2YHXA

Sequencing a protein by x-ray crystallography. ii. refinement of yeast hexokinase b co-ordinates and sequence at 2.1 angstroms resolution
Total Genus 123
50100150200250300350400450020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
457
structure length
457
Chain Sequence
AAAXDXSLVEVHXXVFIVPPXILQAVVSILTTRXDDXDSSAASIPMVPGWVLKQVSGAQAGSFLAIVMGGGDLEVILISLAGRQESSIXASRSLAAAMSTTAIPSDLWGNXAXSNAAFSSXEFSSXAGSVPLGFTFXEAGAKEXVIKGQITXQAXAFSLAXLXKLISAMXNAXFPAGDXXXSVADIXDSHGILXXVNYTDAXIKMGIIFGSGVNAAYWCDSTXIGDAADGGXXGGAGXMXICCDQSSFRKAFPSLPQIXYLXTLNXXSPXAXKTFXKNSXAKNXGQSLRDVLMXFKXXGQXHXXXAXSFXAANVENTSYPAKIQKLPHFDLRXXXDLFXGDQGIAXKTXMKXVVRRXLFLIAAYAFRLVVCXIXAICQKKGYSSGHIAAXGSXRSYSGFSXNSATXNXNIYGWPQSAXXSKPIXITPAIDGXGAASXVIXSIASAXXSXAXXSAXXA
50100150200250300350400450400300200100
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH11 (349-381)AH2 (21-39)AH12 (400-412)TIV1 (40-43)TI5 (246-249)EMPTYS1 (48-52)TIV2 (57-60)TIV4 (82-85)AH5 (189-200)S2 (61-70)TIV3 (70-73)S3 (73-82)TII1 (96-99)TIV10 (154-157)AH3 (105-124)TIV7 (124-127)S6 (181-187)AH13 (434-450)S5 (131-136)TIV8 (143-146)AH4 (167-178)TI1 (145-148)O1 (163-165)TIV9 (151-154)S10 (386-391)TI2 (201-204)S7 (204-210)TVIII3 (383-386)TI7 (392-395)TIV12 (210-213)S8 (214-220)TI3 (221-224)TIV14 (225-228)TIV15 (227-230)TIV16 (231-234)TIV17 (235-238)AH7 (275-279)TI6 (250-253)O2 (256-258)TIV19 (253-256)AH6 (260-268)TIV20 (268-271)TVIII2 (314-317)AH8 (285-299)TII2 (312-315)TIV22 (308-311)AH9 (318-326)TIV25 (394-397)TVIII5 (422-425)S11 (424-428)TII3 (397-400)TVIII4 (393-396)TIV26 (431-434)S9 (240-243)S4 (85-94)TVIII1 (102-105)3H1 (282-284)3H2 (419-421)AH1 (4-17)AH10 (333-339)TIV24 (329-332)PH1 (340-344)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase(phosphoryl,alcohol acceptor)
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Sequencing a protein by x-ray crystallography. II. Refinement of yeast hexokinase B co-ordinates and sequence at 2.1 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEXOKINASE B
total genus 123
structure length 457
sequence length 457
ec nomenclature ec 2.7.1.1: Hexokinase.
pdb deposition date 1978-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03727 Hexokinase_2 Hexokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yhxA02
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 2yhxA03
4J8FA 3FR0A 3C0BA 4FO0A 1BOTO 2QWLA 3AAQA 3DJCA 4MO4A 1QZ5A 4CZIA 3O5BA 3DXMA 1ZC6A 1NWKA 3VF2A 4BRLA 2FF3B 2EWSA 1NGAA 3DXKA 3I33A 5BPLA 1BA1A 3O1WA 5FPNA 3SLCA 2IVPA 4BROA 1GLBG 1Z05A 3M6GA 2F9TA 4EFHA 3HM8A 4IWVA 4RCHA 4B1ZA 3WEEB 3A5LC 4PL7A 5FPDA 4I6MB 5EXWA 3MK6A 2CH5A 3VEVA 4AM7A 3EKUA 4B1WB 5LY3A 1C0GA 1V4SA 4WQ4C 3ZX3A 2OANA 4XH1A 4FWPA 3BUZB 2IVNA 1Y64A 5AQQA 4CZFA 1JCFA 2Q97A 4EHTA 4ISGA 4BVPA 3D2FA 4M7XA 5AQGA 3H46O 2IIRA 4WQ5C 5FPMA 3ZX0A 3D2EB 4CZLA 4DHYA 5AQWA 3FFKB 4DB3A 4CBWA 2NRHA 2QXLA 3KZBA 3ATVA 2Q36A 2GUPA 3HTVA 4FWMA 4BG8A 1QQMA 3CERA 3O1BA 3EO3A 3CQXA 3OHRA 1NGGA 3GBTA 3VPZA 3QMLA 2P9PB 4QS8A 4WYBA 5AZJB 2J4RA 3ZETA 4B1UB 2BUPA 3CIPA 4FOEA 5KPTA 1BDGA 3H3OB 1JCEA 2QWPA 4YDUC 1XC3A 3UKUA 3L4IA 3BF3A 2V51B 4K25A 2Q0UA 2ITMA 4E1JA 3ZEUA 2E2QA 3LDLA 3QBXA 5CE3A 3AARA 3EZWA 2W41A 5TKYA 1TYQA 2FF6A 1X3NA 1YXQA 1GLFO 4K42A 3WXKA 2UYTA 3TU5A 4JAXA 3A5OC 1QQOA 4QS9A 4DQ8A 1TUUA 3VENA 3R6MA 5AR0A 4MO5A 2E2OA 3D7EO 3MN9A 2P9UB 1NGDA 4PL8A 3R8EA 3C7NB 3VOVA 4B1XB 4A2AA 2P9NB 1RGIA 4RWTA 1HKBA 4A2BA 2GTDA 3LM9A 4FPAA 1ZBSA 3MN5A 2AA4A 4H5TA 5BR9A 4B9QA 2FXUA 5EOYA 3JS6A 4BRPA 3DAWA 3LDNA 4A62A 3EN9A 2BTFA 5BRFA 5LJVA 3CJAA 3QBWA 2QWOA 3VERA 3J8AA 3LDOA 2A41A 2FSKA 4O5FA 2YHWA 1K8KA 1MWKA 1NGCA 2P9LB 2GEMA 4IZ9A 4GNIA 3KVGA 2P9IB 3VF6A 2NZTA 3JXUA 2HOEA 2GWJA 3B8AX 2P9KA 2ZGZA 2HMPA 5B8HA 4CZEA 2FLOA 5AQPA 2A5XA 4JHDA 1LOTB 4IJAA 1NGIA 1MDUB 5BRHA 1E4FT 1Q18A 3A5MC 4BRDA 4FWQA 1NGBA 5AZIB 4BRIA 4CD1A 3UB5A 5ELZA 2D0PA 1C0FA 1NM1A 5AQJA 3ENOA 3ENHA 3CJCA 2F9WA 5AQUA 3U8XA 2ZF5O 1MA9B 2A3ZA 4Y0WA 1BUPA 1BA0A 1SQKA 3VF4A 2QW9A 2P9SA 3LDQA 1U6ZA 1GLDG 3CJ1A 2VYPA 1TUYA 1DEJA 1NGJA 1BO5O 4CZGA 4QS7A 4KBOA 3L0QA 2PBDA 4CZHA 2W40A 1HKGA 1Z6RA 1R59O 4JD2B 3I8BA 3UKRA 4M7YA 4BR2A 1BWFO 2V52B 4FSVA 4FWKA 1ATNA 1ATSA 1MWMA 3RSEA 5ADXA 3QFPA 3LL3A 4BR9A 5KQ8A 1S22A 5AQYA 1IJJA 1GLAG 2YJFA 1NGEA 3ULEB 2E1YA 1CZAN 4CJ7A 1U2VA 1S3XA 1NLVA 3DXMB 3FZHA 1T6DA 1T44A 3ID8A 4H0OA 5AQVA 3A0IX 5BN9A 1HJOA 3DXKB 1YUWA 2QWNA 3M1FA 3VEOA 4BVOA 4CZJA 3FZKA 1NGHA 4CD3A 2QM1A 4JNEA 3WQTA 3W0LA 2D1KA 1NMDA 4O8KA 1P8ZA 3MN7A 2CH6A 2PAVA 1H1VA 1ATRA 4Z94A 1QZ6A 2YJEA 3U4LA 3VEYA 3VESA 2QWRA 5E84A 3HZ6A 1GLCG 5AQLA 2HF3A 3AY9A 4M63C 4XH5A 3L6QA 4BRKA 2IVOA 3D2FB 2A6AA 4BR4A 3SJHA 2ZGYA 2I7PA 5AQNA 4H03B 4LC9B 1D4XA 3O08A 3QDKA 5AQTA 4BQLA 2E20A 2FSJA 3H1VX 3WQUA 2Q0RA 1KAZA 4K41A 5EY4A 5AQFA 2ZWHA 3AAPA 4H0XB 3VETA 3WXIA 4EIAA 5AQZA 4H5WA 4NO7A 2QWMA 3WEEA 5BPMA 5KPRA 3LM2A 4BGAA 4I6MA 4HTLA 5E26A 3WUHA 2GELA 5AQXA 4CI6A 3ZETB 3FGUA 3CI5A 4BQZA 1GLLO 4H0PA 2A40A 4FWLA 3P4IA 4XEIA 3SMSA 3UKUB 1DGKN 3QB0A 3ZEUB 2CGLA 5F1XA 5AQHA 3DWLA 1RDWX 3H1QA 3BEXA 3S41A 4IJNA 1TYQB 5FPEA 3GG4A 3FZMA 3GE1A 1GLJO 2GWKA 1KXPA 3MMVA 3O80A 3D2EA 3F9MA 4XH4A 1HX1A 1SAZA 4EAHD 4MLEA 1XUPO 2E2PA 1WOQA 1DKGD 3CJBA 4BRAA 3ATUA 2YHXA 5BN8A 3CETA 5I9EB 3MCPA 4MLHA 4PKHA 5JLHA 2H3GX 1NBWA 3A8YA 1YAGA 4BRGA 2Q2RA 3U9ZA 4EHUA 5JMVA 2P9PA 1J6ZA 4AM6A 1LCUA 5AZJA 3ULEA 4H5RA 2V7YA 3CJ7A 3KHYA 2FSNA 4BRMA 5JLFA 1OKJA 4BC4A 2A42A 3FLCO 4H5NA 4ISEA 4JN4A 3R9PA 4BR0A 4RTFD 4WQ4A 2QWQA 4CBXA 1X9JA 5AFUA 3O8MA 1T6CA 5F0XA 2YI1A 4GY2B 3VGMA 4WQ5A 2P9UA 5EVZA 4HWIA 3WXLA 3U9DA 1K8KB 1G99A 1QQNA 4BRFA 3O6WA 3C7NA 2Q31A 4H5VA 5AQRA 5JICA 5KPZA 2CGJA 2P9NA 3WT0A 5AQSA 5BREA 4IXCA 3FE1A 2P9KB 3MN6A 4A61A 2WUSA 4JHDB 1X3MA 2D0OA 2DPNA 3A5NC 1ESVA 4F9OA 5EX5A 1V4TA 3VGLA 2AP1A 1KAYA 4BRNA 3SMPA 4FOIA 3GL1A 4FPBA 4CZKA 4BRHA 1BG3A 3H3NO 4H0TB 3FZLA 2ASOA 4H0YB 3UE5A 5AQOA 4YDUA 2ASMA 5BRDA 3BF1A 4FWRA 3G25A 2VWBA 5F2RA 5AQMA 5KQDA 1BU6O 1ZXOA 3O4WA 2YHYA 4ISFA 1NGFA 2P9SB 4FWOA 1YVNA 4PKIA 1HPMA 4FWNA 4CBUA 2P9LA 2D4WA 2E2NA 4BR5A 4BRCA 3CJ9A 2P9IA 3EKSA 5AQKA 4K43A 4BGBA 4B1VA 1WUAA 3HBTA 3LDPA 5BPNA 1HLUA 4BC5A 4C23A 2E88A 2VCPA 1IG8A 3IFRA 2KHOA 1HUXA 2I7NA 3HSCA 4BG9A 3VEZA 3UKRB 3ZX2A 3W3DA 2CGKA 3VGKA 2NLXA 1XQSC 3EL2A 4H0VB 4PKGA 3CHWA 3H6EA 1E4GT 2Q1NA 2YCHA 2V7ZA 4FL9A 5AZIA 3RSEB 4B1YB 5AQIA 3QFUA 1KAXA 3GOIA 3IDHA 4BRQA 1GLEG 4BC3A 3BP8A 1HKCA 3M3ZA 1RFQA 5AFUH 3VEXA 3SK3A 3IUCA 4NB4A 1EQYA 1JCGA 1U2VB 2HF4A 3WXJA 4DCHA 5ADXH 3MDQA 3H45C 3HI0A 4BREA 2E8AA 4BC2A 1QHAA 3IMXA 3VEWA 2E1ZA 3FZFA 4L3QA 1SZ2A 3CQYA 4JD2A 4FWSA 2ASPA 4BR7A 3GDQA 5LJWA 4CZMA 4IO8A 3TPQA 3QICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ASUA 3IS9A 3C0BA 3CC7N 4FO0A 1HYVA 4CJFA 3G6EN 1QZ5A 4Z4GA 2RE2A 3VF2A 4CJ5A 4F8RA 3P83D 2QKKA 2EWSA 3DXKA 4LSNA 3QO9A 1NK8A 1HYSA 3ZT1A 4N47A 3CC4N 1Z05A 1XC9A 3O9UA 4IOXA 2IOCA 5J2QA 4JKAA 5IWAK 4AM7A 3AVLA 3KLEA 4CK3A 1V4SA 4WQ4C 4O44A 2G8UA 2OANA 4CK2A 4DSKA 4DFMA 3MWTA 3BUZB 5HOOA 3K5MA 1N34K 3G10A 4FZZA 4ISGA 1RT4A 3D2FA 5AQGA 3PV8A 5FPMA 4WQ5C 2HBKA 3CM5A 1S1UA 4KB1A 4IDKA 1U49A 2QXLA 2YNFA 2Q36A 4FWMA 1NK7A 2KLAA 2JLEA 2XHBA 3TSUA 3ZSVA 3K5LA 1WAJA 2P9PB 4FCYA 4WYBA 1TKXA 3O4QA 1XMQK 1VQ9N 4DTJA 3THYB 3BF3A 2V51B 4KH6A 2Q0UA 2ITMA 2E2QA 2O8BA 2PY5A 2FF6A 1X3NA 1QVGM 4J2BA 4BDYA 3WXKA 4KTWA 3E1YA 3JSMA 5GINA 1QQOA 4QS9A 1OH7A 3R6MA 5AR0A 5J1EA 4MO5A 3MN9A 2IDOA 2P9UB 4K8ZA 4DLGA 1SS6A 3C7NB 1SKSA 1HQEA 4LFBK 4CGJA 1NOYA 4YOYA 2P9NB 1RGIA 4CJSA 4RWTA 4A2BA 1ZBSA 3MN5A 1RDCA 2W6KA 2QEXN 1WSEA 3JAMO 1FJGK 2VWKA 2QXFA 3J7YP 1S6QA 3P1GA 1NK4A 2HNZA 3R1XA 4WCEL 3HXMA 1NOZA 4DSIA 4NXNK 3LDNA 3OYNA 3TWHA 4FJ5A 4FLTA 4IFVA 5M1QA 3HO1A 3OBYA 2PFUA 2P5GA 2A41A 1RBTA 4RW9A 4EZ9A 2P9LB 1NGCA 4JV5K 3HK2A 4IG3A 4IO9L 3Q7CA 2HOEA 2GWJA 4CF1A 2ZGZA 4CZEA 5AQPA 3PX6A 1ZBLA 1LOTB 3C6HA 3L2QA 3ZSQA 1Q18A 5C42A 5CYMA 4KHWA 4NYNA 4BE2A 1JKHA 3ENHA 1N5YA 3KK2A 4Y0WA 3I56N 3V4IA 5CY4A 3SQ4A 1GLDG 1NGJA 3VTIA 4QS7A 5M1KA 4DFPA 4KBOA 1T03A 3AVFA 2JWKA 3QETA 1WBBA 2PBDA 2ZJRL 1W97L 1Z6RA 4X62K 1LWCA 1NJYA 3ASMA 3UKRA 4JLHA 3IRXA 3D0PA 2NRVA 4BR2A 4KKOA 4KHQA 4CIEA 4CE9A 2UXCK 2KZZA 3V9SA 3ZSWA 3LL3A 3D45A 3CQ8A 5AQYA 1S9GA 1VQPN 4DTOA 5BR8K 1KRPA 4JKEA 3L2WA 1F21A 4FJJA 4LY7A 1W2BM 1EX4A 1S3XA 1JLCA 1YVUA 1BL3A 3M8QA 4KHNA 1K9MO 3AVMA 1X9SA 4FJLA 1YUWA 1VHXA 1QSYA 4KO0A 3P31A 4WFNL 1VSHA 4BVOA 4FJNA 1NGHA 1QQCA 1KTQA 1NMDA 3NE6A 1Z25A 1P8ZA 3MN7A 4CF0A 4FK2A 3OS2A 1ATRA 2YJEA 4CEQA 4BE1A 3PX4A 3ZCMA 4YOUA 1XI1A 2QWRA 4KH4A 1D9DA 5AQLA 2G8IA 3AY9A 4CJWA 2HVIA 4GVEA 1RNHA 2IVOA 1FK9A 3SJHA 2ZGYA 4LC9B 3V81A 4PHTX 5AQTA 2YKNA 4E1NA 1JLBA 1Q7YO 3OYDA 1SL1A 4K41A 5CR4A 2FC0A 3CCUN 3CFOA 2KFZA 3WEEA 4X65K 4I6MA 1IKXA 4CI6A 3ZETB 4BQZA 4H0PA 2A40A 4CIGA 3P4IA 3IKMA 1DGKN 2YNGA 3T1AA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ASU A;  3IS9 A;  3C0B A;  3CC7 N;  4FO0 A;  1HYV A;  4CJF A;  3G6E N;  1QZ5 A;  4Z4G A;  2RE2 A;  3VF2 A;  4CJ5 A;  4F8R A;  3P83 D;  2QKK A;  2EWS A;  3DXK A;  4LSN A;  3QO9 A;  1NK8 A;  1HYS A;  3ZT1 A;  4N47 A;  3CC4 N;  1Z05 A;  1XC9 A;  3O9U A;  4IOX A;  2IOC A;  5J2Q A;  4JKA A;  5IWA K;  4AM7 A;  3AVL A;  3KLE A;  4CK3 A;  1V4S A;  4WQ4 C;  4O44 A;  2G8U A;  2OAN A;  4CK2 A;  4DSK A;  4DFM A;  3MWT A;  3BUZ B;  5HOO A;  3K5M A;  1N34 K;  3G10 A;  4FZZ A;  4ISG A;  1RT4 A;  3D2F A;  5AQG A;  3PV8 A;  5FPM A;  4WQ5 C;  2HBK A;  3CM5 A;  1S1U A;  4KB1 A;  4IDK A;  1U49 A;  2QXL A;  2YNF A;  2Q36 A;  4FWM A;  1NK7 A;  2KLA A;  2JLE A;  2XHB A;  3TSU A;  3ZSV A;  3K5L A;  1WAJ A;  2P9P B;  4FCY A;  4WYB A;  1TKX A;  3O4Q A;  1XMQ K;  1VQ9 N;  4DTJ A;  3THY B;  3BF3 A;  2V51 B;  4KH6 A;  2Q0U A;  2ITM A;  2E2Q A;  2O8B A;  2PY5 A;  2FF6 A;  1X3N A;  1QVG M;  4J2B A;  4BDY A;  3WXK A;  4KTW A;  3E1Y A;  3JSM A;  5GIN A;  1QQO A;  4QS9 A;  1OH7 A;  3R6M A;  5AR0 A;  5J1E A;  4MO5 A;  3MN9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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