2YHXA

Sequencing a protein by x-ray crystallography. ii. refinement of yeast hexokinase b co-ordinates and sequence at 2.1 angstroms resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
457
structure length
457
Chain Sequence
AAAXDXSLVEVHXXVFIVPPXILQAVVSILTTRXDDXDSSAASIPMVPGWVLKQVSGAQAGSFLAIVMGGGDLEVILISLAGRQESSIXASRSLAAAMSTTAIPSDLWGNXAXSNAAFSSXEFSSXAGSVPLGFTFXEAGAKEXVIKGQITXQAXAFSLAXLXKLISAMXNAXFPAGDXXXSVADIXDSHGILXXVNYTDAXIKMGIIFGSGVNAAYWCDSTXIGDAADGGXXGGAGXMXICCDQSSFRKAFPSLPQIXYLXTLNXXSPXAXKTFXKNSXAKNXGQSLRDVLMXFKXXGQXHXXXAXSFXAANVENTSYPAKIQKLPHFDLRXXXDLFXGDQGIAXKTXMKXVVRRXLFLIAAYAFRLVVCXIXAICQKKGYSSGHIAAXGSXRSYSGFSXNSATXNXNIYGWPQSAXXSKPIXITPAIDGXGAASXVIXSIASAXXSXAXXSAXXA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase(phosphoryl,alcohol acceptor)
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Sequencing a protein by x-ray crystallography. II. Refinement of yeast hexokinase B co-ordinates and sequence at 2.1 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEXOKINASE B
total genus 123
structure length 457
sequence length 457
ec nomenclature ec 2.7.1.1: Hexokinase.
pdb deposition date 1978-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03727 Hexokinase_2 Hexokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yhxA02
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 2yhxA03
4FWSA 4PKHA 2P9NB 3UE5A 3CI5A 3VGMA 3CQYA 2GTDA 1HUXA 3CHWA 3UKUA 3BF1A 2AP1A 2E20A 3M6GA 2OANA 2QWLA 2QWNA 4DHYA 4BRKA 3C7NA 2E2OA 1XC3A 2P9LA 1HJOA 4IXCA 1ZC6A 5EX5A 4IO8A 4JD2B 1WOQA 5AQXA 3O6WA 4CZHA 3EZWA 2FF3B 3GOIA 2YJFA 5AQJA 3O5BA 4JAXA 4BRDA 4MLEA 1KAXA 1X3MA 2D1KA 1NLVA 2P9NA 3WUHA 3A8YA 2GWJA 3HBTA 3WXIA 5BPNA 4IJNA 1V4TA 3D7EO 5AQSA 5EY4A 2DPNA 2ZWHA 3A5MC 3HI0A 4A62A 1RGIA 3I33A 2D4WA 4JD2A 2VYPA 4M7YA 5KPRA 3GG4A 3D2FB 4H5WA 4BR5A 3HTVA 5AQFA 3VF2A 2IIRA 2CGKA 3H46O 2AA4A 2E8AA 1NM1A 4CD1A 3WT0A 4B1ZA 2D0PA 3L0QA 3O1WA 1QZ6A 2BUPA 4PL7A 2V7YA 2Q0RA 4XEIA 3MCPA 1GLEG 4BRLA 3EN9A 2ZGZA 3O1BA 1ATNA 3LDQA 2E2PA 1X9JA 4A2BA 3C0BA 3SLCA 5BN8A 1QZ5A 2IVPA 3A5OC 2WUSA 3D2FA 3A5NC 2YCHA 4DQ8A 4CZIA 3IDHA 3AARA 4O5FA 1E4GT 2ASOA 1Q18A 3SK3A 4BRHA 1XUPO 3QICA 3U4LA 1U2VB 2YI1A 2E1YA 4BRAA 2FF6A 1YVNA 1HKCA 3VOVA 4FOEA 2EWSA 2J4RA 1HX1A 3FZMA 5AZJA 4BRMA 2CH6A 4FWMA 1GLAG 1KAYA 3DXKB 1NGBA 4FWNA 4YDUA 1E4FT 3IMXA 2CGLA 3FZKA 4XH4A 3EL2A 3TU5A 4EFHA 1IG8A 5LY3A 5AQTA 3UKRB 1Z6RA 2ASPA 2FLOA 4JNEA 4BR0A 4EHUA 3FLCO 4CZKA 1GLFO 5F2RA 3D2EB 3WXJA 1SZ2A 4FWPA 4HTLA 4MLHA 5AQKA 5BRDA 4FOIA 2H3GX 3MN7A 3LDNA 4QS9A 4FWLA 1HLUA 5BREA 3DWLA 2QWRA 4H5VA 4CJ7A 1U2VA 4FPAA 4BC4A 5F1XA 4B1WB 3JXUA 5FPEA 1QHAA 5AQLA 4GNIA 2E2QA 3FGUA 2A42A 3VEXA 1NMDA 4BQZA 3VPZA 3DXKA 3L4IA 4BRCA 1DEJA 3BUZB 4K42A 4FWRA 4H03B 1NGEA 3QBXA 2QWPA 4BROA 5TKYA 3UKRA 2NRHA 3IFRA 4CI6A 3MDQA 4IJAA 3MN6A 3D2EA 1NGIA 2D0OA 3O8MA 5JICA 2GWKA 3EKUA 1MA9B 5FPMA 2F9TA 4KBOA 1TUUA 2Q97A 5AQNA 1ZXOA 3VERA 4CZJA 4WQ4A 1CZAN 3QFPA 3A0IX 3P4IA 4Z94A 2V51B 4F9OA 3CQXA 4K43A 5I9EB 2Q0UA 3WXKA 3SMSA 2FSNA 5AQRA 3BP8A 2IVNA 3H6EA 3QMLA 4ISFA 4EIAA 5AQWA 4HWIA 2HOEA 4EHTA 1NGCA 2YHXA 4FWOA 3ZETB 3LL3A 4B1XB 3HSCA 2FXUA 3GDQA 4I6MB 2Q1NA 4IZ9A 3ATVA 3QDKA 5AQYA 4K41A 4BQLA 3AY9A 4WQ5A 2VCPA 5E26A 3HZ6A 4LC9B 5BPMA 3H1QA 2QWQA 3WQUA 5LJWA 4K25A 2YHWA 5AR0A 5B8HA 1ATSA 5ELZA 1V4SA 5AQPA 5AZJB 4CZFA 1R59O 5FPDA 1EQYA 3CJBA 3O08A 2P9PB 2YHYA 4A61A 4CBUA 1IJJA 4IWVA 4ISEA 1YAGA 3VESA 2GELA 1SQKA 1Y64A 4MO4A 3ZETA 1BO5O 4I6MA 3SJHA 2I7PA 2P9KB 3WEEB 1NGDA 2IVOA 4H0VB 2CGJA 2BTFA 5AQZA 1JCFA 4FWKA 5AQGA 1HKBA 3O4WA 3MMVA 2KHOA 3LDPA 3VF6A 1RFQA 4BVOA 3U9DA 2E88A 5JMVA 4YDUC 1GLCG 1H1VA 1T44A 4XH5A 4BG8A 1TYQA 3ENOA 5KQDA 3KZBA 2P9PA 5EXWA 4BRPA 3BEXA 4M63C 4RWTA 3IUCA 1JCEA 5CE3A 4H5RA 4JHDB 4L3QA 5AQQA 5E84A 3ZX2A 3A5LC 4BR9A 1BU6O 2QWMA 2UYTA 5BRHA 1MWKA 3MN5A 3KVGA 2I7NA 5AQMA 1YXQA 1NGJA 1NGAA 1P8ZA 2F9WA 4CD3A 2P9KA 3M1FA 3EO3A 3U8XA 3WEEA 4BR2A 4MO5A 3G25A 3LDLA 3VEOA 4PKIA 3H3OB 2A6AA 3L6QA 4CZMA 3QBWA 4BREA 3VEYA 4DCHA 3M3ZA 1BOTO 3CJCA 4A2AA 4FSVA 4BRFA 4E1JA 3R6MA 1QQMA 1QQNA 1GLBG 3ENHA 2ITMA 2V7ZA 4J8FA 3LM2A 4B9QA 4BR4A 3ZEUB 3ULEB 5BN9A 4H5TA 2VWBA 3CJAA 1NWKA 4JHDA 1K8KB 4BR7A 5AQHA 1S3XA 2ZGYA 4H0TB 5ADXA 4H0PA 3VGKA 4AM7A 4FL9A 1GLJO 3FE1A 3ZX3A 5BPLA 1J6ZA 5JLHA 1NBWA 4BC2A 1BA1A 1D4XA 4WQ4C 3UB5A 5AQOA 3O80A 1ATRA 4BGAA 2YJEA 2GUPA 4ISGA 2Q2RA 5FPNA 3HM8A 3MK6A 3VEWA 1MWMA 3LM9A 1XQSC 4BG9A 1T6DA 1LOTB 3QB0A 1YUWA 1Z05A 4NB4A 3EKSA 3QFUA 3RSEB 3W3DA 3AAQA 1TUYA 3B8AX 3SMPA 5BRFA 5KPTA 4FWQA 4XH1A 4Y0WA 4RTFD 1S22A 3ZEUA 3FZLA 2A3ZA 3ULEA 3H3NO 2P9SB 2V52B 4WQ5C 4CBXA 3S41A 1K8KA 3ATUA 3TPQA 3F9MA 1ESVA 4BC3A 1GLLO 1ZBSA 3R8EA 4GY2B 2QWOA 1BDGA 5AZIB 3J8AA 4BVPA 3BF3A 3DJCA 2A41A 2CH5A 4EAHD 4B1UB 3CETA 3FFKB 5AQIA 3W0LA 5AQVA 4H0OA 5EVZA 1TYQB 1SAZA 2P9IB 3AAPA 5AFUH 1C0GA 3RSEA 4BRNA 4CZEA 2W40A 3VEVA 2Q31A 3WQTA 5F0XA 3VEZA 5ADXH 4BGBA 4M7XA 3CERA 3VGLA 5EOYA 3GL1A 3DAWA 2ASMA 3FR0A 3GE1A 4PKGA 2P9SA 4RCHA 3KHYA 3CIPA 1KAZA 3R9PA 3CJ1A 3FZFA 1NGFA 3FZHA 4BRQA 4QS8A 3LDOA 2QM1A 1GLDG 4H5NA 3DXMB 2E2NA 3MN9A 1JCGA 5AZIA 1DGKN 3ID8A 1HKGA 4O8KA 3WXLA 5JLFA 4H0XB 2QW9A 4B1YB 3JS6A 1BG3A 4FPBA 1HPMA 2P9UB 3I8BA 3VF4A 2GEMA 2E1ZA 1DKGD 1NGHA 4CBWA 2A5XA 4WYBA 2HMPA 3CJ9A 2P9IA 2W41A 2FSJA 4C23A 1MDUB 1T6CA 3ZX0A 1G99A 4AM6A 1WUAA 1LCUA 1OKJA 1BA0A 3VENA 4H0YB 1QQOA 1U6ZA 1NGGA 4BC5A 1BWFO 2HF3A 3UKUB 4CZLA 5LJVA 2Q36A 3H1VX 1C0FA 3GBTA 4DB3A 1RDWX 1KXPA 3CJ7A 5KQ8A 3C7NB 2FSKA 4B1VA 3DXMA 2P9LB 5BR9A 2HF4A 2ZF5O 1X3NA 3OHRA 2A40A 4FO0A 4JN4A 3VETA 5AQUA 4BRIA 2P9UA 2QXLA 4BRGA 2PAVA 1BUPA 4QS7A 3H45C 4NO7A 3U9ZA 5KPZA 2NLXA 4PL8A 2NZTA 4CZGA 5AFUA 2PBDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TL1A 2IAJA 1HNXK 4B9SA 3EYZA 1FK9A 2P9NB 3LPTA 3M5RA 2G8FA 1NJXA 3M6GA 3M8RA 3CCUN 2W6KA 2QI2A 2E2OA 4CFDA 3BZKA 1HJOA 2VG5A 3TSUA 3K5NA 3PV8A 1VSIA 1Y97A 1JL1A 5AQXA 1EKEA 2NRVA 3RMDA 3RMBA 1M1KO 3SAGA 3MWTA 2FF3B 1Q9YA 1D9FA 1ILYA 3PY8A 3PO5A 4F2SA 1SL2A 2QTDA 3DLLL 1KAXA 3AO2A 1X3MA 1YJ9N 3HBTA 3WXIA 3THYA 2A1RA 3LP1A 1VQ9N 4Y1DA 4JRQA 5AQSA 3KLHA 5CYMA 3AVFA 1NJZA 3ZSWA 3A5MC 1QHTA 1IG9A 4JI6K 2UUCK 4JD2A 4MQ3A 3TI0A 4M7YA 4DR1K 3SUNA 3CM5A 3OYNA 5GADP 2IIRA 2DFHA 4MDAA 5GIOA 3V81A 2AA4A 2E8AA 4CD1A 3K5MA 1WAFA 3WT0A 3K9KA 1TVRA 4FW2A 2D0PA 3TAGA 3M8SA 1BISA 2NRZA 1ZBFA 3KLIA 4CK3A 2F8TA 2Q0RA 1RBTA 1RCHA 1GLEG 4IEIA 1KCFA 2ZGZA 3O1BA 4DFJA 1WN7A 1RTIA 3KIOA 4A2BA 3HPHA 4O8UA 1QZ5A 3ENBA 3A5OC 1XHXA 5KI6A 4G1QA 4I9QA 3G6EN 3AARA 1L3SA 2O4GA 3QICA 1U2VB 3L2RA 2E1YA 1S6QA 4RW4A 3AA4A 2EWSA 2J4RA 3EEQA 4NXNK 4MDBA 2CH6A 1KVCA 3U3GA 3SI6A 2ZM6K 4JK8A 4ILGB 4YDUA 4AQYK 2ATQA 2CGLA 3TU5A 4HUFA 1YTUA 2FLOA 3T3FA 2RPIA 4BR0A 1JLCA 4LFAK 3FLCO 1GLFO 3D2EB 3L3UA 4MLHA 4JI8K 5AQKA 3HP9A 3MN7A 1IO2A 4PA1A 4FWLA 1HLUA 2OPSA 2BANA 3OYGA 3VTIA 3NF6A 5FPEA 1TGOA 3L2UA 4GNIA 2E2QA 3OJUA 2O8EA 3FGUA 2A42A 2XY5A 1NMDA 1DEJA 4K42A 1YTAA 4FJGA 5T7BA 4N47A 3K2PA 4CI6A 3HXMA 2WOMA 5CYQA 3MN6A 2G8VA 3AA3A 3O8MA 4G9ZA 4ZTFA 2P51A 1WSGA 3OYEA 1RT1A 3PIOL 3VERA 4FJJA 2JWLA 4CZJA 4WQ4A 4ID1A 4CFBA 1CZAN 3QFPA 2OPRA 4Z94A 4YOVA 2B6AA 4F4KA 1KLMA 3TTDA 3CQXA 5I9EB 3KLFA 3WXKA 1NKBA 3SMSA 4B8AB 3MWPA 3H6EA 5AQWA 1XNQK 2HOEA 1NGCA 1QE1A 1B9DA 2LSNA 3VQQA 1N34K 2YNHA 5GIPA 3IS9A 1EWRA 1TKZA 5BPMA 1RBSA 3LPUA 4OPKA 2ETJA 1Z26A 2OPPA 2YHWA 3K9JA 3OYJA 1V4SA 4XIUA 4GKJK 2KZZA 3SJJA 1HRHA 3ASMA 2EX3A 2P9PB 4A61A 4WF9L 4LD0A 1XMOK 1HNZK 1YJWN 3AA2A 1B92A 1YAGA 4KHQA 3KK7A 4BWJA 2ZE2A 1WLJA 1K6YA 5C24A 2P9KB 1NGDA 4H0VB 2CGJA 3G10A 3J7YP 3D45A 3IG1A 4FWKA 1D5AA 1NOZA 4FK2A 4OX9K 3VF6A 3BGRA 1VQ7N 2IS3A 3U9DA 2E88A 5JMVA 4YDUC 1H1VA 2HB5A 4CGIA 1TYQA 4OPAA 1MU2A 5EXWA 3OYBA 4KH4A 3I0SA 4RW6A 4TSXA 2VWJA 4Z4EA 4H5RA 4DTSA 3NFAA 3A5LC 1XMQK 1MWKA 4JKGA 4IG0A 3EE9A 2ITGA 2Z1GA 4JKFA 4CD3A 3M1FA 3U8XA 4MO5A 1KVBA 4PKIA 3H3OB 2A6AA 3VQEA 1N36K 3L6QA 4FK4A 4DQQA 3LWMA 3LP3A 4LH5A 4DCHA 3CMAN 2Z1JA 1VSHA 5H1SQ 4FSVA 4E1JA 1QQMA 2FBTA 2WC9A 4LH4A 4DTNA 4J8FA 4CFAA 4B9QA 3HP6A 2JGUA 3ULEB 2WBNA 1S1WA 4FLXA 3NDKA 1IV0A 4JKHA 1KVAA 3CCMN 3FE1A 1J6ZA 1NBWA 2W6LA 5C2DA 1BA1A 5KRTA 4WQ4C 1CXQA 1ATRA 2Q2RA 3MK6A 1MWMA 4FLZA 3MXJA 3QB0A 2HHHK 2VGNA 3CCLN 5KPTA 3E66A 1WAJA 3SMPA 5C25A 3L2WA 4DSIA 4FJ7A 4FWQA 4JEPA 4BACA 4XH1A 4Y0WA 2QK9A 4RW7A 4DG1A 3ZEUA 3SAFA 3VN5A 1K73O 2V52B 1ITGA 1K8KA 3CC4N 3DM2A 3NH2A 4HUEA 4Z0UA 2QWOA 4FZYA 3CPWM 4F3TA 4X66K 3E9OA 1Q9XA 2A41A 4Z4HA 1T8EA 3J80O 1JLAA 4EAHD 5DK5A 3QEPA 3N4QA 1N6QA 2P9IB 3O3FA 4KHUA 4JKBA 1C0GA 3DI6A 4LF6K 3RSEA 4OKKA 4BRNA 4CZEA 4DR4K 3CG7A 2W40A 3IRXA 3WQTA 1DTQA 3SAHA 2XY8A 3OS0A 1SKSA 2OCEA 1N32K 3QETA 2ASMA 4FJNA 4O4GA 2P9SA 3KHYA 2HHQA 3CIPA 4E7JA 3I0RA 1TAQA 4H5NA 3NGYA 4B3OA 2G8IA 4FPBA 3ISNC 1HPMA 2P9UB 1BCMA 3THXB 3KLEA 1KLNA 4B3MK 4GVEA 3RMCA 3HRGA 2XRIA 4M3XA 4A5AA 3OBWA 3C6HA 4YNQA 4JKCA 1LCUA 3QNNA 3ITHA 3LP2A 1RTJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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