2Z1JA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k/q113r/q115k/n143k/t145k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMKPKLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1jA00
3OYMA 4FJXA 4CJTA 3VQQA 4KI6A 1L3UA 4E7LA 1RT5A 2OPPA 2B6AA 3AVIA 1ZYQA 4N5SA 2OPQA 1RDDA 4CK2A 3DOKA 3L2WA 1KVBA 1YTUA 3MECA 1BIUA 3P83D 4EZ6A 4FM1A 2F96A 3VN5A 3DLHA 4B3OA 3BDPA 4I7FA 1LWCA 2FC0A 4JLHA 2HHUA 3O4QA 4FM0A 4DSFA 1KFDA 4OJRA 3QETA 1SL2A 2PYJA 2ETJA 3SV4A 3L2UA 3QERA 1KLMA 4F3TA 3F9KA 1U4BA 1IKXA 3KTQA 3HPOA 4GVMA 4K8XA 3NH1A 1U45A 4N76A 4W5TA 4OGCA 4AHVA 2XRIA 3O3FA 2HHXA 2X74A 4DS4A 4DTOA 1VSJA 1NK9A 4KHYA 4FXDA 3L3UA 4CEQA 2Z1JA 4KHNA 2I5JA 4KB0A 1MU2A 4W5QA 4FM2A 2Y1JA 4AHUA 2P5GA 3OS2A 3SNNA 3DRRA 4HCCA 2X6NA 4O55A 4Z4GA 3AVBA 2JGUA 1JL1A 2BGGA 3K5MA 1HQUA 1RTDA 2ITGA 4LH5A 4CEEA 2ATQA 4CJLA 3ALYA 1BGXT 1ZBLA 2PY5A 1FXXA 2YNHA 3OYNA 1RILA 1CLQA 2RPIA 1RNHA 3DLRA 3AVKA 5DK5A 4CEOA 4DTUA 1SV5A 1D8YA 3OS1A 4F2SA 4FJ7A 1TK8A 1IKYA 4CEDA 4CGFA 4I2PA 2OPSA 3CG7A 1JLFA 1WSHA 1XWLA 4JS4A 4AILC 3ISNC 3LDSA 3U3YA 2P5OA 3S3OA 1UOCA 3AVMA 1RT4A 4OPKA 1LAWA 3VQCA 1KRPA 3OYAA 1WNSA 2X6SA 3JYTA 5JS2A 1WSEA 4MFBA 1TAQA 4OVLA 2IC3A 5SWMA 1KVCA 1TL3A 3WNFA 3KLFA 4CFAA 1BI4A 4FJ5A 3SJJA 4RW9A 4CF0A 4ELVA 1J54A 4BE0A 4FK2A 2VG6A 1C0MA 1RT6A 1CXQA 1QHTA 2B5JA 2DFFA 3T19A 5KRSA 3OYLA 4FLZA 3ZSRA 1W9HA 1RBTA 4NCAA 4CGGA 1NK0A 5T7BA 3SPYA 4M3ZA 4KREA 3TR8A 1UAXA 1VK0A 4EP5A 3L3VA 1ASWA 4DFKA 4RG8A 4CJEA 3TARA 4E7JA 4HUFA 1NK6A 4ID1A 4KKOA 1GOAA 1GOCA 4CE9A 1LW2A 4BDYA 3TAQA 4I9QA 3LAMA 3ZCMA 1IH7A 4KV8A 1G15A 2RN2A 1YTAA 2P1JA 3P1GA 4FVMA 1J53A 4AH9A 4I2QA 1T8EA 3AVLA 2GV9A 3NF7A 3HYFA 1JL2A 4BDPA 4FJHA 1TAUA 3K5OA 3NE6A 3F73A 4CEZA 1RTJA 3NDKA 3ZT4A 3OYKA 1VRTA 3DMJA 3I0RA 4LH4A 3OYBA 4DQRA 4FJ8A 3LP2A 1DTQA 4CGIA 3OYFA 1QSSA 2FBTA 1S1UA 4FYDA 3RTVA 3C95A 3CYMA 1U47A 4KHQA 2BE2A 4HHTA 4BWJA 1FK9A 3L2QA 3RMBA 3KJVA 3S9HA 1Y97A 2E6LA 1RBRA 3CM5A 1NKCA 3TAMA 4UQGA 4CF8A 2KZZA 1RDCA 1RDAA 4CJUA 4FLWA 3PX4A 4EZ9A 3OVNA 1T05A 4QOZB 4CGDA 3ULDA 3SQ2A 4G1QA 1NOYA 5E41A 1W0HA 2LSNA 4DTJA 4Z4IA 3L2VA 4KI4A 1YT3A 3TAGA 1TK5A 2XHBA 4CF9A 1JKHA 3LWMA 1JLCA 3VQPA 4C8OA 3VQ7A 2XY6A 1BHLA 2JLEA 1I39A 3G10A 4KFBA 4ID5A 3ZSXA 5CYQA 1CZBA 4AHRA 5I42A 3RR8A 2B4JA 3V4IA 2D5RA 3RMAA 1C6VA 4N41A 4H8KA 2HHWA 4YNQA 3TANA 4Y1CA 4FK4A 2DFEA 4GMJB 5J2QA 3VQ8A 2G8VA 1K6YA 5J2NA 4KHWA 2WOMA 4H4OA 1JLAA 4CFDA 4BWMA 3MEGA 2P51A 4EP4A 4KO0A 4CJ5A 4OKEA 1WSJA 1NJWA 2PZSA 1B92A 1TVRA 3ASMA 3SV3A 1TKZA 1LW0A 3DLEA 1TK0A 4OKJA 5FRNA 3V9UA 3SQ1A 3KLEA 1A5WA 2IDOA 1S1WA 4L8RB 4B08A 3KK1A 3V9SA 3AO5A 2RF2A 3D0PA 3LAKA 3LZIA 4CJWA 2Y1IA 3AA3A 3MXJA 1QQCA 1EXQA 4DTXA 3KD5E 4B9LA 1LAVA 4FLXA 4DTPA 3C6UA 3QIOA 5DMRA 3QEXA 1ASVA 3THVA 1VSIA 1NJXA 4B9SA 4DTNA 4Y1DA 2A1RA 4J2DA 4O5BA 3QNOA 3NBPA 1CXUA 3MXIA 4KB1A 1HYZA 1QSLA 2IS3A 3E01A 4J2EA 3IG1A 4DLEA 2GUIA 4DG1A 1NK7A 1X9MA 4O0JA 1U49A 4ELUA 4CJ4A 5J1EA 4E7IA 3U6FA 5I3UA 2HHVA 1RT3A 4DQPA 3AVHA 1YVUA 3KLIA 4Z4CA 4DSKA 1T7PA 4FJLA 1JLBA 2HW3A 4DQQA 3VQDA 1REVA 1S1XA 1BIZA 2QKBA 1S6PA 3KKSA 3V6DA 1RT1A 3KD1E 3DRPA 2QXFA 3M8SA 3ZT0A 1R0AA 5HP1A 4DSEA 3HP9A 2FBVA 4F2RA 1WSGA 3HVTA 3CM6A 4NCBA 1S9EA 2GBZA 5JS1A 3M8QA 2IGIA 2X78A 1XHZA 3SCXA 3DLBA 4DFPA 2YKMA 3KK3A 2OA8A 2VWJA 4DS5A 1NOZA 5C25A 1WLJA 4IG0A 1TL1A 4DF8A 1HJRA 1VSMA 1JLEA 1IG9A 4AHCA 2F8TA 3SUNA 1CZ9A 3NF8A 4W5OA 2OYQA 4DQIA 1FKOA 4Z4FA 1Z25A 5HRRA 1XI1A 4DLGA 1Q8IA 3LALA 3AVJA 3ZSZA 1HYVA 4M45A 3VQ5A 5KRTA 3L8BA 4CECA 1UA1A 4AHTA 5C24A 1VSEA 3PV8A 2FBXA 4FW2A 1WN7A 3DYAA 2HHQA 1VSDA 1X9WA 4FZXC 4YFUA 3K58A 4LSLA 3KLHA 1L3TA 4FK0A 4N56A 4DTSA 4BACA 2YHBA 5CY4A 1I3AA 2KQ2A 4CHPA 4FZYA 2ZD1A 3LP0A 4DU4A 3DM2A 4C8MA 3TABA 1SL1A 1HMVA 3NF9A 1S1VA 3LP1A 3K5LA 3V9ZA 2DY4A 3VQ4A 2Q3SA 3SUPA 4B9MA 3ZSOA 4MQ3A 4QAGA 3ZSYA 3RRGA 4J2BA 1ASUA 2D0CA 3AVAA 4RW8A 4CJSA 4K8ZA 4E89A 3HM9A 4PQUA 1JXEA 2EHGA 4WE1A 3ZT1A 3AVFA 3K2PA 4PA1A 2FBYA 5KGWA 3CQ8A 4CEFA 4DTRA 3TWHA 1LWFA 2G8WA 4F8RA 4RW4A 1KTQA 4LSNA 4CHZA 4CHQA 4PUOA 5D3GA 4LY7A 3RRHA 3RMCA 4ZTFA 4B9TA 2OZSA 2QK9A 4JRPA 3LPUA 1VSLA 3SI6A 4FLUA 3VQ9A 1ZBHA 1S5JA 1C1AA 3VQ6A 1TV6A 1Z26A 2ZE2A 3AVCA 3V9XA 3TAPA 3IAYA 4CJ3A 4BE2A 4DU3A 1F21A 1BCMA 4CJFA 2G8UA 4B9VA 3QESA 3CFOA 1NK4A 3AO3A 1BL3A 3IRXA 4HUGA 1B9DA 4KAZA 1WSFA 2A1SA 4QCLA 2O4IA 4IFYA 2OZMA 1RBVA 5KGXA 3QEWA 4ZTJA 3NGYA 3TAFA 4M3RA 3V1OA 1HPZA 3NAEA 2RKIA 4O44A 2HNZA 1RBSA 2VWKA 3QLHA 3VQAA 3V1RA 4CIGA 3DLKA 1SUQA 5J2PA 5EU7A 1HQEA 4E1MA 3LP3A 3K57A 1S6QA 1NJYA 5HBMA 1KLNA 3C94A 4E7KA 4CGHA 2PYLA 4IG3A 5HRPA 4M3XA 4ELTA 3HL8A 3RR7A 1UWBA 1HNVA 3EY1A 3HT3A 4JRQA 3MXMA 4DSIA 4CEAA 4CEBA 1Q9XA 4BE1A 3PX0A 1KSPA 3HSTB 3ZT2A 3AVGA 1KVAA 3AA2A 3LANA 4Z4HA 3KIOA 4CHOA 3S3MA 3ZT3A 4F3OA 3SPZA 1VRUA 3IS9A 4RW7A 4Z0UA 1HYSA 3AO1A 1N6QA 4OGEA 1IKWA 4C8NA 4DMNA 3K59A 1JLGA 3SZ2A 2YNIA 4W5RA 3LPTA 3JSMA 3CFRA 3RMDA 1TKTA 3AO4A 3QNNA 3HXMA 4FW1A 4KTZA 4O0IA 3SYZA 1TGOA 2HHSA 3TI0A 3O4NA 1C0TA 4OPJA 4FLTA 4DFJA 4DSLA 4KTQA 4FZZA 3MAQA 2HMIA 5HRNA 3NCIA 1ZBFA 2EX3A 2Z1HA 3PO4A 1S9GA 2Z1IA 5C42A 3O3GA 1RDBA 3VA3A 5HLFA 2YNGA 1JXBA 3OYGA 3U3GA 3OYCA 1J9AA 3NGIA 4M3TA 1WAFA 3FFIA 4CIFA 5KTQA 1EETA 1WSIA 3S3NA 5FDLA 2HNYA 4PY5A 2DTUA 3K5NA 3SUOA 4CCHA 4CIEA 1Q9YA 4M3YA 1A5VA 3B6OA 4H4MA 4FJJA 2WONA 3V1QA 4B8CA 1NK8A 2D0AA 4DWIA 3OYEA 1LWEA 4OLBA 3PX6A 4Z4EA 2XO7A 1T03A 2D0BA 4GW6A 4KRFA 5HRSA 3LWLA 1VSFA 2YV0X 4JS5A 3UIQA 3I0SA 4Q5VA 3AVNA 4CK3A 4E7HA 4M42A 4E3SA 4TSXA 2YNFA 1UA0A 4NCGA 3ZSQA 4CGJA 4XIUA 3SQ4A 1QSYA 3ZSVA 1HRHA 3G0ZA 4NYNA 4CHYA 4OLAA 4ZHRA 4F4KA 5CZ2A 3HVRA 3QIPA 4IFVA 4DTMA 1SKWA 1ZBIA 4FJMA 3KLGA 5KI6A 2Z1GA 2F8SA 3OYIA 4KPYA 4LD0A 2HB5A 2O4GA 2VG7A 3BGRA 3QO9A 2IOCA 4IDKA 3VA0A 4DF4A 1L3SA 1B9FA 2OPRA 4R5PA 3MEDA 4FJKA 1D9DA 3L2RA 4FJGA 1L3VA 1EKEA 2VG5A 3O3HA 1RBUA 1BCOA 2IAJA 2G8IA 2KZMA 2G8KA 3ITHA 2XY7A 3A2FA 5CZ1A 4DFMA 3WNHA 1QTMA 1D9FA 1VSHA 4OKKA 3QEPA 1C1CA 3C6TA 3AV9A 1A5XA 3AA5X 1SKSA 4FJIA 1RCHA 2HHTA 1VSKA 4O4GA 1NK5A 1BI4B 1RT2A 2E6MA 2R7YA 2KTQA 3V81A 4FLVA 2G8FA 4HCBA 2ZQBA 1FKPA 1HNIA 1J5OA 2HVIA 3M8PA 2AJQA 1NKBA 4CERA 3NH2A 3NGZA 1IKVA 3CFPA 4DSJA 3P5JA 1WAJA 3PUFA 3EZ5A 3B6PA 3NFAA 1N5YA 2BANA 4CJQA 4ICLA 3HO1A 2XY8A 3AO2A 1GOBA 3SUQA 3HK2A 5K14A 4E0DA 3WNGA 3KKRA 3EYZA 2KW4A 3QEIA 4I9LA 3OJUA 3HJFA 4NYFA 3T1AA 5HROA 3RWUA 3TAEA 3LZJA 2XY5A 3H08A 4E19A 4IKFA 4FJNA 4BDZA 2NUBA 3WNEA 4KHSA 1QS4A 4CJKA 1BQMA 3OS0A 4HTUA 1EX4A 3OJSA 1SL0A 4FJ9A 3OYJA 4J2AA 3SQ0A 2YKNA 3DRSA 3PY8A 1BQNA 1LV5A 3VQBA 4CESA 4B8AB 4CJPA 3AA4A 3M8RA 3NHGA 4Q0BA 1BISA 2QKKA 1ZBUA 1D5AA 1DTTA 1XHXA 2E4LA 3HPHA 4KTWA 5J2MA 4KHUA 3KK2A 1RTHA 1TKDA 5SZTA 4CHNA 2G8HA 2DFHA 4M3UA 5CYMA 3ZSWA 1O1WA 1EP4A 1XC9A 3T3FA 3DOLA 3PO5A 1NJZA 2KFZA 1S1TA 4CK1A 4HVJA 1JLQA 1X1PA 1U04A 1C1BA 4CFCA 4CJRA 3NH0A 3I8DA 4HUEA 4C8KA 5FROA 3V9WA 5FRMA 4E1NA 1TKXA 4DQSA 1KFSA 1RTIA 4W5NA 4RW6A 1U48A 1DLOA 4FLYA 1SKRA 2KFNA 4AHSA 1QE1A 3HP6A 1L5UA 1X9SA 3OY9A 4FCYA 4B9UA 3DLGA 4CJVA 2BDPA 4N47A 2W42A 3HPGA 2HNDA 4M3WA 4B9NA 2HVHA 3DI6A 2YHAA 3QINA 4CF2A 1RT7A 4PWDA 1KCFA 3OYDA 4M41A 4C8LA 4CF1A 3QEVA 1NKEA 3VQEA 4CFBA 3OYHA 1IO2A 1ITGA 4IBNA 1C0UA 3D45A 4DU1A 3MEEA 3NF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYMA 5F0XA 3FZLA 1J5EK 4H5TA 4E7LA 3DAWA 3AVIA 3DOKA 3MECA 1VQ6N 1BIUA 3DLHA 3KWGA 5HL7L 2PYJA 1K73O 3CQYA 4F3TA 1IKXA 4GVMA 5GADP 2XRIA 2X74A 4KH6A 4YOTA 4AM7A 4KHYA 4FO0A 4KB0A 4FM2A 3OS2A 4HCCA 4IFEA 1JL1A 1NMNA 3MWTA 1IG8A 3EE9A 5CE3A 2ITGA 4CJLA 2ATQA 1BGXT 1NGAA 3OYNA 1RILA 3UKRB 3OTOK 4DTUA 5DK5A 4MDAA 1SV5A 3J7YP 4FJ7A 3CG7A 1JLFA 4JS4A 4EHTA 2P5OA 1UOCA 4OPKA 1OH6A 4JAXA 5H1SQ 2V51B 1RFQA 3SJJA 4RW9A 4KH5A 4FK2A 1NK7A 1HYSA 1QHTA 5AQYA 3O4WA 4FLZA 2NNWA 4IO8A 5AQKA 1XMOK 1ASWA 4RG8A 4CJEA 3FR0A 4WYBA 4CE9A 4BDYA 3CC2N 4KV8A 3F5TA 1YTAA 1YIJN 3AVLA 2GV9A 1TAUA 5ADXH 3CPWM 3K5OA 3NE6A 3T1HK 2WC9A 3T1YK 3THXA 1ZBSA 3CYMA 1U47A 3OBWA 2YI1A 3CJBA 3CM5A 4B1YB 4CF8A 5M1QA 3QBWA 4CJUA 3PX4A 4EZ9A 4JD2B 4DR2K 4QOZB 3DJCA 4CI6A 2FLOA 4G1QA 3O5BA 2Q2RA 1YT3A 3P31A 1TK5A 4CZLA 4BRMA 1JLCA 1BHLA 2JLEA 1I39A 4KFBA 3CMEN 3MCPA 3RVCA 4ID5A 4AHRA 5CYQA 2ASMA 3CJ9A 1KC8O 3CJ7A 1WB9A 3MDQA 4FWKA 4ILGB 4BG9A 4FK4A 4GMJB 4IEEA 1QQNA 3VQ8A 5AZIA 4BRLA 1K6YA 2E2PA 1JLAA 4GKKK 4BWMA 2P51A 4KO0A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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