The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
137
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structure length |
137
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Chain Sequence |
MPLPIPSLLIAGIGSRRGCSAEHLRALLERTLGEHGRSLAELDALASIDGKRDEPGLRQLATLLERPVHFLAPAVLHDYEPRLLSPSAVALRETGCSSVAEAAALALAERLGGGRADLLGAKRSDDRASIALARLLT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
| publication title |
The Crystal Structure at 1.7 A Resolution of Cobe, a Protein from the Cobalamin (Vitamin B12) Biosynthetic Pathway
rcsb |
| molecule keywords |
COBE
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| total genus |
41
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| structure length |
137
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| sequence length |
137
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01890 | CbiG_C | Cobalamin synthesis G C-terminus |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | CobE/GbiG C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BY5 A; 2W6K A; 2W6L A; 3EEQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KQD A; 1NGG A; 4BVO A; 5BN8 A; 2CGK A; 4A5B A; 3UKR A; 2HND A; 4M7X A; 2YJE A; 2V7Y A; 3HOS A; 4YOU A; 3HXM A; 3TAF A; 1WUA A; 1N33 K; 3WNF A; 5AQX A; 4C8N A; 1NK6 A; 4RTF D; 3ZT0 A; 2XRI A; 4BGA A; 1YJW N; 3JAM O; 3Q7B A; 3PV8 A; 1T3V A; 1YTA A; 3HPH A; 4MO5 A; 4DR3 K; 3GG4 A; 4F3T A; 3BZC A; 3DYA A; 1HQE A; 3AVI A; 3WXJ A; 4ILG B; 4PHT X; 3WT0 A; 3CCJ N; 1VQ8 N; 2CH5 A; 1Z6R A; 1NGH A; 3AV9 A; 5SZT A; 3TAR A; 4CJF A; 4EHT A; 1U48 A; 4BG8 A; 5M1F A; 1TKT A; 1VQM N; 3T69 A; 3DLR A; 2XHB A; 2E2O A; 3WEE B; 3KTQ A; 3SK3 A; 1RT7 A; 3SQ4 A; 2RHK A; 4UY8 O; 4I7F A; 3O9S A; 4I6M B; 4DFJ A; 4YOR A; 3QNN A; 3MCA B; 4KB0 A; 1NJW A; 1BIZ A; 3OYF A; 2Z1I A; 3CCM N; 3ZT2 A; 3K5L A; 1CXU A; 5GAG P; 1RT4 A; 5BPN A; 1J5E K; 2NNW A; 4BRC A; 4ZTF A; 2P51 A; 3VQC A; 3P39 A; 4IEE A; 1TVR A; 4DR6 K; 1A5V A; 1KVA A; 2HB5 A; 4LF5 K; 3THX A; 4YOX A; 3T1H K; 1EET A; 3AVK A; 3SAF A; 1L3S A; 2Q1N A; 3QBW A; 1IH7 A; 4CF9 A; 5T7B A; 4JD2 B; 1R0A A; 2FXU A; 4KTQ A; 4CHO A; 3L2Q A; 4FJN A; 1CZB A; 3WXI A; 3WNG A; 1KLN A; 3VER A; 4YY3 K; 3H08 A; 3O3F A; 2X78 A; 1BHL A; 1S22 A; 4I2P A; 2QWL A; 1S9E A; 5AQU A; 1Q9Y A; 4CGF A; 2P9U B; 3DXK A; 2PYL A; 3CME N; 2XO7 A; 4Q0B A; 4H0O A; 4AH9 A; 1WSE A; 1WBD A; 3C0B A; 1W9H A; 1VQK N; 4CJP A; 4OPJ A; 1GLB G; 5JVH L; 2ASM A; 4CJ7 A; 3HSC A; 4ICL A; 3F9M A; 3T7Z A; 2YNI A; 3DXM A; 3KK7 A; 3C6A A; 1VQ5 N; 4EHU A; 1WBB A; 1X1P A; 2D0A A; 3SNN A; 3HK2 A; 1TKX A; 5HRN A; 5BR9 A; 3VQ7 A; 5CHI A; 4JV5 K; 4CZI A; 4L8R B; 2QWR A; 4B1U B; 4JI6 K; 4O0I A; 4X65 K; 4IO9 L; 3KKS A; 3L6Q A; 1ASU A; 2E4L A; 4C8M A; 3M8P A; 3ENO A; 4BR2 A; 2O4G A; 4IWV A; 2G8I A; 1RDW X; 1YXQ A; 3B6P A; 4DS5 A; 1NLV A; 3THY A; 4TSX A; 2HNY A; 1NJI O; 1VHX A; 3ALY A; 4CJE A; 4EAH D; 1KAX A; 3ZSZ A; 3DOL A; 4DV2 K; 1YJ9 N; 1GLJ O; 1WAJ A; 4NCA A; 2OTJ N; 1NK9 A; 1SZ2 A; 2QWP A; 3NE6 A; 4FL9 A; 4UQG A; 1D9F A; 3ZEU B; 4MLH A; 1TAQ A; 3RRG A; 5MLC Q; 5BRE A; 4FWK A; 3K9K A; 4WQ5 C; 1OVQ A; 1RBT A; 4LF4 K; 5BN9 A; 2LSN A; 5FDL A; 3PUF A; 4CBX A; 2O8E B; 1BIS A; 3KK2 A; 4N56 A; 2FBY A; 3KZB A; 1LW2 A; 1LWC A; 3D2E A; 2GEM A; 3OJS A; 3HI0 A; 3SPZ A; 4DR7 K; 4CEA A; 2BH1 A; 3RVC A; 2HHT A; 3NGY A; 1YUW A; 3EZW A; 3QEX A; 3H45 C; 1FW6 A; 3CC7 N; 1NGD A; 2D1K A; 4H5V A; 5CYM A; 4DU4 A; 3O4W A; 1GLC G; 4M3X A; 1K8K A; 4CJU A; 1BA0 A; 2R7Y A; 3OTO K; 4DQP A; 3MEC A; 1DTQ A; 3NBP A; 3QEV A; 4BR9 A; 4JKC A; 4C23 A; 2OPQ A; 3OYH A; 2QTD A; 2VYP A; 4E7L A; 3HTV A; 1J5O A; 3ZSY A; 4A2B A; 3O1W A; 3VES A; 4Z4E A; 1TL3 A; 2QW9 A; 5EY4 A; 4AM6 A; 1S1W A; 4OVL A; 3SV4 A; 2KZM A; 2X74 A; 1ZC6 A; 3AGR A; 4CES A; 4CW7 B; 3KJV A; 2VG6 A; 1YTU A; 4IOC L; 3K0S A; 3KLG A; 3OYN A; 3V9U A; 1SUQ A; 1W97 L; 3FGU A; 3VQQ A; 4PKH A; 3V6D A; 4GNI A; 4BC2 A; 2I5J A; 1U2V A; 4BY9 C; 4DV6 K; 1U4B A; 4FPA A; 4FWS A; 4GMJ B; 4CK2 A; 5AQY A; 5EU7 A; 4H0Y B; 3OS0 A; 4CCH A; 5EOY A; 2HBL A; 3ZET B; 1E4F T; 4DU1 A; 4FWP A; 1V4S A; 3CFO A; 4BRP A; 2A40 A; 1N6Q A; 2Z1J A; 2KZZ A; 1YVU A; 4KH6 A; 4F4K A; 3TAN A; 3AO4 A; 3ULD A; 1QQN A; 1QHT A; 4HTU A; 1K9M O; 4YOY A; 1HQU A; 2E2Q A; 4PKI A; 5AQS A; 2JWL A; 2W6K A; 4CZL A; 4FLV A; 4QS7 A; 1RBV A; 2O8F B; 1ITG A; 3O08 A; 1GLL O; 5BPM A; 1NOZ A; 3H46 O; 1NM1 A; 3V4I A; 2WFB A; 4DR1 K; 2FSK A; 4B9U A; 4J2E A; 1IG8 A; 2HMP A; 3K58 A; 3HM9 A; 2A42 A; 4CEB A; 3L2V A; 1BOT O; 4KHW A; 5HL7 L; 3L2U A; 3AO3 A; 3LP2 A; 1TGO A; 3JS6 A; 4K41 A; 5SWM A; 3LZJ A; 4YDU A; 1I94 K; 4OLA A; 1L3V A; 3H6E A; 4M3Z A; 3HT3 A; 4BRK A; 4O8U A; 4L3Q A; 1IO2 A; 1HPZ A; 3KLI A; 2IIR A; 3CCL N; 1RT2 A; 4NYF A; 3S41 A; 3CCV N; 3DMJ A; 5BRH A; 3M8Q A; 3MN5 A; 1RGI A; 4DSJ A; 2IAJ A; 4CHN A; 4OKE A; 1GOA A; 1RT5 A; 2W42 A; 2FLO A; 3U3Y A; 4DQI A; 4KKO A; 5CY4 A; 3E9P A; 4BRE A; 3CER A; 4NB4 A; 3E66 A; 4M41 A; 4CZE A; 5BR8 K; 1ESV A; 5KPR A; 1VSI A; 4O8K A; 3V9X A; 3EO3 A; 2YNH A; 3NVM A; 1S72 N; 3I8D A; 2ZJR L; 3HVT A; 4CJT A; 3F5T A; 4WFN L; 3O6W A; 4CK3 A; 2NRH A; 2DFF A; 3SUO A; 2ITG A; 1WSI A; 5B8H A; 4E7K A; 3E9L A; 3V9S A; 1C1A A; 3NH2 A; 1JLG A; 4H8K A; 4LF7 K; 2PAV A; 1S6Q A; 3DWL A; 4LFA K; 2BE2 A; 3QIN A; 4FJ8 A; 1U6Z A; 2WON A; 1VQ6 N; 5BRD A; 2YX6 A; 3R6M A; 3FLC O; 5IT9 O; 3CQ8 A; 2PZS A; 4FVM A; 3CJ7 A; 4A62 A; 1XNR K; 4JNE A; 3EZ5 A; 4BRA A; 4FK2 A; 3FFK B; 4JK9 A; 5FPM A; 3VQE A; 3TTF A; 5KQ8 A; 1XMQ K; 1TUU A; 1T44 A; 1TV6 A; 4FJ5 A; 4LC9 B; 3QML A; 4ZTJ A; 1JKH A; 4YOT A; 1XNQ K; 4C8K A; 4CBU A; 3SBT A; 3FZF A; 1TL1 A; 1LWE A; 3M8S A; 3CPW M; 3MWP A; 3OYD A; 4BRM A; 3VA3 A; 4IEI A; 1YI2 N; 3MDQ A; 4ZHR A; 3EKS A; 5FRN A; 3VGK A; 3LDO A; 5LL6 Z; 3D7E O; 3KK3 A; 3WXK A; 1SKW A; 1QHA A; 5AQJ A; 3NH1 A; 2QM1 A; 4DSE A; 4JI4 K; 4KRF A; 3TAM A; 3BY5 A; 3SQ2 A; 4IXC A; 1K6Y A; 2HF4 A; 2E1Z A; 2NRW A; 3AA4 A; 3RR7 A; 3ZT3 A; 5I42 A; 3LP1 A; 2E5L K; 1N36 K; 1R59 O; 1VQP N; 5TKY A; 4IOX A; 3SUN A; 1P90 A; 1VQL N; 4BRO A; 1KAY A; 1WLJ A; 3DXK B; 3RR8 A; 4KHN A; 4H5T A; 1C1C A; 2P9S A; 4JKA A; 3G71 N; 1SQK A; 3VQ9 A; 3KLH A; 3U8X A; 1DEJ A; 4OKJ A; 1SV5 A; 4FLX A; 4FSV A; 2KFZ A; 1VSL A; 1NK5 A; 1J54 A; 2GUI A; 1I3A A; 2GEL A; 4DTX A; 1X9W A; 1VRU A; 3DRP A; 3CG7 A; 3IS9 A; 3U3G A; 3N4P A; 4DB3 A; 4PL7 A; 1RDB A; 4DLE A; 1WSG A; 3VEW A; 4BWJ A; 1CZ9 A; 4NLB A; 1MU2 A; 4F9O A; 3OYJ A; 4B1X B; 3RTV A; 4JK8 A; 4CD1 A; 1MDU B; 4GKJ K; 5ADX H; 3AY9 A; 3D2F A; 4WCE L; 3NH0 A; 2FSJ A; 3OS1 A; 2DTU A; 4B3O A; 3PX0 A; 4GV9 A; 2HHX A; 3PIP L; 4JI3 K; 4LY7 A; 4EP4 A; 4X64 K; 5FPN A; 3THV A; 1ZYQ A; 2OZM A; 3J80 O; 1VSK A; 1OH8 A; 5BPL A; 3MEG A; 3M8R A; 4B3M K; 3A5O C; 4EP5 A; 1C0G A; 2E8A A; 4CEO A; 1NJY A; 1ZBH A; 4B8C A; 4RW4 A; 4PA1 A; 4FLZ A; 3JYT A; 4W5O A; 3CFR A; 1WB9 A; 2AP1 A; 4HUG A; 4CGI A; 1RBU A; 4MDA A; 4M3U A; 3P31 A; 3OJU A; 4BQL A; 2P9I A; 4CZJ A; 2RE2 A; 2UUA K; 4FLT A; 2A1R A; 1TK8 A; 5HRR A; 2PBD A; 4FJJ A; 4WQ4 C; 1HMV A; 1KVC A; 2F96 A; 3O4N A; 1BWF O; 3MN7 A; 1EKE A; 4JAX A; 3O9Q A; 2Y1I A; 3CJB A; 3I33 A; 4DSF A; 3D2E B; 3TR8 A; 1GLA G; 3SV3 A; 3AVN A; 2P9P B; 1IKX A; 1SL0 A; 1NBW A; 2A5X A; 3HJF A; 4OO1 J; 4F2S A; 3P4I A; 4CK1 A; 3DLB A; 3FZL A; 4CHZ A; 3ULE A; 3G25 A; 4KFB A; 4CZH A; 5LJW A; 4FK4 A; 4IDH A; 3CCU N; 2UXC K; 1T6C A; 2Y1J A; 3C95 A; 1K8K B; 3HO1 A; 1RNH A; 2PY5 A; 4CJL A; 2F9W A; 3VA0 A; 4DQR A; 2YKN A; 4PUO A; 5AZJ B; 3LDL A; 3RMA A; 1Y64 A; 4FXD A; 3TTD A; 1BU6 O; 1EO1 A; 4CJK A; 3PO4 A; 4AM7 A; 1NMD A; 1S1V A; 3GE1 A; 3NGI A; 1YAG A; 3MAQ A; 3U4L A; 1Q18 A; 1QQC A; 3WXL A; 3D45 A; 1E4G T; 1QVG M; 4I9Q A; 5JIC A; 1JLA A; 5C24 A; 5LMN K; 3MCP A; 4OGC A; 2HF3 A; 1KVB A; 2QEX N; 3O1B A; 3PLA A; 3CM6 A; 4KTZ A; 3GL1 A; 1U2V B; 2E6M A; 1JCG A; 3O5B A; 3OYI A; 4JHD A; 3TAB A; 3TU5 A; 3UE5 A; 3ATV A; 5HOO A; 4ISF A; 2OCE A; 1ASV A; 3LPT A; 4AHV A; 1A5W A; 4RG8 A; 5I3U A; 1NGI A; 3FZM A; 1H1V A; 4CED A; 3PSI A; 2D4W A; 2D0P A; 4DV4 K; 4RW9 A; 4FJ7 A; 4BG9 A; 3AVA A; 1FK9 A; 2DFE A; 5DM7 L; 3DLL L; 3OYC A; 3CQY A; 1JL2 A; 4FW1 A; 2CGL A; 3UKU B; 4WE1 A; 2A41 A; 2KFN A; 3RSE B; 2P9N B; 5HRS A; 1QE1 A; 3MN6 A; 4K8Z A; 4NYN A; 2QI2 A; 5E41 A; 1YIJ N; 1ZBS A; 5F0X A; 4E1N A; 4BDZ A; 1CZA N; 4GVE A; 4J2D A; 4K0K K; 1SKS A; 1KRP A; 4RW7 A; 3VQP A; 2J4R A; 4PKG A; 5CYQ A; 1DTT A; 1S9G A; 3KD1 E; 4FOE A; 5KRS A; 1HYZ A; 1X9S A; 2O4I A; 4XH1 A; 4CFD A; 4FW2 A; 2HMI A; 4CZG A; 1NJX A; 1QQO A; 2P9K A; 3ZLJ A; 2KQ2 A; 3HRG A; 2HHS A; 5AQL A; 1RT6 A; 1HYS A; 4CVN E; 5JVG L; 2HVH A; 4JI1 K; 1S1T A; 3CXC M; 3K59 A; 5DM6 L; 3SUP A; 3VEN A; 1Q9X A; 4DTJ A; 1DKG D; 4QAG A; 3TSP A; 2HOE A; 5KTQ A; 4K43 A; 4YDU C; 1NKE A; 1RT3 A; 2IGI A; 2GV9 A; 3A8Y A; 4DTN A; 1WNS A; 3ZX3 A; 1UWB A; 4N47 A; 4B9S A; 4XH4 A; 4OPA A; 4NLC A; 5CZ1 A; 3LZI A; 3AVH A; 4J8F A; 2HHV A; 3CCE N; 5DK5 A; 5GIO A; 3H3O B; 3QET A; 3F2K A; 1LAW A; 1HNW K; 3QDK A; 5JS2 A; 2FSN A; 4FJG A; 3KHY A; 1HR0 K; 1RTI A; 5C10 A; 1XC9 A; 2Q0U A; 2KLA A; 2YNF A; 4NXM K; 1JXB A; 1BI4 A; 3A5N C; 3SJJ A; 3TAQ A; 2G8H A; 1XHZ A; 4IJN A; 4WQ4 A; 3S3M A; 1B9D A; 3P83 D; 4EZ6 A; 2V52 B; 3AVJ A; 4O5B A; 3AA2 A; 2I7P A; 4CHY A; 3GOI A; 3HST B; 3WQU A; 1EXQ A; 4EFH A; 4CIF A; 3QER A; 2AJQ A; 1D8Y A; 3VF2 A; 3PIO L; 3ENH A; 3RMB A; 3DI6 A; 4AIL C; 4CEE A; 1OKJ A; 4KPY A; 2O8C A; 3CJ9 A; 3HBT A; 3HP9 A; 2UUB K; 3THW B; 4KTW A; 1TK5 A; 1I39 A; 5C12 A; 2VG7 A; 4RW8 A; 3CI5 A; 3DLE A; 1O1W A; 3PX4 A; 1JXE A; 3DRR A; 4QS9 A; 1NMN A; 4Q5V A; 3UB5 A; 3R9P A; 4CJ3 A; 4DF4 A; 3SUQ A; 2QKK A; 5J2M A; 4K25 A; 4KV8 A; 5C0Y A; 4DFM A; 1FJG K; 2O8D A; 3CCQ N; 1TYQ A; 2P9S B; 5E84 A; 2OZS A; 4BVP A; 3TAE A; 5HBM A; 1HJR A; 1EWR A; 1HJO A; 4I9L A; 2UU9 K; 2W41 A; 5AR0 A; 3V1Q A; 2YHX A; 4I2Q A; 5AQP A; 1EP4 A; 3TAP A; 3QEI A; 1M90 O; 2FF6 A; 1RBS A; 1CLQ A; 4BR4 A; 5C2D A; 3NDK A; 3T3F A; 4GY2 B; 4V19 S; 4O5F A; 4LF9 K; 2IOC A; 3VET A; 4H5R A; 1LOT B; 3M5R A; 3RWU A; 4KHQ A; 3MX5 A; 3O3G A; 3D2F B; 4B3S K; 4BWM A; 4LFC K; 2B6A A; 4E7H A; 4W5R A; 2DFH A; 2OAN A; 3CMA N; 1OH6 A; 3ZT4 A; 4C1N K; 4U67 L; 4FM0 A; 4BRN A; 5A2Q O; 4YFU A; 4FJI A; 3SPY A; 3JSM A; 5HLF A; 1NK7 A; 3G6E N; 1NKC A; 5M1P A; 4JK7 A; 4N41 A; 4JKB A; 4B3R K; 3ZX2 A; 3CD6 N; 1NGF A; 1DLO A; 5AZI A; 5JS1 A; 4IOA L; 3KVG A; 4C1N I; 3BGR A; 4FWL A; 1VQN N; 3VQD A; 2Z1H A; 3OY9 A; 3TTC A; 1VQO N; 4LF6 K; 2JWK A; 4B08 A; 1BQN A; 4KO0 A; 2F4V K; 3NAE A; 3NFA A; 1JCE A; 3LL3 A; 4M3Y A; 3A2F A; 2G8V A; 2IS3 A; 3J7Z O; 3QES A; 4CHQ A; 4ELT A; 4K8X A; 4CZK A; 2G8U A; 4MFB A; 1NGA A; 3MEE A; 3S3N A; 1Q8I A; 1YT3 A; 1HNV A; 1IKV A; 3BZK A; 4MO4 A; 4QS8 A; 1BCM A; 5GAD P; 4PY5 A; 1T8E A; 3I55 N; 1REV A; 2GTD A; 1L3U A; 1UAX A; 3VEO A; 2RF2 A; 1ATN A; 1FKO A; 4BRH A; 4W5T A; 2UYT A; 1QSS A; 4PL8 A; 4GV3 A; 3WQT A; 5AFU A; 1DGK N; 1XC3 A; 4JD2 A; 3AGK A; 3M1F A; 3VOV A; 5KPT A; 1HNX K; 2ETJ A; 2A3Z A; 4IKF A; 3OA9 A; 3CPE A; 4FK0 A; 4B1Y B; 3J8A A; 4DQS A; 3VEX A; 1WSJ A; 5HRP A; 3NGZ A; 3QEP A; 4KH5 A; 4YHH K; 2NUB A; 4JS5 A; 2PFU A; 3UKR B; 4FWM A; 3TSQ A; 1QVF M; 1IBL K; 3VTI A; 3OYB A; 1SL1 A; 4H5W A; 1FXX A; 4Z0U A; 1Q82 O; 4FLU A; 4KH4 A; 2G8W A; 1BA1 A; 3NVK A; 3MWT A; 4M63 C; 4YNQ A; 2HST A; 1NJZ A; 4GW6 A; 3NCI A; 4FJM A; 4BRF A; 4FJ9 A; 3VQA A; 3SMP A; 4WFB L; 4FM2 A; 1ZBI A; 1C1B A; 3HP6 A; 1UA1 A; 3TWH A; 2HHW A; 2ASO A; 2JGU A; 3CJA A; 1TAU A; 1B92 A; 3JXU A; 4B1Z A; 4M3R A; 4FOI A; 3ASM A; 4IFV A; 4IDK A; 5C42 A; 3QB0 A; 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