2ZJRL

Refined native structure of the large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribosomal 23S RNA
molecule tags Ribosome
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjrL01
2ZJPL 3CMAN 2ZJQL 3CC7N 1Q81O 1M1KO 1YIJN 1YJWN 3CMEN 2OTLN 5JVGL 3CCQN 4UY8O 1VQON 1W2BM 1QVFM 1VQ8N 3CCEN 4WFBL 3CC2N 2QEXN 1VQLN 1N8RO 4IOCL 4U67L 1Q82O 3CCVN 5MLCQ 1M90O 3CCUN 3G71N 3CC4N 3I56N 5H1SQ 5DM7L 1YHQN 4WFNL 5GADP 3CPWM 3CD6N 1VQNN 2ZJRL 1YJ9N 1VQ9N 3CCLN 4WF9L 3DLLL 3CF5L 3CCRN 3J7ZO 1YJNN 1Q86O 3CCSN 3I55N 5JVHL 1NJIO 3PIOL 3G6EN 2OTJN 1ILYA 1K9MO 4WFAL 4IOAL 1K8AO 1VQ7N 1YITN 3PIPL 1VQPN 3OW2M 1K73O 1VQMN 5GAHP 1OVYA 5HL7L 1VQ6N 1S72N 1KD1O 1YI2N 1VQ5N 1QVGM 4WCEL 5GAEP 5DM6L 2QA4N 1VQKN 1JJ2M 3CXCM 1Q7YO 3G4SN 5GAGP 1VQ4N 1KQSM 3CCJN 1KC8O 3CCMN 4IO9L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKGA 2G8IA 3SQ0A 2FLOA 4B1UB 5M1FA 4CK3A 1HNWK 1SZ2A 3AVAA 3KIOA 3U3GA 1GLEG 3FGUA 1OH7A 1I3AA 1NGAA 3AO4A 3LWLA 2O8FA 4E7JA 2X74A 1KLNA 4UY8O 1LWEA 3OA9A 3JYTA 4LFBK 1FXXA 2RF2A 2YNGA 3KK3A 3VGKA 4ELVA 2BGGA 4CZEA 1LW2A 1L5UA 3ZEUB 4BVPA 4C1NI 2BTFA 2CH5A 1KVAA 5BPMA 5H1SQ 3O4WA 3SBTA 5HROA 5C24A 3GOIA 4W5RA 3C95A 3ULEA 4YOXA 1WSEA 3FR0A 3K59A 4IFYA 3HVRA 1RTJA 3MK6A 4B9UA 3CCLN 4BRHA 1NKBA 3L2QA 1B9FA 3SPYA 3SLCA 4O0JA 4E1MA 2YHBA 4GNIA 4B1YB 1NKCA 4BR9A 2XO7A 4JKBA 2P9LA 4F2RA 3ZCMA 1L3TA 1ILYA 1WSJA 3L2VA 4BREA 1R0AA 5ELZA 3PO4A 1QHTA 3ZSXA 1C0FA 3JS6A 4KB1A 4KTZA 4ZTJA 1VK0A 1B92A 1KD1O 3K5MA 4H0TB 4KHPK 2KFNA 4XH5A 2P5GA 3L2WA 5AQRA 1JJ2M 1JLEA 1C0UA 4QS7A 4DSEA 3G4SN 3ZSOA 4BE1A 2RE2A 4OPHA 5T7BA 4B9TA 3IFRA 3AVKA 3A5OC 5BR8K 4M3XA 3QO9A 4N47A 1HKBA 4ELUA 2DY4A 4WQ4A 3OYJA 1RDAA 4FWQA 4BACA 2I5JA 4AM6A 2FBTA 4RW7A 4FSVA 3C65A 3MCAB 3GE1A 3K9JA 2UUBK 1RDBA 3KKRA 1OH6A 3DJCA 2GTDA 1W2BM 3T69A 3LAMA 2X6NA 3CG7A 4DTRA 1IV0A 3J80O 3HPGA 1O1WA 1S3XA 4IEEA 3K0SA 1E4GT 4IFVA 5AQQA 4C8MA 3SAGA 3IRXA 3PSIA 4O5FA 4EP5A 3O4QA 3T7ZA 3KK7A 3LDQA 3FZFA 2FXUA 4H5NA 3VQ4A 1YHQN 5GADP 2P9UB 1NJWA 3EYZA 1RT5A 5FDLA 4DLGA 3DMJA 3DOLA 4FW2A 1K8KB 4FJJA 2QK9A 5FRNA 4BDZA 3ITHA 2F9WA 4DUZK 3WNGA 1Z25A 3TSQA 2VG6A 1A5XA 3P4IA 3ZSRA 3L4IA 1VRTA 3J7ZO 1YJNN 4ZHRA 3LALA 1XNRK 1GLDG 4FWLA 1K8AO 3TABA 3CQXA 4E1JA 3OS1A 2RPIA 2DFFA 2O8EA 1YVNA 4F9OA 4BR5A 4FJHA 1HLUA 3ASMA 3CJAA 1K73O 3CM5A 4BQLA 3KLFA 5HL7L 1BI4B 1IO2A 4J2EA 4HUFA 2ZGYA 3LM9A 4EHTA 3NDKA 2FSNA 1NOYA 4BRDA 4B3MK 4BWJA 3WEEA 3O1BA 4CJTA 5KRTA 4FW1A 3QB0A 1BUPA 3HPOA 1JCFA 2E20A 5AQZA 4E7HA 1WLJA 4GKJK 1KTQA 5GAGP 4DV3K 4DV4K 1BISA 4H0VB 2Q97A 4FLWA 3VF2A 1U49A 1WAJA 4JD2A 4MDAA 3HVTA 4AQYK 3I8BA 2AP1A 1QZ5A 3ISNC 4C23A 1KVCA 4FWPA 5BRHA 3VPZA 3V9WA 3AVMA 2ZGZA 5M1OA 3L3VA 3WXIA 3VETA 4A59A 2OTLN 4YOUA 5JMVA 2Q0RA 2XY7A 1OH8A 5D3GA 3C94A 3NBPA 4CJLA 3F2KA 4NXNK 4DV1K 1P90A 3IKMA 3OYHA 5KTQA 4B9LA 5DMRA 4BGBA 1ZBSA 3KHYA 3LL3A 2E2NA 3AVBA 3HT3A 4M3RA 3TAQA 2O8BA 3TSPA 3QETA 1NJXA 1RNHA 4I9LA 3QICA 1ZYQA 2P9IA 2E1ZA 4FWMA 3CD6N 4ISGA 3K5NA 4LSNA 5HOOA 4DTOA 2IDOA 1YT3A 1VSMA 1KRPA 3DLLL 3EY1A 2HVIA 3H1QA 3H3OB 4BG9A 1U2VB 4JK7A 4JI1K 3G6EN 1S6PA 3UKUA 2HNYA 1NOZA 2Y1IA 4H0YB 4CGGA 3SUQA 1YF5L 2WOMA 1T05A 1YITN 1A5WA 3OW2M 4DSLA 3VEZA 4FJMA 1DTTA 4CZGA 4K8ZA 3ALYA 1TK8A 5CE3A 2HVHA 4GV9A 4JHDA 4BDYA 1NK4A 1WSIA 3BF3A 2CH6A 3U6FA 2IOCA 3V1OA 4KRFA 3MN7A 3ENBA 4JK9A 3A5MC 3D2FA 1ZBLA 5AQNA 1IJJA 3VEVA 4RTFD 4FCYA 3DLKA 1NJYA 1BCMA 3KWIA 4M63C 4F4KA 1OH5A 1VRUA 2F9TA 3S9HA 3EKUA 3A2FA 3J81O 2CGJA 1ASWA 2YHAA 2ASOA 4FWKA 2OZMA 3LPUA 4DKWA 3K9KA 2E6LA 1O13A 4DSFA 3O1WA 4JI2K 4W5NA 1HNZK 3LWMA 1NK7A 3E66A 1KSPA 1TAUA 3AAQA 1JKHA 1TVRA 4K41A 4PKHA 4YOTA 4B1XB 4Z4HA 5M1NA 3H08A 2QKBA 2CGLA 4R5PA 3ZETB 3EZ5A 2ATQA 4FWOA 5J1EA 2UXBK 2HF4A 3JXUA 3SAFA 3LAKA 4FJGA 3DWLA 3BZCA 4BC3A 4YHHK 4MQ3A 5HRNA 4Y0WA 4JI4K 5GIOA 3F9MA 3CERA 4U7BA 4DV0K 5AQTA 3U4LA 2G8KA 1S9EA 4WQ5C 4DR6K 4M42A 1MWKA 4CHPA 3LZIA 2GUIA 1IBKK 2ZJRL 3S3MA 2P5OA 3SJJA 3UB5A 3SPZA 2PYLA 3M8QA 4JI0K 5KPZA 1RDCA 4WF9L 1NKEA 2FSJA 5KPRA 3QEWA 3IMXA 5A2QO 1BL3A 4BWMA 1X9MA 2XRIA 4IG3A 2V51B 2NRZA 4EAHD 1ZXOA 3HI0A 4BE2A 3M6GA 5AQSA 3CJ9A 3KK2A 3IAYA 2H3GX 5F1XA 4DQQA 4M41A 4JKAA 2HHHK 4KI4A 1IKYA 2YNIA 2Z1JA 1QE1A 4H03B 1XMOK 4DR5K 2D0PA 3OVNA 1HX1A 4WE1A 1DTQA 4DTUA 3CXCM 5AQYA 3DLBA 4DR4K 3LP0A 3M8SA 5AQUA 2DTUA 4MFBA 1ZBHA 3C7NB 1C1BA 4DQIA 4IJNA 3VENA 4C8NA 1QSYA 3VQCA 4IO8A 1Q9YA 5AZIA 5LL6Z 2F96A 2W6KA 3DI6A 4B9NA 4AF1A 4C8OA 3H6EA 1I39A 5F2RA 1VSIA 1Q9XA 3PUFA 3R9PA 4CF9A 4OO1J 3N4QA 4DV2K 3PV8A 4DU4A 1TKXA 4I6MA 1X9WA 4JI3K 3T1HK 3AVGA 2V52B 1U04A 1ZBUA 2QW9A 3HP9A 4FWRA 5DK5A 4Z4IA 1MDUB 3CHWA 4WFBL 1N32K 4CZHA 4MLHA 1DT9A 2HNDA 5AZJA 5HRSA 4DV6K 3WXMB 1KAZA 4DTMA 2VYPA 1HQUA 1RDUA 1Q82O 3CCVN 2ASPA 3ZX0A 2PBDA 4AHTA 3TU5A 1OVQA 4E89A 3ULEB 4KTQA 1TL1A 4PY5A 5AQFA 3KKSA 4CGDA 1NK5A 4M3YA 1DKGD 1X1PA 3T1AA 2ZE2A 3QBWA 2A5XA 3WQUA 3O08A 4N41A 3KZBA 4K25A 5FPNA 3SMSA 4MO4A 4HCCA 1JLBA 1ASUA 3L4QA 4CEZA 4CECA 1LV5A 5JVHL 1JCEA 1T8EA 4M3TA 2EHGA 2HNZA 1VSDA 2HHWA 3SI6A 3K5OA 4WQ5A 4BROA 1TAQA 3J7AP 3G0ZA 3KK1A 2KW4A 4YDUA 4DR2K 3F73A 3C6HA 3VF4A 3QERA 2IGIA 1BCOA 3HJFA 2DFHA 3LP2A 2A40A 4B8CA 3T3FA 3BUZB 5JICA 3F5TA 3ZT2A 3VGMA 3LP3A 4YOVA 4PWDA 3QLHA 3A5LC 1LAWA 4FPBA 2IIRA 1VSKA 3AY9A 3DYAA 3AGKA 1TYQA 2A6AA 4CHQA 1S9GA 1CZAN 5J2MA 3CCMN 3OY9A 2GWKA 4DTJA 4CEQA 2PZSA 3A8YA 4BC2A 1EXQA 3ULDA 1BHLA 2CGKA 2Q31A 4O0IA 1M1KO 4DV7K 3VQ7A 4B3RK 4AHSA 3KWGA 3LP1A 2VCPA 3AVJA 2E2PA 3CFPA 3DXKB 4EIAA 4K8XA 2OPPA 4M7XA 3HYFA 1BA1A 4O44A 3OYIA 4CEEA 4FJKA 5EY4A 2HHXA 1D4XA 2OANA 3KLEA 2WUSA 4OGCA 4XEIA 4DR1K 5GINA 3RTVA 1GOCA 5MLCQ 3AO2A 1JLFA 1M90O 2E88A 2O8DA 2YV0X 1Z6RA 3HOTA 3CPEA 1W7AA 4FO0A 3I33A 4GY2B 1S5JA 3CPWM 4O55A 2R7YA 4F8RA 2JGUA 4CJWA 3M1FA 1HMVA 3S3OA 3VGLA 1GLCG 4FPAA 4NB4A 4IEIA 2PY5A 5AQXA 3LDPA 3THYB 1N5YA 1KVBA 1QSLA 3HSCA 4OPJA 5CYMA 4YY3K 5BRDA 1ZC6A 2A41A 3NFAA 4CEAA 1SKWA 1E4FT 4BRNA 2QWMA 1CLQA 2YKNA 3ZSVA 2HW3A 2JWKA 4CHYA 1VQKN 4ISFA 4LF5K 3OYEA 1A5VA 3UIQA 3MWPA 1X9JA 4DTNA 3MEGA 4FJ8A 3RRHA 3SUPA 4MDBA 1T7PA 4OVLA 1BO5O 3FZMA 5EXWA 4FLTA 4BGAA 3AARA 2FC0A 1HJRA 2QWLA 5EX5A 1RT1A 3DRSA 1L3SA 4OGEA 1XUPO 3O5BA 2Y1JA 3HL8A 2FF3B 4L3QA 1XQSC 3TAMA 2ZF5O 4BRPA 4I7FA 4B9MA 4CBUA 5AJ3K 1SL1A 3MXMA 3TTDA 3V9SA 2NNWA 3UE5A 3SUOA 1ATSA 4CE9A 4AILC 2UU9K 4QOZB 3OYFA 1RDDA 4RW9A 3RMBA 1D5AA 1RTHA 1WSHA 5JLFA 4GKKK 4FJXA 2GX9A 2W40A 2GEMA 2P9SA 3OS2A 1IBMK 3LDLA 2O8BB 4BE0A 2P9NA 3JAMO 1HNXK 4RW6A 2IVNA 4CEDA 4H4OA 4LY7A 3OYDA 4ICLA 4ILGB 4FM1A 1HR0K 1YJ9N 1WB9A 5IWAK 3AGRA 4FOEA 3M5RA 3G10A 3CETA 1ZBFA 3TSUA 3E9OA 1UA0A 3GG4A 4BC4A 2FBYA 3I55N 1U4BA 2DPNA 3VQ5A 3BZKA 4CGJA 5M1QA 4DFPA 5LJWA 3D7EO 3T1YK 4E7IA 3H3NO 4FM2A 4M45A 3PIPL 1S1UA 2XY6A 3IDHA 1CZBA 5KRSA 2I7PA 1BG3A 1SL0A 2WBNA 3VA3A 3RVCA 1WSGA 1VSEA 4JS4A 3RMCA 3THVA 4BR2A 3FZLA 4Y1DA 4NYFA 3OYAA 1VSLA 4FZYA 3TAEA 1IG8A 4DUYK 1NGFA 4CGFA 1V4SA 1Q7YO 4F2SA 2PAVA 5FPDA 4CF8A 1KFSA 4X64K 1XNQK 1QTMA 1SKRA 4CZLA 4IG0A 3NHGA 1D9FA 4DFMA 1JLAA 4B1ZA 1EWQA 3ZEUA 1YJWN 4B9SA 3HP6A 3SUNA 2RHKA 4FXDA 3V81A 4C8LA 1H1VA 4I2PA 5FROA 3RWUA 4CJ3A 2IC3A 2YJEA 1D8YA 1NU0A 1QVFM 5AQGA 2G8HA 5SWMA 1TV6A 1XHZA 2PYJA 4CJEA 3R3LA 3FFKB 4L8RB 1TL3A 4B3SK 3SQ2A 5J2NA 5GIPA 3V1RA 2HHVA 1YTUA 1RT4A 5DM7L 2B6AA 4FWNA 1FW6A 5HBMA 2Z1HA 2IVOA 4BRIA 1I94K 1JCGA 4QS9A 2D0CA 4BR0A 5KGXA 4DQ8A 3K2PA 4NYNA 2ASMA 1IBLK 4DSJA 3QEPA 4IXCA 3OYBA 4GV6A 3CM6A 2G8UA 4AHVA 2WTUA 4JKEA 4BRGA 4WFAL 1Q8IA 3AVNA 3MXIA 4K43A 4EZ6A 3DRRA 2YX6A 3TWHA 2NRTA 4F3OA 3WT0A 2QTDA 2AA4A 2P51A 4BG8A 3LANA 4DR7K 1ZBIA 4JNEA 3ZT3A 4DWIA 2HBLA 2J4RA 1OVYA 1C0MA 2ITMA 3AA3A 2YHWA 1YI2N 4RG8A 4PQUA 2VG5A 1BA0A 1NK8A 4NXMK 2ETJA 1HJOA 3V9ZA 3FFIA 4W5OA 1TGOA 5BN8A 4HTLA 1BQNA 2QWQA 1GLLO 4N5SA 2DFEA 5E26A 2HBKA 3SMPA 3CCJN 3EZWA 1EWRA 3Q7BA 1YAGA 5AQIA 5AZIB 4FZZA 2A1SA 2NRHA 3NGIA 3MX5A 3GDQA 2ZJQL 3KD1E 2Q2RA 4JRPA 4HUEA 1P8ZA 4FK0A 3ENOA 3H45C 2A42A 2X6SA 2GV9A 3QINA 4IWVA 4RW8A 4CIEA 1JXEA 1HQEA 2P9UA 1UWBA 5AZJB 4JN4A 4PHTX 3H1VX 3P1GA 1K8KA 1VAZA 2RKIA 4LSLA 3AVHA 4JLHA 5HP1A 1IKVA 5AQLA 4CIGA 1Z26A 4DQRA 1N8RO 4KH6A 5AFUA 3DLGA 2E1YA 1J9AA 3LM2A 3KLHA 3CCUN 2W41A 1NGIA 4Z4GA 4A2AA 3I8DA 1ATNA 3PO5A 4DSIA 3BY5A 4JI6K 1BDGA 4OKEA 3CQYA 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4FLZA 3PX0A 3QFPA 4O5BA 3LPTA 2GUPA 3DLHA 4GMJB 1WNSA 4KHQA 4CJPA 3QFUA 2VGMA 1NK6A 3QEVA 4CJRA 3WNHA 1NG9A 1XC3A 3LDSA 3C6UA 2P9LB 2E4LA 3OYCA 4DS5A 4K0KK 3RR7A 1T6DA 4W5TA 3HK2A 3SNNA 3O8MA 1XWLA 3D2EA 2RN2A 1L3VA 3ZETA 1S1XA 2YNFA 2NLXA 3OJUA 4IO9L 1WBBA 1RT6A 5C10A 3NF7A 4I9QA 1X3MA 1FK9A 2YHYA 2QM1A 5BPNA 4FOIA 1C1AA 3AO3A 4B9VA 4B8AB 4KH4A 2IVPA 3CMEN 3HO1A 2QXFA 4EFHA 3VESA 4B3OA 5E41A 3MAQA 3OYKA 3SCXA 1N6QA 3W3DA 3NVKA 1T03A 1U47A 3CCEN 2BDPA 3VQEA 1NM1A 4BRQA 5TKYA 4AHCA 2O4IA 4CFBA 2D4WA 2E2OA 5FPEA 2P9SB 2F8SA 4ID5A 1RILA 2WFBA 2GWJA 4DMNA 3T19A 3U9DA 3ZSWA 1SKSA 4E7LA 3R6MA 3VQDA 3ZX2A 4QCLA 1NLVA 5KQ8A 4CESA 4CJKA 4FL9A 4BC5A 3KVGA 2VWKA 4LF8K 3WNEA 1BOTO 2UXCK 1CXUA 3VQPA 3D0PA 3P83D 4KKOA 1ESVA 3KTQA 4RCHA 1Q86O 3QMLA 1GOAA 4UQGA 2G8VA 3SZ2A 1EP4A 3M3ZA 5LY3A 4LC9B 5C15A 2Q1NA 5KI6A 4Q0BA 3QIPA 4B08A 4H0XB 3KLGA 1TUUA 4GV3A 4BRMA 4Q5VA 3THWA 4DF8A 2KKZA 3VF6A 4EP4A 4DR3K 2UYTA 3EE9A 5BN9A 3P39A 1SUQA 3E1YA 3OBWA 4A57A 1IKXA 1CXQA 5DM6L 1QS4A 3I0RA 4G9ZA 4CJUA 4DQSA 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 4JKG A;  1VQL N;  3VQ8 A;  3GBT A;  4X65 K;  3MCP A;  1RT2 A;  1TKD A;  4MLE A;  4YOR A;  5KPT A;  3FE1 A;  3CC4 N;  2KZZ A;  2E5L K;  1BGX T;  3OS0 A;  3DLE A;  4LH4 A;  2KFZ A;  3MX2 A;  5AQW A;  3C0B A;  3W0L A;  3IUC A;  5AQK A;  4JEP A;  3V4I A;  1VQN N;  3B8A X;  3R8E A;  2E6M A;  4FK2 A;  3NH1 A;  3TTF A;  4CJF A;  1SAZ A;  4N76 A;  2P9N B;  3DXM A;  3O9Q A;  4TSX A;  2NZT A;  4V19 S;  3WNF A;  1JXB A;  3HOS A;  2KLA A;  4PUO A;  2EWS A;  3ZT1 A;  3VQ6 A;  2P9K A;  4KTW A;  1SL2 A;  1NWK A;  4DV5 K;  1VQM N;  3J7Y P;  4Z4F A;  1HYV A;  4FK4 A;  4CK2 A;  1HUX A;  4CJS A;  4JKC A;  4M3Z A;  3TR8 A;  4R79 A;  3G25 A;  4WQ4 C;  2OCE A;  3E9P A;  4JK8 A;  3B6O A;  3RSE A;  4OPA A;  2JWL A;  3CI5 A;  3UKR A;  1EQY A;  2EX3 A;  4GVM A;  5CY4 A;  1KAY A;  2ZM6 K;  2NRR A;  2HB5 A;  4EHU A;  2OZS A;  4OLA A;  4B1W B;  4H4M A;  3C7N A;  2BAN A;  3O9T A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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