2XRIA

Crystal structure of human eri1 exoribonuclease 3
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
207
structure length
206
Chain Sequence
NLYFQSMSFPPQRYHYFLVLDFEATCDKQIHPQEIIEFPILKLNGRTMEIESTFHMYVQPVVHPQLTPFCTELTGIIQAMVDGQPSLQQVLERVDEWMAKEGLLDPNVKSIFVTCGDWDLKVMLPGQCQYLGLPVADYFKQWINLKKAYSFAMGCWPKNGLLDMNKGLSLQHIGRPHSGIDDCKNIANIMKTLAYRGFIFKQTSKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Human Eri1 Exoribonuclease 3
rcsb
molecule keywords ERI1 EXORIBONUCLEASE 3
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 66
structure length 206
sequence length 207
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2010-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2xriA01
1TL1A 1D9DA 1EXQA 4FJJA 1BCOA 3M8SA 1HYZA 5K14A 4EP4A 3S3MA 4AHVA 2QK9A 1HJRA 3OY9A 1RBRA 4MQ3A 5T7BA 3RMCA 2ITGA 4RG8A 1RTJA 4CEDA 5KGXA 3PX4A 3CG7A 4HUFA 3BDPA 3IS9A 4N5SA 3NH0A 2VG6A 1RBVA 1KRPA 3O4QA 1GOAA 4OLAA 2KTQA 1VSFA 2KZZA 1EKEA 1CZBA 1WNSA 3SUPA 4CHNA 1JLQA 2XY7A 3AVBA 3KKRA 1U48A 4CFCA 1ZBLA 2DY4A 3ZT2A 4E3SA 2OZMA 4ZTFA 4CJVA 3ZT4A 1A5WA 4M3UA 3ITHA 4CGGA 3K5NA 1WN7A 2XY5A 1TK5A 1Q9XA 2ZE2A 4NCAA 2FC0A 4F3OA 2ATQA 3VQCA 4RW9A 4CGFA 4CJQA 1S6QA 3K2PA 4FJXA 4JS5A 3VQ9A 4KO0A 4RW6A 1DLOA 1T7PA 1RT7A 1NK7A 3ULDA 3QINA 4CJFA 4CJWA 4KHUA 3VA0A 3VQAA 3OYGA 3L2RA 3DLEA 4N76A 4AH9A 1BQMA 1Z26A 1L5UA 4CHYA 5CYMA 1KSPA 2OA8A 3G10A 3DRSA 4L8RB 2HVHA 3QEIA 3SNNA 3THVA 1KFSA 4CGHA 3HYFA 1Q9YA 4DG1A 1J9AA 4H8KA 5HP1A 1VSLA 1NOZA 4YFUA 4FW1A 4F4KA 3NH2A 1C1AA 3PUFA 1TKTA 3V1QA 3HPOA 3K59A 1JLBA 4Z4GA 3VQ8A 4CGDA 3KD5E 4C8NA 2QKKA 4KKOA 1BGXT 3MAQA 2QKBA 4DTNA 1U49A 2OPSA 4DMNA 1TKDA 4DSJA 4IG3A 4FJ9A 4CK3A 4DQQA 3G0ZA 1IKWA 4OPJA 4KAZA 3E01A 1I39A 4FK0A 1YTAA 4RW7A 3QNOA 3KK1A 1ZBUA 3SQ4A 3KTQA 2Q3SA 2WOMA 5HRPA 1VSJA 1NJYA 1FKOA 3TAFA 1KFDA 2YNIA 2KFNA 4CJ5A 2JLEA 2A1SA 2YNFA 1X1PA 1U45A 2HHTA 1O1WA 3L3UA 4CHPA 2PZSA 4CF1A 1RBSA 4FJ8A 2HW3A 4CJLA 3K5LA 3MXIA 4QOZB 3OYLA 1SL0A 4DTMA 1S6PA 3M8QA 3SQ0A 2Z1IA 1ZBHA 4KREA 3FFIA 1NK4A 1U47A 1BL3A 3ZSYA 4BWJA 1TVRA 4Q5VA 4KHQA 2OPPA 4JRPA 4NCBA 4DLGA 4CECA 1RT6A 5DK5A 4NYFA 4E19A 1RTDA 4E7KA 2IOCA 3ALYA 1VSEA 2X6NA 3CM6A 1NJZA 5J1EA 4OKEA 1S9EA 1QE1A 4KI6A 3LANA 1Z25A 4GMJB 4LH5A 4CK1A 4FLTA 1HQEA 4DS5A 1JL1A 5CZ2A 4M3TA 1JLAA 1HNIA 1XHXA 3OYIA 5CYQA 1RDAA 3S9HA 4B9LA 4J2DA 4KHNA 2AJQA 2E6MA 4I7FA 4FLUA 1SKRA 2YNGA 2HNZA 2G8VA 5KTQA 4CCHA 2O4IA 4C8MA 3RTVA 3HPHA 3OJSA 3DLRA 2DTUA 4W5RA 4CIFA 1BI4A 1G15A 4W5TA 2F96A 4RW8A 4DS4A 3U6FA 2G8WA 3F9KA 3QESA 1BIUA 2GUIA 3DLGA 4LY7A 4AHRA 4CJEA 4DTPA 1UA0A 3TAGA 1J53A 3MEDA 1HPZA 1YVUA 1JLFA 4FJ7A 4B9UA 1HQUA 3I0RA 3NGIA 1NK8A 1W9HA 4CF0A 2Y1JA 3LALA 1UOCA 4IFVA 3ZT0A 4EZ6A 1ZBIA 2PYJA 3AO1A 3AVAA 3VQBA 3AVKA 1JKHA 1ASWA 2HNDA 3DOKA 3OS2A 3SV3A 2XO7A 4KV8A 1W0HA 4CERA 3BGRA 2YKNA 3HL8A 2G8HA 1RTIA 2G8UA 4N47A 3MXMA 3DYAA 3KLFA 3QLHA 3NFAA 3TWHA 1NK6A 1KLMA 3AVNA 3DLHA 4KHYA 4Y1CA 4DQPA 3WNHA 4OGCA 4LD0A 4LSLA 4CFDA 3AA4A 4Z4CA 4FLWA 4OGEA 3OYAA 1C0TA 4B08A 1NKEA 4B3OA 1JLGA 2HHXA 1VSDA 3AO4A 3QEXA 5KI6A 4KTQA 2YHAA 1C1BA 1HRHA 2HB5A 3QIOA 4HHTA 2IC3A 1WSHA 4DTUA 1C6VA 4KPYA 1VSKA 4PY5A 4DU4A 3HM9A 4FJ5A 3D0PA 4BE2A 4DQSA 3HP6A 4FCYA 3C6TA 3ZSXA 3NE6A 4DQRA 1XI1A 4Z4HA 3RR7A 1NK5A 1KLNA 2P1JA 4ELVA 4M3XA 2BGGA 3CYMA 4O44A 1D9FA 4I9QA 3LDSA 3OYEA 2I5JA 2Z1GA 2R7YA 1ASVA 2DFEA 4ID5A 1BQNA 4CJPA 4Y1DA 2YKMA 3KIOA 1BI4B 3LP2A 2P5GA 1YT3A 4CJTA 4CJRA 2XY6A 4E0DA 4FZXC 3C94A 3RMBA 4O0IA 4CEQA 4CEOA 4DTJA 1EETA 1JLEA 3MEEA 4DSEA 3SUNA 3TAQA 3LP3A 3AA2A 3O4NA 1SUQA 3IAYA 1YTUA 3V1RA 1RDBA 3RRGA 4AHUA 3AO2A 1NKCA 3RRHA 3NGYA 4DU1A 3AVHA 3PO5A 2RPIA 2E4LA 3HPGA 1JL2A 3VQ6A 2EX3A 3NH1A 2D0AA 3AVFA 4FVMA 4BDPA 1BIZA 3EY1A 1JXBA 3SQ1A 3QEPA 3TANA 1N6QA 1KVAA 1HNVA 2OPRA 4O55A 3EYZA 3V9ZA 3LP0A 4TSXA 3K58A 3QEVA 4O0JA 5SWMA 3V6DA 3H08A 4KI4A 4QAGA 1B9DA 1JXEA 2FBXA 3LAKA 1S9GA 4YNQA 1D8YA 4PWDA 5HLFA 2GV9A 3QETA 3LPUA 4R5PA 4CJ4A 5CZ1A 2E6LA 3ZT3A 2G8IA 4IBNA 3OYFA 4DU3A 3QNNA 1SL1A 4CJUA 3TI0A 2VG5A 4AHTA 5HBMA 3HVRA 3PV8A 1QSYA 4FJGA 4AHSA 1TAUA 3M8RA 1UWBA 2FBVA 2O4GA 1R0AA 4E1NA 4CJKA 1X9MA 4DQIA 3I0SA 2HHSA 1S1WA 3VQ7A 3KK3A 2XHBA 4H4OA 3KD1E 4FK4A 5KGWA 3IG1A 4CEZA 3PX6A 4E1MA 4OVLA 3WNFA 3OS1A 2KFZA 3HSTB 3V4IA 4HCCA 3L2QA 3QIPA 1SKSA 4DSFA 1HYVA 3AO5A 5C42A 3O3FA 2X6SA 4FW2A 4J2BA 3OS0A 1RT4A 2BANA 3TABA 2IDOA 2D0BA 3TAMA 3DM2A 1IKYA 3DOLA 1TKZA 2GBZA 4IG0A 4BDZA 3ZSQA 4CEFA 3DLKA 4O4GA 4ZHRA 3O3HA 4BE1A 3P5JA 2HMIA 4F2RA 3NF6A 3WNGA 3OYHA 3CFPA 3T19A 4E7JA 3SUQA 3PY8A 4CFBA 4FLVA 1TK8A 4DWIA 2Z1JA 1T03A 2OPQA 1S1XA 3AVGA 1A5VA 3RR8A 1BISA 3V9SA 1FXXA 3MEGA 4G1QA 3OYCA 3KLEA 4KB1A 3M8PA 1QS4A 4M3ZA 3OYKA 3QERA 4E7IA 1T8EA 3OYBA 4FLXA 1MU2A 2YNHA 2B4JA 3K5OA 3JSMA 3F73A 2VWKA 3L8BA 3LWMA 1QSLA 1WSIA 3P1GA 4OKJA 4B9MA 4N56A 4IFYA 3OYNA 3AO3A 2Y1IA 2OYQA 3SUOA 1RT5A 4FZYA 4FZZA 1K6YA 1VSMA 2WONA 3K5MA 1DTTA 3NAEA 3SZ2A 3SI6A 1ITGA 4N41A 1WAJA 1L3TA 1TGOA 1ZYQA 3ISNC 3HO1A 3IRXA 2Z1HA 4I2QA 3I8DA 4Z4IA 3RMAA 2A1RA 3S3NA 1NJXA 4PA1A 3VQ5A 4F8RA 3KLGA 1RDDA 4ELUA 3B6PA 1WSGA 2FBYA 2HNYA 1RBTA 4KTWA 3VQPA 3JYTA 5I3UA 3TR8A 4CESA 4GW6A 1RILA 3TARA 1XC9A 1XWLA 1TK0A 4CEBA 1C0MA 3WNEA 1FK9A 4FM1A 4CF9A 3DI6A 2XRIA 5FRMA 1LW2A 4DTOA 1WAFA 4C8KA 3NBPA 1CXUA 1REVA 3HXMA 3V9WA 5HRNA 5E41A 3PX0A 3S3OA 2HHWA 3VQQA 3V1OA 4M45A 4CF8A 4W5QA 1RNHA 1F21A 4E7HA 1NK9A 4OPKA 2G8KA 3L3VA 3AVCA 5HRSA 3V9UA 1SV5A 1NJWA 4KFBA 1LAWA 1LWFA 3LPTA 3ASMA 3L2UA 4DFJA 4KHWA 2F8TA 1VSHA 2D0CA 4RW4A 3HJFA 4DSLA 3AA3A 3QEWA 3AV9A 3VQDA 4EP5A 2IAJA 2YHBA 1UAXA 2OZSA 2IS3A 2JGUA 4FLYA 1TKXA 1CXQA 3TAPA 1GOBA 5D3GA 1LAVA 1WSJA 4BE0A 1HMVA 1QSSA 4IKFA 4K8XA 1TV6A 2YV0X 1FKPA 4CK2A 4M3YA 5KRTA 3NGZA 4JRQA 1IO2A 3CM5A 1KVCA 4JLHA 3RWUA 4ELTA 3ZSRA 3L2WA 3DLBA 3MXJA 1KCFA 2KQ2A 1GOCA 3SPYA 4HCBA 5KRSA 2VG7A 2B6AA 3VQEA 2NUBA 4CHZA 3SCXA 1NKBA 1X9WA 3C6UA 1LV5A 1WSFA 1LWEA 3OYJA 3ZT1A 4FXDA 4DFKA 1L3SA 4DTXA 1U04A 4I9LA 1EP4A 1SL2A 3NF9A 4FJNA 1RTHA 4CGIA 1LWCA 1S5JA 2BDPA 3OJUA 2D5RA 3D45A 3SV4A 3HP9A 1RCHA 3MECA 3L2VA 1RT2A 4FM0A 4C8LA 4UQGA 2RN2A 3TAEA 2W42A 3NF8A 4NYNA 4BACA 2F8SA 1WLJA 1IKVA 3C95A 2QXFA 1RDCA 2B5JA 4LSNA 3OVNA 4CFAA 4EZ9A 2ZQBA 4QCLA 2P51A 3A2FA 4CJSA 4OLBA 4DF8A 5J2PA 4KHSA 3KJVA 4FLZA 3SQ2A 4B8AB 4FYDA 4CEAA 2HHQA 4I2PA 4DLEA 2XY8A 3ZSOA 3KLIA 1NK0A 4F3TA 2P5OA 4M42A 4XIUA 3KK2A 5FRNA 3LAMA 1L3UA 4NCGA 3LP1A 4IDKA 1HYSA 3SYZA 1ASUA 4BWMA 1RBUA 5C24A 1NOYA 3HK2A 1KTQA 2FBTA 3OYMA 1U4BA 4B9SA 1A5XA 4GVMA 2ZD1A 3HVTA 3OYDA 5I42A 4JS4A 3UIQA 1DTQA 4Z4FA 3HT3A 5C25A 1J5OA 1LW0A 3VN5A 1IG9A 4CGJA 2X74A 4M3WA 1ZBFA 5EU7A 4FJLA 5JS1A 1BCMA 2DFHA 5SZTA 4OJRA 4PUOA 4HUEA 5J2MA 2HHUA 3VA3A 3ZSWA 3K57A 3SJJA 2PYLA 4KRFA 1RT1A 3DMJA 4FJIA 3P83D 5J2NA 4CE9A 4FJHA 1WSEA 2RF2A 1B9FA 2ETJA 1RT3A 2BE2A 1UA1A 3O3GA 5DMRA 2DFFA 4FK2A 4MFBA 5CY4A 2IGIA 4ICLA 2X78A 5J2QA 4J2EA 3NF7A 3AA5X 4CIEA 1BHLA 5JS2A 1B92A 4KB0A 1Q8IA 1N5YA 4CF2A 4M3RA 3AVJA 5HROA 4KTZA 4DF4A 1T05A 1IH7A 4CHQA 4W5OA 4FM2A 2G8FA 4FJMA 4ID1A 2PY5A 1EX4A 1QHTA 4DFMA 4DTRA 3KKSA 3NHGA 4WE1A 1X9SA 3T1AA 4AHCA 1IKXA 1KVBA 1D5AA 4HTUA 2KW4A 4O5BA 1XHZA 1JLCA 3CFRA 1TAQA 3U3YA 1C0UA 3NCIA 1QTMA 1S1VA 3AVIA 4BDYA 1TL3A 5HRRA 5FDLA 3EZ5A 4Z4EA 3NDKA 4Q0BA 2RKIA 4DFPA 3RMDA 4FJKA 3CFOA 2KZMA 4CJ3A 3LZJA 1S1UA 2LSNA 4E7LA 3T3FA 1L3VA 4K8ZA 2VWJA 3ZCMA 4B8CA 3SPZA 4DSIA 3LZIA 3CQ8A 1VRTA 1J54A 3V9XA 4E89A 4DTSA 4F2SA 3ZSZA 4J2AA 4AILC 1VRUA 4CHOA 4B9VA 3ZSVA 4LH4A 3LWLA 4W5NA 3PO4A 5FROA 4OKKA 4Z0UA 2HVIA 4HUGA 3DRRA 4B9TA 3DRPA 3B6OA 4H4MA 1S1TA 4M41A 4CEEA 4CIGA 3V81A 4B9NA 3QO9A 1SKWA 1VK0A 3U3GA 3KLHA 1VSIA 4HVJA 1I3AA 3AVMA 3VQ4A 4ZTJA 4DSKA 1C1CA 1Y97A 2EHGA 1QQCA 1CLQA 4C8OA 3AVLA 2HHVA 1CZ9A 4PQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z94A 1IG8A 3IKMA 1BWFO 2QW9A 4EP4A 1YI2N 3O6WA 2QK9A 1HJRA 5EVZA 5FPEA 2ITGA 3CQXA 5KGXA 3PX4A 3CG7A 3IS9A 4BC3A 3NH0A 1GOAA 3UKUB 4K42A 4MLHA 2Q2RA 1EKEA 1WNSA 1KAZA 2XY7A 4O8KA 5ADXA 4CFCA 1ZBLA 1U48A 4ZTFA 4CJVA 3ZT4A 4A2BA 3J7YP 2O8BA 2FC0A 2ATQA 4GVEA 3VQCA 4CGFA 1S6QA 5ADXH 3LM9A 4B1WB 2F7TA 2P9PB 3O9SA 3DJCA 1D4XA 3C6HA 4KHUA 2F4VK 3L2RA 4BRAA 4AH9A 2BUPA 3OW2M 3ATUA 2HVHA 3A5MC 3J8AA 3THVA 5AQPA 3HYFA 3MX5A 2KKZA 3NH2A 3R6MA 3PUFA 5LL6Z 1TKTA 3HOTA 3VQ8A 2PBDA 1BGXT 4DTNA 4CK3A 4OPJA 1YTAA 3SQ4A 4QS9A 2HF4A 2Q0UA 3L3UA 1HKCA 4CF1A 3VEVA 3K5LA 4QOZB 3OYLA 4DTMA 5AQMA 3J7AP 2D4WA 3SQ0A 1Q82O 1VQ9N 1U47A 4E19A 4H03B 5LJVA 1MWKA 3CM6A 3O8MA 1S9EA 2F9TA 3LANA 4MO5A 4GMJB 4DS5A 4K0KK 4IDHA 4LF6K 3TSPA 3NMUA 4JKFA 5FPNA 3VEXA 4M3TA 2UUCK 3TPQA 5DM6L 2W6KA 2QXLA 4DS4A 4GV3A 4W5TA 2G8WA 3QESA 3DLGA 4DTPA 1YVUA 1JLFA 1NK8A 3U8XA 2Y1JA 3LALA 1OH7A 4JD2A 4EAHD 1BG3A 3AVKA 3WQTA 1ASWA 1NMDA 4KV8A 2GELA 1W0HA 4CERA 2YKNA 1RTIA 3H1VX 1XNQK 4FVUA 2NRZA 3L4QA 3O9QA 1CZAN 4DUYK 3AVNA 4KHYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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