2ZJRL

Refined native structure of the large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribosomal 23S RNA
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjrL01
5GADP 3I56N 3CC2N 3OW2M 3CC7N 2ZJQL 3G71N 1VQ4N 3CCEN 2ZJRL 3DLLL 1NJIO 4U67L 1VQ5N 5JVGL 1N8RO 3CMEN 3CPWM 1KQSM 5H1SQ 2OTJN 1Q82O 3I55N 5DM6L 1JJ2M 2QA4N 1Q81O 1M1KO 5MLCQ 1OVYA 1K9MO 3CF5L 4WFAL 1W2BM 3G4SN 1VQ8N 3PIPL 3CCQN 1VQ9N 3CCRN 1Q7YO 1K73O 3CCMN 5DM7L 4IOAL 4IO9L 4WFNL 3PIOL 3CMAN 1QVFM 3CD6N 3CXCM 2QEXN 1KD1O 3CCSN 3CCLN 1M90O 1YJWN 1VQ7N 1YIJN 1VQKN 3G6EN 5HL7L 2OTLN 1Q86O 3CCJN 1VQMN 5JVHL 4IOCL 5GAEP 3CCVN 1YI2N 3CCUN 1ILYA 4WF9L 4WFBL 4WCEL 4UY8O 1YJ9N 1K8AO 1VQ6N 2ZJPL 1YITN 1KC8O 5GAHP 1YHQN 1VQPN 1VQLN 3CC4N 1VQON 1YJNN 1S72N 3J7ZO 5GAGP 1QVGM 1VQNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RMAA 1HPZA 1YUWA 1LOTB 5E84A 3G71N 1XMQK 4CJLA 3H1QA 3CJCA 2IOCA 3O8MA 3PY8A 4FK4A 3HJFA 4OLBA 2D1KA 3ZX0A 1TK8A 4E0DA 4K0KK 3MECA 5JVGL 4AM6A 2QTDA 3VQ4A 2OPRA 4CJFA 3NF8A 3QNNA 1VSDA 4CIFA 4CEAA 2XY7A 3BZKA 3BF3A 4H0PA 3I0SA 4FLZA 1CZ9A 3K5MA 2UU9K 3WNGA 4DU4A 1SKWA 4DR2K 3ULEA 2D0AA 3FZMA 3HT3A 3D45A 2X6NA 4HWIA 1S9EA 4DTPA 2NRZA 2HHSA 1XNQK 4KREA 4LSLA 4CE9A 4KFBA 3B6PA 3C6TA 1NGAA 1Y97A 2GX9A 4BRPA 3L3VA 3WXKA 3AO2A 3HP9A 1TUUA 3PX0A 2QEXN 4CZLA 4I6MB 3HXMA 1UWBA 1RDDA 1C0TA 2FSKA 1YIJN 1WN7A 2UUBK 3G6EN 4YORA 5C0YA 2P9IB 1RT5A 2OTLN 4FL9A 4PWDA 1RDAA 1RBSA 3GOIA 3QFUA 3A0IX 3RR8A 3CYMA 2OCEA 3O9QA 3ULDA 2YV0X 1U49A 3ZSRA 5C2FA 4B9VA 4ILGB 1U2VB 2Z1JA 3AVCA 3RVCA 3ZX2A 4N76A 3RRHA 2ZJPL 3HPOA 5LY3A 4NCGA 3QFPA 4FWPA 3AA4A 5HROA 1YJNN 4JKGA 1HMVA 4YOXA 4H8KA 3JS6A 3FZKA 4IEIA 3RMBA 1CLQA 1RDBA 3CC2N 4C8NA 3HOSA 3KD5E 2A1SA 1RT1A 3UE5A 1QSSA 1Q8IA 3ATUA 2A1RA 1OH5A 1SL0A 3HSCA 4FLYA 3NMUA 3THVA 4U67L 3O6WA 2D5RA 4CK3A 3ID8A 3V1OA 4DR3K 3VA0A 4DTOA 1WB9A 1TUYA 1RDUA 4V19S 3HL8A 4JD2A 4JI2K 3TTFA 2E5LK 2GTDA 3SNNA 2BTFA 1J53A 4BY9C 5CZ1A 3VPZA 5M1OA 1HR0K 1HKCA 3RSEA 3KLHA 1MU2A 4OKJA 4XEIA 1BO5O 4B3MK 2QA4N 2QWOA 2HVIA 4GKJK 5KPTA 4YNQA 4ZTFA 1ZBIA 1FKOA 3TSPA 3PIPL 3VQQA 3WXMB 1K8KA 3FE1A 2NLXA 2NZTA 4IJAA 4B9LA 3O9TA 4K25A 3QIPA 3PSFA 4AILC 1J5OA 2R7YA 2V52B 4H0VB 4KH6A 2YKNA 2F4VK 3DAWA 1M90O 2DPNA 2HNDA 5EY4A 2VWBA 4DTXA 2VQEK 5AQZA 5KTQA 3EE8A 5FDLA 4JHDA 3F9MA 1EX4A 3PO4A 1IBKK 2FBYA 1RFQA 4OGCA 4RW6A 3CCVN 1YI2N 3V9SA 3VMFB 1WUAA 4HUEA 4WF9L 2YKMA 1DLOA 3DLKA 4U7BA 1TYQA 3OYNA 3NFAA 3KWIA 4ISEA 2Q3SA 1HYSA 2HMIA 4B1XB 2KHOA 1A5XA 5GAHP 4DKWA 4I2QA 1Z25A 1IBMK 1WOQA 3CIPA 1BISA 3J7ZO 1SKRA 4JI7K 4LH4A 4QOZB 2IVPA 1TKDA 4DLGA 5SWMA 3CC7N 4DV7K 2NNWA 1NOZA 3TAEA 3NVKA 2A6AA 2CGLA 3C6AA 1NK6A 4AHTA 1BQNA 4M3TA 5F0XA 3HM8A 2HF4A 4EZ6A 1IJJA 2EWSA 1SAZA 2F96A 1JLCA 4H5TA 2E2OA 2HHUA 4EP4A 3E1YA 3VEWA 3VQAA 3U3GA 4FM1A 2VCPA 1D5AA 3WNEA 2Z1GA 3QEPA 4O0IA 3G10A 2ZM6K 4C8KA 4NXNK 1NGBA 3G25A 4O5FA 3HM9A 3D7EO 1D4XA 1GLLO 4E1NA 1M1KO 1SUQA 4HUGA 1RTDA 1RT7A 3KLFA 3E9LA 1C6VA 4CBUA 4DV5K 1WBDA 3MDQA 3SMPA 2F9TA 1NGDA 1BDGA 3V81A 2BH1A 2PBDA 4IBNA 1CXUA 3WNHA 2O8DB 2E88A 4IO9L 1YAGA 2O8FA 4E3SA 1YT3A 1NGJA 1KRPA 2XY8A 4AQYK 3CG7A 5C25A 4JYAK 4CFDA 2G8UA 3VN5A 2E20A 4CF9A 4JKAA 3V1RA 1QZ6A 2HHHK 3SV3A 4HVJA 3S3MA 3HP6A 4JKFA 1I3AA 1LWFA 1QQNA 3GBTA 2Q1NA 1VK0A 2NRRA 4ELTA 3OVNA 4JLHA 5LJWA 1JLFA 2EHGA 2GEMA 4CEDA 2KLAA 3NF9A 4JS4A 2OPQA 3QMLA 4N47A 4BE2A 1K8AO 4H0XB 2KTQA 3VGLA 1SV5A 4FPBA 4M3UA 3BGRA 1S5JA 3QEXA 4CD3A 5HP1A 1HNVA 3KVGA 2OANA 3NDKA 1KFSA 4FM2A 1VQNN 3QIOA 4DQQA 1SL2A 2W6KA 1WAJA 4DUZK 3FR0A 3EE9A 3I56N 4BR7A 4CEEA 1D8YA 3OYEA 3TAMA 4B9MA 3MXMA 3EO3A 3DXKB 3IUCA 3ISNC 4LF9K 3R8EA 4C1NK 4TSXA 5AQTA 4GV3A 3AVHA 4CZFA 3CMEN 4DQ8A 2OZSA 2P9KA 4F4KA 2YNGA 1JXEA 5BR8K 5J2QA 3MCPA 4CJ3A 4E19A 3PX6A 3MEDA 1MA9B 2ZD1A 1TL3A 4DV1K 4KRFA 3P4IA 3L2VA 4AHUA 4PUOA 4BRLA 3WXIA 4Z4EA 1ZC6A 1HJOA 1K6YA 4W5QA 4FJ8A 4XH1A 4JKBA 1VQ8N 1KLNA 4A5AA 4DQPA 4HCCA 2O4GA 3IKMA 1K73O 5AQOA 2H3GX 4HTUA 4CVNE 1S22A 2HHXA 4FOIA 3NH2A 4M7YA 5AQYA 4DTRA 1N5YA 4FJGA 4RWTA 5M1NA 2BUPA 1FW6A 2E6LA 3KLIA 5AQKA 5FPDA 3OYFA 3KHYA 4Z94A 3HYFA 1EXQA 3EYZA 1EWRA 3OYKA 3PX4A 3NAEA 4M3XA 1HYVA 3R3LA 4NO7A 1R0AA 3SV4A 3SAHA 4C8LA 3OYGA 1U45A 3VGKA 4CGJA 1V4TA 3RR7A 2KZMA 4BRMA 2XO7A 1MDUB 5AZIB 2IGIA 4OO1J 3CJ7A 2QWLA 3VTHA 4DHYA 3LP1A 3AVIA 2GELA 3R1XA 3PV8A 1IG9A 1I39A 1BIZA 1P90A 1TVRA 2FBTA 4JI4K 3NH1A 4CCHA 2GUIA 1R59O 2P9PA 1VQ4N 3QEIA 3P1GA 1HNZK 5EVZA 2BGGA 2VG7A 4KHNA 3ENOA 2P9SB 4G1QA 5AQGA 4CERA 4YOYA 4B1YB 4B1ZA 3V6DA 4CFAA 3LZIA 2P9LB 2XHBA 2F7TA 1NOYA 1S1VA 3O1WA 3O80A 4IDHA 4KI4A 3OS1A 2O8BB 3H6EA 3RMCA 2D0CA 4DV2K 2V7ZA 3C94A 4GVMA 4KH4A 1E3MA 1NKBA 2YCHA 4FZXC 4CGHA 2QXLA 3QBXA 1Y64A 2ATQA 1A5WA 2G8WA 4CHPA 3CF5L 3SK3A 4ZHRA 2A5XA 2P9NA 3I0RA 3CFPA 3IMXA 1NJZA 1RTIA 1T03A 4RTFD 3LL3A 3LAMA 3C7NA 4LFAK 3O1BA 5E41A 4BE1A 4A57A 1S6QA 4DU1A 3NGYA 5JS1A 3QDKA 4FJIA 1YJWN 1D9FA 2HBLA 4RW8A 2A3ZA 3LANA 3LDQA 4CFCA 3MAQA 4DQRA 1VQ7N 2E2PA 3OYAA 1C1CA 3THXB 1NJWA 4H5NA 2I7NA 3TANA 3VEXA 5JICA 1RT3A 4AHVA 3CCJN 4FLXA 4O8KA 4B1WB 4EAHD 1BIUA 2VG5A 1GLDG 2IC3A 2J4RA 2YJEA 4BWJA 1UA1A 4BE0A 1T6DA 4DMNA 4FWQA 4B1VA 4DR6K 3VOVA 4GNIA 1YF5L 4RW7A 1JL1A 2E1YA 3VF2A 4BREA 5M1KA 2G8VA 3M3ZA 3AA5X 4DTMA 1VQLN 3LDLA 3L2WA 4QS9A 1NK0A 2A42A 2B6AA 2PYJA 3PLAA 3TSUA 2B5JA 5C24A 1QSYA 1B9FA 4EIAA 5HOOA 1ZBHA 3CJ9A 4FJ9A 4LF5K 3SPZA 3TSQA 4BGAA 3EKSA 5J2NA 4W5OA 3CJ1A 3VTIA 3AARA 4DQIA 4DCHA 4FLUA 5JLHA 4LD0A 3U9DA 3VQ9A 5JS2A 4JRQA 3ULEB 4DQSA 3SQ4A 4ILHA 5CHIA 5AQQA 3HZ6A 1T8EA 3DLHA 1QTMA 4JV5K 4CBWA 3DLEA 3WQTA 3ALYA 1VSMA 3VF6A 1EKEA 5AQJA 3RRGA 2KFZA 3AV9A 1OVYA 3T1AA 3QNOA 3D6RA 1RCHA 3Q7CA 5AQFA 3KK3A 1W2BM 5FLXO 4E7IA 1L3VA 1ASUA 3CCQN 2FBVA 1NKEA 3TWHA 1VSEA 3J81O 4BQZA 3VGMA 2IAJA 3O4QA 4CECA 4FWSA 1REVA 4CEQA 3H3OB 1NMNA 1L3UA 1V4SA 4DG1A 4XIUA 3SBGA 5GIOA 2BDPA 3LM2A 4MDAA 5AQSA 1XC9A 4J2EA 5LL6Z 1BHLA 4Z4FA 4FO0A 4DR7K 1YTAA 3U6FA 5ADXH 4CZGA 1L3SA 4Z4GA 2HBMA 3K9KA 4OPKA 4KB0A 1KAXA 1NMDA 4B9TA 3O08A 2NRXA 1Q86O 2WBNA 3FFIA 4CZIA 4L8RB 3L4IA 3K58A 1W97L 5BPLA 2DFFA 3KWGA 3D2FA 1TGOA 4E7LA 1U48A 3MWPA 4JKGB 1Z6RA 4BACA 2QI2A 3V9ZA 4M42A 1LCUA 3SCXA 4FPAA 4FJLA 3WEEA 2FF6A 3MN5A 3O4NA 2W42A 3FFKB 3M5RA 5D3GA 4OPAA 4CD1A 2KKZA 3OYLA 1WSIA 4F3TA 3H46O 1BUPA 1WNSA 3CHWA 3KKSA 3AA3A 3ID6A 1HQUA 3DI6A 2E6MA 1XHZA 4ID1A 2VYPA 3ZSYA 4BRHA 4CJ7A 4CJTA 4GV6A 4XH5A 1SQKA 4JD2B 4B8CA 1T7PA 3QETA 5A2QO 5FROA 3C6HA 4FWRA 3ZETA 2VWKA 2QW9A 1F21A 1S6PA 3QERA 4IG3A 3NCIA 4RW4A 2P9UA 3NF7A 3RSEB 4CBXA 3OS0A 4BDYA 1KXPA 1XI1A 4BC5A 4I7FA 1KQSM 3AGRA 3L2UA 4C23A 5H1SQ 4YOWA 4NYFA 2HHTA 4DTSA 2I7PA 4GMJB 1ASVA 3M1FA 2RN2A 3MWTA 4CF8A 1Q82O 2XRIA 1K8KB 1LWCA 3I55N 2G8KA 3SJJA 4CJKA 4E7HA 4KHWA 2WOMA 3B6OA 4OLAA 3O9RA 2D0BA 4WFAL 4GW6A 4BRAA 3C65A 5AQPA 4H5RA 5AQHA 3WXJA 4DFKA 4F3OA 4CJVA 4DB3A 2NRWA 1IO2A 3MN7A 3U4LA 4JHDB 3TAQA 1FK9A 5HRPA 5TKYA 4M3ZA 1X3MA 3KK1A 4ELVA 1QVFM 1TL1A 3SAFA 3CCSN 4MLEA 1JLGA 4OKEA 5LMNK 1ASWA 3AVJA 4BC2A 3SAGA 4PL7A 2HF3A 1TYQB 2OYQA 1QQOA 3VF4A 1BG3A 1BI4A 3CERA 1TK0A 4YDUC 3THWA 3MXIA 4IFEA 1ATSA 4YDUA 1S1XA 4WFBL 4B3OA 1NK4A 3VEZA 4BDZA 2Q97A 2B4JA 5SZTA 4BRNA 3L4QA 1KC8O 3DJCA 3KKRA 3JSMA 1IKYA 3M8RA 1RBVA 4KO0A 4BR0A 2FSJA 4GY2B 4FLWA 4CJ4A 1BOTO 5KRSA 1WSJA 4YOUA 1GLAG 3DLGA 3CETA 4NCBA 5AQRA 3TU5A 3OHRA 4E7KA 4K41A 3I8DA 1NGEA 1BA0A 4CEZA 1NGGA 2W6LA 3LDPA 3VEOA 3CCEN 1JLAA 4CZHA 4C1NI 2GWJA 2IVOA 2HBKA 5KGWA 1NG9A 1QS4A 4H4OA 5CR4A 4J2AA 4L3QA 2ASOA 4R5PA 4Y1DA 3H08A 4O8UA 1J54A 3F9KA 4JKHA 2JGUA 3TTDA 2OTJN 1O13A 4BR9A 3V9WA 1W9HA 1SL1A 1NGFA 1G99A 3PUFA 4DF4A 3H45C 1JJ2M 4F2SA 3GL1A 4NLBA 4BQLA 4F9OA 5C2DA 1Q9XA 2O8FB 4AF1A 3FGUA 4HCBA 3CQ8A 3VQ8A 4HTLA 3MXJA 1NGIA 2HNYA 1NJYA 4W5NA 3EZWA 3K2PA 5LMUK 3S9HA 2KZZA 3QB0A 3BF1A 1T05A 3TABA 3CCMN 1X9MA 4CJRA 1RT4A 3QICA 1RDCA 4IG0A 3JYTA 3VEVA 4NCAA 4CGIA 3S3NA 4KHPK 3LDNA 4CK1A 1VSFA 3V9UA 1EQYA 3K57A 3IS9A 1BU6O 5BPNA 3ZT4A 3L8BA 3AO3A 5GAEP 1S9GA 3SUNA 4PA1A 1SS6A 2OA8A 3ZSZA 2DTUA 3L0QA 1RDWX 3ZEUA 1LW2A 4FWKA 3P83D 1S3XA 3MMVA 1YHQN 1ITGA 4FCYA 1HQEA 1VQPN 3K59A 4QCLA 3CC4N 2YHXA 3O9SA 1BGXT 4A62A 4CJPA 1TAUA 1ATRA 4B3SK 3HBTA 4KBOA 3QLHA 4FW2A 4CFBA 4K43A 1RTHA 4JS5A 3DXMA 5FPEA 3SQ1A 2P9KB 3ZSXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GAD P;  3I56 N;  3CC2 N;  3OW2 M;  3CC7 N;  2ZJQ L;  3G71 N;  1VQ4 N;  3CCE N;  2ZJR L;  3DLL L;  1NJI O;  4U67 L;  1VQ5 N;  5JVG L;  1N8R O;  3CME N;  3CPW M;  1KQS M;  5H1S Q;  2OTJ N;  1Q82 O;  3I55 N;  5DM6 L;  1JJ2 M;  2QA4 N;  1Q81 O;  1M1K O;  5MLC Q;  1OVY A;  1K9M O;  3CF5 L;  4WFA L;  1W2B M;  3G4S N;  1VQ8 N;  3PIP L;  3CCQ N;  1VQ9 N;  3CCR N;  1Q7Y O;  1K73 O;  3CCM N;  5DM7 L;  4IOA L;  4IO9 L;  4WFN L;  3PIO L;  3CMA N;  1QVF M;  3CD6 N;  3CXC M;  2QEX N;  1KD1 O;  3CCS N;  3CCL N;  1M90 O;  1YJW N;  1VQ7 N;  1YIJ N;  1VQK N;  3G6E N;  5HL7 L;  2OTL N;  1Q86 O;  3CCJ N;  1VQM N;  5JVH L;  4IOC L;  5GAE P;  3CCV N;  1YI2 N;  3CCU N;  1ILY A;  4WF9 L;  4WFB L;  4WCE L;  4UY8 O;  1YJ9 N;  1K8A O;  1VQ6 N;  2ZJP L;  1YIT N;  1KC8 O;  5GAH P;  1YHQ N;  1VQP N;  1VQL N;  3CC4 N;  1VQO N;  1YJN N;  1S72 N;  3J7Z O;  5GAG P;  1QVG M;  1VQN N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RMA A;  1HPZ A;  1YUW A;  1LOT B;  5E84 A;  3G71 N;  1XMQ K;  4CJL A;  3H1Q A;  3CJC A;  2IOC A;  3O8M A;  3PY8 A;  4FK4 A;  3HJF A;  4OLB A;  2D1K A;  3ZX0 A;  1TK8 A;  4E0D A;  4K0K K;  3MEC A;  5JVG L;  4AM6 A;  2QTD A;  3VQ4 A;  2OPR A;  4CJF A;  3NF8 A;  3QNN A;  1VSD A;  4CIF A;  4CEA A;  2XY7 A;  3BZK A;  3BF3 A;  4H0P A;  3I0S A;  4FLZ A;  1CZ9 A;  3K5M A;  2UU9 K;  3WNG A;  4DU4 A;  1SKW A;  4DR2 K;  3ULE A;  2D0A A;  3FZM A;  3HT3 A;  3D45 A;  2X6N A;  4HWI A;  1S9E A;  4DTP A;  2NRZ A;  2HHS A;  1XNQ K;  4KRE A;  4LSL A;  4CE9 A;  4KFB A;  3B6P A;  3C6T A;  1NGA A;  1Y97 A;  2GX9 A;  4BRP A;  3L3V A;  3WXK A;  3AO2 A;  3HP9 A;  1TUU A;  3PX0 A;  2QEX N;  4CZL A;  4I6M B;  3HXM A;  1UWB A;  1RDD A;  1C0T A;  2FSK A;  1YIJ N;  1WN7 A;  2UUB K;  3G6E N;  4YOR A;  5C0Y A;  2P9I B;  1RT5 A;  2OTL N;  4FL9 A;  4PWD A;  1RDA A;  1RBS A;  3GOI A;  3QFU A;  3A0I X;  3RR8 A;  3CYM A;  2OCE A;  3O9Q A;  3ULD A;  2YV0 X;  1U49 A;  3ZSR A;  5C2F A;  4B9V A;  4ILG B;  1U2V B;  2Z1J A;  3AVC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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