The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
115
|
structure length |
115
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| total genus |
24
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF5 K; 2UXC K; 5LMN K; 1XNR K; 4DR2 K; 4X64 K; 2UUC K; 4B3M K; 1N36 K; 4DR5 K; 4DUZ K; 1IBK K; 4JYA K; 4JI5 K; 4K0K K; 4DUY K; 2UXB K; 3JAM O; 2UXD K; 4DV5 K; 1HR0 K; 5A2Q O; 4DR1 K; 1HNZ K; 4DR4 K; 3J80 O; 1HNW K; 5BR8 K; 4LF7 K; 2F4V K; 4B3R K; 2UUA K; 4KHP K; 4DV6 K; 4GKK K; 4DR3 K; 2UUB K; 4DV1 K; 2UU9 K; 3OTO K; 4DV4 K; 5IT9 O; 4YY3 K; 2VQE K; 1I94 K; 5FLX O; 4LF6 K; 1XNQ K; 2E5L K; 2VQF K; 4JI0 K; 4LF4 K; 4DR6 K; 1J5E K; 4CVN E; 4LFC K; 1XMO K; 3J7Y P; 1N34 K; 4NXN K; 4JI1 K; 4DV0 K; 2ZM6 K; 1IBL K; 2HHH K; 1FJG K; 3J7A P; 4JV5 K; 4JI8 K; 4LF9 K; 4DV2 K; 1N33 K; 4JI2 K; 5LMU K; 4YHH K; 3T1Y K; 4X65 K; 5AJ3 K; 1HNX K; 5IWA K; 1XMQ K; 3J81 O; 4CW7 B; 4OX9 K; 4X62 K; 4V19 S; 4NXM K; 4X66 K; 4DV7 K; 5LL6 Z; 4AQY K; 4LFA K; 1N32 K; 4LF8 K; 4JI6 K; 4DV3 K; 4B3T K; 3T1H K; 4JI7 K; 4GKJ K; 4LFB K; 4B3S K; 4JI4 K; 1IBM K; 4JI3 K; 4DR7 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PKI A; 4DR2 K; 4KH5 A; 4W5O A; 1NGD A; 4EHT A; 1S72 N; 2OZS A; 4IOX A; 4CGG A; 2Q31 A; 1QHT A; 5A2Q O; 1NGI A; 3IRX A; 5KTQ A; 5DK5 A; 1YTA A; 5KPZ A; 3J80 O; 3CCE N; 4BQL A; 1HNW K; 3VTH A; 4H0X B; 2YKM A; 3D45 A; 3L2U A; 2ZJQ L; 1U6Z A; 1VSD A; 5AQN A; 2E88 A; 3A5N C; 3FGU A; 2A5X A; 5AQZ A; 3S9H A; 3O80 A; 1JXE A; 2P9K A; 4K25 A; 3DOL A; 4FJ5 A; 3RVC A; 1B92 A; 4F2R A; 3CCS N; 4JK7 A; 4CE9 A; 3K5M A; 3ZYY X; 5FLX O; 5D3G A; 1Z6R A; 5E84 A; 2HHS A; 3O3F A; 4CHQ A; 2FF6 A; 3OYB A; 4O5B A; 4EIA A; 3BZK A; 3O8M A; 2E1Y A; 1D9D A; 1HJO A; 2D0C A; 1RTD A; 4JI1 K; 2FBX A; 3ISN C; 1NJW A; 2F7T A; 2PY5 A; 2VGM A; 3TAF A; 3CQ8 A; 4BR4 A; 4IOA L; 3A0I X; 3LZJ A; 2NNW A; 4WCE L; 1VQ6 N; 3VQ8 A; 1WAJ A; 4H4M A; 4RW4 A; 2G8I A; 2HBL A; 3TTC A; 5BRD A; 4LF9 K; 1RTH A; 1VQP N; 4IBN A; 1YUW A; 3ZEU A; 3NFA A; 4JK9 A; 1NGH A; 1JXB A; 2JWL A; 4WFA L; 4DFK A; 4H5V A; 4ZHR A; 5AQX A; 3J81 O; 2X78 A; 3NBP A; 2NRZ A; 3L3U A; 1KSP A; 3NVM A; 4HTU A; 2V7Y A; 1QE1 A; 1TUY A; 4JLH A; 3OY9 A; 4B1V A; 3OYF A; 2WC9 A; 1JLB A; 1GLC G; 3BP8 A; 3WQT A; 4KPY A; 3ZT1 A; 5J2Q A; 1XC3 A; 4FLT A; 5J2M A; 3AO2 A; 4CF9 A; 3H45 C; 4FPB A; 1MDU B; 3AO3 A; 1NOZ A; 4K43 A; 1K8A O; 3F9M A; 3DLE A; 1TK0 A; 1E4F T; 3P5J A; 4FLZ A; 3KKR A; 2O8E B; 4FJ9 A; 2IVO A; 3JS6 A; 4RW9 A; 4CJ7 A; 2I5J A; 2JWK A; 1FW6 A; 5BN9 A; 3OYJ A; 4OPA A; 3N4Q A; 4DFM A; 4M3Z A; 4OVL A; 4FO0 A; 2YNH A; 4DU1 A; 3SAH A; 2XY6 A; 3QB0 A; 3AAQ A; 3QIP A; 4KHP K; 3DYA A; 3CF5 L; 3DAW A; 1RT3 A; 5JS1 A; 4FOI A; 4FVM A; 4FLV A; 3KLE A; 1YHQ N; 2JGU A; 4A57 A; 2OPS A; 3THV A; 1NM1 A; 4CD1 A; 4EP4 A; 3KKS A; 4U7B A; 4IEI A; 3VQ9 A; 2ASO A; 3LPT A; 1KFS A; 4FJ7 A; 3ZT3 A; 3MWP A; 4O0J A; 4ID5 A; 3HYF A; 5ELZ A; 3OYG A; 1L5U A; 1S9E A; 4DR6 K; 3AVC A; 2OAN A; 3QML A; 5K14 A; 3HZ6 A; 4BRN A; 4B1U B; 2F8T A; 2O4I A; 2EX3 A; 4JRQ A; 1KRP A; 4LH5 A; 5HP1 A; 3LP3 A; 4LH4 A; 5AQG A; 4CZG A; 1C0F A; 3WUH A; 2HB5 A; 4OPH A; 3C6A A; 3T1Y K; 4HCC A; 3ZET B; 3RRG A; 3AVB A; 3LM9 A; 3O9Q A; 2OPR A; 1T03 A; 3PIP L; 4B3O A; 3HP9 A; 3LDL A; 4GV9 A; 4Y1C A; 3WXK A; 3OW2 M; 3DXK A; 4OKJ A; 1NNE A; 3CM6 A; 1HYZ A; 1YAG A; 1ZBL A; 3DLB A; 3ATV A; 4MFB A; 1BQN A; 1W9H A; 1T05 A; 1U2V B; 3V6D A; 4HUE A; 2E8A A; 4FWM A; 1DT9 A; 4YDU A; 1XNR K; 5FDL A; 4KHW A; 2KTQ A; 3KWI A; 3PUF A; 4E7H A; 2B6A A; 4DQQ A; 4DUY K; 1U47 A; 5AQW A; 1S6P A; 3FR0 A; 4FWO A; 1C6V A; 3SMP A; 4QAG A; 5AQS A; 1NU0 A; 1RBT A; 4DR4 K; 3O4W A; 4ISF A; 2Z1J A; 1F21 A; 3CC7 N; 4FLU A; 4FJI A; 3HXM A; 1WNS A; 3VQQ A; 4BRK A; 3SZ2 A; 3TAQ A; 1XC9 A; 3O6W A; 3U6F A; 5I3U A; 3MED A; 1X1P A; 1ZBF A; 1EO1 A; 5C15 A; 4DQR A; 3CD6 N; 3WXL A; 3G10 A; 4YOV A; 4FWR A; 3EKU A; 3BY5 A; 4AIL C; 3VES A; 1JCF A; 3I0S A; 4N5S A; 2VQF K; 3B8A X; 1C1A A; 2NRW A; 2GEM A; 4QS9 A; 4JHD A; 3D0P A; 1RT7 A; 1S1T A; 3TAG A; 1ATN A; 2KW4 A; 4N47 A; 4BR0 A; 1X9M A; 3E01 A; 3R1X A; 4C8N A; 1NOY A; 2O8D A; 2A41 A; 2W6K A; 3I56 N; 3T1A A; 1IBL K; 3RMB A; 2Q0R A; 5AFU A; 3G71 N; 3ZSY A; 3BF1 A; 4M42 A; 4AHU A; 2PZS A; 4KB0 A; 1WSE A; 1WOQ A; 4CFC A; 3SAG A; 2IS3 A; 4YDU C; 3WXI A; 3C6U A; 1ILY A; 1B9F A; 4ISG A; 1OH6 A; 1WN7 A; 4E89 A; 4BVP A; 2HHW A; 3HI0 A; 3A5O C; 5C25 A; 4DSJ A; 4FK0 A; 4H5N A; 3U8X A; 3WNH A; 2P9P B; 2ATQ A; 5M1O A; 1YIT N; 1VQM N; 4PWD A; 1RFQ A; 3FFI A; 3THY B; 4IXC A; 5EVZ A; 3VEN A; 2YHY A; 2FBT A; 4NCB A; 3R9P A; 4QOZ B; 1YVN A; 2E2P A; 5T7B A; 4IOC L; 1RIL A; 5KQ8 A; 1S22 A; 2QWP A; 1VK0 A; 4FLW A; 1VQ7 N; 1LCU A; 1GOC A; 1KAZ A; 2O8D B; 2G8W A; 1X3M A; 1J53 A; 5JS2 A; 3H3N O; 1JKH A; 2RKI A; 3GOI A; 4CJE A; 3BZC A; 4JKG A; 1TYQ A; 3AV9 A; 4CF8 A; 4CJP A; 4KI6 A; 3CQY A; 4Q5V A; 5M1F A; 1WSJ A; 2YHB A; 3PSI A; 3WNE A; 4N56 A; 4DR3 K; 3AVI A; 5CHI A; 3V81 A; 1NKE A; 3B6O A; 4OPK A; 1YXQ A; 4FPA A; 5DMR A; 3MN9 A; 4YY3 K; 1LW0 A; 1YVU A; 3PLA A; 2OYQ A; 1XNQ K; 1YIJ N; 4FK4 A; 3NE6 A; 1S1X A; 1B9D A; 4FWN A; 2P9U A; 1EXQ A; 3NF7 A; 3NCI A; 4B9N A; 1RDA A; 4KHS A; 4EFH A; 4CZJ A; 3ZCM A; 1KLM A; 3UKR A; 3SPY A; 2HHH K; 1D9F A; 4DG1 A; 1NK7 A; 3K5N A; 1WB9 A; 1ASW A; 3HM9 A; 1Q7Y O; 1T7P A; 3TAN A; 5KGW A; 3O9T A; 1HX1 A; 4FWL A; 3L2W A; 4HWI A; 3M1F A; 5J1E A; 3I55 N; 2ZJR L; 4KTQ A; 3ZSZ A; 1D5A A; 3E9L A; 1VHX A; 3OBY A; 4DV7 K; 4EZ6 A; 3PX6 A; 4CEF A; 1VSL A; 3VMF B; 4KI4 A; 1RDC A; 4CHP A; 3BEX A; 4FJL A; 2VWJ A; 3HTV A; 2P9S B; 2O8F A; 2YX6 A; 3DLG A; 1BQM A; 4ISE A; 4JI4 K; 2P9I A; 1SV5 A; 3LPU A; 2QW9 A; 4X64 K; 3D2F B; 1GLB G; 4FOE A; 4BWM A; 2GEL A; 4EHU A; 2O8B A; 4DS4 A; 1HPM A; 5KPR A; 2UXB K; 2QXL A; 1L3V A; 2QK9 A; 4YOY A; 3QEX A; 4E3S A; 1NGC A; 3UKR B; 1BI4 B; 3U9Z A; 2UXD K; 1K8K A; 1WSI A; 4CJU A; 1ZBH A; 4DR1 K; 2OPP A; 2GTD A; 3H6E A; 3CJ7 A; 3DMJ A; 3TAE A; 2E20 A; 4BE2 A; 5BN8 A; 2QWQ A; 3ENO A; 3OYL A; 1Q9X A; 4H0P A; 3T19 A; 4FJJ A; 3GG4 A; 3SUP A; 4E1M A; 4CZE A; 4KHN A; 4JD2 B; 4IG3 A; 4WQ5 C; 1ASV A; 1IKW A; 3ENH A; 4DV1 K; 2DFE A; 3QDK A; 4ILH A; 1W97 L; 3WXM B; 5IT9 O; 2VQE K; 1CXU A; 3VQ5 A; 1CZA N; 3F2K A; 2E6L A; 4DQS A; 4CZM A; 3QEV A; 5ADX H; 3QLH A; 2WBN A; 3SMS A; 2P9I B; 3MN7 A; 1J5E K; 4CJK A; 4M3Y A; 1WBB A; 4A62 A; 3O3G A; 1NGB A; 4BR7 A; 1Z05 A; 1Y64 A; 1MWK A; 3OA9 A; 1QVF M; 4DTR A; 2YV0 X; 1UA0 A; 1QQO A; 3EL2 A; 3ULE B; 3V1R A; 3CM5 A; 1C1C A; 4EZ9 A; 4N41 A; 4ELT A; 3SUN A; 1EP4 A; 5AJ3 K; 5HRN A; 2HNY A; 3ITH A; 3PO4 A; 3EEQ A; 3FLC O; 1IKV A; 2HF4 A; 2VYP A; 3ZSV A; 4DSK A; 5BR9 A; 2WOM A; 4V19 S; 3CCJ N; 3ULD A; 2A3Z A; 1BHL A; 1XHZ A; 3ZT0 A; 3FZL A; 3AA2 A; 4JAX A; 5AR0 A; 3CMA N; 4CF1 A; 2ZQB A; 4BR5 A; 4BRF A; 4B9T A; 3SJJ A; 1T44 A; 2VG7 A; 1IBM K; 1DTT A; 3T7Z A; 4JI3 K; 3LP0 A; 2QA4 N; 3G6E N; 3LL3 A; 4JKD A; 4K0K K; 4FSV A; 5BRH A; 3S41 A; 2W6L A; 1YT3 A; 4F4K A; 1LV5 A; 4TSX A; 4IZ9 A; 2D5R A; 4C8O A; 2HHQ A; 3EZ5 A; 2E1Z A; 1DKG D; 1TAQ A; 2RHK A; 3QES A; 4I6M B; 1R59 O; 2YNI A; 4K8X A; 3WEE A; 5BR8 K; 5AZJ A; 4A2B A; 3A5M C; 4OGC A; 3MN5 A; 3C6T A; 5JVG L; 4BRI A; 2DFF A; 4I9L A; 1SKW A; 4BG9 A; 4CF2 A; 3RWU A; 2W42 A; 1ITG A; 5GIN A; 4B9V A; 4DSF A; 3QNN A; 1QSY A; 3JXU A; 4M63 C; 2H3G X; 4XH1 A; 4NB4 A; 3OVN A; 3V1O A; 4GV3 A; 1EX4 A; 4CEE A; 3FFK B; 4IWV A; 4WFB L; 2PYL A; 4JKH A; 3F5T A; 4A5B A; 3A8Y A; 4RCH A; 4G9Z A; 2G8K A; 2XRI A; 2P5O A; 1G15 A; 1NJI O; 1VSI A; 4CEA A; 1T3V A; 3CJA A; 2O8C A; 4AHR A; 4BC4 A; 2NRX A; 4WQ4 A; 4CJV A; 3CET A; 2VWB A; 1ZBI A; 4E7I A; 4FYD A; 3JSM A; 3H46 O; 1K6Y A; 4NLB A; 2B5J A; 1NGJ A; 3PO5 A; 5AQM A; 3QER A; 2B4J A; 5I9E B; 5LMU K; 5AZJ B; 1G99 A; 5LY3 A; 1IKX A; 4HUF A; 1VQL N; 1W2B M; 4CJS A; 1VRT A; 1JCG A; 1LOT B; 3RSE A; 2YCH A; 4GW6 A; 5HRS A; 3LP2 A; 3IS9 A; 5BPL A; 2G8H A; 2BDP A; 3I8B A; 1T6C A; 2OTL N; 1HUX A; 5FRM A; 1VSF A; 4GV6 A; 3O4N A; 4DCH A; 3QEW A; 1U48 A; 3T1H K; 4CIF A; 2V52 B; 4NCG A; 2WON A; 3DI6 A; 1Y97 A; 4RTF D; 1JLC A; 3MXM A; 1NK9 A; 1HKB A; 2GWK A; 5FRN A; 2F9W A; 4CK2 A; 4RW6 A; 1BO5 O; 3DRP A; 2X6S A; 3ASM A; 4CZH A; 2DY4 A; 1JL1 A; 5HBM A; 2AP1 A; 1HPZ A; 3I33 A; 4AF1 A; 1SQK A; 5JIC A; 1BIU A; 1Q8I A; 1X9J A; 2QWN A; 4BRC A; 1RT4 A; 1RNH A; 2IAJ A; 2P9K B; 3FZF A; 3NH1 A; 2W41 A; 2HBJ A; 2HBK A; 1LAW A; 3CJC A; 3HM8 A; 3THX A; 1X9S A; 3VQ6 A; 4FCY A; 5HRR A; 3R8E A; 1U4B A; 5AQR A; 1HYS A; 4B1W B; 3K5L A; 3B6P A; 1SL1 A; 2GWJ A; 5KRS A; 4ICL A; 2FSK A; 4E0D A; 1EKE A; 4BQZ A; 4KRE A; 1HNI A; 4BY9 C; 3VQA A; 4YOR A; 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2HVI A; 4CBW A; 4CK1 A; 3VQD A; 4K41 A; 4Z4I A; 2E6M A; 2V7Z A; 4N76 A; 4CJL A; 1T6D A; 3VA0 A; 4DV4 K; 2HHT A; 5C10 A; 1NGA A; 3CCV N; 5CZ1 A; 5TKY A; 1VRU A; 3KTQ A; 5C2D A; 3QIN A; 2VWK A; 4KV8 A; 3LAN A; 1WSG A; 3SUO A; 3L6Q A; 3W3D A; 1U45 A; 2YHX A; 3DWL A; 1N34 K; 1Q82 O; 4NXN K; 3KLG A; 4IDK A; 3NF6 A; 1BDG A; 3L4Q A; 2GV9 A; 4JKF A; 3UKU A; 1E4G T; 3DXK B; 3VGK A; 1NWK A; 4XIU A; 1GOB A; 3OHR A; 3AVJ A; 3KD5 E; 1REV A; 3LWM A; 1LAV A; 3KK1 A; 3CCR N; 4DQ8 A; 1FKP A; 2OA8 A; 3HK2 A; 3J7Z O; 4DTS A; 4DSI A; 1P90 A; 2YJF A; 4X62 K; 3CQX A; 4UY8 O; 4J2B A; 1QQC A; 3ZSX A; 5LL6 Z; 3DLR A; 3SBG A; 3TSU A; 4F9O A; 2F9T A; 1BOT O; 1VSK A; 4CZI A; 1HNV A; 3VF2 A; 4FJ8 A; 4BRH A; 4W5T A; 1W0H A; 3DLH A; 3P1G A; 4LFB K; 5EU7 A; 4JRP A; 1N5Y A; 1TL3 A; 1QSS A; 3HRG A; 3VF6 A; 4RW8 A; 3VQB A; 5HRO A; 1K73 O; 1J9A A; 2PFU A; 3VGM A; 4YFU A; 1CXQ A; 3EYZ A; 4JN4 A; 2IVN A; 4DUZ K; 1MA9 B; 4DB3 A; 2P9N A; 4C8L A; 4KTZ A; 2ASM A; 4H5W A; 3OYE A; 1FKO A; 1T8E A; 2E2Q A; 5AQV A; 1HLU A; 3M5R A; 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