2X78A

Human foamy virus integrase - catalytic core.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
187
structure length
171
Chain Sequence
QKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTSKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 53
structure length 171
sequence length 187
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x78A00
3SI6A 2YNIA 3VQEA 2KQ2A 3S3NA 2XRIA 3U3YA 1NJXA 2O4GA 3RRGA 3M8SA 1KLNA 3ZT3A 3B6OA 2G8FA 4E0DA 4CEOA 3LZJA 4FK4A 1BISA 1RBVA 1BIUA 4CHOA 3D0PA 4IFVA 1BCMA 3NH2A 5I42A 4Y1DA 1C6VA 1YTUA 3NH0A 4E7JA 1TVRA 3F9KA 4HTUA 2IC3A 4B9TA 4AHRA 4CJ3A 4BWMA 1NKBA 3ZT1A 3SQ0A 1RCHA 3IG1A 5J2MA 3F73A 3DMJA 1NK5A 2OZMA 1BI4B 4O0IA 2DFFA 4CJTA 4FJNA 1JLCA 2Z1IA 3DLBA 4KB1A 3HXMA 3SUNA 3S9HA 4N47A 3HPHA 1SV5A 3HSTB 4CHZA 1RTHA 4E7HA 3LP1A 3I0SA 4KI6A 3JYTA 4F2RA 1TAUA 3MXJA 2KTQA 1L3VA 1TKZA 1VRUA 3OYHA 3PO4A 3P83D 3NHGA 4F3TA 3FFIA 4FXDA 4DQSA 3QEIA 3MXIA 4OPJA 4N41A 3DLGA 4CF1A 1RT1A 3V1OA 1W0HA 1Y97A 4LY7A 1S1TA 3SNNA 2HMIA 4FJMA 4M3RA 4OKEA 4J2AA 1FXXA 4DTMA 3AA4A 1XHXA 3S3MA 4KHWA 3SUQA 3VQBA 1GOAA 4CJUA 4B9SA 4CF2A 3THVA 4CIEA 4DWIA 4B3OA 4DSLA 1Q9YA 4XIUA 3VQCA 4LSNA 3TI0A 1VSIA 3SV3A 4J2BA 4FJ5A 1ZBHA 4DTJA 2OPPA 2GUIA 2X6NA 4DLEA 3QEVA 1VK0A 1S6PA 2ZD1A 4FLYA 1NK4A 1KLMA 4AHTA 1NJZA 2KFNA 1RDCA 3C95A 1U4BA 1BHLA 3NF6A 4CGFA 4DQQA 3OYFA 2RF2A 1VSKA 1YT3A 3L2RA 3K5OA 4FLUA 3SQ4A 2QK9A 2D5RA 3H08A 1VRTA 4G1QA 1RDAA 4DFPA 4Z4GA 2XO7A 3V9ZA 3PY8A 4M3UA 4YFUA 3I0RA 1SKRA 4CFCA 4DFJA 3C6UA 1NK9A 3O3GA 4B9MA 2FBVA 4Z4IA 1HYZA 4DU4A 2OZSA 3EZ5A 4NYFA 5HLFA 1U48A 5JS1A 3QESA 4KB0A 3SUPA 5KI6A 1HRHA 3QLHA 3ZSWA 2P5GA 4ID1A 4AHUA 1CZBA 1LWFA 5FROA 3MEGA 3AO5A 3RMBA 5CYQA 1SKWA 1NOZA 3AVIA 2YNFA 3CM5A 3EY1A 5FRMA 4Z4FA 3O4QA 1QSYA 1BL3A 1LAWA 1LAVA 3UIQA 1RBRA 4YNQA 1U47A 3ZT0A 2KW4A 3O3HA 3K5LA 4FYDA 4Z4EA 4CCHA 1X9MA 3LP0A 1EXQA 5J2NA 2OA8A 3JSMA 4DQRA 1U49A 3ZT2A 1RTJA 1WAFA 3KLHA 1XC9A 2JGUA 2OPRA 3L3VA 1EX4A 1LW0A 4AILC 4CIGA 3OY9A 4CEFA 1NK7A 3KKRA 3LPTA 4CEQA 4CFDA 3LPUA 5D3GA 4W5QA 4K8ZA 3NF9A 4KHUA 4LH5A 2G8HA 4GW6A 1KCFA 3L8BA 3LALA 2A1RA 4M3XA 1BIZA 2OPQA 1TK8A 3OJUA 4L8RB 5KTQA 4M3YA 2XY6A 1LV5A 4M3WA 2ATQA 3KK2A 2RPIA 2F8SA 4DU3A 2E6LA 3SQ2A 3BGRA 1ASWA 3TAFA 1LWCA 5HP1A 4FW1A 2PYLA 2KZZA 1JL1A 3VQ4A 3RR8A 2HHXA 4PA1A 4B8AB 3MAQA 1EKEA 2HHTA 2VG5A 4CJLA 2VWKA 1T7PA 4DG1A 4F8RA 3K5MA 3U6FA 4HCCA 1U45A 3ITHA 2EHGA 2P1JA 5EU7A 3M8PA 4OGCA 2DY4A 1HQUA 2E6MA 1JLBA 1LWEA 2RKIA 3MEDA 3KLFA 3KD1E 3TAPA 3SV4A 3V4IA 3SUOA 3QETA 3V6DA 1NK6A 1TL1A 4HHTA 3ZSOA 3AO2A 2WONA 3OS1A 3IAYA 4M3TA 2BGGA 4GVMA 3MXMA 2YV0X 1JXEA 3NE6A 2WOMA 1ITGA 1KVBA 1IKYA 3PO5A 4FJIA 3OYNA 4DF8A 4CIFA 4AH9A 1B92A 1SUQA 4E7KA 1R0AA 1XHZA 1T05A 1S9GA 3MECA 3QINA 1IKVA 2FBXA 3K59A 3ZSXA 2VG6A 1HYVA 4CJVA 3CFPA 4KPYA 1C1AA 3OYGA 3QNOA 4JS4A 4GMJB 4EP4A 1L3TA 1TKXA 3TAGA 4DS4A 5FRNA 3AA5X 3V1QA 4RW8A 2YNGA 3QEPA 1BQMA 3E01A 1VSEA 3RMCA 4QOZB 3B6PA 3O3FA 3LP2A 1WSHA 4OGEA 4CJKA 1QE1A 4FJXA 2LSNA 2HVIA 2OYQA 2FBTA 3CG7A 5C25A 1A5XA 4CEAA 3DRPA 4J2DA 4JRQA 3NGYA 3DM2A 3LAKA 4FLWA 3K2PA 3AVJA 1VSHA 4LD0A 3CQ8A 1G15A 2HVHA 2HHWA 1DLOA 4KO0A 3AO3A 4ZTJA 3KD5E 4CGGA 3RMAA 4CGIA 2P5OA 2G8KA 2DFEA 1JLAA 4CGHA 4FM1A 3OYKA 1B9FA 3HYFA 4CJ5A 3OYCA 1TGOA 2RN2A 3IRXA 4CK3A 4DFMA 2Z1JA 4FZZA 1J53A 1XWLA 2IAJA 1JLQA 3KLIA 1REVA 1KFDA 3VQ9A 3KLGA 4BDYA 3S3OA 3ZSYA 1RBTA 1WLJA 4O5BA 3V81A 4FCYA 3T1AA 4CJQA 1VSMA 4KHSA 1JLEA 4I2QA 2HW3A 4C8MA 4DSEA 1S6QA 3C94A 3ZSVA 1RILA 4HUGA 3BDPA 4NYNA 1IKXA 1KVCA 1QHTA 3G0ZA 3SQ1A 4JS5A 1BQNA 4CFAA 4E19A 3PV8A 2B6AA 3HM9A 3OVNA 4ZHRA 1C1BA 3AA3A 3AVBA 1S9EA 1DTQA 4Q5VA 1QSSA 4R5PA 5J2QA 4CHNA 2IDOA 2X74A 4F2SA 1WSGA 1KRPA 2XY5A 1N5YA 1WSFA 4E7IA 4KV8A 3V9XA 4E3SA 1ZYQA 2YKMA 3OYMA 2HHSA 3L2UA 1ZBUA 4MQ3A 4RG8A 1IG9A 4E7LA 2XY7A 1NJWA 4O44A 4CK2A 4F4KA 4H4MA 1W9HA 4PUOA 4OVLA 4E89A 1CZ9A 2D0AA 4C8OA 4M3ZA 3WNGA 1UAXA 3I8DA 1ZBLA 2YHBA 4FJ9A 1RT5A 2B4JA 3OYBA 4CF0A 3ALYA 3OYJA 4ZTFA 4FK2A 4CFBA 2I5JA 5J1EA 1HPZA 1BI4A 1DTTA 4E1NA 1WAJA 4NCGA 2VWJA 3SZ2A 1N6QA 5C24A 2KFZA 4CJ4A 4BDZA 2D0CA 5SZTA 3AVKA 1RBUA 2A1SA 4DSIA 1S1VA 3NF7A 3DLEA 2BANA 4DTXA 4PWDA 1ASUA 4OKJA 2PYJA 1IKWA 1Z25A 3TARA 5KGXA 3VQQA 3HT3A 4CEBA 2G8IA 3NGZA 4NCBA 1TKDA 1RNHA 3L2QA 4BE0A 4CHYA 4CEZA 4FJ7A 4DTNA 4I9QA 4DS5A 3LP3A 5HRSA 4OJRA 3DLHA 2IGIA 1KSPA 4CHQA 1KFSA 4FJHA 4BE1A 4KRFA 4OLBA 1TV6A 1Z26A 4KTWA 1BCOA 1RT4A 4QAGA 2OPSA 4CHPA 5CYMA 3RWUA 4M45A 1JKHA 4JRPA 1C0TA 3CM6A 1TK0A 4I7FA 2G8UA 3DLKA 1C0MA 4KI4A 2ZQBA 4F3OA 4FJKA 3VQ5A 1A5WA 3QEWA 1JXBA 1ASVA 1HNIA 1ZBIA 4C8NA 4CF8A 3SCXA 1JL2A 3DOLA 4Z4CA 1KVAA 3HP9A 1T03A 2F8TA 4IG3A 1Q8IA 3DOKA 1NKEA 2B5JA 2Z1HA 1QSLA 3HP6A 4K8XA 3ZSQA 5FDLA 3OYEA 3SYZA 4N56A 1EP4A 3AVFA 4ID5A 1T8EA 2X6SA 3M8QA 5C42A 2YKNA 4C8LA 1C1CA 3U3GA 3EYZA 1D9DA 3AVMA 4DFKA 2PY5A 1WSJA 4DTPA 1RBSA 2F96A 3A2FA 4KAZA 3VN5A 4KKOA 1L5UA 3KLEA 4WE1A 4RW7A 4QCLA 4H8KA 3M8RA 5KGWA 1YTAA 4DMNA 3D45A 4OPKA 3QEXA 1J9AA 1RDDA 4KFBA 3CYMA 3NDKA 4FJLA 2ETJA 2ITGA 4KTZA 1CXUA 4AHSA 4FW2A 4RW9A 4Z0UA 4CJWA 3TAQA 5I3UA 4B8CA 4Z4HA 4Q0BA 1F21A 2EX3A 5CZ2A 4TSXA 3LAMA 3NAEA 1RTDA 4CJEA 4HVJA 4NCAA 2HHUA 4FVMA 5CZ1A 4IBNA 4EZ9A 4CECA 3NGIA 3NF8A 5J2PA 4EZ6A 2Q3SA 2XY8A 3OYAA 4DSKA 1SL1A 1NOYA 4CEDA 3HK2A 1D9FA 4DF4A 1NK8A 4OLAA 4CJRA 4DLGA 1SKSA 2P51A 2FBYA 4HUFA 3ZSZA 1UA0A 1UWBA 4BDPA 1RT3A 3VQDA 4B9NA 1TAQA 2ZE2A 4M42A 1JLGA 3AV9A 1RT7A 3SPYA 3DYAA 4ICLA 4CE9A 4RW4A 4FM0A 4FLXA 1NJYA 1I39A 3QO9A 3P5JA 4DSJA 3DI6A 2YNHA 3DRRA 5CY4A 4O55A 3QIPA 4AHVA 4W5NA 4J2EA 3AVAA 3QIOA 3V9UA 4FZXC 3OYIA 4LH4A 3NBPA 5HRPA 4JLHA 3VQ7A 3G10A 4FLVA 2BE2A 3VQPA 4CJPA 3ULDA 1SL0A 4FJ8A 1WN7A 4PY5A 4DQPA 3HL8A 4IG0A 1FKOA 3AVHA 1LW2A 1I3AA 1CXQA 4AHCA 3O4NA 4KHQA 4FK0A 3TAEA 1X9SA 3WNEA 1WSIA 5DMRA 3P1GA 4IDKA 4KHYA 4ELVA 1S1UA 4OKKA 2HHQA 2W42A 1MU2A 3L2VA 2BDPA 3HPOA 3ZSRA 4M41A 4RW6A 1Q9XA 4KTQA 1IO2A 1VSJA 2IS3A 4O0JA 3K58A 1NKCA 3HO1A 2HHVA 1HYSA 4W5TA 1VSLA 3OYLA 3PUFA 2DFHA 1JLFA 4N76A 3AVLA 3HPGA 4UQGA 1RT6A 4BE2A 2GBZA 3AO4A 1VSFA 3ASMA 1BGXT 1S5JA 1RT2A 5HBMA 4I2PA 2Y1IA 3LDSA 2GV9A 3VA0A 1SL2A 2NUBA 3OYDA 4LSLA 3AO1A 4IKFA 1NK0A 4CGDA 3NH1A 3L2WA 3QNNA 2HB5A 2O4IA 3KK1A 2FC0A 3TAMA 5T7BA 5K14A 3IS9A 3V1RA 4FLZA 4FLTA 4DSFA 5JS2A 1FK9A 3ZT4A 3KJVA 1WNSA 3WNHA 3T3FA 4IFYA 5HRRA 3C6TA 3KTQA 4DTSA 5E41A 3K5NA 4W5RA 1L3UA 3CFRA 3HVTA 4KHNA 1TK5A 1FKPA 4EP5A 3TR8A 3RRHA 1C0UA 2QXFA 1XI1A 1A5VA 1D5AA 5HROA 3RMDA 4DU1A 4N5SA 3AA2A 4W5OA 1S1WA 4DTRA 1QS4A 2HNYA 1UA1A 1K6YA 3MEEA 3AVCA 1HMVA 3RTVA 2E4LA 1S1XA 4DTUA 3PX4A 5KRSA 3AVNA 3T19A 3TWHA 4FJJA 3VQ6A 3V9SA 2AJQA 3RR7A 1IH7A 1GOCA 1X1PA 1U04A 4FJGA 1WSEA 2IOCA 1QTMA 4O4GA 4KREA 1ZBFA 3VQ8A 1VSDA 1KTQA 1L3SA 4CEEA 3V9WA 4DQIA 4BWJA 1UOCA 3KIOA 4CGJA 3OS0A 4BACA 3LWLA 2DTUA 3LWMA 2Y1JA 3ZCMA 5HRNA 1J54A 2X78A 1TKTA 2G8VA 4H4OA 3LZIA 4CERA 3TANA 1O1WA 4FM2A 3PX0A 1RTIA 1YVUA 2D0BA 4B08A 1J5OA 3HJFA 3OJSA 4FZYA 1CLQA 3DLRA 3KKSA 3SPZA 2KZMA 3TABA 3L3UA 4CJFA 2Z1GA 2G8WA 1HNVA 4C8KA 1D8YA 4CJSA 4MFBA 4ELTA 4DTOA 3SJJA 5SWMA 2PZSA 4B9VA 4CESA 4PQUA 2QKKA 1TL3A 1QQCA 4E1MA 4HUEA 2YHAA 1X9WA 1B9DA 3CFOA 3DRSA 1RDBA 4Y1CA 5KRTA 1HJRA 3AVGA 1EETA 2VG7A 3WNFA 3NCIA 3VA3A 3QERA 4B9LA 4HCBA 3VQAA 2XHBA 3K57A 3PX6A 4CK1A 1HQEA 2QKBA 1GOBA 3LANA 4CF9A 2JLEA 3NFAA 2HNDA 3KK3A 2R7YA 4ELUA 2HNZA 5DK5A 3ISNC 4I9LA 3OS2A 3HVRA 4B9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KQ2A 5M1PA 3S3NA 1HKBA 1NJXA 3C7NA 4BGAA 4BRGA 4JHDB 4CEOA 3LZJA 4A2BA 1RBVA 3D0PA 3NH2A 1O13A 3HOSA 1TVRA 3N4PA 3O1BA 4BWMA 4YOUA 1NBWA 4BRAA 4G9ZA 2OZMA 5EOYA 4CJTA 1JLCA 3G4SN 3HXMA 3S9HA 4BRKA 4CHZA 1RTHA 2WFBA 3EL2A 3LP1A 4LC9B 4KI6A 5BRDA 4U67L 3SK3A 4XEIA 3OYHA 3P83D 3EN9A 3I8BA 4F3TA 4DQSA 3QEIA 2Q0UA 2NRWA 4N41A 3DLGA 3EE8A 1RT1A 3V1OA 3O9RA 4DV7K 2HMIA 4YOWA 4J2AA 1XHXA 3MX5A 4WFBL 4CIEA 4DSLA 1Q9YA 4XIUA 3BF1A 3TI0A 5AQLA 2QWRA 1ZBHA 4DLEA 1NK4A 1RGIA 3C95A 1U4BA 1BHLA 4JNEA 2D4WA 4CGFA 3TTCA 3SQ4A 4G1QA 1VRTA 1RDAA 4DFPA 3PY8A 3KHYA 4PKGA 4DFJA 1NK9A 3C6UA 5AQHA 3TTDA 2FBVA 1HYZA 2OZSA 3EZ5A 1U48A 2O8FA 5KI6A 3QLHA 4OPAA 1YITN 1CZBA 5CYQA 3AVIA 1IBMK 1KXPA 3CF5L 1IBKK 1QSYA 1LAWA 4WFAL 1U47A 1ILYA 4JI2K 1XC3A 1EXQA 2OA8A 3ATVA 3LDNA 4NLCA 1RTJA 3M1FA 1XC9A 2E8AA 4IEIA 2OPRA 1LW0A 4CIGA 3OY9A 3KKRA 3MMVA 5BREA 1HR0K 1V4TA 2HF4A 4LH5A 4MO4A 2G8HA 3L8BA 5TKWA 3LALA 5GIOA 5B8HA 3OJUA 4L8RB 3C7NB 3T7ZA 1LV5A 4JKFA 4DU3A 3CQXA 3BGRA 5KQ8A 3TAFA 2KZZA 1JL1A 4PA1A 1EKEA 4HCCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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