2Z1JA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k/q113r/q115k/n143k/t145k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMKPKLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1jA00
1RDBA 4RW7A 1JLBA 3IG1A 3OJSA 2XRIA 3AVMA 3KLFA 3HJFA 4CHNA 4KHSA 2HMIA 1LWEA 2BANA 1ITGA 1KFDA 3K2PA 4O55A 5KTQA 4FLTA 2HHQA 4KI4A 3NDKA 4G1QA 4CHZA 2QKKA 4FLZA 2FC0A 2XO7A 4CEFA 1LAVA 1VSEA 2OA8A 1S9GA 2JGUA 3NHGA 3MECA 4IFYA 4EP4A 1KLMA 1BQNA 1NK0A 3SUQA 1FXXA 1S1UA 2OPQA 2G8UA 2HHSA 1A5WA 4CJKA 3RRHA 3LP0A 4DTNA 1ASVA 3LAMA 4AH9A 2X78A 4CGHA 4CEBA 2OPPA 3VQCA 4OPKA 1RILA 1LW2A 1YVUA 4OGCA 5HROA 1JLFA 3I0SA 1G15A 4GMJB 2I5JA 1KSPA 1WSHA 4IKFA 3SUOA 1TKTA 2HB5A 4CJEA 3QIOA 4CESA 4Y1CA 2RKIA 1NK7A 3ASMA 4FCYA 2KTQA 3RR8A 4PA1A 5K14A 1WAFA 4J2BA 3OJUA 4CHPA 1ZBIA 2A1SA 1WAJA 3VN5A 4UQGA 4E7JA 1D9DA 4HVJA 1EP4A 1K6YA 4E89A 3K5NA 4KHQA 5FRNA 4CJPA 1IH7A 4CERA 1HNIA 1RDAA 3AVBA 3ZSXA 4B8CA 2D5RA 4ID5A 4CK3A 4ID1A 4CHQA 3PUFA 4Z4FA 3KK2A 3ZSRA 3RMDA 1RT3A 3FFIA 4PWDA 1RT5A 3VQ6A 4KV8A 3L3UA 1J54A 3AVIA 4CEEA 3QEPA 1HRHA 1YT3A 2JLEA 1WSIA 1X1PA 4N47A 3K5MA 1QSSA 4W5NA 1C1CA 4CJQA 4M3YA 1YTUA 1KRPA 1QTMA 4DWIA 3H08A 4KHWA 1S1TA 1BL3A 1WSEA 2G8FA 1TKDA 4CJLA 3DOLA 3ZT4A 1IKVA 2P1JA 2Z1HA 2B5JA 2VG7A 1YTAA 3AVCA 3PX0A 1SL1A 2FBYA 3V1OA 3EYZA 3SNNA 1EKEA 1JXEA 2VG5A 1HPZA 2NUBA 1VK0A 2B4JA 4AHRA 4W5QA 1RDDA 4AHCA 4CJ5A 3I8DA 2Y1JA 1NKEA 3HP9A 4KKOA 2E6MA 3K59A 1BCMA 4O0JA 3PV8A 4EP5A 5J2NA 1LWCA 2QXFA 2O4IA 2HNDA 1S1VA 4CCHA 3DM2A 4CGFA 4DSJA 4CF2A 2A1RA 4B9TA 1LWFA 1TL3A 3OYCA 3KLIA 1NK5A 4N76A 3PO5A 2BGGA 3MXJA 2G8IA 1C0TA 1IG9A 1HMVA 3ZT2A 4NCBA 3L2RA 2KW4A 2PZSA 3C94A 3DLHA 4H4OA 3KJVA 1L3UA 4PUOA 2PYJA 4OLAA 3SZ2A 5FRMA 5FROA 4BDPA 1CXQA 2X74A 3T1AA 3C6TA 4KTZA 3EZ5A 5HRNA 2ZE2A 3C95A 3ZCMA 4E7IA 3VQQA 3ZSQA 1L5UA 4FZZA 3PX6A 3AO3A 1KVBA 1BQMA 3DLRA 4CK1A 2HNZA 3K58A 4DSFA 1SKWA 4F2RA 4Z4EA 3S3MA 4CECA 3BDPA 3QNOA 3NH0A 2VWJA 3LP3A 1CXUA 4KPYA 3NF6A 4ICLA 1N5YA 1WSGA 2HW3A 3OYAA 3T3FA 3DMJA 1VSFA 1UWBA 3OYFA 4F3OA 4HUEA 1HQEA 1VSIA 4OGEA 4PY5A 4C8NA 4CEOA 1NJXA 1U04A 3AVAA 3DRRA 3F9KA 1I39A 3VQ4A 3KD5E 4K8XA 4QCLA 3AO2A 2YKNA 1CZBA 1WLJA 4DFKA 4F3TA 3NGZA 1CZ9A 5CY4A 4DG1A 4RW4A 4Q0BA 3MEEA 3KKSA 4C8LA 4PQUA 3L2WA 3TABA 1T7PA 1TAUA 4KHNA 1B92A 1JLQA 4Y1DA 4LD0A 3O3FA 3ZSWA 3ZT1A 4KHYA 2RPIA 3ZT0A 3QEWA 1BIZA 3DLBA 3E01A 1B9DA 5E41A 1X9MA 4FJ7A 4M3XA 4K8ZA 4H4MA 1C1BA 3SQ1A 2G8KA 4FM2A 2PY5A 2EX3A 4QOZB 4CGIA 3OYNA 3U3YA 2QKBA 5JS1A 3AVKA 1BCOA 4CJVA 3SQ2A 2ITGA 4DTPA 4CF8A 2OYQA 1C0MA 3I0RA 3OYEA 3TANA 5EU7A 1L3VA 1BI4A 2ATQA 2VWKA 4M45A 1DTTA 1NK4A 3T19A 1TK0A 4ELUA 1U45A 3O3GA 3QNNA 3VA3A 1J9AA 3AA2A 4JLHA 3SUPA 4FW2A 4Z4HA 4C8MA 2IC3A 1JL1A 2YKMA 1T03A 4DMNA 3OYDA 1D5AA 4FK2A 4CF0A 4RW9A 1NOYA 4ELTA 3M8QA 5C25A 1KVCA 4CHOA 4OLBA 4DLGA 1TGOA 3DLKA 4J2DA 1UA0A 1IKXA 4DS5A 3HK2A 4N56A 3VQ7A 2KFZA 3K5OA 5I42A 1ASWA 4FW1A 4AHTA 3V9WA 3QERA 1N6QA 3RR7A 3CFOA 4KFBA 4FLWA 3SCXA 4O44A 1SL0A 4OKJA 5C24A 2RN2A 4DSKA 5J2PA 4FJ9A 1RBTA 1C0UA 4M3WA 4FYDA 3L2UA 1S5JA 4CGDA 4FXDA 1S1WA 1VRUA 4MQ3A 3KK1A 3SQ4A 4R5PA 1LV5A 3ZSOA 3LAKA 3DLEA 3EY1A 2XY7A 2KQ2A 3WNHA 1JLGA 1LAWA 3OYKA 2Z1IA 1RCHA 2HHUA 3NE6A 1NK8A 2Z1GA 4FJKA 3DLGA 4OJRA 3SQ0A 1DLOA 3NF9A 1F21A 2HHVA 4BWJA 2VG6A 3SYZA 2XY6A 4I2QA 2E4LA 3HL8A 3SV3A 1Q8IA 1TKXA 1Z25A 1GOBA 2X6SA 3TAPA 1B9FA 4DTJA 5I3UA 4M3RA 3AVHA 3HT3A 4DTOA 3OYHA 4GVMA 4YFUA 4MFBA 1I3AA 1RBSA 1NK9A 4FJIA 4BDYA 4KTWA 3VQBA 3CM6A 3NAEA 4EZ6A 3OVNA 3ZSYA 3AA4A 5HRPA 5KRTA 1O1WA 4FLYA 3KK3A 1RTIA 1ZBLA 2X6NA 4QAGA 2ETJA 2XY8A 2DFHA 3ZSZA 5KRSA 3KLHA 5KI6A 1RT1A 3RMBA 4DQPA 2QK9A 1L3SA 4CFDA 1VSJA 1RTHA 3NFAA 1W9HA 3D0PA 3QEIA 1W0HA 3AVGA 5HRSA 2HHTA 3DYAA 5HBMA 3CQ8A 3QETA 2HHWA 4DF8A 4HCCA 4FJXA 4M3UA 3K5LA 1J5OA 1ZBHA 1RDCA 4CJ4A 3AA5X 4NCGA 3DI6A 3CFPA 1JKHA 3DRPA 4B8AB 5D3GA 3QESA 4GW6A 2AJQA 3TAEA 1SKSA 4L8RB 3NGYA 3KD1E 4M3ZA 5J2QA 2P5GA 2GUIA 1SUQA 4M41A 4W5TA 2PYLA 1GOCA 3HPGA 3M8PA 1DTQA 4IG0A 4O5BA 3HM9A 3V9SA 4ZTFA 1XC9A 4N41A 1HYSA 2W42A 5DK5A 4KB0A 3M8RA 2GBZA 3V9UA 1RBRA 1SKRA 4NCAA 3C6UA 3KKRA 3OYLA 3B6PA 4ELVA 2ZQBA 4DU3A 1A5VA 2OPSA 3LDSA 1GOAA 1VSKA 3CM5A 5HRRA 1WNSA 3S9HA 4RG8A 3MXIA 2IDOA 5T7BA 1TAQA 3AVJA 3TI0A 1QS4A 3VQ9A 4CJUA 3V6DA 4BE0A 4CEZA 4B3OA 4DSEA 4E0DA 1RT2A 3KIOA 1T05A 4AHSA 1WSJA 2BE2A 3TAQA 4FJ5A 4FLXA 4W5RA 3HXMA 3VA0A 4M3TA 2E6LA 2YNFA 4CFAA 1BIUA 1TVRA 3NF7A 2HVIA 4RW8A 2DY4A 3S3OA 1RT6A 3QIPA 2F96A 4CJSA 1HYZA 4FJNA 1QHTA 3OYIA 3DRSA 1QE1A 4CIFA 2OZMA 3IRXA 1LW0A 3U3GA 1S6PA 1JL2A 1WN7A 3NH2A 3NCIA 4HCBA 3RWUA 5CZ2A 4B9NA 3VQEA 1XI1A 3V1RA 3V81A 3RRGA 1HQUA 4CF1A 3QEXA 3VQPA 3D45A 3L8BA 3MEDA 3OYGA 1R0AA 4KI6A 4BDZA 4CJWA 4E1MA 4BE1A 4DTSA 1T8EA 4F8RA 3LP2A 4IFVA 3SPZA 1D8YA 3VQ8A 4FZXC 2IGIA 2P5OA 4I2PA 3WNGA 4AHUA 4ZTJA 3NF8A 4I9QA 1D9FA 3O3HA 1MU2A 3ULDA 3HPOA 1BHLA 3P1GA 4WE1A 1UOCA 3AO1A 1J53A 1TV6A 3THVA 1TK8A 3LZJA 1IO2A 4DFJA 1BISA 3S3NA 3WNEA 4DLEA 4IBNA 4C8KA 3SI6A 4KB1A 3KLGA 2G8WA 2RF2A 5HLFA 2B6AA 3RMCA 4HTUA 1FK9A 3ALYA 4OPJA 1NJWA 3QLHA 1C6VA 4E7KA 3QINA 4AILC 1NKBA 1BGXT 3G10A 4CJTA 3MAQA 4KHUA 2Q3SA 3NBPA 3SJJA 4J2AA 1C1AA 1BI4B 4FK0A 1JLEA 4DQIA 3BGRA 4JS5A 3G0ZA 4DS4A 3MXMA 3QO9A 3AVNA 4CIGA 1X9WA 4F2SA 1S9EA 2LSNA 2OPRA 3PX4A 4LH4A 4B08A 1VSDA 3TARA 5J2MA 4LH5A 4J2EA 4DQRA 4CJFA 4IDKA 4ZHRA 4EZ9A 1RTJA 2IAJA 4JRQA 4KAZA 2DFEA 3V4IA 2YHBA 2Y1IA 1QSLA 3M8SA 1CLQA 3LALA 1NJYA 3OS1A 4OKKA 3SUNA 1JLCA 1L3TA 3JYTA 3L3VA 2YNHA 4E3SA 3TAFA 3HVTA 3LWMA 2IS3A 4DFPA 4W5OA 1JXBA 1ZYQA 4DU4A 3CFRA 3DOKA 1HYVA 3ITHA 4CIEA 1NOZA 4BACA 4I7FA 4CE9A 4E7LA 1HJRA 3LP1A 3HO1A 3LZIA 3LANA 4CFCA 5SWMA 4CF9A 1VSMA 2OZSA 2EHGA 3A2FA 4LSLA 1NKCA 1EXQA 1EX4A 3LWLA 4FJGA 1UAXA 3HYFA 1U47A 3KTQA 4Z0UA 2DFFA 4FVMA 5HP1A 4FJJA 3OYJA 3HVRA 4I9LA 3LPTA 4NYFA 2BDPA 2F8TA 1IKYA 4KTQA 3TR8A 4JS4A 4CEDA 2HHXA 2IOCA 2ZD1A 1TKZA 1Q9YA 4FM0A 3OY9A 4OKEA 2KFNA 5J1EA 5CZ1A 1NK6A 4LY7A 4FLUA 4CGJA 3ISNC 4FJLA 4B9LA 3B6OA 4HUFA 1SL2A 4DTMA 1ZBFA 2F8SA 3AO5A 4CFBA 4DQSA 3V9XA 4Z4IA 1NJZA 3KLEA 3NGIA 3V1QA 4HUGA 4Z4GA 1RTDA 4E7HA 4B9UA 4FJHA 3O4NA 5KGXA 2YHAA 1SV5A 1VSHA 1TL1A 3U6FA 3TWHA 1X9SA 3O4QA 4B9SA 4KRFA 2KZMA 3VQ5A 1ZBUA 3SV4A 4FK4A 1RT4A 4DSIA 1IKWA 4FJ8A 1EETA 4YNQA 3L2QA 4Z4CA 4CHYA 4LSNA 4CGGA 1U4BA 1XHXA 5FDLA 1FKPA 1KLNA 4DQQA 3HSTB 3AV9A 1JLAA 2XHBA 3UIQA 4FZYA 3IAYA 4FLVA 3CG7A 1Z26A 1VSLA 1VRTA 4N5SA 2XY5A 1Q9XA 2FBTA 5CYMA 4FJMA 4KO0A 2HVHA 2YNGA 5CYQA 4B9VA 3NH1A 2D0BA 4DTRA 2YV0X 3V9ZA 4CEAA 3HP6A 4H8KA 2WONA 4XIUA 2GV9A 2P51A 4DTXA 3K57A 3AA3A 4NYNA 4JRPA 2D0AA 2R7YA 3SPYA 1QSYA 2FBXA 5DMRA 3HPHA 4O4GA 4OVLA 4CJ3A 4CJRA 3VQAA 1XHZA 1RT7A 4Q5VA 1RBUA 1UA1A 3IS9A 4IG3A 2DTUA 3PY8A 3ZT3A 1KCFA 1KVAA 4F4KA 3F73A 4DF4A 3OS2A 4BE2A 3RMAA 1U48A 3P83D 3TAGA 1Y97A 1A5XA 1S6QA 4CEQA 3PO4A 1KFSA 1QQCA 3P5JA 2YNIA 2FBVA 4HHTA 4M42A 1XWLA 2WOMA 5KGWA 2HNYA 4BWMA 1RBVA 1U49A 3AVFA 4E1NA 3CYMA 5JS2A 2D0CA 1ASUA 3RTVA 4DFMA 5SZTA 3WNFA 2Z1JA 1S1XA 4RW6A 3MEGA 3OS0A 3JSMA 5C42A 1KTQA 2G8VA 4B9MA 4DSLA 4FM1A 1FKOA 3OYBA 4TSXA 2G8HA 1WSFA 4KREA 1HNVA 3LPUA 4CK2A 4DTUA 1REVA 1RNHA 3AO4A 3AVLA 4DU1A 2O4GA 4O0IA 1TK5A 3ZSVA 3QEVA 2KZZA 4E19A 4AHVA 3OYMA 3TAMA 3L2VA 4C8OA 3VQDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JK9A 1ZBSA 3IG1A 5LL6Z 3KLFA 3AVMA 3BP8A 3CCMN 1LWEA 4WCEL 4FPAA 2O8DA 5KTQA 3NDKA 3ZYYX 1S9GA 2JGUA 3NHGA 1XC3A 4IFYA 1IBMK 5AZJA 3IUCA 3CF5L 3SUQA 1FXXA 1A5WA 2UYTA 4CEBA 4XH4A 3BUZB 3VQCA 3HBTA 4OGCA 1K8KA 3I0SA 4GMJB 4JI4K 2I5JA 5AQLA 3QB0A 5EVZA 4IKFA 1EQYA 1NK7A 4JAXA 4FCYA 3OJUA 1QQNA 4UQGA 1HKCA 4E89A 1N33K 4KHQA 3EN9A 4B8CA 4OPAA 5M1OA 4CK3A 3PUFA 4Z4FA 3ZSRA 1RT3A 5AZIA 2GWKA 3CCRN 1HRHA 5KPRA 4W5NA 4FSVA 4M3YA 1BL3A 3ZT4A 2E2PA 2P1JA 2Z1HA 2FBYA 3MN6A 4JKGA 4W5QA 2VG5A 4AHRA 3PIPL 3I8DA 1QTMA 3GOIA 2E6MA 4YY3K 3VEVA 4JKFA 2QTDA 2A3ZA 3DM2A 4CF2A 1LWFA 3OYCA 4N76A 3H3NO 1NU0A 5AQWA 2KW4A 3DLHA 1NMDA 2PYJA 1HNWK 3SZ2A 2P9UA 1CXQA 2CH5A 2AA4A 2X74A 3C6TA 1L5UA 3OHRA 3K58A 4B9QA 2E2QA 3BDPA 2VWJA 5KPTA 1N36K 3LP3A 3DMJA 4BRKA 1VSFA 1UWBA 1HQEA 1VSIA 5AQNA 3QFUA 3AVAA 2YCHA 4QCLA 3AO2A 3O4WA 1CZ9A 1NGJA 4JKHA 4B3RK 4Q0BA 3MEEA 2QWNA 4B3TK 4AM7A 2O8FB 3ZT1A 3QEWA 3W3DA 3HOTA 3H6EA 4JEPA 4OX9K 1B9DA 1X9MA 4BRLA 3M5RA 2G8KA 2PY5A 3NMUA 4KH6A 5AQPA 1IBKK 3AVKA 1YHQN 3WQUA 3D7EO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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