2X6NA

Human foamy virus integrase - catalytic core. manganese-bound structure.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
PQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSGSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 60
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x6nA00
2X78A 1O1WA 1REVA 3AA2A 3KK3A 3I8DA 3T3FA 4CGIA 2GV9A 4DTOA 1U45A 1RTDA 2EX3A 3ZSWA 2D5RA 3VQAA 3C94A 4ID5A 4E7LA 4DU4A 1TL3A 4CHPA 5FRMA 5JS1A 1TKXA 1ASWA 2YKNA 4G1QA 3K58A 1RBRA 3OYKA 4DU1A 2PYLA 2P5GA 3KKSA 3P5JA 3RTVA 3QEWA 3MXIA 2YNFA 3O4QA 4E7IA 3DLKA 3HSTB 4O4GA 3LP0A 1WAFA 3AVHA 4Z4FA 3T19A 3VQ5A 3L3VA 4DQSA 1FKOA 3AVJA 1J53A 1TVRA 3WNFA 1ZBHA 5I42A 3NAEA 4M41A 2AJQA 2VWKA 1IH7A 4CJEA 2X6NA 3NGYA 1QE1A 1WSFA 1VSFA 4IG0A 3D45A 1SV5A 3DRPA 4CJUA 4CJQA 4CJVA 3SJJA 4XIUA 5J2PA 1SKSA 3LPTA 2YHAA 4OKEA 3TAQA 4DQIA 1B9FA 3M8RA 3LANA 4DTSA 3RWUA 4KTQA 3OVNA 2XY6A 1VSKA 3RR7A 3MEEA 3V4IA 1C1BA 4FJXA 2OPRA 2BANA 2PY5A 5K14A 3NHGA 4DLEA 4DMNA 3HVRA 5J2QA 2BE2A 3I0RA 3IS9A 2ZD1A 2VG5A 4CJKA 1NJYA 4CJLA 4EP4A 3KLFA 2KTQA 4ELTA 1TKDA 3ISNC 2OZSA 1WNSA 4M3XA 4PWDA 4GW6A 2XY7A 3G10A 4OPJA 4CHOA 1KVCA 1TGOA 2VG7A 1S9EA 3ZSYA 4Z4EA 4N56A 1DLOA 3QERA 3S3MA 3KLIA 1YTUA 4DF4A 3HL8A 1NK9A 4Z4GA 4O0IA 3SV4A 1S5JA 3NCIA 1B9DA 1RBUA 1DTQA 1KVBA 1HRHA 3AVGA 3NF6A 3WNEA 4B9UA 4RW8A 2WONA 2IS3A 4I9QA 3L2RA 3EZ5A 4BDZA 3SQ1A 4LSLA 4DSEA 4KI4A 1VSEA 3DM2A 4KV8A 4MFBA 4DS5A 1HMVA 1RDBA 3BGRA 1RDCA 1MU2A 1NOZA 3KTQA 1RBTA 1TK0A 3B6OA 3LALA 4FLZA 4ELUA 4BE1A 3MEDA 4GMJB 3NFAA 1QSLA 4FJMA 3MXJA 3VQ8A 1D9FA 4KHSA 1VK0A 2RPIA 3DOKA 1C0TA 1XHXA 4H8KA 4DTRA 3L8BA 2I5JA 1W0HA 2G8HA 4BDPA 4EZ9A 2KZMA 4KHNA 1TL1A 4FYDA 2Z1HA 1ASVA 4HTUA 4E89A 3ZT4A 3HM9A 4B08A 3CFPA 2HHXA 4WE1A 4FJHA 3PO5A 2P1JA 4BE0A 3VQ9A 1WSEA 4OVLA 4CJ4A 4Z4HA 3RMAA 2ITGA 1TK5A 4BWMA 1QTMA 2HHSA 2FBVA 3ITHA 1TK8A 4FJIA 2DY4A 3QEXA 1DTTA 2OPPA 3FFIA 1NK8A 3HYFA 3OS1A 4DFPA 1XI1A 4AHRA 4N41A 4CEDA 3BDPA 4KHWA 1Z25A 3OYDA 5HROA 4C8KA 5J1EA 4W5QA 2DTUA 3D0PA 3AA4A 3DI6A 1D8YA 3NF8A 3VA3A 1SKWA 3QIOA 4HCCA 4O55A 4CEZA 4B9NA 4DTJA 1LW2A 2IDOA 3OYJA 4CGJA 4N47A 3KKRA 2G8KA 3O3GA 1UOCA 2W42A 1ZBLA 1RBSA 1YTAA 1KVAA 1WSJA 3AVNA 4F2RA 2VG6A 1IG9A 5KRTA 3DOLA 4CHZA 2FBXA 2QXFA 1RDDA 2HNZA 5KI6A 4ZTFA 4CJPA 3TAFA 3CFOA 4I9LA 4CE9A 4QCLA 1WAJA 3ZSVA 1NKBA 2X6SA 1XC9A 1TAQA 4FJJA 3K5LA 1VSDA 4FLWA 4AH9A 3RRHA 4FZZA 1X1PA 4ZTJA 1IKWA 4LSNA 1KLNA 4M3ZA 3NBPA 3U3YA 3DRSA 3L2UA 3TI0A 3H08A 1L3VA 3PX6A 2YHBA 4KFBA 3OYFA 2G8WA 4FLVA 3SUQA 4J2AA 4CEQA 1EKEA 4E7KA 4KAZA 2D0BA 1ZBFA 5CZ2A 1NK6A 5C24A 4CHYA 4F3TA 1QSSA 4IKFA 1RT7A 4CJ3A 4EZ6A 2HW3A 1X9WA 2NUBA 4J2EA 2FBYA 4B8CA 1HNVA 1NK0A 1NK7A 1RTIA 3VA0A 1RT2A 4GVMA 1NJXA 3P83D 1UA0A 3KD5E 3V1QA 1UWBA 5HP1A 4IFVA 4CK1A 4W5RA 1C0UA 4BACA 4DSJA 5J2NA 1NJZA 3S3NA 3QEPA 3LZJA 1VSMA 4CJRA 4N5SA 3ZSRA 4DTPA 5T7BA 4E1MA 4YNQA 4C8LA 1QSYA 4CJFA 3CYMA 4NYNA 4JLHA 1A5WA 2P51A 4NCAA 3AVKA 4KHYA 4FJGA 1SUQA 1KSPA 3CM6A 3OS2A 4CESA 3QESA 1VSIA 1S1TA 4OKKA 3PX4A 3DMJA 2IC3A 4CEAA 4ZHRA 1WLJA 3K5NA 1KCFA 4CIGA 4IFYA 1WSIA 4OLAA 1NKCA 4KTZA 4FLXA 1JKHA 3DLGA 2X74A 3EY1A 1SL0A 4DSKA 3M8QA 1N6QA 2ETJA 5CY4A 1BI4A 1JLCA 1QS4A 4EP5A 1CZ9A 2O4IA 2ATQA 4M45A 4B9LA 4KREA 4CEFA 3HP9A 3MXMA 2Q3SA 4RW6A 4FLYA 3LPUA 1JL2A 4LY7A 4O0JA 2QKKA 2OPQA 1RNHA 2Y1IA 3PUFA 3NH0A 1EP4A 4QAGA 3OYNA 1RTJA 2VWJA 3LZIA 4CF9A 5C42A 3SPZA 2Y1JA 3TAEA 2YNGA 3SYZA 1T03A 1X9MA 4KB0A 4BWJA 4AHTA 4Q5VA 4Z4IA 3VQ6A 4MQ3A 5CYQA 3ZSQA 4UQGA 1YVUA 2XHBA 3KIOA 4BDYA 3KLHA 1NJWA 1JL1A 4QOZB 1RDAA 1IKYA 2A1SA 3K2PA 5I3UA 2JGUA 3SUNA 4F3OA 3ASMA 3SI6A 1S1XA 1IKXA 4E3SA 1S1UA 2YNIA 4DSLA 3M8SA 1TAUA 5KGWA 2XY8A 5E41A 3K59A 2E6MA 4DFMA 4CF2A 1VSJA 4W5TA 3RMBA 3TANA 3SQ0A 4CF0A 4B9SA 2YV0X 3M8PA 4FM2A 2P5OA 3TAPA 3QETA 1JLBA 3TARA 2YKMA 1RCHA 3I0SA 5KRSA 3HP6A 1RT5A 2OPSA 4JS5A 4FM1A 3PY8A 1TKZA 4CJ5A 5SWMA 4FJ7A 1F21A 1N5YA 3VQCA 1S1VA 3AV9A 1XHZA 4PQUA 3V1RA 3LWLA 3VQ7A 1LV5A 2Z1IA 4FJNA 3EYZA 1T8EA 4CK2A 2XY5A 1NK4A 1HQUA 1T05A 1J54A 4F2SA 2ZE2A 4DFKA 2DFHA 4OLBA 3A2FA 3OYHA 3HVTA 4OGCA 4I2PA 1WSGA 2FC0A 5KGXA 3NH1A 3OYGA 4F8RA 2Z1JA 1RT3A 3AVLA 3SUPA 1CLQA 1UA1A 1A5VA 4CECA 3V9UA 3KK2A 4FZXC 3C95A 2G8FA 1J5OA 4AHUA 1JXBA 4KTWA 3OYLA 3O3HA 3V9SA 3P1GA 4IDKA 3QNOA 1JLGA 4CJWA 3AO4A 3OYAA 1IO2A 3HPHA 2KQ2A 1Q9XA 3SV3A 1HPZA 4FJLA 3U3GA 4DTMA 4E7JA 4FVMA 3ZT2A 4ID1A 1D9DA 2BDPA 4FM0A 3V9XA 3AA5X 3NF9A 1C0MA 2HVHA 4LH4A 1VRUA 3WNGA 3L2QA 2G8VA 4KB1A 4CIFA 4FCYA 3AVAA 1NKEA 1ZBUA 4E1NA 1ZYQA 2F8TA 1VSHA 1WSHA 1HYVA 4M3WA 3K5OA 1KLMA 3LWMA 3ZT3A 3HO1A 4FLTA 1T7PA 2RKIA 1A5XA 2D0CA 4CGDA 3U6FA 4KHQA 1QQCA 3HXMA 1CXUA 4OJRA 4C8NA 4E0DA 3QINA 3KD1E 3AVIA 3CQ8A 3OYMA 4CF8A 3AO2A 4RW7A 4CFAA 1D5AA 2O4GA 3LP2A 4FK4A 2KFZA 1C1AA 3HPGA 3LP3A 1EX4A 2E6LA 3QIPA 5SZTA 2G8IA 4K8XA 3OYBA 4FXDA 4I7FA 3VQ4A 4DTNA 3TABA 3MEGA 4HVJA 1NOYA 3NGIA 1J9AA 4KKOA 4PA1A 3V9WA 4DQRA 1S6QA 4ICLA 4Y1CA 4CGGA 3KLGA 5FRNA 3HJFA 5DK5A 3NGZA 1Q8IA 5HRRA 3AVCA 3DYAA 3B6PA 4RW4A 4HCBA 1FKPA 4M3YA 2Z1GA 3LP1A 3OJUA 5CYMA 4OPKA 4JS4A 2RF2A 2HNYA 3QO9A 3V81A 1RBVA 4FW1A 1C6VA 4Q0BA 4DWIA 3LAKA 5HRNA 4O5BA 4B8AB 4DS4A 2DFEA 3AVBA 3AO3A 3UIQA 4OGEA 2ZQBA 3SQ2A 3T1AA 3K5MA 1U4BA 4DSIA 3L2WA 3C6UA 4NCGA 2B5JA 3V9ZA 3QEVA 3HPOA 3DLBA 2OYQA 1TKTA 3NE6A 4FK2A 3VQPA 4M3UA 4IBNA 4B9TA 4C8OA 1U47A 1HYZA 4CERA 3SUOA 1YT3A 1BQMA 3ZSXA 3RRGA 4FJ8A 3S3OA 1BQNA 2HHVA 1FK9A 4NYFA 3MAQA 1U48A 4FZYA 5EU7A 1HYSA 4DG1A 1B92A 4B9VA 3DLRA 3DLEA 1BI4B 3ZCMA 1W9HA 4FJKA 4KHUA 1IKVA 2RN2A 4HUGA 3LDSA 3E01A 1L3UA 1JLAA 4CGHA 3JSMA 3L2VA 4L8RB 4O44A 1VSLA 2JLEA 4AHVA 1BIZA 3RMCA 1S9GA 2KZZA 1U04A 2HNDA 4W5OA 1SL2A 4DTUA 2HHWA 3MECA 1GOBA 3QLHA 4M3RA 2GUIA 1JLEA 3WNHA 2KFNA 4CF1A 4F4KA 3AA3A 3AO1A 4HUFA 1RT1A 3RMDA 4N76A 3ULDA 1CXQA 1U49A 4FW2A 2WOMA 3RR8A 1L5UA 2HHQA 1LWCA 4J2BA 3F9KA 1LAWA 2D0AA 4FLUA 1I39A 5KTQA 2OA8A 1QHTA 4CFDA 4H4OA 4R5PA 1HNIA 5HRPA 3JYTA 1Q9YA 1ZBIA 4DQQA 3VQDA 4KRFA 1S6PA 4Z0UA 2PYJA 3IRXA 3ZT1A 3SPYA 2LSNA 3V1OA 4CFBA 1I3AA 4HHTA 2A1RA 1L3SA 4ELVA 1RT6A 4KI6A 4PUOA 2KW4A 2F8SA 1LAVA 3K57A 4BE2A 4LD0A 1EETA 3SZ2A 3DRRA 3V6DA 1WN7A 4FJ5A 3OS0A 2PZSA 2HMIA 3KLEA 4CJSA 1BISA 4JRPA 5CZ1A 4AILC 3ZT0A 3TAGA 3ZSOA 4CHQA 2QK9A 1VRTA 3SCXA 2HHTA 1EXQA 4CGFA 4CK3A 1RILA 4H4MA 3NDKA 3AO5A 3OY9A 1Y97A 5J2MA 1KTQA 2DFFA 4RG8A 3QNNA 5HBMA 1BCOA 4LH5A 2XRIA 3TAMA 2G8UA 3AVMA 4CHNA 5HRSA 3NF7A 1GOCA 3TR8A 4Z4CA 1KFSA 4DQPA 5JS2A 3G0ZA 3O3FA 1BIUA 2E4LA 3OYCA 1R0AA 3VQBA 4E7HA 3NH2A 1C1CA 4J2DA 1K6YA 4I2QA 3IG1A 4CEEA 4JRQA 4K8ZA 2BGGA 5FDLA 4B9MA 1G15A 3CM5A 4KO0A 2B4JA 3QEIA 1NK5A 1BL3A 1TV6A 4PY5A 4DTXA 2B6AA 3VN5A 1JLFA 4OKJA 3ALYA 1JLQA 3S9HA 4RW9A 4CCHA 4HUEA 4NCBA 1SL1A 5DMRA 3KJVA 1FXXA 1S1WA 2R7YA 4DSFA 3OYIA 2YNHA 5HLFA 1L3TA 3ZSZA 1SKRA 1HQEA 2OZMA 1CZBA 3PX0A 3CG7A 4Y1DA 2HHUA 4W5NA 3F73A 4CEOA 2GBZA 5C25A 3VQQA 4DLGA 1HJRA 4DU3A 1ASUA 2EHGA 2QKBA 3LAMA 3KK1A 1GOAA 2HB5A 3AVFA 3IAYA 4DFJA 3PV8A 4M3TA 1BGXT 4FJ9A 3CFRA 3OYEA 3VQEA 3L3UA 4KPYA 1LWEA 5D3GA 4FK0A 2IAJA 4YFUA 1BCMA 1XWLA 5FROA 4AHCA 2XO7A 2F96A 4C8MA 1X9SA 3C6TA 4TSXA 3PO4A 4B3OA 1UAXA 4M42A 3SQ4A 1LWFA 1LW0A 1JXEA 4AHSA 3O4NA 4DF8A 4CFCA 4CJTA 4CIEA 3DLHA 3SNNA 3THVA 2IOCA 4E19A 3HK2A 1BHLA 1ITGA 2IGIA 1RT4A 2FBTA 4CEBA 3HT3A 1RTHA 4IG3A 2HVIA 3OJSA 1KRPA 1Z26A 3TWHA 1KFDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T3FA 4A61A 3BZCA 1BOTO 2ZJPL 1GLLO 1ASWA 4BR0A 4G1QA 2PYLA 3OYKA 4DU1A 3KKSA 4IXCA 2QWOA 3VQ5A 4GNIA 1FKOA 4CZHA 3CF5L 1TVRA 2VWKA 1HKGA 4CJEA 5AQIA 1QE1A 1WSFA 4HTLA 4CJVA 1DEJA 3GOIA 2YHAA 4OKEA 3WEEA 3THWB 1B9FA 4KTQA 3UE5A 1OH5A 2QTDA 3V4IA 4U67L 4FJXA 2PY5A 5K14A 4DLEA 3H3NO 3I0RA 3IS9A 2ZD1A 3KLFA 3CC4N 3I8BA 4IJNA 4GW6A 3G10A 2HVIA 4CHOA 3ZSYA 1DLOA 4IEIA 1OH8A 2FF6A 3HL8A 5LY3A 3E9LA 3ATVA 1S5JA 1B9DA 3WNEA 1DTQA 1KVBA 3AAQA 2O8CA 4RW8A 3HSCA 4KI4A 2F9TA 1H1VA 4MFBA 4DS5A 4FOIA 3KTQA 2I7NA 1TK0A 3LALA 1NBWA 1Z05A 3O8MA 4KHSA 3VETA 3C6HA 2RPIA 1M1KO 4H8KA 4DTRA 4KHNA 1T6CA 1TL1A 2GEMA 4E89A 3CFPA 2HHXA 2F7TA 2GELA 3F2KA 3VQ9A 4CJ4A 3J7YP 1DTTA 4WFAL 3HYFA 3OS1A 5BRFA 5AQRA 5AQKA 1NM1A 3VF6A 3VA3A 3QIOA 4B9NA 4CGJA 4N47A 3ZX3A 1K8KB 3O3GA 5GAGP 2VG6A 3EKSA 1WOQA 5KRTA 2FBXA 2QXFA 3EKUA 2HNZA 2VGNA 3H45C 4CE9A 1WAJA 3CQYA 3D2EB 2HF3A 4CBWA 3UKRA 5AQMA 2UYTA 4FJJA 3MCPA 2ZWHA 4FZZA 4XEIA 4LSNA 4M3ZA 4H5RA 3QMLA 3L2UA 3L4QA 3OYFA 2G8WA 5KPZA 1ZBFA 1XQSC 3CCSN 5GAEP 4CZIA 4EZ6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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