The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Trnas with an Expanded Anticodon Loop in the Decoding Center of the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF8 K; 4DV3 K; 4LF9 K; 1IBL K; 4JI0 K; 2UUA K; 4X65 K; 2UXB K; 3T1H K; 3OTO K; 4LFC K; 4X62 K; 4V19 S; 4DR2 K; 5LL6 Z; 5AJ3 K; 4JI3 K; 1N32 K; 5IT9 O; 3T1Y K; 4AQY K; 1N33 K; 1N36 K; 3J7A P; 4CW7 B; 1XNR K; 4X64 K; 4DV0 K; 4YY3 K; 4JYA K; 4B3M K; 4JI5 K; 2HHH K; 2UXC K; 4DV4 K; 4GKJ K; 5IWA K; 4DV1 K; 4KHP K; 4NXM K; 4LF4 K; 4OX9 K; 4DUY K; 4B3T K; 4DR6 K; 4DR7 K; 3J81 O; 4YHH K; 1HR0 K; 1IBM K; 5BR8 K; 4JI4 K; 4LF6 K; 2UU9 K; 4DR1 K; 2E5L K; 2UXD K; 4GKK K; 5A2Q O; 2UUB K; 4JI6 K; 1HNX K; 5LMN K; 4LF5 K; 3JAM O; 4JV5 K; 5FLX O; 3J7Y P; 1XMO K; 1FJG K; 4DV5 K; 2VQE K; 4DR3 K; 4JI7 K; 1J5E K; 4DV7 K; 4DV2 K; 1IBK K; 4LFA K; 1I94 K; 4X66 K; 4DV6 K; 4NXN K; 5LMU K; 3J80 O; 4CVN E; 4DUZ K; 4DR4 K; 4JI1 K; 4JI2 K; 1N34 K; 4LFB K; 2VQF K; 1XNQ K; 4DR5 K; 4JI8 K; 4LF7 K; 2F4V K; 2ZM6 K; 4B3S K; 1HNZ K; 1XMQ K; 4B3R K; 4K0K K; 1HNW K; 2UUC K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CIF A; 2D0A A; 1ZYQ A; 1EP4 A; 4XH4 A; 1YJ9 N; 2OPQ A; 3SQ1 A; 1CXQ A; 3QB0 A; 3FR0 A; 2HBJ A; 4CF0 A; 5AQS A; 3SPY A; 1BO5 O; 1L3U A; 3V1Q A; 1JKH A; 3P38 A; 3SLC A; 2NRT A; 1N33 K; 4CJT A; 1RDA A; 2HHV A; 4JK8 A; 4DQS A; 2PY5 A; 3L2W A; 1IKV A; 3A5N C; 3VQ4 A; 3AGR A; 4C8L A; 1BIZ A; 3M8R A; 3AO5 A; 2O8F B; 1Z25 A; 1TL1 A; 1TK8 A; 2XY7 A; 3PX0 A; 1NGC A; 1KAY A; 4I2P A; 5FPD A; 3VOV A; 3H3N O; 3TAM A; 1W0H A; 2HBK A; 2A5X A; 2AP1 A; 4JD2 B; 3SMS A; 1RCH A; 4BDZ A; 4KRF A; 1BUP A; 4PUO A; 5J1E A; 3BZC A; 2W42 A; 2G8U A; 2ZD1 A; 1NNE A; 4FCY A; 4GKK K; 1VQ9 N; 2UUB K; 5CYQ A; 3VQQ A; 4FJ9 A; 1RT5 A; 5LMN K; 2HMP A; 1NLV A; 1WAF A; 3SQ4 A; 5BRD A; 3IFR A; 5EOY A; 2B4J A; 2QEX N; 2E6M A; 3C6U A; 2NZT A; 3KKR A; 3CQY A; 4FLU A; 4DTS A; 1N6Q A; 1X3N A; 2QI2 A; 2V7Y A; 2PAV A; 5M1K A; 3DLH A; 2GWJ A; 4FWR A; 4DV7 K; 1J5E K; 4CGD A; 4B9N A; 3CJC A; 3KWG A; 3A8Y A; 3HOT A; 4LFB K; 1KCF A; 1ZBF A; 1VQ5 N; 2NUB A; 2ZM6 K; 2F4V K; 1BIS A; 4H0V B; 3CER A; 1WUA A; 1HQE A; 1TUY A; 1U6Z A; 3O9T A; 1K6Y A; 3GOI A; 2QK9 A; 3HM8 A; 3MAQ A; 4DS4 A; 2O8B A; 1NK6 A; 3AA2 A; 4KI4 A; 3D6R A; 2WC9 A; 1EO1 A; 3TI0 A; 1Q86 O; 1WBB A; 4JI0 K; 5HRN A; 2W6L A; 4E7I A; 4CCH A; 4FSV A; 4KAZ A; 1CXU A; 2QWO A; 4CF9 A; 1RTD A; 1HQU A; 4DR2 K; 4HTL A; 1ITG A; 3RMB A; 3D45 A; 2YNH A; 1MU2 A; 2WUS A; 3KTQ A; 1KC8 O; 1TK5 A; 2E2P A; 4DB3 A; 5KRS A; 2IAJ A; 1N36 K; 4FOE A; 3LWL A; 1TGO A; 4CD1 A; 3MX5 A; 3CIP A; 1FKO A; 2RE2 A; 3CPW M; 1U47 A; 3HVR A; 3S3O A; 1X3M A; 2VWB A; 3K5M A; 3ZT2 A; 3VMF B; 3IDH A; 4Z4C A; 2E1Y A; 2XO7 A; 3SQ2 A; 2QKK A; 4FJK A; 1EKE A; 3PY8 A; 4E1J A; 4NYN A; 4JHD A; 4DUY K; 3V1R A; 4B8A B; 1T6D A; 2PFU A; 1JCG A; 1JLF A; 1JLA A; 2ASM A; 1NGD A; 4A61 A; 3AVF A; 3OYH A; 4DTR A; 3C6T A; 5AQM A; 3LP3 A; 4CF2 A; 2OZM A; 4ELV A; 1M90 O; 2HNZ A; 4WQ4 A; 2X74 A; 4GNI A; 4M7X A; 4I6M B; 4BRL A; 3NBP A; 2WFB A; 1Z26 A; 4HCB A; 3OYE A; 1RDC A; 4H03 B; 4CHN A; 2FF3 B; 4FM1 A; 4H0T B; 3SV3 A; 1NKB A; 1FXX A; 3H3O B; 4CJU A; 5AQO A; 3HT3 A; 3SV4 A; 3EYZ A; 3OYB A; 5LMU K; 1TV6 A; 5E41 A; 1OKJ A; 4NYF A; 1IO2 A; 3KHY A; 5JLF A; 1QSL A; 3KK3 A; 4KH6 A; 2WON A; 3N4P A; 5AZI B; 3E01 A; 4QOZ B; 3ITH A; 4JKG A; 5KGW A; 3AVN A; 2CGL A; 2UUC K; 3G10 A; 4DFJ A; 4K42 A; 1VQK N; 2CH6 A; 1YT3 A; 3IAY A; 4BRD A; 3CCE N; 3C6A A; 4FPB A; 3R8E A; 2QWQ A; 5ADX A; 1S6P A; 4BRC A; 2ZWH A; 3ZEU B; 3RMA A; 2KFZ A; 4AIL C; 4FK4 A; 4BR2 A; 3IKM A; 3PSF A; 1BOT O; 1QE1 A; 4DQP A; 1NK5 A; 2YNF A; 3NF6 A; 4Z94 A; 2JWL A; 3Q7C A; 2YCH A; 4OPJ A; 4I9Q A; 1MWM A; 2GV9 A; 2IOC A; 3K58 A; 3HPH A; 4FWS A; 2Q3S A; 1BI4 B; 1UA0 A; 4QS8 A; 3Q7B A; 2ASO A; 3C6H A; 1NK4 A; 3BP8 A; 3DXM B; 1JLG A; 1WSE A; 2HHH K; 3LP0 A; 2W6K A; 3OBY A; 4J2B A; 4RG8 A; 2EX3 A; 1QZ6 A; 1JCE A; 1C1B A; 4NO7 A; 3DXK A; 1I39 A; 1VSD A; 4MFB A; 4HVJ A; 3B6O A; 3A5L C; 4LSL A; 3L0Q A; 2P9S A; 4DR1 K; 5AQR A; 1KQS M; 1ZBS A; 5EU7 A; 2BAN A; 4YOT A; 4Z4G A; 1VQL N; 4B9L A; 5E84 A; 4CFD A; 1C1C A; 1B92 A; 1GLE G; 1RTJ A; 4PL8 A; 1SUQ A; 5KPR A; 3V81 A; 3CJB A; 4BR7 A; 2BE2 A; 3TTC A; 4ILG B; 1KLN A; 3M1F A; 1YXQ A; 4FVU A; 1A5X A; 4R5P A; 4CZI A; 4LY7 A; 5AQT A; 3DLK A; 3OYN A; 4CI6 A; 1ATR A; 3LAK A; 5FRM A; 2ASP A; 4O8K A; 2E4L A; 2F9T A; 3VTH A; 4KI6 A; 5M1N A; 1QHA A; 5DM6 L; 4NLC A; 4M3Y A; 2E2N A; 4FWK A; 3GDQ A; 5AQG A; 1U2V B; 3BUZ B; 1NJX A; 3VQB A; 4I9L A; 4H5T A; 3VN5 A; 4LF7 K; 3QBW A; 4ISF A; 3QNN A; 3CI5 A; 2HVH A; 1XMQ K; 1HNV A; 1WSF A; 4FO0 A; 2G8V A; 4DTJ A; 2ZJP L; 4DSK A; 3QEP A; 3L2Q A; 3MEG A; 3AY9 A; 3K59 A; 5AR0 A; 3LDL A; 4AM6 A; 3HOS A; 5I42 A; 4C1N K; 4LF9 K; 3ULE A; 4UQG A; 3O3F A; 4DTO A; 5LY3 A; 3DYA A; 4B1V A; 4CEB A; 1MA9 B; 2KHO A; 3SJH A; 1IH7 A; 2DFE A; 2O8E A; 5AFU H; 1XHZ A; 3P31 A; 4DU1 A; 3NVM A; 2VWJ A; 4JKC A; 3I55 N; 5FDL A; 4YOX A; 3VPZ A; 4CES A; 1NK0 A; 4YY3 K; 3AAQ A; 3HSC A; 1CZA N; 1IG9 A; 5HOO A; 5KQ8 A; 3CQX A; 1RBU A; 3GL1 A; 4R79 A; 3EE8 A; 1P8Z A; 4ELU A; 3ZX3 A; 3NMU A; 4DF8 A; 1JL1 A; 4FJ7 A; 3UB5 A; 1HR0 K; 1WN7 A; 5GIO A; 3E1Y A; 3O4N A; 4JI4 K; 4J2D A; 3NFA A; 2V51 B; 4QS9 A; 5GAG P; 1VRU A; 4RCH A; 3CFP A; 2NLX A; 4FWP A; 3R9P A; 1C6V A; 4NCB A; 1W9H A; 1NJY A; 3K5N A; 1HJO A; 2YHX A; 4OGE A; 1C0G A; 4WYB A; 1RT4 A; 1WLJ A; 3FZF A; 2NNW A; 4BG9 A; 2QWN A; 5J2P A; 1QHT A; 1W7A A; 4BR0 A; 4BRG A; 4DF4 A; 4B9V A; 1VQ7 N; 2O8F A; 4FVM A; 2YJE A; 3CET A; 4E1N A; 4JKF A; 3O9S A; 4IG3 A; 1J9A A; 2DPN A; 2QWM A; 3OYM A; 1XMO K; 2HF4 A; 2F9W A; 1NU0 A; 1TAU A; 2QW9 A; 4CJK A; 5M1F A; 4JD2 A; 4F2S A; 1GLD G; 2ZGZ A; 4CFA A; 4MLE A; 4AHR A; 4BRA A; 3RSE B; 4BRE A; 4DHY A; 1DTQ A; 3F9K A; 3G0Z A; 4Z4H A; 1JLQ A; 3E9P A; 3CCU N; 1S1X A; 2E6L A; 3QLH A; 1HNW K; 4C8O A; 4PKG A; 5EY4 A; 4F3T A; 2JGU A; 3MK6 A; 4Q0B A; 1WSI A; 1YVU A; 4OJR A; 3VQC A; 3ZT1 A; 3AVB A; 3JSM A; 4BE2 A; 3QNO A; 4YDU C; 3U8X A; 1WB9 A; 1IKX A; 3NF9 A; 2FBV A; 4EIA A; 3NF8 A; 3RMC A; 4KHQ A; 4AHU A; 4CEE A; 1IKW A; 5AJ3 K; 3CCR N; 1SQK A; 2F8T A; 3U9Z A; 5BR9 A; 4BDY A; 4YOV A; 3ULD A; 4IZ9 A; 3R6M A; 2PZS A; 2XRI A; 3H08 A; 3C65 A; 4CJW A; 5LJW A; 4RWT A; 5J2N A; 4TSX A; 3DLE A; 2NRH A; 2Q31 A; 2X6S A; 1H1V A; 1HPM A; 3SAH A; 3TR8 A; 2FSJ A; 4B8C A; 3CCQ N; 3VQ6 A; 2D5R A; 1ESV A; 3MWP A; 4F3O A; 4DR7 K; 1BCM A; 2G8F A; 1K8A O; 4L8R B; 3UKU A; 3VER A; 3O08 A; 3J81 O; 3OYD A; 1NGF A; 4E7H A; 3MEC A; 1EET A; 1LWC A; 3NGY A; 2FC0 A; 3L8B A; 1EXQ A; 1WAJ A; 4DSL A; 3D2F B; 4Y0W A; 3OYC A; 3KLI A; 3V9U A; 4H5W A; 4DLG A; 3NDK A; 2FSK A; 1NJZ A; 1K8K B; 3HK2 A; 3HP9 A; 1V4T A; 3NCI A; 4CBU A; 3NGI A; 2P9P B; 2IS3 A; 3HL8 A; 3OYG A; 1NKC A; 3O9U A; 1HKB A; 1Q7Y O; 4BGB A; 3DLB A; 4K41 A; 3VET A; 1RBS A; 4FJG A; 5JS2 A; 2RPI A; 4I6M A; 4EFH A; 4FJX A; 1F21 A; 4C23 A; 3NH1 A; 4CEO A; 1S1W A; 5JS1 A; 1N34 K; 4EZ6 A; 3PIP L; 5AZJ B; 3SAF A; 1RT7 A; 3LDO A; 1RGI A; 3VQD A; 3CMA N; 4CJ4 A; 4LF8 K; 1S72 N; 2HW3 A; 3VQ9 A; 4WF9 L; 4H4O A; 4RW8 A; 3KK7 A; 5BRE A; 3C7N B; 3EKU A; 3RMD A; 1IBL K; 4W5O A; 1NJW A; 3T3F A; 5GAH P; 3FGU A; 3PUF A; 4FWQ A; 4MDB A; 4BGA A; 3OTO K; 1BU6 O; 2VCP A; 4MLH A; 1LV5 A; 4IKF A; 2HBM A; 2BDP A; 5AZI A; 1L5U A; 1GOC A; 4GV9 A; 4HCC A; 2HND A; 1JLC A; 4AQY K; 2QWP A; 4CJQ A; 3ATV A; 2QM1 A; 1C0M A; 4CZL A; 4LH4 A; 3BDP A; 1TYQ A; 2HHU A; 4FLZ A; 4KHU A; 4LC9 B; 1R0A A; 2X78 A; 3K9K A; 1YI2 N; 4GV6 A; 3AVA A; 1NK7 A; 3D2E B; 4JKE A; 4FK2 A; 5AQK A; 3QO9 A; 2PYL A; 3O9Q A; 3MDQ A; 4XEI A; 3HYF A; 1IBM K; 2E2Q A; 3NH0 A; 1BI4 A; 4B08 A; 4F4K A; 1NOY A; 3ZT3 A; 3UIQ A; 4DMN A; 3M3Z A; 4JKD A; 2UU9 K; 1M1K O; 3U3Y A; 4CJ7 A; 1DTT A; 3FZK A; 3THX A; 1RT1 A; 2WOM A; 1QQC A; 4CEA A; 4FK0 A; 1KLM A; 3ZSW A; 2G8K A; 3WNG A; 2DTU A; 5CZ2 A; 1DKG D; 4HWI A; 1VSE A; 4JV5 K; 4FPA A; 4RW4 A; 5CHI A; 1WSG A; 5C24 A; 3MXM A; 4QCL A; 4M3X A; 3EZW A; 1BL3 A; 4B1X B; 2OYQ A; 4WFN L; 4LD0 A; 1KD1 O; 1Z05 A; 3LM9 A; 4DV6 K; 3HJF A; 3AO1 A; 3DLL L; 3E9O A; 1HNZ K; 3CF5 L; 3TSU A; 1T44 A; 3BGR A; 1XUP O; 3PIO L; 3IS9 A; 1T3V A; 4PA1 A; 2W41 A; 3O1B A; 4BC5 A; 5KGX A; 1KXP A; 4JNE A; 3KK2 A; 3SCX A; 1U04 A; 5KPT A; 2P5O A; 2HHT A; 1RBR A; 2P51 A; 4BC2 A; 2O8D B; 3AVK A; 1U2V A; 2ATQ A; 3AVI A; 4K8Z A; 2P9N B; 4N47 A; 2O8C B; 4B1Y B; 2EHG A; 1VK0 A; 2KQ2 A; 1DGK N; 3ZET A; 4BWJ A; 4Z4F A; 1RT6 A; 3KVG A; 5LL6 Z; 4JI3 K; 2DY4 A; 2QTD A; 5HBM A; 3TSQ A; 4H8K A; 1C0U A; 5TKW A; 4WQ5 A; 3CM6 A; 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1ZBH A; 4BRM A; 1BCO A; 3OVN A; 3THY A; 1RBT A; 3P5J A; 3DAW A; 5JVH L; 3T19 A; 3NF7 A; 3WNE A; 4HUG A; 2GX9 A; 1NGA A; 2A6A A; 1VSL A; 2DFH A; 2WBN A; 2UXC K; 1BGX T; 4GKJ K; 4KHW A; 5IWA K; 5AQU A; 4BE1 A; 5I9E B; 4KHP K; 4JAX A; 4PHT X; 4LF4 K; 4OX9 K; 4BC4 A; 4AHV A; 3AVH A; 4FZX C; 3EO3 A; 1SS6 A; 4CZM A; 5JMV A; 5KTQ A; 4YOW A; 4BVP A; 3S9H A; 2GBZ A; 3QML A; 2P9L B; 3WXL A; 4CBX A; 1X9S A; 1REV A; 4FJ5 A; 2HHQ A; 3TAG A; 1HNI A; 5DM7 L; 2HF3 A; 4A2B A; 4DTU A; 2OTL N; 4CJV A; 4UY8 O; 5DMR A; 3VF4 A; 3CCV N; 1RT2 A; 3A2F A; 1VSH A; 4IG0 A; 1VQ6 N; 3T1A A; 5BPN A; 3QER A; 4RW9 A; 3J7Y P; 4IFV A; 3D2F A; 3VQA A; 2LSN A; 4HUF A; 4AHS A; 3VQP A; 4O0J A; 4CGH A; 3NE6 A; 4DR3 K; 1HYV A; 1W97 L; 1IBK K; 4E3S A; 1K8K A; 4LH5 A; 3SPZ A; 1IKY A; 1RDW X; 3T7Z A; 4EP5 A; 3UE5 A; 4JI2 K; 3OY9 A; 2GWK A; 1RBV A; 2RN2 A; 2KTQ A; 4JKB A; 5JVG L; 1VRT A; 3ZX2 A; 5AQX A; 3FZH A; 1SL2 A; 3L4Q A; 3OYJ A; 5GIN A; 1X9W A; 4E19 A; 1LWE A; 1BQN A; 4IJA A; 3DLR A; 3O80 A; 4FWM A; 4JKH A; 4B3O A; 4YNQ A; 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