2ZGYA

Parm with gdp
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
MLVFIDDGSTNIKLQWQESDGTIKQHISPNSFKREWAVSFGDKKVFNYTLNGEQYSFDPISPDAVVTTNIAWQYSDVNVVAVHHALLTSGLPVSEVDIVCTLPLTEYYDRNNQPNTENIERKKANFRKKITLNGGDTFTIKDVKVMPESIPAGYEVLQELDELDSLLIIDLGGTTLDISQVMGKLSGISKIYGDSSLGVSLVTSAVKDALSLARTKGSSYLADDIIIHRKDNNYLKQRINDENKISIVTEAMNEALRKLEQRVLNTLNEFSGYTHVMVIGGGAELICDAVKKHTQIRDERFFKTNNSQYDLVNGMYLIGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular structure of the ParM polymer and the mechanism leading to its nucleotide-driven dynamic instability
pubmed doi rcsb
molecule keywords Plasmid segregation protein parM
molecule tags Structural protein
source organism Escherichia coli
total genus 102
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06406 StbA StbA protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zgyA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zgyA01
1TYQA 2D4WA 5AQPA 3VEXA 1TUUA 2Q97A 4BRLA 1ZC6A 2HOEA 2YCHA 4H5RA 2CH5A 4CZGA 4EAHD 4GNIA 3VF6A 1GLEG 4H0OA 2WUSA 1TYQB 2P9LA 3HZ6A 1JCFA 3F9MA 3LL3A 2KHOA 2A41A 5EXWA 3BP8A 3MN5A 3VPZA 1GLCG 3S41A 3ULEA 4BRIA 2E2QA 2A6AA 3UKRA 2CGLA 2P9LB 3CERA 5BRDA 5AZJA 2AP1A 2BTFA 2NZTA 4B1UB 3CIPA 3SLCA 1GLBG 2PAVA 5AQFA 4EFHA 3ULEB 2OANA 3UKRB 1Z05A 4BR5A 5LJWA 2P9SA 3H3OB 3WXKA 1TUYA 5FPNA 3MN7A 4IWVA 5AZJB 3CQYA 3P4IA 3MCPA 4M7YA 2Q2RA 5AFUA 5JLFA 3HSCA 4FWNA 4BC4A 2I7NA 4YDUA 1WUAA 1K8KA 5AQUA 2HF4A 2P9SB 2FF6A 4B1XB 5ELZA 1BG3A 3SMPA 1GLDG 4HTLA 2P9UA 4PL7A 4FPAA 5AQIA 1X3MA 2ZWHA 4CZHA 3UB5A 4BRHA 3FZFA 1K8KB 2V51B 2GEMA 2V7YA 2A3ZA 2ASPA 3B8AX 5JICA 1NMDA 1GLFO 3R8EA 2DPNA 2YHWA 4H0YB 2P9UB 4FWPA 1NGHA 4WYBA 5FPEA 3H6EA 4QS8A 4ISGA 3O80A 4M63C 1YXQA 2E1YA 2QWOA 3VF4A 3EKUA 1HLUA 4XEIA 3A5LC 4C23A 1ZXOA 3ENHA 3EO3A 3GOIA 3GBTA 4JAXA 4BGAA 2AA4A 3QFUA 3CJ1A 4MLHA 3FFKB 2A42A 3FZMA 5AZIA 4LC9B 3DWLA 3IUCA 1H1VA 2GTDA 1BWFO 4CZEA 1E4FT 3LDQA 4K43A 4BRQA 2YHYA 3QBWA 1C0GA 4XH1A 3CJBA 3H3NO 5BRFA 1NWKA 5AZIB 2GWJA 1RDWX 4XH4A 2CGJA 2E1ZA 4XH5A 4EHTA 4MLEA 3LDLA 4H5TA 1X3NA 2FF3B 3HBTA 4NB4A 5EY4A 4RWTA 5TKYA 5AQLA 1KAXA 3WEEA 4BREA 1LOTB 3VEWA 4BROA 1JCEA 1KAZA 4BVOA 1BA1A 1NGIA 2EWSA 3FR0A 1U2VA 3MK6A 4DB3A 5BREA 3O1WA 2P9NA 3CJ9A 5I9EB 3I33A 3KZBA 3A8YA 3R6MA 3MN6A 4CBWA 3GDQA 1EQYA 3QB0A 4FWLA 2E2NA 1NBWA 5EVZA 3L4IA 2Q36A 3O8MA 5EOYA 3C7NA 1U2VB 5KQDA 1NGBA 1BDGA 2P9NB 3QFPA 3WUHA 2E2OA 4A61A 3ZX3A 3WQTA 3CETA 4BR4A 5AQHA 3C7NB 2E88A 3VEOA 5KPTA 3QBXA 4BRCA 1J6ZA 4J8FA 5B8HA 3WXIA 3QDKA 5E84A 1CZAN 4WQ5A 1GLAG 2FXUA 1MDUB 4I6MA 4BVPA 4H03B 3GG4A 3H1QA 5BN8A 3UE5A 1D4XA 3AAQA 3RSEB 4FWOA 4O8KA 5AQTA 4WQ5C 1MA9B 4BRMA 1RGIA 3DAWA 4I6MB 3TU5A 1GLLO 1HKGA 3M3ZA 4RCHA 3OHRA 1ESVA 1NGEA 3VETA 2FSNA 5AQZA 3DXKA 2HMPA 5BR9A 4AM6A 3LM2A 4PKGA 1P8ZA 4FPBA 4MO4A 3MMVA 2IVNA 4FSVA 3KVGA 1BUPA 3H45C 3WQUA 3FZHA 3VF2A 4F9OA 2CH6A 3DXKB 3QMLA 2D0PA 3BF1A 2VCPA 3IMXA 1NGJA 3U4LA 3FZLA 1NGGA 2QW9A 3ZX2A 1LCUA 5AQXA 4BR9A 1QQNA 3CJCA 5FPDA 1IJJA 2NRHA 1QHAA 2HF3A 3D2EA 2D0OA 4QS9A 3BUZB 4CZJA 2J4RA 1WOQA 3FGUA 5FPMA 3U8XA 3O1BA 2QWPA 4AM7A 3FZKA 4BQLA 4BQZA 1NGCA 1HKCA 3D2EB 1Y64A 3H1VX 4Z94A 4BC5A 1ATRA 4FWSA 3ZEUA 3UKUA 5ADXH 3QICA 4BRPA 3I8BA 3MDQA 3M1FA 3ZX0A 3VERA 4FWQA 5AQRA 1T6CA 5EX5A 1BOTO 3ZEUB 4BRGA 1QZ5A 4CD1A 5AR0A 3BF3A 4JNEA 5AQJA 3UKUB 2VYPA 4O5FA 4B1ZA 4K41A 2YI1A 1DEJA 2P9IA 4H5VA 5JMVA 1OKJA 2H3GX 5BPLA 2QM1A 2E2PA 1BU6O 3VEZA 1NLVA 1YAGA 3A5NC 3L0QA 3VESA 2QWLA 2W41A 4PL8A 3R9PA 3BEXA 3WXLA 2P9IB 2FLOA 2Q31A 1GLJO 1IG8A 4B1VA 2ASOA 4CBXA 1E4GT 4M7XA 1ATSA 1V4SA 1ATNA 1Z6RA 2Q0RA 5AQYA 1JCGA 5KQ8A 4BC3A 4A2AA 4BG8A 2F9TA 4CZKA 4BR2A 1S3XA 3DXMB 3D2FA 4ISEA 3JXUA 3KHYA 4B9QA 4K25A 3ID8A 5AQKA 5ADXA 1T6DA 3A5OC 5LJVA 3VGKA 4FWKA 4H0VB 1T44A 1XQSC 2VWBA 3D2FB 3L6QA 4IJAA 4WQ4C 3EL2A 2ITMA 3A0IX 2W40A 5AQMA 1SQKA 4FOEA 4BR7A 4BRKA 2E8AA 4BR0A 2GELA 2V7ZA 1DGKN 2ZGYA 4BRFA 4DQ8A 1HPMA 1NGFA 4BC2A 4JHDA 3C0BA 3HI0A 3A5MC 2I7PA 1NM1A 1RFQA 4H0XB 3RSEA 4BRDA 2YJEA 5KPZA 4FWRA 4BRAA 4B1YB 1SZ2A 2IVPA 1S22A 3VGMA 2YJFA 5AQSA 3LM9A 4JHDB 5AFUH 1ZBSA 4DCHA 4DHYA 5KPRA 1G99A 1X9JA 3WT0A 4A62A 2QWNA 2QWQA 1U6ZA 3CJAA 4BG9A 2FSJA 2NLXA 5AQQA 4CJ7A 3SMSA 4MO5A 2P9KA 4JD2A 4PKIA 5E26A 4CZIA 5AQWA 2QXLA 5LY3A 2PBDA 3U9ZA 3WXJA 3O08A 4FL9A 2BUPA 3J8AA 3TPQA 3O6WA 5CE3A 5AQVA 1XUPO 1MWKA 2P9KB 4JD2B 3VGLA 4CZMA 3M6GA 1HKBA 4H0TB 2E20A 4CI6A 2FSKA 1HJOA 3JS6A 3AAPA 3FE1A 4H0PA 1XC3A 3GL1A 2Q1NA 3MN9A 3CQXA 2QWRA 3AARA 3ENOA 5AQOA 4Y0WA 1C0FA 3IFRA 5AQNA 1KXPA 3D7EO 4NO7A 4FO0A 3CHWA 4CD3A 2QWMA 3SJHA 3EN9A 2V52B 5F2RA 4CZFA 1NGAA 1SAZA 2YHXA 4YDUC 5AQGA 1HUXA 3CI5A 4E1JA 3W0LA 4IJNA 1HX1A 2F9WA 3AY9A 3VOVA 2Q0UA 3CJ7A 3VENA 5JLHA 3EKSA 4IZ9A 3EZWA 3FLCO 2A5XA 1BO5O 1NGDA 3ATVA 4FWMA 2ZGZA 3O4WA 1YVNA 1KAYA 2GWKA 2P9PA 3GE1A 2A40A 4KBOA 4FOIA 4PKHA 4ISFA 3DXMA 3U9DA 2IIRA 3H46O 5F1XA 1QZ6A 2UYTA 1R59O 4A2BA 4BGBA 3LDPA 4H5NA 2P9PB 5BN9A 1BA0A 3W3DA 3HTVA 2GUPA 4WQ4A 1YUWA 2IVOA 4RTFD 5BPMA 1V4TA 4L3QA 3ZETA 2ASMA 4EIAA 2D1KA 1MWMA 4EHUA 3HM8A 4JN4A 3DJCA 3SK3A 3VEYA 4CBUA 3IDHA 1QQMA 3ZETB 3O5BA 4B1WB 2CGKA 4K42A 1DKGD 4H5WA 4IXCA 3G25A 3ATUA 1Q18A 4GY2B 4IO8A 3LDOA 1QQOA 5BRHA 5BPNA 3WEEB 4HWIA 3LDNA 3VEVA 4CZLA 2ZF5O 5F0XA 4QS7A 4BRNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MEEA 5AQPA 2G8HA 4DU1A 3DMJA 1TUUA 3L3VA 4BRLA 4ILGB 4JLHA 4JKBA 3ZLJA 5SWMA 3VF6A 1HQUA 5C24A 3WNGA 2GX9A 2P9LA 4B9NA 3HZ6A 3IKMA 1JCFA 1RILA 4N76A 3LL3A 4CGIA 2KHOA 3OYGA 2A41A 5EXWA 3BP8A 1YJWN 3VPZA 3SCXA 3ULEA 3CC4N 2A6AA 1RDDA 1KFDA 4O4GA 4J2EA 4FM1A 4AHCA 3E1YA 3ITHA 2BTFA 4CJQA 2Z1IA 5I3UA 2PAVA 1Q9YA 2XY6A 4BR5A 2P9SA 3H3OB 3WXKA 5FPNA 3EY1A 4X66K 3RRHA 3MCPA 5AFUA 4OPHA 1VSMA 2B6AA 1YTAA 1P90A 2I7NA 1XMQK 1CXUA 3CQ8A 3DLRA 2HF4A 2X78A 4B1XB 3T3FA 3SMPA 2RN2A 1REVA 3VTIA 2WFBA 4DV4K 3CCJN 3NF7A 1Z26A 2GEMA 4A57A 2V7YA 3B8AX 4DFPA 1VQNN 2G8IA 1NMDA 1EO1A 1DTQA 3CCSN 1WSFA 2YNHA 4WYBA 5FPEA 3THWB 1BIUA 4NCBA 5GAGP 2G8FA 3O4NA 1YXQA 1KTQA 4DTOA 4W5NA 3SQ2A 3TANA 4E7HA 4XEIA 1XMOK 3EO3A 4CFCA 3P1GA 1IH7A 1HMVA 1EXQA 3KK7A 5AZIA 4H4OA 4LC9B 3DWLA 3IUCA 1H1VA 1VQ4N 3LDQA 4Z4EA 4DF8A 1KSPA 1NK5A 3SUOA 3NAEA 3AVJA 4DUYK 1LW0A 4XH4A 3DYAA 4XH5A 3VQ4A 3ZSYA 4H5TA 4KTZA 5E41A 2FF3B 4NB4A 4KHQA 5TKYA 4NXMK 3MXIA 1LOTB 3SQ1A 1JCEA 4BVOA 4KHUA 3DOKA 1U2VA 3V9WA 5H1SQ 2FBYA 3DLLL 5JS1A 3CJ9A 4M3ZA 3KZBA 1B9FA 1C0MA 4CF0A 3R6MA 3MEGA 4CECA 3QB0A 4FWLA 2E2NA 3L4IA 5EOYA 4DSIA 4QAGA 2XO7A 3QFPA 4ZHRA 2Y1JA 3PSIA 3TAGA 4A61A 3AVFA 3WQTA 2VWKA 2HSTA 2GV9A 1W9HA 4CK1A 4DKWA 3C7NB 3PIOL 4BRCA 1J6ZA 1NJZA 2PY5A 1MDUB 4DQQA 1UWBA 4E7KA 1TL3A 4BVPA 3GG4A 1LAVA 2O4IA 4I2PA 1D9FA 3RMDA 2VGMA 1SKWA 3CM6A 5HRPA 2BGGA 5AQTA 3I56N 3CYMA 1RGIA 4R5PA 1FKOA 3DRPA 1HKGA 1OVQA 3AV9A 3QINA 3LZJA 3NHGA 3F5TA 1SV5A 2HBMA 5AQZA 2HMPA 4DV3K 3LM2A 3AGKA 4FPBA 4Q5VA 4E7IA 4FSVA 3L2UA 3WQUA 3V9UA 2HHXA 3O9TA 1EWQA 4F9OA 4H8KA 3BF1A 1NGJA 4F3TA 4ELTA 5AQXA 4BR9A 3K0SA 1QQNA 3CJCA 2RKIA 2HF3A 3NGIA 4QS9A 4CZJA 1VSLA 1JLQA 4E1MA 3FGUA 1O13A 4OVLA 3U8XA 3DOLA 2B5JA 5HL7L 4BQLA 4C1NI 3EE8A 4BQZA 1IKXA 3RR7A 3H1VX 3O3HA 1JLEA 4FJ5A 3T69A 4JI4K 4DTMA 3AVLA 2DFFA 1RT2A 3WNEA 3P83D 4AQYK 2Y1IA 3MDQA 5KTQA 4IFEA 4EZ9A 4WF9L 3KK1A 3C6UA 2D0BA 2QEXN 2O8EB 4BRGA 1BOTO 3ASMA 3UKUB 4CCHA 3ZSVA 3D0PA 4H5VA 5JMVA 4IKFA 4NLCA 1J5OA 4OGCA 3LWLA 3LDSA 2RHKA 4GKKK 4MDAA 3VEZA 2UUCK 3L0QA 2W41A 1BQNA 1WBBA 1T7PA 1E4GT 3S3NA 2UUAK 1Z6RA 5KQ8A 4CZKA 3VQQA 1X9WA 1ZBFA 3ULDA 4FJ7A 3QEVA 3RMBA 1KFSA 2OPRA 4E3SA 3KHYA 3HT3A 2PZSA 3DRRA 4B9QA 4K25A 5AQKA 3KK2A 1T6DA 2QI2A 4Z4IA 1W97L 3AVIA 1NKBA 1S1WA 3L6QA 3EL2A 2ITMA 3A0IX 4Z0UA 1Q86O 4HCCA 1LAWA 1SKRA 1RTHA 2E8AA 1N32K 2GELA 3F9KA 5LMUK 1B9DA 4BACA 2ETJA 4CF9A 1HPMA 1NGFA 5HBMA 3C6HA 1RBTA 2I7PA 1NM1A 3NVMA 2YJEA 2YX6A 3T1HK 1ILYA 1IBKK 3V1QA 4GV9A 4LF7K 3VQDA 2YJFA 5C2DA 2X74A 3MWPA 4X65K 1S6PA 2HB5A 4AHUA 1C0UA 4A62A 2QWNA 3CJAA 3AO1A 3ZSOA 3V1RA 3AVMA 5CZ2A 1U4BA 3QIPA 2YHBA 3SMSA 3D45A 1RTIA 4JD2A 2HHSA 1UA0A 4RW9A 4DR3K 3KLIA 3R1XA 3WXJA 4O0IA 2VQEK 2BUPA 4I2QA 4W5TA 1J53A 5AQVA 1XUPO 4JRQA 1S1TA 1TKTA 3BGRA 4H0TB 1L5UA 3S9HA 1NOZA 1WLJA 3JS6A 2FBVA 1CLQA 4CK3A 3QESA 3PX6A 3G4SN 2YKMA 3NVKA 4H0PA 1XC3A 3N4PA 2Q1NA 3MN9A 1VQ7N 3HOSA 4O55A 4RW7A 1JLBA 1C0FA 1GOBA 3L2RA 4B8AB 1L3TA 2D5RA 4JV5K 3SJHA 1TAUA 2V52B 5F2RA 1HQEA 1VSEA 3AVCA 4YDUC 4CZFA 3EE9A 4DLEA 1WNSA 3OTOK 4I7FA 4IJNA 4IOCL 2F4VK 3AY9A 2FBTA 3WNFA 1JLAA 4GMJB 2RPIA 2W6KA 1K8AO 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3CPWM 4PY5A 3A5LC 2HNYA 1ZXOA 4DQSA 3RMCA 4DQIA 3GBTA 4JAXA 4DU4A 2AA4A 3QFUA 4MLHA 3SAGA 5CYMA 2Z1HA 3KWGA 2GTDA 4JK9A 4K43A 3QBWA 3AA2A 3DLBA 4GV3A 3NE6A 3SQ4A 5AZIB 1ZYQA 1VSFA 3VQ5A 4AF1A 2CGJA 4IFYA 2E1ZA 3F2KA 3NGZA 2JWKA 4MLEA 3OS0A 2HHVA 3KK3A 3LDLA 1KQSM 1RT1A 5EY4A 4RWTA 1KAXA 2BE2A 4BROA 4B8CA 1KAZA 5GIOA 4Z4HA 1HNWK 1NGIA 4FCYA 3FR0A 3SI6A 5BREA 2P9NA 3SPZA 1U47A 3VQ9A 3MWTA 3ZSQA 3SZ2A 2Q36A 1U2VB 1BDGA 4RW6A 3ZX3A 2QTDA 3SUNA 2OPSA 5BR8K 4HVJA 1N36K 1I3AA 5AQHA 4N47A 1BIZA 4HUFA 2E88A 3VEOA 5KPTA 1XNRK 3QBXA 3ZYYX 3WXIA 4YORA 2G8VA 4JI5K 5CHIA 3I8DA 4I6MA 1Q8IA 3HPGA 4H03B 1C0TA 1D4XA 2OZMA 4FWOA 1LW2A 2VG6A 5M1KA 4WQ5C 4W5QA 4CW7B 3OYNA 3TU5A 4C8NA 2G8UA 4BE2A 3M3ZA 3OJSA 1HNZK 2E5LK 4KPYA 5BR9A 1C6VA 4PKGA 4KTQA 3E9PA 4GVEA 1P8ZA 3MMVA 4CEBA 3H45C 4WFBL 3NDKA 5C25A 2CH6A 3QMLA 4CERA 2XY8A 2HHTA 4CIEA 3U4LA 2VWJA 3FZLA 1NGGA 3LANA 4B9LA 4G9ZA 1IJJA 3D6RA 5KGWA 3DLGA 1KLNA 5JVGL 2D0OA 3E66A 2HBKA 3L8BA 3FFIA 1K9MO 3O1BA 2QWPA 4AM7A 3SAFA 3QLHA 3CC2N 1RT7A 1Y64A 4Z94A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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