2W41A

Crystal structure of plasmodium falciparum glycerol kinase with adp
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
SEFGSMNVILSIDQSTQSTKVFFYDEELNIVHSNNLNHEQKCLKPGWYEHDPIEIMTNLYNLMNEGIKVLKDKYTSVIIKCIGITNQRETVIIWDRITGKPLYNAIVWLDTRVEELVTEFSAKYNNNDIQKKTGTYFNTYFSAFKILWLIQNNPEIKQKIDDGTAVIGNINTWLIFNLTKGNCYTDVTNASRTLLMDINTLQWDEKMCKIFNITNMSVLPEIKSNCSNFGLVKSEHVPDYLNIPITGCIGDQQSACIGQAIFDEGEAKCTYGTGVFLLINTGEKVVYSTCGLITTICYKFNDNDKPKYALEGSIGTAGSGVSWLLKNKLIDDPSEASDIMEKCENTTGVIFVPAFSGLYAPRWRSDARASIYGMTFNTERSHIVRALLEGIAFQLNEIVDSLTSDMGIEMLHVLRCDGGMTKNKPFMQFNSDIINTKIEVSKYKEVTSLGAAVLAGLEVKIWDSLDSVKSLLRRSDAVFHSKMDDKKRKKKTSEWNKAVERTLIQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and Non-Essential Function of Glycerol Kinase in Plasmodium Falciparum Blood Stages.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCEROL KINASE, PUTATIVE
molecule tags Transferase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 185
structure length 506
sequence length 506
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w41A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w41A01
2Q36A 1NGFA 5KPRA 5E26A 2A6AA 1DGKN 1MA9B 5EY4A 3VENA 4EHTA 1RDWX 2FLOA 2F9WA 5JMVA 2QWNA 2P9PB 3CHWA 4M63C 4RTFD 1S22A 3LL3A 2ZGYA 2V7YA 1HKCA 3C7NB 4QS7A 2KHOA 1DKGD 5AR0A 4IJNA 3A5NC 4XH1A 4CZJA 3KHYA 2H3GX 4FWRA 4BROA 5FPEA 2P9KA 1ESVA 2ASOA 2E2NA 3BUZB 2P9UA 4BQLA 5F2RA 3VGLA 1NGDA 3MCPA 5AQXA 1ZBSA 3AARA 4PKHA 4JNEA 1KAYA 3H3OB 4RWTA 1JCFA 1Z05A 1BA0A 1WOQA 3UE5A 3VPZA 3ZEUA 4CZKA 2QWMA 5AFUH 4BR9A 1QHAA 3CQYA 4PKGA 2ZGZA 1HKBA 5AQUA 3D2EA 2IIRA 4F9OA 1C0FA 4BRDA 2PAVA 2BUPA 5AQSA 3QFUA 1P8ZA 4FOIA 4BRMA 1YVNA 4H0VB 5AQLA 3M6GA 2QWPA 3FZHA 3VF4A 3LDLA 3L6QA 4EIAA 4FWKA 2VYPA 1JCEA 2P9KB 4XH5A 3CETA 3CJ7A 4B1YB 3WXIA 3F9MA 4PL8A 5AQWA 5BPNA 2QWOA 1J6ZA 2P9IB 4CJ7A 3TPQA 2DPNA 1ZC6A 2Q2RA 2UYTA 2GTDA 3O08A 3SMSA 4BRLA 3ZEUB 4PL7A 4K25A 4O5FA 5AQNA 2FSJA 4IWVA 4CD3A 3G25A 4AM6A 4M7YA 5AQIA 3KZBA 3D2EB 3QDKA 4I6MA 3LDNA 3QBXA 5TKYA 3BF3A 1GLFO 3VERA 4H03B 4DHYA 4H0XB 5AQOA 2FSKA 1ATRA 1IJJA 5FPMA 4BR4A 4BRIA 4BRFA 3MK6A 1LCUA 2YI1A 3EO3A 5LJVA 5AZIA 3VESA 3OHRA 5F1XA 3DAWA 1TYQA 3CJCA 4MLHA 2HF4A 5AQVA 3R8EA 3IFRA 5FPDA 4BR7A 2IVPA 4H5TA 3WQUA 3EKUA 3JS6A 2GEMA 3FGUA 3LDQA 3D2FA 5BRHA 3MDQA 3WQTA 1BUPA 4A2BA 4LC9B 2A3ZA 3VEYA 3ZX3A 4B9QA 4E1JA 1U6ZA 5LY3A 2FF6A 3I8BA 4IO8A 2HMPA 4IXCA 3SJHA 5F0XA 2A40A 3MN7A 2CH5A 3R9PA 3CJAA 1D4XA 1SQKA 4FWSA 1WUAA 1Y64A 1XQSC 5AZIB 4CZEA 3ZETA 5BRFA 1TYQB 1V4SA 1XC3A 5FPNA 4WQ4A 1GLCG 5BRDA 4AM7A 2D0OA 4Y0WA 2VCPA 3D2FB 3VEZA 1NGIA 2CH6A 4WQ5C 2OANA 4BQZA 5AQZA 1QQMA 4FOEA 1K8KA 1NWKA 3O5BA 3MN5A 2A5XA 2P9LA 2Q97A 3FZFA 4CZLA 1E4GT 2Q0UA 3GDQA 3QFPA 4A61A 4BRNA 1ATNA 3WUHA 4A62A 3M3ZA 3EZWA 2A41A 2E8AA 3J8AA 2P9IA 4CBWA 2ITMA 3U4LA 2E20A 3WXJA 1NGEA 3HI0A 3HSCA 3CJBA 2GUPA 3H1VX 3GOIA 3SK3A 4B1XB 3QMLA 4IZ9A 3U9ZA 3ULEA 4B1UB 3ZETB 1V4TA 3H45C 2Q31A 1LOTB 2E1YA 2BTFA 2E1ZA 1MDUB 2D4WA 3O8MA 5ADXA 1NGHA 2P9NB 5EOYA 4ISFA 2VWBA 4B1WB 1C0GA 4QS9A 3VEWA 1K8KB 3KVGA 4JD2A 2P9LB 4RCHA 1E4FT 1BOTO 3GE1A 4JAXA 5AQQA 3U9DA 4H0YB 1R59O 1BG3A 5AQYA 2V51B 4BRCA 5I9EB 4CI6A 1GLAG 3P4IA 1BA1A 2YJEA 5AQJA 3W0LA 1T44A 3A5LC 3H3NO 4BRGA 3R6MA 3FLCO 3DXMA 3ZX0A 2YHXA 5AZJA 1U2VB 3ULEB 3ZX2A 3VF2A 3UKRB 4BR0A 2A42A 1CZAN 3MN9A 2J4RA 1NBWA 4BRKA 2IVOA 1HX1A 2GELA 5EXWA 2FF3B 4H0PA 4NB4A 3ENHA 4Z94A 3RSEA 5AFUA 4FWQA 3VF6A 1QZ6A 3VOVA 4JD2B 2D0PA 4JHDA 4CZHA 4A2AA 3A0IX 3HM8A 2YJFA 1X3NA 4BRPA 2CGKA 3C0BA 4K43A 4NO7A 1NGAA 4BGAA 3D7EO 4H5NA 3WT0A 3DXKB 3DXMB 4BR2A 1RFQA 5AZJB 3FFKB 1HKGA 2Q1NA 2ZF5O 3FZKA 4MO4A 4L3QA 5AQFA 3ATVA 3CJ9A 5E84A 2EWSA 2V7ZA 2ASPA 1QZ5A 1NGGA 2W40A 1NLVA 3RSEB 2FXUA 5CE3A 2V52B 1NMDA 4EHUA 4H0TB 2YHWA 2GWJA 3IDHA 2CGJA 3FZMA 4JHDB 4FWPA 3HZ6A 2I7PA 1EQYA 4CBXA 2ASMA 3BEXA 3O4WA 1DEJA 5BR9A 1TUYA 3A5OC 2P9NA 4BGBA 3H1QA 3L4IA 5BPMA 4GY2B 3S41A 3JXUA 4O8KA 1HUXA 4GNIA 5JLFA 2D1KA 3EN9A 2I7NA 3QICA 5AQTA 4FWLA 4CBUA 3ATUA 5ELZA 4XH4A 1Z6RA 5AQGA 1KAZA 3CIPA 4FPAA 3IUCA 3SMPA 2NLXA 1NM1A 2P9SB 3EKSA 4H5RA 5AQPA 3I33A 2QWLA 4BG9A 3CI5A 1G99A 1YAGA 3WEEB 1X3MA 1MWMA 3FZLA 5KPTA 4MO5A 1NGCA 3A5MC 1U2VA 1NGJA 1HJOA 3UKUA 2AA4A 3GL1A 4FWMA 3UKRA 3CERA 4WQ5A 5BREA 4DCHA 3HTVA 3BP8A 3ID8A 3B8AX 4KBOA 4K42A 1YUWA 1HLUA 1GLJO 4J8FA 2PBDA 4YDUC 2IVNA 4BREA 4XEIA 4DB3A 4BC2A 4CZMA 2QXLA 3SLCA 4BRAA 1Q18A 4IJAA 3VEOA 3H46O 4B1VA 3DWLA 4CZGA 4H5WA 5LJWA 1SAZA 5AQKA 4FL9A 4FSVA 4BC4A 3A8YA 4BRHA 3EL2A 3LM9A 4MLEA 3DXKA 3AAQA 2YHYA 1ATSA 3U8XA 4WYBA 3UKUB 1KXPA 1GLEG 3VGKA 4C23A 2E2PA 3DJCA 3L0QA 4HTLA 5AQMA 4CZIA 4ISGA 5KPZA 2NRHA 4EFHA 2P9UB 5BN8A 4YDUA 4BG8A 3WXKA 4K41A 4BVOA 4JN4A 2W41A 5EX5A 3W3DA 1IG8A 3CJ1A 1GLLO 3ENOA 3HBTA 1BDGA 4DQ8A 1ZXOA 2FSNA 5KQ8A 3IMXA 4PKIA 3WXLA 1OKJA 3M1FA 3CQXA 1T6DA 1BWFO 3AAPA 3O1WA 4H5VA 2GWKA 2NZTA 4EAHD 3VETA 3VGMA 2YCHA 3MMVA 4FWOA 5JICA 1XUPO 1TUUA 5B8HA 2QWQA 5EVZA 1JCGA 2WUSA 1NGBA 1H1VA 2QW9A 3O80A 1SZ2A 1BU6O 2F9TA 3LM2A 4CD1A 3O1BA 1GLBG 3LDPA 2Q0RA 1KAXA 2E88A 2P9SA 2QWRA 2ZWHA 5AQHA 3QB0A 3TU5A 3FR0A 3WEEA 2CGLA 4B1ZA 4ISEA 1HPMA 3FE1A 4WQ4C 3AY9A 1YXQA 2P9PA 4FPBA 4QS8A 3UB5A 3C7NA 4M7XA 2HF3A 4BC5A 3QBWA 4HWIA 3GBTA 2E2QA 1MWKA 4BVPA 5JLHA 3H6EA 1QQNA 4H0OA 3GG4A 3VEXA 4I6MB 2AP1A 2HOEA 1X9JA 5ADXH 4BR5A 3O6WA 4FWNA 1BO5O 3MN6A 3BF1A 5BN9A 1QQOA 4BC3A 5BPLA 2QM1A 3VEVA 2E2OA 1T6CA 1S3XA 4BRQA 5AQRA 1GLDG 4CZFA 4FO0A 5KQDA 3LDOA 1RGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKGA 4EP4A 1VSEA 2W42A 1NK5A 2KLAA 1WLJA 2NRTA 3ZT4A 4EHTA 4RW6A 1ZBLA 2UU9K 3K57A 3E66A 2FLOA 1WSFA 1JJ2M 4JKHA 3OW2M 4F8RA 2ZGYA 3C7NB 1FKOA 1HNIA 1DKGD 4CZJA 3KHYA 3I56N 4CEDA 2H3GX 4BROA 2P9KA 3BUZB 2E2NA 2X78A 1ZBSA 4DR4K 3ZSQA 4LFAK 3ZSOA 1JCFA 4KHUA 3OYMA 1RT7A 3LP0A 3NMUA 5AFUH 1IH7A 4LD0A 1QHAA 5CZ1A 5KTQA 1HKBA 1RDBA 3V9WA 1W2BM 3QLHA 4GV9A 1S9GA 4ELUA 4KH6A 4LFCK 4FOIA 3M8RA 4FK0A 4PWDA 1KFSA 2RHKA 2OZSA 5AQLA 3TTFA 2VQFK 2QWPA 1QSSA 4DR2K 4FWKA 2VYPA 1VK0A 3WNGA 1YIJN 3SAFA 3PO5A 4B1YB 3WXIA 1BI4A 1RBUA 2RKIA 2NRRA 3KWGA 3SQ0A 3TPQA 4KHWA 2QK9A 4OX9K 5C2FA 1WSEA 2UYTA 4PL7A 2OPRA 3I0RA 2ZE2A 1BL3A 4AM6A 4M7YA 3LPUA 4E7JA 3LDSA 1HYZA 4FZXC 3QEWA 1UA1A 3P5JA 2B6AA 3C65A 2HHQA 3JAMO 3V1QA 5EU7A 3VERA 3VQ5A 3OYLA 3D0PA 3QEXA 1TAUA 1IJJA 4KV8A 3EO3A 5AZIA 3TI0A 1TYQA 2HF4A 1L3TA 3TARA 4M41A 4BR7A 1VQMN 4PA1A 1YJNN 3Q7CA 3AVIA 3EKUA 3JS6A 3QIPA 4DFPA 1KD1O 5KGXA 1IG9A 4YOTA 3F9KA 3M8SA 1NJIO 3B6PA 2A3ZA 1SKWA 4CGGA 3V4IA 4LF9K 1KLMA 3I8BA 2XY5A 2WBNA 5F0XA 4OLBA 5KRTA 3N4QA 3R9PA 3ZSWA 3THXA 1SQKA 4IOCL 4FWSA 3LALA 4CZEA 4FJJA 2VG6A 3AGKA 1TKZA 1XC3A 3TR8A 4HHTA 4JRQA 4WQ4A 1GLCG 5BRDA 3G4SN 3RVCA 3VQAA 2VCPA 3TSPA 2CH6A 3G10A 3OYBA 4BQZA 4H4MA 2O8CA 1EETA 4JS4A 1S72N 2Q97A 1Q82O 2E6MA 3FZFA 1E4GT 2BE2A 1YTAA 4O44A 4JK7A 3PLAA 1XHZA 4DTUA 4Z4EA 3WUHA 1EKEA 4OVLA 4FLTA 4CJ5A 4CBWA 3VQ4A 3WXJA 1VRUA 3T19A 3GOIA 3SK3A 4B1XB 1N8RO 4B1UB 1V4TA 4MFBA 1D9FA 1LOTB 3AA2A 2E1YA 3MAQA 4AILC 5ADXA 1N34K 2P9NB 4FVMA 1S1XA 4B1WB 4CGIA 3VQ9A 1C0GA 4DMNA 4M3RA 4DF8A 1K8KB 4JD2A 3K59A 2P9LB 1E4FT 1R59O 1NOZA 5AQYA 4OGCA 4DTNA 4BRCA 4CF0A 5TKWA 3L8BA 4E7IA 3O3HA 2O8DB 1NK0A 3ZX0A 2YKMA 5AZJA 3H08A 3ULEB 1Z25A 4A57A 3VF2A 2F4VK 4LF5K 2HBLA 1DT9A 4BRKA 2DFHA 4FJLA 2FF3B 4B3SK 4H0PA 3K9JA 3ENHA 4DKWA 1XNQK 4Z94A 5AFUA 3V6DA 4DF4A 3OYAA 4A5AA 3AVJA 4Y1DA 4J2BA 4UY8O 3PX6A 3P31A 3TSUA 2UXCK 1WSHA 4Z4CA 3AVBA 4K43A 5FDLA 4IEEA 2PYLA 4MDBA 1QSYA 2W6LA 3CMEN 5HRSA 4BGAA 3DXKB 3HL8A 4ID5A 1YJ9N 1NK8A 2Q1NA 2I5JA 3PIPL 3WNFA 3FZKA 2JWLA 4V19S 2HHSA 2EWSA 1TL3A 3NAEA 1QZ5A 4DTXA 1NGGA 3RSEB 3CC4N 4H0TB 1C6VA 2I7PA 3OYNA 1JLQA 3BEXA 3O4WA 4NYFA 5BR9A 5H1SQ 4C8KA 4CJEA 3MCAB 4BGBA 3OJUA 4KHNA 3AVNA 3RMCA 2PY5A 4FVUA 4O8KA 2D1KA 3VQCA 3L2RA 1KCFA 5DMRA 3T1YK 5GIPA 3LAMA 3L3UA 1LAVA 4XH4A 2F8TA 4C1NI 3ZYYX 3RR7A 4DR3K 1TKXA 1HQUA 3VQ7A 2R7YA 3CC2N 3OYEA 3EKSA 4H5RA 3I33A 3WEEB 3FZLA 2O4GA 4N5SA 4CIEA 3LWMA 1NGCA 4CK2A 3P39A 4YOUA 4FWMA 3UKRA 5LMUK 4EP5A 1VHXA 2IS3A 3VMFB 2UXBK 1Q8IA 4AHVA 2D0BA 4DCHA 3ID8A 4I9LA 1YUWA 2PFUA 4DSEA 1F21A 2VGMA 5MLCQ 4BWMA 4WCEL 4YDUC 5M1NA 2QXLA 4CZGA 3H46O 3DWLA 3SJJA 5LJWA 3A8YA 4I2PA 4JRPA 4BE2A 2NRXA 4MLEA 1OH8A 2DY4A 3OYGA 1LWEA 3U8XA 4DU1A 4FJ9A 4C23A 3E9PA 4CZIA 5KPZA 3RTVA 3QNOA 1N32K 1JLAA 1GOBA 4BG8A 4OKEA 2G8IA 2W41A 4M3TA 2O8FB 3ZT1A 1ZXOA 4PKIA 2ZJRL 3M1FA 1BWFO 2OYQA 4CW7B 4KHYA 1SV5A 4E7LA 2KZMA 3K5LA 1XUPO 1TUUA 2F96A 2QWQA 3P38A 1JCGA 2QTDA 1VQ9N 1SZ2A 1BU6O 2OA8A 1XI1A 1EO1A 3O1BA 2Z1GA 2ZWHA 1FW6A 3QB0A 1LW2A 4CEEA 3FFIA 4B1ZA 4ISEA 4CIGA 3EZ5A 4CHNA 2HMIA 5J2NA 3CFRA 3C7NA 4BC5A 2GUIA 3GBTA 1WB9A 4HUEA 1MWKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4IBN A;  1X9W A;  4CJK A;  5BN8 A;  4K41 A;  4BVO A;  4DV0 K;  4E1N A;  2E6L A;  4JKB A;  5EX5 A;  3ZCM A;  1GLL O;  4NCG A;  3U3G A;  1N5Y A;  3HBT A;  1M90 O;  4FM0 A;  4FLY A;  3CQX A;  1T6D A;  3O4Q A;  5M1P A;  2GWK A;  3VET A;  3QNN A;  4CEO A;  2YCH A;  1VSL A;  3CCQ N;  3DLR A;  5JIC A;  1U4B A;  3NF7 A;  5EVZ A;  3AVM A;  4B8C A;  3OYJ A;  2QW9 A;  3O80 A;  4CJL A;  4OJR A;  3LWL A;  3LM2 A;  4CD1 A;  3QEI A;  2P9S A;  5AQH A;  2QWR A;  1A5W A;  3O9U A;  1HPM A;  3T7Z A;  3IG1 A;  4E0D A;  3DLK A;  3AO5 A;  4FPB A;  2YNF A;  1RDD A;  3KLG A;  4K8X A;  3QBW A;  1SKS A;  4HWI A;  3H6E A;  4WF9 L;  1BQN A;  1U48 A;  2UUA K;  3GG4 A;  4QOZ B;  1BIS A;  5ADX H;  4E89 A;  3U3Y A;  4DLE A;  3ZSV A;  5BN9 A;  4CJV A;  4W5N A;  5BPL A;  4N76 A;  2QM1 A;  4MDA A;  1S3X A;  4BRQ A;  4CHY A;  4IEI A;  1Q81 O;  4CEA A;  4CJW A;  3VEV A;  4K42 A;  3AVH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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