2ZF5O

Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
MEKFVLSLDEGTTSARAIIFDRESNIHGIGQYEFPQHYPRPGWVEHNPEEIWDAQLRAIKDAIQSARIEPNQIAAIGVTNQRETTLVWDKDGKPLYNAIVWQCRRTAEMVEEIKREYGTMIKEKTGLVPDAYFSASKLKWLLDNVPGLREKAEKGEVMFGTVDTFLIYRLTGEHVTDYSNASRTMLFNIKKLDWDDELLELFDIPESVLPEVRESSEVYGYTKKELLGAEIPVSGDAGDQQAALFGQAAFEAGMVKATYGTGSFILVNTDKMVLYSDNLLTTIAWGLNGRVSYALEGSIFVTGAAVQWLRDGIKIIKHASETEELATKLESNEGVYFVPAFVGLGAPYWDQFARGIIIGITRGTGREHLARATLEAIAYLTRDVVDEMEKLVQIKELRVDGGATANDFLMQFQADILNRKVIRPVVKETTALGAAYLAGLAVDYWADTREIAELWKAERIFEPKMDEKTRERLYKGWKEAVKRAMGWAKVVDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon in a dimeric form
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 169
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2007-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O01
3M3ZA 2WUSA 3VGLA 3EZWA 3BUZB 4BGAA 3GBTA 2D1KA 2QW9A 4WQ4A 4IXCA 3MN5A 4DCHA 2QWPA 2P9LA 3VEVA 3LDPA 2YHWA 4BR5A 2HOEA 5EXWA 3WXIA 1V4SA 4CZFA 3C0BA 2P9PB 2GEMA 5AQMA 4B9QA 3U9ZA 5BRHA 4BC4A 4BQLA 4JD2A 2W40A 1T44A 3DWLA 4K25A 3WQTA 2W41A 4A2AA 3H3OB 1NGJA 2P9NA 1BWFO 1G99A 2P9UA 4FPAA 2V7YA 3M6GA 1U6ZA 3IUCA 2FLOA 3O08A 1YXQA 3AAQA 1NGGA 4BG8A 2IIRA 2E8AA 3H1QA 4H0OA 3UKUB 3LM2A 3HZ6A 3GG4A 1ESVA 4QS7A 2GWKA 4NO7A 3ZETB 2YHXA 3MDQA 2FSNA 3EO3A 3VEWA 3FZLA 4L3QA 1QZ5A 2FF6A 1J6ZA 2VWBA 1MWKA 5E26A 4DB3A 1BO5O 4MLEA 4A2BA 4RTFD 5AQYA 4B1UB 4F9OA 1ZXOA 3B8AX 4JHDB 3IMXA 4ISGA 4FWOA 4FWSA 3CI5A 4BRDA 2Q2RA 5AQVA 5AQSA 3AY9A 4PKGA 1DEJA 3RSEA 5BN8A 5AQUA 1K8KB 5ADXH 1NWKA 4IJNA 1GLCG 1X9JA 2YCHA 3U4LA 2P9IA 1D4XA 4H0TB 4CZHA 2V52B 1P8ZA 4BRCA 3UE5A 4BC5A 1MWMA 4PL7A 1KAYA 4PKHA 3FE1A 1S3XA 2J4RA 2IVPA 3O1WA 5AQFA 5KPRA 5JICA 3KHYA 1DGKN 5EVZA 4H5RA 4IO8A 5AQPA 4H5VA 4H5NA 4YDUA 3WEEB 2QWNA 3VETA 4CBUA 2BTFA 1XC3A 1YAGA 2D4WA 5F2RA 3KZBA 3M1FA 1RGIA 1GLFO 2GELA 5EOYA 3ZEUA 2ASPA 4BR4A 1SZ2A 2ASMA 4B1VA 5BREA 4EHTA 4BRMA 4CI6A 4CZMA 1NGEA 4FL9A 1GLJO 1NGDA 1ZBSA 3FLCO 4PKIA 4C23A 5LJWA 3QBWA 3CJAA 1QZ6A 4BRKA 2AP1A 5AZIA 2D0PA 3R9PA 3ID8A 4B1YB 4BVOA 1JCFA 2UYTA 3QMLA 1KAZA 2I7PA 1BA1A 4AM6A 5KPTA 2Q97A 2QWLA 1LCUA 4QS8A 1T6CA 3DXKB 3A5NC 5TKYA 1HPMA 1X3NA 3H6EA 1SAZA 5FPMA 4M7YA 1ATRA 3FFKB 4CD3A 4M7XA 3A8YA 3QFUA 2DPNA 2QXLA 4BRHA 3W0LA 2E2QA 3D2EA 5KQDA 1JCGA 2FF3B 3MCPA 4XEIA 3VGMA 3LDNA 2A3ZA 2ZWHA 5JMVA 3GDQA 2QM1A 2PBDA 4BC2A 1TYQB 3JS6A 3IFRA 4IZ9A 2IVNA 4O5FA 4BGBA 4I6MB 3ZX3A 3CJCA 1C0FA 1XUPO 3EN9A 3LL3A 2EWSA 4CZEA 2PAVA 4ISEA 1QQOA 4HWIA 5JLFA 2V7ZA 5AQJA 1QQNA 3WXKA 3H46O 2V51B 1NMDA 2Q0RA 3LDOA 4ISFA 3O5BA 3UKRB 3FZFA 3ENOA 3EKUA 3QFPA 1WOQA 3A5LC 5F1XA 1MDUB 4KBOA 3R8EA 4CZJA 3A5MC 5AZJB 2E2NA 4EFHA 4FOEA 4LC9B 4BR2A 1YUWA 4A61A 1BA0A 3VPZA 3CERA 3VOVA 1NBWA 2E2OA 5FPNA 5BPNA 1GLDG 2ZGYA 5CE3A 3DXKA 3VEZA 4Z94A 2CGJA 2OANA 2YHYA 4BC3A 4A62A 3EKSA 3AARA 5FPDA 2VCPA 3MN7A 1BUPA 2F9TA 5AQRA 3LM9A 1NGBA 3CJ7A 3GE1A 4WQ5C 3ENHA 3VEOA 5AQLA 3ULEB 1S22A 3CJ9A 5ELZA 1HUXA 5AQOA 4DQ8A 1KXPA 4JN4A 5BN9A 2ASOA 1Z05A 1TUUA 5AQXA 3A5OC 2Q31A 5B8HA 4BROA 4H5WA 1HKCA 5AFUA 4GY2B 1NGFA 2P9PA 4RCHA 1OKJA 4CZIA 3GL1A 1GLAG 4BR9A 3G25A 4O8KA 4MO5A 1R59O 2FSKA 2P9LB 2E1YA 1RDWX 4FWRA 1GLBG 2H3GX 1BU6O 3R6MA 3ZX2A 2GWJA 3DXMB 1ATNA 4IJAA 4FWQA 1MA9B 3CHWA 4QS9A 3L4IA 4H0VB 3UKRA 5E84A 2GUPA 3UKUA 3S41A 4H0XB 3KVGA 1XQSC 5KPZA 3ZETA 4J8FA 5I9EB 3SMPA 2KHOA 1Y64A 2Q1NA 1IJJA 4FPBA 2I7NA 3A0IX 1YVNA 3EL2A 5AQQA 3FGUA 2NRHA 1Z6RA 1IG8A 4CZKA 2NZTA 3FZMA 4B1WB 4JHDA 4HTLA 1NGCA 2QWQA 4XH5A 4EAHD 4B1XB 2HF3A 2VYPA 3FZKA 3I8BA 1K8KA 2FXUA 3I33A 3WUHA 4BRGA 1HJOA 5BPMA 1NLVA 3ATUA 4YDUC 5AQTA 5LY3A 2BUPA 3D2FB 1HKBA 3QB0A 5EX5A 5BPLA 2E88A 1E4GT 3TPQA 4AM7A 1ATSA 3FZHA 3VERA 4JAXA 3WT0A 2QWOA 1BOTO 4BRFA 1U2VB 4WYBA 1GLLO 2P9IB 3W3DA 4NB4A 5AQZA 2A5XA 4CZGA 5KQ8A 2ITMA 4H03B 5AQWA 3WEEA 5BRDA 5LJVA 3O6WA 3H45C 4BQZA 2GTDA 4BVPA 4BG9A 1LOTB 3GOIA 3DXMA 3SK3A 4CBXA 3O4WA 3LDQA 3VESA 2P9SB 1E4FT 4FWNA 3ZX0A 4BRLA 3MN6A 1NGIA 4WQ5A 2IVOA 3C7NB 2ZGZA 4BR7A 3CETA 1TUYA 4IWVA 3WXLA 4WQ4C 3BF3A 4FO0A 3TU5A 3WQUA 1Q18A 1CZAN 4H0PA 2QWRA 3ZEUB 3SJHA 3BEXA 3WXJA 4MLHA 4BREA 4FWPA 5AR0A 4DHYA 5AFUH 4BRPA 3SMSA 2ZF5O 1H1VA 3U8XA 2E1ZA 5FPEA 2CGLA 2CGKA 4CBWA 2P9KB 3CQXA 5AZIB 4BRIA 2AA4A 5BRFA 1BG3A 2F9WA 1V4TA 1BDGA 4M63C 3ATVA 4BRAA 5AQHA 1QQMA 1RFQA 3HSCA 4E1JA 2A41A 3VGKA 4RWTA 2YJEA 3IDHA 3D2FA 2A6AA 4EIAA 3SLCA 1TYQA 3VEYA 1HKGA 3HBTA 5BR9A 5F0XA 3D2EB 4I6MA 1ZC6A 1U2VA 1C0GA 1EQYA 2YJFA 3BF1A 4CJ7A 3MK6A 2YI1A 4FSVA 2HMPA 2CH6A 2E2PA 3JXUA 1DKGD 4GNIA 2D0OA 1WUAA 3H1VX 4K42A 3VENA 3H3NO 2Q0UA 3O1BA 3QICA 5AQGA 3AAPA 4BR0A 4Y0WA 3MMVA 1HLUA 1NGAA 3CQYA 2P9SA 3L0QA 2A42A 4H0YB 4JD2B 4B1ZA 4MO4A 3P4IA 5ADXA 3CJ1A 1JCEA 3C7NA 1GLEG 3O8MA 4XH1A 3HM8A 4XH4A 4EHUA 3CJBA 5AZJA 5AQIA 2NLXA 3HTVA 4JNEA 2P9NB 3CIPA 3L6QA 3QDKA 3D7EO 2P9UB 2Q36A 3BP8A 4K43A 3VEXA 4FWMA 3J8AA 1NGHA 4FWKA 4CZLA 2HF4A 4H5TA 3VF2A 3DJCA 2FSJA 3OHRA 3U9DA 5EY4A 5AQNA 3DAWA 4BRQA 3VF6A 4FOIA 5AQKA 4PL8A 1T6DA 1KAXA 1X3MA 2CH5A 2P9KA 1HX1A 3UB5A 1QHAA 3O80A 2A40A 2E20A 3FR0A 2QWMA 3VF4A 3ULEA 5JLHA 3QBXA 3MN9A 4BRNA 4K41A 3HI0A 1NM1A 3F9MA 4FWLA 3RSEB 4CD1A 1SQKA 3LDLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EU7A 3RMDA 1L3VA 4IXCA 4H8KA 4HCCA 1SL2A 4DCHA 2WONA 2P9LA 3OBWA 3KJVA 2YHWA 3ZYYX 4BR5A 4ZTJA 5EXWA 1V4SA 1SV5A 2X6SA 4E1MA 2UXCK 5JVHL 4CEOA 4DR3K 4F2SA 4B9QA 1KD1O 3PLAA 1N32K 3U9ZA 5BRHA 5JS2A 3HSTB 2W40A 3S3MA 4K25A 4A2AA 3LPTA 2RF2A 2P9NA 1BWFO 1G99A 3M6GA 3AVHA 3SUPA 1Q81O 3HM9A 2YX6A 4H0OA 5CZ2A 2HHSA 1IKYA 4DG1A 2GWKA 4CEQA 1SKRA 5KGWA 2FSNA 1RILA 1QZ5A 2F7TA 4KO0A 2FF6A 4ILJA 4KAZA 4F9OA 3B8AX 1QSSA 1L3UA 1NOZA 3THYB 3QEXA 3M5RA 4DV4K 3T7ZA 1IBLK 2Q2RA 5AQSA 3RVCA 1S1XA 3TABA 3L2QA 1GOCA 1QVFM 1GOAA 5ADXH 3O3GA 4HTUA 4IJNA 2KTQA 4Q5VA 4NCBA 3C6UA 1ASWA 2VG7A 1EX4A 4FZYA 3L4QA 1VQ6N 3KLHA 3THXB 4DV0K 5KPRA 3NF7A 3VN5A 3KHYA 1J54A 1DGKN 4R5PA 2XO7A 3U3YA 4HHTA 3DRRA 5AQPA 3I0SA 4H5VA 2G8VA 2WOMA 3SQ4A 3VQQA 3WEEB 2UXDK 4DV1K 1VQMN 1BISA 1KTQA 4N41A 4JI3K 1LWEA 2HVHA 1GLFO 1YTAA 2GELA 2XY8A 4ILHA 4EHTA 2G8FA 4BRMA 3K5MA 3OYGA 4FL9A 5LJWA 3FLCO 4C23A 4JRQA 4O4GA 4X62K 2DTUA 2AP1A 4DMNA 2D0PA 3H08A 3ID8A 4DQSA 1BA1A 3RRGA 4ELUA 3DLEA 4QS8A 3DXKB 4ZHRA 3VTIA 4KH5A 1HPMA 1TKDA 1BIUA 2P5GA 1ATRA 2KFZA 3ZSYA 1VSMA 3A8YA 2HNDA 2DPNA 2QXLA 4BRHA 5KQDA 2E2QA 1A5WA 3DLLL 1HMVA 1JCGA 1HNZK 4N56A 3LDNA 3CFOA 3GDQA 4YOTA 1QVGM 4BC2A 3Q7CA 2Q3SA 3IFRA 3K59A 2BDPA 4O5FA 3PIOL 3LALA 3FFIA 4LF6K 4YOVA 3SZ2A 3ENBA 2EWSA 3MAQA 4ISEA 5C15A 5LMUK 3TSPA 1T7PA 2HMIA 4IOCL 1QQNA 3WXKA 5J2MA 1JLCA 2UUBK 2O8FB 1VAZA 4GV3A 3ZSZA 1LWCA 4KB0A 3EKUA 3OY9A 4E7IA 3THWA 1MDUB 3WNGA 5C12A 3VQ8A 4TSXA 3KKRA 1DTQA 3A5MC 4BDPA 3E1YA 4EFHA 4E1NA 1QE1A 3VPZA 3VOVA 3VQEA 4DR7K 4CHNA 3OA9A 2YHYA 1ZBLA 3AARA 3P1GA 1KLNA 4KRFA 3MN7A 3MWTA 4X65K 3TSQA 1NJYA 3LM9A 4Z4HA 4GVEA 3ZT2A 2XRIA 2ZJPL 3VEOA 1HUXA 4DQ8A 1OH7A 3KTQA 1KXPA 1Z05A 4RW6A 3THVA 1BGXT 1N36K 2Q31A 4I9QA 2YHBA 3OYEA 4FJKA 1SS6A 3HL8A 4H5WA 5LL6Z 2G8WA 3OVNA 1HKCA 2D5RA 1RTIA 3P5JA 4CEBA 1OH5A 4A59A 3ZCMA 4BR9A 4CVNE 1VSJA 4O8KA 1VSHA 3HPOA 4KI6A 4JKGB 3MXIA 2P5OA 1RCHA 1RDWX 2QA4N 1N8RO 2HNZA 2QK9A 3R6MA 1NK5A 3DXMB 4IJAA 4DS4A 4FWQA 4QS9A 3HVRA 4H0VB 3R3LA 2DFEA 3UKRA 5E41A 3J7ZO 3CXCM 3O9SA 4B9VA 3ISNC 3KVGA 3L8BA 3RWUA 2EHGA 4JI1K 1XQSC 2GBZA 1WSHA 3MEDA 1VQ9N 5I9EB 1NJIO 1ZBFA 2KHOA 3P38A 1RDAA 2Q1NA 3JAMO 1OVYA 4FPBA 4DTUA 1Z6RA 2NZTA 4FVMA 1DLOA 2O8CA 1NGCA 4AHTA 3THYA 1B92A 3CCVN 3LZIA 2G8IA 4RG8A 1KRPA 4JYAK 2FXUA 2BANA 4LFCK 3ATUA 3V1RA 4CJKA 3DMJA 3OJSA 2YNIA 5BPLA 3QB0A 1EETA 2E88A 4B9MA 3CCSN 1X9SA 1U47A 4AM7A 4IFVA 3VERA 3WT0A 4DTMA 4DU1A 3THXA 3PX0A 3O9TA 1BOTO 4FJIA 1JJ2M 3W3DA 4NB4A 2RE2A 1EP4A 3WEEA 4L8RB 2QKBA 5LJVA 5HRNA 4KI4A 3VQAA 4YNQA 4XIUA 2X78A 3NE6A 4BQZA 2GTDA 4BVPA 2NRRA 3O4WA 3LDQA 1HRHA 1E4FT 3ZX0A 4BRLA 4WQ5A 4RW8A 5SZTA 2HBJA 5KI6A 3TAEA 2ZM6K 4WQ4C 4DSFA 3F73A 3TU5A 4CCHA 1ZBIA 3WQUA 1Q18A 4KREA 5HLFA 4H4OA 4H0PA 4O0IA 3AA3A 1JKHA 4NXNK 5HBMA 3NH2A 4DHYA 4F3OA 3DLHA 4B8CA 5J2PA 1H1VA 2F8TA 4CBWA 3K57A 2ATQA 3L3VA 3SYZA 4BRIA 4CF0A 1W9HA 4CF9A 2AA4A 1BG3A 1BDGA 1RDCA 5D3GA 1QQMA 1RFQA 4KTWA 4E1JA 3MXMA 2UU9K 1RT3A 3J81O 1FJGK 1LAWA 4W5NA 3OYIA 4ELVA 4E7LA 2B4JA 3IKMA 3V6DA 3SBGA 3DYAA 4NYNA 3CCLN 3E9PA 4PWDA 4FJXA 2ETJA 1IO2A 1EQYA 3DLBA 4FSVA 3ZT3A 2HMPA 4CK1A 2KZZA 3AVLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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