2ZJRL

Refined native structure of the large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
TIV1 (20-23)TIV4 (33-36)EMPTYAH2 (67-81)TIV3 (32-35)S1 (27-29)TIV6 (44-47)TIV5 (35-38)S2 (42-44)TI'1 (60-63)TIV7 (56-59)O2 (88-90)O3 (94-96)TIV10 (91-94)AH3 (98-108)TIV2 (22-25)O1 (47-49)S3 (49-50)TIV8 (63-66)AH1 (8-18)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ribosome
publication title Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribosomal 23S RNA
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjrL01
5MLCQ 3OW2M 3CMEN 4IO9L 1Q7YO 3CCLN 4IOCL 2OTLN 1K8AO 1VQKN 3CC7N 5GAGP 3G6EN 3CPWM 3CCEN 3CCUN 1JJ2M 3I56N 2ZJRL 4U67L 1YIJN 1YI2N 1M1KO 3CCRN 2ZJQL 1YJNN 5DM7L 3CMAN 3G4SN 1W2BM 3CF5L 3CCVN 3CXCM 1VQLN 3CD6N 1VQ9N 1KC8O 1YITN 1QVGM 3CC4N 3CCJN 1KD1O 3J7ZO 4UY8O 4IOAL 1VQ5N 1VQMN 1VQ4N 1OVYA 1K73O 1NJIO 3I55N 5H1SQ 1Q86O 3G71N 1Q81O 5GAHP 2QA4N 1YJWN 2QEXN 1M90O 4WFBL 3CCQN 1Q82O 1KQSM 3CCSN 4WF9L 5JVGL 2ZJPL 5HL7L 1VQ8N 1VQ6N 3PIOL 1VQPN 1S72N 1QVFM 5GADP 3PIPL 1VQON 4WFNL 5JVHL 4WCEL 4WFAL 3CC2N 1YJ9N 2OTJN 1VQ7N 5DM6L 1YHQN 1ILYA 1VQNN 3DLLL 1N8RO 1K9MO 5GAEP 3CCMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NXMK 1IG8A 2KKZA 4FWNA 3SQ0A 5BN9A 4GNIA 4DV6K 1J5OA 1Q9YA 1YXQA 2WTUA 5AQNA 4X65K 3AVLA 3OYFA 3I56N 1JJ2M 3RR8A 1YVNA 3OJSA 4CGDA 4JKGA 3TSQA 5I42A 3D2EB 4DMNA 2HMPA 1TYQB 4YOVA 1JCEA 3HSTB 2KFNA 5FPMA 1CXUA 4JD2B 2HNDA 5KRSA 5FLXO 1ESVA 2NRTA 3VGMA 2NRRA 3CXCM 1B9FA 4MO4A 4CESA 4NXNK 3DLKA 2A3ZA 4OPJA 3L3VA 3AAQA 1C6VA 3CI5A 4PKIA 3R3LA 4AH9A 4XEIA 4FXDA 3S3MA 3VGKA 3DXKB 1ZXOA 4YOYA 3T19A 3AV9A 2QW9A 3ITHA 3IMXA 3T1AA 4WQ4C 2CH5A 3TTDA 1J6ZA 1JL1A 3RWUA 3THXA 1J53A 1TUYA 3OVNA 4EP5A 1KLNA 3BP8A 3ZEUB 1LW2A 4L8RB 5LMUK 5C24A 3OYEA 4WFNL 1VAZA 4WCEL 4DQSA 4BG8A 3ZSXA 3N4PA 2RF2A 5HBMA 5LMNK 1RTDA 1BCOA 1T44A 3JXUA 1IKWA 3ZSVA 4KB1A 3SCXA 4KTZA 3C6AA 3DLEA 3RMBA 1LWFA 3MK6A 4PWDA 1QZ5A 1N34K 5I9EB 4BRCA 3AVIA 1G99A 2IOCA 4LF4K 3ASMA 3ZT4A 1DGKN 1SZ2A 2W6LA 3TAMA 1NGGA 4JHDA 4AF1A 5GINA 4IFYA 1VSJA 1XQSC 2JWLA 3WXMB 5GIOA 3KLEA 3ENHA 4MQ3A 1WNSA 4CF8A 1BQNA 4DTNA 4N5SA 3VQ4A 2JLEA 3GBTA 5T7BA 2G8IA 4QS8A 4IDHA 3VMFB 4FJJA 4RG8A 1NGAA 2RN2A 3PUFA 2YJEA 1ZC6A 4A2AA 3NBPA 5C42A 1YITN 1HX1A 2XY5A 4CF1A 3K5OA 3CC4N 5AQVA 4BRDA 1X9MA 4JK8A 3T1YK 4CD1A 2A40A 3UE5A 3I0RA 1OH5A 4FZZA 3CERA 3ENBA 3HYFA 3LDPA 4M45A 4CJEA 3UKUB 5KQDA 4J2BA 3VEYA 4LH5A 2YHYA 1BIZA 3VEVA 3KLGA 2YNGA 4AM6A 4KH4A 4CJ7A 5AQYA 3AVGA 1SL1A 1W7AA 2AA4A 3QIPA 3LWLA 4FJHA 4EIAA 4YHHK 3D0PA 3GDQA 3PSIA 1JXEA 4OPAA 3EEQA 4CI6A 2GWJA 3OJUA 1NK5A 4CFDA 3V1QA 5BRDA 4JI7K 3MXJA 4MDAA 4H4OA 3HI0A 4CHZA 3FFKB 4HVJA 5AQWA 1WB9A 5AQSA 2IGIA 1IKYA 4JKGB 4IBNA 4CGHA 3OS2A 3KK1A 1SUQA 1YTUA 3TTFA 4PUOA 4NO7A 2CGLA 2D0BA 3O08A 1K9MO 3O8MA 2UYTA 1C0MA 3AVAA 1T8EA 1W97L 1O13A 4Z4CA 3KK3A 1MWMA 1HKBA 5FROA 1DKGD 2NRWA 1NGFA 1VSHA 4C8NA 4KKOA 3PX4A 1WBBA 1QZ6A 1S1WA 2ASMA 4JYAK 5KQ8A 3O3FA 3V81A 1C0TA 4LFAK 2IDOA 5JS1A 3DMJA 4FOIA 4GV9A 4AILC 1X9JA 1M1KO 2O8BB 4CF0A 3I8DA 4NCAA 3EE9A 1IH7A 2Q36A 3KWGA 2ETJA 4O5FA 4M3RA 3B6PA 5LJWA 3HL8A 4BR0A 3LP0A 4KHNA 4CK3A 1NM1A 2X78A 2KZZA 1QHAA 4AHVA 1HJOA 3MN9A 2G8VA 2PFUA 4JNEA 3QO9A 5J2NA 3TAPA 5HP1A 3J8AA 1YUWA 3VTIA 1ZBFA 2ZWHA 4OJRA 4DV0K 3I55N 4HCBA 3FLCO 3C7NB 3SYZA 4JKEA 4N41A 4BVOA 4WQ4A 1SKRA 1GLJO 1LCUA 3P38A 5AQOA 5J2PA 3OYJA 4FO0A 3A5NC 2BH1A 1EKEA 1KQSM 4WF9L 4FVMA 4JS5A 3O1BA 1FKPA 1TKXA 3F2KA 3ULEA 1VQ8N 4DV5K 4KRFA 3VPZA 3HPHA 5EOYA 2WBNA 3MAQA 3QFUA 4MO5A 4JHDB 3HP9A 1CZAN 4EZ9A 1Z25A 2HOEA 4ISFA 3CJ7A 3VEZA 5LJVA 3JSMA 4MLHA 3DI6A 4F2SA 2FF6A 1K6YA 4CFAA 1SQKA 1ILYA 4DV3K 2XRIA 1NOZA 4AHCA 5C25A 4JI5K 4EHTA 3ZETA 1O1WA 5MLCQ 1QSYA 2UXCK 2NRZA 2XY7A 3RRHA 3M8PA 2XY6A 1HLUA 1KFSA 1NU0A 1RNHA 2X74A 3O9QA 2HVIA 1SAZA 4BR2A 4E1NA 4N76A 4ICLA 3NHGA 1YIJN 3VQ6A 3SBGA 4BQLA 4GW6A 5EY4A 2ZJQL 4EZ6A 3KZBA 1DT9A 1BI4A 4JI4K 3AA3A 4TSXA 4FLYA 4E7HA 5BPNA 3EZ5A 3MXMA 3VA3A 4ZHRA 2A6AA 2QWOA 1NKCA 3OS1A 3BF3A 3O4NA 1DEJA 4JRQA 2F8SA 2NRXA 4E3SA 2Z1IA 4CJTA 2ZGYA 3P5JA 4KHSA 3FZFA 3I0SA 2AP1A 3OYNA 3PO4A 4H5TA 4DTRA 1NG9A 4DF4A 2OA8A 4HCCA 3DWLA 3TR8A 3LPUA 4LSNA 2D1KA 2GV9A 4H0OA 4H0TB 5D3GA 1J54A 4A5AA 1JLEA 3H46O 1TL3A 1Q82O 4FSVA 4KHPK 4DR4K 1FW6A 1RT2A 4H5VA 5C12A 1VSKA 5HL7L 1WUAA 4BC4A 3NF8A 2NRHA 3C6TA 3AVHA 1X3NA 2PAVA 3SV3A 4DTJA 1IJJA 3ZT2A 3ID8A 2FSKA 4HUEA 1T6CA 4WFAL 4Z4GA 3O4QA 4F4KA 4FJIA 1YTAA 1ASVA 1QHTA 2G8KA 2O4GA 3A5OC 4FJMA 3ZYYX 2E5LK 3O3HA 1JLAA 1VRTA 3OYDA 3SPZA 4LSLA 1NBWA 5AQZA 1RBRA 3RVCA 1XWLA 1IKVA 2QXLA 3ISNC 1IKXA 2D0PA 4FLZA 4KH5A 3LL3A 4N56A 3VQ7A 2Q1NA 3WT0A 3LP3A 2FBTA 4RW4A 1W0HA 4Z4FA 4DSEA 3KHYA 5AFUH 4RTFD 2Q2RA 2QWLA 3HPOA 3V9WA 4W5QA 2HBJA 3AY9A 4B1XB 2UXDK 1L3VA 3NMUA 3L0QA 4BWMA 5I3UA 1HUXA 3D45A 2YKNA 1HYZA 4BQZA 1NGJA 4M3XA 2YNHA 4GV6A 4AHRA 3ZSRA 4B1YB 1RBUA 3TU5A 4DWIA 1W2BM 4YOWA 4C1NI 2E20A 4IKFA 4H5RA 2OPSA 3H08A 3ZEUA 4DR2K 4WYBA 5CYQA 5J2QA 4KO0A 5LY3A 4BREA 3CD6N 3VF2A 3LDLA 1HQUA 1KTQA 4CEQA 5AQMA 4B9UA 1QVGM 4CZIA 2D0CA 2HHWA 2I5JA 1JCFA 1NGCA 3Q7BA 4NLCA 3IRXA 3KLFA 3K5NA 3ULEB 1K73O 4CEEA 1NJIO 1S1VA 3HT3A 4F9OA 2QKKA 4O5BA 1HYVA 2WONA 1VSEA 4DTUA 2IVOA 4CGFA 2HBKA 4OKKA 4I2QA 3G25A 2UUBK 4IZ9A 2OPPA 3THYB 4DLGA 1BDGA 4IEEA 2EX3A 4BRPA 1S1TA 3NF7A 2VWKA 3NGZA 3ALYA 5BRFA 2KFZA 1QE1A 4Z4EA 2ZD1A 4CJRA 3LZIA 4GMJB 2G8FA 3W0LA 1IBMK 4CECA 1VQON 3SK3A 1JLCA 3ZX2A 1XI1A 2E2OA 3SLCA 4WQ5A 3U3YA 3C65A 4DS4A 3K5MA 4BR9A 3LDSA 2DFEA 2HHTA 3SMPA 3DLLL 4O0JA 4FVUA 4FZXC 4OLAA 2AJQA 2OYQA 4DS5A 1BI4B 2OPQA 4HWIA 2VG5A 3VN5A 3VQQA 4K0KK 1IBLK 4BDZA 3O9TA 4K8ZA 1SV5A 3T7ZA 3IDHA 3RSEA 1XC9A 3QINA 1RTJA 4CEBA 4I6MA 4BR5A 4C8KA 3AO4A 3AO3A 2ASOA 1I94K 3BZCA 3K58A 4NB4A 3HVTA 3ZLJA 1C0FA 1MU2A 4B9VA 3OYCA 1UA1A 2YKMA 2O8CA 1SL2A 3DXMA 2OANA 4FJ5A 1BISA 1YF5L 4A59A 2E2QA 3Q7CA 1A5WA 4E19A 3E66A 3VGLA 2G8WA 4ELUA 1BHLA 2GELA 5HRNA 3NF6A 3DYAA 1U49A 1S22A 3EZWA 3PO5A 2VQFK 1NK4A 2QWMA 3ZSZA 3QEVA 3BGRA 4ILJA 2HF4A 1LOTB 4BRHA 4B9MA 2VGMA 4LH4A 3ZSOA 2HHHK 4R79A 4CZLA 2YJFA 3M3ZA 2KLAA 4OVLA 4FLTA 2HNYA 3HSCA 4B9QA 4DB3A 3QNNA 3R8EA 3HTVA 2QA4N 1HNWK 3EL2A 3U9DA 3KWIA 3HXMA 5DMRA 4OKEA 5AQFA 3TTCA 2E4LA 1KCFA 3HBTA 3F9KA 4DF8A 3TANA 3AO2A 4H0PA 4BDYA 5AR0A 2O8BA 5CY4A 3WXJA 2ZF5O 3SMSA 2NRVA 4W5TA 1HNVA 1NJZA 3JYTA 3OYGA 4DQIA 4K42A 3SAFA 4XIUA 2A5XA 1YHQN 4Q0BA 3LZJA 1VQNN 4FLXA 4BR4A 3VQPA 5GAEP 1GOCA 1ITGA 2YNIA 4IO9L 4M3YA 4H03B 4RW6A 3FE1A 1T03A 3B8AX 4CFCA 4CHNA 3C7NA 2FC0A 3NGYA 3TAGA 4C1NK 3HM9A 4KHQA 2I7PA 4B1UB 4FLVA 4BROA 3CM6A 2FBXA 5IT9O 1E3MA 1RBTA 3KD5E 4B3MK 1UOCA 3V9UA 2ITGA 3CCRN 1RT3A 4KTQA 1YJNN 5M1PA 1TAQA 5M1KA 1WSHA 4O4GA 1WSJA 4B9NA 4XH1A 1BG3A 4B1ZA 1Z6RA 1EXQA 4OGEA 4CJPA 4F8RA 4BRIA 2E1YA 4LD0A 2J4RA 2F7TA 4IG0A 1VQMN 3SAGA 4A5BA 5C10A 3THVA 3JAMO 2VGNA 1F21A 3DRPA 3HM8A 1WSFA 2Z1GA 3M8RA 4LY7A 3AVBA 2P51A 4AHTA 4M3WA 1QS4A 1NKEA 5FPDA 2P9UA 3KVGA 2X6NA 3LDQA 3C0BA 3K9KA 4HTUA 4GY2B 2FSNA 2QI2A 4FJ8A 1JKHA 4B3RK 1QVFM 3TARA 4RCHA 3NH1A 4E7KA 4BGBA 1QSLA 3A2FA 3SUQA 1DLOA 2FBYA 2ITMA 4M3TA 1ASUA 4KHWA 1U47A 3QETA 1S6PA 1HJRA 3O9UA 2UUCK 3RSEB 3F5TA 3QEIA 1N33K 4FW2A 1BU6O 4I6MB 3IG1A 2W42A 1S1UA 1NJYA 4F3TA 3OHRA 2DPNA 3CCMN 3J80O 3AO1A 4M3UA 3NGIA 3KKSA 2O8CB 5HRSA 3DXMB 3FZLA 1EETA 1XC3A 3ZT1A 1NGBA 2A42A 3CPWM 3SAHA 3KIOA 4ID5A 4LF8K 4GKKK 2HHXA 1NGDA 1VSIA 4FJNA 3FGUA 3J7YP 1VSDA 3C94A 3HO1A 3O5BA 2HHSA 1NMNA 3U4LA 3EYZA 3LP1A 3D6RA 5CZ1A 3QEXA 3K2PA 4B8CA 5BREA 3U3GA 1TGOA 4DSLA 2HHQA 4Z4IA 1T6DA 3CCVN 4DSJA 3SPYA 1EWRA 1VQLN 3FFIA 1ZBSA 2FBVA 3AVKA 4ILGB 3CJCA 3QBXA 2GBZA 2E1ZA 3SBTA 4E7LA 2CGKA 3IFRA 4E7IA 2E88A 1NK8A 3SUOA 1Q18A 3T1HK 2PYJA 3SI6A 1YT3A 4DFPA 3CQXA 1S5JA 3MN6A 3WXKA 4E7JA 4B9SA 4B1VA 3CFPA 2Y1JA 4FWPA 4KI4A 4QOZB 5J1EA 3VEWA 1JXBA 1BUPA 5C2FA 2QXFA 3M8SA 5AQGA 2UU9K 1XNRK 4MDBA 4Y1CA 3ZSWA 4WFBL 3R6MA 1RBVA 2HSTA 2QWRA 3NVMA 1X1PA 4JKAA 4KHUA 3E9OA 5AQKA 4CE9A 2O8DA 1MDUB 2HHUA 3PIPL 4YOTA 3LWMA 3ZCMA 4X66K 1L3TA 4DHYA 5AQQA 1HNIA 4XH4A 1WN7A 1C1CA 3J81O 2ZGZA 4FJ9A 3SQ1A 3CC2N 4FJKA 2HHVA 1KVBA 2IAJA 5TKWA 3CJ9A 3VF6A 3ATVA 1RFQA 5CE3A 1YVUA 1TKDA 1N8RO 3H1QA 3OW2M 4I7FA 4CF9A 5FPNA 2OZMA 1TUUA 4G9ZA 4HTLA 4C8MA 2V51B 1UAXA 1RT4A 3FZHA 4ZTJA 5HROA 1JL2A 2XO7A 4KB0A 2O8FB 1HPMA 5JS2A 4LF9K 4WQ5C 4NYNA 2P9LB 5EU7A 3THYA 4U67L 1T7PA 1QTMA 3WNFA 1YI2N 4Z94A 4YY3K 4CK2A 2RHKA 1IBKK 4K41A 1BO5O 1T3VA 3DLBA 2D5RA 1KFDA 3SJJA 5CYMA 4PY5A 3CIPA 1L3UA 1KC8O 2JGUA 5EXWA 1NK0A 4FWRA 1B9DA 4KBOA 3AVFA 2P9UB 3K0SA 1MA9B 2GWKA 3HK2A 5KRTA 1WAFA 5EVZA 1GOBA 4H4MA 1EQYA 3WXIA 1NWKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5MLC Q;  3OW2 M;  3CME N;  4IO9 L;  1Q7Y O;  3CCL N;  4IOC L;  2OTL N;  1K8A O;  1VQK N;  3CC7 N;  5GAG P;  3G6E N;  3CPW M;  3CCE N;  3CCU N;  1JJ2 M;  3I56 N;  2ZJR L;  4U67 L;  1YIJ N;  1YI2 N;  1M1K O;  3CCR N;  2ZJQ L;  1YJN N;  5DM7 L;  3CMA N;  3G4S N;  1W2B M;  3CF5 L;  3CCV N;  3CXC M;  1VQL N;  3CD6 N;  1VQ9 N;  1KC8 O;  1YIT N;  1QVG M;  3CC4 N;  3CCJ N;  1KD1 O;  3J7Z O;  4UY8 O;  4IOA L;  1VQ5 N;  1VQM N;  1VQ4 N;  1OVY A;  1K73 O;  1NJI O;  3I55 N;  5H1S Q;  1Q86 O;  3G71 N;  1Q81 O;  5GAH P;  2QA4 N;  1YJW N;  2QEX N;  1M90 O;  4WFB L;  3CCQ N;  1Q82 O;  1KQS M;  3CCS N;  4WF9 L;  5JVG L;  2ZJP L;  5HL7 L;  1VQ8 N;  1VQ6 N;  3PIO L;  1VQP N;  1S72 N;  1QVF M;  5GAD P;  3PIP L;  1VQO N;  4WFN L;  5JVH L;  4WCE L;  4WFA L;  3CC2 N;  1YJ9 N;  2OTJ N;  1VQ7 N;  5DM6 L;  1YHQ N;  1ILY A;  1VQN N;  3DLL L;  1N8R O;  1K9M O;  5GAE P;  3CCM N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NXM K;  1IG8 A;  2KKZ A;  4FWN A;  3SQ0 A;  5BN9 A;  4GNI A;  4DV6 K;  1J5O A;  1Q9Y A;  1YXQ A;  2WTU A;  5AQN A;  4X65 K;  3AVL A;  3OYF A;  3I56 N;  1JJ2 M;  3RR8 A;  1YVN A;  3OJS A;  4CGD A;  4JKG A;  3TSQ A;  5I42 A;  3D2E B;  4DMN A;  2HMP A;  1TYQ B;  4YOV A;  1JCE A;  3HST B;  2KFN A;  5FPM A;  1CXU A;  4JD2 B;  2HND A;  5KRS A;  5FLX O;  1ESV A;  2NRT A;  3VGM A;  2NRR A;  3CXC M;  1B9F A;  4MO4 A;  4CES A;  4NXN K;  3DLK A;  2A3Z A;  4OPJ A;  3L3V A;  3AAQ A;  1C6V A;  3CI5 A;  4PKI A;  3R3L A;  4AH9 A;  4XEI A;  4FXD A;  3S3M A;  3VGK A;  3DXK B;  1ZXO A;  4YOY A;  3T19 A;  3AV9 A;  2QW9 A;  3ITH A;  3IMX A;  3T1A A;  4WQ4 C;  2CH5 A;  3TTD A;  1J6Z A;  1JL1 A;  3RWU A;  3THX A;  1J53 A;  1TUY A;  3OVN A;  4EP5 A;  1KLN A;  3BP8 A;  3ZEU B;  1LW2 A;  4L8R B;  5LMU K;  5C24 A;  3OYE A;  4WFN L;  1VAZ A;  4WCE L;  4DQS A;  4BG8 A;  3ZSX A;  3N4P A;  2RF2 A;  5HBM A;  5LMN K;  1RTD A;  1BCO A;  1T44 A;  3JXU A;  1IKW A;  3ZSV A;  4KB1 A;  3SCX A;  4KTZ A;  3C6A A;  3DLE A;  3RMB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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