2ZJRL

Refined native structure of the large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords ribosomal 23S RNA
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjrL01
1Q82O 4UY8O 3CC4N 3CMAN 5GAEP 3DLLL 1W2BM 1Q7YO 1Q81O 1YIJN 1K73O 5H1SQ 3CD6N 3G71N 4IOAL 2OTJN 3CXCM 4WCEL 3CCVN 2OTLN 4U67L 1VQON 1K9MO 4WF9L 3CCSN 3CCUN 3PIPL 2ZJRL 1JJ2M 2QA4N 3G6EN 1VQ9N 1VQ6N 3CCQN 3CPWM 1QVGM 1VQMN 1YITN 1M90O 1M1KO 1VQ7N 3CCMN 5MLCQ 4WFAL 1YHQN 1NJIO 1YJNN 1ILYA 3G4SN 1OVYA 3PIOL 3CC7N 3OW2M 1Q86O 1VQPN 1YJWN 1QVFM 4IOCL 1YI2N 5GADP 3CCEN 2ZJQL 4WFNL 3CMEN 1VQLN 1VQKN 1N8RO 3CF5L 3CC2N 2QEXN 1S72N 5JVGL 3I55N 3CCLN 1KQSM 1YJ9N 3J7ZO 5HL7L 4WFBL 1KD1O 4IO9L 5DM7L 3I56N 1VQNN 5GAHP 1VQ5N 1VQ4N 1K8AO 5DM6L 2ZJPL 3CCJN 1VQ8N 5JVHL 3CCRN 5GAGP 1KC8O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0OA 3MDQA 3O9RA 1C6VA 3FGUA 3PSIA 2D0AA 1SS6A 2E2OA 4CF0A 4CK3A 2OYQA 4FM2A 1XMOK 1JLBA 1RDCA 3P1GA 1S1XA 4BWJA 5ADXA 1MA9B 3CD6N 4U7BA 1B9FA 2ZWHA 3TAPA 1IV0A 4GVEA 2PAVA 2BH1A 3QETA 3OHRA 4JK8A 4ZTJA 1RDBA 2WTUA 4OX9K 2A41A 2Q31A 3FFKB 1TYQA 3CCUN 3DM2A 5TKYA 1HNIA 4QS9A 1VSIA 4JLHA 4X65K 1NMNA 2HHSA 3QB0A 4X62K 3NH0A 1MU2A 1EXQA 1HNVA 1NU0A 1YITN 4M63C 1QQNA 4KTQA 3KZBA 2YHXA 1MDUB 3C6TA 4FOIA 5M1OA 4W5NA 3D0PA 2NNWA 4JD2B 4IJNA 3HXMA 2FC0A 2PY5A 4HTLA 3TSQA 3OTOK 2FSKA 4E3SA 5AJ3K 2AP1A 2XO7A 1WSIA 3WEEA 2ZD1A 4FJJA 3KLGA 1N6QA 3QICA 1WOQA 4CI6A 2HBJA 2FSJA 5HL7L 1HMVA 4CF2A 1KD1O 3TAMA 4IO9L 1B9DA 5AQSA 2QKKA 1S1WA 3OYLA 2P9UA 5AQJA 4WQ4A 1YF5L 1VSJA 2ZJPL 2QW9A 5B8HA 1WSGA 1X3NA 2A6AA 3QO9A 3JXUA 4DTRA 4KREA 3G25A 3IG1A 3SBGA 4BRDA 4WE1A 3WXLA 1GLEG 3V1RA 1ZC6A 4NO7A 3FZMA 3TABA 3W3DA 3H46O 5AFUA 3AA4A 3CERA 1NWKA 1ESVA 2NRXA 2GV9A 4PA1A 3VQDA 3VGKA 3F9MA 5H1SQ 2NLXA 4DLEA 1IBKK 1K8KA 3OBYA 1TGOA 1EKEA 3ATVA 5HBMA 3CJ1A 4E1MA 4YOUA 3CIPA 5HLFA 3TTDA 1UA1A 4ISGA 3I0RA 4M3ZA 4H5VA 3VQBA 3MEEA 3VESA 4JI6K 2QWMA 3TI0A 4CZFA 1QSYA 4OPHA 3NGZA 3EYZA 4KHNA 3O3FA 4B1UB 1U2VB 1TKTA 3MN7A 4OVLA 3C6HA 1U47A 5SZTA 2YX6A 5KQDA 3VEZA 2P9SB 4JHDA 1C0FA 4FJHA 5EXWA 1B92A 2E2QA 2NZTA 4EHUA 2XY7A 4H5WA 4DUYK 2ASMA 1XHZA 2UUAK 3KWGA 4NCBA 3M5RA 4AH9A 3VERA 4CZJA 1P90A 2YHYA 4CZLA 4FVUA 1EWQA 1FXXA 4AQYK 3LANA 4CD1A 4IEEA 2R7YA 1TK5A 2KTQA 5AZIA 3OY9A 1YXQA 2OPPA 1JXEA 2A42A 2YKNA 3VQ7A 2W41A 3ZSVA 2QXLA 1S6QA 4BVOA 2G8KA 3E9PA 2Z1HA 1KQSM 2IIRA 1P8ZA 4CJQA 2WC9A 3RMAA 3HBTA 4BG8A 3D6RA 2Z1JA 1K8AO 2NRZA 1ZBSA 4IKFA 1KAZA 3GL1A 2HHQA 3RTVA 5AQMA 3V1OA 1QZ5A 3ZEUA 3G0ZA 3F9KA 3VF2A 1U4BA 3KTQA 3T1HK 2VWBA 1NJWA 4FOEA 4KTWA 1J53A 1YIJN 4C1NI 1BDGA 3LDSA 2O8CA 1IKWA 4PKGA 1ZBUA 3FE1A 2VWJA 2YNIA 3P39A 3D2FA 3N4QA 3EEQA 3FLCO 1S22A 3I8BA 2VCPA 4KHWA 5AQLA 3DJCA 1WUAA 2OTLN 2IC3A 3AY9A 2VQEK 3G6EN 4PQUA 4I6MB 1BCOA 3DLRA 3V4IA 1KRPA 1SL2A 4A2BA 4O0IA 2DPNA 4H0TB 2O8DB 4YOYA 2Z1GA 3HPHA 1WBDA 3DOLA 4FXDA 4YNQA 3KK2A 5AQIA 1YJWN 4IG3A 3VQEA 4YDUC 1BUPA 1DLOA 3C65A 3IFRA 3ATUA 2DFHA 1GLJO 1DT9A 2W6KA 5GADP 1T6DA 5DK5A 4I9LA 3DLHA 4JEPA 2YV0X 4HCBA 4C8OA 4FJ5A 5FRNA 1KVCA 1HQUA 1RTHA 4NYFA 3VN5A 4DFJA 2V7YA 3FZLA 1TK0A 3OVNA 4KPYA 3ID8A 1ATSA 1J6ZA 1EO1A 4B1VA 3HI0A 3ZSYA 4CBXA 1RT3A 3EE9A 3Q7BA 3OJUA 4E7LA 4FJXA 5F0XA 3ZSWA 1T03A 5BN8A 4C8MA 3O9TA 5AQXA 3OYFA 3DMJA 4DR5K 4B1WB 5ADXH 1VQ8N 1NGHA 4LD0A 1ASUA 5GAGP 1R0AA 2NRVA 2KHOA 1CXUA 3TR8A 1LWCA 5M1NA 2I5JA 3CQYA 5AQPA 3A5MC 3U6FA 1X9SA 2ZF5O 3ZX2A 3WQUA 4RW4A 3AGRA 4KAZA 4FSVA 2HOEA 4DFMA 3C95A 4IFVA 5CR4A 4BE0A 4GY2B 5E84A 1RBTA 4XIUA 3K5LA 4DWIA 2P9NA 1JLCA 3EO3A 3HO1A 4WCEL 1HUXA 1OH7A 3CETA 1QSSA 3BP8A 2FLOA 1C0TA 1NKEA 1L3SA 3CFRA 5C12A 4I2PA 3K58A 3NH1A 3VA0A 4M3YA 4FPAA 4E1JA 4BGBA 1VQ6N 3VOVA 4FJKA 3HPGA 3VEXA 5I42A 4RW9A 4IJAA 4H0VB 4BC4A 2ITGA 5AQHA 3F73A 4A57A 3J8AA 4H5TA 3HK2A 2VGMA 4FLYA 3PIOL 1QHAA 4DV3K 4GMJB 3OYNA 3VF6A 1O1WA 2F8SA 4IXCA 1KLNA 4H8KA 1VSDA 4Z4HA 3MECA 4LF7K 1DTQA 1GOBA 4WFNL 5C42A 4A61A 1VQKN 3ENHA 4IDHA 4J2AA 1C1AA 3SAFA 4CBUA 3LAKA 4NCAA 1ATNA 3ZSZA 4CERA 4PKIA 1BA1A 3ITHA 4FJGA 2UUCK 1GLCG 4X64K 5AQRA 4B3SK 3NE6A 4ELUA 1QQOA 2PZSA 3TPQA 2P5OA 4CJWA 4DV5K 1NJZA 3WEEB 5AFUH 2EX3A 1LWEA 5BRDA 2IOCA 4NXMK 1KCFA 3VQPA 4JYAK 4NLBA 5C2DA 2Q1NA 3O4NA 4CHYA 4FJ9A 3AA3A 1Q82O 1EP4A 1HQEA 3T3FA 2I7NA 3HOSA 3KKRA 4OGEA 3KHYA 1SKRA 1IG9A 4FJNA 1T6CA 2NRHA 4CFAA 5HRSA 3NVKA 4G1QA 4DSEA 4Y1DA 4Z4CA 4F2RA 4CK1A 2VG7A 3H08A 2OTJN 4NXNK 2Q36A 4A2AA 1DGKN 4FZXC 3OYDA 1E4FT 4V19S 5BRHA 4DR3K 4XH5A 1RDWX 4PWDA 2FBVA 4LC9B 3MN6A 3MEDA 2P5GA 3O9UA 4KB1A 4FZYA 1BHLA 4FW2A 4LFBK 1UAXA 3CG7A 4LH5A 5F2RA 5AZJB 5BREA 3THYB 1Q8IA 1M90O 3O1WA 3JAMO 3J81O 1RNHA 3TWHA 1YHQN 1QTMA 1C1CA 1YAGA 2HMIA 3O1BA 2KQ2A 3WNFA 2OZMA 2P9IB 2B6AA 4PL7A 2VQFK 4B3OA 2YJFA 3UKUA 3ENOA 5AQVA 3C94A 1FKOA 3V1QA 1IJJA 2GWKA 2OANA 1GLDG 3IUCA 2F4VK 1G99A 3AVJA 4N76A 1HPZA 3K9JA 4FZZA 3VQ6A 2W6LA 3VENA 3AVGA 1J9AA 1NGAA 1SKWA 5KRTA 1S1VA 1GLFO 3DOKA 1N33K 2ETJA 3ULDA 5AQUA 1C0GA 4MQ3A 3CM6A 2YHAA 2X6SA 4CZKA 2HHTA 1RTJA 3L4QA 3TSUA 4LH4A 4J2BA 4JI8K 4DCHA 3SUNA 2BGGA 4FM0A 3ENBA 4GVMA 1EX4A 4DR7K 4BDPA 4QS8A 3BUZB 1ZBIA 1V4SA 4UY8O 3O3HA 3Q7CA 4O4GA 4JKHA 3U8XA 3THWB 4BY9C 3BF3A 1NLVA 3WXJA 2RKIA 5HRRA 5CZ2A 3FZFA 5KI6A 1O13A 3CJCA 3C7NA 1WLJA 3TAQA 3VEVA 3THVA 1TKDA 2GWJA 3SK3A 4CZHA 4CFDA 3K2PA 4BDZA 4DQQA 2O8BA 3NCIA 4CJLA 4C8KA 3CYMA 4WF9L 3SMSA 4LF8K 2O8FA 3U4LA 3LDQA 3LDNA 3KK3A 3I0SA 1BI4B 1UA0A 3KD5E 2E2PA 1V4TA 1L3VA 2V7ZA 4C8LA 2DFEA 1SQKA 3CPWM 2HB5A 3M6GA 3M8PA 4CECA 4CJKA 1NK5A 4Z4EA 3SQ4A 4FK2A 2P1JA 5MLCQ 3ISNC 4BRFA 4BC5A 4W5TA 4O5BA 3F2KA 3LP2A 3R8EA 4H4MA 3D2EA 4NLCA 2UYTA 1RDUA 4FJMA 3S9HA 5CYMA 3OYHA 4BREA 2GUPA 3DLBA 1JCGA 1HPMA 2Q2RA 1TVRA 1YI2N 4YOVA 3CCEN 2IDOA 1IKXA 3ULEB 1ATRA 2JGUA 3NGYA 1U48A 4CJEA 5FRMA 2IVPA 2QXFA 3PO4A 4BVPA 3K5MA 4FLTA 1NKCA 1EWRA 3ZX0A 4CEBA 3A5OC 4ICLA 1NMDA 4CJFA 3R6MA 1JL2A 1NGJA 3OYAA 1QE1A 2E20A 1Z25A 5CZ1A 3ZLJA 4KFBA 4CF9A 2FF3B 3E9LA 2WUSA 4W5OA 3NFAA 1WAFA 3OS0A 3AVMA 3EN9A 4CD3A 4E0DA 1RDDA 4JKFA 1HYZA 3M8SA 4O44A 3S3OA 4F4KA 3TAEA 3TSPA 3VQ9A 4FLZA 1BISA 3OYMA 4DR4K 1T3VA 1SL0A 3RR8A 5IT9O 4K41A 4E7IA 4YHHK 1RBRA 1ZBFA 5FPEA 3O9QA 5AR0A 1IKVA 3AO1A 4CIFA 1BCMA 3G71N 1VRUA 3DRPA 4O0JA 3AO3A 5M1PA 5HROA 4Y0WA 1NK7A 4J2EA 3O5BA 4B1YB 3K57A 3CCVN 5AQWA 1RT4A 4BRAA 3CI5A 4CF1A 2FBXA 3OYJA 2QA4N 1YVNA 3N4PA 4N47A 2P9KB 3OS2A 2J4RA 3V9UA 5BPMA 1MWKA 1JCFA 4DV4K 2Y1JA 3IRXA 4WQ5C 4HCCA 3LZIA 3QEIA 2VYPA 4ISFA 2PYJA 1BO5O 4WYBA 1VQ7N 3I33A 5KGWA 3QEPA 5D3GA 1YJNN 3HJFA 3HM8A 3FZHA 4RCHA 3THXA 4G9ZA 3EY1A 3MWPA 1WSFA 4MO5A 2IGIA 4RW8A 4CZEA 3D7EO 4DTUA 3QEVA 1NJYA 1NKBA 5HP1A 4EIAA 3ZETB 5ELZA 5GIOA 3UKRB 2YJEA 3BY5A 4J2DA 4BRKA 3T69A 3K9KA 2Q0RA 2HBKA 3WNGA 3J7AP 4DV1K 2VG5A 4B3RK 3NGIA 4ILJA 3QIPA 4IDKA 4IOXA 2IAJA 3O4WA 3QNOA 1Q9YA 5JMVA 2G8UA 1BIUA 1RT1A 4JKAA 3AAQA 1JL1A 4KV8A 1JLGA 2OPSA 2JLEA 3LP3A 4CEQA 4AHCA 2P9PB 1D9FA 3VMFB 3F5TA 4HTUA 5GAEP 3DLLL 1NOYA 3LP1A 5AQGA 2KFZA 3SBTA 4JI0K 2FBTA 1RT5A 2AA4A 3OYKA 2P9LA 4UQGA 5CYQA 4JS4A 1DEJA 1NK0A 4CFCA 3K59A 1JCEA 4QAGA 4KHPK 4DU4A 3O6WA 4FJ8A 4OO1J 4R79A 1HLUA 1WSJA 3M8QA 3GOIA 1K9MO 2D0OA 3U3YA 5DMRA 5JS1A 4RW7A 2HHHK 1Z26A 3EL2A 2WONA 2X6NA 3TTFA 4DLGA 3CCQN 4JKGA 5CE3A 1N5YA 3LDOA 3MX5A 3TANA 4EZ6A 4DU3A 2YNFA 4DR2K 4JAXA 1BWFO 1LW2A 1D8YA 2JWLA 4DR6K 1VK0A 3PO5A 1J54A 3AO4A 4H4OA 3E66A 3C6UA 4ISEA 3R1XA 4F2SA 2QWPA 3L6QA 3CFOA 4Z0UA 3ZT1A 5JS2A 5FPDA 4H5RA 2A5XA 2WFBA 5LMUK 1REVA 1NGCA 3QDKA 2O8EB 4LF9K 4DHYA 1L3UA 4KH6A 4CHOA 4F9OA 4FL9A 4IFEA 4KHQA 3KLFA 3KWIA 4A62A 4CJ5A 2P51A 1RTDA 4B8CA 1GOCA 5EOYA 3I55N 2ZM6K 2KZZA 4YY3K 2ZGZA 4K8ZA 5C24A 4NCGA 4CJ4A 5DM7L 4B9LA 3VTHA 4KBOA 1EQYA 5AQOA 4IBNA 3VPZA 3MWTA 3L0QA 5KPZA 5JVHL 3AVLA 4DS4A 2HVIA 4HUFA 1LOTB 2RPIA 3AARA 2ITMA 2OCEA 2VG6A 2W42A 3E1YA 3KLIA 4KH4A 5BN9A 4DTPA 1W2BM 3QFPA 4CJSA 5M1FA 5LY3A 1FW6A 3LALA 2D0PA 3RMDA 4QOZB 5E26A 4ID5A 3DAWA 3QINA 4IZ9A 3QBXA 5GINA 1WBBA 4FO0A 4BE2A 4KKOA 3H1QA 3VQAA 4B9MA 4JD2A 3UB5A 3AO5A 4DMNA 3OA9A 5BR8K 3E01A 4CIGA 1XC9A 3ZSRA 2HNZA 2F7TA 2KLAA 4IG0A 1KFDA 3CJBA 1A5VA 4WQ5A 4C1NK 4O8KA 4AM7A 3DXMB 3BEXA 2DFFA 3RRGA 1C1BA 2LSNA 5BRFA 1TL1A 5M1KA 4B9SA 1D4XA 1QVGM 1VQMN 4OJRA 3S41A 3VQ4A 4N41A 2QKBA 1NJIO 3L2VA 4DTJA 1QHTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 1Q82 O;  4UY8 O;  3CC4 N;  3CMA N;  5GAE P;  3DLL L;  1W2B M;  1Q7Y O;  1Q81 O;  1YIJ N;  1K73 O;  5H1S Q;  3CD6 N;  3G71 N;  4IOA L;  2OTJ N;  3CXC M;  4WCE L;  3CCV N;  2OTL N;  4U67 L;  1VQO N;  1K9M O;  4WF9 L;  3CCS N;  3CCU N;  3PIP L;  2ZJR L;  1JJ2 M;  2QA4 N;  3G6E N;  1VQ9 N;  1VQ6 N;  3CCQ N;  3CPW M;  1QVG M;  1VQM N;  1YIT N;  1M90 O;  1M1K O;  1VQ7 N;  3CCM N;  5MLC Q;  4WFA L;  1YHQ N;  1NJI O;  1YJN N;  1ILY A;  3G4S N;  1OVY A;  3PIO L;  3CC7 N;  3OW2 M;  1Q86 O;  1VQP N;  1YJW N;  1QVF M;  4IOC L;  1YI2 N;  5GAD P;  3CCE N;  2ZJQ L;  4WFN L;  3CME N;  1VQL N;  1VQK N;  1N8R O;  3CF5 L;  3CC2 N;  2QEX N;  1S72 N;  5JVG L;  3I55 N;  3CCL N;  1KQS M;  1YJ9 N;  3J7Z O;  5HL7 L;  4WFB L;  1KD1 O;  4IO9 L;  5DM7 L;  3I56 N;  1VQN N;  5GAH P;  1VQ5 N;  1VQ4 N;  1K8A O;  5DM6 L;  2ZJP L;  3CCJ N;  1VQ8 N;  5JVH L;  3CCR N;  5GAG P;  1KC8 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H0O A;  3MDQ A;  3O9R A;  1C6V A;  3FGU A;  3PSI A;  2D0A A;  1SS6 A;  2E2O A;  4CF0 A;  4CK3 A;  2OYQ A;  4FM2 A;  1XMO K;  1JLB A;  1RDC A;  3P1G A;  1S1X A;  4BWJ A;  5ADX A;  1MA9 B;  3CD6 N;  4U7B A;  1B9F A;  2ZWH A;  3TAP A;  1IV0 A;  4GVE A;  2PAV A;  2BH1 A;  3QET A;  3OHR A;  4JK8 A;  4ZTJ A;  1RDB A;  2WTU A;  4OX9 K;  2A41 A;  2Q31 A;  3FFK B;  1TYQ A;  3CCU N;  3DM2 A;  5TKY A;  1HNI A;  4QS9 A;  1VSI A;  4JLH A;  4X65 K;  1NMN A;  2HHS A;  3QB0 A;  4X62 K;  3NH0 A;  1MU2 A;  1EXQ A;  1HNV A;  1NU0 A;  1YIT N;  4M63 C;  1QQN A;  4KTQ A;  3KZB A;  2YHX A;  1MDU B;  3C6T A;  4FOI A;  5M1O A;  4W5N A;  3D0P A;  2NNW A;  4JD2 B;  4IJN A;  3HXM A;  2FC0 A;  2PY5 A;  4HTL A;  3TSQ A;  3OTO K;  2FSK A;  4E3S A;  5AJ3 K;  2AP1 A;  2XO7 A;  1WSI A;  3WEE A;  2ZD1 A;  4FJJ A;  3KLG A;  1N6Q A;  3QIC A;  1WOQ A;  4CI6 A;  2HBJ A;  2FSJ A;  5HL7 L;  1HMV A;  4CF2 A;  1KD1 O;  3TAM A;  4IO9 L;  1B9D A;  5AQS A;  2QKK A;  1S1W A;  3OYL A;  2P9U A;  5AQJ A;  4WQ4 A;  1YF5 L;  1VSJ A;  2ZJP L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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