43 A; 4H5N A; 4CHO A; 5C24 A; 1YVN A; 3AA3 A; 2OZM A; 3VF4 A; 3OYL A; 4KHY A; 3DYA A; 2CH6 A; 4C23 A; 4F3T A; 2CGJ A; 4IEI A; 3O4N A; 3E01 A; 4B9T A; 2FBV A; 4WFA L; 1JLA A; 1RT7 A; 2HND A; 3AVA A; 2Q31 A; 4DFK A; 2QWR A; 3B6O A; 5AQS A; 1NK6 A; 1IH7 A; 3VF6 A; 1TYQ B; 1VSK A; 4IXC A; 3T3F A; 3H45 C; 2HHH K; 5B8H A; 1XUP O; 1IO2 A; 1RT3 A; 2IDO A; 2RHK A; 3LWL A; 1TUY A; 3ATV A; 4FWK A; 3LDN A; 4BRD A; 1NOZ A; 4CHQ A; 4B3M K; 3C95 A; 3WEE A; 3J80 O; 4X65 K; 4DF8 A; 2HHV A; 3VGL A; 3ZT1 A; 3S3N A; 1X1P A; 2VG7 A; 2P9L B; 4BRF A; 2KKZ A; 4DR3 K; 3AA5 X; 4KI4 A; 4RW4 A; 3C6H A; 1K8K B; 5AQM A; 3U3Y A; 3SK3 A; 3OJU A; 3OYH A; 1BGX T; 3AGK A; 3O08 A; 1NK7 A; 1KCF A; 3VQE A; 2NRR A; 4BG8 A; 5KRT A; 1QSL A; 1HMV A; 3VA0 A; 3SPZ A; 3HPO A; 4JHD A; 5AQG A; 4DR6 K; 4E19 A; 3SAH A; 1VQ9 N; 3VQC A; 4IOA L; 4JRP A; 4FPA A; 3L3V A; 2KZM A; 4BE1 A; 1A5W A; 1WOQ A; 1TVR A; 5FRM A; 1GOB A; 3C65 A; 3DOL A; 5FRO A; 2UYT A; 3PSI A; 1TKT A; 1X9M A; 3U9D A; 1WUA A; 3T1H K; 2UXB K; 3PX0 A; 3MMV A; 1OVQ A; 4PKH A; 1T44 A; 3CCE N; 4PL8 A; 3BF1 A; 3TAF A; 2E1Z A; 4E7I A; 1SKS A; 4L8R B; 4QS9 A; 4CEZ A; 3VQA A; 1KVA A; 3TAQ A; 4BR5 A; 4Q0B A; 3EYZ A; 3VOV A; 4FLT A; 1GLB G; 1VAZ A; 2XY6 A; 2G8U A; 3HZ6 A; 4DU3 A; 4E3S A; 1DGK N; 5BPN A; 4JKG B; 2JWK A; 4A59 A; 2V51 B; 3ID6 A; 1J6Z A; 1RT1 A; 3OYJ A; 1KSP A; 3AVH A; 4DR5 K; 4BQZ A; 5JS1 A; 3FR0 A; 3THW B; 3EO3 A; 1JLB A; 1HNX K; 2NRV A; 4E7H A; 2UXD K; 1J5E K; 1VQ8 N; 1IJJ A; 3E9L A; 4A61 A; 2I7N A; 3L4I A; 4IJA A; 2UUA K; 3LP1 A; 3J8A A; 5JIC A; 1RDA A; 5I3U A; 1QTM A; 3PY8 A; 4A5B A; 1HYV A; 3I8B A; 3VQ4 A; 5FPE A; 1ZBI A; 4CEF A; 4R5P A; 1Q9Y A; 4Z4C A; 3FZM A; 4DQ8 A; 1W7A A; 2NLX A; 4DSE A; 3CHW A; 4DQP A; 2ZJR L; 1JJ2 M; 1J54 A; 4FWS A; 3VQ9 A; 4MLE A; 4DTS A; 4BRC A; 1Q8I A; 4BGB A; 4RW9 A; 3TAR A; 2DFH A; 4GVM A; 5ELZ A; 4IDK A; 4HUG A; 3L8B A; 2ASP A; 4IOX A; 4CGG A; 3J7Y P; 3HYF A; 3AA2 A; 1BCO A; 2YJF A; 3PV8 A; 1RTD A; 4ZHR A; 3M5R A; 3MX2 A; 1ZBH A; 3UKU B; 4I6M B; 1VSH A; 4CE9 A; 2AJQ A; 5AQO A; 4K0K K; 1WSE A; 3VQD A; 1JLF A; 1W9H A; 4C1N K; 2P5G A; 3TAM A; 1XHX A; 5DM7 L; 3VEZ A; 3K2P A; 3I8D A; 3QER A; 4DSJ A; 1XC9 A; 4X64 K; 3T69 A; 1SKR A; 2Q2R A; 3ISN C; 4OX9 K; 3L6Q A; 1GOC A; 3HT3 A; 4DSF A; 3JYT A; 2QW9 A; 2OPP A; 4CIF A; 3MEG A; 2UXC K; 1GLJ O; 1UWB A; 2HF4 A; 4EHT A; 3AV9 A; 5F2R A; 3ZSX A; 1EKE A; 3PX4 A; 3I55 N; 4CD3 A; 4H5R A; 4AF1 A; 4CW7 B; 3A0I X; 3P31 A; 4HUF A; 2UU9 K; 1EO1 A; 3L4Q A; 3RTV A; 4H8K A; 4BDP A; 1NGD A; 2E4L A; 4PL7 A; 2E1Y A; 3MX5 A; 3I56 N; 1WN7 A; 3VQ7 A; 5GAG P; 4JKF A; 4ISG A; 3MN7 A; 3E66 A; 1VSF A; 1W0H A; 3DRS A; 4DTP A; 3VGK A; 5C15 A; 4KPY A; 3H1V X; 4FJ8 A; 2RKI A; 3OS0 A; 1VHX A; 2P9P B; 3SNN A; 3TI0 A; 4DU1 A; 3P39 A; 2UUC K; 3QBX A; 2X6N A; 3F5T A; 3LAK A; 4HTL A; 3HK2 A; 1NGJ A; 4PQU A; 1VQ4 N; 2O8D A; 3U4L A; 3KK1 A; 2ZE2 A; 2EHG A; 4U67 L; 2Y1J A; 3LP2 A; 1ASW A; 4GMJ B; 2KFZ A; 2FF6 A; 2OPS A; 5DK5 A; 1VSM A; 3NCI A; 4CJE A; 4C1N I; 4JI8 K; 5LMN K; 5FPN A; 1J5O A; 2W6L A; 4CJW A; 3FFK B; 3ZCM A; 4DHY A; 3LM9 A; 2QKB A; 4DLE A; 3OYI A; 4V19 S; 4FJX A; 2F9W A; 4NLB A; 1X3M A; 2D0O A; 1JCE A; 3O3F A; 1E3M A; 3NF6 A; 4H0X B; 2ZQB A; 5CZ2 A; 3H3O B; 3HBT A; 2IAJ A; 3KWG A; 4KHW A; 1BHL A; 2DPN A; 1U6Z A; 3CM5 A; 2XRI A; 5M1N A; 4CZL A; 4CJQ A; 1ESV A; 3L2W A; 2G8I A; 2XY5 A; 5D3G A; 1VQN N; 5AQX A; 3AVG A; 1BA0 A; 2DFF A; 2Y1I A; 2Q1N A; 5AQI A; 5BPM A; 3OBW A; 3WXM B; 4I9Q A; 3AVC A; 3LP3 A; 5H1S Q; 3T19 A; 1YAG A; 2HHX A; 4F4K A; 4CJK A; 4HCC A; 4CEA A; 4DS5 A; 2PBD A; 4AHU A; 3G4S N; 4OGE A; 3CJ7 A; 4FZZ A; 2O8E B; 5AQT A; 4MDA A; 2OTJ N; 2O8C A; 3V9S A; 3VA3 A; 3QEP A; 1LW2 A; 1NGC A; 1NGF A; 3CM6 A; 3EE9 A; 3OTO K; 2UUB K; 2W40 A; 5AZI B; 4E7J A; 3OYA A; 3SCX A; 4FLZ A; 2FF3 B; 3DLH A; 1WSH A; 3SQ2 A; 1VQ5 N; 1NJW A; 3HOS A; 3EKS A; 1HKC A; 1NLV A; 3A8Y A; 3F9K A; 2E6M A; 2WON A; 2P9U A; 3AVM A; 3ZSQ A; 3EL2 A; 1T3V A; 4AHV A; 3VTI A; 5J2N A; 3R3L A; 3SBT A; 4CZF A; 3TU5 A; 1D9F A; 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3SAG A; 1VQ6 N; 3L2V A; 2P9S B; 3VGM A; 4YHH K; 4PY5 A; 5J1E A; 3O1B A; 4BWJ A; 1NMD A; 4XH4 A; 4IWV A; 4JKC A; 3V1Q A; 1Q18 A; 2E20 A; 4B9V A; 1FK9 A; 2ASO A; 1NKE A; 4WQ5 A; 3QIC A; 3ZSO A; 1WLJ A; 4DF4 A; 3M8P A; 4H0P A; 3P4I A; 4QS7 A; 4B1X B; 2KLA A; 1MWM A; 5BN9 A; 4B1U B; 4RG8 A; 3LPT A; 3KD5 E; 2QI2 A; 2Z1J A; 4M3R A; 3HST B; 4JYA K; 3QNN A; 3FZL A; 4JLH A; 4YOY A; 1XMQ K; 4M3Z A; 2QWL A; 4YDU C; 4WF9 L; 4HHT A; 4LF8 K; 1UAX A; 5IT9 O; 1QVG M; 4LSL A; 3HXM A; 4CJ3 A; 5I9E B; 3AGR A; 4PKG A; 3OA9 A; 3O9S A; 1G99 A; 3FZK A; 4WQ4 C; 3DRP A; 4NYN A; 1KC8 O; 2E8A A; 3CET A; 5HRR A; 3QEW A; 3TTF A; 3V1O A; 3EY1 A; 2IS3 A; 4J2B A; 1K73 O; 3VF2 A; 4DV5 K; 1NJZ A; 2BDP A; 3QEX A; 3SUN A; 1HUX A; 3DXM B; 1RTH A; 3K59 A; 1S72 N; 3I33 A; 1QE1 A; 2YHB A; 3ZT4 A; 1EXQ A; 1S6Q A; 4B1Y B; 1YVU A; 4FK0 A; 2OA8 A; 5SWM A; 3CYM A; 3G10 A; 3TR8 A; 4DR7 K; 3KLF A; 1S1W A; 1H1V A; 3TTD A; 4AM7 A; 4E1N A; 4I2Q A; 4OPJ A; 2BUP A; 1RDD A; 4G1Q A; 3D2E A; 3O9Q A; 3A5L C; 4JI7 K; 4AHT A; 3CME N; 1NJX A; 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