2ZF5O

Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
MEKFVLSLDEGTTSARAIIFDRESNIHGIGQYEFPQHYPRPGWVEHNPEEIWDAQLRAIKDAIQSARIEPNQIAAIGVTNQRETTLVWDKDGKPLYNAIVWQCRRTAEMVEEIKREYGTMIKEKTGLVPDAYFSASKLKWLLDNVPGLREKAEKGEVMFGTVDTFLIYRLTGEHVTDYSNASRTMLFNIKKLDWDDELLELFDIPESVLPEVRESSEVYGYTKKELLGAEIPVSGDAGDQQAALFGQAAFEAGMVKATYGTGSFILVNTDKMVLYSDNLLTTIAWGLNGRVSYALEGSIFVTGAAVQWLRDGIKIIKHASETEELATKLESNEGVYFVPAFVGLGAPYWDQFARGIIIGITRGTGREHLARATLEAIAYLTRDVVDEMEKLVQIKELRVDGGATANDFLMQFQADILNRKVIRPVVKETTALGAAYLAGLAVDYWADTREIAELWKAERIFEPKMDEKTRERLYKGWKEAVKRAMGWAKVVDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon in a dimeric form
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Thermococcus kodakarensis
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 169
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2007-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O01
3CQXA 3UB5A 4FOEA 5FPNA 3H46O 4BRCA 4XH5A 4FWRA 2GWJA 2F9WA 2E1ZA 4BGAA 4B1XB 3QBWA 2Q36A 1NGJA 2GTDA 2YHXA 3CIPA 4BRGA 1ATNA 4B1ZA 4GY2B 4CZEA 1XC3A 1NGDA 1BWFO 3VGLA 2NZTA 5AQHA 4NO7A 3FR0A 4BG9A 2P9PA 4CD3A 1YUWA 3QFPA 3IUCA 4O5FA 2D4WA 1BO5O 1J6ZA 1R59O 2P9KB 1NBWA 4QS7A 3L0QA 3VEXA 3C7NB 4CZIA 3AAQA 2GUPA 1NLVA 5AZJA 3SJHA 3H3NO 3TU5A 3DXMA 2V7YA 5AQQA 1TUYA 5E26A 1KAZA 4IJNA 4H5TA 4WQ5C 1MDUB 2HF3A 2FSNA 4EHTA 3ZX3A 2IVOA 4FWKA 1YAGA 4CZFA 1X3MA 1QZ5A 2ASMA 3VEWA 3FZHA 5JLHA 5TKYA 3ZETA 1SQKA 2QXLA 4L3QA 5AZIA 1MA9B 3WUHA 4AM6A 4YDUA 5I9EB 4B9QA 4BRLA 1HKBA 2YJEA 2OANA 4BROA 3GBTA 2P9LB 1TUUA 1HKCA 2AA4A 3D2EA 2A41A 2D1KA 3ULEA 2P9NB 1GLDG 2QWRA 1D4XA 5EY4A 5B8HA 4FWPA 3D7EO 2QWMA 4FOIA 4H03B 2E1YA 4K42A 2CH5A 3UKRB 4BGBA 3HBTA 4BQZA 3TPQA 2W40A 4B1WB 1MWMA 2YCHA 5AQUA 3CI5A 5AQWA 5BPLA 1OKJA 4JN4A 4JNEA 4A2BA 4BRKA 2QM1A 3EKSA 3MDQA 1IG8A 1HUXA 3VERA 3A5NC 4DHYA 1DKGD 3A5LC 3RSEB 4BRIA 1K8KB 1RFQA 5AZJB 2CGLA 3L4IA 2P9KA 4BC3A 4QS9A 2Q0RA 1XQSC 3WEEB 2CGKA 4A2AA 1S3XA 4BR2A 3VENA 4MLEA 3CJCA 4XH4A 2ASOA 3M3ZA 4QS8A 5AQXA 5F2RA 3LDLA 3L6QA 3M6GA 3SMPA 2GELA 3FLCO 5BRDA 2ITMA 1ZC6A 4FWOA 3MN9A 3FGUA 3WXIA 4HWIA 3WXJA 1U2VA 3O1BA 3SLCA 4IJAA 5KPRA 4JD2B 2QWLA 2NLXA 3H6EA 3MMVA 3OHRA 3QICA 1G99A 4CBUA 1H1VA 5EX5A 5KPZA 2FSKA 3WQTA 4CZMA 1XUPO 3GL1A 4FPAA 3DJCA 1GLAG 1NGHA 2P9SA 3FZLA 4ISGA 3D2EB 4FWMA 3ULEB 5CE3A 4M7XA 3MCPA 5AFUA 3B8AX 4Z94A 3EKUA 2QWQA 1IJJA 3U9ZA 2P9LA 1GLEG 2PAVA 4WYBA 4H5WA 3O5BA 2DPNA 2P9NA 3LDNA 1E4GT 5F1XA 4BG8A 3R9PA 5AQZA 4EHUA 3UKRA 3R8EA 4IZ9A 4AM7A 1NGBA 1QZ6A 2FLOA 3QDKA 3H3OB 4EFHA 1CZAN 1X9JA 5AQRA 4BR5A 2BUPA 4A62A 4K25A 5AFUH 3C0BA 1T44A 1RDWX 5AQKA 4Y0WA 5AQGA 3HZ6A 1ZXOA 5AR0A 1NWKA 4WQ5A 3CHWA 5EVZA 2KHOA 3AAPA 3RSEA 2ZF5O 3FZFA 5BREA 3CJBA 4FWLA 3O08A 1K8KA 2A6AA 1GLLO 5EXWA 3ZX0A 3WEEA 1NM1A 4I6MB 1U6ZA 2E2PA 1U2VB 2A3ZA 1HJOA 4ISEA 4K43A 5LJVA 3VEOA 1SAZA 3SMSA 5AQJA 1QQMA 3CJAA 1T6CA 2A5XA 1GLJO 4JD2A 2P9SB 3ZEUB 2E2QA 2EWSA 2PBDA 5AQLA 1Z05A 4PKHA 1C0FA 4EAHD 1Q18A 3CETA 3EN9A 1ZBSA 3LL3A 2FF3B 3JS6A 2IVNA 2W41A 5AQMA 5FPDA 5BPNA 5AQSA 4BRHA 3O4WA 2I7PA 3U9DA 4CZJA 3HSCA 1BA0A 1NGFA 2Q1NA 1HPMA 2D0OA 3CJ1A 4PKGA 4BR9A 5BN8A 5JLFA 3H1QA 4H0VB 3O80A 2IVPA 5LJWA 4KBOA 3MN7A 1BA1A 4CJ7A 1TYQA 4FL9A 1WOQA 4RTFD 3ID8A 4JHDB 1YXQA 3KHYA 1HLUA 5AQIA 1EQYA 3DXKA 3SK3A 2VYPA 4FWQA 4H0PA 3CJ7A 3VGKA 4J8FA 3D2FB 2QW9A 3MN5A 4CBWA 2BTFA 3VEYA 4B1UB 4BRNA 1BG3A 3VETA 4H0XB 4BR4A 3P4IA 4MO5A 3VF6A 2Q0UA 2FSJA 2AP1A 1RGIA 4BC5A 4PKIA 4BRQA 1NGEA 2P9IA 1GLCG 2ZWHA 3GE1A 3LM9A 2QWNA 2E2OA 1SZ2A 4I6MA 4FPBA 1DGKN 4IWVA 1NGCA 4MO4A 3W3DA 5AQVA 3F9MA 3QFUA 3CQYA 3M1FA 3S41A 4ISFA 5AQOA 3HM8A 3QMLA 5KQ8A 5KQDA 4BRDA 3IDHA 5AQPA 1QHAA 1KAXA 1C0GA 4BR7A 2D0PA 2HOEA 2FXUA 1NGIA 4H0TB 3ZEUA 2E2NA 3BF3A 3G25A 2YHWA 4H0YB 2E8AA 5AQTA 4EIAA 5BN9A 1GLFO 4B1YB 3I33A 4A61A 4WQ4C 3WQUA 1NMDA 2ZGYA 3FZKA 3H1VX 3CJ9A 2ZGZA 2CH6A 3A5OC 3BEXA 4BRFA 1KAYA 1TYQB 3ATVA 2F9TA 3LDOA 4BVPA 4M63C 1P8ZA 1MWKA 4K41A 3DXKB 4RWTA 5E84A 3EO3A 1GLBG 1HKGA 1X3NA 1LOTB 1QQNA 5AQFA 4XH1A 1JCGA 1LCUA 1T6DA 4JHDA 3O6WA 3EL2A 2GWKA 3BUZB 4DB3A 4XEIA 4LC9B 3J8AA 2UYTA 3D2FA 3UKUB 4BC2A 1ATSA 3GDQA 2P9UA 2P9IB 4CBXA 3HI0A 3FE1A 3VEZA 2V52B 3IMXA 3W0LA 3WT0A 2YJFA 3R6MA 4FSVA 2A40A 4H0OA 2A42A 1V4SA 4BC4A 4O8KA 2J4RA 2E88A 3KVGA 4IXCA 3BF1A 3WXKA 1ATRA 3VPZA 5LY3A 3QB0A 4CZHA 3FFKB 3DWLA 4RCHA 3DAWA 2H3GX 1E4FT 1NGGA 3BP8A 4CD1A 3ZX2A 1Z6RA 2Q31A 4JAXA 3EZWA 3ENHA 4FWSA 3VESA 3U4LA 3LDQA 4E1JA 2NRHA 3VGMA 1ESVA 1WUAA 3VF4A 1NGAA 4CZLA 5BPMA 3JXUA 4F9OA 2VCPA 5JICA 4CI6A 4GNIA 5EOYA 1KXPA 1V4TA 3I8BA 5KPTA 2HF4A 3ATUA 2WUSA 4BRMA 3AARA 2Q2RA 3A8YA 4H5VA 4BVOA 1HX1A 5ELZA 3U8XA 3HTVA 4PL7A 4C23A 2VWBA 5FPMA 4YDUC 2P9UB 2V7ZA 1BUPA 3LDPA 4FWNA 3VOVA 2FF6A 4BR0A 1BU6O 1BOTO 1QQOA 3UKUA 2P9PB 5AQYA 5ADXA 5FPEA 4BQLA 5AQNA 3O1WA 4BREA 2ASPA 3GG4A 3MK6A 4M7YA 2Q97A 3GOIA 2E20A 3WXLA 2CGJA 3A5MC 3KZBA 2GEMA 4H5RA 3DXMB 5BRFA 2YHYA 1JCEA 3H45C 4WQ4A 1JCFA 4NB4A 1DEJA 3C7NA 3AY9A 1BDGA 2YI1A 2QWOA 4FO0A 3O8MA 3IFRA 3UE5A 5JMVA 5ADXH 3VEVA 5F0XA 4BRAA 3A0IX 4IO8A 4CZGA 3ENOA 2QWPA 2V51B 2IIRA 3ZETB 5BRHA 4H5NA 2HMPA 5AZIB 4HTLA 3MN6A 3LM2A 4CZKA 4PL8A 4DQ8A 5BR9A 1YVNA 1S22A 4DCHA 4MLHA 3VF2A 4BRPA 3QBXA 3FZMA 3CERA 2I7NA 4B1VA 1Y64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7YP 5FPNA 1K9MO 2YX6A 4B9NA 2F9WA 3J80O 2O8DB 3BY5A 4B9MA 4BDYA 2Q36A 2GTDA 3CIPA 1OVQA 3NH0A 4CJVA 4B1ZA 4X62K 5J2QA 3NF9A 1IBKK 4O44A 5KGXA 3WNGA 2G8IA 4BG9A 5KTQA 1TKXA 4Z4CA 3V9UA 4OKJA 3IUCA 4O5FA 4NYNA 3J7AP 1CXUA 2P9KB 3CM5A 2WOMA 1N34K 3VEXA 4DR7K 2GUPA 3DLRA 3SPYA 3H3NO 3SQ2A 3DXMA 4LSNA 3L4QA 3THVA 4IJNA 4H5TA 1ASUA 3HXMA 4AHUA 4JYAK 3V9ZA 3QO9A 1JLGA 2IC3A 3KD1E 1ILYA 4M3ZA 3UIQA 4DV2K 1WLJA 3IG1A 3O3FA 3S3NA 2QEXN 1YAGA 4FK0A 3VEWA 1QZ5A 1WN7A 3ZSRA 3ZETA 3WUHA 4E1MA 5CHIA 3WNFA 3VQBA 3PIPL 2OPPA 4CIGA 2X6NA 2UU9K 5CZ2A 1HKCA 1LW2A 3D2EA 3NDKA 4DS4A 4DV6K 2QWRA 1D9FA 4M45A 2NUBA 3D7EO 4E7LA 4H03B 1JXEA 1FK9A 4JI1K 1BIUA 3ULDA 4CEOA 4JI3K 3TPQA 4DTOA 3VQ6A 4B1WB 1W97L 1OKJA 4H4OA 4JN4A 4H4MA 4JI4K 2B6AA 2QM1A 4ILHA 4DV1K 1HUXA 1K8KB 4HHTA 3L4IA 4QS9A 2Q0RA 3SQ4A 1L3SA 1T7PA 3CJCA 4XH4A 3AVJA 4QS8A 5AQXA 3SMPA 4FM1A 3M6GA 3AVAA 3FLCO 4JI8K 1S5JA 4FWOA 4FZXC 1JLFA 1U2VA 1NK7A 3L8BA 1HPZA 4DR2K 2HNDA 3QICA 4JK9A 5FDLA 4DR4K 3PSIA 1VQ8N 4G1QA 3RRGA 5EX5A 2FSKA 1ASWA 4FPAA 3AO2A 1GLAG 1S72N 4C8OA 2OPRA 2VGMA 2Y1IA 4ISGA 3ULEB 2VG5A 4DFPA 4N56A 4M7XA 4JI5K 5AFUA 1RT1A 4Z94A 3EKUA 2ZJRL 3DLHA 4KPYA 2P9LA 4DTPA 4FK4A 3LDNA 4DSEA 1CZ9A 5F1XA 2RE2A 3T7ZA 3OYAA 3DRRA 4FW2A 5M1QA 1RT7A 3UKRA 4QCLA 2OA8A 4WFNL 4BWJA 4DQIA 4EP5A 3QDKA 4GV3A 4CJLA 3PX6A 4AHVA 1JKHA 3AA2A 3H3OB 4FM2A 1VQKN 4M3YA 1OH6A 2BUPA 4A62A 4K25A 1S6PA 3QEVA 2KFZA 1RDWX 3ALYA 4OKKA 1VSLA 4C1NI 5AQGA 1ZXOA 3ID6A 4WQ5A 1GOBA 2ZE2A 3CHWA 3TSUA 4FJ7A 3AAPA 3C6HA 2ZF5O 5BREA 3CJBA 4FWLA 4NLCA 3O08A 3AVMA 2W6LA 1GLLO 1YTUA 1FXXA 2ZM6K 3WEEA 4I6MB 3ZYYX 4K43A 4RW6A 1K6YA 2HBJA 3SMSA 3SBTA 1NJYA 2KZMA 1J5EK 2A5XA 3OYBA 1KVCA 2WFBA 3ZT0A 1EWQA 4A59A 3HPOA 1C1BA 4IOXA 2O8BA 3EN9A 1ZBSA 3LL3A 2FF3B 3HYFA 3QLHA 5FPDA 3M8SA 4AHTA 3RR7A 4A5BA 1X9WA 5DM6L 3NF8A 4E7KA 3U9DA 4JRPA 4LFCK 3HPGA 3U6FA 1BA0A 3TARA 1GOCA 2D0OA 1I39A 3AA3A 3CCQN 4IFEA 4KBOA 1BA1A 3LAMA 2FBVA 4FL9A 4RTFD 1X9SA 5HP1A 4AHRA 1S9EA 1HLUA 3G4SN 3L2RA 4FWQA 1VHXA 3CJ7A 3VGKA 4J8FA 3IS9A 1VQ4N 3TTFA 4KV8A 3VETA 4BR4A 1KTQA 2ETJA 4CJ4A 4OGEA 4CHOA 3VF6A 1I94K 2AP1A 4CF2A 1JLBA 1NGEA 2FC0A 5JS1A 4BDPA 2QWNA 4FPBA 1NGCA 1TKDA 5JVGL 2UUBK 1T8EA 3M1FA 4FZZA 5KQ8A 3QMLA 1NKBA 1YF5L 2VQFK 5AQPA 3CFOA 3O9TA 1RBRA 1L3VA 2D0PA 4CERA 1TAUA 4MDAA 1NGIA 1BL3A 3SQ1A 4H0TB 1N5YA 3ZEUA 3ITHA 5C2FA 2OZMA 1UAXA 2YHWA 3L3VA 3QERA 4N76A 4B1YB 1QSLA 1VRTA 3CMEN 3KK7A 3CMAN 1EETA 4RW9A 3QNNA 3FZKA 1HR0K 2G8WA 2O8CB 3VMFB 1S1XA 1BI4A 2UXCK 1KAYA 4DTSA 3HO1A 2XY8A 3OYEA 3SCXA 1P8ZA 1HNIA 4GVMA 3DXKB 4RWTA 5E84A 1ZBHA 4IDHA 1VQ9N 1LCUA 1T6DA 3O6WA 2GWKA 3P31A 4DR6K 3BUZB 4RW7A 4CGHA 4Y1DA 3NHGA 3HSTB 1VQON 4CGIA 3UKUB 3GDQA 3CYMA 1NK5A 4CBXA 4DR5K 4JKDA 3VEZA 3R6MA 3RMDA 4H0OA 3LWMA 4B9UA 3KLGA 3WXKA 1ATRA 3HRGA 3QB0A 4CZHA 3DWLA 4N41A 3ZX2A 5HOOA 2ZJQL 4FWSA 3U4LA 4FLZA 2NRHA 3VGMA 1ESVA 1WUAA 4M3RA 3VF4A 1D5AA 3SYZA 2BH1A 4YORA 1YI2N 1IKWA 4CEQA 4DFKA 4DMNA 3TAPA 2O4GA 4J2DA 2OPQA 1KXPA 4B8CA 3U3YA 2HF4A 1LWFA 3ATUA 2WUSA 2Q2RA 3NGYA 4FJ8A 4GW6A 1VQ7N 1QQCA 4NCGA 1HX1A 3LAKA 3H08A 2XY6A 4PL7A 3G71N 1WSIA 4LF4K 4KB1A 1GOAA 2V7ZA 1BUPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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