2XRIA

Crystal structure of human eri1 exoribonuclease 3
Total Genus 66

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
207
structure length
206
Chain Sequence
NLYFQSMSFPPQRYHYFLVLDFEATCDKQIHPQEIIEFPILKLNGRTMEIESTFHMYVQPVVHPQLTPFCTELTGIIQAMVDGQPSLQQVLERVDEWMAKEGLLDPNVKSIFVTCGDWDLKVMLPGQCQYLGLPVADYFKQWINLKKAYSFAMGCWPKNGLLDMNKGLSLQHIGRPHSGIDDCKNIANIMKTLAYRGFIFKQTSKP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV1 (136-139)TI1 (133-136)AH1 (198-204)TVIII1 (143-146)S1 (145-149)TIV2 (155-159)TIV3 (156-160)TIV4 (160-163)S3 (164-174)TI3 (175-178)TIV5 (174-177)S4 (180-187)TIV6 (190-193)TVIII2 (191-194)TI2 (134-137)S2 (152-154)3H1 (131-133)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Crystal Structure of Human Eri1 Exoribonuclease 3
rcsb
molecule keywords ERI1 EXORIBONUCLEASE 3
total genus 66
structure length 206
sequence length 207
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2010-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2xriA01
3OYHA 4N5SA 1S9GA 4AHCA 2QKBA 1EKEA 1TKTA 2E4LA 3OYJA 3VQ7A 3O3GA 1NKEA 4DU4A 4FJXA 2VG5A 3SJJA 4PUOA 3HP9A 3TANA 1HYZA 4DFMA 4B8AB 2YV0X 3DM2A 4JLHA 4E7KA 3S3NA 1NK4A 3QINA 3F9KA 4CJUA 1BQMA 3SUOA 1WLJA 5C24A 1ASVA 4BWMA 3SNNA 3VQBA 4O55A 3CFOA 4B9LA 3OVNA 1A5XA 3HPHA 4O5BA 4PWDA 1TL1A 3EY1A 2XY8A 3NGZA 3RMDA 4CHYA 3DLGA 1SL0A 3HVRA 3KD1E 3K57A 3OS0A 1KLNA 2QK9A 1UAXA 4DU1A 1J53A 4E7HA 2HMIA 2OA8A 3LP3A 4CGIA 2GUIA 3TAQA 3L3VA 3AVNA 1S5JA 4B08A 4CIEA 1LAWA 4NCGA 3ZSYA 4FJKA 1S1UA 2IGIA 4BE2A 1XI1A 1RTJA 3NH0A 3NE6A 1N6QA 1JLQA 4F8RA 1VSJA 4IG0A 2IDOA 3KKRA 4H8KA 3WNHA 1K6YA 4FJMA 2DFEA 3T19A 4J2EA 4F3TA 3ZCMA 1LWCA 4FM0A 4CK3A 3SQ0A 1RDAA 3CM5A 4ID1A 4RW4A 4DTSA 5FRMA 4DQPA 2G8KA 1WSEA 3OYAA 1U04A 2G8HA 4KRFA 2DTUA 1R0AA 1RCHA 5DMRA 2PY5A 1LWFA 1JL1A 1TAUA 3CM6A 4AHVA 5K14A 4Q5VA 4B9SA 1TK8A 4E0DA 2FBYA 3RRGA 4HHTA 4KB0A 1JLGA 3D45A 4BACA 4KHQA 3CYMA 2BDPA 4E7LA 3NCIA 3QNOA 3OYGA 2KFNA 4CK2A 3K5MA 4DU3A 4F3OA 3VA3A 2LSNA 5J2MA 4H4MA 4CERA 3JYTA 3A2FA 4CF2A 1TKDA 3VQ9A 3S9HA 3HK2A 4CGDA 4CIGA 3NFAA 3KLGA 4BDPA 3C6UA 1RT7A 3OS2A 4ICLA 1Y97A 1IKWA 3ALYA 3P1GA 4CJVA 4DLEA 3SI6A 3VQ4A 1VSLA 4DLGA 1YT3A 3AVAA 3ZT4A 3HXMA 3VQDA 1UA1A 4DTMA 3NH2A 5J2NA 1Q9YA 3SZ2A 4B9MA 1YTUA 1BQNA 1EX4A 3V9WA 4M3RA 1BI4B 1BGXT 5HRNA 3NDKA 1NK5A 4FCYA 4OKEA 1RTIA 3MEDA 4Q0BA 3V1OA 4Z4EA 4FLWA 3AVKA 3OYKA 1EXQA 4CFCA 2YKNA 1U48A 3IAYA 1BL3A 1WN7A 4QOZB 2HW3A 5JS1A 4CK1A 1MU2A 2Z1HA 4J2DA 4N56A 3ZSXA 4RG8A 4F2RA 2KTQA 3SPYA 2YNGA 4DTNA 3AVMA 1NOYA 1I3AA 4FZXC 1XWLA 5EU7A 3O3FA 3PX6A 1UOCA 2X78A 4KI4A 3V81A 3OYCA 2HB5A 1SUQA 1IO2A 2X6SA 3MAQA 1DTTA 1VK0A 3VQCA 3MEGA 3DLHA 3EZ5A 4KI6A 3L2RA 3P83D 2XY7A 2D0BA 4DG1A 2OPQA 2XO7A 4CEQA 4CHOA 3L2VA 3KLIA 2OPPA 1S6PA 2RKIA 4CFBA 3ZSOA 3M8RA 1ASUA 3SCXA 3K2PA 4F2SA 3LPUA 1QE1A 4MQ3A 1JLCA 3LZIA 3QIOA 3RTVA 3TAEA 4FZYA 1LV5A 1WSHA 2D0CA 3WNEA 2I5JA 4FJIA 2B4JA 4ELTA 4FLTA 3LALA 3DLEA 3OYEA 3QNNA 4TSXA 2YKMA 2AJQA 3HJFA 1IKYA 3O4QA 4B9TA 2HHUA 4FM2A 1VSIA 4KTZA 5FDLA 3QEIA 1VSEA 2YNIA 4HCBA 4QAGA 4FJ5A 3BDPA 3BGRA 2VG7A 4CEFA 2HHQA 1TL3A 3CQ8A 3WNFA 4CJWA 2FBXA 1JKHA 3AVHA 4DQIA 4DS4A 1Q9XA 2QXFA 2P51A 1GOCA 1S9EA 3ZT3A 5KTQA 4UQGA 1C0MA 1T8EA 4AILC 5HLFA 5J1EA 1L3TA 3C6TA 4E89A 4Z4HA 2PZSA 2FBTA 5CZ2A 4LSNA 1RBSA 2YHAA 4IFYA 1JLAA 1C1BA 2E6MA 3V9ZA 3QLHA 3V9SA 2Y1IA 4B9NA 4CGFA 1VRUA 2BE2A 3G10A 1ITGA 4RW9A 4CHNA 3LPTA 3SPZA 3H08A 3HVTA 2HHTA 3KIOA 3HYFA 4G1QA 1RBVA 4FJGA 4CJKA 3JSMA 1TK0A 3TARA 4LY7A 1U4BA 2RN2A 4DTRA 4CF1A 1QQCA 3LP1A 4KTWA 1C0UA 2ZE2A 4LD0A 3U6FA 5D3GA 4KPYA 2KQ2A 5HRRA 4N47A 3PV8A 1LAVA 3LAMA 3AA5X 3TAFA 3AV9A 3VQ6A 4CEZA 3TI0A 4DQQA 4J2AA 4FJ9A 4M3UA 2D5RA 4IFVA 4Z4GA 3PUFA 2DFFA 1CZ9A 1U47A 1NKCA 1HNIA 2OPRA 1C1CA 3DLRA 1N5YA 4JS5A 4ZTFA 2OZSA 4OGCA 4M3WA 3SUNA 3AVIA 4AHSA 3AA4A 4PA1A 4B9VA 3K5OA 3V9UA 3DI6A 3LP0A 1TAQA 3AO1A 1JLEA 4CF0A 3K58A 1O1WA 4O0IA 4FLYA 1QSLA 3B6PA 4FJLA 4ELUA 4GVMA 5KRTA 2X74A 1KVBA 3AA2A 1REVA 3FFIA 3IRXA 4KO0A 1NK8A 4CEAA 3V4IA 4CJEA 2HHVA 4LH5A 2Z1GA 1C6VA 3LWLA 3M8SA 4DQRA 3KLHA 1NOZA 4DF8A 2A1SA 1RT3A 1S1XA 4OKJA 1JLBA 2WOMA 4M45A 3OYFA 2Y1JA 4DWIA 4FK0A 4FXDA 1EP4A 4AHRA 4ZTJA 5E41A 4I7FA 5CY4A 2D0AA 3KTQA 3RWUA 4F4KA 3S3MA 2JGUA 3VQAA 4B8CA 4E7JA 1KRPA 1RT4A 4DSFA 2PYLA 4YFUA 1TKZA 4H4OA 1L3UA 4BDZA 2IC3A 4DSEA 4KHNA 3OS1A 3V6DA 1HJRA 1RDCA 1J54A 5C42A 1ZBHA 3D0PA 3TWHA 1TVRA 5C25A 1L3VA 4JRQA 1HYVA 5KI6A 4FLUA 1XHZA 4CJLA 3K5NA 1CXUA 4FK4A 3ZT1A 2R7YA 1FXXA 4CEEA 4B9UA 1RTHA 3G0ZA 2KW4A 2JLEA 4IG3A 4IDKA 4EP5A 4E3SA 4RW7A 4DTJA 1QS4A 1RBRA 3CG7A 3E01A 1Z26A 3OY9A 1VSMA 4CF9A 3F73A 3EYZA 3MEEA 1NJWA 3ZT2A 3SV3A 1I39A 4O0JA 4CGGA 4CJTA 1NJYA 3DLBA 1VSKA 4DSJA 5KRSA 3TAMA 1B9FA 3DRPA 1SV5A 3PX4A 2QKKA 1X1PA 3HT3A 1S1TA 3MECA 4RW6A 3KLFA 3ASMA 3T3FA 4DSIA 4DTOA 1S1VA 1QTMA 1IKVA 3QESA 4E19A 5J2QA 1SKRA 5FROA 4EP4A 4ID5A 3L2WA 1RT1A 1KTQA 1CLQA 2P1JA 4OJRA 4OPKA 3RMAA 4HUGA 4L8RB 5SZTA 3CFRA 4KKOA 1XC9A 4FJ8A 3ZT0A 1U49A 1JXBA 3SQ4A 1WSGA 4GMJB 1VSFA 3I8DA 1G15A 3K5LA 3V9XA 4CJSA 4DS5A 4EZ9A 1GOAA 4M3XA 1SKSA 4CHPA 3QEWA 3ZSWA 3KK1A 4CHQA 3PY8A 1KSPA 3DLKA 4HVJA 3VA0A 4NYNA 4WE1A 4HUEA 2EX3A 2XHBA 2BANA 3HP6A 3AO3A 4CGHA 1J9AA 4FJ7A 3K59A 2HHXA 4OVLA 4M3YA 1RTDA 1RDBA 1VRTA 2O4GA 3PO5A 1BIUA 1HPZA 3MXMA 2E6LA 1KLMA 3AA3A 4CFDA 1QSYA 4GW6A 3O3HA 1VSDA 4AHTA 1FK9A 4DTXA 4CJ5A 5HROA 3ZSZA 4AH9A 3RR7A 3TABA 1NJZA 2FC0A 3MXJA 1B9DA 3L3UA 3OYDA 4AHUA 1D9FA 1DTQA 1WSIA 2GV9A 3QERA 3LP2A 3QETA 3PX0A 4NYFA 4J2BA 1CXQA 3AO2A 4CECA 3NHGA 3B6OA 5HRPA 4OPJA 2HHSA 2YHBA 4Y1DA 4N76A 2ZD1A 1RT5A 1T05A 4CEBA 1WSJA 4Y1CA 4BDYA 1NK7A 3T1AA 1QSSA 3KJVA 3RR8A 2HVIA 1Z25A 4HCCA 4M3ZA 3AO4A 2A1RA 4CIFA 1B92A 4DMNA 3VQEA 3THVA 4LH4A 4E7IA 4KHYA 3TR8A 3LANA 4CJ4A 4DFPA 4W5QA 4DF4A 4R5PA 2W42A 4CF8A 1RILA 2ETJA 1BHLA 3RRHA 1YVUA 3VQPA 1UWBA 1LWEA 1T7PA 1BCOA 5HBMA 3P5JA 4FK2A 1BI4A 3AVFA 2P5GA 2VWKA 1Q8IA 1HNVA 2X6NA 3VQ5A 3LZJA 3AVCA 3AVGA 4DSLA 4KHSA 2HNDA 4XIUA 2ZQBA 5T7BA 4JRPA 4FLVA 2F8TA 4KHWA 3NBPA 4I9LA 3KD5E 2NUBA 3VQQA 3OJSA 1ASWA 4M41A 3AVLA 4CJPA 3KLEA 3LAKA 4DQSA 2RF2A 4DFJA 3SQ2A 3SQ1A 2PYJA 3ZSVA 1TGOA 4W5TA 2G8IA 5CYMA 4CEDA 1SL1A 1D8YA 4E1NA 2P5OA 2O4IA 2KFZA 1UA0A 3KK3A 3RMCA 4HUFA 3U3YA 2VG6A 1RBUA 2YNFA 4RW8A 2G8UA 4C8NA 1W0HA 4KHUA 1RT2A 1RBTA 3RMBA 1RNHA 3QEPA 4FJJA 3VN5A 4CJ3A 4K8XA 2IS3A 3QIPA 1HQEA 3LWMA 2KZZA 2B6AA 4CCHA 4CEOA 1D9DA 2BGGA 3V1RA 1FKOA 3U3GA 5I3UA 3OYIA 2WONA 1WAFA 1LW0A 2ATQA 1BIZA 4ZHRA 3IG1A 4KTQA 4Z4FA 1L5UA 4C8KA 1ZBUA 3UIQA 3ITHA 1DLOA 2FBVA 4Z4IA 4QCLA 3HPGA 3OYMA 2ITGA 3DOKA 4Z0UA 5I42A 3S3OA 3DRSA 4M42A 3V1QA 3TAGA 1U45A 4OGEA 2G8FA 3L2QA 4I2PA 1KFSA 1TV6A 1X9MA 1YTAA 4CJFA 3HPOA 3CFPA 3HO1A 3IS9A 1SKWA 1KFDA 3I0SA 1BCMA 4FYDA 1S1WA 1W9HA 1CZBA 4PY5A 1FKPA 3AVJA 4BE0A 1NKBA 1NK6A 5HRSA 1BISA 2XY6A 1NK9A 4C8OA 3NF7A 2OPSA 3QO9A 4CFAA 3SUPA 3NGIA 2YNHA 2G8VA 3SUQA 5HP1A 4C8LA 4DSKA 3QEXA 4DTPA 4KFBA 4OKKA 5CZ1A 4FZZA 2KZMA 1SL2A 4FM1A 4KAZA 2HHWA 1HRHA 1RDDA 3QEVA 3KK2A 4O4GA 1HQUA 3HSTB 1JL2A 4FJHA 4W5NA 4DFKA 4O44A 3DYAA 4YNQA 3OJUA 1ZBIA 1A5WA 1HYSA 1KVCA 1TK5A 2F8SA 4IKFA 1NK0A 1KCFA 2Z1IA 4FW1A 2HNYA 1F21A 4IBNA 3ULDA 4CGJA 1RT6A 1ZBFA 3NF9A 3KKSA 4C8MA 2OZMA 3AO5A 4KB1A 3NGYA 2RPIA 1ZYQA 1LW2A 4Z4CA 4HTUA 4DTUA 5DK5A 4JS4A 3OYNA 2IOCA 4I2QA 3L2UA 1KVAA 4BWJA 4FLZA 5J2PA 1X9SA 5JS2A 3AVBA 3SYZA 3DMJA 2Z1JA 3ZSRA 4BE1A 3SV4A 2F96A 1L3SA 3NAEA 4PQUA 3M8PA 3ZSQA 1S6QA 1WNSA 2XY5A 3O4NA 3HL8A 1VSHA 4CHZA 5SWMA 4E1MA 3PO4A 2Q3SA 3DOLA 4OLBA 4CE9A 3LDSA 1IKXA 3NF6A 1NJXA 3DRRA 1ZBLA 1C1AA 2DFHA 4KV8A 4I9QA 4OLAA 1WSFA 4FVMA 4NCAA 2HVHA 2HNZA 3C95A 4CJQA 3OYLA 3L8BA 3NF8A 1A5VA 2XRIA 4LSLA 5KGWA 1WAJA 5KGXA 1GOBA 4CESA 4FLXA 1J5OA 4EZ6A 3NH1A 2B5JA 1JXEA 2GBZA 1T03A 1IG9A 2OYQA 3M8QA 4MFBA 4KREA 2VWJA 3OYBA 2EHGA 4FJNA 2DY4A 1QHTA 1C0TA 3HM9A 4M3TA 1TKXA 4K8ZA 3TAPA 1IH7A 3I0RA 3C94A 2G8WA 4N41A 5CYQA 3WNGA 4W5RA 3ISNC 3MXIA 1X9WA 4CJRA 5FRNA 4B3OA 1HMVA 3VQ8A 4W5OA 2IAJA 4FW2A 1XHXA 4ELVA 1EETA 1D5AA 4NCBA 1JLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYHA 3K9KA 1S9GA 4O8UA 3ULEB 3O9QA 3O3GA 1NKEA 5KPRA 4FJXA 3Q7CA 3SJJA 3S3NA 1NK4A 4E7KA 3F9KA 1XNRK 2V52B 2BH1A 4MDBA 4B9LA 4JKGA 3OVNA 3DLGA 3VETA 3D7EO 3K57A 1KLNA 4JK8A 4BRPA 2Q0RA 2GUIA 1YUWA 3M3ZA 3TAQA 1VQKN 3AVNA 1S5JA 4JI7K 1BO5O 3CCRN 2YJFA 5CHIA 5AQXA 4IG0A 3U8XA 1K6YA 2DFEA 5AQOA 3FZMA 5AQZA 4LF6K 4FM0A 3ZX2A 1RDAA 5IT9O 2G8KA 5BN9A 3OYAA 4KRFA 2QWMA 3OA9A 2DTUA 3WT0A 2BTFA 3CM6A 1S22A 2FBYA 3CXCM 5H1SQ 4FL9A 2Q31A 4PHTX 2OTLN 3OYGA 1KC8O 4ILHA 3K5MA 4JKEA 4IO9L 1RFQA 3SAHA 3VEXA 3S9HA 2WFBA 3HK2A 1FW6A 2D1KA 1VQ5N 3P1GA 4CZIA 3BF1A 2YX6A 5AQMA 1VSLA 1YT3A 5J2NA 3CCVN 4M3RA 1BI4B 4FCYA 1VQ7N 4OKEA 3HTVA 4Q0BA 1X3NA 3V1OA 3IAYA 1BL3A 5AQJA 5JS1A 3S41A 4CK1A 1CZAN 4GNIA 2KTQA 1HKGA 3ZSXA 3SPYA 2F9WA 3QFPA 3THXB 1UOCA 3B8AX 2OCEA 1IO2A 3MAQA 4JHDA 5M1KA 4FWKA 1NM1A 5GAGP 4YORA 4DG1A 1BOTO 4CEQA 4CZKA 1Q7YO 4YOYA 3KLIA 2OPPA 5GINA 3K2PA 5ELZA 3VENA 3LZIA 4MDAA 3VEWA 4BRDA 1WOQA 3WNEA 4DV4K 4FJIA 2B4JA 4FLTA 3DLEA 1EWQA 3HJFA 5JLHA 4B9TA 1NGGA 4HCBA 4QAGA 1P90A 4A5BA 3SMSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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