2Z1GA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k)
Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH4 (128-143)S1 (4-13)AH1 (44-58)S2 (18-28)TIV1 (13-16)S3 (31-42)TI2 (148-151)TII1 (98-101)EMPTYS5 (115-120)S4 (64-69)AH2 (72-88)TI1 (92-95)TII2 (124-127)AH3 (101-112)TIV4 (88-91)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1gA00
1SKRA 1NJXA 3QEIA 5KTQA 2XO7A 3G0ZA 3M8SA 4DSIA 4R5PA 1J53A 2XY5A 5HP1A 1UA1A 3NF8A 5SWMA 4FM2A 2YKNA 4FM1A 4M3WA 1S1TA 4CHPA 1WSEA 3DYAA 4J2DA 1IKXA 3ASMA 4EP5A 3V9SA 1KVAA 3SUOA 3AVJA 5D3GA 4Z4IA 4O44A 3MECA 2RKIA 1TKXA 3AVCA 1HYVA 4DFJA 1EETA 3DLEA 4AH9A 3S9HA 1Q9XA 2YNHA 3V1OA 2IDOA 3HP9A 2R7YA 4E89A 1A5VA 1UOCA 3BDPA 4DQPA 3OVNA 4CIFA 1GOCA 4FJ8A 1RT5A 3AVAA 3H08A 3WNGA 4E1NA 5HRSA 4DTNA 4AHTA 1FKPA 4EZ6A 1YTUA 3L2UA 3NGIA 5KRTA 4O55A 2Q3SA 4H8KA 3HVTA 1HNIA 4DTOA 2A1SA 4DFMA 3RWUA 4I7FA 2F8SA 3I0RA 2QK9A 4CHNA 3OJSA 1ITGA 3AO5A 1SUQA 4EP4A 1WLJA 1L5UA 2OZSA 4IFYA 3TARA 3AVGA 3RMAA 4CK2A 1BCMA 4B08A 3AVMA 3L2VA 4CCHA 3QNOA 2VG7A 3K2PA 5KGXA 4WE1A 3QNNA 1ZBHA 4DU1A 1VSIA 4UQGA 5JS1A 1TAUA 4CJTA 3VQEA 1Q9YA 2ZD1A 4LSLA 1HNVA 2KW4A 1BIZA 3OYGA 2P1JA 3AVKA 1RDDA 1BGXT 4FLXA 2XHBA 1XHXA 4AILC 4KAZA 3CYMA 3HPGA 3PX6A 2XY7A 4I9LA 1N5YA 1KCFA 4DTJA 3AVIA 1ASUA 5I3UA 3OS1A 1RTDA 1GOAA 3VQQA 4Z4HA 3TAFA 4PQUA 2IS3A 3QIPA 4CECA 4ELTA 4CGDA 2G8IA 3SQ2A 1WAFA 3RMDA 1RTJA 1WN7A 1EP4A 1ZYQA 1RDAA 1I39A 3LP2A 3WNHA 4DTMA 4FJXA 2OPQA 3RR8A 4BWMA 2EHGA 2ATQA 3PO4A 4M3TA 1RT7A 3HT3A 3QEWA 1N6QA 4KO0A 3OYDA 3V9WA 1QSLA 3SUPA 3K5MA 1D9DA 5T7BA 2DY4A 3M8PA 3V4IA 2D0CA 1QQCA 4W5QA 4XIUA 1HQEA 2OPRA 1RT3A 3ZT0A 1RBSA 4CJRA 3HK2A 3DM2A 3VQ5A 1RCHA 3PY8A 1CLQA 1RNHA 4FLTA 5K14A 1NJWA 5FROA 2XY8A 4FVMA 4LH5A 3MAQA 1UWBA 3QEXA 3S3OA 1TAQA 1XHZA 1NK4A 4FJ9A 3TAEA 5J2MA 3KKSA 4Y1CA 1TGOA 3SNNA 1T7PA 2X78A 1IH7A 5KI6A 3VQ6A 3KLFA 5CYQA 2OPPA 4CJEA 4F3OA 1C1AA 2WONA 3OYMA 1C0MA 4Y1DA 3VQ8A 4CE9A 5KGWA 3OS0A 1TKDA 4DSLA 3DI6A 3DLRA 3LP1A 3HXMA 4E7IA 3AA4A 1R0AA 4Z4FA 3OYEA 3F73A 1ZBFA 2IC3A 3NBPA 1SL0A 3LPTA 4M3RA 5C42A 4FLZA 3DLGA 3NGZA 1JLAA 2HHTA 4CGJA 3SZ2A 3V1QA 1KLNA 2FBXA 1J5OA 4CJ5A 3DLHA 1TKZA 3E01A 4ID5A 4CJWA 3NH1A 3QO9A 4F2SA 1B92A 4CJVA 3EZ5A 4Q5VA 3RRHA 3IRXA 3SPZA 2F8TA 4W5NA 1EXQA 1QE1A 4HUGA 3AO3A 1EX4A 4E7HA 4B9NA 1RBUA 3PO5A 4HHTA 1NK7A 4L8RB 3ALYA 1CZBA 3WNEA 4BE1A 2D5RA 2VG6A 4N5SA 2PY5A 2EX3A 2HHXA 1RDCA 1DTTA 3AVFA 3NF6A 3L3UA 4DMNA 3U3YA 3G10A 2HHUA 4RW7A 2G8WA 4JRPA 3C6TA 4CFCA 3AVHA 5SZTA 1SV5A 2DFHA 1JKHA 3VN5A 4FM0A 3SJJA 2RN2A 1FXXA 1GOBA 4FXDA 1C0UA 4CJUA 1NK8A 1NK5A 4ID1A 3ZSVA 4NCBA 4CK1A 3TAGA 4CF2A 3KLEA 1T05A 4RW6A 4NCAA 4BWJA 3DRPA 4KPYA 3ZSQA 1VSEA 1RTIA 1U4BA 1YT3A 3RRGA 3V9UA 4PA1A 1BIUA 1CXUA 4ZHRA 2B5JA 2E4LA 4TSXA 4BDPA 4DF8A 3QINA 1Q8IA 2P5OA 1TV6A 4E7KA 2ZQBA 2G8FA 3EYZA 1LAVA 3MEEA 3MEGA 1JXEA 4OVLA 5J2PA 3ZSOA 5E41A 1B9DA 4DWIA 4FJLA 4DS4A 1HYZA 1RDBA 2FBVA 1BI4A 4OKJA 1I3AA 4KI4A 2HW3A 3VA0A 3O3GA 2Z1IA 3TABA 4B9SA 3D45A 3HYFA 3BGRA 5J1EA 5C25A 4B9LA 4LY7A 4DSEA 5JS2A 3DLBA 4BE0A 1TL3A 2WOMA 4DTPA 5J2NA 3A2FA 5HRPA 1IKYA 3RTVA 1REVA 1QS4A 3VQ4A 3ZT1A 1SKSA 1VSFA 1TKTA 3AO1A 3DOLA 4O4GA 3ZT4A 4CIGA 3TANA 3KD1E 1J9AA 4KHSA 3TR8A 2X6SA 2IGIA 1HPZA 4NYFA 1TK0A 2D0BA 4HTUA 3O4NA 3NCIA 4DQRA 2RF2A 3M8QA 4CESA 1QSSA 4CJSA 2P51A 3C94A 3HPHA 4F3TA 3HO1A 4FJMA 2HHWA 1SKWA 4OPKA 4OJRA 1EKEA 3VQ7A 2I5JA 2YNFA 2KQ2A 4JS4A 3LWMA 4M3UA 4FK0A 1VRUA 1VRTA 2HHQA 1CZ9A 4NYNA 4CF1A 2BDPA 3HP6A 3VQCA 1DTQA 5HROA 1S1XA 1NJYA 1C1CA 2O4IA 1JXBA 3ZSRA 3IAYA 1CXQA 1W0HA 3VQDA 1KVBA 4Z4CA 4KTWA 5DMRA 4CHOA 1YVUA 3EY1A 3QIOA 4E7JA 3QERA 4FYDA 3K57A 4H4MA 4HVJA 3ITHA 3KIOA 4C8NA 1WAJA 3NF9A 3MXIA 4CJLA 4HCBA 3SUNA 1LAWA 1XI1A 3K5NA 2IAJA 3LP0A 4C8OA 4DF4A 1TK8A 4DQIA 1RILA 3HJFA 3CM6A 4CFBA 3L3VA 3OYLA 4EZ9A 4HUFA 2HNYA 3QESA 4W5TA 1BQMA 2DFEA 3NHGA 4FLVA 5CYMA 3TAQA 2FBYA 3CFOA 4QCLA 1QSYA 1JLCA 1VSDA 4B9TA 4CF9A 4N76A 2AJQA 4FJIA 1BHLA 2OYQA 3ZT2A 4JRQA 4DSFA 3THVA 1RT6A 1F21A 1JLFA 2QXFA 5HBMA 3CQ8A 3LZJA 3AVNA 4BDZA 2E6LA 3VQ9A 2HVHA 5I42A 1WSGA 3IG1A 1A5WA 1ZBUA 1ZBLA 2E6MA 1W9HA 1WSIA 2OA8A 4KB1A 3QETA 4FLYA 4ELUA 3SV3A 4FCYA 4ICLA 4FJJA 3S3MA 2DTUA 1NK9A 2VWJA 3JSMA 2Z1GA 4H4OA 1WSHA 4FJNA 3PUFA 1JL2A 2D0AA 2HNDA 3V81A 1S1UA 4GVMA 4CGFA 4I2PA 4IDKA 3PX4A 1NKCA 4OLBA 1WSFA 1RBVA 1S6QA 4B8CA 2X74A 4DTUA 1S1VA 4FZYA 4KHNA 4CFAA 4BDYA 1NK0A 4RW4A 3AVBA 3MXMA 5HLFA 2DFFA 4Z0UA 1TVRA 3O3HA 3KKRA 1D8YA 2KZZA 5DK5A 2KZMA 4CEDA 4FLUA 2RPIA 2P5GA 4PWDA 4J2AA 2X6NA 1YTAA 1FK9A 1VSHA 3V9XA 3NFAA 2HMIA 2VWKA 2XRIA 2YKMA 4JLHA 4MFBA 3NDKA 2IOCA 4LD0A 4KB0A 1HRHA 1KFDA 3KK2A 2Y1JA 2B6AA 4G1QA 1RT4A 4DSKA 1HJRA 3OYKA 3F9KA 3B6OA 3DRSA 3P5JA 3AA5X 3RMCA 4K8ZA 1JLGA 3T3FA 4NCGA 3KK1A 4ZTJA 1L3VA 1NJZA 3AVLA 4O0IA 3LWLA 3K58A 1S9EA 3LALA 4RW8A 1NKBA 3MXJA 1XC9A 4M45A 2HHSA 4DQQA 1NOYA 2HHVA 4BE2A 1KLMA 5CZ2A 3MEDA 1ASWA 2F96A 1BQNA 3NF7A 3SQ0A 4FJ5A 1Y97A 1X9SA 4LSNA 2OPSA 3OYCA 1QTMA 4KRFA 4E19A 3AV9A 3SV4A 3LAMA 4W5RA 4CHQA 3RMBA 4CIEA 1IKWA 2YHAA 1BL3A 3CM5A 1HMVA 4YFUA 4FJKA 4CF8A 1Z26A 4KHUA 4CF0A 3OYJA 4B3OA 3KLIA 4LH4A 1U49A 3IS9A 1NKEA 4M3XA 1LWFA 4KHQA 3U3GA 2Z1JA 4CFDA 3NAEA 1X1PA 1O1WA 1IKVA 4KTZA 3VQBA 4W5OA 4DU4A 4DFKA 2Y1IA 4HCCA 4Z4GA 1FKOA 3TAMA 3KK3A 4O0JA 3SPYA 2FC0A 3T19A 1LW2A 2HB5A 3HSTB 4PY5A 2O4GA 4DG1A 1U45A 4CEOA 3L8BA 2YHBA 4MQ3A 4E1MA 3OS2A 2FBTA 3CFPA 5FRMA 3SI6A 4FJ7A 3LAKA 1RTHA 4E7LA 1U47A 3HM9A 4B9VA 4KV8A 1KFSA 1RBRA 3OYBA 3NGYA 5J2QA 2G8HA 1IO2A 3AA3A 1KRPA 3OJUA 3K5LA 4DFPA 4KI6A 1B9FA 4C8KA 1HYSA 3ZSWA 3KLHA 4CJFA 3OYHA 2YNGA 4GW6A 4DLEA 3ISNC 3K5OA 4I2QA 5EU7A 3U6FA 3RR7A 2KFNA 4FJGA 4RG8A 3V9ZA 2G8KA 1KVCA 3C6UA 1KSPA 2YV0X 4DTSA 3SCXA 4C8MA 3NE6A 3SQ1A 3OYIA 4FLWA 3P83D 5C24A 1BI4B 1SL2A 3KD5E 3ULDA 4FZXC 4AHVA 2G8UA 3CFRA 3C95A 3AO2A 3QLHA 3T1AA 3ZSZA 3JYTA 4FK2A 1S9GA 1U48A 4CEAA 1D5AA 3TI0A 2KFZA 4CHZA 1RT1A 4CGHA 2A1RA 1RT2A 5CY4A 5CZ1A 3VQPA 4AHRA 2QKKA 3HPOA 3I8DA 4IBNA 1JLBA 4DTXA 4IG0A 1ASVA 1X9MA 1A5XA 1S6PA 1DLOA 3AO4A 2HNZA 4KHWA 1RBTA 4FK4A 4M41A 1VSKA 4FJHA 2GUIA 2VG5A 5HRNA 4AHSA 2PYJA 1VSLA 1SL1A 3V1RA 1LW0A 3ZSYA 2QKBA 1S5JA 4CJ3A 3O4QA 4OPJA 4E0DA 4J2EA 2B4JA 4OKEA 3QEPA 1S1WA 3OYAA 2PYLA 4B9UA 3HL8A 2BGGA 4OKKA 4CGGA 4Q0BA 3CG7A 4DQSA 1JLEA 4IG3A 1K6YA 2KTQA 4CEQA 3SQ4A 3SYZA 1VK0A 1IG9A 3KLGA 4I9QA 3LPUA 4E3SA 3P1GA 4CJPA 2JGUA 2PZSA 1L3SA 2ZE2A 4B8AB 4F4KA 4F8RA 2GBZA 3I0SA 3O3FA 4KFBA 3SUQA 2BANA 3S3NA 1TK5A 4ELVA 4FW2A 1T8EA 3NH0A 4IKFA 3DLKA 3L2WA 4OLAA 4DTRA 4DSJA 3AA2A 3ZCMA 4CHYA 1UA0A 4K8XA 4KKOA 4F2RA 3TAPA 4AHUA 1LV5A 1UAXA 1BISA 5KRSA 3OYNA 3ZSXA 4CEBA 4KREA 2ETJA 1T03A 1TL1A 1WNSA 3LP3A 1NK6A 1HQUA 4CEZA 2YNIA 1VSMA 1Z25A 4M3ZA 1LWCA 4O5BA 4QAGA 2W42A 3LZIA 4J2BA 1JL1A 1WSJA 2JLEA 1L3TA 1KTQA 2OZMA 3KTQA 1J54A 4N56A 4DU3A 1C1BA 4CJKA 3LANA 1BCOA 3K59A 3M8RA 3D0PA 4CJQA 4JS5A 1L3UA 3DMJA 2GV9A 3V6DA 1C0TA 4M3YA 3DOKA 3DRRA 4N41A 4M42A 4GMJB 1ZBIA 4HUEA 4ZTFA 3L2RA 5FRNA 3QEVA 3PX0A 4RW9A 1LWEA 4OGCA 3LDSA 5FDLA 1NOZA 3OY9A 1U04A 4KHYA 3PV8A 2NUBA 4CJ4A 3FFIA 3TWHA 3NH2A 4KTQA 4FZZA 2HVIA 1G15A 4OGEA 1VSJA 4IFVA 3VQAA 3UIQA 2BE2A 4DS5A 3B6PA 5HRRA 1MU2A 1C6VA 4CEEA 2LSNA 4BACA 1JLQA 4CERA 4Z4EA 2XY6A 4N47A 3ZT3A 3L2QA 4DLGA 4CEFA 3VA3A 4QOZB 4FW1A 1QHTA 2ITGA 3WNFA 1XWLA 4CK3A 3KJVA 3HVRA 1X9WA 4B9MA 4PUOA 4CGIA 4AHCA 2G8VA 4C8LA 1D9FA 4YNQA 3OYFA 2Z1HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HUXA 3M8SA 3OTOK 2QTDA 2XY5A 5GAHP 4M3WA 2ZJPL 4CHPA 3GDQA 3AAPA 2VQFK 3AVJA 5D3GA 4O44A 3MECA 2RKIA 1TKXA 3MMVA 3CMAN 1HYVA 4DFJA 1EETA 4AH9A 4BRQA 3SAGA 2YNHA 2FXUA 3V1OA 2R7YA 2F9WA 4BREA 4E89A 1A5VA 4CZMA 3FZKA 1UOCA 4YOVA 2QWNA 4FJ8A 1RT5A 3AVAA 3H08A 3WNGA 4E1NA 1BA0A 4CZGA 3NGIA 5KRTA 2Q3SA 4IOXA 1SAZA 3RWUA 2F8SA 2O8FA 3MCPA 3H46O 1SUQA 1QHAA 5I9EB 3A5OC 4IFYA 3L2VA 1E3MA 4XH1A 1VSIA 2KLAA 2V51B 5JS1A 2J4RA 3D6RA 3VQEA 4B1YB 4BR4A 3CMEN 3FZFA 2A6AA 1BGXT 3J7ZO 3ZX3A 4JKGA 3HPGA 1HX1A 1NGDA 4I9LA 3RSEA 3AVIA 3CCJN 2RHKA 1RTDA 1GOAA 3VQQA 3O8MA 3WXMB 1ZC6A 4DV2K 1OH7A 4CGDA 2Q2RA 4V19S 1RDAA 1I39A 2OPQA 3RR8A 4BWMA 3PO4A 4JD2B 3UKRB 4YOYA 3K5MA 1QQCA 1HQEA 4B3SK 3R9PA 4AM7A 5DM7L 1CLQA 3W3DA 4FLTA 4LH5A 3PIPL 3ZX2A 3CCVN 1V4SA 3DWLA 1TGOA 3SNNA 1T7PA 3BZKA 4C1NI 1C0MA 5BPNA 3LP1A 3HXMA 2KHOA 3OYEA 1EWQA 1BDGA 1SL0A 3LPTA 4A2BA 4B1XB 4K42A 4FLZA 2HHTA 2AP1A 1TKZA 3CCLN 1NGGA 2UXDK 4BRDA 4JI4K 1K8KB 3EZ5A 1QZ5A 3IFRA 1EXQA 3CJ9A 3LDNA 3PO5A 5AQHA 5AZJA 3ALYA 2ZJQL 2D5RA 3SMSA 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 1KTQ A;  2OZM A;  3KTQ A;  1J54 A;  4N56 A;  4DU3 A;  1C1B A;  4CJK A;  3LAN A;  1BCO A;  3K59 A;  3M8R A;  3D0P A;  4CJQ A;  4JS5 A;  1L3U A;  3DMJ A;  2GV9 A;  3V6D A;  1C0T A;  4M3Y A;  3DOK A;  3DRR A;  4N41 A;  4M42 A;  4GMJ B;  1ZBI A;  4HUE A;  4ZTF A;  3L2R A;  5FRN A;  3QEV A;  3PX0 A;  4RW9 A;  1LWE A;  4OGC A;  3LDS A;  5FDL A;  1NOZ A;  3OY9 A;  1U04 A;  4KHY A;  3PV8 A;  2NUB A;  4CJ4 A;  3FFI A;  3TWH A;  3NH2 A;  4KTQ A;  4FZZ A;  2HVI A;  1G15 A;  4OGE A;  1VSJ A;  4IFV A;  3VQA A;  3UIQ A;  2BE2 A;  4DS5 A;  3B6P A;  5HRR A;  1MU2 A;  1C6V A;  4CEE A;  2LSN A;  4BAC A;  1JLQ A;  4CER A;  4Z4E A;  2XY6 A;  4N47 A;  3ZT3 A;  3L2Q A;  4DLG A;  4CEF A;  3VA3 A;  4QOZ B;  4FW1 A;  1QHT A;  2ITG A;  3WNF A;  1XWL A;  4CK3 A;  3KJV A;  3HVR A;  1X9W A;  4B9M A;  4PUO A;  4CGI A;  4AHC A;  2G8V A;  4C8L A;  1D9F A;  4YNQ A;  3OYF A;  2Z1H A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HUX A;  3M8S A;  3OTO K;  2QTD A;  2XY5 A;  5GAH P;  4M3W A;  2ZJP L;  4CHP A;  3GDQ A;  3AAP A;  2VQF K;  3AVJ A;  5D3G A;  4O44 A;  3MEC A;  2RKI A;  1TKX A;  3MMV A;  3CMA N;  1HYV A;  4DFJ A;  1EET A;  4AH9 A;  4BRQ A;  3SAG A;  2YNH A;  2FXU A;  3V1O A;  2R7Y A;  2F9W A;  4BRE A;  4E89 A;  1A5V A;  4CZM A;  3FZK A;  1UOC A;  4YOV A;  2QWN A;  4FJ8 A;  1RT5 A;  3AVA A;  3H08 A;  3WNG A;  4E1N A;  1BA0 A;  4CZG A;  3NGI A;  5KRT A;  2Q3S A;  4IOX A;  1SAZ A;  3RWU A;  2F8S A;  2O8F A;  3MCP A;  3H46 O;  1SUQ A;  1QHA A;  5I9E B;  3A5O C;  4IFY A;  3L2V A;  1E3M A;  4XH1 A;  1VSI A;  2KLA A;  2V51 B;  5JS1 A;  2J4R A;  3D6R A;  3VQE A;  4B1Y B;  4BR4 A;  3CME N;  3FZF A;  2A6A A;  1BGX T;  3J7Z O;  3ZX3 A;  4JKG A;  3HPG A;  1HX1 A;  1NGD A;  4I9L A;  3RSE A;  3AVI A;  3CCJ N;  2RHK A;  1RTD A;  1GOA A;  3VQQ A;  3O8M A;  3WXM B;  1ZC6 A;  4DV2 K;  1OH7 A;  4CGD A;  2Q2R A;  4V19 S;  1RDA A;  1I39 A;  2OPQ A;  3RR8 A;  4BWM A;  3PO4 A;  4JD2 B;  3UKR B;  4YOY A;  3K5M A;  1QQC A;  1HQE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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