2Z1HA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t92k/q105k/q113r/q115k/n143k/t145k)
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMKPKLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 47
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1hA00
4ICLA 2PYJA 3MEDA 1C0MA 1X9SA 3ISNC 2VWJA 1HQUA 3AVGA 1Q9XA 1HYZA 3LAKA 3VQ7A 4FJXA 4B9MA 4FM0A 4YFUA 2IC3A 5J2PA 1ASUA 3L2VA 3ZT2A 4HHTA 3TI0A 3NAEA 1W9HA 1BGXT 2NUBA 4RW7A 3H08A 5KI6A 4KTQA 4C8MA 1XWLA 2KQ2A 4NCAA 2HMIA 3KKRA 3HP9A 3I0RA 2IS3A 2IAJA 5J2MA 3EY1A 3AO4A 3S3NA 4KKOA 4CIGA 2OA8A 1KFDA 2XY7A 3KLHA 1S6QA 3IRXA 4CEAA 4CK1A 1RBVA 1HRHA 3HSTB 4LH5A 1D8YA 2XY8A 4IFYA 4OKKA 5HRSA 1QS4A 3L3VA 4NCGA 4HTUA 4AILC 1ZBIA 4CEDA 3KLIA 4ID1A 4CGFA 4NCBA 3LP2A 4I2QA 4CHNA 3M8SA 3EZ5A 1ASWA 3KJVA 3V1OA 1HNVA 4B8CA 3IS9A 4CK2A 4OKJA 3QIOA 4KTZA 4JLHA 4CECA 4ZHRA 3NH2A 4CJ3A 4CK3A 1NK4A 5KGXA 2B5JA 3MEGA 5DMRA 3WNEA 4BE2A 4E1MA 3F73A 5HP1A 1ITGA 1NK9A 1C1BA 2G8UA 3VQ6A 4LD0A 2KZZA 1MU2A 3AVKA 3WNGA 1BCOA 1EETA 4FJMA 2ETJA 2XRIA 4CF8A 3OYIA 4CEEA 1NK8A 4DQIA 3AO5A 4RW9A 1B9DA 2IOCA 4CJ5A 3U6FA 4CJLA 3KD5E 1FKPA 4G1QA 3MXIA 3SQ1A 4YNQA 1VSFA 3ZT3A 4CEBA 4XIUA 3SJJA 1LWCA 2YV0X 3L3UA 3AA4A 2YNFA 2W42A 4Y1DA 1VRTA 2YHBA 1JLAA 4FLZA 5SWMA 4CJVA 3O3GA 2GUIA 3HPOA 4DSJA 3KIOA 4FJNA 3ZSQA 4M3XA 2P51A 3OYDA 1KVAA 3SQ4A 3VQ4A 2X6NA 3BGRA 3MECA 4GVMA 4DFJA 3TAQA 4FCYA 4R5PA 4C8KA 4F2RA 4C8NA 2D0BA 3TANA 4DQSA 2HNZA 4CF2A 3CM5A 4TSXA 4N5SA 4DSKA 4BDYA 3MEEA 3LWMA 3SPYA 2HHSA 3HVTA 4I2PA 4AHCA 2DFHA 2RF2A 4FLVA 2HHTA 1NK5A 2DY4A 3MXMA 1LW2A 4BDZA 3RMAA 1SKRA 4E7HA 3VA3A 2IDOA 2OZSA 4C8OA 4FZXC 3OVNA 1J9AA 1QHTA 3LWLA 3K5NA 1JLQA 1QQCA 5CZ2A 4DSIA 1ZYQA 2O4GA 3NGZA 1TK5A 4EZ9A 2YKMA 3JYTA 3HM9A 1WAJA 1S1WA 1VSJA 2VG7A 4CJEA 3NHGA 1NKBA 4CJPA 4FXDA 4E7JA 4CEZA 4CFDA 1CLQA 4DTJA 3TAFA 4FK2A 4Q0BA 1XC9A 5HROA 1VSMA 4EP5A 3O3FA 4AHTA 4M3TA 2ZD1A 4FJKA 3OS1A 1C1AA 2ZE2A 2Y1JA 5HRRA 1U47A 1RT5A 4F2SA 4PQUA 1CXQA 1BQMA 1QE1A 1BI4A 1RT2A 4FVMA 3U3GA 1KFSA 3KLEA 4E7IA 1CXUA 3KK3A 1U48A 3VN5A 1BQNA 1B92A 4HCCA 1C0TA 2RN2A 4CGGA 4CJQA 3L2QA 1JL1A 1TAUA 3SV3A 2BANA 4DQPA 1GOAA 4AHRA 1T7PA 2LSNA 3K5LA 2HHUA 4FJJA 5HRPA 1NJWA 4GW6A 4CIFA 1S5JA 2KFNA 2O4IA 4DTRA 3ZSYA 3L2WA 4FJHA 3HP6A 4KV8A 2OPRA 4O4GA 4CERA 3ZSWA 1NJYA 4FJLA 4J2BA 3HT3A 4E89A 1RDCA 2FBVA 3AA2A 5FROA 4CJWA 1L3SA 4B9NA 1TGOA 3HVRA 3I0SA 4DFMA 2Z1IA 3CM6A 4DTPA 4OLAA 3QNNA 3SYZA 3OYBA 4FJ8A 4ELUA 3SUOA 3VQ8A 3QEWA 4LSNA 3NBPA 3S3MA 1TL1A 4FLWA 3SQ0A 2YNIA 1I3AA 4B08A 5DK5A 1HPZA 1TV6A 2FBYA 2OPPA 1BISA 3OYLA 3KD1E 1LAWA 4CJKA 4DQRA 3RRHA 4E3SA 1RBRA 5J2NA 5T7BA 2G8HA 1N5YA 2KW4A 4CFCA 1WSIA 1KVCA 2YNHA 5EU7A 3DOLA 3KTQA 4CF0A 3VQPA 3L2UA 2XY5A 3PO4A 4HUGA 3PO5A 4FK4A 3K5MA 4DU4A 1JKHA 4KHNA 1RBSA 1QSLA 2PY5A 4KFBA 2E4LA 4CJTA 1SL0A 3RTVA 1L3VA 4BDPA 4F4KA 4F3OA 3KKSA 3B6PA 3E01A 2DTUA 1W0HA 4AHUA 1S1XA 3OYJA 3ITHA 3V1QA 4DU3A 1EXQA 1A5XA 2VG5A 4C8LA 3M8QA 5I42A 1EP4A 1X9MA 3P5JA 3PX6A 1XI1A 4W5TA 4KI6A 2E6LA 1J54A 4KHUA 4OPJA 3VQEA 3CG7A 4IG0A 5C42A 3HK2A 1TK8A 1VSDA 5E41A 1I39A 4CFAA 4FLYA 3IAYA 4CJUA 3P1GA 3QETA 2EX3A 3B6OA 4N56A 1UA1A 2DFFA 5K14A 3HL8A 3PY8A 1O1WA 4CJRA 1IKYA 4DFPA 1WSGA 3OYAA 3SI6A 3V9ZA 4RW6A 3G0ZA 5JS2A 3NH1A 1C1CA 2VWKA 3SV4A 3DI6A 4NYNA 2ATQA 3OS0A 3DLEA 3K58A 1ASVA 2XO7A 4E19A 3OYFA 4DWIA 2BGGA 3AVHA 1U04A 3V4IA 3NGYA 4FLTA 1RNHA 4PA1A 4KHYA 3SUQA 3PV8A 3LANA 5C24A 3D0PA 3NGIA 3S3OA 3AV9A 1T03A 2E6MA 2XY6A 3LAMA 4K8ZA 3ZSXA 3QINA 1WLJA 1UOCA 1K6YA 3QIPA 4BE1A 3V9WA 2F8TA 1XHZA 1NK6A 1C6VA 1D5AA 1SUQA 3AVBA 3C6UA 1YTAA 1JLBA 4FLXA 2Y1IA 1U49A 5D3GA 1HYSA 1KRPA 1ZBHA 2HHXA 3QNOA 4CFBA 5HRNA 3O3HA 2F96A 3KLGA 1A5VA 3HPGA 1HMVA 2Z1GA 3V1RA 1QTMA 4FJIA 3RMDA 2GBZA 4M45A 1LAVA 4CGJA 3L8BA 4DMNA 3BDPA 2QK9A 2FBTA 1BHLA 5KTQA 3LP3A 1RT6A 4DS4A 4DTSA 3NCIA 3CYMA 3DMJA 4KHSA 4GMJB 4EZ6A 4AHSA 4ZTFA 2PZSA 1SV5A 1NK0A 4MQ3A 1A5WA 4N76A 2YNGA 4CJFA 3OYMA 1NKEA 1G15A 4DF4A 1C0UA 4L8RB 2A1SA 3L2RA 1RTIA 3HXMA 4Z4EA 3HJFA 4JRQA 1X1PA 2WONA 4AHVA 3AO1A 3RMCA 1SKWA 4Z4IA 4KREA 1JL2A 1SL1A 3AO3A 1KSPA 3AVIA 4M3WA 3CQ8A 1VSEA 4BACA 1B9FA 3OYNA 4OVLA 1JLEA 2HB5A 1VK0A 1IG9A 4I9LA 1KVBA 1BI4B 4O5BA 4HVJA 3CFPA 3T1AA 4DS5A 4DTNA 3QEPA 4B9UA 4KB1A 4KB0A 1RDBA 1RCHA 1GOCA 2Z1HA 2D5RA 3WNFA 3MAQA 3LPTA 3WNHA 4B9LA 3KK1A 3ZT1A 4Z4FA 3MXJA 3DRPA 3NFAA 4MFBA 5CY4A 4IDKA 2ITGA 3LP1A 3NF6A 1KLNA 3OYEA 4M42A 3QEIA 1SL2A 2OPSA 3ZSZA 4HUEA 3OJUA 4RG8A 1WSFA 2Q3SA 3VQAA 3RWUA 4HCBA 3LP0A 4CF9A 4FM2A 2JGUA 1NKCA 3DLHA 3VQ9A 3DOKA 1Z25A 1TK0A 3LPUA 3TAEA 1NK7A 1KLMA 1RBUA 2DFEA 1S1VA 3FFIA 3VQ5A 4IFVA 3M8RA 3K59A 1N6QA 1GOBA 1Z26A 4CE9A 4CCHA 3DRSA 3CFRA 3NH0A 3VQCA 3SPZA 3SZ2A 5HLFA 4DSEA 3O4NA 2HNDA 2BDPA 3T3FA 3AVFA 1NJZA 1NOZA 4OGEA 3HPHA 3M8PA 4RW4A 3LZIA 1L3UA 3V9UA 4CHYA 1DLOA 2HVIA 4E1NA 2I5JA 4OLBA 2F8SA 1RT7A 1Q8IA 2B6AA 3THVA 4DG1A 4F8RA 4LSLA 4CGIA 4CHPA 1F21A 2GV9A 2KZMA 4Z4GA 5KGWA 2JLEA 4AH9A 1S1UA 4HUFA 4O0IA 4KO0A 1IKWA 4KPYA 4CIEA 2YKNA 1IKXA 4E0DA 4F3TA 4PUOA 2X78A 3S9HA 3AVAA 1KCFA 1S9EA 3OYCA 1EX4A 3IG1A 4I7FA 1T05A 3T19A 4BWMA 2HHQA 4DTXA 5C25A 3U3YA 4CJ4A 4ELVA 4IKFA 4JS5A 3OS2A 1R0AA 3ALYA 1TKDA 1T8EA 4W5OA 1L3TA 3V81A 3QESA 3KK2A 4E7KA 4FYDA 1JXEA 5CYQA 4K8XA 2XHBA 3HO1A 1RDAA 3G10A 3K2PA 2OYQA 5CZ1A 3SUPA 3C6TA 4CEFA 4DQQA 3QERA 2P5OA 4RW8A 3RR7A 4QCLA 5CYMA 2FC0A 3CFOA 3OJSA 3F9KA 3QEVA 1RILA 5FDLA 4B9SA 4KTWA 4M41A 4ID5A 4BWJA 5JS1A 3NF8A 4W5RA 2OZMA 3OYGA 4Q5VA 1FK9A 4J2DA 4LY7A 4OKEA 1U45A 2KTQA 4O55A 3LDSA 3LALA 4JRPA 4FK0A 2HVHA 1LW0A 4IBNA 1WSHA 4DU1A 1S1TA 4UQGA 3TAPA 4KI4A 4B3OA 1REVA 2QXFA 4J2AA 2EHGA 3OYKA 1NOYA 1ZBUA 2VG6A 4LH4A 3RMBA 4IG3A 4M3YA 3PUFA 4OGCA 4NYFA 1TVRA 2G8WA 4N41A 4FZYA 3K5OA 1WSJA 2X74A 1QSSA 3TAGA 3RR8A 2RPIA 4DTOA 4FJ5A 1IO2A 4H8KA 1X9WA 3D45A 4CEOA 1BCMA 2WOMA 4O0JA 4FLUA 1Q9YA 4FJ9A 3AVLA 3ZSRA 1U4BA 5SZTA 4DF8A 3JSMA 3AVNA 4ZTJA 3DLBA 4CHZA 1S9GA 1JLFA 1TAQA 1Y97A 3AO2A 3DYAA 3SUNA 3ZCMA 2FBXA 1BL3A 5I3UA 3DRRA 3AVCA 1ZBLA 3UIQA 1HNIA 1LWEA 4OJRA 2R7YA 3PX4A 3NF9A 3NF7A 3K57A 4FW2A 4Y1CA 3A2FA 3ZT4A 3ZSVA 1WN7A 5J1EA 3QEXA 1RT3A 3TARA 2QKKA 3QO9A 3TAMA 1DTTA 1RBTA 2G8FA 4FZZA 3P83D 3HYFA 2HHWA 4DTMA 4Z4HA 4KHQA 4B9TA 1RTDA 4EP4A 1J5OA 1WSEA 4CEQA 1HJRA 3DLRA 1SKSA 3V6DA 3OY9A 1VSKA 4B8AB 2PYLA 3DLKA 3RRGA 2IGIA 1J53A 4E7LA 1YVUA 4DLEA 1UA0A 3VQDA 4PY5A 4H4MA 1WNSA 4CF1A 1UAXA 1CZBA 1JXBA 2YHAA 3AA5X 4DLGA 2X6SA 2HW3A 1RDDA 2HHVA 5HBMA 3AVMA 4DFKA 4FM1A 3KLFA 1NJXA 1KTQA 3ZSOA 1JLCA 3AVJA 1VSLA 1VSIA 4DSFA 2ZQBA 5FRNA 5KRTA 1VSHA 4CHQA 2B4JA 4JS4A 1QSYA 4WE1A 4ELTA 2D0CA 1YTUA 3QLHA 4Z0UA 4O44A 4CGHA 3ZT0A 5J2QA 3SNNA 1D9DA 4CJSA 4FW1A 3LZJA 4H4OA 4BE0A 1RTJA 1RT4A 3VQQA 3SQ2A 4OPKA 1LV5A 4J2EA 3O4QA 4CHOA 1L5UA 2Z1JA 3C94A 3NDKA 1VRUA 2BE2A 4KAZA 3TABA 4I9QA 1D9FA 2RKIA 3EYZA 2G8KA 2G8VA 4KRFA 1S6PA 2P1JA 2P5GA 4PWDA 3ASMA 4M3ZA 3C95A 4N47A 2OPQA 3VA0A 1IH7A 4QOZB 1TKTA 2HNYA 5KRSA 1IKVA 1RT1A 1RTHA 3PX0A 4FJ7A 4DSLA 1UWBA 1JLGA 1YT3A 4FJGA 1WAFA 2D0AA 1BIZA 3SCXA 4Z4CA 3TWHA 3DM2A 1DTQA 1XHXA 3DLGA 4CESA 1HYVA 1LWFA 3TR8A 4M3UA 2QKBA 4M3RA 1BIUA 2G8IA 1EKEA 4QAGA 3ULDA 2KFZA 1ZBFA 3AA3A 4W5NA 4W5QA 3OYHA 3NE6A 4KHWA 1FKOA 3I8DA 1TKXA 1HQEA 1FXXA 4DTUA 2AJQA 5FRMA 2A1RA 1TKZA 4B9VA 3VQBA 4CGDA 3V9SA 1TL3A 3V9XA 1CZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ICLA 5CR4A 2PYJA 3ISNC 2VWJA 1HYZA 4MDBA 4B9MA 2QWQA 5J2PA 3ZT2A 5FPMA 3R9PA 1S72N 3SJHA 4YORA 4JK7A 2A40A 4KTQA 4C8MA 4AF1A 1XWLA 3N4PA 4DQ8A 5J2MA 2F7TA 3EY1A 4KKOA 3H3OB 2XY7A 4B1UB 1NGHA 4CK1A 1VQON 4IFYA 3VPZA 1IJJA 4CGFA 3OBYA 3LP2A 3KJVA 4B8CA 2E2NA 3K0SA 4CECA 4M63C 1WBBA 3VEZA 4B3TK 5KGXA 1ZBSA 4E1MA 1M1KO 5HP1A 1C1BA 4LD0A 2RE2A 3AVKA 3WNGA 4OPAA 1HNZK 1BCOA 1EETA 4XH1A 2XRIA 1NK8A 1OH5A 3AO5A 4RW9A 2HHWA 3ZT3A 3ZYYX 5AZJB 4JKDA 1SAZA 4Y1DA 1VRTA 2YHBA 1JLAA 5AQHA 4CJVA 4B3RK 3CCSN 4DSJA 3KIOA 3OHRA 3SBGA 1WB9A 5BR8K 1EWQA 1OVQA 4R5PA 4C8KA 3TANA 2D0BA 4EFHA 4CF2A 4TSXA 1S22A 5ADXA 4YDUA 1VQ6N 4DR2K 2AP1A 4AHCA 2DFHA 5IT9O 5C15A 1SKRA 3VA3A 4ILGB 3BY5A 4C8OA 1J9AA 3K5NA 3R8EA 1NJIO 3QICA 4PKIA 1WAJA 4FXDA 5C10A 3VEOA 4CEZA 1CLQA 4DTJA 4MO5A 2CH6A 1VSMA 3C0BA 4EP5A 4M3TA 3OS1A 2ZE2A 2Y1JA 3U9DA 4L3QA 1RT2A 5ELZA 1BI4A 3KLEA 4E7IA 4BY9C 2WC9A 1BQNA 1T6DA 1B92A 1C0TA 2RN2A 4CJQA 2P9KA 4DQPA 1TYQB 2QM1A 1T7PA 4JK9A 1NJWA 3K9KA 4DTRA 2CH5A 4CJ7A 5AZIA 4KV8A 4O4GA 3T69A 3HT3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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