2Z1GA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k)
Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH4 (128-143)S1 (4-13)AH1 (44-58)S2 (18-28)TIV1 (13-16)S3 (31-42)TI2 (148-151)TII1 (98-101)EMPTYS5 (115-120)S4 (64-69)AH2 (72-88)TI1 (92-95)TII2 (124-127)AH3 (101-112)TIV4 (88-91)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1gA00
3OJSA 4B8CA 4EP5A 3SQ4A 1KFDA 1JLCA 4KHYA 2F96A 1NK6A 1XHXA 3AVCA 3AO4A 1VK0A 4Y1CA 1DLOA 1HRHA 4KKOA 1SL2A 2PYJA 1ITGA 1C0TA 4N41A 3MEDA 4LH4A 2A1SA 3K59A 3QESA 2DY4A 4E7JA 4CJFA 2P5OA 4CGGA 2ETJA 4FJMA 1D9FA 2G8IA 3D0PA 3HP9A 2VWKA 4RW6A 4DSKA 1UWBA 2ITGA 5JS2A 4Z4IA 4W5OA 1Z26A 3VQPA 3K5NA 1C0MA 3LANA 4B9UA 4CEBA 3PUFA 4E1MA 4JS4A 4KTQA 2G8UA 4CHNA 5KRTA 2HMIA 1KLMA 3S3OA 1WLJA 3K5OA 4F4KA 4CGHA 3IG1A 4O55A 1VSEA 1NK5A 3MEEA 4IFVA 1ZBFA 1Y97A 2OPPA 1WSFA 4J2DA 5JS1A 3G10A 5I3UA 1GOBA 3TABA 2EHGA 1JLEA 1JLAA 4DFPA 1BCOA 2OYQA 2KFNA 3KD1E 1YVUA 5KI6A 4E7IA 1X9WA 1B9DA 2VG5A 2HNDA 4AHUA 3KD5E 3O4NA 3LP0A 2GBZA 3U3YA 4DSJA 4CJWA 2OPSA 5HP1A 1SKSA 4R5PA 4DSLA 3NDKA 3I0SA 4M3RA 4Y1DA 2IGIA 5FRMA 2LSNA 5CZ2A 5SZTA 3V9WA 3SNNA 1QSLA 4J2EA 1BISA 1LWCA 3CFRA 3ZT3A 3DLHA 4DU3A 4KFBA 2R7YA 2XY7A 1S1UA 3NE6A 1CZ9A 4N56A 2G8WA 4CGJA 3EY1A 3DRRA 3F73A 3L8BA 4W5RA 3KLEA 2RF2A 1U49A 3OYIA 1EETA 4FLXA 3OYHA 5I42A 4BDYA 3LP3A 4B9SA 1UA1A 4CF8A 4XIUA 2EX3A 3ZT0A 1RNHA 4OKEA 4OPJA 1XWLA 3TI0A 2VWJA 4KO0A 2D0AA 4I7FA 2HHTA 4DQPA 2QK9A 4ZTFA 1Z25A 4JS5A 2YNHA 3AO5A 1IKYA 3VQEA 4BE2A 3LP2A 1TV6A 2HHSA 3OYKA 1CZBA 3L2VA 3MXMA 4BE0A 4CK1A 5DMRA 4CHZA 4IG0A 2GUIA 1YT3A 4FLVA 2IS3A 4CESA 2G8VA 3K58A 4CHOA 4KAZA 4NCGA 1TAQA 1QHTA 1MU2A 3AVGA 1VSDA 4LSLA 1D9DA 3L3UA 3AVFA 3AVJA 3UIQA 2QKKA 3SZ2A 3OYDA 3VQ8A 4KI6A 5C42A 4OLBA 3L3VA 3O3GA 4M3WA 1WAJA 3QEPA 3JSMA 4FLZA 3ZT4A 1JLBA 3LWLA 3AO2A 2X78A 1UAXA 3PY8A 3VQAA 4O4GA 3DMJA 3ZSVA 1ASWA 1YTUA 2YHBA 2ZQBA 3OYCA 3CM6A 1LAVA 3C6TA 3LZIA 4CEEA 4K8XA 2YNIA 1TK8A 4FJHA 4DQIA 1QQCA 1ASVA 1J54A 5E41A 1NKCA 1S1WA 2NUBA 2Z1IA 2WONA 1BHLA 3LPUA 3AA3A 1RT1A 4BWMA 4E7KA 1X9SA 2RPIA 3KIOA 1C0UA 4CF0A 3OS0A 3SCXA 1IKVA 3T3FA 3VQ4A 3HK2A 1ZYQA 3DOLA 4CJEA 1RBTA 3WNGA 1TKXA 4CJTA 1BQMA 1JLQA 3KLFA 2E4LA 4RW9A 3ZSYA 3OJUA 3OS2A 3QETA 4DMNA 5FDLA 5K14A 5SWMA 1RTIA 5HRNA 1FK9A 2DFHA 3KJVA 1U4BA 4DLGA 4FJJA 3LDSA 4KI4A 4BE1A 3WNEA 3SPYA 3DRSA 1A5VA 1LAWA 4OGCA 4M3YA 3C6UA 3TAGA 2AJQA 3SI6A 3KKRA 3CM5A 3KTQA 4KHWA 4O5BA 4YNQA 3RRHA 3HPOA 4CJ4A 4O0IA 2PYLA 4AHSA 1BQNA 4CJLA 4B3OA 4QCLA 1G15A 4OLAA 4CEZA 1QSSA 4WE1A 4Z4HA 3HJFA 3VQ5A 3PX0A 5J1EA 1I3AA 4DTPA 4CF1A 4DFKA 4B8AB 2JGUA 3MAQA 3ZT2A 4Z4EA 2FBXA 1TVRA 1HYVA 3I0RA 5C24A 4CEQA 4CIFA 4FM0A 3TARA 1RTDA 4B9MA 4C8OA 1HNIA 1A5WA 1HQUA 1RBUA 1WSEA 4CGIA 4IKFA 5D3GA 2IC3A 3DYAA 1CXQA 4KB0A 4YFUA 3CG7A 1D8YA 4CEDA 4FM2A 3CYMA 4W5QA 3NFAA 3AVHA 4C8NA 3TR8A 4BACA 3P1GA 4F3TA 1KCFA 4FJ9A 1NOYA 2YKNA 3TAFA 3NH1A 1KVCA 1WSGA 3HPGA 4H8KA 4BWJA 1NJXA 1X9MA 3AVMA 1D5AA 4CEAA 2HNZA 1IO2A 2GV9A 2HW3A 4H4MA 1QE1A 1TGOA 3K57A 2PY5A 3DOKA 5DK5A 4AILC 4CJ3A 1TAUA 3AVIA 2E6LA 1J5OA 5HLFA 1RCHA 4I2PA 2B4JA 3PO4A 4CECA 3L2QA 3HT3A 3DLEA 3IAYA 1ZBHA 4DFMA 1HYSA 1CXUA 4F2SA 4DSEA 4KB1A 4DTRA 1J9AA 4ZHRA 1A5XA 1RT7A 4Q5VA 1ZBUA 3OS1A 3P5JA 3VQCA 4DG1A 4DLEA 1HPZA 1XHZA 4FJGA 1JXEA 4RG8A 2W42A 1BL3A 2YKMA 2I5JA 1KLNA 4EP4A 3PX6A 2DFEA 3HP6A 4W5TA 1LV5A 2X74A 4DWIA 3I8DA 4M3ZA 1ZBIA 1ZBLA 1B9FA 1RBVA 1S1VA 3RR8A 1BI4A 3NHGA 2IOCA 1TKDA 1DTQA 3KKSA 3MEGA 1TKTA 1UA0A 4JRPA 1KRPA 4FM1A 1U04A 3LPTA 4NYFA 1LW2A 4ICLA 2BANA 4DQRA 1KFSA 1KSPA 4EZ6A 4B08A 4AHVA 3SYZA 4CF2A 2G8FA 1GOAA 4FZYA 2X6NA 5HBMA 3QINA 5HRPA 2O4IA 3SUQA 3QNOA 1WSJA 1RBRA 1SKWA 4DTUA 2BGGA 1F21A 4B9NA 3RMBA 4E1NA 3SV4A 4DFJA 1I39A 1SL0A 4CIGA 4CGDA 3VA0A 4CFDA 3VA3A 1SKRA 4AHCA 2FC0A 4FVMA 1JL2A 1KVBA 4CGFA 5J2PA 4B9TA 2HHQA 1VRTA 5KGXA 3TAEA 4KHSA 2IDOA 3DLRA 2D0CA 3OVNA 1VSFA 2WOMA 4E89A 4CCHA 1JLGA 4IG3A 3AO3A 4N47A 4DS5A 1C1BA 4FW1A 3OYFA 1HQEA 1C1CA 4FJ8A 3AA5X 1NOZA 4CJSA 3VQ6A 3OYMA 4FJKA 3SJJA 4I9QA 3SQ0A 2VG7A 3AV9A 4Z0UA 2HB5A 3AA4A 1BIUA 1RT3A 1RT6A 2OPQA 1U45A 1Q9XA 4F3OA 4HHTA 4FJNA 3TAQA 2PZSA 2OZMA 4HUEA 5KTQA 2HHVA 1GOCA 1FXXA 4DS4A 1U47A 1LWFA 1FKOA 3RRGA 3HYFA 3P83D 3NH0A 3RWUA 3HO1A 4PWDA 3WNFA 4K8ZA 3AVNA 1Q8IA 1U48A 1ASUA 1JL1A 2F8SA 2OZSA 4KHNA 2Q3SA 2P5GA 1L3SA 4FLWA 1FKPA 4IDKA 1TL3A 4DSFA 1NKEA 4FXDA 1WAFA 2BE2A 3DLKA 4PUOA 4CJ5A 1YTAA 2Z1HA 3SUNA 3ZCMA 4JLHA 3B6PA 1B92A 3TANA 1TK5A 3AVLA 3V1QA 3NBPA 2HHUA 4LSNA 1VSHA 3HVTA 1L3TA 3T1AA 4FJ7A 4FK4A 1LW0A 3AVKA 3LWMA 3QEWA 4Z4FA 4E0DA 1RDBA 3LALA 4DTMA 4KTZA 4O44A 3U6FA 2E6MA 1WN7A 1EXQA 1N5YA 4FJIA 4CK3A 2A1RA 4IFYA 4OJRA 3OYJA 3D45A 3RR7A 1VSLA 4MFBA 4TSXA 3HM9A 3K5LA 3SV3A 1WSHA 1RILA 3V1RA 4E7LA 4FZXC 3V9XA 1RBSA 4OVLA 3JYTA 1IKXA 4HCCA 4G1QA 1UOCA 3DLBA 2XHBA 2FBVA 4DQSA 1EX4A 3QIPA 3QLHA 4MQ3A 4PA1A 5CYQA 3VQ9A 3KK1A 1TK0A 4NCAA 4I9LA 1S9GA 4FLTA 3IRXA 1VRUA 1IH7A 3SQ2A 4FYDA 3O3FA 1WSIA 3ZSQA 3ALYA 3QEIA 4F2RA 4O0JA 2YV0X 4HUGA 3CFOA 3TWHA 4FW2A 1RT4A 1RDAA 4L8RB 4Z4GA 1RDDA 4HCBA 2DTUA 1VSIA 1VSMA 3NGIA 3NAEA 3NF7A 3BDPA 3ISNC 4EZ9A 4DSIA 4FJXA 2Z1JA 4RW7A 2KTQA 1JLFA 3NGZA 1BCMA 3L2RA 1IG9A 2F8TA 4CK2A 1HNVA 3S9HA 1SL1A 5CYMA 4BDZA 4RW8A 3WNHA 5CZ1A 4M45A 2HNYA 4CJRA 1L5UA 2XY8A 2HVIA 5HRSA 1VSKA 3KK2A 3RMCA 1NK7A 4M3XA 2RN2A 4M3TA 1RT5A 4KV8A 1J53A 4LD0A 4ID5A 4UQGA 4CEFA 3NH2A 3ZSWA 3KLIA 2B6AA 4DF4A 1RTJA 1TKZA 3VQ7A 3RMDA 1K6YA 3RMAA 4ZTJA 2KFZA 1C6VA 2QXFA 4CHPA 1REVA 5HRRA 1T8EA 1T7PA 2D0BA 2HHWA 2YNFA 4KHQA 4DU1A 1T05A 3VN5A 1N6QA 3VQQA 2FBYA 5J2MA 4B9LA 1EKEA 3ULDA 4FZZA 1XC9A 5KGWA 4DTNA 1HJRA 2Z1GA 4OKJA 4C8KA 4GVMA 1JKHA 3E01A 3BGRA 3OYBA 3ZSXA 4DQQA 3NF6A 4DU4A 4CERA 4DF8A 3PX4A 2OA8A 4M42A 2HHXA 3U3GA 1SUQA 1QSYA 4E7HA 3DM2A 3QIOA 1S1XA 1S6PA 1W9HA 5J2NA 2Y1JA 3SPZA 3H08A 4DTSA 1X1PA 2D5RA 2JLEA 1RT2A 3MECA 4RW4A 4CJVA 3M8RA 3TAPA 2XY5A 4OPKA 4ELVA 2YNGA 1O1WA 5J2QA 4LH5A 1EP4A 3HSTB 3OYNA 1BGXT 3ASMA 3LP1A 4E19A 4HTUA 3V1OA 4CFCA 1QS4A 4LY7A 4B9VA 3KK3A 3QEXA 3AVBA 3DRPA 2XO7A 4CJPA 4FCYA 4ELTA 3C95A 3S3NA 2ZE2A 5FROA 2HVHA 2KZZA 4NCBA 4GMJB 4DTXA 3V81A 3NGYA 4DTOA 4CHQA 3OYAA 1NK9A 3HVRA 4KRFA 3ZSRA 1NJYA 3ITHA 3G0ZA 1XI1A 4AHTA 3NF8A 4FJ5A 1LWEA 5C25A 3A2FA 4JRQA 4HUFA 1S6QA 3EYZA 4HVJA 3V6DA 3HXMA 4KHUA 3OYGA 2P51A 1HMVA 3THVA 4GW6A 4AHRA 4CEOA 1QTMA 2VG6A 3K2PA 2KZMA 2DFFA 2KW4A 4NYNA 4N5SA 3F9KA 4N76A 3V4IA 2O4GA 4QAGA 2IAJA 1S9EA 3TAMA 2G8KA 3VQBA 3ZT1A 1BI4B 2ZD1A 4CJUA 4OKKA 1HYZA 3V9UA 1W0HA 4KTWA 1Q9YA 1RDCA 3LAKA 3V9SA 3QEVA 1S1TA 4C8MA 4CJQA 3M8QA 2XY6A 3O3HA 1CLQA 3T19A 3SUOA 3VQDA 3M8PA 3DI6A 4CJKA 4C8LA 3LAMA 4FLYA 4CF9A 1T03A 4J2AA 1R0AA 3NF9A 1C1AA 1DTTA 3ZSZA 4DTJA 4BDPA 2ATQA 1VSJA 4CFBA 4KREA 2B5JA 2KQ2A 3AVAA 3OYLA 3B6OA 1WNSA 3L2WA 5KRSA 5HROA 2FBTA 1TL1A 1L3VA 4QOZB 2XRIA 3SUPA 4CHYA 4M41A 4KPYA 3FFIA 1IKWA 3HL8A 3AA2A 3MXJA 3HPHA 3MXIA 4CE9A 1RTHA 4Z4CA 4OGEA 4ID1A 4PQUA 1NK8A 4H4OA 2BDPA 1BIZA 3K5MA 3V9ZA 2YHAA 4FK2A 3SQ1A 3CQ8A 3LZJA 2X6SA 3L2UA 3ZSOA 1JXBA 3CFPA 3KLGA 4Q0BA 4CFAA 3RTVA 4FJLA 4E3SA 2OPRA 3QO9A 1L3UA 4FK0A 1NJWA 4ELUA 4I2QA 4PY5A 3M8SA 3C94A 4CIEA 4AH9A 3QERA 2Y1IA 1NKBA 1NJZA 4F8RA 5FRNA 2QKBA 1NK0A 1NK4A 3OY9A 5CY4A 3S3MA 1KVAA 3QNNA 3EZ5A 5EU7A 2RKIA 4W5NA 5T7BA 3DLGA 4J2BA 4IBNA 3AO1A 2G8HA 4FLUA 3OYEA 2P1JA 4M3UA 3PO5A 1KTQA 1S5JA 3PV8A 1SV5A 3O4QA 3KLHA 3IS9A 3NCIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OA9A 4XEIA 3MN5A 2PYJA 4K25A 3Q7BA 2A1SA 3QESA 4CJFA 4JKDA 4Z4IA 4W5OA 1Z26A 3VQPA 4B9UA 4JS4A 3FZMA 2G8UA 4CHNA 3KZBA 3S3OA 3VGLA 1NK5A 1LCUA 3MEEA 1ZBFA 1Y97A 3IUCA 4J2DA 4BRPA 3G10A 1GOBA 4A5BA 1RDWX 2EHGA 1JLEA 3VTIA 1O13A 2D4WA 4DFPA 3VEOA 1FW6A 2OYQA 2O8DA 5AQQA 3KD1E 4JD2A 1B9DA 3KD5E 4AHUA 5JVHL 2GBZA 3O9UA 3U3YA 4CJWA 4DSJA 4DSLA 4DR4K 3NDKA 3I0SA 4CZFA 4RCHA 2IGIA 4XH4A 4BR4A 5CZ2A 5SZTA 3SNNA 4E1JA 4MLHA 3NVMA 4KFBA 2R7YA 5BPLA 3CCUN 1S1UA 2XY7A 4EFHA 1VQ6N 1CZ9A 2YX6A 4N56A 1BOTO 3J80O 1SZ2A 2RF2A 4BQLA 3OYHA 3ZETB 1N32K 3I8BA 3ZT0A 1CZAN 5FPMA 3TI0A 1HKGA 2VWJA 4KO0A 4DV7K 2FSNA 5LJWA 3G4SN 4IJAA 4JS5A 4DKWA 5CR4A 4JI5K 1G99A 1TV6A 3DLLL 4H5TA 3Q7CA 3MXMA 3HSCA 3OBYA 4CK1A 4KH6A 4IG0A 2O8FB 2G8VA 3PIOL 1YIJN 2OANA 4JKHA 1MU2A 3LDNA 1VSDA 4JEPA 1D9DA 3AVFA 3AVJA 4H0PA 4OLBA 1WAJA 4FWPA 1U2VB 3OBWA 3ZT4A 5C12A 3AO2A 2X78A 3DMJA 3ZSVA 1ASWA 1YITN 2ZQBA 3CM6A 4FJHA 1J54A 2WONA 4BWMA 1BHLA 1H1VA 3ATVA 1QZ6A 4H5RA 1ZYQA 1K8KA 5AQNA 1TKXA 2FSJA 1JLQA 3ZSYA 3OJUA 3QETA 3R8EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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