2UYTA

Structure of l-rhamnulose kinase in complex with adp and beta-l- rhamnulose.
Total Genus 172
50100150200250300350400450050100150
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
479
structure length
479
Chain Sequence
TFRNCVAVDLGASSGRVMLARYERECRSLTLREIHRFNNGLHSQNGYVTWDVDSLESAIRLGLNKVCAAGIAIDSIGIDTWGVDFVLLDQQGQRVGLPVAYRDSRTNGLMAQAQQQLGKRDIYQRSGIQFLPFNTLYQLRALTEQQPELIPHIAHALLMPDYFSYRLTGKMNWEYTNATTTQLVNINSDDWDESLLAWSGANKAWFGRPTHPGNVIGHWICPQGNEIPVVAVASHDTASAVIASPLNGSRAAYLSSGTWSLMGFESQTPFTNDTALAANITNEGGAEGRYRVLKNIMGLWLLQRVLQERQINDLPALIAATQALPACRFIINPNDDRFINPDEMCSEIQAACREMAQPIPESDAELARCIFDSLALLYADVLHELAQLRGEDFSQLHIVGGGCQNTLLNQLCADACGIRVIAGPVEASTLGNIGIQLMTLDELNNVDDFRQVVSTTANLTTFTPNPDSEIAHYVALIHS
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli bl21(de3)
publication title Substrate Spectrum of L-Rhamnulose Kinase Related to Models Derived from Two Ternary Complex Structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RHAMNULOKINASE
total genus 172
structure length 479
sequence length 479
ec nomenclature ec 2.7.1.5: Rhamnulokinase.
pdb deposition date 2007-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2uytA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2uytA02
3ZX2A 1T6DA 4J8FA 4B1YB 2GTDA 3LM2A 5FPDA 4BR4A 3A8YA 2KHOA 3O80A 1WOQA 3C7NB 3QBXA 1KAZA 4RWTA 5EVZA 3UE5A 4BC2A 4B1UB 1R59O 2Q97A 1NGDA 1E4FT 5AZIB 4GNIA 4BQLA 1YUWA 1CZAN 3KVGA 1J6ZA 4CZKA 5E84A 5AZJB 4JD2A 4C23A 4MLEA 4M63C 3CJBA 2YHWA 2QWMA 3A5OC 2P9KA 3CJ7A 1C0GA 1QHAA 1GLAG 3CETA 3MCPA 4XH5A 4HTLA 1TYQB 3AAPA 3FGUA 4IWVA 5AQMA 4FWKA 2CGJA 3AY9A 5AR0A 2YHXA 4K25A 1T6CA 2WUSA 3O4WA 1GLCG 3LL3A 3O08A 3RSEB 4O8KA 3ZEUB 5TKYA 5BPMA 5LJWA 2J4RA 1TUYA 1T44A 1NGGA 3UKRB 4CJ7A 3ATVA 4CBXA 3VGLA 5BR9A 3U9DA 1KAXA 1S3XA 4Y0WA 1NGCA 4B1VA 2P9NB 3HZ6A 1NGHA 3H3OB 2IVNA 4H0TB 3VF4A 4CZLA 4BR2A 3FZMA 2Q31A 5BPNA 3WUHA 1V4SA 3QFPA 4CD1A 1NGEA 1NGAA 3KZBA 3WEEA 3B8AX 2E2QA 2A6AA 3QICA 1SZ2A 1KXPA 2NLXA 1DGKN 3EKUA 4JN4A 2FF6A 1D4XA 3FZLA 3SK3A 4BC5A 5AQWA 4HWIA 5AQJA 4EHTA 1XUPO 3TPQA 3H1VX 3SLCA 3ATUA 5AQZA 1HKBA 3D2FB 3ULEB 1U2VA 1NGIA 4ISEA 4CZMA 3VEXA 2GELA 3ZETA 1BWFO 3VERA 4YDUA 3R6MA 3MN9A 2P9LA 2YHYA 3O6WA 3CERA 2Q2RA 2HF3A 3FZKA 4JHDA 4BRHA 4AM6A 3VGMA 3DXKB 3WXLA 4E1JA 1GLBG 2E2OA 4YDUC 1DKGD 2CGKA 2V51B 2QWNA 4MLHA 4FO0A 3AARA 2E20A 1IJJA 3FLCO 4DB3A 2ASMA 5AQSA 1X3MA 5JLHA 3FE1A 3CQYA 1K8KA 4QS8A 3W3DA 1QZ5A 4F9OA 1P8ZA 3FFKB 2VYPA 4BROA 3O1BA 4BRFA 2PBDA 4JNEA 3DAWA 3ZX0A 2ZWHA 5BPLA 3LDOA 2DPNA 2ZGZA 2QW9A 3VPZA 3A0IX 3M6GA 5AQVA 4XH1A 3DXMA 3EN9A 3FR0A 2D4WA 3G25A 5E26A 2P9SA 4M7YA 1XC3A 3JXUA 4FSVA 3IMXA 4MO5A 5AQUA 2CH5A 1YVNA 3CJCA 3CHWA 1ZC6A 1E4GT 3GDQA 4ISFA 2F9TA 2Q1NA 4I6MB 1HPMA 4FWPA 5AQGA 5FPMA 4CZHA 4FWMA 2V7ZA 4H0VB 4CZIA 3BEXA 4EHUA 3I8BA 5BN9A 2QWPA 4IJNA 4BVOA 2FXUA 4QS9A 3A5LC 1LOTB 2Q0RA 3SMPA 4BRCA 5FPNA 4BG8A 4EIAA 5AZIA 1HLUA 4JD2B 1ATSA 3H46O 4H5VA 1Z05A 3ENOA 5AQFA 2GUPA 3JS6A 5AQNA 1DEJA 3U9ZA 3C0BA 4PKGA 4IJAA 4CD3A 3VETA 2CGLA 1SAZA 1X3NA 1NM1A 3MK6A 4H0XB 4FWNA 2D0PA 5JLFA 2QM1A 3GBTA 4XH4A 4FPBA 1NGBA 4B1ZA 1BUPA 1GLFO 4GY2B 2A5XA 4BR5A 5F2RA 2P9PB 1TYQA 3GE1A 3GG4A 1BA1A 1X9JA 2P9UA 2HMPA 3BP8A 4M7XA 5EY4A 4PL8A 3VEWA 4AM7A 5KQ8A 3L4IA 1QQNA 5ADXH 1BA0A 4CZEA 5BN8A 5AQXA 1YXQA 3VF6A 3H3NO 4DHYA 3LDLA 3VENA 5AQTA 1ZXOA 2P9IA 2BTFA 4DQ8A 2ASOA 2HF4A 4KBOA 2OANA 3H6EA 5FPEA 2I7NA 3P4IA 3WQTA 3M1FA 2YI1A 1ATRA 3WEEB 4BRGA 4FOEA 3UKUB 5ADXA 2ITMA 3IFRA 4A62A 4WQ5A 2YJEA 3MN5A 3DWLA 1TUUA 2FSKA 5ELZA 3CQXA 1JCGA 4EAHD 4WQ5C 1NWKA 2QWLA 4A2BA 2V7YA 4BRNA 4CBUA 2E2NA 5I9EB 2HOEA 2UYTA 3GL1A 5AQKA 1IG8A 3VEVA 3HSCA 4BREA 3BF3A 1S22A 3ULEA 4BC3A 4FWLA 4BRQA 3LM9A 2A3ZA 3MN7A 4WYBA 1JCEA 2QWRA 4H5TA 2F9WA 2ZF5O 3U4LA 3U8XA 4CI6A 1QZ6A 5AQRA 3WXKA 5KPZA 2YJFA 5AFUH 3H1QA 1Y64A 4PKHA 3EKSA 1MDUB 4K41A 4B9QA 1NGJA 1GLLO 4L3QA 1BU6O 4BRAA 3FZHA 4H03B 1HJOA 3UB5A 3LDQA 2YCHA 1YAGA 4RTFD 4BR9A 5F1XA 4ISGA 4FPAA 2CH6A 4FWSA 1Q18A 3D2EA 3LDNA 3CJAA 2A41A 5AFUA 5KPTA 1SQKA 3MDQA 4MO4A 2IVPA 4JAXA 3C7NA 1OKJA 2EWSA 3HM8A 4O5FA 1HX1A 5EXWA 4CZFA 4H0YB 5AQHA 3ENHA 4I6MA 2GWJA 2E88A 5LJVA 2VWBA 5AZJA 2P9KB 2GEMA 2AP1A 5KPRA 3VOVA 3DJCA 4BC4A 4H0PA 4EFHA 3HBTA 3QMLA 4WQ4A 3FZFA 2FSJA 2IVOA 3QB0A 4BGAA 2IIRA 3QDKA 3W0LA 3IDHA 1G99A 3CJ1A 3ID8A 4XEIA 4BRPA 1BO5O 4WQ4C 1BDGA 4K43A 2ASPA 2W40A 1WUAA 1NLVA 3EO3A 1MA9B 4CZGA 2Q0UA 5F0XA 3M3ZA 3WXJA 3I33A 2Q36A 1NGFA 1LCUA 2P9UB 2NZTA 2P9PA 4BGBA 1V4TA 3BF1A 1ZBSA 4B1WB 4BRKA 3RSEA 3ZEUA 2PAVA 4H5WA 3MN6A 1ATNA 5AQOA 1GLEG 3J8AA 2I7PA 3F9MA 4FWQA 3LDPA 3IUCA 3UKRA 5EOYA 1GLDG 3EL2A 3WT0A 1JCFA 1EQYA 2V52B 2P9NA 4A2AA 2AA4A 2H3GX 1U6ZA 4BG9A 1HKGA 4BRDA 2P9IB 3H45C 4IXCA 4H5NA 4PKIA 3S41A 4BQZA 4FOIA 5CE3A 1QQOA 3VGKA 3ZX3A 5JMVA 3WQUA 5BRDA 2QWOA 5AQLA 4BRMA 5KQDA 5AQQA 3VEOA 5B8HA 1RFQA 3KHYA 3O8MA 4H5RA 4PL7A 3CIPA 3VF2A 2FLOA 4BRIA 4NO7A 3CI5A 3HTVA 3GOIA 4Z94A 5LY3A 1RDWX 2QWQA 4BR0A 4NB4A 1ESVA 4BR7A 3R9PA 5BREA 3UKUA 1BG3A 1U2VB 2A40A 3L6QA 4CZJA 1C0FA 1MWKA 2D0OA 2GWKA 3HI0A 3O1WA 2VCPA 5AQYA 4IO8A 4FWRA 3ZETB 4CBWA 4FWOA 1BOTO 3D2FA 2BUPA 2P9LB 3AAQA 4H0OA 3R8EA 3SJHA 2NRHA 1Z6RA 3WXIA 2E1YA 2QXLA 4JHDB 3QBWA 1HKCA 5AQIA 3VEYA 3SMSA 3DXKA 1NBWA 4K42A 5BRFA 1RGIA 5AQPA 3TU5A 2A42A 5BRHA 4BVPA 1KAYA 2ZGYA 1K8KB 1QQMA 4FL9A 3L0QA 4B1XB 4A61A 1HUXA 1XQSC 4QS7A 1H1VA 1NMDA 1GLJO 3QFUA 2FF3B 2W41A 3VEZA 3CJ9A 4LC9B 3BUZB 2D1KA 3DXMB 4RCHA 5EX5A 1MWMA 2P9SB 3VESA 4DCHA 3MMVA 2E2PA 3EZWA 2FSNA 3A5MC 3O5BA 5JICA 3OHRA 3D7EO 4BRLA 3A5NC 2E1ZA 2E8AA 3D2EB 4IZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NKCA 5D3GA 4J8FA 4B1YB 5FPDA 3ZYYX 4PWDA 1RDUA 4BR4A 3A8YA 1HRHA 1WOQA 3C7NB 3MEDA 4AHVA 5EVZA 3E9PA 3K9KA 1QSYA 4GV9A 4JI0K 3HVTA 4KHYA 1NGDA 1VSDA 3M8PA 3ZSVA 1Y97A 4GNIA 1B9FA 4BQLA 4ELUA 4CZKA 3SI6A 5E84A 4YORA 4DTSA 1YTUA 5DK5A 4CESA 4FLZA 2UUCK 2O8BA 4M63C 3CJBA 2UXBK 3U6FA 2QWMA 3T1AA 3A5OC 3F5TA 3CJ7A 3KIOA 1QHAA 4HTLA 3HM9A 1TYQB 3OBWA 3ZSXA 3L4QA 1JL2A 3FGUA 3DLBA 5AQMA 4NXMK 4DV7K 1Q9YA 4DTJA 3PX0A 1TKTA 2WUSA 1VRTA 3ZEUB 4B9NA 4DFKA 3K0SA 3G71N 2FBVA 1T44A 2YHBA 4JI1K 3VGLA 1KAXA 3NF7A 4EP5A 1QVFM 3E01A 4LF8K 3ENBA 1REVA 1VSKA 4HVJA 3CD6N 3WUHA 4CFCA 3NFAA 3AA3A 3QFPA 1HR0K 2O4GA 1RT4A 4NXNK 1NGAA 4M41A 2E2QA 4KTQA 2NLXA 1DGKN 4DTNA 1D4XA 3MECA 2ZJRL 3PO5A 4GVEA 5I3UA 5AQJA 3LAKA 1W97L 1ASWA 3AVJA 1RTDA 3H1VX 4LH4A 3HP6A 5AQZA 1HKBA 3KLIA 3THVA 3ULEB 2ZM6K 4ISEA 2XY8A 4MQ3A 3VEXA 4JKGA 3ZETA 4H4OA 1BQNA 1NJIO 3CERA 3KKSA 4E7KA 2HHUA 3WNGA 3V9SA 4LF7K 3DRPA 3NVKA 4CJSA 2E2OA 3OS2A 3OTOK 4IBNA 4M3YA 2O8FA 2WTUA 2ASMA 2XO7A 3NF9A 2OZMA 2HHWA 4DFPA 4IOCL 1K8KA 4OKJA 4QS8A 4E1NA 4FLWA 2G8VA 1FJGK 1P8ZA 3FFKB 4JK8A 2VYPA 1RBRA 4NYFA 4HTUA 2QKKA 3S3MA 2PBDA 3DAWA 3O4NA 2D0CA 4O0IA 2JGUA 2ZGZA 2QW9A 3NH0A 1VQ5N 3J7AP 2OPQA 3DXMA 3FR0A 4MFBA 2P9SA 3NVMA 3OS0A 2NRWA 3WXMB 4NCGA 4I9QA 4E1MA 1ZC6A 3CFPA 2OTJN 5FPMA 1HYSA 3O9UA 4CZIA 4EHUA 2B4JA 3I8BA 4DKWA 2NNWA 1M1KO 3TI0A 4QS9A 1Q7YO 1LOTB 5FPNA 4DR7K 1ATSA 2IDOA 2QI2A 3ENOA 4OJRA 1DEJA 3U9ZA 4PKGA 1OH5A 3VETA 3TR8A 1SAZA 1X3NA 3VQ4A 4XH4A 4JKHA 4IG3A 3EY1A 3LP1A 3DOLA 2A5XA 1JXBA 2HBLA 1WSHA 2PYJA 3OYCA 2E5LK 3EZ5A 3RVCA 1YHQN 3HRGA 4JI3K 3OYEA 1BI4B 1FXXA 3BP8A 4M7XA 3K57A 4I9LA 5IT9O 4W5OA 2G8WA 5H1SQ 1QQNA 4ILHA 4LFBK 3THWA 5ADXH 3VQDA 1NK4A 3K5MA 5BN8A 4JRPA 5AQXA 4DU3A 3F73A 1KVBA 1RT2A 2P1JA 2BTFA 1OVQA 1KLMA 1YIJN 1RDAA 4KBOA 5FPEA 1OH8A 1IV0A 3WQTA 4F3TA 2YI1A 1ATRA 3WEEB 1WSGA 4CJQA 4KHPK 4LF9K 1N36K 3UKUB 5CYMA 1VQON 3J7YP 4WE1A 4WQ5A 4CEFA 3VN5A 5LMUK 4N5SA 1T05A 2ATQA 2GV9A 3SPYA 3CQXA 1IBKK 3OYFA 4O0JA 1XMQK 3TSQA 5CY4A 1WAFA 1D9DA 5FRMA 2V7YA 3AGRA 4BRNA 1EXQA 5I9EB 2UYTA 3VEVA 4BC3A 1SUQA 4FWLA 3U3YA 2A3ZA 2W6KA 1BISA 1JCEA 4DR4K 1NMNA 2ZF5O 4CGFA 3CYMA 3G10A 3I0RA 5KPZA 1YJ9N 1HNIA 5AFUH 4PKHA 4Z4IA 3EKSA 1MDUB 3AO3A 1X9WA 3P39A 1SL0A 1NJWA 1BU6O 3SJJA 3M8SA 2GX9A 4FJIA 1K6YA 3ITHA 3FZHA 5FDLA 1HJOA 3UB5A 3LDQA 4Z4FA 2NRTA 4HUFA 1YAGA 4CCHA 2E4LA 5F1XA 3E1YA 3D2EA 4QOZB 1S6QA 4CEAA 2QA4N 1RDCA 3HO1A 1WNSA 2ZQBA 3DRRA 3P5JA 4KB1A 1YI2N 3C7NA 3VQ9A 2FC0A 2HHHK 2KKZA 1BHLA 4CVNE 4LF5K 1MU2A 3BZCA 5HBMA 1X9SA 4I6MA 4DQIA 2O8BB 1A5XA 3TAGA 1NU0A 2VWBA 5HL7L 3ALYA 5KPRA 3VOVA 4BC4A 3LP3A 4EFHA 2Z1GA 4R79A 2HBMA 3FZFA 4E7IA 3O4QA 3QB0A 4X65K 4FJ9A 4G9ZA 2KZZA 3IDHA 1G99A 3CJ1A 3N4PA 3OYBA 4DMNA 3QLHA 3ZT0A 2X6NA 4KFBA 1NLVA 2Q0UA 2PYLA 2HHSA 4CF0A 4CIGA 4B9TA 4NCBA 3Q7BA 1RCHA 4BGBA 1V4TA 4I7FA 4BRKA 4CK1A 4KHUA 4KREA 3ZEUA 4H5WA 1ATNA 4M3ZA 3J8AA 4JYAK 2I7PA 4DQQA 1M90O 1QSSA 3NE6A 1X9MA 3MXJA 4CEEA 4B3MK 4IFYA 2AA4A 1D9FA 3SZ2A 3AVCA 1J53A 3CCUN 3H45C 4Z4HA 4RW6A 3KLEA 3HK2A 4JKEA 3VGKA 3ZX3A 2LSNA 2ZJQL 3RMBA 3KD5E 5B8HA 3AVLA 3JAMO 4V19S 3CI5A 1SS6A 5AJ3K 4Z94A 3OYIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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