2X6NA

Human foamy virus integrase - catalytic core. manganese-bound structure.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
PQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSGSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 60
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x6nA00
1S9EA 1U45A 4DSKA 3V9UA 1X9MA 1RBSA 4CJWA 3RMDA 1WAFA 1B92A 4FZYA 1BQNA 3NF6A 3PUFA 3BGRA 1WSEA 3MEEA 3NF9A 4DTNA 4KI6A 2RKIA 4EP4A 1CLQA 4RW4A 5HRRA 4Z4FA 4DTXA 4LD0A 4HUEA 3OJSA 1IKWA 1T05A 3DLEA 2FBXA 3O3GA 3L2UA 3V6DA 3KK3A 3NGIA 3QNOA 4DTRA 1CXUA 3CM6A 4AILC 4K8XA 1S1TA 4B8AB 4CJ5A 5HRPA 4JRQA 3QEPA 3IAYA 3OJUA 4CF1A 3L8BA 5J2MA 3BDPA 4F3TA 4DTUA 2WOMA 3S3NA 1VSKA 3U6FA 4BACA 5C25A 1QE1A 3CFOA 2FC0A 3L3VA 2PY5A 4LH5A 4YFUA 1U04A 1LW2A 4AHUA 1RT1A 1G15A 4B9MA 4DG1A 1BQMA 4IDKA 4C8NA 1D9FA 1C1BA 1JLBA 2VWKA 3C6UA 3V9SA 1ZBUA 4O44A 1RDCA 2BDPA 1BL3A 3CQ8A 3KKRA 1WN7A 4E19A 4B9NA 3F9KA 4JRPA 2DY4A 3NGZA 1XWLA 1TAQA 1O1WA 4W5QA 2VG5A 3ZSXA 4FXDA 4CGHA 3OVNA 3KIOA 2HHXA 2GV9A 3M8RA 4J2DA 4Z4GA 3KD1E 1A5WA 2BANA 1HJRA 3VA0A 3HVTA 3WNHA 1EETA 4ID5A 3TAQA 5JS2A 3F73A 3NFAA 3AA2A 4FLWA 1C0MA 2WONA 4UQGA 4FVMA 1GOAA 1L3TA 1J5OA 4KHNA 2AJQA 4CJQA 4DU4A 4CF2A 4FK2A 1YT3A 3E01A 2HNDA 3AVCA 1VRUA 2RN2A 3ZSYA 5J2PA 1T7PA 3HT3A 4FLZA 3NE6A 4N5SA 2QK9A 3O4NA 4FLUA 4DS4A 4QOZB 1S5JA 4CIFA 3K5MA 1BI4B 3CM5A 3AO3A 3HPOA 4DS5A 2IDOA 4FJ7A 1NOZA 2A1SA 1B9DA 1GOBA 1RT4A 3S3MA 4CJLA 3P1GA 4DQSA 4M3XA 3DYAA 1JL1A 3NCIA 4J2AA 4CEOA 4I7FA 4AHTA 4DSIA 2I5JA 3LP2A 1TVRA 3ZT3A 3OS2A 2KFNA 3OYGA 3QEXA 3I0SA 4MQ3A 1BISA 3AO1A 4CF9A 1ZBIA 4IKFA 2VWJA 3QEIA 3OYMA 3HL8A 2GBZA 1EXQA 3AVKA 3AVNA 4NYFA 1RT7A 2JGUA 2YKNA 4KRFA 4FJGA 1HYVA 3L3UA 1D8YA 4HUFA 3SQ4A 3OYIA 4B9LA 3PX0A 3TANA 1RTDA 4KKOA 2BGGA 2XY8A 1SL0A 1RILA 4E7IA 1WSIA 2YHBA 4CGFA 4DTJA 2E6LA 4CHOA 3PV8A 1JLEA 1TKZA 4CHPA 3HM9A 1KCFA 1TKDA 4DQQA 3SYZA 3RMCA 3RR7A 4PWDA 4H4MA 4HTUA 4E1NA 1YVUA 1L3VA 4FLVA 1L3SA 4W5NA 1BGXT 2OPQA 3ZCMA 1NK4A 4QCLA 3NHGA 1L3UA 2G8KA 4FM1A 2F8TA 5KGWA 4EP5A 4CF8A 3AV9A 1T03A 3HK2A 3VA3A 4CEAA 1S1WA 1C1CA 4Q5VA 4M42A 3CFRA 2HHUA 1A5VA 3T3FA 4NCGA 3SQ1A 1JKHA 3OYKA 3KK1A 1D5AA 3ULDA 1TK0A 4FJNA 1HQUA 2B5JA 3QO9A 5KGXA 4Z4IA 4I2QA 3D45A 4KHSA 5EU7A 1NJYA 1NKBA 3ZSRA 1T8EA 3G0ZA 1X9SA 4OKEA 4F2RA 4CEQA 1SL1A 5SWMA 2DFEA 4DTMA 5SZTA 4BWMA 3PY8A 4KTQA 4N56A 1B9FA 3WNGA 4E1MA 3PO4A 2F8SA 3IG1A 1EX4A 1QTMA 4ELUA 4CJ4A 4BDYA 4CGJA 4ELVA 2DFHA 4Y1CA 1JL2A 4CEBA 3DLGA 2D0CA 4N47A 1KFSA 1KFDA 4FW1A 3NAEA 4M3RA 1QSLA 1KTQA 4FM2A 3HJFA 1VSEA 3KLGA 4KTWA 4BE0A 3K57A 1QS4A 4WE1A 5DK5A 4CIEA 3IRXA 1LW0A 3VQAA 1J53A 1ZBHA 4DF8A 3EYZA 1U47A 4DU3A 2PZSA 4DSJA 4CJ3A 4MFBA 4JLHA 2OZMA 2KZZA 4C8LA 4CJRA 2Z1HA 1JXBA 3ZSWA 4LH4A 5CZ2A 4B08A 4DU1A 1UAXA 2GUIA 3AA5X 4NYNA 1IKVA 1BHLA 4E0DA 1RTHA 4KB1A 3SV3A 4CJUA 2BE2A 3C6TA 4CFAA 4FJ5A 4CIGA 4FJKA 3K5OA 4OKKA 3ZT0A 1IG9A 1RBUA 4ZHRA 5E41A 3HO1A 1UOCA 2Z1GA 3V9WA 4FK4A 4G1QA 4GMJB 5C24A 1VSMA 4AHVA 4DQRA 3TWHA 1TKTA 3U3YA 3TAEA 4PUOA 4R5PA 4FJHA 4FJJA 1JLAA 1WNSA 4OVLA 4M3UA 3P5JA 2YHAA 1RDBA 1FXXA 1RT2A 1TGOA 2HHTA 1Z26A 4F3OA 4E7HA 4CFDA 1KLNA 4KV8A 2ITGA 4BE1A 4CK3A 2HHWA 4DSEA 3MXIA 1HPZA 1IKXA 1HRHA 4CF0A 2JLEA 1DLOA 3MXMA 4DTOA 4HCCA 4KPYA 3K2PA 2KTQA 3AVAA 3VQ9A 3OYCA 3JSMA 1U4BA 1TV6A 2YNIA 3K5LA 3V9XA 2Q3SA 3B6OA 3PO5A 1CZ9A 3SUOA 1YTAA 3SQ2A 4DF4A 1WAJA 4CFBA 1TL3A 2KZMA 2XHBA 4CESA 4OLAA 1ZBFA 3SNNA 1RBTA 4B3OA 4IG0A 1RTJA 1IO2A 2P51A 3SUNA 1NJXA 3KLFA 1U49A 4DMNA 1VSHA 3RTVA 1HQEA 1SL2A 2OYQA 3M8PA 1HYSA 2ZD1A 1RT5A 3V9ZA 4KHQA 1QHTA 5CYQA 4O55A 4AHCA 1C0TA 3HP6A 3M8QA 1QSSA 4J2EA 2G8FA 5FRMA 3TAMA 2FBYA 4CE9A 1I39A 2YV0X 5D3GA 3HVRA 2RPIA 3UIQA 3KKSA 2XY6A 4CHQA 3NH2A 2ZE2A 2ETJA 1NK5A 2P5OA 4Q0BA 4BE2A 4B9SA 5KI6A 4RW9A 2HHVA 2QKBA 3LP3A 3LAMA 1J9AA 3OYLA 4N41A 4HUGA 1RDAA 3THVA 3QINA 1RNHA 2PYJA 3QEWA 3V1OA 3HSTB 4RW6A 3RMBA 5KRTA 4CCHA 4O4GA 2Z1IA 1ASUA 1IH7A 3ASMA 3HXMA 4KHYA 1XI1A 4EZ6A 3CFPA 4FJ8A 4LSNA 3D0PA 3AA4A 1VSJA 3SUPA 2X6SA 2Y1JA 3L2WA 2YNHA 1LAVA 3AA3A 4IG3A 1Q8IA 4M41A 4E89A 1FK9A 3KLEA 4HHTA 1C0UA 4LY7A 3NH1A 4JS4A 3OYDA 1LWFA 4CJEA 3C94A 1NKEA 4E3SA 4DTPA 3I8DA 3H08A 3EZ5A 3QETA 4RW7A 3NDKA 4FZZA 4O5BA 2HHQA 4M3WA 4Z0UA 1RBVA 2XY7A 4DFKA 1BI4A 1HNVA 2HNYA 3MAQA 3SI6A 1TK5A 4CJKA 1JLFA 3S9HA 3CYMA 1S9GA 3K58A 3LP1A 3V81A 4I9QA 4FYDA 4B9UA 3ZSVA 4BDPA 4KHUA 5HBMA 3KLHA 3KK2A 4CJSA 4DFMA 5DMRA 3SPYA 1J54A 1X1PA 4OPJA 1GOCA 5HLFA 1C6VA 3DLKA 2HW3A 3T1AA 3DOLA 3AO4A 2VG6A 4ID1A 1IKYA 1Y97A 3HYFA 2X74A 3KJVA 4M3TA 3O3HA 4DSFA 4OGEA 4PY5A 3NH0A 2OPPA 5FDLA 1S1UA 4OKJA 3AVFA 3AVBA 3V1QA 3SPZA 1Q9YA 1HMVA 1VK0A 4AHSA 2W42A 3ITHA 2HB5A 3VQEA 2ATQA 3QESA 4DQIA 4KAZA 2QXFA 1I3AA 3QIOA 2G8WA 2IGIA 4W5RA 4CJPA 4FZXC 4Y1DA 1S1XA 3DOKA 4Z4CA 5JS1A 3O3FA 1BIZA 1L5UA 3QLHA 4RG8A 4M3ZA 2OPSA 3RRGA 2B4JA 1SKSA 3OS0A 4RW8A 3EY1A 3VQBA 3OYFA 1NK7A 1BIUA 4CEZA 4KFBA 4C8MA 2P5GA 3RMAA 1BCMA 2HHSA 3TABA 2KQ2A 4CK1A 1LWEA 1SUQA 1WSJA 3P83D 3QIPA 1TKXA 1CXQA 2E4LA 4CECA 4HVJA 3KD5E 4M3YA 3K59A 3VQ4A 4FJ9A 4CJTA 4I2PA 3SZ2A 3TR8A 1KVCA 4DFPA 2F96A 3ZT1A 3MXJA 5J2NA 3SQ0A 3RWUA 3AO2A 3L2QA 3RR8A 4AHRA 4E7JA 3DLBA 4FCYA 3IS9A 1UA0A 5K14A 3DMJA 3S3OA 4ICLA 4FLTA 1ZYQA 2G8VA 1VSFA 1KVBA 4OLBA 3OS1A 1KVAA 3VQCA 1ZBLA 2IC3A 4H8KA 4F8RA 2DTUA 4FLYA 1S6PA 3AVHA 4O0IA 5I42A 4DQPA 3VQDA 1NJZA 3DRPA 4ZTFA 5FRNA 3ZT4A 2IOCA 3C95A 4CEEA 1JLGA 3TAGA 4F2SA 3LALA 1TK8A 2Z1JA 4J2BA 2IAJA 4CGGA 4HCBA 5C42A 3B6PA 4CEFA 1YTUA 4AH9A 1VSIA 4DSLA 4N76A 1SKWA 4FJLA 1NK8A 3DM2A 1LV5A 4ELTA 2QKKA 1XHZA 1VSDA 3DLRA 1FKPA 4H4OA 4DLGA 1DTQA 2YNGA 3AVGA 4DLEA 1SV5A 2XRIA 4B9TA 3SJJA 3ISNC 3QNNA 2PYLA 2HVHA 4IFYA 4L8RB 5I3UA 3TAPA 1LAWA 4W5TA 5HROA 3HP9A 1MU2A 3G10A 4GVMA 3FFIA 4TSXA 4OPKA 1X9WA 2HMIA 4KB0A 4CGIA 2HNZA 3OYHA 3ZT2A 2O4GA 3LANA 1EKEA 5CYMA 3ZSOA 1XC9A 3DRRA 1C1AA 4GW6A 3PX6A 1RTIA 3OYEA 4CHZA 1NKCA 1ASVA 1QQCA 3VQ5A 4KREA 1JLQA 3AVLA 2Y1IA 3NGYA 2ZQBA 3OY9A 3NF8A 3VQ6A 3T19A 3LP0A 4JS5A 5HP1A 2G8UA 4B9VA 1KLMA 3QERA 2FBVA 1D9DA 1KRPA 2OA8A 4F4KA 3DRSA 1K6YA 4M45A 2D0AA 3MECA 3OYJA 3LWLA 4FJIA 1UWBA 1KSPA 1HNIA 1N5YA 1NOYA 3LAKA 3SUQA 3VQPA 2VG7A 1Z25A 3OYNA 1WSGA 2YKMA 2KFZA 4Z4HA 1NK6A 2B6AA 3LWMA 3SV4A 4CERA 1W0HA 3AVMA 2OPRA 4FW2A 3VQ7A 2X78A 2D0BA 1VSLA 3L2RA 1RDDA 3A2FA 1DTTA 5J2QA 1ITGA 3MEDA 2A1RA 2HVIA 3L2VA 4NCAA 3KTQA 4CHNA 1TL1A 5CY4A 4FK0A 1JXEA 4BDZA 3NBPA 3NF7A 1VRTA 1EP4A 3VQ8A 3ZSQA 1W9HA 3LZIA 2G8IA 4C8KA 2IS3A 5CZ1A 1SKRA 3WNEA 4K8ZA 4PA1A 1RCHA 2XO7A 4OGCA 3V1RA 3VN5A 4ZTJA 3AVIA 4CEDA 4KO0A 5HRNA 3TAFA 2G8HA 3DI6A 4OJRA 1JLCA 5HRSA 4DWIA 1ASWA 1LWCA 1RT3A 4I9LA 3TI0A 4IBNA 1NJWA 1U48A 2RF2A 4QAGA 3TARA 1RT6A 3HPGA 3AO5A 1F21A 1A5XA 2LSNA 2EHGA 4YNQA 4EZ9A 1NK9A 1RBRA 2NUBA 1TAUA 3PX4A 1S6QA 3LDSA 4KI4A 4KTZA 4B8CA 5J1EA 4CJFA 2D5RA 4BWJA 3LPUA 1REVA 4KHWA 4XIUA 3KLIA 2KW4A 3U3GA 3LZJA 3MEGA 3I0RA 4PQUA 4NCBA 1HYZA 2XY5A 4O0JA 4DFJA 2YNFA 3ALYA 3O4QA 5FROA 5T7BA 1WLJA 1NK0A 4CFCA 2R7YA 4LSLA 4CHYA 3RRHA 1N6QA 1R0AA 3HPHA 3QEVA 4CGDA 1UA1A 2O4IA 1FKOA 2E6MA 3OYAA 3M8SA 4CK2A 3AVJA 4C8OA 2DFFA 3OYBA 1CZBA 2EX3A 3K5NA 4E7KA 4E7LA 4IFVA 3JYTA 3VQQA 3V4IA 3SCXA 3LPTA 3DLHA 1WSFA 2FBTA 5KTQA 4FJMA 3WNFA 5KRSA 3CG7A 3ZSZA 4FLXA 4DTSA 1BCOA 2X6NA 4CJVA 1Q9XA 2P1JA 1QSYA 1XHXA 1WSHA 4FM0A 1S1VA 4Z4EA 2OZSA 4W5OA 4FJXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S9EA 2YHYA 4JHDA 3RMDA 1VQ4N 1BQNA 3BGRA 4BRPA 4BY9C 2E2PA 4Z4FA 4LD0A 1WUAA 4HUEA 3V6DA 1X9JA 3QNOA 3QEPA 2UXCK 2QM1A 4CF1A 5J2MA 3WXIA 3BDPA 4DTUA 1VSKA 4JK7A 3U6FA 5IWAK 5C25A 4CZIA 2GELA 4YFUA 1RT1A 4DG1A 3C7NA 4IDKA 2Q0RA 4C8NA 2O8BB 1D9FA 2VWKA 1JLBA 3V9SA 4CJ7A 4B9NA 1WN7A 3QB0A 5AFUA 1BOTO 3CHWA 3BUZB 3KIOA 1GLAG 2O8DA 4J2DA 5AQNA 3HVTA 4DR7K 1HKBA 1C0MA 2WONA 4FK2A 2HNDA 3ZSYA 1VRUA 4DR4K 3HT3A 4GKJK 4FLUA 3BEXA 1S5JA 1NOZA 4CJLA 4JI0K 3DYAA 3R8EA 1E4GT 4X62K 3LP2A 3QEXA 5EXWA 1BISA 3AO1A 4A62A 1NJIO 4JKBA 4KRFA 1RT7A 2YKNA 3EO3A 4DV0K 1HYVA 3L3UA 4MDAA 2QWRA 2V52B 2P9PB 3PX0A 3TANA 2BGGA 2PFUA 4FOEA 2XY8A 1VQ6N 4DTJA 5GAEP 2E6LA 3HM9A 1J5EK 4DQQA 2KKZA 1N36K 4E1NA 1YVUA 1L3VA 1L3SA 1BGXT 3ZETB 4WFNL 3MN9A 4NLCA 4C1NI 3MX5A 4CF8A 1T03A 3HK2A 4CEAA 1S1WA 1C1CA 4M42A 2W40A 5GIPA 3QBXA 3VEXA 4V19S 1JKHA 1D5AA 5EVZA 1TK0A 1OH7A 5C2FA 5EU7A 1VQ9N 1XQSC 1X9SA 4F2RA 2HBMA 2NZTA 1LCUA 4LF5K 3CMEN 3AGKA 2FSKA 4KTQA 4N56A 2VCPA 3WNGA 2F8SA 3CIPA 4CJ4A 4CGJA 1JL2A 3DLGA 4B1XB 2D0CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1S9E A;  2YHY A;  4JHD A;  3RMD A;  1VQ4 N;  1BQN A;  3BGR A;  4BRP A;  4BY9 C;  2E2P A;  4Z4F A;  4LD0 A;  1WUA A;  4HUE A;  3V6D A;  1X9J A;  3QNO A;  3QEP A;  2UXC K;  2QM1 A;  4CF1 A;  5J2M A;  3WXI A;  3BDP A;  4DTU A;  1VSK A;  4JK7 A;  3U6F A;  5IWA K;  5C25 A;  4CZI A;  2GEL A;  4YFU A;  1RT1 A;  4DG1 A;  3C7N A;  4IDK A;  2Q0R A;  4C8N A;  2O8B B;  1D9F A;  2VWK A;  1JLB A;  3V9S A;  4CJ7 A;  4B9N A;  1WN7 A;  3QB0 A;  5AFU A;  1BOT O;  3CHW A;  3BUZ B;  3KIO A;  1GLA G;  2O8D A;  4J2D A;  5AQN A;  3HVT A;  4DR7 K;  1HKB A;  1C0M A;  2WON A;  4FK2 A;  2HND A;  3ZSY A;  1VRU A;  4DR4 K;  3HT3 A;  4GKJ K;  4FLU A;  3BEX A;  1S5J A;  1NOZ A;  4CJL A;  4JI0 K;  3DYA A;  3R8E A;  1E4G T;  4X62 K;  3LP2 A;  3QEX A;  5EXW A;  1BIS A;  3AO1 A;  4A62 A;  1NJI O;  4JKB A;  4KRF A;  1RT7 A;  2YKN A;  3EO3 A;  4DV0 K;  1HYV A;  3L3U A;  4MDA A;  2QWR A;  2V52 B;  2P9P B;  3PX0 A;  3TAN A;  2BGG A;  2PFU A;  4FOE A;  2XY8 A;  1VQ6 N;  4DTJ A;  5GAE P;  2E6L A;  3HM9 A;  1J5E K;  4DQQ A;  2KKZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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