2X6SA

Human foamy virus integrase - catalytic core. magnesium-bound structure.
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
PQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSGSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 62
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x6sA00
3E01A 1WNSA 3PX6A 1IKWA 4CJSA 3KK2A 3L2UA 4FLUA 3TR8A 3QO9A 4OJRA 1NKCA 4FZYA 3IRXA 3VQ8A 2LSNA 3OJSA 3F73A 1RTIA 2GV9A 1LWEA 1YTAA 5FROA 2RN2A 2XY5A 4E3SA 1BISA 4FJXA 5SZTA 4E7JA 1L3SA 4DU1A 2O4IA 2HNYA 3AA4A 1ZBUA 4PA1A 4LSNA 4N47A 4CJKA 4LH4A 3C6UA 3KLIA 4KO0A 3PY8A 1KTQA 2FBVA 3LAKA 3MEEA 4RW6A 3AO2A 3LDSA 3LALA 1U4BA 4FZZA 2D0AA 1UA1A 4EZ9A 3SQ0A 1RCHA 2I5JA 4CF8A 3IS9A 1VRUA 1LW0A 1KCFA 1ASVA 3G10A 3AO3A 3SPZA 3RMAA 1C1CA 3S3OA 3U6FA 1B9DA 4F4KA 1ZYQA 3K59A 4CEBA 3CQ8A 5CZ1A 3SUOA 1O1WA 1TKZA 4DSKA 5HBMA 3SI6A 2HHUA 1A5XA 4KTZA 4DQQA 2DTUA 1JLQA 4CF1A 1NJZA 3NHGA 1SL0A 3AVBA 2X74A 3MECA 1CXQA 3HP6A 4DFMA 1EETA 4E1MA 5C42A 4HUEA 3T3FA 3SCXA 1ZBLA 3DLGA 3LP1A 3AVJA 1LWCA 2VG6A 4C8KA 1Q9YA 1NK8A 1DLOA 4CIFA 4CJRA 3VA3A 4IFVA 1KVCA 3L3VA 3LWLA 3VQ5A 2XY6A 2HVIA 3V9WA 1FKPA 4G1QA 4AHUA 4DFJA 4KI4A 3HL8A 3KK3A 2Y1JA 1XHXA 1WSIA 4PY5A 1BIZA 4DSIA 3HXMA 4B08A 4KFBA 4AILC 4I7FA 2OZSA 4DG1A 1JL2A 1BQMA 4KB1A 2Z1IA 3ALYA 5KTQA 3M8PA 1X9WA 2JLEA 4ICLA 1I39A 3ZT2A 3SPYA 1J9AA 4KHNA 1S1UA 3OYMA 1VK0A 3LWMA 3OS0A 3ZT3A 3JSMA 4M3YA 1LV5A 4M42A 4B8CA 3V9UA 4DQRA 1REVA 3VQAA 4GW6A 3NAEA 3DLBA 4C8OA 4O4GA 3HM9A 4E7IA 3PX0A 2KZMA 4AHRA 4AHVA 1JXEA 5T7BA 4W5RA 4Z4GA 1YVUA 2QK9A 3P83D 1Z26A 1TVRA 3K5LA 3V9XA 4DFPA 1KFDA 3TAQA 4IBNA 5J2MA 4M3XA 1U04A 4FJ5A 1VSDA 3RRHA 5CY4A 3THVA 4BDPA 4DF8A 1KLMA 2KFZA 2W42A 1HNVA 3ZT4A 2P51A 4FJ7A 2YHBA 1JL1A 4LY7A 1KVBA 3PV8A 1NJYA 2BE2A 2KQ2A 4MFBA 2RF2A 3L3UA 4CGHA 3RMCA 4CJWA 4Z0UA 5KRTA 4FJLA 4Z4HA 4FXDA 5HP1A 3NF8A 3OY9A 2PZSA 4FLWA 1HQUA 5KRSA 4DSJA 3ZSXA 3SZ2A 1JLCA 4BE1A 1JLFA 3ULDA 4CEAA 3KLGA 4BACA 5KGWA 4FLTA 4BE0A 4FM0A 1RTDA 3AVCA 4QOZB 1TKDA 1J54A 5HRSA 3HVTA 1UWBA 3ASMA 1L3VA 2E4LA 3VN5A 3PUFA 2YNHA 4H4OA 3SUNA 1YTUA 4I2PA 4CE9A 4LSLA 1TKTA 3DI6A 3ZT1A 5HROA 4B9LA 4CEDA 1RT4A 1YT3A 1KVAA 1S5JA 2QXFA 4CF0A 5KI6A 4CECA 4CHPA 1FK9A 3HVRA 1B92A 4CIEA 4F2RA 3ZSZA 4KPYA 2HNDA 1TK0A 4DU4A 1NK9A 1EX4A 5FRNA 2KZZA 3F9KA 2YV0X 1N5YA 4M3UA 4FJGA 1IO2A 2FBXA 3ZSVA 3AVHA 3DLRA 4O0IA 4DS5A 1FXXA 3K58A 4OPKA 3OJUA 4YFUA 2HMIA 4KAZA 5SWMA 2D5RA 3QEVA 4OLBA 3V1QA 4M3RA 3NFAA 1T05A 4KHQA 4B9SA 4CJ4A 1NK6A 3MEDA 3WNGA 2IOCA 3LAMA 4E7KA 3KLEA 1UAXA 4FVMA 3UIQA 4NCAA 4C8MA 4DTMA 3IAYA 5CYQA 2Z1JA 2Z1HA 3LP0A 4W5QA 4CFDA 4EP5A 1NOYA 3OYIA 2IS3A 4CJQA 4ELVA 1MU2A 1NK0A 1BCMA 4KHWA 4N56A 4DSEA 3D45A 5J2NA 3QNOA 1CZ9A 1Q9XA 4IG0A 3AVLA 4DTNA 4DTXA 2X6NA 3CFOA 1WAJA 4JRQA 1N6QA 3TAEA 3V9SA 1IKVA 4H4MA 1KSPA 1JLGA 1S6QA 1BL3A 2HHSA 4FJ9A 2OPPA 5C24A 4LD0A 3CFRA 3NDKA 4AHSA 3OYKA 1HMVA 2VG5A 1T03A 2Z1GA 3NBPA 4M41A 1KFSA 3L2WA 1WSJA 4OLAA 1RBUA 4HCBA 3K5NA 1RT6A 1TL3A 3ZSRA 3OS1A 4E89A 3VQBA 1WAFA 2FBTA 3VQ9A 3MAQA 4FLZA 3TAMA 5E41A 1WSFA 4DLGA 3PX4A 3K57A 3NH2A 4QAGA 4ID1A 4CHZA 3L2VA 3KKSA 3AVMA 4CEQA 1SL1A 1SUQA 2E6MA 1WSGA 1S6PA 5CYMA 4FJIA 4J2AA 1X9MA 4DWIA 3B6PA 3SQ1A 4F8RA 4BE2A 4H8KA 1TAUA 3V6DA 3KIOA 3K5OA 3WNFA 4J2DA 4OPJA 1HNIA 3NF6A 2HHQA 1RT2A 5J2QA 3OYAA 2IDOA 1D9FA 4IDKA 3AVFA 1RT3A 4NCBA 4QCLA 1L5UA 3LANA 3H08A 4DSLA 2A1SA 3AO5A 1U49A 2OYQA 4WE1A 3P5JA 1VSJA 4K8XA 3CYMA 3L2QA 5HRPA 4ZTJA 1WN7A 4CHNA 4W5TA 4CGFA 3HSTB 4CK3A 3AVGA 3OYLA 3DMJA 2PYJA 1ASUA 3RTVA 4PQUA 3QIPA 5HLFA 1WSHA 4DTPA 1J53A 2RPIA 4C8NA 3NE6A 4KRFA 1T7PA 2IC3A 3SV4A 1UOCA 1GOCA 3HPOA 4B9NA 4C8LA 3AVKA 3IG1A 1TK5A 3ZCMA 3QLHA 4OGEA 1SL2A 1CZBA 3P1GA 3V1OA 3T1AA 4KTWA 1RBSA 3SV3A 4DQSA 3MXJA 4RW4A 4O0JA 3I8DA 4CF9A 4F2SA 3KLHA 4W5OA 4NCGA 4FK0A 3DRRA 4MQ3A 2DFHA 3KKRA 4O5BA 4OVLA 3LPTA 1RBVA 3TAPA 5EU7A 1VSIA 3I0RA 4KB0A 1QHTA 4CJ5A 1W0HA 4Y1CA 3MXMA 5DK5A 3ZSOA 2QKBA 1EKEA 1XC9A 3B6OA 3RR7A 3SUQA 2D0CA 1XI1A 2WOMA 1JLAA 4BWMA 3CFPA 3NGIA 1CXUA 3KLFA 3M8SA 1RTHA 2ZQBA 3NF9A 3DOKA 3M8RA 3AVIA 3OYGA 1C0TA 3AA2A 3C6TA 1U47A 4RW8A 1JXBA 4KTQA 1SV5A 5D3GA 3OYDA 4CFBA 3V4IA 2HVHA 1C1BA 4CESA 4KV8A 1EP4A 1Y97A 2GUIA 2D0BA 4I9LA 4FW1A 4DLEA 3VQPA 1HYSA 1VSMA 2FBYA 2VWKA 3WNHA 3LP2A 4OGCA 4CERA 5C25A 4BDZA 3SYZA 2YHAA 1QTMA 3U3GA 1RDAA 1VRTA 2ATQA 3DLEA 4B9VA 1S9EA 2HNZA 1TV6A 3TI0A 1QSLA 2G8VA 1KRPA 1LW2A 1TL1A 1G15A 3RR8A 4J2EA 5FRMA 3U3YA 4FJMA 1QE1A 2YKMA 2BANA 2G8HA 4GVMA 1XHZA 3TWHA 4CK1A 4EP4A 1TGOA 4J2BA 4CJFA 2O4GA 3I0SA 5I42A 4CEEA 4XIUA 1BCOA 1BI4A 2YNGA 4M3WA 2P5GA 1HQEA 3EYZA 1BGXT 2A1RA 1I3AA 4PWDA 4Z4EA 2HHWA 1QSSA 2XRIA 1RBTA 2XHBA 1NJXA 1Z25A 3V9ZA 4FK4A 2HHVA 1SKRA 4HHTA 4E7LA 4F3TA 4CJPA 2VWJA 1S9GA 3O3GA 1SKWA 1HJRA 4CJUA 2G8FA 3D0PA 4FM1A 3C95A 3NH1A 1RDDA 4CGGA 4FJ8A 2B5JA 2HHTA 4OKJA 5J1EA 2DFFA 1L3TA 1F21A 3DRPA 1D8YA 4FLVA 3ZSWA 3HPHA 4DTOA 2XY7A 3RMDA 2DFEA 4Q5VA 2PY5A 2GBZA 4CGDA 4BDYA 2NUBA 3CM6A 1D9DA 2AJQA 1NJWA 1GOAA 1C1AA 2F8TA 1C6VA 3ITHA 3QINA 4FYDA 1RT7A 4DTJA 3OS2A 3DYAA 3BGRA 2QKKA 1VSKA 3OYFA 3QIOA 2EHGA 2HHXA 3AVNA 3O3FA 3OYHA 4HCCA 1HPZA 3G0ZA 4JS5A 4FW2A 4AHTA 2KW4A 3AVAA 4R5PA 4AH9A 4ZTFA 4CJTA 1IH7A 2IGIA 1ZBHA 5HRRA 3LZIA 3TAFA 2KFNA 1S1TA 4CK2A 1S1WA 2Q3SA 4JRPA 4ELTA 4FJHA 4M3TA 4E19A 4ELUA 4N5SA 5KGXA 1C0UA 4KKOA 4CJ3A 1ZBIA 1J5OA 3S3MA 4IG3A 3CM5A 4BWJA 4YNQA 2P1JA 2B6AA 3VQ4A 1VSEA 1HYZA 3O3HA 3QESA 3V1RA 3QNNA 1A5VA 1TK8A 4B8AB 4N41A 3NF7A 2OA8A 3AO4A 1LAVA 3RWUA 1IG9A 2OZMA 1DTQA 2XY8A 1JLBA 1ZBFA 3QEXA 4L8RB 4JS4A 4DTUA 3AO1A 4HTUA 4E0DA 1X1PA 1DTTA 3AV9A 3VQQA 5FDLA 4FCYA 2G8KA 4F3OA 4PUOA 4FLXA 3HJFA 3NH0A 2YNIA 2JGUA 4OKKA 1U48A 1NKEA 3DLHA 2ITGA 4E1NA 3VQEA 4B9UA 1BIUA 3L2RA 4FZXC 4W5NA 4Q0BA 3KJVA 4M45A 1Q8IA 1ITGA 4Y1DA 3ZSQA 4DFKA 4NYFA 1A5WA 2F96A 3HP9A 3KK1A 4FJJA 4Z4IA 1QS4A 3DOLA 4DMNA 2F8SA 4KREA 2BGGA 5HRNA 3NGYA 4DTSA 2DY4A 4CJLA 2B4JA 2ETJA 1RT1A 4HVJA 3VA0A 2Y1IA 1XWLA 2OPSA 5I3UA 4B9TA 4CIGA 3KD5E 4CEOA 2YKNA 4RW7A 2R7YA 1RT5A 3TARA 2KTQA 1RDBA 1U45A 2E6LA 3HPGA 4GMJB 5CZ2A 1RILA 1X9SA 3KD1E 5JS1A 3NCIA 3NGZA 1CLQA 4IFYA 3LP3A 4DQIA 1RBRA 4I2QA 4KHUA 4DS4A 1VSHA 2YNFA 2OPRA 3OYCA 3PO5A 1BI4B 1LWFA 1RNHA 3RMBA 3ZT0A 3O4NA 3OYNA 3OYEA 1ASWA 4DQPA 4M3ZA 4I9QA 2OPQA 2P5OA 3V81A 3VQDA 3QERA 4JLHA 4CEZA 4DSFA 3S9HA 1NOZA 2ZD1A 4O55A 4OKEA 4CEFA 4EZ6A 4RW9A 4Z4FA 3MXIA 3S3NA 5JS2A 1QSYA 1UA0A 3VQ6A 2X78A 5J2PA 4IKFA 1VSLA 4UQGA 3HK2A 3K5MA 4CJEA 1WSEA 5K14A 4CCHA 1TAQA 1GOBA 1S1VA 2ZE2A 4RG8A 3LZJA 3QETA 3EY1A 1NK7A 3O4QA 2EX3A 1HYVA 3T19A 4O44A 2RKIA 1BQNA 4CF2A 3EZ5A 3WNEA 4FJKA 1W9HA 1NK4A 4KI6A 2G8IA 1L3UA 3M8QA 4K8ZA 1NK5A 3SNNA 4Z4CA 1LAWA 2BDPA 3QEPA 3HT3A 3TANA 2G8WA 3DRSA 4CHOA 1QQCA 1C0MA 4NYNA 4CFCA 4KHYA 2IAJA 3AA5X 3A2FA 1VSFA 2VG7A 3FFIA 2XO7A 3TAGA 4FLYA 3KTQA 3OYBA 3K2PA 3JYTA 1JKHA 4HUFA 3PO4A 1RTJA 1NKBA 1R0AA 1EXQA 2HB5A 1WLJA 3SQ2A 1D5AA 3RRGA 1FKOA 5DMRA 1S1XA 4ID5A 4E7HA 4KHSA 4CGIA 3BDPA 3HO1A 3MEGA 4DF4A 1SKSA 4ZHRA 1JLEA 3OVNA 1RDCA 2PYLA 4HUGA 3TABA 1BHLA 2FC0A 4CHYA 3QEWA 3QEIA 1KLNA 4CHQA 4FJNA 1B9FA 3DLKA 3L8BA 4AHCA 3AA3A 3DM2A 3VQCA 4CGJA 4FM2A 4DU3A 4N76A 3VQ7A 3HYFA 3C94A 3ZSYA 3SQ4A 2X6SA 4B9MA 3SUPA 1HRHA 4CJVA 1K6YA 3SJJA 4TSXA 3OYJA 1T8EA 2G8UA 4DTRA 1IKYA 3LPUA 4LH5A 4B3OA 1TKXA 1IKXA 2WONA 2HW3A 3ISNC 3CG7A 4FK2A 4CFAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E01A 1WNSA 3PX6A 1M1KO 3QBWA 3IRXA 3OHRA 1YIJN 5AZIB 4B3MK 2V7ZA 1OKJA 1HNXK 2XY5A 1BISA 1L3SA 3AA4A 1ZBUA 5AQMA 4PA1A 4LSNA 3C6UA 4JKBA 2QWRA 4JKHA 3PY8A 4RW6A 3UKUB 3LALA 1NBWA 2D0AA 4EZ9A 1VRUA 4H0VB 4LF9K 3AO3A 3RMAA 3G4SN 4CZHA 3FE1A 4F4KA 4BRGA 1ZYQA 4CEBA 2E2QA 1TKZA 4DSKA 4KTZA 1OH8A 4ILJA 3AVBA 1ZBLA 4HUEA 5C42A 3ZEUB 4C8KA 1DLOA 2YI1A 4CJRA 3ZETA 3LWLA 3VQ5A 4FWSA 2FXUA 4AHUA 4KI4A 5BPLA 4DFJA 3LDOA 4PY5A 2HMPA 4KFBA 2OZSA 4JEPA 3KWGA 4JHDA 2Z1IA 2JLEA 5A2QO 4KHNA 5GAHP 1VK0A 3JSMA 3ZT3A 3V9UA 1NGCA 4IEIA 3DLBA 4C8OA 3HM9A 3VMFB 4Z4GA 4JK9A 1Z26A 4IBNA 4WCEL 4M3XA 4BRNA 1U04A 5JVGL 2W42A 2P51A 1VQ8N 3VGMA 3UB5A 5M1KA 1KVBA 3E1YA 2KQ2A 3VEWA 3RMCA 3L6QA 4Z0UA 4CJWA 2Q31A 1GLJO 5KRSA 1OVQA 3QICA 3CCUN 2J4RA 1JLFA 3ULDA 4PKIA 2RHKA 1XC3A 1VQ9N 4FM0A 3WXKA 3CJBA 3AVCA 3EN9A 3P38A 3HVTA 1Z05A 1HPMA 4H5WA 4EAHD 1YTUA 4GV9A 4LC9B 1YITN 4CD3A 3DI6A 5JMVA 3RSEA 3BZKA 1BOTO 1S5JA 1J6ZA 1J5EK 3J7ZO 3ZSZA 5AQFA 2A41A 4DU4A 3ZSVA 1K8AO 3DLRA 4O0IA 4FSVA 1FXXA 4OPKA 2HMIA 5SWMA 4CD1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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