2ZJQL

Interaction of l7 with l11 induced by microccocin binding to the deinococcus radiodurans 50s subunit
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribosomal 23S RNA
molecule tags Ribosome
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjqL01
3G71N 1VQ9N 3PIPL 5H1SQ 1Q82O 4UY8O 2ZJRL 1YHQN 2QA4N 1M1KO 1NJIO 1VQ5N 5JVHL 1KQSM 3CCMN 3I56N 1K8AO 3CCUN 1VQNN 5HL7L 1VQON 4U67L 3CCRN 1ILYA 5GAGP 1VQMN 4WF9L 5JVGL 3CMEN 3CCEN 3CCSN 4WCEL 4IOAL 2ZJQL 1N8RO 3I55N 4WFNL 1K9MO 2OTJN 1YJ9N 4WFBL 3J7ZO 1YIJN 1S72N 1VQPN 3CD6N 3CMAN 5GAHP 1JJ2M 2OTLN 3CC7N 3OW2M 1YITN 1KD1O 1KC8O 3CF5L 4IOCL 3CPWM 1YJNN 5MLCQ 1VQKN 1OVYA 1VQ8N 2ZJPL 1VQ7N 3CXCM 3G6EN 1VQLN 1QVGM 4IO9L 3CCQN 1YI2N 1QVFM 3CC2N 4WFAL 1Q81O 1K73O 1W2BM 5DM7L 5GADP 3DLLL 3CCVN 2QEXN 1VQ6N 3G4SN 5GAEP 3CCJN 3PIOL 1M90O 1Q7YO 5DM6L 1YJWN 3CC4N 1VQ4N 1Q86O 3CCLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V1RA 5CZ2A 1HUXA 4B3MK 4E1MA 1JCEA 4KB0A 3B6PA 4F3OA 3OS1A 1YHQN 2XY7A 1X3MA 1ZBUA 5I42A 2G8FA 3PSFA 3HVRA 3UKRB 4DTJA 4K8XA 1FK9A 3K5NA 2DTUA 2QWRA 1RBSA 1ZYQA 2P9LA 2XY6A 1NOYA 1J6ZA 4B9QA 2GUIA 5CYMA 3O4NA 3TR8A 4RW9A 4ZTFA 3L3UA 1TAQA 1VK0A 4FJJA 2V52B 3PUFA 3C6UA 1Q8IA 2WFBA 3EN9A 1NGGA 2ZE2A 3OYDA 1Y64A 5BRHA 2KZZA 3ZETA 1NLVA 1ZBLA 3CETA 4IDKA 3HJFA 1WAJA 3L4IA 3LP1A 4CJFA 1YXQA 4LC9B 1S72N 2OPSA 3FZFA 4K42A 3O3GA 3CMAN 4K0KK 3CIPA 3K0SA 4QS8A 4M3WA 4O5BA 3AY9A 4NO7A 1KTQA 3BF1A 3OW2M 4CHZA 3L2QA 1KSPA 5FPEA 2Z1HA 3DXMA 2Q36A 4ICLA 4DSKA 1JLBA 3AVKA 1IKWA 4CZMA 1D8YA 1E3MA 1XQSC 4DTRA 4YHHK 1TUUA 3CXCM 2I7PA 3K5LA 1N32K 2F8TA 2P5GA 1Q81O 1LV5A 1VSFA 5HRNA 4CK1A 3QBXA 4DS5A 2IVOA 3CJAA 1S3XA 5C15A 2YNHA 4GV6A 3M5RA 3O3FA 5AQMA 4DV1K 2NRVA 1WSFA 1M90O 4DMNA 3K2PA 2H3GX 5AQFA 2OCEA 4QS7A 3QNOA 3LDPA 3G71N 4DV4K 1E4FT 4CVNE 2HNYA 3R1XA 4CERA 3AVLA 4EP4A 4PUOA 1L3TA 1TKTA 4M3ZA 1NU0A 3I56N 1HNWK 3ITHA 4KO0A 4CGGA 5AQIA 3MCPA 5HL7L 3CCRN 5GAGP 2Q0RA 3A5OC 4JI1K 4LF7K 1CZAN 1TUYA 4IFVA 5KPRA 3VENA 4W5OA 2RN2A 4DF8A 4CZEA 1N8RO 1NBWA 3RRHA 1MWMA 4RW6A 5E84A 1S1XA 3KD5E 5IWAK 2B6AA 2GX9A 4JI4K 4KPYA 4WQ4A 1S1TA 5LY3A 2A1SA 2HHUA 3ZT0A 1JLGA 4I2PA 3HRGA 5AQUA 4GKJK 2OPPA 3VEVA 1HLUA 1SQKA 3WNEA 4JI3K 2OPQA 2ITMA 5C2FA 4EAHD 4ZTJA 3JS6A 4Z4IA 1V4SA 3M8RA 4BQLA 1BISA 3UKUA 1RTIA 3KJVA 2PYJA 1C0UA 1XI1A 4JI6K 4M3TA 1NGHA 4M63C 3WQTA 3EE8A 1C1AA 3ZCMA 1MA9B 3OYHA 1C0FA 1O1WA 5LJVA 4H5VA 4BRAA 3I8DA 4BR9A 3OYBA 2X74A 1UAXA 2VWKA 1W2BM 2F4VK 2JWKA 1VRUA 3VPZA 3NF7A 1RBTA 1XNRK 4CJEA 1JCGA 4J2DA 5ADXH 4X65K 4BWMA 3VQ6A 1C0TA 1RBVA 3LM2A 4B08A 1NK4A 2OZSA 2O8DB 4BR4A 2P9SB 1NK6A 4YOVA 2KTQA 2HHHK 2JGUA 3LPTA 3EL2A 3KK7A 4GNIA 2YI1A 3FLCO 4CJ4A 1SL1A 4H4MA 4BDZA 3V1QA 3L2UA 1BA0A 4F2SA 3LWLA 3PIPL 3U6FA 1MWKA 2GV9A 3K58A 4OJRA 4BY9C 2PAVA 4OKEA 3CJ1A 1WNSA 3KD1E 4E19A 1S6PA 5LJWA 3NH1A 3HO1A 1FKOA 1BDGA 3HOTA 1NGDA 4CF8A 4OO1J 4A2BA 2YHBA 4HHTA 3AVAA 3AVHA 3VQQA 4M7XA 4HUEA 4OLAA 3D2FB 4M45A 3VQCA 1HMVA 4DLGA 1W9HA 2DFEA 4LSLA 3ZEUB 4YORA 3E9OA 2F8SA 1BG3A 4H5TA 4V19S 4BACA 1K9MO 3GBTA 3FFIA 1RT4A 4DFMA 1EXQA 3HPGA 3HPOA 3B8AX 1GOCA 1RDAA 3LZJA 4DTXA 5K14A 5HOOA 5FPDA 2NUBA 3KK3A 4MLHA 2KKZA 3OS2A 4CD3A 3OBWA 1ATSA 4XH4A 4NCGA 3IAYA 2PBDA 1X9SA 2HBJA 4CI6A 3O8MA 5AQVA 3TSPA 3NGYA 5TKWA 1ATNA 1O13A 1S9GA 2A3ZA 3SI6A 1D9DA 3FZHA 4TSXA 4CFDA 2P9LB 2X6SA 3OS0A 4C1NK 4JN4A 2HNZA 1LCUA 1RBRA 4JHDA 3VQ5A 4HUGA 3RSEA 4CEFA 2IIRA 3M6GA 2IS3A 3F9MA 3ZETB 3L6QA 3O08A 1IBMK 1HPMA 3BGRA 2GWKA 1VQ4N 1Q18A 4DUYK 4E1JA 1U45A 4CZFA 3DRSA 4XH5A 4MO5A 3WT0A 3VF2A 4O8KA 3D2EA 3DXMB 3QO9A 3VQ7A 2FBYA 5FPNA 3AVFA 4JI8K 1REVA 2D4WA 2UXCK 2GUPA 3QEVA 4FSVA 5M1KA 3QFPA 2E8AA 2Q3SA 3AAQA 4ILGB 1RCHA 1SV5A 3OVNA 1HX1A 5KGWA 4W5TA 3ZSOA 4IOAL 4O8UA 2IC3A 3LDLA 1S9EA 4IBNA 2E2PA 1TYQA 4DR6K 4IDHA 1QS4A 4FJ8A 3VTHA 2YV0X 4HTUA 3RMDA 4X64K 1CZBA 3VQBA 4Z4GA 4OLBA 3J7YP 4JEPA 1Z6RA 1XMOK 4JKFA 2WONA 4FWOA 3OYFA 4ID5A 4Z4FA 2QI2A 1RILA 3THWB 3CM6A 4JD2B 2EX3A 4LF8K 3MWPA 4Z4CA 3SAGA 4B1XB 3D0PA 1BI4B 2HHSA 3LZIA 3ZT2A 4IOXA 3A5LC 3ATUA 2IVPA 4B9NA 4F3TA 5KQDA 2YHYA 4DHYA 3Q7BA 4QS9A 4AHCA 3C7NB 4F9OA 4IO8A 2EWSA 3ENBA 4JKGA 5JS2A 3KLGA 4BE0A 1VQLN 3DYAA 3CCQN 1KAXA 4GKKK 3N4QA 1VSDA 1HNXK 3VEYA 3P4IA 5J2NA 2XY5A 2E2QA 3U9ZA 1TKDA 1YTAA 5CYQA 3TABA 1X1PA 2UYTA 1XUPO 1N36K 1G99A 4DQIA 3QEPA 3ZLJA 4I7FA 3CCJN 4CZLA 3I8BA 3SK3A 2HHQA 4FCYA 3MXJA 2W41A 5JLHA 4YNQA 2QXLA 3FZKA 1YJWN 4JK9A 4FJIA 2VQFK 3CCLN 2BANA 1W0HA 4IEEA 2GEMA 4ILHA 5AQPA 1Q82O 4DV3K 3OYGA 1XMQK 5HP1A 4A61A 2QKKA 4KHSA 1IJJA 2GELA 4H0VB 5BREA 3UKUB 3K57A 3T1YK 1HNVA 3ID6A 1T6DA 1NGFA 4CD1A 3SUPA 1MU2A 3ZYYX 3QERA 1DTQA 4G1QA 5BPMA 3GE1A 1NJXA 2A42A 2Y1IA 1NJZA 4M42A 4DV6K 4C8KA 4CEOA 4HVJA 2YJEA 4PY5A 4NYNA 1ATRA 1YIJN 4QCLA 3WEEB 3V4IA 4FM2A 4AHUA 1IKVA 5LL6Z 3OA9A 2PZSA 3T69A 2FXUA 3R6MA 4CEEA 5HLFA 3ZSZA 2CH6A 4HWIA 4F2RA 1RDCA 1HNIA 4J2EA 5C0YA 3H46O 4N41A 3L2RA 4CJLA 4FPBA 3UB5A 4FPAA 4KFBA 2B4JA 3M8QA 4Z94A 4QAGA 4NLBA 2G8WA 3V9ZA 1WB9A 3OYNA 1T44A 4KHPK 4I6MA 3VEZA 4DFKA 2ZJPL 3DMJA 1QSSA 3O1BA 1GLFO 1P90A 4CHQA 1KVAA 3LP3A 4GW6A 1EETA 4JAXA 3NCIA 2RE2A 3TPQA 4DSFA 1K6YA 3KTQA 2YX6A 3WXIA 3VERA 1NGJA 3BUZB 4AM7A 4CESA 5LMUK 5KI6A 1C1CA 1TGOA 4CGHA 5KGXA 3HPHA 2ATQA 2VGNA 4C8NA 2FBVA 1B9DA 3MEEA 4B9VA 3VEOA 2HF4A 5AZIA 2O8EB 1Q9YA 1RNHA 2G8VA 3TWHA 1BIUA 2KW4A 2UU9K 4DS4A 3HP9A 5EX5A 4WQ5C 3VEXA 5JVHL 1VSJA 3LDQA 2VQEK 2FSJA 4F8RA 4MFBA 4KHUA 4DR1K 1YUWA 4KHNA 4FJMA 3KLHA 2P5OA 3DRPA 2AA4A 3S41A 1VQMN 3K9KA 3IKMA 4J2AA 1KVCA 4ELTA 5JVGL 2P9KB 3CMEN 2F96A 4CJ5A 3C95A 4N47A 5SZTA 4CECA 1DTTA 3KHYA 4IZ9A 5BN9A 3P5JA 4H0XB 3QNNA 4FK0A 3OBYA 2CGJA 4A59A 1FXXA 2P9UA 5EXWA 1IKXA 3E9LA 5F1XA 3QICA 4FJGA 1RT1A 3C94A 4Z0UA 4DTPA 1A5VA 3SV4A 1YITN 3VF6A 1QQCA 2V51B 3RMBA 4DQ8A 1LWFA 3O9QA 2ZM6K 1NNEA 3D2EB 2O4IA 1QE1A 3TAQA 1VQKN 1D5AA 4FZZA 1BHLA 3KIOA 4M3XA 3CJBA 2ZGYA 4DSJA 2QWOA 3VA0A 2NRZA 4FLTA 2QWQA 1QVFM 3OHRA 3LP0A 4CIFA 4W5NA 3SUNA 5GIPA 3VGLA 4B1ZA 2Q31A 4JI2K 3MXMA 5AQZA 2QEXN 3C65A 4OX9K 4I2QA 3HTVA 4PL7A 1RBUA 1BOTO 4M41A 1TYQB 3QLHA 3SLCA 3VEWA 2YNIA 1QQOA 4RCHA 4BRDA 4BG8A 3QMLA 3U3YA 1GLJO 3LALA 2QWNA 4ID1A 1NK5A 3KKSA 3U3GA 4CJPA 1ASWA 3SQ0A 2FC0A 4R5PA 2ZJRL 5AZJB 3AV9A 4BGAA 5HRPA 1M1KO 3DJCA 3NMUA 4A5BA 3WNHA 1NKBA 3F73A 3PY8A 1TK0A 1VQNN 3LPUA 4Z4EA 1LW0A 1NWKA 1EP4A 4JKGB 1I3AA 2P9PA 4DG1A 3CCSN 5M1QA 2HHTA 3ZT1A 3UIQA 4K25A 3I55N 5DMRA 1S5JA 3LM9A 3W3DA 2GWJA 3J7ZO 4ZHRA 3VMFB 4LF9K 2P9NA 4IJAA 1EX4A 3O80A 4CJ3A 3AA5X 4GV3A 4C23A 1D4XA 1U04A 5JLFA 5JICA 4K43A 2HHVA 1NOZA 3OYCA 3MAQA 3KZBA 4GVMA 1EWRA 1X9JA 2HW3A 5EU7A 4NCBA 1VSIA 1XNQK 1VHXA 3CERA 3IMXA 4CK3A 3DAWA 5AFUA 5C42A 2XHBA 1CZ9A 3ZSYA 1RTDA 1ASVA 5I9EB 2I7NA 5A2QO 2FBTA 5JS1A 1ZBSA 4FLXA 3CC2N 4PKGA 4EIAA 4WFAL 3V9UA 4B9UA 4BC2A 3FZLA 1K73O 4ISEA 3KVGA 1R59O 5FDLA 5E41A 1C1BA 4B9LA 2HSTA 3P1GA 3LDSA 3LDNA 2Y1JA 1N6QA 1Q7YO 3FR0A 1NGBA 4M7YA 2Z1IA 1X9MA 3LWMA 2QM1A 3LL3A 4CZHA 3QB0A 1LW2A 4OPKA 3HOSA 1ZBIA 4DSIA 1VAZA 3E66A 1X9WA 4CJWA 1GLEG 1SL2A 4XIUA 4AHRA 3ZSQA 1ESVA 2D0PA 3HM8A 4FWSA 2HVIA 5T7BA 4N56A 3RMCA 4FOIA 1KXPA 3LAKA 4FW1A 3O4QA 1UA1A 1OKJA 1NGAA 3AO5A 2OPRA 3SUOA 1GLCG 3BDPA 4WE1A 4ISFA 3G0ZA 3QINA 5J1EA 3AVNA 3PX0A 3JSMA 3CQYA 4JV5K 4JS5A 1SS6A 4FVUA 5AJ3K 3MN9A 3EZWA 1WSJA 2E2OA 4JRPA 1GLLO 4PKIA 4BRIA 3PO4A 4LSNA 4O0IA 4JK8A 3OYIA 5BRFA 5KQ8A 2A6AA 2QW9A 3AGRA 2DFHA 3HXMA 4CBUA 3U8XA 3J7AP 3B6OA 4BRNA 2NRXA 3TTCA 5AZIB 3O3HA 2HNDA 3F9KA 5I3UA 3CF5L 4JK7A 1HQEA 3H3OB 3WQUA 1T8EA 1OH5A 3D7EO 2BGGA 3EZ5A 1L3VA 1SAZA 2X6NA 4Q0BA 1OVYA 2HOEA 5FPMA 4Y0WA 5BR8K 2RF2A 2KFZA 3BEXA 5EVZA 4DSLA 3TANA 3T7ZA 3M8PA 3TAFA 3D45A 3HK2A 4FWLA 3HSCA 3SMSA 2J4RA 4CZKA 5FRMA 3O9TA 4DU4A 1LAWA 1S1WA 2E1YA 4KI6A 3MDQA 3L3VA 4B8AB 4KTZA 4IEIA 4KI4A 2QXFA 4BRLA 1EKEA 2OZMA 4BRKA 2VG6A 1JLCA 4DU3A 4C1NI 4CFAA 1BL3A 4FWNA 2P1JA 1TV6A 2KFNA 3VESA 2B5JA 4XH1A 3OYKA 5KRTA 2UUAK 4GMJB 2UUCK 3QEXA 2IGIA 2HB5A 3E9PA 2O8CA 2P51A 3PLAA 2FF6A 3SYZA 4B3OA 1JXBA 4LFCK 4PL8A 1IKYA 2JLEA 1VQON 2O8FA 3SZ2A 4DQSA 2V7YA 1IG8A 4KHQA 3AVIA 4WF9L 3BF3A 4DQPA 3OY9A 2E20A 4CZIA 1BWFO 2VWJA 4L3QA 3V81A 4CJRA 4DV0K 1KAZA 3TAGA 3UKRA 1SZ2A 4FLVA 2W40A 4JI5K 2OTJN 4WFBL 3T3FA 4FW2A 1NK8A 4BR0A 3R8EA 3LDOA 4E7KA 4B1WB 2JWLA 5GAHP 4GY2B 1X3NA 1J53A 4O0JA 5E26A 4PWDA 5SWMA 3AAPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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