2X6SA

Human foamy virus integrase - catalytic core. magnesium-bound structure.
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
PQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSGSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 62
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x6sA00
3DOKA 4RG8A 1VSLA 1QTMA 1SKWA 1FKPA 3KLIA 3SCXA 2E6LA 4NCBA 4N47A 1EP4A 4CJVA 4LSNA 1Q9XA 2D0AA 4Z0UA 3F73A 2XY6A 1JLBA 3H08A 4B9SA 4F4KA 4KI4A 3V81A 1RBSA 4JRPA 1Y97A 1LWCA 1UOCA 2Q3SA 3NH1A 4B8CA 3QEVA 1TK0A 4C8OA 4DSLA 1TL3A 3DOLA 1WSGA 3OYJA 1J53A 3HL8A 1QS4A 1RBUA 3V1OA 4CJRA 3EY1A 4BDZA 4IFVA 3C6TA 1Q9YA 3ZSZA 1D9FA 3V9UA 2ZE2A 3DLRA 3M8QA 5JS1A 4KFBA 4CGJA 1HMVA 3SUOA 4ELUA 4CHNA 3I8DA 1BHLA 4NYFA 3SZ2A 3OJSA 1CZ9A 1LW0A 1VRUA 2Z1JA 1WSEA 3TANA 4Z4GA 1RDBA 4E7IA 4CF0A 4W5QA 1HJRA 3SQ0A 3ZSWA 3MXMA 4KRFA 3VQ7A 4CJLA 1X9WA 3K57A 4FLUA 1EX4A 2OPQA 4E1MA 2QKKA 4O4GA 3QNNA 1HNVA 1QSSA 4FW1A 3AVMA 1KVBA 1TV6A 3QESA 2KFNA 1IKWA 1JXBA 3LPTA 4E19A 3CFRA 1KFDA 4B9TA 5J1EA 3RMCA 3MEEA 1TKDA 3LP0A 1EETA 2ATQA 4O55A 1TAUA 3ITHA 3K5NA 4GMJB 3KTQA 4DQPA 4PUOA 3VQEA 1ASVA 1EKEA 2ZD1A 3TAQA 1NKBA 5C24A 2G8VA 1Z25A 4CESA 4CK3A 1ZBUA 5C25A 4W5RA 3THVA 3U3YA 4KTQA 2RF2A 1NK7A 3HVTA 3L2QA 3NAEA 1WSFA 1QSLA 1B92A 1WAJA 4RW9A 3PX4A 3AO4A 2LSNA 3NFAA 3DLHA 4J2EA 4OVLA 5C42A 4GVMA 2OA8A 4DFMA 1A5VA 1I39A 4M41A 3OYLA 5SZTA 3OYEA 1NK6A 2HHUA 1HQEA 2HHQA 1SL0A 1JLGA 3PO4A 1O1WA 4M3ZA 1S1XA 1NKCA 2HVIA 4FM0A 3TAFA 1TAQA 4RW6A 1JXEA 1VSHA 2YKNA 4E1NA 2HMIA 2NUBA 1T7PA 1IKVA 4DMNA 3U3GA 3OYAA 4JS5A 4CECA 2YNFA 2KZZA 3HPGA 3OYBA 5HROA 3S3MA 1G15A 1HNIA 4AHTA 1U49A 1RDDA 4DS4A 3AVNA 1KLNA 2KZMA 1S5JA 3AO3A 2Y1JA 4DTRA 5DMRA 4Z4HA 3VQBA 1T05A 4QAGA 4KTZA 3OS1A 1YTAA 3V1RA 4RW8A 2E4LA 2E6MA 4CIFA 1S6QA 2FC0A 3K2PA 4AHRA 4FLYA 3SPZA 4FJHA 1D5AA 4CGHA 5HBMA 4DQSA 2X6NA 3SPYA 2YKMA 4DTSA 1R0AA 4C8LA 4B9UA 3L3VA 5FRNA 4OPKA 1QQCA 4EP5A 1HQUA 4B9NA 2AJQA 3SQ2A 3KD1E 3QO9A 3KLHA 4GW6A 4G1QA 4B08A 4CEBA 2P1JA 2A1RA 3KD5E 1RT6A 5J2MA 3NHGA 3T1AA 3VA3A 4B9LA 1KVCA 2GBZA 4E89A 3AVIA 4NCAA 4M3TA 3HPHA 2OZSA 1BL3A 4N76A 1TKTA 3AA3A 3V4IA 4Y1CA 3AVFA 3S3OA 3RR7A 4DTXA 3OS0A 1U47A 1ZBFA 3WNHA 1RT3A 3NH0A 4DF4A 3EZ5A 1LAWA 5HP1A 3HP6A 4CJTA 1ZYQA 4CHPA 3AV9A 2VG6A 1XHZA 1JKHA 4F2SA 2DY4A 3S3NA 4CFCA 4F8RA 4FJGA 3ZSVA 1WN7A 3LP3A 4IKFA 2HHTA 3HJFA 2HHVA 3KK3A 1UA1A 3LWMA 4FLZA 1ZBHA 1SV5A 3TABA 4AHVA 1RBVA 4KV8A 1SL1A 4Z4CA 1K6YA 1WSJA 3TWHA 5J2PA 3ZSYA 1WLJA 4E3SA 1FK9A 3C6UA 1LV5A 4LSLA 3QERA 4KB0A 1RDAA 2ITGA 3SUNA 4FXDA 3HM9A 4PWDA 5I42A 4DSKA 2WONA 5HLFA 1C0UA 3PUFA 2P5GA 4FYDA 1YTUA 1NJWA 5CY4A 4Y1DA 3V1QA 3CM5A 3WNEA 4FZXC 3ASMA 2BE2A 4ZTJA 3L2UA 1Z26A 4LY7A 4J2DA 3KIOA 4O0JA 2PZSA 4IBNA 4C8MA 4DG1A 2PYLA 5K14A 1NK4A 1RTDA 4FZYA 2X74A 1XWLA 3CYMA 3OYGA 4DQRA 4DQIA 5KGWA 1SL2A 1RBTA 3JYTA 1JLQA 2IDOA 4BE0A 3DLBA 4CERA 1GOBA 4EP4A 3SUQA 3SQ4A 4DTMA 1C1CA 4FK0A 5FRMA 3SV4A 3SYZA 3T19A 4CJ3A 4FJKA 4M3WA 2RPIA 1VSEA 2I5JA 1BQMA 2JLEA 3CM6A 5HRSA 4W5OA 1XC9A 2O4IA 2HNZA 3P5JA 3HVRA 4CJQA 1IKXA 1U04A 3OJUA 2RN2A 1XI1A 2EX3A 3V9ZA 3RRGA 3DRSA 3OYCA 1IO2A 1JLEA 1KRPA 4KPYA 3DM2A 4WE1A 3A2FA 3BDPA 2KW4A 2A1SA 1RDCA 3KLEA 3EYZA 3VQ5A 3OYHA 2R7YA 3AVCA 1FXXA 3B6OA 2HB5A 3LALA 3OVNA 3AO2A 3KKRA 4K8ZA 2B4JA 2VWKA 1BGXT 4KHQA 4Z4IA 3VN5A 1X1PA 1JL2A 5SWMA 3D45A 1UA0A 4OKKA 4H4MA 1HYVA 4FW2A 3VA0A 4OGEA 2BDPA 4KHYA 1HYSA 4BACA 2G8FA 4B8AB 1NK5A 3VQDA 4EZ9A 3T3FA 4CEAA 4R5PA 4O44A 4CJSA 4XIUA 3MEDA 2FBYA 3RMDA 4CIGA 4KAZA 2QK9A 1TL1A 1RT1A 4DU4A 2XHBA 3RRHA 3TARA 4I9QA 3TAMA 3IRXA 3V6DA 4FLTA 1C1AA 5FROA 2Y1IA 3PX0A 2O4GA 4N41A 4DTOA 4FK4A 1S1TA 1T03A 1NKEA 3SQ1A 2X78A 3SUPA 5HRPA 1J54A 1LW2A 3ZSRA 3KLFA 3LAMA 4CF2A 3ULDA 4B9MA 4M42A 2HHWA 1DLOA 2HNDA 4I2QA 3ZSXA 1VSFA 2VG5A 3C95A 3ISNC 3P1GA 4YNQA 4FVMA 1WAFA 3JSMA 3NH2A 4IFYA 4BDPA 4AHCA 3HYFA 4N5SA 3DMJA 4MQ3A 1RTHA 1X9SA 2YNIA 4ZTFA 4AHUA 2B6AA 1RT7A 1VSMA 1WSHA 1F21A 3O4NA 1VSDA 4KO0A 5DK5A 3VQ6A 3K5MA 4ID5A 1IG9A 4KB1A 4CGFA 4I2PA 3L2VA 4J2AA 3ZSQA 5EU7A 2FBXA 1JLCA 4CF8A 1IKYA 1BQNA 2B5JA 3LANA 3WNGA 1NOZA 3PX6A 3FFIA 4PQUA 2IAJA 3VQ4A 4FLWA 4IDKA 2VG7A 4HVJA 4FZZA 4JLHA 1RBRA 3VQPA 1A5XA 4CEDA 4CJFA 4JRQA 2KQ2A 3KKSA 3KLGA 1NJZA 4HUEA 1S1WA 3LDSA 4DTUA 4FJNA 3HO1A 1W9HA 4FJIA 5HRRA 1HRHA 1RTJA 3AA4A 2OPPA 2IGIA 3CFOA 4CGDA 1DTQA 2HHXA 4HCCA 3RTVA 3LWLA 3MXIA 3NF8A 4DU3A 3TAGA 1VRTA 1BIZA 2IS3A 2XO7A 1ZBLA 2G8WA 1LWFA 2X6SA 2VWJA 3HSTB 1EXQA 2D0CA 4DFPA 4DTPA 4K8XA 3OYFA 4DS5A 3O3GA 4LD0A 1YT3A 1S1UA 4E7LA 1TGOA 1L3UA 3KK1A 4ELVA 3NGIA 4KTWA 2XY7A 1N6QA 1BI4B 2KTQA 4DFJA 4OJRA 2W42A 4F3TA 3NF7A 1S9EA 1WNSA 4NCGA 5KRTA 4FJJA 1NK8A 4M3UA 1L3SA 1BCMA 4Z4FA 3BGRA 1L3TA 1C6VA 3VQ8A 4AHSA 4HCBA 3NF9A 4OPJA 4HHTA 1GOAA 1C1BA 1JL1A 1MU2A 3HP9A 5T7BA 2EHGA 3SI6A 3TAPA 1LAVA 1U48A 5D3GA 3PV8A 4CEOA 1U45A 1CXQA 4I7FA 1YVUA 4BWMA 4CF1A 3LZIA 3LZJA 4HTUA 4M3XA 3AVKA 2HHSA 4DU1A 4KHSA 3LP1A 4PY5A 3V9SA 4E7JA 4ID1A 4KREA 2HVHA 2DFEA 5KGXA 1W0HA 2GUIA 2XRIA 4JS4A 1A5WA 4FJ9A 1KLMA 2F96A 4FJ7A 4CHQA 1SUQA 3I0RA 3G10A 4I9LA 1RT2A 2ZQBA 3VQCA 3WNFA 4CGGA 1D8YA 3OYMA 1UAXA 3L2RA 1CZBA 1NK0A 2IC3A 1KVAA 3VQQA 2G8HA 1VSKA 3MAQA 3HK2A 3HT3A 1B9DA 2P51A 4H4OA 3PO5A 4E0DA 1ITGA 1HPZA 4FLXA 2DFFA 1JLFA 4ELTA 4DF8A 5JS2A 3M8PA 4LH4A 4CEEA 1REVA 2JGUA 3DRPA 4MFBA 3L8BA 5J2NA 2G8IA 4CHYA 4DWIA 4J2BA 3QIPA 1RTIA 4CFAA 5J2QA 4DSFA 4C8KA 3AVGA 1SKRA 4B3OA 4DQQA 1T8EA 3F9KA 3D0PA 3LP2A 1QHTA 4ZHRA 1HYZA 1SKSA 5KRSA 5CZ1A 4Q5VA 3RR8A 4CCHA 1TK8A 3DLGA 3IAYA 1KTQA 3HXMA 3RMBA 2P5OA 4EZ6A 2OZMA 3I0SA 3ALYA 2G8UA 4KHNA 1GOCA 4UQGA 3L2WA 1TKXA 3QINA 4CK1A 2OPRA 3HPOA 1LWEA 4CFBA 3O3FA 3SJJA 3AVJA 3ZT0A 3TI0A 3NE6A 4CJWA 3K59A 2D0BA 5KTQA 4FJ5A 3U6FA 1L5UA 2OPSA 1TKZA 1RT4A 4BE2A 1RNHA 4CJ4A 3SV3A 4E7HA 2GV9A 2Z1GA 3DYAA 1QE1A 4C8NA 3IS9A 3NGZA 4DSEA 3AA5X 1CXUA 4CK2A 1BI4A 3QEXA 3VQAA 1ZBIA 1L3VA 3UIQA 4M3YA 4DLGA 3E01A 4DSIA 4FM2A 3NCIA 1VK0A 3DRRA 3TR8A 4W5NA 4CEFA 2F8SA 3AO5A 2HNYA 1DTTA 4LH5A 1TK5A 1ASUA 3OYNA 3TAEA 4ICLA 5CYMA 4AILC 3MECA 3LAKA 3CQ8A 3ZT4A 4CF9A 3O3HA 4W5TA 4H8KA 4YFUA 3B6PA 1C0MA 1RILA 4RW4A 3DLKA 2QKBA 4BWJA 1N5YA 4F3OA 3QEWA 1IH7A 2YNHA 1NOYA 2XY8A 1VSJA 2YNGA 4BDYA 3OYIA 3S9HA 3AVAA 3ZCMA 1VSIA 4E7KA 2D5RA 4Q0BA 1TVRA 5HRNA 2YHAA 3NF6A 1WSIA 2DTUA 4CJKA 3QEPA 2IOCA 2YV0X 3QLHA 4OLBA 2WOMA 1RT5A 2FBVA 3QEIA 5CYQA 4DFKA 4CE9A 3ZT2A 1NK9A 2DFHA 4IG3A 4O0IA 1JLAA 1ASWA 1KCFA 4RW7A 4CJUA 4FJMA 1BCOA 3C94A 4M45A 3VQ9A 3KK2A 1KFSA 3LPUA 4DTNA 3DLEA 4CEZA 3K58A 3QIOA 3PY8A 3M8SA 4DLEA 2BANA 2BGGA 3NGYA 3AVBA 3MEGA 5I3UA 4L8RB 4FM1A 3OYDA 1Q8IA 3K5LA 4CEQA 1S6PA 3K5OA 4CHZA 3NBPA 3CFPA 1QSYA 3AO1A 1S9GA 4HUFA 2F8TA 3O4QA 4KKOA 4FCYA 4QOZB 1UWBA 3IG1A 1C0TA 5KI6A 1J5OA 4OLAA 3V9XA 4KI6A 1KSPA 3QNOA 3RWUA 4AH9A 4CJ5A 4KHUA 1RCHA 2PY5A 4CHOA 4CJPA 3V9WA 3AVHA 4HUGA 2OYQA 1U4BA 4DSJA 1I3AA 2Z1IA 3KJVA 3ZT3A 2RKIA 2FBTA 4CJEA 4OKJA 4OGCA 3SNNA 2KFZA 3AVLA 1S1VA 2G8KA 3OY9A 1NJYA 3RMAA 4IG0A 1J9AA 4B9VA 4BE1A 5FDLA 4KHWA 4Z4EA 1B9FA 4DTJA 3G0ZA 2PYJA 4OKEA 4CIEA 1BIUA 3CG7A 4N56A 3DI6A 2XY5A 1X9MA 3OS2A 3ZT1A 1NJXA 4NYNA 4FJLA 2HW3A 4TSXA 4FLVA 2YHBA 3P83D 4CGIA 5CZ2A 1XHXA 4FJ8A 1D9DA 4O5BA 1CLQA 3OYKA 3M8RA 3ZSOA 4FK2A 2ETJA 2QXFA 3AA2A 2Z1HA 3L3UA 4CFDA 4F2RA 1BISA 4M3RA 4QCLA 4PA1A 3QETA 3MXJA 3NDKA 5E41A 4FJXA 1FKOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSLA 5C10A 1EP4A 5BPLA 1RDUA 5AQNA 3DXKA 3ZYYX 3F73A 1JLBA 4MDAA 1RBSA 4IEIA 4JRPA 1UOCA 4FWRA 3OTOK 1TL3A 3OYJA 1QS4A 4LF6K 3EY1A 4IFVA 3FZFA 3G25A 2BUPA 1D9FA 2ZE2A 5LJWA 2E1YA 3SUOA 1NGAA 5GINA 3SZ2A 2Z1JA 4BC5A 1WSEA 3ZEUB 4IO8A 3MXMA 3VQ7A 3F9MA 3K57A 3AVMA 1KVBA 3KWIA 1Q82O 4E19A 4B1UB 2QXLA 3RMCA 3GOIA 4O55A 3ITHA 3K5NA 4OPHA 4DQPA 2D0PA 3VQEA 1ASVA 3TAQA 5C24A 1Z25A 3THVA 4KTQA 1NK7A 1WSFA 5BPNA 2UUBK 2LSNA 1Q7YO 2P9IA 3EN9A 1A5VA 1HNZK 1I39A 5BRDA 2HF4A 4BQLA 5SZTA 1NK6A 3TPQA 1HQEA 3L4IA 2HHQA 3ULEA 4DV1K 2HVIA 2O8FA 1TAQA 3BEXA 2Q36A 2Q0RA 4E1NA 3DLLL 1T7PA 3U3GA 3FLCO 4JKCA 3HPGA 4BR7A 4AHTA 1U49A 3IMXA 1HNWK 3AVNA 4YORA 1K9MO 3GBTA 3AO3A 5FPNA 2Y1JA 3VENA 4DTRA 4Z4HA 3VQBA 1NMNA 4QAGA 5KQDA 3OHRA 2E6MA 4CZFA 4B3TK 2FC0A 1K8KB 1X3NA 4DQSA 3SPYA 5CE3A 2YKMA 1YJWN 4OPKA 3CETA 2CH5A 4GW6A 2J4RA 2A1RA 1RT6A 5J2MA 3VA3A 2Q2RA 1KVCA 2GBZA 3AVIA 2O8CB 3AARA 4M3TA 3HPHA 1BL3A 2E2PA 4Y1CA 1ILYA 3AVFA 5JICA 5LMUK 4JV5K 3IDHA 3HP6A 2VG6A 4CI6A 4BRKA 4EFHA 2DY4A 2H3GX 3JXUA 1XMQK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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