2Z1IA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k/q113r/q115k)
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1iA00
4FJKA 2PYJA 2VWKA 4E1MA 3LZIA 4Y1DA 3OYHA 2ZD1A 1S1TA 2EHGA 2BE2A 3C95A 3VQ4A 3THVA 1UAXA 3DRPA 4B9VA 2Y1JA 2RF2A 4O0JA 3KTQA 2OYQA 3KLIA 4M45A 1BISA 4M3RA 4DG1A 3V1QA 2DFFA 3K5LA 3SYZA 4CERA 1HNIA 3D45A 4GMJB 2BGGA 5C42A 5FROA 3QIOA 4CJRA 1TGOA 4OPJA 1Z25A 4F2SA 3QINA 4E89A 2LSNA 3DOKA 4E7JA 2P51A 3HPHA 5CZ1A 4CJSA 2HW3A 2OZSA 1JXBA 1JLCA 2P1JA 1NJYA 4I2PA 4C8MA 1RDAA 4ID5A 4CGIA 3MAQA 3QEVA 4CK2A 2G8WA 3CM5A 4OJRA 4CHZA 5I42A 4HCCA 3AO3A 3C6TA 3LANA 4TSXA 3VQEA 3VQ9A 4CK3A 1RT6A 1C0UA 4DU1A 1LWFA 5SWMA 5HRNA 4FJXA 3OYEA 1B92A 2GBZA 1SKRA 1NK5A 1ZBHA 3L3UA 5J1EA 3SNNA 3HVRA 4H4OA 4DLEA 1QSLA 1KTQA 2HVHA 5KGXA 4DFMA 3QEXA 4FJLA 4Z4IA 1WN7A 4KI4A 2YHBA 3T19A 4ELUA 1JLEA 1T7PA 4Z4HA 3V9ZA 4CHNA 3CQ8A 1CXQA 5HP1A 1U49A 3QO9A 3OJSA 1C0TA 2D0BA 3DOLA 3KK2A 4BDYA 1S1XA 2I5JA 3BGRA 3JYTA 1KVAA 4B9TA 4CEDA 3SUQA 3S3MA 3VQ6A 2FBXA 4M3ZA 1RT5A 4XIUA 1VSEA 3OYBA 2XHBA 1B9DA 4FW1A 3P83D 4J2DA 3T1AA 2O4IA 4BDZA 4CJLA 3TANA 1T8EA 1NKEA 2PYLA 3HK2A 3NH2A 4OPKA 2HNZA 3LWMA 3ZT3A 4FJJA 4AHVA 3HYFA 4FLVA 2E6LA 4NYNA 5D3GA 4UQGA 3HT3A 3PX6A 3KJVA 1YVUA 2FBTA 1QSSA 1X1PA 4B9SA 2RKIA 4J2EA 2YKNA 4W5QA 1EXQA 1VSKA 3NCIA 3LDSA 4DQQA 2FBVA 4AHCA 3NHGA 3LPUA 2OPSA 4I9QA 1LAWA 2HHSA 3K2PA 3SZ2A 4CJEA 1RDDA 2Q3SA 4DQPA 3NGZA 4ID1A 3AVKA 3K5MA 3IS9A 3ZT4A 1NK6A 3K5OA 5K14A 4KHSA 1TK0A 4CFCA 2GUIA 1DLOA 4Z4CA 3QETA 2F96A 3MEGA 4LH5A 1B9FA 1FKOA 4AHUA 3OYKA 3S3NA 4KTQA 4B9MA 4FJNA 2VG7A 3L3VA 3WNHA 4ZTFA 4KB0A 3RR7A 2JLEA 3PO4A 4DSEA 3KLEA 4KHNA 1X9WA 3G10A 4QAGA 4FCYA 4DLGA 4DSFA 1CLQA 4CHOA 2YKMA 3AA5X 3OVNA 3SPZA 1U45A 4N41A 3KIOA 3IAYA 4J2BA 1J54A 2E4LA 3L2VA 1CXUA 4CFAA 3V9UA 3AVIA 3OS0A 3QERA 1D8YA 3M8QA 3TR8A 1TKDA 4M3WA 4M3YA 1YTUA 2ZE2A 4G1QA 4CF8A 1UA1A 3WNEA 5J2NA 4PY5A 3OYNA 1RBSA 3RTVA 3KKSA 4FJ5A 3CFPA 1RILA 4ZHRA 1QHTA 3NH1A 4E3SA 3SV4A 4DTRA 3P1GA 2OA8A 2KW4A 3HM9A 4FLYA 4DQSA 3EY1A 3TWHA 3MEDA 1C1CA 2F8TA 1RT3A 2KTQA 5KTQA 3SQ4A 1JLAA 3V1OA 3SUOA 1NJWA 4CFDA 1S9GA 3OYFA 1KRPA 4F8RA 1RBTA 2Z1HA 4J2AA 3AO4A 4FLZA 3NF8A 1YT3A 3U6FA 3SQ1A 1VSJA 4CJ4A 4IDKA 2O4GA 1X9SA 1ASWA 5HRSA 1I3AA 3V9XA 3H08A 4W5OA 1HQUA 4B08A 1LWEA 1O1WA 3VN5A 4K8ZA 1JKHA 3CG7A 3O3HA 1I39A 4CGFA 4MFBA 1NK4A 3K58A 4Q0BA 1EX4A 2DFEA 3RMBA 2ZQBA 4KTZA 1ASUA 4CF1A 3NAEA 2OZMA 4KPYA 1BQMA 1BIZA 4FJIA 3NFAA 4HCBA 1KCFA 1IKVA 4E7LA 3VQ7A 1EP4A 4JRQA 4Z4GA 3DLRA 4OKJA 3DI6A 4ICLA 3OYAA 3SI6A 4LSNA 2KFNA 1W0HA 3DM2A 1MU2A 1T05A 3UIQA 2Y1IA 4I2QA 2B6AA 1G15A 2XRIA 4KFBA 1VRTA 4LY7A 1ZBIA 4W5NA 3K5NA 3TAEA 4O55A 1J53A 1HJRA 4OGEA 4E7HA 2YV0X 3TAGA 1XHZA 1TL3A 1L3VA 2PZSA 2DY4A 4JS4A 3DLGA 5I3UA 4IFVA 4HHTA 3AVNA 5CY4A 1LAVA 4ELTA 2XY5A 4HTUA 1WAJA 4M3TA 4CGHA 3HPGA 3I0RA 4KHWA 4F4KA 5FRNA 1TKXA 3D0PA 3DRRA 3PO5A 1VK0A 4PQUA 4KREA 3WNFA 1BI4A 1QQCA 1VSFA 1ZBUA 2G8VA 4I9LA 1HYSA 5J2PA 2X6SA 3M8RA 3NF6A 1LW2A 2D0AA 1TKTA 4B8AB 3SQ2A 3B6OA 1RTDA 4OLAA 3CFOA 2B5JA 3HPOA 3U3GA 5HRPA 4DU3A 3SPYA 1U47A 4C8KA 1C1BA 5HLFA 3ZSQA 4FLTA 1TK5A 3VA0A 1HYZA 1UWBA 4KV8A 5J2MA 3NH0A 3TAQA 4FLXA 2JGUA 4RW9A 3VA3A 1Q8IA 2HB5A 4BE1A 1UOCA 2YNIA 4CCHA 4BE0A 4OKEA 2RPIA 4CEAA 4JRPA 1XHXA 5C24A 2RN2A 3AV9A 5SZTA 3QNOA 4ELVA 4CEBA 4M3XA 2OPPA 3VQBA 2BDPA 1HRHA 2IC3A 4CJPA 1KFDA 4BE2A 5DK5A 3AVCA 3RWUA 3EYZA 4W5RA 4JS5A 1CZBA 4CHQA 4N56A 4DF4A 4E0DA 4DU4A 3K57A 2IAJA 3EZ5A 3QIPA 3T3FA 3RRHA 4CGDA 1SL0A 2G8HA 3ISNC 4CGJA 4CJ3A 4R5PA 3SQ0A 5JS2A 4IBNA 4DFJA 3RRGA 4CESA 3MXJA 1HQEA 2WOMA 2A1RA 3A2FA 3K59A 2IDOA 3AO2A 1XI1A 3V81A 1TL1A 4IFYA 4CHPA 3LPTA 1GOAA 3HSTB 1BHLA 3ZSYA 3ZT0A 1RBRA 1BL3A 3QLHA 3VQQA 3DLHA 4FZZA 4IG0A 4FLUA 4DQRA 3ZSWA 2QXFA 3AVMA 1QS4A 1IH7A 3TI0A 4BDPA 2NUBA 4M42A 3M8SA 3L2QA 1VSMA 3SV3A 4NCAA 2OPQA 5C25A 1U4BA 5KRSA 4FLWA 3KKRA 4F3OA 1SKSA 1JLGA 3KLHA 1JLBA 3ZSVA 3TAMA 4CJ5A 3OYLA 4FJMA 1NJZA 4O4GA 1L3TA 5HRRA 2VG6A 3LALA 4CF0A 4CF9A 1JXEA 1GOCA 1HPZA 3ALYA 1C6VA 2YNHA 1WSGA 3DMJA 2HHXA 3NGIA 1WNSA 4DTUA 4FJ9A 1Y97A 5KRTA 2D0CA 4M41A 1WAFA 3ZSRA 4DTXA 4FM2A 5FDLA 4CECA 4AHRA 2IOCA 4DS4A 2R7YA 4DTJA 3LP1A 1DTTA 1RBVA 1JL1A 1KSPA 3QESA 3B6PA 4CIEA 1NK0A 3QEIA 1K6YA 4O5BA 1TKZA 4OVLA 4B9NA 2KQ2A 4F2RA 4O44A 4CJUA 4RW8A 4QCLA 3VQDA 2HHTA 1WSIA 5CYQA 2HHVA 3AA2A 3AO1A 3AVFA 3QEWA 3SJJA 3AVJA 2X6NA 2HMIA 1NOZA 2DFHA 4BWJA 2XY6A 4ZTJA 4FZYA 1TVRA 1S6PA 3L2UA 1EETA 2VG5A 4CJKA 3KK1A 4GVMA 3PX0A 2FC0A 1NKBA 2AJQA 1DTQA 3OYGA 1FK9A 4L8RB 4QOZB 1LW0A 4N47A 2KZMA 1ITGA 3HO1A 3CFRA 1F21A 4E7IA 3C94A 4F3TA 2G8IA 3PV8A 1VSHA 4CEFA 2Z1GA 2VWJA 3O4QA 5E41A 1NJXA 3NF7A 1A5WA 3OYCA 2F8SA 1W9HA 1QTMA 3V9WA 3BDPA 4K8XA 1SV5A 1IKXA 1RT1A 3OJUA 1ASVA 4NCGA 4C8NA 2G8FA 4C8OA 3AVGA 4KI6A 1RTIA 3LWLA 1WSHA 1YTAA 5CYMA 4DTPA 4KRFA 5KI6A 3O4NA 1RT4A 4O0IA 1XC9A 4LSLA 1KVBA 1WSJA 4KTWA 4CF2A 4DTSA 3ASMA 4WE1A 3RR8A 4HVJA 1FXXA 3HVTA 1Q9XA 4AHTA 3KD1E 1J9AA 4CEOA 4B8CA 2ATQA 1RT7A 1IO2A 3ZCMA 1RCHA 2YNFA 3CM6A 3M8PA 4KHQA 2E6MA 4HUFA 4DS5A 3I0SA 4AH9A 3MXIA 1L3SA 1KFSA 2GV9A 4KAZA 3LAKA 3WNGA 3AA4A 3KD5E 4DSIA 1Z26A 4EP4A 4E7KA 1JLFA 1ZBFA 2XO7A 3G0ZA 2YNGA 3L8BA 1R0AA 4HUGA 2A1SA 4RW4A 4DTNA 1CZ9A 3F9KA 3VQAA 3OYIA 4PWDA 3AO5A 3OY9A 4OGCA 4Z4FA 1RNHA 4I7FA 5KGWA 2QK9A 1TV6A 5T7BA 2X74A 3LP0A 4AHSA 3KLFA 2WONA 2HNYA 3DYAA 1HMVA 4GW6A 1L5UA 4B9UA 3AVBA 4DSKA 4CIFA 4JLHA 3V4IA 3FFIA 2YHAA 3L2RA 1TK8A 1LV5A 3TARA 1WSFA 4HUEA 1KVCA 3QEPA 1RBUA 3LP3A 1BCMA 1C0MA 4RW6A 1S1VA 4Z0UA 1WSEA 1S9EA 5HBMA 2X78A 3ZT1A 1FKPA 1BQNA 3MEEA 1SL2A 1Q9YA 1SKWA 3PY8A 1T03A 1RT2A 1L3UA 1QSYA 3PX4A 1BGXT 1A5VA 4Q5VA 3SCXA 2G8KA 2QKKA 2KZZA 3ZT2A 5EU7A 4DQIA 1C1AA 3TABA 3RMAA 3OS2A 4CFBA 4FJGA 4PA1A 3AVHA 3CYMA 3JSMA 2W42A 5FRMA 3AVLA 1RDBA 4FK0A 4FVMA 4OLBA 4LD0A 1X9MA 3S3OA 1IKYA 1TAUA 3OYJA 2HNDA 2QKBA 1SUQA 3VQPA 1NK9A 1KLNA 4YNQA 3QNNA 2PY5A 1NOYA 2DTUA 2ETJA 2EX3A 3MXMA 3LAMA 1HNVA 2IS3A 4FK2A 3HP6A 3F73A 5HROA 4CEQA 4BWMA 4DTMA 1N6QA 3DLBA 3ITHA 1JL2A 4EP5A 3AA3A 4CHYA 4FM1A 3HJFA 3I8DA 3NDKA 4FXDA 3RMDA 4DWIA 1S5JA 4DSLA 1IG9A 4CJTA 1ZBLA 1RTJA 3L2WA 3VQ8A 3P5JA 4DTOA 4DFKA 2Z1IA 2XY7A 3O3GA 3OYDA 4YFUA 5J2QA 4CJVA 4DF8A 4CEZA 3IG1A 1VSDA 3NGYA 4H8KA 4N5SA 1U04A 2HVIA 4FK4A 1GOBA 1U48A 3DLEA 3DLKA 4Z4EA 3V1RA 3RMCA 4C8LA 2HHUA 5JS1A 1WLJA 3V6DA 4N76A 1J5OA 4AILC 4PUOA 2FBYA 4KHUA 2P5GA 3TAFA 4EZ9A 2P5OA 3KK3A 1NK8A 4CK1A 1REVA 4H4MA 3ZSOA 4W5TA 4FM0A 3LZJA 1UA0A 1N5YA 3E01A 3TAPA 4B9LA 1IKWA 2IGIA 3NF9A 1VSIA 1EKEA 1RDCA 3ZSZA 3OS1A 3NBPA 4CE9A 4CJFA 3SUPA 4KHYA 1D9DA 4DSJA 3C6UA 4IG3A 2HHWA 1A5XA 2HHQA 2KFZA 4EZ6A 2D5RA 1BCOA 4FJ8A 1HYVA 3MECA 2XY8A 2Z1JA 4CJQA 1D5AA 3OYMA 1D9FA 1S1WA 4FZXC 3IRXA 2OPRA 4CIGA 3S9HA 1SL1A 1RTHA 4BACA 4NYFA 4MQ3A 3VQCA 4FW2A 4LH4A 4OKKA 4DMNA 3DRSA 5DMRA 3O3FA 4B3OA 1VSLA 1XWLA 1VRUA 2BANA 4E19A 3KLGA 4FYDA 1S6QA 3HXMA 1BI4B 3HL8A 1LWCA 1TAQA 2G8UA 2ITGA 4FJHA 4CGGA 4KKOA 3PUFA 3U3YA 4FJ7A 4M3UA 3SUNA 4KO0A 4DFPA 1JLQA 4KB1A 3HP9A 1QE1A 3LP2A 1S1UA 4CJWA 3VQ5A 3V9SA 1BIUA 4RG8A 4IKFA 4E1NA 3NE6A 5CZ2A 1ZYQA 4CEEA 3ULDA 3AVAA 2B4JA 1NK7A 4NCBA 3ZSXA 4RW7A 1KLMA 4Y1CA 1NKCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VWKA 2EHGA 3ZETA 3N4PA 3KTQA 1QQOA 4M3RA 3SYZA 2BGGA 1HNIA 5C42A 4FWKA 1Z25A 4E7JA 4FPBA 2OANA 5C0YA 4CJSA 2HW3A 1JXBA 1JLCA 2P1JA 4OO1J 1ESVA 4NLBA 4CD1A 3C6TA 4IOXA 4CK3A 1C0UA 5HRNA 3OYEA 1B92A 3HM8A 5M1FA 3L3UA 3MN9A 4K43A 4EIAA 1NBWA 2HVHA 1CXQA 1U49A 3QO9A 3VA0A 1C0TA 3DOLA 2I5JA 3JYTA 1KVAA 2HOEA 3THWB 2FBXA 4X66K 4XIUA 5JMVA 2XHBA 3T1AA 4BDZA 4CJLA 3TANA 2CGLA 2HNZA 3ZT3A 4FLVA 1V4TA 2E6LA 1NNEA 4B9SA 4J2EA 1EXQA 1VSKA 3MCAB 3NCIA 4DQQA 1QVGM 2FBVA 4B1XB 5ADXA 2OTLN 4I9QA 3ULEA 3SZ2A 4DQPA 2Q0UA 1VQ7N 4JK8A 3QETA 4BRHA 4LH5A 1B9FA 4KTQA 4B9MA 4AM6A 2JLEA 4FL9A 3PO4A 4DSEA 4KHNA 1X9WA 3OBWA 3CPEA 2YKMA 4PKHA 3C7NB 3SPZA 1U45A 2E4LA 4WYBA 3O9UA 4M3WA 4JEPA 1UA1A 3WNEA 4QS9A 2YX6A 2F9WA 3CFPA 1RILA 2KW4A 1NMDA 4FLYA 1YJWN 3M5RA 1Z05A 5KTQA 4B3MK 1JLAA 3FR0A 1KRPA 3H3OB 3R9PA 1VSJA 2Q2RA 1BA0A 1X9SA 3V9XA 3H08A 1VQ5N 3EN9A 5KPRA 1HQUA 3CCUN 1O1WA 2O8FB 2QW9A 2NRHA 3O3HA 4XH1A 3DAWA 1YHQN 4KTZA 1ASUA 1E4GT 3SMPA 1BQMA 3VTIA 3KK7A 4HCBA 5ELZA 4DV0K 3SAFA 4MDAA 3UIQA 4I2QA 1G15A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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