2Z1GA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1gA00
4M3ZA 3MAQA 1TKXA 3P1GA 4AHTA 3CQ8A 1FKOA 1VSEA 4HCBA 1C0TA 3WNHA 1U04A 1ZBUA 2EHGA 4LH4A 2FBYA 3AA2A 1K6YA 4N56A 4E7IA 1U47A 3LWMA 4IG0A 4Z4HA 4MFBA 1ZYQA 1NJYA 1NK9A 1UWBA 3V6DA 1D9DA 4B9VA 4CJ5A 3KLIA 3NF7A 3RRGA 3SCXA 4KB1A 4BWMA 5KI6A 4N47A 3QEXA 4J2BA 4CJLA 4Q0BA 2HHUA 4PQUA 3NH1A 2Z1IA 3MEDA 2Z1HA 3V1RA 4E0DA 2OA8A 3LALA 3AVHA 2JGUA 4GW6A 1YVUA 4JRQA 2ZD1A 1NKBA 3V4IA 2X74A 3IRXA 2HVIA 4CJUA 3LP0A 4HVJA 3NF6A 3TABA 1B9DA 4JS4A 4NCGA 3PO4A 3AA4A 1QSSA 4DWIA 1TK8A 2KFZA 2Y1IA 1YT3A 3QEIA 2D0CA 4Z4IA 1NK7A 3CFPA 1TVRA 1WAJA 4CIGA 4C8NA 4C8OA 3DYAA 4AH9A 4EZ6A 2XRIA 4CK2A 2W42A 4FLVA 2OPRA 2KZZA 3EY1A 3HPOA 1WSEA 3AA3A 1IKYA 3S3NA 4W5RA 3ASMA 4AILC 3SYZA 1HQUA 3U3YA 1I39A 1ASUA 2WONA 3IG1A 4RW8A 4CIEA 4ID1A 5HRSA 3QEWA 3WNFA 1KVAA 2HNYA 5J2PA 2HHTA 3LAMA 3HVRA 1JLAA 1FK9A 1RNHA 2HB5A 4E1NA 1F21A 3AO5A 4DSKA 4ELVA 2G8UA 4CF0A 4IG3A 5KRSA 1S6QA 1QE1A 4E7JA 3M8SA 5E41A 3LZJA 1VSDA 4FJKA 3HP9A 3EYZA 4QCLA 1W0HA 4ELTA 3PX6A 4DU1A 4FVMA 1ZBFA 3HYFA 1GOCA 2P1JA 3NF8A 3QO9A 4E7LA 2XY7A 1D9FA 2KZMA 3K58A 1TK0A 3ZT1A 1L3UA 1QSYA 4CHOA 3OYJA 4CESA 4CFBA 3KLHA 1RTDA 3ZT3A 4W5TA 3C95A 3ZSQA 3QIPA 1NKEA 4F2SA 3AVAA 4I9QA 4W5OA 3G0ZA 1KFDA 1DTQA 4CE9A 3LP1A 3JSMA 2Y1JA 3SI6A 4K8ZA 3NH0A 4OJRA 2P5OA 3IS9A 4DTJA 4AHCA 1GOAA 2PYLA 1JL2A 4O0IA 1T03A 4KAZA 3MXJA 4AHSA 2Q3SA 5HBMA 4FLXA 5HP1A 2P5GA 4FK4A 4OGEA 5C42A 3DLGA 4CF2A 3PX0A 3JYTA 3SQ0A 4CJWA 1JLGA 2OPPA 2B6AA 4TSXA 1NK8A 1TKDA 2XY6A 1L3VA 3SQ2A 4ZTJA 1N6QA 4LD0A 3OYFA 4DS5A 4DQPA 1RT2A 1U45A 3RWUA 3LP2A 4DFMA 3VQDA 1JKHA 1IH7A 4M41A 2O4IA 1QHTA 1WNSA 1SKRA 1IKVA 3CG7A 5JS2A 3HK2A 5C24A 4KB0A 3SZ2A 5I3UA 4FJJA 1TKTA 3C94A 1JLEA 3K5LA 3ZSWA 4DSFA 4M3YA 1TK5A 2F8SA 4E7HA 4M3RA 4BACA 4FCYA 1S6PA 2VG7A 2QKKA 4FYDA 2F96A 4FM0A 4B8CA 4B9LA 3AVCA 4W5QA 1LWCA 1S1TA 4FM1A 2Z1JA 3OS2A 3DRSA 1XC9A 2DY4A 1NK5A 1CZBA 2EX3A 4HUEA 5JS1A 2LSNA 4CJFA 4MQ3A 4M42A 4QAGA 1VRUA 1TL3A 1X1PA 4O55A 4CHPA 1Q8IA 1QSLA 3VA3A 4DTSA 2BDPA 3VQ7A 3KK2A 3LZIA 3SQ4A 4CJ3A 4B9NA 2VWKA 1B9FA 4KHYA 1KVBA 2YNFA 3VQEA 3V9WA 4HCCA 3PX4A 3ISNC 4IBNA 1B92A 4F3TA 1D5AA 3NCIA 1RTIA 2GBZA 3L3VA 4RW7A 3B6PA 1Q9YA 4O0JA 4NCBA 2E6MA 1JL1A 3VN5A 3KD1E 4M3TA 1HYVA 3HSTB 2ZE2A 4GVMA 4BE1A 2XY8A 3KTQA 1EX4A 3THVA 1KCFA 4OVLA 3ZSRA 5KGWA 4DQQA 3DLBA 4O4GA 1BCOA 2E4LA 4CCHA 3NFAA 3ALYA 1WSFA 4Y1DA 3QESA 1UA1A 1SKSA 4B9UA 4N41A 4C8KA 4BE2A 3HPHA 1U4BA 1HMVA 4EP5A 2X6NA 4DS4A 3AA5X 1WSHA 1N5YA 4DSJA 3TI0A 4W5NA 1HPZA 3TAEA 1BGXT 2X6SA 3TAPA 1CXQA 3ZSXA 1HNIA 4CGFA 4Z4FA 4CHYA 3DLKA 3K57A 4FJMA 1SUQA 3PY8A 1CLQA 4DQIA 2QK9A 2FBTA 4RW4A 1ITGA 4FK2A 2GUIA 3OYDA 2I5JA 4DFKA 2O4GA 1VSHA 4E3SA 4N5SA 3SQ1A 3KD5E 5SWMA 3S9HA 1O1WA 4NYNA 4AHUA 4KHWA 1C1AA 4DTPA 1TGOA 4FLUA 4BDPA 1DTTA 3LDSA 2Z1GA 4CJSA 1D8YA 3VQ9A 3QINA 3OYKA 3L2VA 4B9MA 1FXXA 1S1XA 5K14A 3O4QA 4RW9A 3V9UA 1J9AA 1TL1A 1RDBA 5D3GA 4DTMA 2AJQA 4FJHA 4H8KA 4RW6A 4CJPA 3AVFA 3M8PA 1C1CA 1MU2A 2KFNA 1RTHA 1TAUA 1J53A 2JLEA 1HYSA 1JLCA 3CM6A 3LPUA 1BQMA 1QQCA 3V9XA 2G8VA 2OZSA 2YHBA 1L3SA 3ZT0A 1YTUA 4KRFA 2PZSA 2P51A 2HVHA 2HNZA 3L2RA 2RF2A 3EZ5A 2F8TA 4FW2A 1WSJA 1HNVA 2RN2A 3QETA 3O3HA 3OS0A 4F8RA 4KHNA 1RBVA 3DRPA 4Z4GA 3AO2A 4C8LA 3MEGA 4O5BA 3RMBA 3RR7A 3AVNA 3TAQA 4ZHRA 5SZTA 1UAXA 2OPSA 3ZSZA 4M3WA 4PUOA 4ELUA 1S1WA 4DLGA 1XI1A 3VQ8A 1WN7A 4FZZA 3V9SA 3VQ6A 3VQQA 3ULDA 3H08A 1WSGA 2ATQA 4CJ4A 1J54A 3L2UA 4N76A 2E6LA 3VA0A 4CEZA 1KLMA 3QEVA 3AVJA 1C1BA 4DSLA 3O3FA 1KFSA 4KPYA 1IO2A 1KLNA 2KW4A 3DM2A 3P5JA 1LW2A 1WLJA 3ZSYA 1Z26A 3F73A 1BQNA 5HROA 3KIOA 4H4MA 4J2EA 3VQ4A 2YKMA 3KJVA 1S5JA 4B08A 3OYEA 1JXEA 3V9ZA 1BI4B 2QXFA 4Q5VA 3OYCA 4Y1CA 3ZT2A 3SPZA 4CHNA 2YNIA 3K5NA 5FRNA 3HM9A 1LAVA 1WSIA 4B3OA 4KREA 4CJEA 2D5RA 1VSIA 4G1QA 1JLQA 1BI4A 1Z25A 3ZSVA 2HNDA 4DSEA 4CGHA 4FJXA 3L2WA 4Z0UA 3VQAA 2IGIA 4FLYA 2PY5A 3PUFA 3S3MA 2G8WA 3TAGA 1A5XA 1BISA 1DLOA 2D0BA 5CYMA 3OYMA 3RTVA 2YV0X 4LSLA 2VG5A 3I0RA 1WAFA 1L5UA 4CF8A 4FLZA 3OYIA 2HHWA 4KKOA 4CFDA 3FFIA 3QNOA 1JLBA 1BHLA 3KLEA 3V81A 4CECA 2OPQA 2BANA 3MECA 4PY5A 1IKXA 3OJUA 2HMIA 3MEEA 4IFYA 4M3UA 5CY4A 2XO7A 2RPIA 3DMJA 4K8XA 2X78A 5KRTA 1Q9XA 3RMCA 1TKZA 2NUBA 4NYFA 1YTAA 3L8BA 4DTNA 2VG6A 3VQ5A 2HHQA 4CGIA 4ID5A 3KK3A 4OGCA 2WOMA 4J2AA 4KTZA 1EP4A 4HUGA 3SUOA 5HRRA 3QNNA 2KQ2A 4E7KA 3OYGA 2RKIA 3HXMA 4I2QA 4L8RB 1LW0A 4CEFA 4CFAA 3OS1A 3NDKA 4DFJA 1EETA 3S3OA 3K2PA 4DF8A 3C6TA 3LP3A 1C6VA 2ETJA 4CEAA 3DI6A 4CERA 3OYHA 3SV4A 4PA1A 1RILA 3KK1A 3MXMA 1U48A 3HVTA 1CXUA 2YHAA 4FM2A 4KV8A 4CEEA 4FLWA 2YKNA 4FJNA 3DOKA 4OPJA 1RT4A 1LWEA 1X9SA 4M45A 3L3UA 3LPTA 3RMDA 4C8MA 1R0AA 1S9EA 2IAJA 3ZT4A 2A1RA 1RDDA 4GMJB 3AVMA 3OJSA 4HTUA 3U6FA 4KI6A 4NCAA 3TANA 4OKKA 1VSKA 3A2FA 4DQRA 1T05A 1KSPA 3DLRA 3I0SA 3T3FA 5J2NA 4IDKA 3MXIA 1LV5A 2BE2A 4KTQA 4FZYA 4QOZB 3TARA 3CFRA 1RCHA 5CZ1A 3M8RA 4CEOA 3NAEA 4KHSA 3DOLA 1RTJA 4I7FA 1IKWA 1FKPA 3DRRA 1RBTA 3M8QA 3DLEA 5DK5A 3NE6A 2G8HA 4IKFA 1KVCA 1L3TA 4F4KA 4JRPA 2DFHA 4JLHA 3BDPA 4OLBA 1T8EA 2B5JA 4FLTA 1IG9A 5CZ2A 3VQPA 4CHQA 2IC3A 3AO3A 4DG1A 4DQSA 1NOZA 3B6OA 5HRPA 3NH2A 4LY7A 4CGJA 4DTUA 1BIZA 3LANA 4ICLA 4XIUA 4FJGA 3AO4A 3CYMA 4EZ9A 3OYBA 3DLHA 2HHXA 1VK0A 3ZSOA 3G10A 3NBPA 5J1EA 1REVA 4CHZA 4FJIA 3SUQA 2HW3A 4BWJA 1CZ9A 1Y97A 4CEDA 4AHVA 4BE0A 4CK3A 1ASVA 4KTWA 1RT3A 3CFOA 1BL3A 3F9KA 3L2QA 2VWJA 4FJ5A 3C6UA 5C25A 4BDZA 2FBVA 3K5OA 4EP4A 3I8DA 1RDAA 2YNGA 4DSIA 5CYQA 1NK0A 2G8FA 4Z4EA 1NJXA 4DMNA 3CM5A 4CGDA 1ZBHA 4KI4A 3BGRA 1RBUA 1HJRA 3AVKA 5J2MA 1HYZA 3ZCMA 3SJJA 4LH5A 4OKEA 3VQBA 3RR8A 3PO5A 1SKWA 1XHXA 5J2QA 4F3OA 3RMAA 4J2DA 1LWFA 1G15A 4M3XA 4UQGA 2ITGA 3KLFA 4B8AB 3WNEA 1NJZA 1I3AA 3QLHA 3SV3A 4CJKA 4DU4A 3OYNA 1BIUA 5HRNA 2DTUA 5EU7A 1RBSA 4OKJA 3LWLA 3HPGA 5DMRA 4B9SA 1QTMA 2G8IA 2IDOA 3OYLA 1TV6A 2R7YA 3OY9A 1UOCA 4I9LA 4KHQA 4FZXC 5FDLA 2KTQA 3SUNA 3QEPA 3NF9A 3IAYA 4PWDA 5I42A 4DTXA 3P83D 2IS3A 3HT3A 1SV5A 5KGXA 3AVLA 3ITHA 4YFUA 4DF4A 3QERA 3NGYA 3U3GA 1W9HA 3TR8A 4FJ8A 4DU3A 3HP6A 4I2PA 4E89A 2OYQA 1NJWA 3TWHA 5KTQA 4JS5A 3RRHA 5T7BA 1ZBIA 1EXQA 3D0PA 1RDCA 3NGZA 4BDYA 1XHZA 3AO1A 4HHTA 1SL1A 1RBRA 2XY5A 1A5WA 1C0MA 4CF1A 4CJTA 4AHRA 4RG8A 4E1MA 3V1OA 1SL0A 4CJVA 4CEBA 3KLGA 2HHVA 1U49A 1C0UA 1NK6A 4DFPA 1J5OA 1X9MA 1RT6A 1RT1A 3AVBA 1S9GA 1VSMA 4E19A 4FW1A 4R5PA 3OYAA 1JXBA 1HQEA 4CK1A 3T1AA 1T7PA 3D45A 4FJ7A 1NKCA 1X9WA 4CJRA 3AV9A 2OZMA 3E01A 3OVNA 1RT7A 3TAMA 4H4OA 3PV8A 1HRHA 4KO0A 3QIOA 1KRPA 3HL8A 1UA0A 2QKBA 5HLFA 2XHBA 4CF9A 3O3GA 3KKRA 2A1SA 3AVIA 4HUFA 3AVGA 4FK0A 4LSNA 3K5MA 4FJ9A 1XWLA 1ASWA 3NGIA 3V1QA 4CFCA 1EKEA 1GOBA 4Z4CA 4KFBA 1VSJA 1A5VA 1RT5A 1KTQA 1VSFA 1SL2A 3O4NA 3HJFA 2HHSA 3VQCA 5FRMA 1VSLA 3T19A 2DFFA 3WNGA 4OPKA 2G8KA 3UIQA 3SNNA 2B4JA 4CIFA 3SPYA 1BCMA 2FC0A 4ZTFA 4DTRA 1NK4A 4YNQA 1VRTA 2GV9A 1S1VA 1JLFA 1S1UA 4CGGA 4CJQA 2PYJA 5FROA 2ZQBA 4DTOA 3SUPA 3NHGA 2FBXA 4DLEA 4IFVA 4KHUA 4WE1A 4OLAA 2IOCA 4F2RA 1LAWA 3HO1A 3K59A 4FXDA 4FJLA 4B9TA 2DFEA 3TAFA 3KKSA 4O44A 2YNHA 3LAKA 2BGGA 1NOYA 4CEQA 1TAQA 1QS4A 2D0AA 1ZBLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NZTA 3MAQA 1TKXA 3P1GA 4OPAA 4AHTA 1FKOA 3N4PA 3CQ8A 4FO0A 1C0TA 2EHGA 4LH4A 2FBYA 5FPEA 4N56A 4MLHA 1ZYQA 3Q7CA 5MLCQ 1D9DA 3BF1A 1GLLO 4IZ9A 5KI6A 2OTJN 3NH1A 2V7ZA 1YF5L 3LALA 4GW6A 2QM1A 4BQZA 2ZD1A 1NKBA 2X74A 3IRXA 4WFNL 4HVJA 3OA9A 3TABA 5GADP 1MWKA 4DR7K 4NCGA 3AA4A 4GVEA 1QSSA 2P9UB 1YXQA 3E9OA 1NK7A 3CFPA 1TVRA 1WAJA 4CIGA 4C8NA 2VGNA 4JK8A 4C8OA 3DYAA 4EZ6A 4CK2A 2W42A 1Z05A 2P9UA 3AA3A 5M1OA 5GAGP 4YY3K 3ULEB 3IG1A 4RW8A 1KAYA 4ID1A 1ZXOA 3I56N 3QEWA 3ZX3A 2HNYA 2P9KB 4CBXA 1FK9A 4PKGA 3CC7N 2CH6A 4E1NA 3CCSN 4BR7A 3ULEA 3O5BA 2G8UA 3CPEA 4ISGA 4IG3A 2P9KA 4J8FA 4K43A 3M8SA 3P31A 1VSDA 4FJKA 3MN9A 5E26A 5JMVA 2UUCK 4DU1A 3D2EB 3HYFA 2P1JA 4X62K 3NF8A 3TSQA 1OH5A 1TK0A 4CESA 5GIPA 3D2EA 1RTDA 3ZT3A 4W5TA 3C95A 2OCEA 3QIPA 4YDUC 3ZSQA 1NKEA 4W5OA 3G0ZA 4JI6K 4K8ZA 5F0XA 3S41A 3IS9A 4AHCA 2PYLA 1K73O 5DM6L 4H5TA 3MXJA 2Q3SA 5HP1A 3UE5A 4OGEA 4CF2A 3G71N 3JYTA 4NO7A 3CCMN 3BP8A 2OPPA 2E88A 4JI3K 1NK8A 1QQOA 3OYFA 1RT2A 4DV1K 4CZLA 4M41A 2O4IA 1SKRA 4B3TK 3SZ2A 1TKTA 2F9WA 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 4KO0 A;  3QIO A;  1KRP A;  3HL8 A;  1UA0 A;  2QKB A;  5HLF A;  2XHB A;  4CF9 A;  3O3G A;  3KKR A;  2A1S A;  3AVI A;  4HUF A;  3AVG A;  4FK0 A;  4LSN A;  3K5M A;  4FJ9 A;  1XWL A;  1ASW A;  3NGI A;  3V1Q A;  4CFC A;  1EKE A;  1GOB A;  4Z4C A;  4KFB A;  1VSJ A;  1A5V A;  1RT5 A;  1KTQ A;  1VSF A;  1SL2 A;  3O4N A;  3HJF A;  2HHS A;  3VQC A;  5FRM A;  1VSL A;  3T19 A;  2DFF A;  3WNG A;  4OPK A;  2G8K A;  3UIQ A;  3SNN A;  2B4J A;  4CIF A;  3SPY A;  1BCM A;  2FC0 A;  4ZTF A;  4DTR A;  1NK4 A;  4YNQ A;  1VRT A;  2GV9 A;  1S1V A;  1JLF A;  1S1U A;  4CGG A;  4CJQ A;  2PYJ A;  5FRO A;  2ZQB A;  4DTO A;  3SUP A;  3NHG A;  2FBX A;  4DLE A;  4IFV A;  4KHU A;  4WE1 A;  4OLA A;  2IOC A;  4F2R A;  1LAW A;  3HO1 A;  3K59 A;  4FXD A;  4FJL A;  4B9T A;  2DFE A;  3TAF A;  3KKS A;  4O44 A;  2YNH A;  3LAK A;  2BGG A;  1NOY A;  4CEQ A;  1TAQ A;  1QS4 A;  2D0A A;  1ZBL A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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