2B4JA

Structural basis for the recognition between hiv-1 integrase and ledgf/p75
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
153
structure length
135
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and transcriptional coactivator p75
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase (IN)
molecule tags Viral protein, recombination
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 135
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2b4jA00
4KPYA 1RNHA 1JLBA 5CYMA 4DTNA 1JLQA 1TGOA 1ZBUA 4CJQA 3LDSA 1ZYQA 1SUQA 3AV9A 3CFOA 4J2EA 3LP3A 4I2QA 4FJ7A 4N76A 4KO0A 4DTOA 2DFEA 4H4MA 4FJGA 3L2VA 1SL1A 4OKKA 2G8UA 3ZSOA 2KFNA 4FW1A 4FLTA 3HP9A 3HVTA 3QESA 1GOAA 2OYQA 1WSEA 3MEDA 3NF7A 3VQQA 1VRUA 3AVMA 4EZ9A 4CJ4A 4KTQA 4CK1A 2Y1JA 1BIZA 1JXEA 3V9XA 3E01A 3PV8A 3ZT0A 3I8DA 1BL3A 4EZ6A 2LSNA 2OPSA 1IKWA 4RW8A 3SI6A 3NGIA 3FFIA 4CEOA 1L5UA 1NKBA 3ZSYA 3CQ8A 4DMNA 4UQGA 4CGJA 4W5NA 2VWKA 2XY8A 1BIUA 1LWFA 3RMBA 4CJEA 3LP0A 1QHTA 4BE0A 1X9MA 3VN5A 1RTJA 2HHTA 5HRNA 3K57A 3V9SA 3AA2A 4IDKA 3OYBA 3AVNA 3ZSZA 3QETA 4FLUA 1RBVA 1LW2A 4IKFA 5HBMA 3M8PA 4E1MA 4W5TA 3PUFA 1UAXA 1SL0A 1Q9YA 1LAWA 1L3SA 4YFUA 3AO5A 1KTQA 4DU1A 3SYZA 5JS1A 5CZ1A 2GUIA 3SUOA 1KFSA 2HVHA 1KCFA 3AVCA 4CF8A 4PY5A 3ZT4A 4B8AB 3NH0A 3L3VA 1VSDA 5J2QA 2QK9A 1N6QA 4C8KA 2G8FA 3V9WA 3PY8A 1WN7A 1RTHA 3DRSA 4LD0A 4G1QA 3QEIA 1IKXA 1WSHA 5KGXA 3L2QA 1RT1A 3O3FA 3K59A 4J2AA 3SQ2A 3QEVA 2B5JA 3NGYA 4FM1A 4KAZA 3QO9A 1FK9A 2P51A 3ZT1A 3K5OA 1DLOA 4KRFA 3HO1A 2D0BA 1XI1A 1KSPA 3SQ4A 4J2BA 2IS3A 4PA1A 3NE6A 1JKHA 3VQ6A 1T03A 4Z4GA 2RPIA 3QEWA 4H4OA 2IGIA 5DK5A 4KHYA 1BCMA 1TVRA 4HUEA 4KI6A 3EYZA 4FJJA 2KTQA 1C0UA 3LAMA 4E7IA 2G8WA 4LH5A 1NJZA 2BGGA 1BI4A 1NK9A 4ZTFA 1HJRA 1NK8A 3V9UA 4E1NA 1NKCA 1FKOA 3KD1E 1JLGA 2HHQA 4BE1A 2GV9A 2Y1IA 1S6PA 4CGIA 3KLFA 3HT3A 3M8RA 3QEPA 3TAFA 3KK1A 1SKWA 4DWIA 1WLJA 3OYDA 4DTMA 4F4KA 4LSLA 2OPQA 1CZ9A 4Z0UA 1ZBIA 4O55A 1BCOA 3C94A 4E7HA 1RT2A 2R7YA 3NDKA 2X78A 3BGRA 3LAKA 3TAQA 1U49A 5HP1A 3RR7A 3NF9A 4CGGA 3SPZA 2E4LA 3LP1A 4KHSA 4KB0A 1TK8A 2F96A 3HVRA 4FYDA 1RDCA 3HYFA 4KKOA 3VQEA 4E7KA 2HHXA 4FVMA 3TAPA 2YNGA 2YHAA 4O4GA 4BWMA 4KV8A 1S1TA 1HRHA 3SV4A 1A5WA 1S1UA 1RBSA 1S9EA 2GBZA 2KQ2A 4CHNA 4KHQA 3HJFA 1LAVA 4RW9A 1D9DA 1YTAA 1WSJA 3SQ1A 3DLKA 1TKTA 1TV6A 3KLIA 4CJRA 3NF6A 5HRPA 1RDBA 3OYMA 2FBTA 3LWMA 1RDAA 4DLEA 4DTUA 4CE9A 3NF8A 2D5RA 4ELTA 4FLWA 1LWCA 2VG7A 3ALYA 2W42A 3OYLA 3ISNC 1XWLA 3DRRA 1G15A 5EU7A 3PO5A 3U3GA 1RTDA 1U47A 1J5OA 3ZT2A 3ZSQA 4XIUA 1RBRA 3VQAA 3KJVA 4E7JA 2IAJA 2F8TA 4ICLA 2QKKA 2HW3A 3DI6A 4CHZA 1R0AA 4CEZA 3KLEA 3ASMA 3C6TA 1XHZA 3RRGA 3NFAA 1N5YA 4B9MA 4NCAA 1I39A 3HM9A 3PX6A 4CF9A 4Z4HA 3V9ZA 4FK4A 4IFVA 3DM2A 3S3OA 5KTQA 4HHTA 4FJ5A 4OKEA 1ASWA 4IG0A 4AHTA 5HRRA 4BACA 1X9SA 1RILA 4LH4A 1J9AA 3SUPA 1L3TA 4C8LA 4DF4A 4FJKA 1VK0A 1B92A 3L3UA 3QNNA 4CHOA 4CIEA 4E3SA 4M3RA 3V81A 4FZXC 1D5AA 3VQ4A 3MXJA 4DG1A 3KD5E 2ETJA 4AHUA 2HMIA 2D0CA 2HHWA 1KFDA 2A1SA 3ZCMA 1L3UA 4FZYA 4B3OA 3OS2A 1EX4A 4OPKA 3SCXA 2DFFA 4DTXA 3T1AA 4DU3A 4CJUA 1T7PA 4CESA 2AJQA 1C1AA 2E6MA 4TSXA 3OYKA 1IG9A 4R5PA 4M3UA 4DSLA 4B9NA 3JYTA 2HNZA 1RDDA 3OS0A 2G8HA 4DSFA 4B08A 2EHGA 1ZBFA 1C1BA 3DYAA 5I42A 1KVAA 4BDZA 5FRNA 3P83D 3AA3A 3OJSA 1XC9A 2HNDA 4ELUA 3OYGA 4AILC 1RT3A 2P1JA 3LPUA 4FLXA 3O4QA 4B9VA 3K2PA 1RCHA 3OVNA 1JL2A 3DRPA 2FBYA 4OJRA 1GOCA 3NH2A 3TR8A 1O1WA 4C8MA 3V1QA 3NAEA 1NJYA 3SUNA 2X6NA 3TABA 4N47A 4EP4A 3BDPA 4FJMA 3T19A 1LWEA 2KZMA 4AH9A 1KLNA 4DSKA 4E89A 1JLEA 1GOBA 3WNEA 4YNQA 4HVJA 2XRIA 4NYFA 3OYFA 4DS4A 4M45A 4FJ9A 4Z4EA 4O0JA 3WNGA 4Y1DA 4C8OA 1NK5A 4DTSA 3U3YA 1WSGA 1CXQA 2EX3A 2G8KA 4DQSA 4FK0A 5CYQA 1YT3A 1U45A 3VQ8A 3LPTA 4FM0A 4FK2A 5HRSA 2DTUA 5SZTA 3P1GA 5FRMA 1SV5A 1JLCA 3AVBA 4K8XA 3CFPA 3DLBA 1UA0A 2Z1HA 3KKSA 3O4NA 4KHWA 1QE1A 2IDOA 1NK0A 3OYCA 3SV3A 2WOMA 1QTMA 4DQPA 3AA4A 3L8BA 4ZTJA 3LWLA 4Z4FA 4BE2A 4LY7A 1Q8IA 4DS5A 1UOCA 3SJJA 2YNIA 2KZZA 5J2MA 3OYNA 3AVAA 4F8RA 4KTZA 5HROA 1B9FA 2XHBA 4DTJA 5J2NA 4CCHA 2OPPA 4MQ3A 3LALA 4N56A 4MFBA 4KTWA 1ZBHA 2G8VA 1S1VA 3G0ZA 3NBPA 3KKRA 3A2FA 3KK2A 2DFHA 1NJWA 1VSKA 4DFPA 3HSTB 1JLAA 3RRHA 1W0HA 4IBNA 2FC0A 3QNOA 1HPZA 1HNVA 5JS2A 4CJPA 2HHUA 3NGZA 3M8QA 3S3NA 2HHVA 1T8EA 3F73A 1TKXA 2OA8A 2PYJA 3OS1A 1KLMA 1RTIA 4QCLA 1NJXA 4EP5A 4DSIA 3G10A 4KI4A 3M8SA 2Z1JA 3VQBA 4ID5A 1J53A 5CZ2A 4FLYA 2QXFA 4OGCA 4DFJA 1TL1A 5FDLA 1U4BA 3KTQA 2ZD1A 2HB5A 4M42A 2RF2A 4CJVA 3L2UA 1TKDA 1U48A 4F3OA 1HNIA 2VG5A 4RW6A 3IG1A 3NH1A 4JRQA 1WAJA 4HTUA 1A5XA 4CFAA 3QIOA 4FM2A 4CFDA 1WAFA 3IAYA 1NOZA 4CEFA 1RT4A 2BANA 4CJKA 4FJHA 4CEAA 4CGFA 4CJFA 4F2SA 4OKJA 4CJ3A 4Z4CA 1QSYA 3JSMA 1T05A 1EETA 2I5JA 3C95A 3F9KA 3OYJA 3RTVA 4DQIA 3KLGA 3DOLA 2P5GA 4CFCA 4CF0A 4ZHRA 3VQPA 5J1EA 3K5LA 1YVUA 2Q3SA 3MAQA 3DLRA 1ITGA 1A5VA 1TKZA 1K6YA 3CG7A 4DU4A 3ZSWA 4W5OA 3SUQA 4OGEA 4Q0BA 1LV5A 4JRPA 3ULDA 1DTQA 4B9LA 1C0TA 5J2PA 1NKEA 4NCBA 4E19A 3D45A 3V1RA 1X1PA 4M3XA 1BISA 4QOZB 2F8SA 1LW0A 3TI0A 2YV0X 3IRXA 1TAUA 4B9UA 3HPOA 4M3ZA 1QSSA 1BQMA 3VQ9A 2YKNA 4M3TA 3HK2A 1BQNA 4FW2A 3NCIA 4I9QA 4AHCA 4CGDA 3VA0A 1D9FA 1B9DA 3UIQA 3ZT3A 4GVMA 1NK7A 2FBVA 5CY4A 1KVBA 3MXMA 2JGUA 1SL2A 1JL1A 1W9HA 4BDYA 3O3HA 3AA5X 1X9WA 5K14A 1VRTA 4O0IA 3OYAA 3SZ2A 2O4IA 3AVJA 1IO2A 4GMJB 2O4GA 1ASVA 1WNSA 5C25A 2G8IA 3WNHA 3IS9A 3DLHA 4RW4A 4DSJA 4CGHA 1I3AA 4CHYA 5I3UA 4HCBA 1FXXA 4N41A 2NUBA 4B8CA 4CJWA 4JS4A 4Z4IA 3OYIA 4PUOA 2HHSA 3S3MA 1VSLA 3AVLA 3PO4A 4F2RA 2YKMA 3T3FA 1C1CA 4RG8A 4CEBA 1QS4A 3AVFA 3EY1A 3TAGA 4PWDA 3K5NA 4KREA 3RMDA 3AO3A 4FJNA 3O3GA 2XY5A 4CF2A 1L3VA 3LANA 4LSNA 1TK0A 3I0RA 3K58A 4W5QA 2ZQBA 4CJSA 3L2WA 3U6FA 3RMAA 4FLVA 1Z25A 2DY4A 3OJUA 1EXQA 4L8RB 3HL8A 4HCCA 1D8YA 4NCGA 4CJ5A 1ZBLA 3K5MA 3SNNA 1ASUA 1BGXT 1KVCA 3THVA 5HLFA 3TAEA 3KIOA 5C42A 4BWJA 4M3YA 1QSLA 1BHLA 1VSHA 2HNYA 5KRTA 1YTUA 3OYHA 4Y1CA 3SQ0A 4KHUA 4O44A 3TARA 1S9GA 4E0DA 4J2DA 1UA1A 4M3WA 3ZSXA 3P5JA 4RW7A 4CF1A 4K8ZA 3VQ5A 4CJTA 3B6OA 3KK3A 3VA3A 1BI4B 3V4IA 4FXDA 3HPGA 3ITHA 2BE2A 4CHPA 2PZSA 4KHNA 1SKRA 2B4JA 4FJLA 1Z26A 4DTPA 4FJIA 3D0PA 5DMRA 4CFBA 1HQEA 2PY5A 4I9LA 4AHRA 3QIPA 4N5SA 3HP6A 1HYVA 4OLBA 1REVA 3B6PA 3ZSVA 5T7BA 1EP4A 2VWJA 3CYMA 4HUFA 3S9HA 2RKIA 1RT6A 4AHSA 1TL3A 1S6QA 4GW6A 4DSEA 4FJXA 1WSIA 3CFRA 4CEQA 2WONA 2X6SA 1TAQA 3AO1A 3DLGA 3QERA 1HYSA 2RN2A 4OPJA 3AO2A 3AVHA 3EZ5A 1XHXA 4O5BA 4DTRA 3MECA 4IG3A 5D3GA 2XY6A 3ZSRA 1S5JA 1QQCA 1S1XA 1RT7A 1VSJA 3HPHA 4CEDA 4C8NA 3NHGA 2E6LA 2FBXA 2KW4A 4DLGA 3CM6A 5KGWA 3V6DA 4I2PA 2P5OA 2X74A 2A1RA 3DMJA 2PYLA 5FROA 1VSIA 1SKSA 1DTTA 4DF8A 3RMCA 3TANA 2HVIA 4JLHA 1HMVA 1UWBA 3I0SA 1IH7A 4WE1A 1EKEA 3AVKA 3TWHA 1RT5A 4CIGA 3OYEA 1HQUA 2QKBA 1CXUA 1S1WA 2ZE2A 3DOKA 4FCYA 3VQCA 2IOCA 3PX4A 3KLHA 1NK4A 1J54A 4H8KA 3AO4A 3DLEA 4OVLA 3TAMA 3QINA 3RWUA 3QLHA 1RBUA 4ELVA 2IC3A 4E7LA 2Z1IA 1HYZA 4CECA 4CHQA 2Z1GA 2YNFA 3V1OA 4CERA 5KRSA 2D0AA 5C24A 3L2RA 3RR8A 3VQ7A 2OZMA 4CK3A 4DFMA 4M41A 1NK6A 4FZZA 3WNFA 3QEXA 1C6VA 5SWMA 2OZSA 2JLEA 1CZBA 3MEGA 4JS5A 4ID1A 2XO7A 2B6AA 4B9SA 1RBTA 3OY9A 4IFYA 4NYNA 1NOYA 1U04A 4CIFA 3AVGA 4FLZA 3C6UA 4OLAA 4BDPA 1Y97A 2XY7A 1KRPA 4W5RA 1JLFA 3PX0A 1MU2A 4DQRA 1Q9XA 2KFZA 3LP2A 3LZIA 5KI6A 3VQDA 4KFBA 4KB1A 3LZJA 2OPRA 1TK5A 1IKVA 4QAGA 4AHVA 2YNHA 3MXIA 4CJLA 4B9TA 4CEEA 4HUGA 2YHBA 4I7FA 3HXMA 1FKPA 2ATQA 3MEEA 5E41A 1IKYA 4Q5VA 3AVIA 3SPYA 2ITGA 4PQUA 1CLQA 4CK2A 4FJ8A 4DQQA 2VG6A 1VSFA 1VSMA 1WSFA 2BDPA 3CM5A 3H08A 1C0MA 1JXBA 1F21A 1VSEA 4F3TA 4DFKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RNHA 3C6HA 4JKCA 4F9OA 5CYMA 4CJQA 1BWFO 2GWJA 1IBLK 1MDUB 3CCRN 4I2QA 4KO0A 2AP1A 4WF9L 3VGMA 4B3TK 2DFEA 4XEIA 3ZSOA 2KFNA 4YORA 4FLTA 3HP9A 3UKRA 2IVOA 3MEDA 3NF7A 4IJNA 1VRUA 3P4IA 4NB4A 4KTQA 3PV8A 3ZT0A 1BL3A 3EEQA 3J7ZO 4CD1A 3SI6A 3FFIA 1L5UA 3LDLA 4DMNA 4UQGA 4W5NA 1E3MA 1BIUA 1LWFA 3RMBA 4LF9K 4YOTA 5HRNA 2OTLN 1SQKA 4CZEA 1RBVA 5JVGL 4FLUA 2O8BA 1LW2A 4E1MA 3W0LA 3BP8A 5JS1A 3SYZA 5CZ1A 3G71N 3SUOA 1KFSA 4CF8A 1JCEA 5AQHA 4B8AB 3L3VA 5AQRA 3P39A 5J2QA 3FLCO 4C8KA 1OH7A 3PY8A 1WN7A 5EY4A 3QEIA 2BTFA 3DRSA 4G1QA 3HOTA 1IKXA 5KGXA 4J2AA 4FVUA 3O3FA 5E84A 2VGMA 4MO5A 2P9IA 4JK7A 3O5BA 4ISEA 3K5OA 1Z6RA 2QWQA 1DLOA 4LF4K 3FE1A 5AZJB 1T03A 2RE2A 4KHYA 3E66A 3A8YA 3N4QA 4HUEA 4FJJA 2G8WA 2BGGA 1BI4A 1HJRA 1NK8A 4QS9A 3VEXA 3SMPA 2O8EA 3KD1E 2D0OA 4B3SK 2Y1IA 1SKWA 4DWIA 1OH6A 1WLJA 1YJNN 1T44A 4GKKK 1Q82O 3C94A 3WXMB 4E7HA 1NGIA 5H1SQ 4DV7K 3SPZA 1VQ8N 1QQNA 4LFAK 2F96A 3HVRA 1YJWN 2VWBA 4FYDA 2HHXA 1ATSA 4KV8A 4JYAK 1HLUA 1LAVA 3H6EA 1WSJA 3DLKA 3CCVN 1RDUA 4DTUA 4CE9A 1NGBA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RNH A;  3C6H A;  4JKC A;  4F9O A;  5CYM A;  4CJQ A;  1BWF O;  2GWJ A;  1IBL K;  1MDU B;  3CCR N;  4I2Q A;  4KO0 A;  2AP1 A;  4WF9 L;  3VGM A;  4B3T K;  2DFE A;  4XEI A;  3ZSO A;  2KFN A;  4YOR A;  4FLT A;  3HP9 A;  3UKR A;  2IVO A;  3MED A;  3NF7 A;  4IJN A;  1VRU A;  3P4I A;  4NB4 A;  4KTQ A;  3PV8 A;  3ZT0 A;  1BL3 A;  3EEQ A;  3J7Z O;  4CD1 A;  3SI6 A;  3FFI A;  1L5U A;  3LDL A;  4DMN A;  4UQG A;  4W5N A;  1E3M A;  1BIU A;  1LWF A;  3RMB A;  4LF9 K;  4YOT A;  5HRN A;  2OTL N;  1SQK A;  4CZE A;  1RBV A;  5JVG L;  4FLU A;  2O8B A;  1LW2 A;  4E1M A;  3W0L A;  3BP8 A;  5JS1 A;  3SYZ A;  5CZ1 A;  3G71 N;  3SUO A;  1KFS A;  4CF8 A;  1JCE A;  5AQH A;  4B8A B;  3L3V A;  5AQR A;  3P39 A;  5J2Q A;  3FLC O;  4C8K A;  1OH7 A;  3PY8 A;  1WN7 A;  5EY4 A;  3QEI A;  2BTF A;  3DRS A;  4G1Q A;  3HOT A;  1IKX A;  5KGX A;  4J2A A;  4FVU A;  3O3F A;  5E84 A;  2VGM A;  4MO5 A;  2P9I A;  4JK7 A;  3O5B A;  4ISE A;  3K5O A;  1Z6R A;  2QWQ A;  1DLO A;  4LF4 K;  3FE1 A;  5AZJ B;  1T03 A;  2RE2 A;  4KHY A;  3E66 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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