2ZQBA

Crystal structure of a psychrotrophic rnasehi variant with sextuple thermostabilizing mutations
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
152
structure length
149
Chain Sequence
ELKLIHIFTDGSCLGNPGPGGYGIVMKYKGHTKEMSGGFSLTTNNRMELLAPIVALEALKEPCKIILTSDSQYVRQGIMTWIHGWKKNGWMTSNGTPVKNVDLWKRLDKAAQLHQIDWRWVKGHAENERCHQLARAAAEANPTQIDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Destabilization of psychrotrophic RNase HI in a localized fashion as revealed by mutational and X-ray crystallographic analyses
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Shewanella oneidensis
total genus 44
structure length 149
sequence length 152
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2zqbA00
2FC0A 5J2QA 2HNYA 1RTHA 4FJGA 3EZ5A 4I2PA 4CEFA 3M8SA 5KRTA 4XIUA 3LWMA 1U45A 3M8PA 4KTWA 3SUNA 1JLGA 4MFBA 3HVTA 4ZHRA 4I7FA 4GVMA 3L2VA 5JS1A 2YKNA 4I2QA 4FK4A 2BANA 3JYTA 1S6PA 4FLVA 3AO1A 3PO5A 4AHTA 2YHAA 3VQ6A 3LZJA 4DMNA 4HHTA 3QEXA 4J2EA 3MXJA 5CYMA 1JXBA 3OS1A 1HYZA 2X74A 4CJWA 1KSPA 1BCMA 4KFBA 1FKOA 1S9GA 3AVMA 3OS0A 3HK2A 3VQBA 1J9AA 2OZMA 1LWFA 3TI0A 3DOLA 4HCBA 2RPIA 3I0SA 4BDYA 1VSJA 1TKZA 3V9XA 5FRNA 4HUGA 3CYMA 4DFMA 4BE1A 4DLEA 1X9WA 1JXEA 3QO9A 3RMAA 1IKVA 1S1WA 2FBXA 3T19A 3V1QA 3TAMA 4CECA 2HW3A 4I9LA 3OYMA 3WNGA 1NK4A 2HHSA 3VQ7A 3T1AA 3BGRA 1S1VA 4M3UA 4Q0BA 1RTJA 1BIUA 1R0AA 4FJMA 4F2SA 1VSFA 1RBSA 1J54A 3HP9A 3ZSZA 4CHPA 2YHBA 1WSGA 2X6SA 4N56A 4N41A 4DU3A 2YNIA 4Y1CA 5DMRA 3HM9A 5CZ1A 2G8VA 4KV8A 2BGGA 4B9UA 2ITGA 1HNVA 1HJRA 3A2FA 2HVIA 1VRUA 4AHSA 3QNOA 4IFVA 2B5JA 3UIQA 4N76A 1CLQA 1YTUA 3V9UA 1KVCA 3O4NA 4DTPA 2XHBA 1JKHA 1S1TA 5HRPA 3L8BA 1K6YA 4LSNA 3SI6A 3U6FA 4KAZA 4M3WA 4CIGA 4CIFA 1NK5A 1KLMA 4Z4CA 3OYGA 3NBPA 1BL3A 5CY4A 4DQSA 4M3TA 3TABA 3AVKA 3DRRA 1S1UA 3C95A 4KB1A 5FDLA 3K59A 4CJ3A 3DOKA 3KLHA 3OJUA 1NK7A 1DTTA 3AVHA 1L5UA 1I39A 4PA1A 1B9DA 3S9HA 3KKRA 1FKPA 4QAGA 4B9TA 4AH9A 4Q5VA 2W42A 4W5TA 4M42A 2E6MA 4YFUA 3OYJA 3NGIA 2P5GA 4PQUA 1IKWA 5SZTA 1JL2A 5DK5A 5J1EA 3RRHA 4ELVA 4L8RB 2KW4A 4ICLA 4CJUA 4FZZA 2F8SA 3VQ8A 4YNQA 4LSLA 4OJRA 1TAUA 1HPZA 1C1BA 1VRTA 1LWCA 4O0JA 1LV5A 2XRIA 3NCIA 4B9NA 3KK3A 3TANA 2OYQA 3NGYA 4ID5A 3C6TA 4DTSA 1RTIA 1U48A 4CFBA 2DFHA 1RBVA 4LH5A 3AA2A 2WOMA 4FLWA 1XI1A 1XC9A 1IG9A 1REVA 3O3GA 4FK0A 3LP0A 4W5NA 3SPZA 3KLFA 1Z26A 5I3UA 3DM2A 4GMJB 1B9FA 3S3OA 3ISNC 1HYSA 1CXQA 3I8DA 4FM1A 3AVFA 1TL3A 1UOCA 1CZBA 4CJKA 3O4QA 1C0UA 5CZ2A 3KD1E 4F2RA 4J2BA 4JS4A 3RR7A 4GW6A 4CFAA 5J2NA 2HB5A 3KLGA 4CEEA 1LW2A 2Y1JA 1UA0A 3QEIA 2Z1JA 4B9MA 1RT6A 3QIOA 1VSIA 4CEZA 2ZE2A 3AA4A 1NJYA 1G15A 3G10A 4IG3A 4HUFA 1RTDA 3KK1A 2A1RA 1UAXA 1IKYA 3LWLA 1NKCA 4B08A 4FLTA 3U3YA 2D0BA 4DTOA 4DSLA 1TK0A 1RT7A 3TAGA 4KPYA 2R7YA 3V9SA 3DLEA 4NCGA 4CJSA 4E7HA 4R5PA 2GBZA 3HVRA 1NK0A 3HPHA 4DSEA 1ZBHA 4KRFA 1O1WA 3ZCMA 4KHWA 2XY5A 1NJXA 4CEDA 1IKXA 1C1AA 2Z1HA 4G1QA 1BCOA 4OGCA 1SKWA 1DLOA 4FM2A 4B3OA 4DS5A 2F8TA 2VG5A 2JGUA 4FW2A 3D0PA 1XHXA 3PUFA 4FLXA 3LALA 1EXQA 2EX3A 3K57A 1U47A 1BQMA 2KZMA 1SKSA 3ZT0A 4AHVA 2O4GA 3LANA 4BWMA 1NOYA 4CCHA 5KRSA 4E1NA 4NYFA 2YNFA 4HUEA 2I5JA 1FK9A 1HYVA 1QQCA 1SV5A 1JL1A 3LP3A 4ELUA 1VSHA 2ZD1A 1KVAA 3AO4A 2BE2A 4W5OA 2Y1IA 2QK9A 1GOAA 4KHQA 4DU1A 3EY1A 3LZIA 1S9EA 3NF8A 4CERA 2VG6A 3QEWA 4FJNA 2HHTA 4CGJA 1T03A 3VQCA 4CGIA 3P1GA 3OYDA 4KTQA 2E4LA 3DI6A 1BGXT 1X1PA 3QETA 3CFOA 3V81A 3VQAA 4Z0UA 2PY5A 1N6QA 2HHVA 5HRSA 1ZBIA 3VQQA 3DLHA 4Z4IA 1A5XA 4DLGA 3B6OA 4DTNA 4DTXA 4NCBA 2O4IA 4DF8A 4F4KA 1GOCA 3G0ZA 4O55A 2XY7A 4KHNA 1RT5A 3V1OA 4ID1A 3NH0A 2HVHA 3AVGA 1KRPA 3OS2A 3IG1A 2AJQA 4DSIA 1RBUA 3QEVA 3CM5A 3SNNA 1RILA 2DFEA 4E3SA 4DSKA 3CFRA 4DTUA 5HP1A 4HTUA 3DMJA 4RW7A 4CF1A 2FBTA 4CESA 4FLZA 3RMDA 1L3TA 4KI6A 3HPOA 3U3GA 3RMBA 4C8KA 3PX6A 1C6VA 4DWIA 3VQ4A 4DQRA 2G8IA 4RW8A 3KTQA 1T8EA 4RW9A 4LD0A 4TSXA 1TKTA 2YNHA 1TK5A 4FJ8A 3I0RA 1XHZA 4KI4A 4CJ4A 1TV6A 4Z4GA 4CEBA 1WSEA 3AA5X 3KLIA 3NGZA 4RW4A 4BACA 1FXXA 2IAJA 2IOCA 3V1RA 4OPKA 2WONA 4DFPA 1C1CA 3OYCA 2KTQA 4BE2A 4MQ3A 3QEPA 1BISA 4N47A 4CHQA 1L3UA 3MXMA 4C8LA 4NCAA 4FJ5A 2D0CA 2RKIA 1C0MA 4UQGA 4LY7A 1TKDA 2VG7A 1N5YA 2B4JA 1JLAA 1GOBA 3HPGA 4FVMA 1YTAA 4DSJA 4H4OA 3C6UA 4PWDA 3MAQA 1RDBA 3M8QA 4FJJA 5EU7A 1TGOA 4CGDA 3VN5A 3VA3A 1X9MA 4J2DA 4DF4A 2DTUA 1KCFA 1RNHA 4BDZA 3SQ0A 2BDPA 4IKFA 2FBYA 1BI4A 3KD5E 5HROA 4CEAA 4N5SA 3PO4A 1RBTA 3VA0A 3TAFA 2XY8A 4EP5A 4KREA 4DFKA 1SKRA 1HNIA 1EP4A 2D0AA 4CF8A 4CK3A 1RCHA 3SJJA 3ZT1A 1ITGA 3SV3A 3HL8A 3PV8A 3TARA 3LPUA 1VSDA 3ZSWA 3BDPA 3ZSXA 2Z1IA 4CF2A 3CM6A 4EZ6A 1KVBA 4KHUA 4CGHA 2P5OA 1SUQA 4FLUA 1NK6A 1L3SA 1XWLA 1ASVA 2E6LA 1U04A 3VQ5A 3K5OA 4E19A 3KIOA 4FM0A 1Q9YA 1RBRA 3L2UA 3SQ1A 3IS9A 3NFAA 4BE0A 3MEEA 4OPJA 3NH1A 4M3XA 3ZSVA 1ZBFA 3KK2A 3TR8A 4IG0A 3CG7A 3L3VA 4DSFA 1I3AA 4DQPA 2KQ2A 4E1MA 4AHCA 1X9SA 3RR8A 3L2RA 4O44A 2QKBA 2QXFA 3LP2A 1SL1A 1TK8A 1A5WA 1YVUA 1JLCA 1VSKA 3T3FA 1D9DA 2F96A 1F21A 1RT2A 1RDCA 2IC3A 4Z4FA 2GV9A 3S3NA 2G8KA 4OVLA 2OPQA 1RT4A 1NKBA 1QSYA 2LSNA 1QS4A 3DLBA 1HQUA 4RG8A 4CJVA 3OYIA 3V9WA 1NJZA 4CIEA 3OY9A 4NYNA 2YNGA 4CJ5A 3DLKA 1UA1A 2KFZA 3ASMA 1D8YA 3LPTA 3M8RA 1RDDA 3SUQA 4DTJA 4KO0A 4FLYA 2PYJA 4CJTA 1U49A 4M3YA 4W5RA 2DY4A 1HQEA 2HMIA 4CHYA 2Z1GA 1LWEA 1RT3A 1TAQA 3DLRA 4HVJA 4OLBA 1KTQA 4CFDA 4CGGA 3OYNA 3AO2A 2NUBA 3SV4A 1TKXA 3SZ2A 3TAEA 3OVNA 3PX4A 2A1SA 1D5AA 1LW0A 5CYQA 1NJWA 4CHOA 1ZBUA 4DU4A 2G8UA 4PUOA 1Q8IA 5I42A 4FYDA 4O5BA 4B8AB 3OYKA 3K58A 4CHZA 1W9HA 1ASWA 3CFPA 3RMCA 3TAPA 3KJVA 1SL0A 1CXUA 4Y1DA 1BHLA 3V6DA 4O0IA 1HRHA 4M41A 1RT1A 2EHGA 3KKSA 4DQQA 2OPPA 4DS4A 4PY5A 3ZSQA 1JLEA 3IRXA 1C0TA 1QHTA 4C8MA 3OYAA 3HYFA 3VQPA 4KB0A 4FXDA 2P51A 4EZ9A 3E01A 4DTMA 3V9ZA 4F8RA 3FFIA 3O3HA 5HLFA 3D45A 1J53A 3OYBA 1VK0A 5J2MA 1ZBLA 2PZSA 3NDKA 1KFDA 4KTZA 4ZTFA 5FROA 4BWJA 2HHXA 2D5RA 3WNFA 3SQ4A 2IGIA 2HNDA 2YKMA 4O4GA 5K14A 1NKEA 3QERA 3DRPA 4H4MA 3QNNA 4CK1A 1J5OA 3AVBA 5HBMA 2ETJA 3SPYA 4E0DA 2XO7A 1NK8A 3IAYA 3LP1A 3ZT2A 2G8WA 2HHUA 3WNEA 5C42A 3ZT3A 3L2QA 3TWHA 2B6AA 1EX4A 1WSIA 1VSMA 4DTRA 4Z4HA 4ZTJA 1NOZA 4E7JA 4JS5A 3HP6A 4QCLA 4H8KA 3SQ2A 1Z25A 4C8NA 3DRSA 5HRRA 3NE6A 3QESA 4AHUA 1QSLA 4WE1A 3DYAA 1WN7A 3NF9A 3NF7A 3QINA 4W5QA 3LDSA 2XY6A 4CK2A 2ATQA 4ELTA 2G8HA 1S1XA 4CF9A 2P1JA 3HJFA 1W0HA 4CF0A 5HRNA 3OYFA 4CJQA 1MU2A 5KGXA 3B6PA 3DLGA 3OJSA 2HNZA 1EETA 3KLEA 4F3OA 1S6QA 1TL1A 3K5NA 4JRQA 4E7IA 3AVJA 3V4IA 2KFNA 4B8CA 1JLFA 4JLHA 5FRMA 3RRGA 1A5VA 3ZT4A 1TVRA 1YT3A 2OPRA 3L3UA 4CEQA 1T7PA 5C25A 1D9FA 1ASUA 1WLJA 1QTMA 4K8XA 3F9KA 2VWJA 4FJHA 3ALYA 4B9SA 3L2WA 4CEOA 4CGFA 4FCYA 3OYLA 4FZYA 4CHNA 2HHWA 3AVLA 3MECA 1WSFA 3NF6A 3ITHA 3ZSRA 3CQ8A 3QLHA 2YV0X 3P5JA 4LH4A 5E41A 3AO5A 3K5MA 1T05A 1JLQA 3WNHA 2OPSA 4BDPA 3SYZA 4OKJA 4CJPA 4AILC 1UWBA 2JLEA 3VQDA 4CJRA 3K5LA 3RTVA 2RF2A 4E7LA 4QOZB 1JLBA 1WNSA 4FJLA 4M3ZA 3VQEA 1WAJA 3LAMA 3MEDA 4M45A 1B92A 3QIPA 1LAVA 5JS2A 4CJLA 3AV9A 1KLNA 1LAWA 3NAEA 1KFSA 2OZSA 4FJ7A 5C24A 3O3FA 2PYLA 4J2AA 3C94A 4KHSA 4JRPA 3SUPA 4FZXC 4IDKA 4C8OA 5D3GA 3TAQA 3ULDA 4FJIA 3NHGA 5KTQA 1S5JA 2X78A 4M3RA 3F73A 1NK9A 1VSLA 1Q9XA 2HHQA 4F3TA 4DFJA 4IFYA 4Z4EA 5SWMA 3H08A 3SCXA 4OKEA 3HO1A 5T7BA 1WAFA 3AVNA 2IS3A 2IDOA 1BQNA 3K2PA 3ZSYA 4RW6A 2DFFA 3VQ9A 3MXIA 1BIZA 1EKEA 3JSMA 1WSHA 4CFCA 4FJXA 1CZ9A 4CJFA 4DQIA 2FBVA 1QSSA 4CJEA 2G8FA 3PX0A 3HXMA 4FW1A 4AHRA 2QKKA 3P83D 3LAKA 3EYZA 1HMVA 4KHYA 2GUIA 4I9QA 2ZQBA 3PY8A 4FJ9A 4B9LA 1RDAA 4HCCA 1DTQA 1IH7A 4EP4A 3NH2A 3OYEA 3ZSOA 4E89A 4OKKA 1U4BA 3MEGA 1SL2A 1L3VA 4FJKA 3AO3A 4FK2A 1VSEA 3THVA 3RWUA 3AVAA 4OGEA 3S3MA 4K8ZA 5KI6A 5J2PA 3AA3A 3HT3A 2OA8A 2VWKA 4CE9A 4E7KA 2KZZA 2X6NA 1BI4B 1WSJA 5KGWA 3SUOA 1IO2A 4OLAA 4B9VA 2RN2A 4KKOA 3HSTB 1ZYQA 2Q3SA 4DG1A 3AVCA 1Y97A 3OYHA 4IBNA 3AVIA 1QE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5H1SQ 4FJGA 4JKDA 4BG9A 4I2PA 3M8SA 4AM7A 4XIUA 3L0QA 3PLAA 5BREA 3SUNA 4CVNE 4BQLA 4ZHRA 4GVMA 3L2VA 5JS1A 2YKNA 1OH5A 4FLVA 3UKRB 3F9MA 2UUAK 3MXJA 2ZJPL 2UUCK 1GLJO 4CJWA 1KSPA 1BCMA 1S9GA 1HNWK 5BN8A 4HCBA 2RPIA 3I0SA 3MK6A 1VSJA 3V9XA 4H5NA 1BA1A 5FRNA 1EWQA 3AARA 1NGBA 3QO9A 3JS6A 2FBXA 4DV5K 3C65A 2HW3A 4LF5K 2NRTA 3HZ6A 4I9LA 3WNGA 2P9KB 3OYMA 1NK4A 3VQ7A 3BGRA 1EQYA 1BIUA 1NLVA 3BY5A 4A5AA 4R79A 5DM7L 4F2SA 4IFEA 4BR0A 1DGKN 4CHPA 2YHBA 1KAZA 4Y1CA 4FPBA 3HM9A 4F9OA 2G8VA 2BGGA 4DV2K 2HVIA 4AHSA 3QNOA 4IFVA 1JKHA 1K6YA 1HPMA 1NGHA 4M3WA 4Z4CA 3OYGA 4DR2K 4GKJK 3TABA 4LFCK 5FDLA 3OJUA 3AVHA 4YOVA 4JD2B 3VMFB 1B9DA 3TTCA 3S9HA 2F9WA 3KKRA 3O6WA 4WQ4A 4B9TA 4AH9A 4M42A 2E6MA 1X3NA 4KH4A 2ASMA 4JKEA 1NMDA 4L3QA 4CD3A 1NGIA 3W0LA 4H0VB 5DK5A 3RRHA 4ELVA 5KPTA 4CJUA 4YNQA 5HOOA 3NCIA 4B9NA 2P9UA 3SMSA 3U9ZA 1GLAG 3TANA 2OYQA 4ID5A 1RTIA 1IG8A 2P9LB 2GWJA 1H1VA 4B9MA 4FOEA 2WOMA 3AA2A 3M5RA 1XI1A 1IG9A 2NRRA 3LP0A 2GEMA 5I3UA 3S3OA 2Q36A 4FM1A 3MMVA 1CZAN 4F2RA 1QZ6A 4JS4A 1GLEG 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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