2XY8A

Paramagnetic-based nmr structure of the complex between the n- terminal epsilon domain and the theta domain of the dna polymerase iii
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
RQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein-Protein Haddocking Using Exclusively Pseudocontact Shifts.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA POLYMERASE III SUBUNIT EPSILON
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 53
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2xy8A00
1RDBA 4M3TA 3AO5A 5C24A 5HRPA 1CZ9A 2F8SA 3S9HA 1UAXA 2YHAA 3OS1A 4FK0A 4CJ3A 4CGDA 2NUBA 2KTQA 1VSHA 4E7KA 3DLBA 3ZSWA 3ZT2A 2XY6A 1BCOA 1R0AA 1KVBA 4J2AA 2G8IA 3EY1A 4CGGA 1W0HA 3WNHA 2KQ2A 3ULDA 2G8FA 3OYDA 1GOCA 3NFAA 4N47A 4C8LA 3OYLA 4EZ9A 4OKKA 2YNFA 2KFZA 1L5UA 3S3MA 3OYAA 2HHXA 4DSEA 3BDPA 1Q9XA 1I3AA 1S9EA 3NHGA 1SV5A 4HTUA 1T03A 1WSFA 2HHSA 4C8MA 2OZSA 4EZ6A 3AVCA 1QE1A 4KHUA 3V81A 1RTJA 4DFKA 3OYFA 4ZHRA 4MQ3A 2FBTA 3KLIA 4KHSA 4DSLA 3PX6A 3ZSQA 3DLHA 2ZQBA 3TAEA 3SJJA 4H4OA 1JXBA 2IS3A 4M3WA 4DTOA 4WE1A 2HNYA 1XI1A 3RRGA 3OYNA 3TAFA 1VRUA 3KLFA 1TK0A 4Z4HA 1RTDA 3NAEA 5C42A 1DLOA 3PO4A 4CE9A 3T3FA 5I42A 3K2PA 4B3OA 4CCHA 1TKXA 4BE0A 1QSLA 3HVRA 3LALA 4E7LA 4FLTA 1TV6A 2BE2A 1KCFA 4KPYA 1NJWA 3LWLA 4OKJA 4IG3A 1D9FA 4I7FA 3WNEA 4AHRA 1RBSA 4W5TA 4DLEA 1L3SA 1C1AA 3LP0A 4DU4A 3L2WA 3CM5A 3QETA 3AO3A 1NJZA 4ELUA 1K6YA 4M41A 4J2BA 4I9LA 4O44A 5FDLA 4CF8A 2B6AA 4M3ZA 3ZCMA 2QK9A 4R5PA 3DOKA 4CHOA 3OYMA 5KI6A 1RT5A 2F8TA 1T05A 1KLNA 4FM0A 4FLWA 1BI4B 2VG5A 1ASWA 1X9SA 3LP1A 4DQPA 4I2QA 2QKBA 2ETJA 3KLGA 2ZE2A 3LP3A 4CK2A 4JS5A 3OYJA 3ZSVA 1G15A 3TARA 2E4LA 2AJQA 1U45A 3OS2A 1JLFA 4CJUA 2Z1GA 3K5MA 1WSIA 2FBVA 4DG1A 1RT2A 4CJQA 3SUPA 1RBRA 4BDYA 4M3XA 1HYSA 3KKRA 1ZYQA 1KRPA 4DSJA 4M3UA 4HCCA 4E3SA 3M8PA 4FJ9A 1JLBA 1C0MA 1EP4A 4IKFA 3AA2A 2P5OA 2RN2A 1WLJA 2OPPA 4B9MA 3SQ4A 2YKNA 3ZSYA 4PA1A 4JS4A 1C6VA 2RKIA 3SV3A 4LH4A 3QEPA 4DTXA 1WSGA 3PO5A 2BGGA 4O0JA 1IO2A 2IDOA 1WSHA 4CJSA 3CFRA 3SPZA 3NBPA 4B8AB 1L3VA 3V1QA 3HXMA 3HK2A 3QIOA 4DMNA 1U47A 2IC3A 4HVJA 3SUNA 3VA0A 3LPUA 4XIUA 3L2VA 4AHTA 4EP5A 3MXMA 3ALYA 1JLCA 1KFDA 5DK5A 4C8OA 4QCLA 4YFUA 1NK8A 2EX3A 4FLYA 3U3YA 4CEOA 3UIQA 3C6UA 1NK6A 4FJXA 1IKWA 3OYCA 3RTVA 3CYMA 4LH5A 4RW4A 3VQ6A 3K57A 3E01A 3LDSA 1TKDA 1WSEA 3MEEA 1ZBUA 4MFBA 3CQ8A 5CYQA 1BCMA 1EKEA 1WAJA 1FKPA 3AVBA 3ASMA 4RG8A 3RR7A 3AVLA 3HPOA 3ZT1A 1VSDA 2X78A 2D0CA 1C0TA 2WONA 2PZSA 4DQIA 1N6QA 4L8RB 3D45A 4PUOA 4KREA 3V6DA 3HP6A 4CEZA 3ZSOA 4CHYA 2B5JA 1HRHA 4M3YA 2KFNA 3HP9A 1NKCA 3HJFA 2FC0A 4CIEA 4BWMA 4E1MA 3O3GA 4ID1A 3OYBA 1F21A 1S1WA 3O3FA 4HUGA 3H08A 3L2QA 4FJ7A 1A5VA 3DRPA 3KK3A 1U49A 5JS1A 3DRRA 1EETA 1QHTA 3SYZA 1S6PA 2IGIA 3MXJA 3NH1A 1T8EA 1Q9YA 3V9WA 1CXUA 2Y1JA 4LY7A 3B6PA 4LSNA 1CXQA 4FZYA 2OPSA 3V9UA 2OPRA 4AHSA 4W5QA 1TKZA 3K59A 3OJSA 4FCYA 3KIOA 4CEFA 3C6TA 1BIUA 1EXQA 1S9GA 3NF6A 4JLHA 4YNQA 5HBMA 3HVTA 4IDKA 4BWJA 3AO1A 4K8ZA 3NGIA 4KB1A 1IKYA 5HP1A 3AO4A 3KLHA 2G8UA 3ZT0A 2XO7A 3ISNC 2JGUA 4CEEA 3AVNA 2YKMA 4DTRA 3SUOA 3LWMA 4TSXA 3DOLA 4OPKA 4DS4A 1BHLA 1HYZA 2R7YA 4KHWA 3S3OA 4CJ5A 4KRFA 1Q8IA 4OGCA 3KJVA 1VSKA 2RF2A 2VG6A 3SZ2A 1JKHA 4CFAA 3DMJA 4CFBA 1DTTA 4NCAA 3S3NA 4FZZA 4CIGA 3AA4A 1NKBA 2VG7A 3SV4A 1XHZA 4HCBA 4FYDA 3V9SA 2BANA 2F96A 1ZBFA 1DTQA 2W42A 1NKEA 4W5RA 2KZZA 4H4MA 1HNIA 1VSLA 1S6QA 4CJLA 3AVGA 3ZSXA 4RW8A 3M8RA 1LAVA 2FBXA 3KTQA 1HQUA 1TL1A 3LAKA 4F3TA 1WSJA 3V1OA 3SQ1A 2I5JA 2X6NA 1JLAA 4KV8A 4FW2A 4CHNA 1SKWA 1KFSA 2HHQA 1CLQA 3G0ZA 2Z1IA 1RTIA 3DRSA 2E6LA 3C95A 1L3TA 1UA1A 4FJ8A 5FRMA 3DI6A 1KVCA 3NF8A 4BDZA 2XY7A 4FJGA 5J1EA 1W9HA 4Z4CA 1VK0A 3FFIA 3VN5A 4PY5A 1WAFA 4Q0BA 1HQEA 4ICLA 1BL3A 2QKKA 1TK5A 4M3RA 2HNDA 4N5SA 4E19A 2OYQA 5HRSA 3OS0A 2HNZA 1NK9A 3NCIA 3AVHA 1VSEA 3B6OA 3T19A 3OYIA 4FJKA 1ASVA 3V1RA 4W5NA 1A5XA 3DLKA 3ZSZA 4Y1DA 3NGZA 2JLEA 3QEWA 4DTMA 3HSTB 1FK9A 1TKTA 3MEDA 4I9QA 4B8CA 4DLGA 3VQQA 1SL1A 1RT7A 3AV9A 3DLGA 3VQ9A 2OZMA 4IG0A 5FRNA 4E7HA 2XY5A 1BQNA 3SQ0A 2ATQA 4M45A 3U3GA 4CEBA 3O3HA 1IKVA 1EX4A 3HPGA 2E6MA 3C94A 5JS2A 5D3GA 3EZ5A 1NK7A 4CJPA 3RWUA 4CGFA 3VQ7A 4FM1A 5C25A 4QOZB 4FVMA 2B4JA 5E41A 4CEQA 1L3UA 2EHGA 4NCGA 3VQ4A 5KRSA 4B9SA 3I0SA 4DWIA 1C1CA 3LPTA 1NK0A 1B92A 4DSIA 3AA5X 3QNNA 3OY9A 3NH0A 4DU3A 2Z1JA 3I0RA 3RMCA 3JYTA 2P1JA 1TVRA 3NF7A 3V4IA 1IG9A 4O5BA 4DSFA 1QS4A 1REVA 5CZ2A 1Y97A 4C8NA 4KKOA 2A1RA 4CFDA 4C8KA 3ZT4A 3OVNA 1FXXA 3TAMA 3G10A 1YTAA 2G8KA 4N41A 4O55A 3M8SA 4HHTA 4CF9A 3OYGA 2D5RA 1RT4A 2D0AA 2Q3SA 2ZD1A 1J53A 3LZIA 4CF1A 4AILC 3QEVA 4DF4A 1SL2A 1X9WA 4CEAA 4UQGA 3PY8A 4ID5A 4NYFA 4LSLA 4FJIA 4OPJA 2O4IA 4KI4A 3NDKA 3CM6A 5HRNA 3TAPA 1HMVA 3VQEA 4CJEA 4HUEA 1BI4A 4FLXA 3SQ2A 4FK4A 3HO1A 4JRQA 1KLMA 3HYFA 1HPZA 4O4GA 3L8BA 3NE6A 5CY4A 5J2QA 4OJRA 1RDAA 4CF2A 4J2DA 1NK4A 4CJRA 4DFMA 4DF8A 1NJYA 1D9DA 4DSKA 4CF0A 4Y1CA 1J5OA 4E7IA 1X9MA 4CJVA 3LZJA 4F2SA 1C0UA 2QXFA 1JLGA 1JL1A 5KGWA 1JLEA 1VSIA 1ZBHA 3O4QA 5FROA 1RDDA 4AHVA 4F8RA 3DLEA 1D8YA 2DTUA 1QQCA 2PYLA 3BGRA 4FJJA 3MEGA 4CK3A 3OYEA 4DTJA 1KTQA 1LW2A 2XHBA 5KRTA 3V9XA 1VRTA 4ZTFA 1LV5A 4KTQA 3L2RA 5SWMA 4IBNA 1HYVA 4KAZA 4BDPA 4G1QA 3RRHA 3NGYA 1BGXT 1RBVA 3IG1A 1Z25A 4GMJB 3T1AA 3SNNA 1TAUA 3AVMA 2HHWA 3SUQA 3RMDA 1XC9A 5SZTA 3IRXA 2ITGA 4CIFA 4E89A 1X1PA 2HB5A 4I2PA 1NOYA 3TAGA 1WN7A 4O0IA 3OJUA 4CK1A 4DFJA 3KD1E 2D0BA 4FJMA 4KTZA 4PQUA 3ZSRA 3NF9A 3CFPA 4FZXC 3HT3A 4CJWA 3TWHA 3U6FA 4CJ4A 4N76A 4DS5A 1JL2A 4FLVA 4OVLA 4KI6A 2HVIA 3OYKA 3VQDA 2O4GA 3HPHA 3PUFA 4DTSA 1ZBIA 2A1SA 3THVA 1NJXA 3QERA 1BISA 2GBZA 1S1TA 2YV0X 4CFCA 2YNGA 1J9AA 3I8DA 2G8HA 1YTUA 1RBUA 4KHNA 3AVAA 2GV9A 4LD0A 1LWFA 1CZBA 3LANA 4CHPA 2HHTA 1HJRA 1LWEA 4KHYA 4IFYA 2X6SA 4HUFA 4BE2A 1RT1A 4E7JA 4DTPA 3SI6A 1QSSA 1RBTA 2HHVA 5DMRA 1D5AA 5J2PA 3HL8A 1RTHA 3ITHA 4CGHA 3QEXA 4B9TA 1VSMA 1YVUA 3L3UA 4FLZA 1N5YA 4FJNA 1JXEA 4DU1A 3PX4A 3ZT3A 3RMAA 1QTMA 4B9UA 3VQCA 3VQ5A 4CESA 5CYMA 3EYZA 2OPQA 3IS9A 3D0PA 1LWCA 4ZTJA 3AVIA 2DFFA 1U4BA 1SL0A 3K5LA 4Z4FA 2YNHA 2XY8A 4CECA 1ASUA 5HRRA 4CJFA 3PX0A 4Z4EA 3CFOA 2DFEA 4ELTA 3K5OA 1YT3A 3MXIA 1XHXA 4Q5VA 1TAQA 1RCHA 2VWJA 2KZMA 4E1NA 3K5NA 3KK2A 3JSMA 1TK8A 1RILA 3K58A 4GW6A 4Z4IA 3M8QA 3MECA 2Z1HA 1JLQA 3VQAA 1GOBA 4CERA 2Y1IA 3L2UA 1A5WA 3F9KA 1LAWA 3AA3A 4FM2A 3VA3A 3AVJA 1RT6A 4BACA 1QSYA 5K14A 5I3UA 4F2RA 4Z0UA 4OLAA 1B9DA 5KTQA 4KTWA 4AHUA 3P1GA 2DFHA 2X74A 4CHZA 4DTNA 3WNGA 4PWDA 3TI0A 1J54A 2PY5A 1UA0A 4DFPA 4KB0A 4FJHA 4FK2A 2DY4A 1RT3A 3IAYA 4H8KA 1I39A 1SKRA 4Z4GA 1UWBA 3NH2A 3RMBA 5KGXA 3KLEA 3V9ZA 4M42A 2HVHA 3WNFA 2PYJA 4B08A 4EP4A 1KVAA 1BQMA 4CEDA 1NK5A 2FBYA 3RR8A 1FKOA 1WNSA 3TABA 4RW9A 3AO2A 4CHQA 3TAQA 4GVMA 5HLFA 2RPIA 1U48A 4CJKA 1S1VA 4JRPA 1KSPA 2G8VA 4FXDA 3P5JA 3MAQA 5J2MA 3DM2A 1RNHA 4FJ5A 1C1BA 3QO9A 4RW7A 4AH9A 1ZBLA 2IOCA 1VSJA 3TR8A 1GOAA 4DQSA 5HROA 3KKSA 4OKEA 2OA8A 3KD5E 4KO0A 3QESA 3A2FA 3LAMA 4CJTA 1IH7A 1U04A 1XWLA 4AHCA 4FJLA 1MU2A 3QIPA 5J2NA 4B9LA 4DQRA 2HW3A 3CG7A 3KK1A 3DLRA 3QEIA 3QINA 4QAGA 2IAJA 1S1XA 1NOZA 3VQPA 4N56A 4B9NA 2G8WA 2P5GA 1B9FA 3AVFA 2KW4A 3SCXA 3HM9A 4OLBA 4J2EA 1IKXA 1SKSA 1HNVA 1TGOA 3F73A 4B9VA 4NYNA 4K8XA 4BE1A 3VQBA 4NCBA 5CZ1A 5EU7A 4KHQA 4DTUA 2VWKA 1VSFA 2XRIA 3QLHA 1S5JA 1S1UA 1UOCA 3VQ8A 4ELVA 1TL3A 2HHUA 5T7BA 3L3VA 4CGIA 3OYHA 2HMIA 4CGJA 2YNIA 3AVKA 4KFBA 3QNOA 2GUIA 2WOMA 3SPYA 4FLUA 4F3OA 1O1WA 2BDPA 4IFVA 3TANA 4DQQA 2P51A 2LSNA 4W5OA 1SUQA 2YHBA 1BIZA 1T7PA 1LW0A 1RDCA 3DYAA 1Z26A 4OGEA 4RW6A 3PV8A 4E0DA 4F4KA 4FW1A 3P83D 3LP2A 1ITGA 3O4NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SS6A 5EX5A 2F8SA 5JLFA 4FK0A 2A41A 2Q97A 3QMLA 3ZETB 2XY6A 3WNHA 3ULDA 2P9PB 1GOCA 4N47A 4OKKA 2KFZA 1CZAN 3S3MA 1GLAG 4NO7A 1Q9XA 3MMVA 1ZC6A 3KVGA 4H5VA 2JWKA 3L4QA 2OZSA 3HRGA 4EZ6A 3SJHA 3OA9A 3M5RA 4MQ3A 1IBLK 4KHSA 1MDUB 5MLCQ 3DLHA 2ZQBA 4O8KA 5BN9A 4M3WA 4DTOA 1XI1A 3VEVA 3OYNA 3TAFA 2O8FB 1VRUA 3KLFA 1XMQK 1RDWX 4K25A 3T3FA 5I42A 3K2PA 2P9NB 1NNEA 1EQYA 2FSNA 4WQ5A 3HVRA 4FLTA 3BZCA 1D9FA 1RBSA 1L3SA 3CCQN 3DJCA 1K6YA 3P31A 4PHTX 3PIPL 4O44A 4CF8A 1S3XA 3ZCMA 3O9TA 4R5PA 5JVGL 3OYMA 4FWKA 4C1NK 5AZJB 4FLWA 4CZEA 3LP1A 2ZJPL 2ETJA 3OS2A 1JLFA 3H45C 2Z1GA 4CJUA 1WSIA 4CJQA 2Q31A 1KRPA 4HCCA 3E9OA 4CD1A 3HOTA 3M8PA 3AA2A 2P5OA 3VF6A 2BH1A 3ZSYA 4PA1A 5EOYA 1C6VA 3SV3A 1WSGA 2V7ZA 4CJSA 3CFRA 4IOAL 4B8AB 3QIOA 4DMNA 4A59A 4XIUA 3KWGA 4FO0A 4CBWA 5GAGP 3OW2M 3T7ZA 1NK8A 3FZMA 4JD2B 3C6UA 4NB4A 3RTVA 1VQ7N 3ATVA 3DWLA 3K57A 3ENBA 1Y64A 3MEEA 2E2OA 1WAJA 3AVBA 3RR7A 4YORA 4PKHA 1TYQA 4DR3K 2D0CA 3QICA 2PZSA 1K8KA 4DQIA 4L8RB 1QVFM 3V6DA 4CEZA 3ZSOA 3HTVA 1BG3A 3CC2N 2KFNA 1NKCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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