2W41A

Crystal structure of plasmodium falciparum glycerol kinase with adp
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
SEFGSMNVILSIDQSTQSTKVFFYDEELNIVHSNNLNHEQKCLKPGWYEHDPIEIMTNLYNLMNEGIKVLKDKYTSVIIKCIGITNQRETVIIWDRITGKPLYNAIVWLDTRVEELVTEFSAKYNNNDIQKKTGTYFNTYFSAFKILWLIQNNPEIKQKIDDGTAVIGNINTWLIFNLTKGNCYTDVTNASRTLLMDINTLQWDEKMCKIFNITNMSVLPEIKSNCSNFGLVKSEHVPDYLNIPITGCIGDQQSACIGQAIFDEGEAKCTYGTGVFLLINTGEKVVYSTCGLITTICYKFNDNDKPKYALEGSIGTAGSGVSWLLKNKLIDDPSEASDIMEKCENTTGVIFVPAFSGLYAPRWRSDARASIYGMTFNTERSHIVRALLEGIAFQLNEIVDSLTSDMGIEMLHVLRCDGGMTKNKPFMQFNSDIINTKIEVSKYKEVTSLGAAVLAGLEVKIWDSLDSVKSLLRRSDAVFHSKMDDKKRKKKTSEWNKAVERTLIQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Non-Essential Function of Glycerol Kinase in Plasmodium Falciparum Blood Stages.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCEROL KINASE, PUTATIVE
molecule tags Transferase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 185
structure length 506
sequence length 506
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w41A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w41A01
4BRCA 1TUYA 3HTVA 5E84A 3QFUA 2P9PA 1QQOA 5BPLA 1KAXA 4K41A 3UKRA 1T6DA 4BRLA 1J6ZA 4FWLA 3QBWA 3R9PA 3A8YA 4IWVA 5AQPA 3IMXA 4B1WB 5AZJB 2OANA 4CZKA 4IXCA 5KQ8A 1GLLO 3DAWA 2E8AA 2QWMA 3O5BA 4Y0WA 4AM7A 3ENHA 2D4WA 2E2NA 2ITMA 3U4LA 4FWPA 4BRGA 4BGBA 2E20A 3BF3A 3ZEUA 2F9TA 5AQGA 2DPNA 3LM2A 3VGLA 2A41A 3A5NC 1ATRA 3L6QA 4H5RA 4BG8A 5F1XA 4B1VA 3H3NO 4YDUA 1Z6RA 3VENA 2UYTA 3GBTA 4JHDB 5AQWA 3EO3A 4XH1A 4YDUC 4NO7A 4BQZA 1JCFA 4H0XB 1IG8A 3LDPA 3MCPA 1T44A 2NRHA 1TUUA 5BRHA 4O8KA 3H45C 2CGLA 3C0BA 1BUPA 4DB3A 5AQLA 1RDWX 5AFUH 2E2OA 3RSEA 3GE1A 1C0FA 1NLVA 1GLJO 1EQYA 1DKGD 4H5WA 2I7NA 2I7PA 4FSVA 3VESA 3QB0A 3FZMA 3VF2A 3O80A 1GLBG 4H0PA 1XC3A 1X3NA 4BRMA 3UKRB 3CHWA 3QMLA 1NGIA 3GOIA 3FZFA 4DHYA 3A5OC 2P9SB 3FZKA 4CZIA 2FLOA 4FPAA 3O1BA 5AQTA 1KXPA 4H5TA 2ZWHA 4CBXA 2HF3A 2CH5A 3EZWA 4BRKA 1ZXOA 4FOIA 1XQSC 4MO4A 4CZGA 4BR7A 5BPMA 3SMSA 4PKGA 4B1XB 1BG3A 4A2BA 4RTFD 4BRHA 2V7ZA 1NGEA 3ID8A 2VWBA 1ATSA 3CJ9A 1NM1A 3ULEA 5AQSA 4H5VA 3ZX2A 4C23A 4CZEA 4B1YB 2IVPA 3DJCA 3D7EO 1KAYA 2YHXA 3L0QA 3UE5A 2QWOA 2QWQA 5TKYA 4CZHA 3ZETA 3WXJA 5EOYA 1GLAG 5EY4A 3VOVA 4PKIA 3B8AX 1U2VB 1ZBSA 3H6EA 4AM6A 5AZIB 4K42A 4CZLA 3CJ1A 4BR0A 4CZFA 5JLHA 5KPRA 3D2EB 4BR4A 5BPNA 4HTLA 1GLFO 1X3MA 3FLCO 5EX5A 1NGDA 1NGAA 1NGHA 5BREA 2Q0UA 4KBOA 3DXKA 1NGJA 3LM9A 4WQ5A 3WUHA 4IZ9A 1MWKA 3ZX0A 3VEYA 1RFQA 3WXLA 1BDGA 1NBWA 2GWJA 5AQIA 3U9DA 4IJNA 4JNEA 4CJ7A 2FSNA 5AQYA 2YCHA 3FGUA 4WQ5C 5AQKA 3ENOA 1S22A 3CI5A 2VCPA 2CGKA 1Q18A 5BN8A 2Q36A 2E2PA 2P9LB 2E88A 4WYBA 2P9NA 3KZBA 4BRAA 3QDKA 3AAPA 2BUPA 5E26A 1DEJA 1R59O 1E4GT 2PAVA 2Q0RA 2E1ZA 2W41A 4K25A 4CD1A 3VEOA 2FF3B 1IJJA 1K8KA 4F9OA 3CJ7A 4BR5A 1QQMA 1H1VA 3A5LC 4JD2A 2WUSA 3GG4A 4K43A 4BRDA 2CH6A 5FPMA 4RWTA 1MWMA 2ZGZA 2QWRA 1LCUA 5FPEA 2QWPA 4A2AA 3MK6A 1V4SA 3QICA 3J8AA 2P9KB 1OKJA 3AARA 3ATUA 4BQLA 1ZC6A 1U6ZA 4BC2A 2GUPA 2J4RA 2FSJA 2A3ZA 5AQNA 3UKUA 5AQMA 2P9IA 3M6GA 4J8FA 4L3QA 4BGAA 2A5XA 1NGFA 3JXUA 2AP1A 3G25A 4BC5A 4WQ4A 4M63C 5AQHA 3R6MA 3HI0A 2CGJA 2P9PB 3M3ZA 3FFKB 1QZ6A 5AQRA 2E2QA 1GLEG 3KHYA 2HF4A 3LDOA 4WQ4C 2FSKA 5CE3A 2P9UA 4BR9A 5I9EB 2GWKA 1XUPO 2GELA 3C7NA 5ADXA 1BA1A 1NGCA 5BR9A 3EKUA 4QS7A 4EHTA 3SLCA 1RGIA 5AQQA 1BWFO 4FPBA 2D0PA 3LL3A 2V51B 1NMDA 4FL9A 2HOEA 5FPNA 2GTDA 2QXLA 4DQ8A 4ISGA 1X9JA 3ZEUB 4I6MA 4GY2B 1GLCG 5AZJA 1HJOA 2W40A 4A62A 1V4TA 3GL1A 3I33A 4BVPA 4CZMA 3CERA 1KAZA 3SK3A 1QHAA 4QS8A 3UB5A 4JAXA 4BREA 3TU5A 4FWNA 4FWRA 3R8EA 3IFRA 1QZ5A 2E1YA 2H3GX 4FWKA 4LC9B 3LDNA 4BRIA 1GLDG 4FWQA 4JD2B 3CIPA 3LDLA 4FWMA 2YJEA 3O08A 3SMPA 3VEXA 1C0GA 1SAZA 2D1KA 3DXMA 1HX1A 1ESVA 4JHDA 3WQTA 4PL7A 4IJAA 2NLXA 4BC3A 4PKHA 3BEXA 3U8XA 3UKUB 3RSEB 5JMVA 1D4XA 5BN9A 5BRDA 2P9IB 5AQJA 3S41A 2ASPA 3GDQA 3MN7A 3WXIA 4XH4A 4CBWA 2BTFA 4MLHA 3HM8A 5AQXA 3VEZA 3LDQA 3P4IA 2F9WA 1NWKA 3WEEA 4EHUA 4EIAA 3HSCA 1YXQA 2P9UB 1SQKA 2NZTA 3H46O 4ISEA 5LY3A 3ATVA 4FOEA 3M1FA 5AQVA 2KHOA 4H0OA 4NB4A 3O6WA 4XEIA 4EAHD 2QWNA 1S3XA 2Q31A 3EL2A 4FWSA 3VEVA 1BO5O 3SJHA 5FPDA 3QFPA 4Z94A 5AR0A 3O4WA 3U9ZA 5ELZA 4EFHA 3W3DA 5ADXH 1YAGA 3D2FA 3VPZA 4I6MB 2AA4A 4CI6A 3VGKA 4H0TB 2P9SA 4BVOA 4B1ZA 1NGBA 4ISFA 4B9QA 4RCHA 3O1WA 3AY9A 4BC4A 2A40A 4CD3A 2IVOA 3HZ6A 3FR0A 3OHRA 2QWLA 1HLUA 1NGGA 4H03B 3F9MA 3FZHA 3ULEB 3VF6A 4B1UB 2A6AA 4FWOA 1Y64A 4CZJA 1LOTB 1T6CA 3CJCA 4GNIA 3MDQA 5AQOA 3L4IA 4BRPA 3DXMB 3ZETB 2Q1NA 4M7XA 3IUCA 3FZLA 5LJWA 2ZGYA 4MO5A 5KPTA 2QM1A 1BOTO 1TYQA 2VYPA 4E1JA 2ZF5O 3O8MA 2IVNA 3I8BA 5F0XA 3HBTA 2V52B 4H0YB 5JICA 2YJFA 2ASOA 3CQXA 5LJVA 3VGMA 3EN9A 3WQUA 3QBXA 1BU6O 3DWLA 2YHWA 5JLFA 3IDHA 4O5FA 3DXKB 1U2VA 3WEEB 5AZIA 4BR2A 3FE1A 4M7YA 3WXKA 1QQNA 2Q2RA 5B8HA 3MN5A 1JCEA 3D2EA 4QS9A 3MMVA 2Q97A 4BROA 2P9NB 2IIRA 1P8ZA 3D2FB 2EWSA 4XH5A 1HPMA 5EVZA 4BRQA 1YUWA 5EXWA 4MLEA 3BF1A 3EKSA 1CZAN 2YHYA 3KVGA 1K8KB 2YI1A 1HKGA 2P9LA 3TPQA 1Z05A 2D0OA 3VF4A 2A42A 1G99A 3CJBA 5F2RA 4A61A 3H1VX 3H3OB 3VETA 1MA9B 3AAQA 2ASMA 5KPZA 3MN9A 3BUZB 2HMPA 3JS6A 4CBUA 2PBDA 4BG9A 3BP8A 2QW9A 3MN6A 5AFUA 5KQDA 2GEMA 4HWIA 4BRFA 1HKCA 3H1QA 1WOQA 2FXUA 3VEWA 4FO0A 3CETA 3CJAA 1HKBA 3VERA 1SZ2A 3A5MC 4IO8A 5AQFA 4BRNA 1TYQB 4H0VB 5AQZA 1BA0A 2P9KA 3W0LA 1YVNA 4PL8A 3A0IX 1DGKN 1ATNA 1E4FT 4DCHA 1WUAA 1JCGA 1MDUB 3CQYA 5BRFA 4H5NA 2FF6A 4JN4A 3WT0A 3ZX3A 3C7NB 1HUXA 2V7YA 5AQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PZSA 1NK5A 5HROA 2QA4N 3HTVA 4FLWA 2KZMA 1TKTA 1T6DA 3P39A 1YJ9N 4IG3A 3O9TA 3AVJA 3OYDA 4IXCA 5KQ8A 4FM2A 2E8AA 5GIOA 4Z4HA 4CESA 4EZ6A 4FWPA 2O8DB 4LH5A 2QXFA 3ZEUA 5KTQA 3KWGA 4A57A 2A41A 3L6QA 4BG8A 3OYBA 1NJXA 3C65A 4W5QA 4YDUA 1Z6RA 3UIQA 3D6RA 4N47A 5AQWA 4DR7K 4DR5K 1JLQA 3SQ0A 1ZBIA 4BQZA 1HYZA 4FJ8A 1OH5A 3LDPA 2HHTA 4FJ9A 1CZ9A 2RF2A 1W9HA 2PYJA 1VSLA 2B4JA 5AFUH 2VGMA 3M8SA 2NRZA 3GE1A 4LF6K 3E9OA 3I56N 4O0IA 4H5WA 2NRVA 3VESA 3D45A 4N41A 3QB0A 4IOAL 3KD1E 4X64K 1GLBG 3PLAA 1QHTA 1JLFA 3KJVA 2QKBA 1NGIA 1C1CA 1X1PA 4WFNL 4CIFA 3S3NA 4NLCA 1KD1O 2KZZA 4FPAA 3O1BA 4CK1A 1Z26A 2NNWA 4H5TA 4E7IA 4CIGA 4DTNA 3DLBA 3PSIA 1ZXOA 4WFBL 1XQSC 3U3YA 4BRHA 1FKOA 2V7ZA 3NF8A 1KTQA 1VSDA 2HHVA 2JLEA 4H4MA 4FLUA 4FJIA 3ULEA 3SAFA 3AVFA 4CZEA 2HHSA 3K5OA 3AO3A 5HRPA 4CFCA 3KWIA 1IKVA 1KAYA 1X9WA 2QWOA 1LAWA 2GBZA 2WFBA 3C6AA 4IDHA 1OVQA 4GVEA 2G8IA 3O9RA 4OX9K 4JYAK 3QINA 4CZLA 1DT9A 3CJ1A 3ZSXA 3NHGA 4JKHA 4CZFA 1IKYA 3D2EB 3OYLA 4J2AA 3NH2A 1NGDA 4KFBA 3DMJA 1NGHA 4HCCA 4JI8K 1RT3A 3TAGA 4IZ9A 4GV3A 2A1RA 1RFQA 1XHXA 3E1YA 3RMDA 1NBWA 2GWJA 3E9LA 1JLEA 2FSNA 3JAMO 5AJ3K 2GX9A 5HBMA 4E7JA 4CEDA 1DLOA 1A5VA 3SV4A 2VCPA 2Q36A 2XY7A 2E88A 4WYBA 4GW6A 1BI4B 1K6YA 4JKEA 1DEJA 4AHCA 1RT7A 1MU2A 2PAVA 2W41A 2UUAK 4K25A 4CD1A 1IJJA 4MQ3A 1U45A 2XHBA 3A5LC 2RHKA 3GG4A 2I5JA 5GIPA 3MXJA 2EHGA 1VSFA 4FVUA 4A2AA 2UXBK 1V4SA 1G15A 4O0JA 1QVFM 4DLGA 4BQLA 1U6ZA 2GUPA 2J4RA 2HNYA 5GADP 3CC2N 3RRGA 5AQNA 1P90A 3L2QA 4CGHA 4L3QA 3V81A 3HSTB 3V9WA 3CCQN 1KC8O 1NGFA 5CYQA 4B3RK 3J7AP 3U3GA 4BC5A 3BGRA 2D0AA 4JLHA 1NJIO 2HVIA 3R6MA 3HI0A 3QLHA 3KLFA 3M3ZA 4C1NI 5GINA 3M8QA 3CD6N 1YT3A 3KHYA 3LDOA 4WQ4C 1WBBA 2HHWA 3CCVN 1LWFA 2GWKA 4CGFA 3AA5X 4CFBA 3OYGA 1OH8A 4CGIA 3PX4A 4CJKA 4BWJA 4EHTA 4X66K 4AHUA 3TANA 1RGIA 2D0PA 1NMDA 4DR1K 4J2EA 2GTDA 3CC4N 2WOMA 4CFDA 1O13A 5FLXO 4ISGA 1X9JA 1IV0A 1GLCG 2W40A 3TWHA 4BVPA 3ZSOA 1KVBA 3AVAA 2PYLA 1HNZK 4K8XA 3CERA 4JRQA 5D3GA 1O1WA 1RILA 1QHAA 3DLGA 2E5LK 3UB5A 3HYFA 4JAXA 4RW9A 3SQ1A 3VQPA 1W2BM 1U49A 4FK4A 3R8EA 5HP1A 1GLDG 5CZ2A 3LDLA 1C6VA 4KI6A 2OZMA 1IKWA 3Q7CA 2FBVA 1HX1A 2UUBK 4PL7A 3AV9A 2NLXA 4CHQA 3EZ5A 4PKHA 5AQJA 1EWRA 4FXDA 1W97L 3S41A 3GDQA 3EE9A 3MN7A 3WXIA 1SL1A 4LY7A 1S1UA 4IFYA 1EO1A 4JI1K 4CJUA 4DF4A 4B3SK 3QIOA 3AA4A 4DSEA 4FJ7A 4JI6K 2WBNA 4FOEA 4IBNA 3M1FA 4Y1DA 5AQVA 3AVBA 3O6WA 4CF2A 5FRMA 1S3XA 2Q31A 3LANA 3THVA 4DKWA 4CJWA 4Z94A 2OPQA 2VWJA 3U9ZA 3NCIA 4DG1A 4DQPA 3KKSA 3W3DA 5ADXH 1YAGA 2O8FA 5M1QA 3CQ8A 3VGKA 2P9SA 4BVOA 3NE6A 4ISFA 4NCGA 4RCHA 4J2DA 1UOCA 4DSKA 1IBLK 3FR0A 3OHRA 2HNDA 4IEEA 2P5OA 4H03B 1Q7YO 2YNGA 3FZHA 5C42A 1Y64A 2Z1JA 3MAQA 4BE1A 3CJCA 5AQOA 3MDQA 4DSIA 3N4PA 1K73O 2G8FA 4KHUA 4DWIA 4N56A 2G8UA 3ZETB 4LSLA 3IUCA 4EP5A 4Q0BA 4C8KA 1BCOA 2ZGYA 4F2SA 1TYQA 2ZF5O 3RTVA 2P51A 3I8BA 1YVUA 3HO1A 4KB1A 4H0YB 4ID5A 4OKKA 5LJVA 3VGMA 1HNWK 3EN9A 3SQ2A 1BU6O 1RDCA 4CF0A 1U2VA 3G6EN 5AZIA 3SZ2A 4BR2A 1VSJA 5CHIA 3WXKA 4B8CA 4CEOA 3MN5A 4DSFA 3V1QA 2HSTA 4FLVA 3LP2A 3L3VA 2P9NB 5M1PA 5BR8K 4YOTA 5EVZA 1S1VA 3VQBA 2YHYA 1K8KB 3OYMA 1SUQA 1HKGA 2P9LA 1Z05A 2Z1HA 3K58A 1G99A 4CF9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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