2W40A

Crystal structure of plasmodium falciparum glycerol kinase with bound glycerol
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
MNVILSIDQSTQSTKVFFYDEELNIVHSNNLNHEQKCLKPGWYEHDPIEIMTNLYNLMNEGIKVLKDKYTSVIIKCIGITNQRETVIIWDRITGKPLYNAIVWLDTRVEELVTEFSAKYNNNDIQKKTGTYFNTYFSAFKILWLIQNNPEIKQKIDDGTAVIGNINTWLIFNLTKGNCYTDVTNASRTLLMDINTLQWDEKMCKIFNITNMSVLPEIKSNCSNFGLVKSEHVPDYLNIPITGCIGDQQSACIGQAIFDEGEAKCTYGTGVFLLINTGEKVVYSTCGLITTICYKFNDNDKPKYALEGSIGTAGSGVSWLLKNKLIDDPSEASDIMEKCENTTGVIFVPAFSGLYAPRWRSDARASIYGMTFNTERSHIVRALLEGIAFQLNEIVDSLTSDMGIEMLHVLRCDGGMTKNKPFMQFNSDIINTKIEVSKYKEVTSLGAAVLAGLEVKIWDSLDSVKSLLRRSDAVFHSKMDDKKRKKKTSEWNKAVERTLIQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Non-Essential Function of Glycerol Kinase in Plasmodium Falciparum Blood Stages.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCEROL KINASE, PUTATIVE
molecule tags Transferase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 198
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A01
4H0TB 5BN8A 4H0VB 3L6QA 4BRPA 5F0XA 1XUPO 4FWSA 4B9QA 4YDUA 2YI1A 4WQ5C 3SMSA 3H45C 1K8KB 1QQNA 5AQUA 1HKCA 4NO7A 1BU6O 1T6DA 3HTVA 2P9SA 2BTFA 5JICA 3QMLA 3A5MC 4BQZA 2QWPA 5AQNA 1NGGA 3WEEB 1XC3A 4BROA 4PKGA 2E20A 5AQPA 4FWMA 4BRNA 2W40A 4IZ9A 4CZMA 3EKUA 2IVOA 3S41A 2P9LB 3VESA 3D2EB 4CI6A 4PL7A 4BR4A 2P9UB 3O5BA 4MO5A 3CQYA 3M6GA 4MO4A 2QW9A 2QWLA 3BF3A 1GLAG 1V4TA 4FO0A 4H03B 4A2AA 4ISFA 3VF2A 2Q1NA 3MMVA 1JCFA 3ZX2A 3EO3A 4PKHA 1S3XA 2P9IA 5BR9A 2ZWHA 4BREA 3L4IA 4BC2A 4BRCA 4BRKA 2CGLA 3R6MA 4LC9B 2YHYA 3IFRA 3FR0A 1GLCG 2IVPA 3VEVA 2CGKA 4BRGA 1BA0A 5AZJB 2I7PA 2QWNA 5B8HA 4CBUA 5AQFA 3LDNA 2A5XA 2V7ZA 3CHWA 3GL1A 2E2PA 5E26A 4BVPA 4RTFD 2P9SB 1HUXA 2FSKA 3GOIA 1NM1A 5KPTA 2VYPA 2FXUA 3HBTA 1NBWA 3H1VX 1C0GA 1C0FA 1G99A 2IVNA 4C23A 5EX5A 3J8AA 2GELA 3CERA 2D1KA 3C7NA 2J4RA 3ZX3A 4DHYA 1ZC6A 2HMPA 3D2FA 5EY4A 1QZ6A 1MA9B 3HZ6A 4BRAA 4M7YA 1J6ZA 2A42A 5AQXA 4Z94A 3R8EA 1X3MA 3EL2A 5KPZA 2E1YA 2UYTA 3O1BA 2P9IB 2FSJA 4WQ5A 4F9OA 1NGFA 4BRIA 2GUPA 3GDQA 5AQRA 5BRDA 1ATSA 1NWKA 1NLVA 4FWOA 1T6CA 3H3OB 1MDUB 4MLEA 3H1QA 3GE1A 1OKJA 3A8YA 4EFHA 4HWIA 4CZIA 3QFPA 3VEXA 1IG8A 1R59O 4K25A 1GLEG 1LOTB 5LY3A 3MK6A 4BG9A 4BR2A 4FOEA 3ZETA 4FSVA 4FPAA 3VENA 5LJWA 5BRHA 3FE1A 3SJHA 2NRHA 3O8MA 2ITMA 4FWKA 2YHXA 3M1FA 3D2FB 1U6ZA 4CBWA 1Y64A 2CH6A 4E1JA 1GLLO 3BP8A 3LDPA 3SMPA 4H5TA 4M63C 5AQYA 4H0PA 3BUZB 3W0LA 4PL8A 3VETA 2E8AA 2E2OA 3A5OC 3OHRA 3AAQA 5KQ8A 4KBOA 4CD1A 4A62A 3DWLA 4XH1A 4BR7A 2YHWA 2V51B 5AQVA 3ULEA 1NGHA 3LL3A 4B1UB 3A5LC 3VEYA 3FZLA 2V7YA 2P9KA 5E84A 1NGAA 4K43A 3ENOA 4BC3A 4CZJA 5AQHA 4CBXA 1NGCA 3WUHA 1WUAA 1JCEA 1NGBA 1NGEA 3R9PA 2ASOA 2EWSA 1NGIA 1KAZA 5AFUA 3MN5A 4BR0A 4CD3A 4CZEA 2ZGYA 1HKBA 2ZF5O 2ASMA 4H5RA 5FPNA 3FZMA 3O4WA 4B1XB 1TYQA 2PAVA 3VPZA 1ZXOA 3QICA 3ZEUA 1Q18A 5JMVA 3ENHA 1MWKA 4CZGA 1RFQA 4Y0WA 3UKUA 2D0PA 4H0OA 3CJCA 2P9NA 5EOYA 3WXKA 1DGKN 1V4SA 1ESVA 5AQKA 2HF4A 1DEJA 2F9TA 3M3ZA 4H5NA 3U8XA 1SZ2A 3EN9A 4FWRA 4NB4A 3I8BA 3CETA 2IIRA 1X9JA 2E1ZA 4WQ4A 4BRDA 3DXKA 4CZLA 3JXUA 3O08A 1MWMA 5JLHA 3GBTA 2FLOA 2FSNA 3D7EO 5ELZA 2KHOA 3O6WA 2P9KB 1EQYA 2Q36A 3LM2A 3LDQA 4FWPA 2A40A 4HTLA 3EZWA 4K42A 5AQTA 4O5FA 5BREA 5F1XA 3O1WA 4I6MA 2HOEA 3ATVA 4FOIA 4B1WB 4EIAA 1JCGA 2YJFA 3VOVA 4BGAA 2QWOA 2QWRA 2A41A 2A3ZA 4IXCA 2BUPA 3KVGA 3FGUA 3UKRA 2ASPA 2AA4A 2I7NA 3VF6A 4QS9A 4H0YB 3UKUB 3IDHA 2GEMA 4RWTA 3MDQA 3HI0A 2P9NB 1RGIA 5KPRA 4H0XB 5AQJA 4O8KA 5EXWA 4FWLA 3CJAA 1RDWX 3F9MA 1GLFO 3FLCO 4WQ4C 3VEWA 5FPEA 3EKSA 5AQQA 2QXLA 4EHTA 3ZX0A 4EAHD 1HJOA 4BRFA 3DXKB 4JHDA 5FPDA 1D4XA 2QWMA 3KZBA 5TKYA 1ZBSA 2E2NA 5AQIA 3QBXA 3U4LA 3VGKA 2FF3B 3G25A 1WOQA 5AQOA 5BRFA 1Z6RA 2H3GX 3C7NB 3DJCA 3A0IX 3LDOA 2D4WA 3WXJA 2P9LA 3B8AX 4I6MB 2QWQA 1YXQA 1DKGD 4RCHA 3BEXA 4IJAA 2WUSA 4BRQA 1P8ZA 5AQZA 4FWQA 2NZTA 1BA1A 4L3QA 3CJBA 3UKRB 2CGJA 1SQKA 4A61A 4M7XA 5I9EB 3C0BA 3VERA 4BR9A 4XH5A 1IJJA 2YCHA 5AR0A 2GWKA 1BUPA 1ATNA 3LM9A 3QB0A 4B1YB 4ISGA 1BOTO 5AQLA 5AZJA 3H6EA 4JN4A 3VEZA 5ADXH 1NGJA 4BG8A 1KXPA 3SLCA 3QBWA 4FPBA 3AY9A 1QQMA 1BDGA 4BC5A 4DB3A 2Q31A 4JD2A 4B1ZA 2OANA 1HKGA 4JHDB 4H5WA 3WXLA 3MN7A 3ZETB 1NGDA 3DXMA 3VEOA 4GY2B 1QQOA 4BVOA 4EHUA 4GNIA 3GG4A 2Q2RA 3CI5A 1GLJO 3W3DA 2NLXA 3AAPA 4IJNA 5BN9A 1H1VA 5F2RA 3UE5A 1CZAN 3WT0A 4AM7A 2Q97A 2FF6A 3O80A 3CJ7A 1QHAA 5KQDA 1U2VA 2QM1A 3DAWA 4K41A 3RSEA 4IO8A 3MCPA 3L0QA 5AQSA 5LJVA 2W41A 2D0OA 3UB5A 1HPMA 3ULEB 2V52B 2A6AA 3IMXA 1Z05A 3QFUA 4YDUC 4XH4A 4BC4A 3WQTA 1ATRA 2P9PA 2Q0UA 2YJEA 4MLHA 3CJ9A 3WQUA 5AZIA 1SAZA 1NMDA 2GTDA 3FZKA 5FPMA 5BPNA 2VCPA 2DPNA 1HX1A 3P4IA 4JD2B 4J8FA 3U9ZA 1KAYA 1TUYA 1BO5O 1XQSC 5BPLA 1TYQB 4BR5A 5BPMA 3DXMB 5AQMA 3ZEUB 2HF3A 3IUCA 4H5VA 4BRHA 1E4FT 5AFUH 1LCUA 5AQWA 4BRMA 4CZHA 1YVNA 3VGLA 4B1VA 4FWNA 3TPQA 4FL9A 3HSCA 3AARA 3CIPA 3JS6A 4QS7A 2F9WA 1TUUA 4WYBA 4XEIA 4JAXA 2GWJA 1X3NA 1U2VB 5CE3A 3MN6A 3RSEB 2CH5A 4ISEA 4DQ8A 1K8KA 3A5NC 3WXIA 1BWFO 2PBDA 2AP1A 1S22A 4PKIA 2E2QA 5JLFA 3TU5A 4JNEA 5ADXA 5AQGA 3CJ1A 3KHYA 3SK3A 3FFKB 3I33A 3MN9A 3WEEA 4IWVA 3H3NO 3FZHA 4AM6A 1GLDG 2ZGZA 3U9DA 2P9PB 4A2BA 4QS8A 1HLUA 5AZIB 3D2EA 2E88A 2P9UA 1BG3A 3LDLA 4CJ7A 1GLBG 1E4GT 2VWBA 1KAXA 4CZFA 4BQLA 3BF1A 1QZ5A 1T44A 3HM8A 3ID8A 4DCHA 2Q0RA 3QDKA 1YAGA 3VF4A 3CQXA 1YUWA 3FZFA 3H46O 4CZKA 3VGMA 5EVZA 3ATUA 4BRLA 4BGBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NXNK 3L6QA 5F0XA 4FWSA 1J9AA 1REVA 4WQ5C 4CJ5A 4JK8A 1BU6O 1DLOA 2P9SA 3S3NA 2XY5A 3V9XA 2P51A 4CHYA 1TL1A 4BQZA 1EP4A 5AQNA 5SZTA 5GIOA 4DSJA 1XC3A 4PKGA 2E20A 1HPZA 4FWMA 3K57A 2VGMA 2YX6A 4IZ9A 4O8UA 4B9LA 3VESA 4WF9L 4FLUA 2P9UB 3O5BA 3EYZA 4MO5A 4KI6A 2QW9A 2QWLA 1GLAG 4H03B 4Z4IA 4A2AA 4BDZA 4CW7B 3AO1A 4JKHA 3MMVA 1JCFA 2BH1A 2P9IA 4EZ9A 3RMCA 5JVHL 2CGLA 3R6MA 4JI2K 1B9DA 3HSTB 4DWIA 1HQEA 1GLCG 2IVPA 4JRPA 3THYA 4GW6A 4W5RA 5AZJB 2QWNA 3F2KA 4ICLA 1JLAA 3KD5E 3CD6N 4PWDA 4BVPA 3L2UA 1HUXA 2FSKA 2W6LA 4HVJA 1NM1A 4CGIA 5KPTA 3HBTA 3SUQA 3MEDA 3QIOA 1C0FA 2IVNA 3TAEA 4DR2K 3TSQA 2GELA 4DUZK 1U48A 4DG1A 4OPAA 4M42A 4CHZA 3SCXA 3A2FA 4CEFA 1DT9A 4B9MA 3AVCA 1BI4A 3LZJA 4DKWA 3KWGA 5AQXA 4Z94A 3EL2A 2E1YA 2IC3A 4M3ZA 2FSJA 3L3VA 3AO3A 3KD1E 2QXFA 4FLZA 2WBNA 1I3AA 2HBLA 2W6KA 4CESA 4DTRA 3GE1A 4DS5A 3LPTA 4K25A 3ZT1A 1LW2A 3OJUA 4OKKA 4BG9A 4CE9A 3ZETA 1UAXA 3NGIA 3V9WA 2UXDK 3VQQA 3LZIA 4DF4A 3D45A 4DLGA 1HJRA 2HBMA 2ITMA 4N76A 3F9KA 1BHLA 3BGRA 4OKEA 3ZT0A 4CGHA 1EO1A 1VSFA 2KKZA 3LDPA 1I39A 3LAMA 5C2FA 1MU2A 4CJTA 4J2DA 1S9GA 3AAQA 3AVJA 3ZSWA 1EWQA 4A62A 2V51B 3HVRA 3LL3A 1RBRA 2UXCK 3CYMA 3FZLA 4IFYA 2P9KA 4KAZA 5E84A 4K43A 2ITGA 3ENOA 4CBXA 3LP2A 1KCFA 3WUHA 4KRFA 2D0BA 4K8XA 1FW6A 3RR8A 2YNGA 3MN5A 4YOXA 4CZEA 1ASWA 4CFBA 1JKHA 5FPNA 3KK3A 4DR4K 4M3RA 3QINA 1ZXOA 1UA0A 2NRZA 2P9NA 3SV3A 1ESVA 4JKAA 1DEJA 3M3ZA 2QEXN 1SZ2A 3LAKA 3SQ1A 1NG9A 1R0AA 2ZQBA 3OYMA 2WFBA 4O5BA 1S6PA 4CGGA 3OW2M 5CR4A 3O08A 1MWMA 3GBTA 5J2PA 2DFEA 4KTZA 3D7EO 2OZSA 3THVA 4DR3K 4CK3A 2QI2A 3EZWA 5AQTA 4B1WB 2YJFA 3SPYA 3OYKA 1N6QA 3CQ8A 2QWOA 2F4VK 4IXCA 5M1FA 1ZBHA 3PY8A 3D0PA 3UKRA 3WNHA 3LWMA 5T7BA 4U67L 3TAQA 3HP9A 1N34K 3UKUB 4NYNA 3MDQA 3HI0A 4H4MA 3L2RA 1EKEA 3I0SA 4O8KA 4AQYK 1YJNN 4IG3A 5EXWA 4X66K 3E9PA 4E1NA 3L4QA 3HJFA 3MEGA 2RF2A 2KZMA 4NCAA 4CHNA 4BWMA 3AVNA 2QXLA 1IKWA 4EHTA 2OCEA 4GKKK 2Z1JA 3KLEA 4JS4A 5HRNA 2QWMA 1BCMA 5TKYA 1ZBSA 4Z4FA 2E2NA 3N4PA 4KHQA 3QBXA 3U4LA 4FYDA 3G25A 5LL6Z 3T19A 3DJCA 4WFBL 4DFJA 3A0IX 4AHSA 3PSIA 1J5OA 3I0RA 1YXQA 3LP0A 3WNGA 5IT9O 4RCHA 3BEXA 4IJAA 1WSJA 3KLHA 4BRQA 5LMUK 3M8SA 4L3QA 1T05A 4DR5K 2YNIA 4FCYA 1S1TA 1SQKA 1XNRK 4O4GA 2PY5A 1CZBA 1OH7A 3VA0A 2GWKA 2VG7A 5GAEP 2O8EA 3LM9A 5HL7L 3NE6A 4ISGA 5AQLA 3WXMB 5AZJA 3TANA 1NJWA 1NGJA 1ZBIA 4KB0A 1QQMA 1Q81O 4KHUA 4JD2A 1SUQA 4B1ZA 4YNQA 3WXLA 1NGDA 4CIEA 3VEOA 3RRGA 5DK5A 4IOXA 4EHUA 3AVHA 4JKGA 2FBVA 2E5LK 4Z0UA 3QEVA 2VWKA 3V4IA 4IJNA 1RBVA 3K9JA 2YV0X 4PHTX 3WT0A 4AM7A 4B3TK 3O80A 1QHAA 5KGWA 1U2VA 2QA4N 3SJJA 2QM1A 1XMQK 4E89A 4IO8A 4A57A 3OBWA 3L0QA 3NH1A 1QQCA 3UB5A 4YOUA 1HPMA 1YJ9N 1NJIO 1TGOA 1Z05A 2RN2A 3G10A 3NDKA 3IKMA 3SZ2A 1ATRA 1QVFM 3CM6A 4ELTA 3JAMO 3I8DA 4CF8A 4CHPA 1Q8IA 5BPNA 4M3UA 2VCPA 4C8KA 4J8FA 4DQIA 4FJJA 3U9ZA 4BWJA 1BO5O 1XQSC 5BPLA 1TYQB 3AO4A 3DXMB 4AF1A 4BRHA 1W97L 4RW9A 4JEPA 4N41A 4QS7A 4M3WA 2F9WA 3CCUN 3KJVA 4XEIA 3DMJA 5CE3A 1NK7A 1NKEA 1VQMN 3MN6A 4FJIA 1K8KA 3A5NC 4FXDA 2NRVA 3AVFA 3SUNA 4FJHA 1E3MA 4E19A 1CZ9A 5AQGA 3CJ1A 4DV4K 3MN9A 2W42A 4B9UA 3WEEA 4IWVA 1ILYA 4OGEA 1A5WA 4QS8A 5AZIB 1Q9YA 3M8PA 4ZHRA 5IWAK 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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