2ZJPL

Thiopeptide antibiotic nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Translational Regulation Via L11: Molecular Switches on the Ribosome Turned on and Off by Thiostrepton and Micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjpL01
4IOCL 5JVHL 1VQKN 3CC2N 1K8AO 1KC8O 1QVGM 3G71N 5H1SQ 4WFBL 1N8RO 3J7ZO 4U67L 1OVYA 1QVFM 1VQ6N 1YHQN 1YJWN 3CMEN 1K9MO 1Q7YO 1Q81O 3CCJN 1VQ8N 4UY8O 1VQLN 3G6EN 3CCUN 2ZJQL 5JVGL 3CC4N 3CCMN 4IOAL 5GAHP 3CC7N 1VQ9N 1YITN 1K73O 3CD6N 1VQ4N 3CCRN 5MLCQ 1VQON 3CF5L 5GAGP 3CMAN 3I56N 3CCEN 2OTJN 5DM7L 3PIOL 1Q86O 1M90O 2OTLN 3CXCM 4IO9L 3G4SN 4WFNL 1VQ5N 3I55N 4WCEL 4WF9L 1M1KO 1S72N 1NJIO 1YIJN 2QEXN 5HL7L 1VQMN 1YI2N 4WFAL 1VQ7N 3CCVN 1ILYA 3CPWM 1YJ9N 1YJNN 3CCSN 2QA4N 2ZJPL 1KQSM 1VQNN 3DLLL 1VQPN 5GAEP 5GADP 3CCQN 1Q82O 5DM6L 3PIPL 2ZJRL 1KD1O 3CCLN 1W2BM 3OW2M 1JJ2M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC5A 5FRMA 3THYB 5AZJB 4N76A 2Q0RA 3G71N 3F9MA 5JS2A 3NAEA 5M1NA 3DLEA 4YOTA 4AHTA 5FPMA 1QQCA 1T6CA 3C65A 3L2UA 4FWNA 2DPNA 1V4SA 4LD0A 1IKWA 3QIPA 1VQLN 4DU4A 1CZAN 2Y1JA 1VSMA 4QCLA 4LF4K 3KD1E 5FPDA 3M6GA 4CF8A 4WQ4C 1QSLA 4CEDA 4CIEA 4H0XB 4RW6A 4BR2A 2PZSA 3G10A 1E4FT 3MXIA 2WUSA 4J2EA 3EKUA 2GUPA 4JLHA 3HSCA 4NB4A 2PYLA 3FFKB 4FJ9A 5D3GA 1JLCA 4JKDA 4JK7A 1LW2A 4CBWA 4F4KA 3VEYA 3NE6A 4FJHA 2A41A 4FJJA 4NYFA 4E19A 1LWEA 4X62K 1Q86O 3AA3A 3DMJA 1WSJA 3ULDA 4BRDA 3HVRA 1VSEA 5CR4A 2BTFA 3DWLA 2CGJA 5M1PA 3SNNA 2HBJA 4CJSA 4FJGA 4CFBA 2W6KA 3EKSA 4JHDB 4CHQA 1Q9YA 1NK5A 4E7JA 3H6EA 4MFBA 4I7FA 4FJXA 4K42A 1FKOA 1RTIA 1SV5A 3E01A 1Y64A 2P9KA 1YXQA 3AA5X 4CJTA 1ILYA 4BRLA 4DQRA 2XY5A 2CGKA 4CIGA 1NGAA 3LZJA 3OJSA 5F2RA 2F7TA 2JGUA 4DV6K 4A5BA 2VG6A 2JWLA 2I7PA 4O8KA 1S1WA 2FBXA 2HVIA 2VQFK 1BIUA 3M3ZA 1QZ6A 2D0AA 3KLFA 1Z05A 3MDQA 4C8NA 2UYTA 5E41A 1QVGM 1UWBA 2PYJA 4CZLA 4W5QA 2QWOA 3O3FA 4BRIA 3TAPA 3LDSA 4Z4HA 1KTQA 1EO1A 2IVOA 5BR9A 1YUWA 5BRFA 5EY4A 3OBWA 3P83D 1H1VA 3FE1A 3O9QA 4DFPA 2ZJQL 4ID5A 1TKDA 4DQIA 3ZX2A 4WQ5A 3QETA 4JK8A 3ZSVA 3U9DA 2UXBK 3TPQA 1YF5L 1VQ9N 2X78A 2P9LB 4JI7K 3SQ0A 4KV8A 3L2VA 2HNDA 4LC9B 4EHTA 1VSFA 3GL1A 2UU9K 1HYSA 3KKRA 2V7YA 3GG4A 1ZBFA 3H3NO 4CJ7A 1C0MA 4CJ5A 3FZKA 3UKUA 1TK8A 4MDBA 4LF6K 2XY7A 3SUPA 3AVGA 1J6ZA 3O1WA 4BDYA 1NGDA 1NWKA 3VGMA 4BR7A 4IO9L 4Z94A 1S6QA 3SMPA 3ZT0A 3GE1A 3CQYA 3THXA 4DV2K 2FBVA 4LFBK 2RPIA 3MXMA 1HYVA 1KFDA 2F9WA 2X6SA 4ILGB 1U2VB 4M63C 1KFSA 4DTMA 3WXKA 3AVBA 3QFPA 3BP8A 2FSJA 2QWLA 3Q7CA 4CHOA 2P5OA 3RMCA 4B8CA 1TAQA 3O8MA 3TI0A 3MEDA 2E2QA 5AQWA 2YI1A 5DM6L 1ZBUA 4KTWA 3DOLA 4LFCK 3ATVA 4K25A 4E0DA 4QS9A 3PLAA 3MCAB 1OVQA 2YNIA 3NVMA 5KPZA 3UB5A 4I6MB 3CYMA 4CGGA 2IVNA 1RGIA 3OYDA 1X9SA 3P5JA 4GV9A 2NUBA 4W5NA 2YKNA 3O9RA 5KTQA 3VTIA 2GV9A 3VQBA 1WAJA 4OLAA 3O1BA 3OS0A 4JD2A 3THWA 4CEQA 4E1JA 3RMAA 4FJIA 1HPZA 3EE9A 3ZETA 1C0UA 3OJUA 3SZ2A 4H0PA 4B9UA 2ZGYA 3GOIA 4BRKA 4CZKA 1XMQK 3OVNA 3PX4A 2QI2A 5ADXH 3AVFA 4JI6K 4M3ZA 1RCHA 2I7NA 1JXBA 1P8ZA 2NRXA 3O4QA 1DEJA 5JLFA 3TR8A 3UKRA 3M8PA 1RDBA 1GLAG 4L3QA 4CK1A 5BPMA 4CJEA 3O3GA 2O8EA 3V1RA 4BQZA 2HHXA 3J7YP 1VQ5N 3T69A 1HYZA 3BUZB 4OPAA 4WCEL 3NBPA 4Z4IA 2ITGA 1OH8A 2NRHA 4GNIA 1VSIA 1SQKA 4DQ8A 3OYHA 4IEEA 3VMFB 4EIAA 1JLFA 4N47A 3S3NA 4JV5K 3BF1A 4HTLA 4E7HA 4PY5A 3MMVA 4AHUA 4NYNA 4CGIA 5AFUA 1T44A 3K5LA 4GKJK 3PO5A 3HYFA 1FXXA 2A5XA 4M42A 3IS9A 5AQIA 3WNFA 3LM2A 1B92A 1SZ2A 3PX6A 1RBTA 2OCEA 1P90A 3KVGA 3V4IA 4DV3K 4O44A 3HO1A 2GEMA 2HF4A 4K8ZA 3I0SA 1JKHA 4CZJA 4KAZA 1D4XA 1BI4B 2HHWA 1BA1A 1C1CA 1I3AA 4LFAK 1K8AO 5AR0A 4CVNE 2VWKA 2FC0A 4BROA 3OYLA 2HB5A 1VQ6N 2KKZA 1NU0A 1NGEA 4IXCA 3KK1A 2ETJA 3MX2A 4Y0WA 4DV4K 3DRPA 4FM1A 1ITGA 3U4LA 4CI6A 3PX0A 1SL2A 1RT6A 2RF2A 4O8UA 4DV1K 4BVOA 2OANA 4LF7K 1NGBA 3AVJA 3SBTA 3WXIA 4F3TA 5BREA 2IAJA 4BRNA 5GINA 1A5VA 3KIOA 3MEEA 2G8WA 1NJYA 4MLEA 3O80A 4YOVA 4KB0A 4FM0A 4RW8A 5KGXA 1K73O 2GWJA 1XWLA 3KKSA 2Z1GA 5AQGA 3H1QA 4BR4A 4K43A 4BACA 1N32K 4CK2A 2P9SA 3ZX0A 3VEOA 5EX5A 3T1YK 4PKHA 2OA8A 1MWMA 2UXDK 4DR3K 3A0IX 4EZ9A 3LL3A 1N5YA 2QM1A 3K59A 3QO9A 1WNSA 2Z1JA 1NGFA 3K5MA 1KCFA 1S5JA 3A2FA 3P39A 3L3VA 3QBWA 3SLCA 1EP4A 4TSXA 3QFUA 2O8FA 3G25A 4B9MA 1BCOA 3NCIA 3KWGA 5EXWA 3QEPA 3ZT1A 4FK4A 4H5VA 1N33K 2O8BA 3HK2A 3CETA 3R8EA 1BCMA 3K5OA 5BPLA 2VQEK 4ISEA 4B3MK 5A2QO 2P9KB 3O9UA 4FPAA 3MK6A 3CFPA 4E7LA 2W6LA 5KRTA 4B9QA 4ZTJA 4MO4A 3ZSZA 5HRNA 4L8RB 1I94K 4CJRA 3WQUA 1X3MA 4CFDA 3O5BA 4BWMA 5I42A 5C42A 4IFVA 4FWRA 2ZE2A 2F8SA 2D0CA 5IT9O 1F21A 3ULEA 4B9NA 2ITMA 4CGHA 4W5TA 4O4GA 2D1KA 1HQUA 2OPQA 3LP0A 5C10A 3AGKA 3LDQA 4F3OA 1NK4A 1RNHA 3TANA 3RMDA 5JVGL 2DFHA 4Z4CA 4E1NA 2GUIA 3P31A 2PBDA 3CERA 4JI1K 3CPEA 3T3FA 1C1BA 4GV3A 1ZC6A 4FK0A 4BR5A 4CJWA 4LF5K 1YITN 2ZGZA 3CCRN 1BHLA 4YDUC 4PUOA 3HXMA 4BE0A 2NRZA 3HRGA 4BE1A 1CZBA 3JXUA 3CMAN 1KAZA 3LDOA 4DKWA 2G8FA 1GLLO 3RWUA 4B1WB 4DU1A 1SUQA 2FSNA 3V9WA 1IJJA 1S22A 4JNEA 1IKYA 3ENBA 3I8BA 4XIUA 4HWIA 3VQEA 3M1FA 1N36K 1K8KA 2KW4A 2KTQA 3UKUB 3PSFA 4JRQA 4CZHA 1YIJN 3VQ9A 3ID6A 4KKOA 3SJJA 2P9UA 3C6AA 3HP6A 1NGJA 2WBNA 1ZYQA 3J8AA 4G1QA 1RTHA 4JI0K 4BC3A 4G9ZA 4CEBA 2EWSA 3E9LA 4MLHA 3THXB 4CZMA 3VF6A 4Z4FA 1VHXA 3V1QA 1VQNN 3L2RA 3QBXA 4CZFA 4OO1J 4DTNA 3ZSWA 1RDDA 1C1AA 4CF0A 3AAPA 4WYBA 1NNEA 4DR7K 3FZFA 2J4RA 1Z26A 1ZXOA 4U7BA 3S3OA 3CG7A 2E5LK 1LWFA 1T3VA 1RT3A 3OW2M 3U8XA 3M8SA 1UAXA 3VQAA 3EY1A 3RR8A 3KD5E 3CC2N 3VQ7A 1KC8O 4KFBA 2RE2A 4YNQA 3J7ZO 3V81A 4DSKA 2ZM6K 4RCHA 2ATQA 4OKKA 1N34K 3SAFA 3C6HA 2BDPA 4FLZA 4XEIA 3SAGA 4IDHA 1X9WA 1NM1A 2OPPA 2XY8A 2E4LA 1JLAA 5CZ2A 4ISGA 4OX9K 2OZSA 5HP1A 1ASVA 4RW9A 1VSLA 1IKXA 1I39A 5JICA 1KLMA 4B3SK 5F0XA 1IV0A 1ASUA 2P9PA 2RKIA 3VEXA 4GVMA 2OPSA 4JD2B 4DV5K 3THWB 4GMJB 2VWJA 3GBTA 3ZETB 3WUHA 5CHIA 4AHVA 4A62A 3QLHA 5C0YA 1EKEA 1S3XA 3ATUA 3A8YA 1U48A 4IWVA 1M1KO 3NH0A 4K8XA 5SZTA 3VEVA 4LH4A 5B8HA 3LM9A 2KZMA 2ASMA 4DLGA 4JN4A 1RILA 3UKRB 4LY7A 5IWAK 3PO4A 1IG9A 1IBKK 3B6PA 1KAYA 4WFAL 1ZBHA 3PSIA 2O8EB 1QS4A 3HZ6A 4WQ5C 1TL3A 3TSUA 3VESA 4DHYA 3OYAA 2QA4N 3KK3A 4BWJA 5GAEP 3A5OC 3HSTB 5AQYA 4LF9K 2WOMA 3E9OA 1Q18A 1YTUA 2ZJRL 3LP2A 3AGRA 3SUOA 1W2BM 2B5JA 1NGHA 3SYZA 1QZ5A 2DTUA 4DQQA 3JSMA 3WNEA 3CMEN 3C6TA 4E1MA 4CEEA 5KPTA 3O9TA 1Q81O 3TAGA 1ESVA 1VSKA 3G6EN 3NF9A 1MWKA 4C23A 1WUAA 2Q3SA 4IEIA 3L4QA 1NGCA 4JS5A 2IVPA 1L3SA 1D9DA 1CZ9A 3CIPA 4M45A 4PHTX 1MU2A 3VQ4A 3ASMA 1WSEA 3C0BA 2VGMA 3ALYA 1DT9A 4OGCA 2HHTA 1LAVA 2Z1HA 5BN9A 3SQ1A 4AHCA 3AVIA 2G8UA 3SBGA 3CCEN 1KLNA 4H5RA 4AM6A 3OHRA 1EQYA 4WQ4A 4DF4A 3WEEA 2PAVA 3G4SN 2HHVA 2D0BA 3H08A 1GOBA 3V6DA 4C1NK 3AVMA 4CJ3A 4CE9A 3DLGA 4AHSA 1LOTB 2P9SB 4AH9A 2HW3A 4J2AA 2ZWHA 3EN9A 2ASOA 4DG1A 2Q97A 1BGXT 4DSIA 4KHYA 1HRHA 2HF3A 4B3RK 2O4IA 3HPHA 3MXJA 2DFFA 2HHUA 3U6FA 1BQMA 3OYEA 5AQNA 3C7NA 3R9PA 5M1FA 2YNHA 3M8QA 3QEXA 3O6WA 5KQDA 3BEXA 3T7ZA 1NMDA 3AV9A 1Q82O 3BDPA 2O8FB 1NK8A 3NHGA 3E9PA 3PIPL 1CLQA 3C94A 4JEPA 5AQKA 3ZSQA 4BDZA 1TK0A 3MN9A 3VQ6A 2O8DA 3P38A 4FZZA 2O8BB 4O55A 1QSYA 4B1UB 3FLCO 5E84A 4GVEA 3NGIA 1JXEA 1IKVA 1YJWN 1JL2A 3FR0A 4K41A 4BRAA 3C95A 3IFRA 3TAEA 1RT2A 1E3MA 5AJ3K 1QQNA 1ZBSA 1RDAA 5AQHA 3SAHA 3VQCA 2O4GA 4W5OA 2HBLA 1HMVA 3NGZA 4PA1A 5TKWA 4DS5A 1RDWX 2KLAA 3CC4N 3CCMN 4PL8A 1KVAA 1GLBG 2E2NA 1GLDG 4O0IA 2XY6A 1J5OA 3AO5A 3KJVA 2JWKA 4GW6A 4A2AA 1D9FA 3ULEB 2XRIA 3MCPA 4I2QA 3F73A 3RR7A 3L8BA 4ICLA 3SV4A 1TUYA 3LWMA 4DS4A 1VQ4N 2BANA 5LMNK 5HRSA 3VETA 2IGIA 3BY5A 3TWHA 5J1EA 4YOWA 1WN7A 2VWBA 2IIRA 4CFCA 3AA4A 3AVHA 3D6RA 3ZSXA 1RT1A 1WSFA 3VA3A 3QEWA 1JCGA 4KHUA 4YORA 5C15A 2LSNA 1NGIA 1VRTA 3W3DA 4FYDA 3VGLA 1EWRA 2ZQBA 4NXNK 4BE2A 4FWLA 4DUYK 1A5WA 2QEXN 3F5TA 4ELUA 3WXJA 3VN5A 1TYQA 1SL1A 3K9KA 2HBKA 4H4MA 3MAQA 1YJ9N 2VYPA 1K8KB 4YOXA 4J2DA 1V4TA 3HVTA 3AAQA 4MDAA 2D0PA 4H5WA 3QDKA 1VQPN 1TAUA 5KPRA 4NCAA 4PQUA 1IBMK 3MN7A 1HPMA 2P9UB 3CCQN 1TK5A 2EHGA 2NZTA 1X3NA 1HJRA 4FW2A 4OPHA 2HSTA 1VSJA 3SMSA 5FPEA 3LDLA 4CZEA 1NOZA 5FLXO 1SKRA 3DXMA 2HMPA 3LAKA 4DTUA 4AF1A 3TSQA 5C2FA 1JCFA 4B8AB 4QAGA 1OVYA 3HBTA 1QHTA 4DTPA 3G0ZA 1Q7YO 4KTQA 1JLQA 2OPRA 3OA9A 3L2WA 3QMLA 5AQRA 4KI6A 1HLUA 4FWSA 3LPTA 4ZHRA 4CGFA 5DMRA 4C8MA 2QWNA 4FXDA 1L5UA 3ENHA 4BRGA 2ZD1A 4CBUA 4C1NI 3A5NC 1ATNA 3N4PA 2KQ2A 5AQTA 2E8AA 2FF6A 2VG7A 4OVLA 1QTMA 2KFNA 2YJEA 1HNXK 5CYMA 3DLHA 3CFRA 4DUZK 4DR4K 2HMIA 2OTJN 5M1QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IOC L;  5JVH L;  1VQK N;  3CC2 N;  1K8A O;  1KC8 O;  1QVG M;  3G71 N;  5H1S Q;  4WFB L;  1N8R O;  3J7Z O;  4U67 L;  1OVY A;  1QVF M;  1VQ6 N;  1YHQ N;  1YJW N;  3CME N;  1K9M O;  1Q7Y O;  1Q81 O;  3CCJ N;  1VQ8 N;  4UY8 O;  1VQL N;  3G6E N;  3CCU N;  2ZJQ L;  5JVG L;  3CC4 N;  3CCM N;  4IOA L;  5GAH P;  3CC7 N;  1VQ9 N;  1YIT N;  1K73 O;  3CD6 N;  1VQ4 N;  3CCR N;  5MLC Q;  1VQO N;  3CF5 L;  5GAG P;  3CMA N;  3I56 N;  3CCE N;  2OTJ N;  5DM7 L;  3PIO L;  1Q86 O;  1M90 O;  2OTL N;  3CXC M;  4IO9 L;  3G4S N;  4WFN L;  1VQ5 N;  3I55 N;  4WCE L;  4WF9 L;  1M1K O;  1S72 N;  1NJI O;  1YIJ N;  2QEX N;  5HL7 L;  1VQM N;  1YI2 N;  4WFA L;  1VQ7 N;  3CCV N;  1ILY A;  3CPW M;  1YJ9 N;  1YJN N;  3CCS N;  2QA4 N;  2ZJP L;  1KQS M;  1VQN N;  3DLL L;  1VQP N;  5GAE P;  5GAD P;  3CCQ N;  1Q82 O;  5DM6 L;  3PIP L;  2ZJR L;  1KD1 O;  3CCL N;  1W2B M;  3OW2 M;  1JJ2 M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BC5 A;  5FRM A;  3THY B;  5AZJ B;  4N76 A;  2Q0R A;  3G71 N;  3F9M A;  5JS2 A;  3NAE A;  5M1N A;  3DLE A;  4YOT A;  4AHT A;  5FPM A;  1QQC A;  1T6C A;  3C65 A;  3L2U A;  4FWN A;  2DPN A;  1V4S A;  4LD0 A;  1IKW A;  3QIP A;  1VQL N;  4DU4 A;  1CZA N;  2Y1J A;  1VSM A;  4QCL A;  4LF4 K;  3KD1 E;  5FPD A;  3M6G A;  4CF8 A;  4WQ4 C;  1QSL A;  4CED A;  4CIE A;  4H0X B;  4RW6 A;  4BR2 A;  2PZS A;  3G10 A;  1E4F T;  3MXI A;  2WUS A;  4J2E A;  3EKU A;  2GUP A;  4JLH A;  3HSC A;  4NB4 A;  2PYL A;  3FFK B;  4FJ9 A;  5D3G A;  1JLC A;  4JKD A;  4JK7 A;  1LW2 A;  4CBW A;  4F4K A;  3VEY A;  3NE6 A;  4FJH A;  2A41 A;  4FJJ A;  4NYF A;  4E19 A;  1LWE A;  4X62 K;  1Q86 O;  3AA3 A;  3DMJ A;  1WSJ A;  3ULD A;  4BRD A;  3HVR A;  1VSE A;  5CR4 A;  2BTF A;  3DWL A;  2CGJ A;  5M1P A;  3SNN A;  2HBJ A;  4CJS A;  4FJG A;  4CFB A;  2W6K A;  3EKS A;  4JHD B;  4CHQ A;  1Q9Y A;  1NK5 A;  4E7J A;  3H6E A;  4MFB A;  4I7F A;  4FJX A;  4K42 A;  1FKO A;  1RTI A;  1SV5 A;  3E01 A;  1Y64 A;  2P9K A;  1YXQ A;  3AA5 X;  4CJT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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