The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ribosomal 23S RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
17
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQL N; 1K9M O; 3G6E N; 2QEX N; 1KQS M; 5GAE P; 1QVG M; 3CCS N; 1Q86 O; 1M1K O; 3J7Z O; 2ZJQ L; 1VQ8 N; 4WFA L; 2ZJP L; 1Q82 O; 5JVH L; 1VQ6 N; 1VQ9 N; 4IOC L; 1K73 O; 3CCM N; 1VQP N; 3CCQ N; 3CD6 N; 1VQ5 N; 3CME N; 3CCL N; 1YI2 N; 1KD1 O; 3CCE N; 1VQ7 N; 3G71 N; 3CCV N; 1YHQ N; 3CPW M; 1VQK N; 3CC7 N; 3CF5 L; 4WFB L; 1VQ4 N; 1M90 O; 1ILY A; 1QVF M; 1N8R O; 4U67 L; 4IO9 L; 1YJ9 N; 2ZJR L; 3CXC M; 3CC4 N; 4WCE L; 3I55 N; 5GAH P; 1Q7Y O; 1Q81 O; 3OW2 M; 5GAD P; 1YJW N; 3PIP L; 1W2B M; 5MLC Q; 3CCJ N; 3I56 N; 5HL7 L; 3CC2 N; 1K8A O; 1OVY A; 2OTL N; 1YJN N; 5DM7 L; 2QA4 N; 4WFN L; 4WF9 L; 3PIO L; 1VQO N; 1JJ2 M; 1S72 N; 1VQN N; 4UY8 O; 5DM6 L; 3DLL L; 3CMA N; 5JVG L; 4IOA L; 3CCU N; 1VQM N; 2OTJ N; 1NJI O; 5GAG P; 1YIJ N; 5H1S Q; 1KC8 O; 3CCR N; 3G4S N; 1YIT N; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FZM A; 1QS4 A; 4M7X A; 1RDC A; 3L6Q A; 2BAN A; 3VQC A; 4JAX A; 3OYM A; 3OHR A; 5IWA K; 4X65 K; 1YUW A; 3AAQ A; 3VEV A; 2ZE2 A; 4ID5 A; 3TTF A; 5E26 A; 1YVN A; 3FFI A; 3QES A; 5CR4 A; 3ZSO A; 3C6T A; 4RG8 A; 1ZBL A; 5CZ1 A; 1I94 K; 4NYF A; 3NMU A; 1JCF A; 1NLV A; 4BE0 A; 1Z6R A; 3LP2 A; 4FPB A; 1RDU A; 3QEV A; 3OY9 A; 4WQ5 C; 4JRQ A; 3MK6 A; 3HOT A; 4CK3 A; 4JD2 B; 3QEW A; 3NH1 A; 1TK5 A; 3AVG A; 3KLE A; 4BR0 A; 4BC4 A; 4HCC A; 2ZF5 O; 4G1Q A; 1D9D A; 3ATV A; 1UAX A; 2RE2 A; 4H03 B; 3VQ9 A; 1YI2 N; 4AHT A; 5ADX H; 3C6A A; 5AFU A; 2P5O A; 2HHH K; 2VYP A; 4BR2 A; 3LDN A; 3AO2 A; 1T6D A; 4CF9 A; 3B6O A; 4FWR A; 1FXX A; 1S1X A; 2PZS A; 4I2Q A; 4DR6 K; 3SBT A; 4DTS A; 2WBN A; 3UKU B; 3O08 A; 3P38 A; 4JN4 A; 3NGY A; 5HP1 A; 2A41 A; 3D2F A; 1RCH A; 3ZSV A; 3I55 N; 2W40 A; 4DUZ K; 1SQK A; 3EKS A; 1N33 K; 1U2V A; 1JLE A; 5AQJ A; 4LF6 K; 1G15 A; 4M41 A; 3LM2 A; 2VWK A; 5TKW A; 1XHX A; 5JS2 A; 3VEZ A; 2Z1J A; 3HZ6 A; 4MO5 A; 5AQZ A; 1RTD A; 1C0T A; 4DR5 K; 3L0Q A; 3M1F A; 2FBV A; 3ZSQ A; 4R79 A; 5KTQ A; 3L2R A; 4NYN A; 4FLT A; 4DU1 A; 2NRZ A; 4RW7 A; 3NBP A; 1U04 A; 4ILH A; 2FBT A; 4CW7 B; 3O5B A; 4OGC A; 4JI8 K; 5F1X A; 2XY5 A; 2ASM A; 4IXC A; 1E3M A; 3M8Q A; 4JS4 A; 3BUZ B; 4HUE A; 2HND A; 4ZTJ A; 4JK9 A; 1WSI A; 3HK2 A; 5E84 A; 1DKG D; 2XY7 A; 3O1B A; 2HHW A; 1VSM A; 1LV5 A; 3FZF A; 1JLG A; 4B1Z A; 4YOX A; 4KV8 A; 1WAJ A; 1ZBH A; 2ZWH A; 1UOC A; 4BRL A; 1B9D A; 2YHB A; 5FDL A; 4DFK A; 2E1Y A; 4K8X A; 5J2P A; 1Q82 O; 1HKG A; 1VQ6 N; 5CY4 A; 4PY5 A; 3R9P A; 2QXF A; 1VQ9 N; 2Z1G A; 3IS9 A; 3V1R A; 2JWL A; 4TSX A; 4JD2 A; 1FK9 A; 1GLE G; 4KKO A; 1LW2 A; 2D1K A; 4IJN A; 4CFB A; 1BOT O; 4CEA A; 3Q7C A; 1KLN A; 2F9T A; 3AAP A; 3QB0 A; 1VQK N; 2G8U A; 1XC9 A; 5C15 A; 4FWQ A; 1IO2 A; 1GLF O; 1EO1 A; 4FM1 A; 4Z4I A; 1NGC A; 4IZ9 A; 2QWL A; 1X9S A; 3WQT A; 2Z1H A; 3SMS A; 2Y1J A; 1I3A A; 5AZI B; 1S3X A; 3CXC M; 3IAY A; 3UKU A; 1Q7Y O; 3TAE A; 2HHU A; 1UA1 A; 3ZT2 A; 3PX6 A; 3OYB A; 3O8M A; 1FJG K; 3SPZ A; 1NGG A; 3W3D A; 4CD1 A; 1L5U A; 2W6K A; 4FJK A; 5T7B A; 4IDH A; 2O8B B; 3C0B A; 3KD5 E; 4CZF A; 4OPA A; 5LL6 Z; 3AO3 A; 3K5M A; 4AM7 A; 5DM7 L; 4AQY K; 4WF9 L; 2NUB A; 4C8N A; 4JKC A; 3OYF A; 2J4R A; 4BG8 A; 2V51 B; 1JL2 A; 3T3F A; 3RRH A; 4O55 A; 3J7Y P; 3TTC A; 4B08 A; 2YNF A; 5GAG P; 4IFY A; 5M1F A; 3CPE A; 3SV3 A; 2G8V A; 4OVL A; 4BRQ A; 2IS3 A; 3HVR A; 3CCR N; 1IBL K; 4ILJ A; 1XNR K; 1VQL N; 3F5T A; 2VCP A; 1TYQ B; 3DI6 A; 3TPQ A; 3OYA A; 5F0X A; 3NAE A; 3QNN A; 3LPT A; 2P9P B; 4IKF A; 3MXJ A; 3CG7 A; 1IV0 A; 1BHL A; 4CF8 A; 3TAR A; 3EE9 A; 2IDO A; 4H0P A; 3V1Q A; 1JXB A; 2P9L B; 4H5T A; 4HHT A; 4RWT A; 2ASO A; 2FSJ A; 2X6S A; 2HNY A; 2KQ2 A; 4CIG A; 4WFA L; 4W5O A; 4DWI A; 5JVH L; 4CZL A; 3R6M A; 2ASP A; 1J54 A; 4E7L A; 1NBW A; 4F8R A; 3SQ0 A; 4LF8 K; 3NVM A; 4NCA A; 1GLA G; 3CHW A; 4DSJ A; 2WFB A; 1KCF A; 2IAJ A; 1VQ5 N; 3HRG A; 3UKR B; 3EE8 A; 2QXL A; 4BC2 A; 1WSG A; 3NE6 A; 4Y1C A; 4RW8 A; 1MWM A; 1RDB A; 4CZI A; 1MU2 A; 3AA3 A; 1TK0 A; 3RMB A; 2B5J A; 4G9Z A; 2D0B A; 4M7Y A; 2Q3S A; 1C6V A; 3ISN C; 4DMN A; 1KAX A; 5J1E A; 1WLJ A; 3H46 O; 3KHY A; 5HRR A; 1SKS A; 4KTQ A; 4FK0 A; 1F21 A; 3CJ9 A; 2WC9 A; 3OS0 A; 3VA3 A; 3AVJ A; 1Q81 O; 3I33 A; 4FWM A; 4CJL A; 4LD0 A; 3A2F A; 3T1A A; 1S1T A; 4KH4 A; 3QLH A; 1BIZ A; 1BCO A; 3P1G A; 2UU9 K; 4BVO A; 3HL8 A; 5BRH A; 2VGN A; 4MQ3 A; 4CJ3 A; 4IFE A; 5BN8 A; 5FPD A; 2GEL A; 4I2P A; 4CGF A; 4AHS A; 1NKC A; 1TAQ A; 2O8B A; 4Z4G A; 4LFB K; 3OJU A; 4F3T A; 2X6N A; 4NCG A; 1VQN N; 3HT3 A; 5AQI A; 5LMN K; 2CGL A; 1TAU A; 3E9O A; 2XY8 A; 3H1Q A; 5EOY A; 5B8H A; 2XO7 A; 4Z0U A; 4CEE A; 4LC9 B; 1NK5 A; 4KRE A; 2YV0 X; 5AQV A; 1GLL O; 3RMD A; 3WXJ A; 4O8U A; 3I8B A; 4B3M K; 4ISE A; 1QZ6 A; 1TYQ A; 5KQD A; 3KLG A; 3S3O A; 2P9P A; 1ZBF A; 1NJY A; 3ITH A; 3F73 A; 3SAH A; 3HST B; 5BRF A; 3LZJ A; 4BRN A; 3HO1 A; 2I7N A; 3J7Z O; 1NGF A; 4YOR A; 2YHY A; 4DQP A; 4CBX A; 3LP0 A; 4XEI A; 3U6F A; 2BDP A; 1HNI A; 3TSU A; 1GLJ O; 4BWM A; 2PYL A; 5CHI A; 4JKA A; 3C7N A; 2UXC K; 4KHW A; 3A5O C; 3V81 A; 3FGU A; 2E4L A; 3HYF A; 4H0O A; 5LJV A; 2D5R A; 3UKR A; 3GL1 A; 3KD1 E; 3VEO A; 4BWJ A; 4DSE A; 1WUA A; 3K5O A; 1VRU A; 1QQM A; 1X1P A; 2UYT A; 3KK3 A; 4HUF A; 4E7H A; 1BI4 A; 4DQR A; 3QNO A; 4MO4 A; 2VG5 A; 4KI6 A; 3BEX A; 3PX4 A; 3BY5 A; 4FJ7 A; 3ALY A; 4BR5 A; 3EZW A; 4FLX A; 4IG0 A; 1T03 A; 2Q0U A; 3U9D A; 4O8K A; 4C1N K; 3VGM A; 2Q97 A; 3DRS A; 4BRE A; 3I56 N; 4CJK A; 4BE2 A; 1E4G T; 1K8A O; 4LY7 A; 3SQ2 A; 2AJQ A; 1TUU A; 3LDQ A; 2HF4 A; 3OVN A; 1QQO A; 3A0I X; 1BIS A; 1OH8 A; 2E5L K; 2PYJ A; 3KWG A; 2QWO A; 4YOW A; 3ASM A; 3O9T A; 4CJS A; 1SAZ A; 3AVA A; 2GBZ A; 3N4Q A; 1CXU A; 4WYB A; 5BRD A; 2KKZ A; 3EN9 A; 1T6C A; 1IKW A; 3LAN A; 3NGI A; 3HBT A; 3TAM A; 1RTJ A; 1YVU A; 1YAG A; 5J2M A; 5C25 A; 4ILG B; 4CD3 A; 1JCE A; 3E9L A; 3C65 A; 2AP1 A; 3D2E B; 1XC3 A; 4DSF A; 2WTU A; 3SK3 A; 3CJA A; 3SJJ A; 4E1M A; 2VWJ A; 1HYV A; 1NGB A; 4DS5 A; 4Z4E A; 1LAW A; 2KFZ A; 4CEB A; 4FM2 A; 4FJ8 A; 4IEE A; 4LSN A; 4YDU A; 4CCH A; 4E19 A; 1UA0 A; 4FJH A; 2YNI A; 1ZBU A; 4XH5 A; 3H3N O; 4A2A A; 1WSF A; 4JYA K; 3FZK A; 1KD1 O; 4AF1 A; 3RMA A; 4Q5V A; 1T3V A; 4B8A B; 1T44 A; 4BY9 C; 2RHK A; 3T19 A; 3CF5 L; 3V1O A; 2QWP A; 4NXM K; 3BF1 A; 2E2P A; 3DXK B; 3PSI A; 3CJC A; 4QS9 A; 2HVH A; 3VET A; 1LWF A; 3M3Z A; 4CJE A; 3OBW A; 4JI1 K; 3PUF A; 3WNF A; 3O9Q A; 3CC4 N; 3V9Z A; 3AVN A; 3VQB A; 4GV6 A; 3DLG A; 3AGK A; 5MLC Q; 3QIC A; 5SZT A; 3TAQ A; 1IBK K; 3HOS A; 1ZXO A; 2XRI A; 3VQ8 A; 3M8S A; 1VRT A; 3QIN A; 1RT3 A; 3T69 A; 2NRT A; 3SV4 A; 1XQS C; 3PIO L; 4KHN A; 2HHX A; 2V7Y A; 5JS1 A; 1EQY A; 3VGL A; 3LAK A; 4JKB A; 4UY8 O; 3QO9 A; 4QCL A; 1R0A A; 4CBU A; 3WXK A; 4H0T B; 4YOV A; 1RFQ A; 5EY4 A; 4PQU A; 1WNS A; 3MCA B; 1MWK A; 5KRT A; 1HQU A; 4DTR A; 1Q8I A; 4GW6 A; 3RR8 A; 1RT1 A; 1YIT N; 1WBD A; 4GV9 A; 3A8Y A; 3HJF A; 2BH1 A; 3FLC O; 2VGM A; 3VQ5 A; 2QEX N; 5HOO A; 4JS5 A; 1IKV A; 2JWK A; 4DV4 K; 4K42 A; 4A61 A; 3LL3 A; 1GLB G; 4RW6 A; 2O4G A; 4MLH A; 3MN6 A; 1K6Y A; 4FWL A; 3AVB A; 3JYT A; 3IRX A; 4YOT A; 3EO3 A; 3D2E A; 4DF4 A; 3LZI A; 4BG9 A; 3ZSY A; 4FJ5 A; 3QFP A; 3SCX A; 2A3Z A; 2A42 A; 3KLF A; 3J80 O; 1S6Q A; 3CQX A; 1BQM A; 4GMJ B; 4BDP A; 1NGD A; 3K5L A; 3L3U A; 3AVM A; 4FLW A; 1BA0 A; 2QWM A; 3P4I A; 1NU0 A; 3NFA A; 5C24 A; 4DQ8 A; 4BC5 A; 2GTD A; 1HKC A; 4B9S A; 3CC7 N; 4DV6 K; 3B6P A; 1VQ4 N; 4DQS A; 3GOI A; 2GEM A; 4DTM A; 5GIN A; 1L3T A; 1L3S A; 3RVC A; 3DAW A; 5AQH A; 3TAG A; 1TK8 A; 3VQ6 A; 5FLX O; 4M3U A; 3OYE A; 2ZJR L; 1VAZ A; 4CI6 A; 2NRR A; 3CQ8 A; 3LAM A; 3TAF A; 3N4P A; 3K59 A; 3E66 A; 2KFN A; 3DRR A; 4DU4 A; 3DLH A; 4CGI A; 1RT6 A; 2HW3 A; 1HRH A; 2QA4 N; 3VQ4 A; 4M63 C; 4L8R B; 2EHG A; 5BPN A; 4CJR A; 1S72 N; 1J53 A; 4GY2 B; 5DK5 A; 1NK6 A; 4DR1 K; 4Y1D A; 4IOA L; 1BWF O; 1U47 A; 1S5J A; 3V9W A; 1ZYQ A; 1VQM N; 4FJM A; 5M1P A; 1S1U A; 5AJ3 K; 2W42 A; 1C1A A; 3DXM B; 4JNE A; 1JLB A; 2ZM6 K; 3D7E O; 1BG3 A; 3ZSX A; 2HNZ A; 4IDK A; 4DTX A; 2W6L A; 4FZY A; 4PUO A; 1EWR A; 1HMV A; 4CJP A; 3EL2 A; 4JRP A; 4QAG A; 2DY4 A; 2FLO A; 4DR2 K; 2OZM A; 5CYQ A; 1L3V A; 3HP6 A; 4DR4 K; 3LP1 A; 3MEE A; 1L3U A; 4KHY A; 1BGX T; 3PO4 A; 2VG7 A; 2E1Z A; 4BRO A; 4I7F A; 1K8K B; 2NZT A; 2P9I B; 4A57 A; 4RTF D; 5AQK A; 2QWQ A; 4CIE A; 3U8X A; 1LW0 A; 4M3W A; 3ZT1 A; 1TKD A; 4CJ5 A; 1BQN A; 3CCL N; 2OAN A; 1NK8 A; 4B3T K; 1W9H A; 1VK0 A; 2B6A A; 2YNG A; 2RKI A; 3BP8 A; 3CYM A; 3ZX2 A; 2HST A; 3ZEU B; 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5J2Q A; 5EXW A; 2P9I A; 4CJV A; 5ADX A; 1Q18 A; 1WB9 A; 3KK7 A; 3V9U A; 4CK2 A; 5AR0 A; 3THW B; 5BPL A; 4FWN A; 3S3M A; 4OGE A; 3L4I A; 1EX4 A; 4PA1 A; 3JAM O; 4L3Q A; 4EIA A; 4EAH D; 4B9V A; 3O3G A; 3SMP A; 1YHQ N; 2P5G A; 4JV5 K; 4DCH A; 4KH5 A; 1W7A A; 1QSY A; 4B8C A; 5BRE A; 1HR0 K; 1S9G A; 4LH5 A; 4DLG A; 3TAP A; 3M8P A; 4U67 L; 3ZEU A; 4BRK A; 3FZH A; 4CES A; 5C2D A; 3HSC A; 2Q0R A; 1JLF A; 5AQU A; 3PLA A; 1RDD A; 5AQY A; 1XMO K; 4H4O A; 4DFP A; 2X74 A; 3NF6 A; 2IVO A; 3I0S A; 2BTF A; 4DTJ A; 5HL7 L; 5HRP A; 3HTV A; 1IBM K; 3J7A P; 4BRA A; 4WFN L; 4CEC A; 1GOB A; 1HX1 A; 4NLC A; 2IIR A; 4RCH A; 3KZB A; 4EHU A; 2P1J A; 2XHB A; 4FJI A; 1CXQ A; 2DFH A; 3AA2 A; 1BDG A; 1BO5 O; 5AZI A; 1DLO A; 4XH1 A; 4PHT X; 4H5V A; 2FC0 A; 2D0C A; 3J81 O; 2NLX A; 4EHT A; 4DSL A; 3WXI A; 3CJ1 A; 3K58 A; 4DV1 K; 4DG1 A; 3BDP A; 4KB0 A; 1QHA A; 1KVC A; 3L4Q A; 3IMX A; 4ISG A; 1ATS A; 5TKY A; 5JLH A; 3G6E N; 2OPS A; 4IG3 A; 2VQF K; 2P51 A; 4BR9 A; 4WQ4 A; 3TSQ A; 4OPK A; 1DTQ A; 3O80 A; 2KTQ A; 3CER A; 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