2YHXA

Sequencing a protein by x-ray crystallography. ii. refinement of yeast hexokinase b co-ordinates and sequence at 2.1 angstroms resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
457
structure length
457
Chain Sequence
AAAXDXSLVEVHXXVFIVPPXILQAVVSILTTRXDDXDSSAASIPMVPGWVLKQVSGAQAGSFLAIVMGGGDLEVILISLAGRQESSIXASRSLAAAMSTTAIPSDLWGNXAXSNAAFSSXEFSSXAGSVPLGFTFXEAGAKEXVIKGQITXQAXAFSLAXLXKLISAMXNAXFPAGDXXXSVADIXDSHGILXXVNYTDAXIKMGIIFGSGVNAAYWCDSTXIGDAADGGXXGGAGXMXICCDQSSFRKAFPSLPQIXYLXTLNXXSPXAXKTFXKNSXAKNXGQSLRDVLMXFKXXGQXHXXXAXSFXAANVENTSYPAKIQKLPHFDLRXXXDLFXGDQGIAXKTXMKXVVRRXLFLIAAYAFRLVVCXIXAICQKKGYSSGHIAAXGSXRSYSGFSXNSATXNXNIYGWPQSAXXSKPIXITPAIDGXGAASXVIXSIASAXXSXAXXSAXXA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Sequencing a protein by x-ray crystallography. II. Refinement of yeast hexokinase B co-ordinates and sequence at 2.1 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEXOKINASE B
molecule tags Transferase(phosphoryl,alcohol acceptor)
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 123
structure length 457
sequence length 457
ec nomenclature ec 2.7.1.1: Hexokinase.
pdb deposition date 1978-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03727 Hexokinase_2 Hexokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yhxA02
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 2yhxA03
1BWFO 4FPAA 2HF3A 2GWKA 3H1QA 5BPNA 3DJCA 4WQ4C 3VOVA 2ASMA 2CH5A 4FWSA 4HTLA 3HZ6A 2NRHA 2ASOA 3L4IA 3O1BA 1D4XA 4O5FA 1JCEA 3LM2A 2E1YA 3ZETB 1LOTB 3O6WA 4BR0A 2E2PA 4Y0WA 4DHYA 1HKGA 1KAZA 4BRAA 1XC3A 1EQYA 3FE1A 3VGLA 3ZX3A 3IDHA 1NGCA 1MWKA 3LL3A 3U8XA 3WEEB 2YCHA 3ATUA 3KZBA 3HTVA 4PKIA 3O4WA 4M7YA 2J4RA 2V7ZA 1BA0A 5LJWA 3AAPA 3D2EB 1NM1A 1Q18A 2KHOA 4IJAA 4FWNA 4B1VA 4HWIA 3UKRA 4BR4A 4CZHA 1U6ZA 5KQ8A 1X9JA 4LC9B 4WQ4A 1YAGA 3VEWA 5AQOA 3VPZA 1HJOA 2FF3B 3WXJA 3KHYA 3R9PA 1KAXA 1RDWX 4M63C 3S41A 4EAHD 4MLHA 3VEVA 4J8FA 5AQRA 1WOQA 2QWPA 2P9IB 3VF2A 3GDQA 4BRFA 1DGKN 2E88A 1IJJA 4ISEA 5LJVA 3FZLA 4B9QA 2P9KA 4K25A 4BRMA 1MA9B 2IVNA 2QWNA 3W0LA 2QWLA 1RFQA 3WQTA 4CI6A 3H6EA 3LDOA 3BF3A 4CZFA 5FPEA 2ZGYA 5KQDA 1Z6RA 3ID8A 5AFUA 2Q2RA 1WUAA 1BOTO 1NGEA 4CD1A 3FFKB 3MCPA 4CZKA 2VYPA 4B1UB 4FOIA 5AQMA 4CJ7A 4CZGA 2A6AA 4PKHA 3MK6A 4XH5A 3D2EA 4BRPA 4I6MB 4FSVA 4JD2A 2E1ZA 1H1VA 4FWQA 4DCHA 4GY2B 3WXKA 4B1XB 2W40A 5BN8A 2YHWA 5AQGA 3GL1A 1MDUB 5FPMA 1BUPA 4E1JA 3FR0A 3H1VX 5AQFA 5AQLA 4DB3A 1YVNA 3DXMB 3M1FA 1SAZA 2CH6A 3CQYA 1ATSA 2P9IA 2VWBA 3TPQA 3VGMA 3CQXA 5F0XA 2CGLA 2F9WA 3VENA 2E20A 5BN9A 4BG9A 5BPMA 3AAQA 2PAVA 3EKSA 4CBWA 1LCUA 5LY3A 3WXIA 5AQPA 3M6GA 5EOYA 1GLFO 3GE1A 2GTDA 3O80A 5F2RA 1XUPO 3D2FB 2ASPA 3UKUB 5BRDA 4FWKA 3C0BA 3CJBA 4BRQA 2V51B 2VCPA 4H0OA 4BC5A 4BQZA 5BREA 3DAWA 4RTFD 4KBOA 3GBTA 2D0OA 2ZGZA 3BP8A 2P9UB 4EHTA 2P9SA 3EKUA 2P9NB 4BC3A 1OKJA 1YUWA 4ISGA 5EXWA 2A5XA 3HI0A 4Z94A 1BDGA 4PKGA 4A61A 3EZWA 4BGAA 5B8HA 2P9LB 4PL7A 5KPRA 3MDQA 4BRGA 2Q36A 5EY4A 2CGJA 5AQJA 2QW9A 5AQHA 5I9EB 4IWVA 3FLCO 1HPMA 2HF4A 1HUXA 3A8YA 4QS9A 4B1WB 1NGFA 2NZTA 1E4FT 3SLCA 1QQOA 2WUSA 4XEIA 2BUPA 3IMXA 3I33A 4BRKA 5JMVA 4FOEA 3A5LC 3HM8A 4FO0A 2A42A 4GNIA 3SJHA 3O08A 1ZBSA 3P4IA 5ADXA 1TYQA 3VEZA 3FZKA 3MN5A 4ISFA 5AQWA 1QZ6A 1SZ2A 5AZIB 1YXQA 1X3NA 4NB4A 2D4WA 5AFUH 3UKUA 3MN6A 3QBXA 3GG4A 4BC4A 2GUPA 2E2OA 4H5TA 3CJCA 4JHDB 1T44A 4IXCA 3VF4A 2GEMA 3ATVA 4YDUC 1HLUA 2QWQA 3CETA 1NWKA 3UB5A 2P9UA 3FZFA 5E26A 3ZETA 4QS8A 3I8BA 2P9NA 3IFRA 2Q0RA 3VEYA 1V4SA 1NGJA 3QDKA 5KPTA 1GLAG 3RSEB 2P9LA 3QFPA 2V7YA 5AZJB 3WEEA 4CBXA 4BVPA 4H5RA 4L3QA 3VF6A 1BG3A 3IUCA 1HKCA 3A5NC 5BRFA 5BR9A 3A5MC 5EVZA 5FPNA 2F9TA 2ITMA 2FXUA 2QWOA 3TU5A 3O5BA 4IO8A 3VEOA 3FZHA 3KVGA 3O1WA 3O8MA 4FWMA 3DXKB 5KPZA 4CZIA 3EL2A 4B1ZA 4IZ9A 3CJ1A 4MO4A 2A3ZA 4BRNA 1NGBA 2CGKA 2D1KA 4H0TB 4BC2A 1KXPA 2E8AA 4YDUA 3QFUA 1ATNA 3H46O 3H3NO 3FZMA 2FSJA 2QWMA 2W41A 1NGDA 4H5NA 4JAXA 1TUYA 2A40A 5ELZA 5AZIA 3ZX0A 5JICA 3LDPA 3AARA 1E4GT 3ENHA 3OHRA 3WT0A 3L6QA 4CBUA 3VGKA 5EX5A 4BR7A 3B8AX 4JHDA 5AQSA 3BEXA 2E2NA 4H03B 2AA4A 2HOEA 1Z05A 4H0YB 1NGGA 3G25A 4K43A 3ZEUB 2QXLA 3L0QA 3HSCA 3CHWA 3U9DA 4CZMA 4IJNA 2FF6A 4BRCA 1DKGD 3QMLA 4BRDA 3RSEA 1Y64A 2YHYA 2IIRA 3AY9A 3VEXA 1K8KB 3CJ9A 4BROA 3LDQA 2AP1A 5TKYA 4EIAA 2YJEA 1QQNA 4I6MA 4H0PA 3A0IX 2H3GX 4O8KA 2YHXA 4BRHA 3GOIA 2Q97A 1GLLO 3FGUA 2P9KB 3DXKA 4PL8A 2OANA 4BR9A 2FSNA 5ADXH 1BO5O 1X3MA 1NGHA 5AQZA 4BREA 2NLXA 3M3ZA 3ULEB 3BUZB 4FWLA 3CJAA 4XH4A 4CZEA 3CERA 3DXMA 3LM9A 4RCHA 1G99A 1NBWA 1U2VB 2I7PA 2HMPA 3H3OB 3JS6A 4K41A 3CJ7A 1RGIA 4WQ5C 4BRLA 3H45C 1ZC6A 1GLDG 2FLOA 3C7NB 3LDLA 1CZAN 1NMDA 2Q0UA 4EFHA 1C0FA 1GLEG 3BF1A 1ZXOA 3WQUA 5AQXA 4H5WA 4JD2B 1ESVA 2BTFA 4BQLA 3D2FA 1S22A 1IG8A 3MMVA 1BU6O 1C0GA 3D7EO 1JCFA 3ZEUA 3W3DA 4WYBA 3A5OC 5F1XA 2QM1A 3SMSA 1GLBG 2ZWHA 4FWRA 4RWTA 5BRHA 4H5VA 1MWMA 4F9OA 5AQVA 4MO5A 3DWLA 1QZ5A 5JLHA 4C23A 5JLFA 1K8KA 3CIPA 3U9ZA 3MN9A 4A62A 2A41A 2DPNA 2P9PB 4AM7A 2GWJA 3J8AA 4B1YB 2Q31A 4H0XB 1HKBA 5E84A 1V4TA 4WQ5A 2V52B 1J6ZA 3JXUA 2IVPA 1DEJA 5AQYA 4DQ8A 4FPBA 3ULEA 4JN4A 1SQKA 2D0PA 4K42A 2GELA 4FWOA 4BR2A 3HBTA 2PBDA 4A2AA 2YJFA 3UE5A 1U2VA 3ENOA 4BVOA 4QS7A 1QHAA 4CZLA 3SMPA 1T6CA 5CE3A 1GLJO 1QQMA 1HX1A 1S3XA 2EWSA 5AQIA 4EHUA 2P9SB 1NGIA 2Q1NA 3QBWA 3C7NA 4AM6A 4CZJA 4BR5A 2ZF5O 5AQNA 4MLEA 4CD3A 1KAYA 1TUUA 3CI5A 4H0VB 1GLCG 4XH1A 5AQTA 3MN7A 3VESA 3R8EA 4M7XA 3U4LA 1P8ZA 4BGBA 3QB0A 2IVOA 1XQSC 1ATRA 3UKRB 1R59O 1BA1A 1T6DA 2UYTA 4BRIA 2I7NA 2QWRA 2FSKA 4A2BA 5AQKA 4FWPA 2P9PA 3QICA 2E2QA 3R6MA 4JNEA 3F9MA 5AQUA 3EN9A 1TYQB 3LDNA 5AQQA 5AZJA 4FL9A 3VERA 3ZX2A 4BG8A 5BPLA 1NGAA 3WUHA 1JCGA 3EO3A 5FPDA 2YI1A 3WXLA 5AR0A 3VETA 3SK3A 4NO7A 1NLVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OH8A 1N33K 3H1QA 5KRSA 5HRPA 4FWSA 1WBBA 4JKAA 1SL0A 3L4IA 2B4JA 3BY5A 5C24A 2E1YA 3ZETB 1LOTB 2E2PA 4YNQA 3OJUA 1D5AA 1HKGA 1NKCA 4CEDA 1HQUA 1KAZA 2UXCK 4BRAA 5KI6A 4CGFA 1XC3A 1EQYA 3FE1A 3AV9A 4J2AA 5M1FA 3WEEB 4Z4GA 2J4RA 3AAPA 5M1PA 4N56A 1Q18A 1TGOA 2P5GA 1WAJA 4HVJA 3UKRA 3DLHA 2XY7A 2VGMA 3LAKA 1YAGA 3QINA 3R3LA 1HJOA 3DLRA 1NJXA 1KAXA 5CYQA 5HRRA 4DFPA 4C8NA 2KZZA 1QE1A 2WOMA 4E1MA 1WOQA 3TAQA 2P9IB 4DUZK 2G8FA 1A5VA 2IS3A 4CIFA 3QIOA 4J2EA 4JS5A 1UWBA 4BRMA 3ZSWA 2QWLA 1YIJN 3WQTA 1VHXA 4CZFA 5FPEA 2ZGYA 5KQDA 3HOSA 5AFUA 2Q2RA 3NVKA 1S1XA 3F73A 1KD1O 4DSKA 3MCPA 2VYPA 5LL6Z 4CHNA 4M3XA 3K0SA 2E6MA 3AA2A 4Z4HA 2QK9A 3MK6A 4OVLA 4I6MB 2E1ZA 3M8RA 4CF8A 4OPHA 2HSTA 4DR6K 3GL1A 5FPMA 4KRFA 1TAUA 1FJGK 4LF6K 4K8ZA 2O8CB 3T7ZA 4GKJK 1NMNA 3THVA 2VWBA 3TPQA 4OPAA 5F0XA 3NH2A 3E9LA 4KHUA 1TL1A 2E20A 1JLBA 2EX3A 1O1WA 5LY3A 1NK6A 3P5JA 5AQPA 5EOYA 2UU9K 3GE1A 4O8UA 5F2RA 5CZ1A 3UKUB 4CJSA 5BRDA 1RILA 4J2DA 1RDAA 2UUCK 4CEAA 5M1KA 5JVHL 2VCPA 5CZ2A 4H0OA 4BC5A 3IS9A 2WBNA 4CFAA 4LF5K 4JKGA 3IKMA 3DAWA 2D0OA 2ZGZA 4IDHA 1T3VA 3TAFA 1B9DA 2P9NB 3U3YA 3ZSXA 1YUWA 3D0PA 1B9FA 2HNDA 1J53A 3PX0A 3CM5A 3AO5A 3NE6A 3SPZA 2ZE2A 4A61A 4FJMA 1KFDA 1SKWA 2P9LB 5KPRA 3L2QA 3C6HA 2O8DB 1Q8IA 2CGJA 4JKBA 1VQ4N 2G8VA 2ATQA 4DUYK 4RW8A 1NJWA 5FROA 3NF7A 3VQEA 4B1WB 1FKPA 1TVRA 3F2KA 4R79A 3VQBA 1ASUA 3NF9A 4JI0K 4BRKA 5JMVA 3TARA 4R5PA 4BWMA 3SJHA 4CEZA 3QERA 1IV0A 1ZBSA 5GINA 3AVGA 5AQWA 1QZ6A 2F96A 4CHZA 3TAGA 3B6PA 5M1OA 4NB4A 2VWJA 4KREA 3KD1E 4Z4IA 4I9QA 4N47A 3QIPA 1WSFA 1T44A 3MX2A 3EZ5A 2YX6A 4F4KA 5AJ3K 2GEMA 1J54A 1HLUA 3CETA 3UB5A 3G4SN 5KRTA 1KTQA 2P9UA 3PV8A 5BR8K 1IG9A 2IDOA 5KPTA 1N6QA 4BY9C 3C95A 4IOCL 3VQCA 4CHPA 3TAPA 4ZTJA 1IKVA 3WNFA 4LF4K 4MQ3A 1RT4A 4H5RA 4L3QA 2RHKA 1BG3A 1HKCA 5J2NA 5EVZA 5FPNA 4X65K 2ZJRL 4H4OA 2O8BA 2QWOA 3SAHA 1C0TA 1YITN 3RMAA 5KPZA 4OGCA 3KK2A 2XY5A 2A3ZA 4H0TB 1KXPA 1RT2A 4JKCA 4YDUA 1ATNA 3FZMA 2G8WA 1JXBA 4NCAA 2FSJA 5H1SQ 4CEQA 4DU3A 2W41A 3TSUA 1NGDA 4JAXA 1TUYA 4YOXA 2KQ2A 5GIOA 2JWKA 4FYDA 4M3UA 3ISNC 3LDPA 3CPWM 4DSEA 1NJYA 5TKWA 3HOTA 3ENHA 3OHRA 4CBUA 4B08A 3MEDA 3VGKA 4DQPA 2KKZA 5AQSA 4NLCA 2FBXA 1VRTA 3VQ6A 4FJ7A 2W42A 3KKSA 4FLUA 2QI2A 3THWA 2Z1GA 2AA4A 1W0HA 4DR4K 1OVYA 4ID5A 3E9OA 4BRCA 4CJKA 1DKGD 1O13A 3TSQA 3QETA 3I55N 4DSLA 2OPSA 4DMNA 5E41A 2BE2A 4CESA 2YHYA 3CJ9A 1D9DA 5TKYA 4PA1A 5DK5A 2YJEA 4O8KA 1VQ7N 4BRHA 3GOIA 2DY4A 4OX9K 4DLEA 2P9KB 4PL8A 4HCBA 2FSNA 4W5QA 4FLTA 3S3MA 1W97L 3MCAB 4FWLA 3C94A 3CERA 1NBWA 2HMPA 4OJRA 3NH0A 4GW6A 4AHTA 1BQMA 4WQ5C 1RGIA 3VQ9A 3LDSA 4BDZA 3H45C 4PUOA 1ZC6A 1GLDG 2FLOA 3ZT3A 1C0FA 1ZXOA 3PIOL 1VSIA 4BQLA 5C10A 3VA0A 1IG8A 3AO3A 4KB1A 2NRTA 3NF6A 3A5OC 4DTXA 2QM1A 3ZSYA 1HNIA 4LY7A 4M3YA 4H5VA 1MWMA 4MO5A 3DWLA 1QZ5A 5JLFA 1NU0A 4DF8A 3MN9A 4A62A 1NK8A 2DPNA 2P9PB 3V6DA 3BGRA 3J8AA 1R0AA 4B1YB 4JKDA 3SJJA 1HKBA 5KTQA 1V4TA 2PFUA 1VQ5N 1WSEA 3JXUA 1HMVA 4C8LA 2IVPA 1DEJA 4NCGA 3O3FA 4FPBA 4DKWA 4CFCA 4HUGA 1SQKA 4Z4FA 4UQGA 4DV5K 4WFAL 3OYMA 2W6LA 3HBTA 3OA9A 3FFIA 3CMAN 4O4GA 1UOCA 1U2VA 4QS7A 3HSTB 3SMPA 1HNWK 3T1HK 5J2MA 3KLFA 3QBWA 3C7NA 4YOTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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