2B4JA

Structural basis for the recognition between hiv-1 integrase and ledgf/p75
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
153
structure length
135
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and transcriptional coactivator p75
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein, recombination
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase (IN)
total genus 47
structure length 135
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2b4jA00
3CYMA 1ZBFA 4FYDA 2IDOA 3KLFA 3QO9A 1NJXA 3V1OA 4OLAA 3OYAA 2IS3A 3NH0A 4KHYA 4I2PA 1D8YA 3WNEA 1JXBA 3PX6A 3S3OA 4ICLA 3SCXA 1HNVA 4H4MA 1UAXA 3ASMA 3WNGA 3KK3A 4E1NA 4CERA 1XWLA 5C25A 4LY7A 1QSSA 4DMNA 4LD0A 2G8UA 1N5YA 4K8ZA 1S1XA 3RR7A 4CFAA 4CGHA 4CHNA 1T05A 4AHCA 1WSIA 4I9LA 2E4LA 3OYEA 1RILA 3TAPA 1S1UA 4M3YA 4KREA 2DTUA 4CJ3A 1JL1A 4CJSA 1TKTA 4E7LA 3LAMA 3AVGA 4Z4HA 2D0BA 1RBSA 1IKXA 3G0ZA 3SPZA 2X6SA 3AO4A 3M8SA 4DSEA 4DQIA 3F9KA 3QIOA 3DOKA 3NFAA 3OS1A 3DI6A 4HUGA 4L8RB 3NGIA 4FJMA 3QLHA 4AHVA 2RF2A 4BDYA 4KPYA 2XY6A 1S5JA 4DTXA 1LW0A 1VRUA 2HNZA 2D5RA 2G8KA 2VG7A 3LP3A 3L8BA 3PY8A 3M8RA 2KTQA 1IKVA 1SUQA 2Z1IA 4CJPA 3SQ4A 2YKMA 4RW9A 4DQQA 3RTVA 1NJZA 1L3TA 4M3WA 1WSFA 4BE1A 4Z4FA 4IG0A 2D0AA 1VSMA 4CFBA 4CIGA 3ULDA 3SV4A 4FZZA 4HUFA 1WSJA 3V6DA 4QCLA 1F21A 4RW4A 4E7IA 3QEPA 1D5AA 3RWUA 2X6NA 4CF9A 1RDAA 3OYMA 3LWMA 5J2QA 1QSYA 1J53A 3PX4A 3OJSA 2YNIA 5J1EA 4FJGA 1RDDA 5DMRA 4FLTA 1LAWA 3OYDA 4FJ8A 4MQ3A 2X78A 4O44A 3L2QA 4CJ4A 1U48A 2RKIA 1LAVA 1C0TA 4OKJA 3C94A 4E0DA 1Q8IA 5CYQA 3NF7A 1B92A 2RN2A 4EP4A 3TWHA 1S1TA 3QEXA 3P1GA 5I3UA 3CM6A 4FJ7A 3HK2A 3RR8A 3KK2A 1TKXA 4CJEA 3OYBA 3NAEA 4FM0A 4F3OA 3KD5E 1RT3A 3IRXA 2HHTA 5KRTA 4OGEA 3B6OA 5EU7A 1I39A 5FROA 3SV3A 3QEVA 1EETA 5HP1A 3P5JA 4DTMA 4F4KA 3EYZA 4GW6A 4FJHA 3OYJA 3OS2A 3A2FA 3HYFA 1UWBA 1HMVA 1QS4A 1KLMA 1WSEA 3LAKA 2DY4A 1S1VA 1D9FA 2NUBA 4CHYA 3TABA 1VSLA 2G8IA 2AJQA 3KKRA 5KGWA 3KIOA 1ASVA 3ZSXA 1BHLA 3KK1A 4NYFA 1QTMA 3VQAA 4DSKA 1KSPA 1RBVA 4AH9A 1S6QA 4M45A 3VQ4A 1BQNA 1K6YA 3AA3A 3V9WA 1DTQA 2VWKA 2YKNA 4DLGA 3ALYA 4W5NA 3DMJA 4KI6A 2E6LA 2ZD1A 4KKOA 1CLQA 4XIUA 1ZBIA 2HNDA 1LWFA 4F3TA 4FJJA 2F8SA 3CFOA 1RDCA 2EHGA 4B08A 3L2WA 4DTJA 1GOAA 4FZXC 3VN5A 3AO1A 4FJLA 1BCMA 1EX4A 4OJRA 5HRRA 2W42A 4DU1A 4C8MA 4DTOA 1RT1A 1J54A 1FK9A 5CZ2A 3VQ9A 4W5TA 3UIQA 3C95A 3SNNA 2O4GA 4NCAA 1RBUA 4B9UA 2HVHA 5HRSA 2Y1IA 3RMBA 4ID1A 1RT2A 4M3RA 3OS0A 1TKZA 2Z1GA 4FLYA 4CJLA 4E89A 4DTSA 1TK5A 4DFKA 4N47A 4CIEA 3NF6A 4KHUA 1VSKA 1T03A 2IGIA 4J2EA 4C8LA 3MEEA 1KFDA 3QIPA 4AHTA 4EZ9A 3OY9A 1TKDA 1RCHA 3LP1A 4HCBA 1VSDA 4JRPA 4E7HA 3VA0A 1G15A 3VQ8A 3ZSRA 4CEBA 3DLEA 1VSFA 1Z25A 3E01A 3AA4A 4AHUA 3K59A 2HHQA 3MAQA 3HPGA 3K5NA 3H08A 3O4QA 3LANA 3OYIA 2ITGA 4MFBA 1ZBUA 4DF4A 1A5VA 4JLHA 4O5BA 3DOLA 2G8HA 4RG8A 3CFRA 4IG3A 3MECA 1RTJA 4CEDA 1TL3A 4DSFA 3ZSOA 2X74A 1S6PA 4OGCA 4B8AB 3JSMA 4K8XA 3M8QA 1NOZA 3OVNA 4DU3A 1JLQA 3P83D 1B9DA 4PUOA 4CEFA 3LZJA 3AVAA 4KHSA 4CHZA 1GOBA 1NK6A 3ZT1A 3ISNC 3AVNA 3ZSVA 3L2RA 4CJRA 3DLRA 3SQ1A 2G8WA 4KB0A 1VSHA 1XHXA 1RNHA 3QINA 3HT3A 3HL8A 4GMJB 1WAJA 2GV9A 4OVLA 2XY7A 3AVMA 4FW2A 3QNNA 4W5QA 1L3SA 3ZSYA 3QEIA 1BI4A 3OYLA 3SUNA 4PQUA 1VK0A 5J2MA 4ID5A 1NK0A 1NOYA 3NGZA 4DG1A 3K5MA 1KRPA 2YHAA 4DLEA 3TAGA 4DFPA 1S9GA 1UOCA 2FC0A 4AILC 2OA8A 3LPTA 3RRGA 5C24A 4B3OA 4FLXA 1RDBA 2HVIA 4KTZA 4M3ZA 1HYZA 4DQRA 3QEWA 1TV6A 4NYNA 4C8NA 1NKBA 3HP9A 1N6QA 3LP2A 3DLBA 4IFYA 4ELTA 1UA1A 1HJRA 2HNYA 4E19A 2F8TA 5KRSA 2QKKA 1TL1A 1IKYA 3M8PA 1QHTA 3O3HA 3TAMA 3V9ZA 1L3UA 4CF8A 1JLFA 1YT3A 4NCBA 3T3FA 3S3MA 2HHSA 4FVMA 1TAUA 3DRSA 4FK4A 2HW3A 1CXQA 1W9HA 3DRPA 4F8RA 4KHWA 3AVFA 1RTIA 4E7KA 4ZTFA 1C1CA 1KVCA 1YVUA 1RBRA 3V81A 2Y1JA 4YNQA 4FJ9A 2PYLA 3VQEA 3SZ2A 3L2VA 1XC9A 1WSGA 1SKWA 3ZT0A 4JRQA 5J2NA 1KLNA 1DLOA 4J2BA 3TAFA 3SQ0A 2OPSA 4CGDA 4DQSA 1SL2A 1LV5A 5CZ1A 1JLGA 4IFVA 5C42A 2OZSA 3OJUA 1TVRA 1VRTA 1X1PA 1HPZA 4DWIA 1RBTA 4EZ6A 2FBVA 5HRPA 2PZSA 3PO4A 3RMDA 1HQUA 4BDPA 3AVCA 3OYHA 4Q5VA 3SUOA 1NJWA 4KTQA 3HVTA 1LWCA 4W5OA 4ZTJA 4AHRA 3NBPA 4CF0A 2XO7A 4OKEA 4OPJA 4DTNA 2BANA 4CEEA 4BE0A 1ASUA 1LWEA 1TGOA 1WLJA 2EX3A 3SUPA 3KTQA 4Q0BA 3RRHA 4Z4GA 3G10A 2WOMA 3WNHA 3V9UA 2QXFA 4FLZA 2YNHA 1MU2A 1C1BA 1C0MA 3D0PA 1L5UA 4CJFA 3OYKA 1NKCA 4E3SA 3ZT4A 1JLBA 2YNGA 2B6AA 4FM1A 5JS1A 3HVRA 1HRHA 4CGFA 4ELUA 1U47A 3AVLA 3KD1E 4YFUA 4HCCA 1FXXA 1VSJA 4DU4A 1IG9A 4PWDA 4AHSA 4FLUA 3K2PA 1IKWA 2XY8A 3NE6A 1UA0A 3AV9A 4B9TA 1KVAA 4E1MA 3L3VA 3T1AA 4BE2A 3THVA 3FFIA 1RT5A 3VQ6A 4CGJA 3CQ8A 3ZSZA 1U4BA 2Q3SA 2XY5A 2FBTA 4PY5A 4PA1A 3NHGA 4JS4A 4Z4CA 2P51A 3KKSA 1B9FA 4CHQA 4FW1A 5HLFA 1ZBLA 1HNIA 4FJIA 2WONA 2BE2A 3BDPA 4F2SA 4OLBA 4CJQA 4M3TA 5SZTA 4LH5A 3LALA 1NK8A 4IKFA 1BCOA 2B4JA 2ZE2A 3DLGA 3AA2A 3HXMA 3MXJA 4FM2A 4W5RA 5D3GA 5FRMA 4DFMA 1W0HA 1FKOA 4O4GA 4N56A 3O3GA 4DF8A 3PX0A 3TAQA 1L3VA 4CJ5A 1XHZA 5KGXA 4H8KA 2VWJA 3RMCA 5FRNA 3EZ5A 1RTDA 4I7FA 1U49A 2BDPA 1KFSA 2P5GA 4N5SA 3MEDA 1TK0A 4Y1CA 1J9AA 1BI4B 1KVBA 4KV8A 4Z0UA 4OPKA 1HQEA 3TAEA 4LSLA 3KLIA 3DRRA 3O4NA 4CFDA 4DTPA 4CK2A 3ZSWA 1Y97A 4UQGA 2JLEA 3SUQA 3NDKA 4G1QA 3I0SA 1RT4A 3ZSQA 1REVA 4DFJA 1O1WA 4B8CA 3K58A 3NH1A 2YV0X 2D0CA 4CF1A 4FK2A 1HYSA 4M41A 4KTWA 1GOCA 2HB5A 4Z4EA 3AVKA 2OZMA 2HHXA 4B9NA 1CZ9A 3VA3A 1XI1A 2O4IA 5J2PA 4KB1A 1RT7A 3NCIA 4CEZA 3U3YA 4FJNA 3MXMA 2KW4A 1EKEA 2PY5A 4B9MA 3SQ2A 4FLWA 4FJKA 3K5LA 1NK4A 4FZYA 1X9SA 1HYVA 4ELVA 4DSIA 4LH4A 4RW7A 3LDSA 1NK7A 2G8VA 1NK5A 4BDZA 3AA5X 4IDKA 4CFCA 2XHBA 4HUEA 4RW8A 3HPOA 2P5OA 4IBNA 4DS5A 4BWMA 4KFBA 3VQCA 3S9HA 2A1RA 3U6FA 2LSNA 4CHOA 4BACA 3CFPA 1WSHA 4Y1DA 4CJKA 1IH7A 1U04A 4CK3A 3LPUA 3VQ7A 4M42A 2OPRA 1U45A 1SL1A 1QSLA 3NGYA 4H4OA 5CY4A 3QERA 3I8DA 1ZBHA 3SI6A 1IO2A 4QOZB 4Z4IA 1YTUA 1X9WA 4FXDA 1J5OA 3L3UA 2QKBA 4CCHA 3PV8A 1JLEA 3PUFA 2G8FA 2DFHA 2HMIA 1ZYQA 1I3AA 1EXQA 5HBMA 4CJUA 3KLEA 1WAFA 1NKEA 4M3XA 3PO5A 2IC3A 1NK9A 2A1SA 2XRIA 3VQDA 3WNFA 1FKPA 4CECA 4CK1A 5CYMA 2ETJA 4O0IA 3VQPA 5HRNA 3TI0A 4F2RA 1JXEA 3NH2A 3SYZA 2ZQBA 1ASWA 3HSTB 1T8EA 3VQBA 2BGGA 4DTUA 3SPYA 3V4IA 3TANA 3DLHA 4EP5A 2R7YA 4BWJA 4CEQA 3V1QA 3HM9A 3EY1A 2YHBA 4CJWA 2OPQA 1CZBA 4NCGA 4CF2A 4FCYA 4KRFA 1BQMA 4OKKA 3DM2A 3ZT2A 3CG7A 1TK8A 2DFEA 4J2AA 1BISA 3NF8A 3AO2A 4CJTA 3DLKA 1JL2A 3ITHA 4E7JA 4ZHRA 3QETA 3OYGA 1WNSA 4B9LA 1BGXT 2KQ2A 1SL0A 4M3UA 1D9DA 4RW6A 4B9VA 4FJXA 4CESA 4WE1A 5HROA 4DSJA 4CGGA 3SJJA 3B6PA 5FDLA 3KJVA 4N76A 3AVJA 3MEGA 3ZT3A 4CE9A 2HHVA 4CJVA 1VSEA 4R5PA 4CEOA 3IAYA 1VSIA 3IG1A 2P1JA 1KTQA 1CXUA 2Z1JA 2PYJA 1S1WA 4CIFA 4J2DA 4KHQA 1Z26A 2JGUA 1RTHA 1SKSA 1Q9XA 4DSLA 2I5JA 3LWLA 3OYCA 1JLAA 1BL3A 3C6TA 2VG5A 2E6MA 4C8OA 3KLHA 3HP6A 2B5JA 4I2QA 5KTQA 2YNFA 3V9XA 3TARA 3D45A 3NF9A 1YTAA 2DFFA 4HTUA 3K5OA 4JS5A 5DK5A 1A5XA 5JS2A 4O0JA 2QK9A 2RPIA 5I42A 3LP0A 4KO0A 4N41A 1S9EA 1QQCA 2GUIA 2Z1HA 5SWMA 3CM5A 3HPHA 1ITGA 2FBYA 3IS9A 3O3FA 3KLGA 1KCFA 1RT6A 2OPPA 4DS4A 2KZMA 4I9QA 3BGRA 1EP4A 4B9SA 3QNOA 2IOCA 4DQPA 1TAQA 1BIUA 1JLCA 2HHUA 2KFNA 3TR8A 4KAZA 3OYNA 3K57A 1LW2A 4QAGA 3AVIA 4FLVA 3V1RA 4CEAA 3QESA 1R0AA 3MXIA 1X9MA 3AVBA 4DTRA 3C6UA 3RMAA 3AO5A 4KHNA 4O55A 3V9SA 1JKHA 3L2UA 3U3GA 4CGIA 5T7BA 3HO1A 3AO3A 4FK0A 4LSNA 3I0RA 2HHWA 3VQQA 1BIZA 4TSXA 3ZCMA 3S3NA 2F96A 2FBXA 1NJYA 1A5WA 3VQ5A 2OYQA 2KFZA 1C1AA 1C6VA 2IAJA 4HVJA 1WN7A 3F73A 3HJFA 4KI4A 1C0UA 4CHPA 4C8KA 5K14A 3OYFA 4GVMA 1QE1A 1SKRA 1T7PA 5KI6A 3DYAA 2GBZA 4HHTA 5E41A 1Q9YA 3JYTA 4FJ5A 2VG6A 1DTTA 3AVHA 3LZIA 2ATQA 1SV5A 2KZZA 3T19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KLFA 1NJXA 4OLAA 3FZLA 4CZLA 1D8YA 3WNEA 1JXBA 1HNVA 4H4MA 3WXIA 4FOIA 1UAXA 4QS8A 5AQJA 2ZJPL 2V51B 1NGAA 3VEXA 2P9PA 2KHOA 1IG8A 1S1XA 4CGHA 1WSIA 4I9LA 2QM1A 3WEEA 4CJSA 1RBSA 5AQZA 3KK7A 2PBDA 2OTLN 3F9KA 3ZX2A 3DOKA 4JKEA 2XY6A 4U67L 1LW0A 1VRUA 2HNZA 2D5RA 1N33K 2G8KA 1E4GT 3LP3A 1K9MO 3M8RA 4IG0A 4JK7A 4CIGA 1HKCA 3ULEB 4FWNA 4J8FA 4BG8A 4QCLA 4E7IA 3RWUA 3LWMA 3PX4A 3OJSA 3H3OB 2Q1NA 2X78A 2RKIA 3C94A 4E0DA 1Q8IA 1B92A 3SMSA 5GIPA 3H6EA 4LF7K 4CJEA 5TKWA 3ENOA 3KD5E 5KRTA 4OGEA 3THXB 4CW7B 5HP1A 1CZAN 1XMQK 4F4KA 3CIPA 3OS2A 1HMVA 2HF3A 5AQIA 2ZGZA 3LAKA 4ISFA 4KBOA 2G8IA 1VSLA 1VQ7N 3KK1A 3VQAA 5AZJA 3AA3A 3T1HK 2VWKA 2A41A 4DLGA 2VCPA 2HHHK 3EKSA 2ZD1A 4KKOA 3TSPA 3EO3A 4Z94A 4IOCL 2HNDA 1LWFA 3O9RA 1N8RO 1GOAA 3SJHA 4YOYA 1EX4A 1EO1A 5JVGL 4DU1A 4DTOA 1J54A 5CZ2A 3THYA 2O4GA 2NRTA 1RBUA 5CHIA 2HVHA 3K9KA 3OS0A 1TKZA 2Z1GA 2IVNA 4E89A 4DFKA 4CIEA 3RSEB 1T03A 4J2EA 5ELZA 3K9JA 4GKKK 1BDGA 2E1YA 3OY9A 3CCRN 1VSDA 4JRPA 3VA0A 4AHUA 1DT9A 3H08A 3O4QA 4QS7A 2G8HA 3C65A 2QTDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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