2EHGA

Crystal structure of hyperthermophilic archaeal rnase hi
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
149
structure length
149
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLRDIGCIILT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Type 1 RNase H from a Hyperthermophilic Archaeon with Double-stranded RNA-dependent RNase Activity
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus tokodaii
molecule keywords ribonuclease HI
total genus 49
structure length 149
sequence length 149
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2ehgA00
1YVUA 2NUBA 3I0SA 4Z4CA 3VQBA 4DTNA 5C24A 3LAKA 4CHQA 3KK2A 5C42A 3V9SA 1SL0A 2DTUA 3AA2A 3OYDA 3L8BA 4DTMA 3PO4A 4CHNA 2G8VA 3TAEA 4CF9A 1BGXT 3TARA 4M41A 4OGEA 4CGGA 4DTOA 2KZZA 4RW9A 1BQNA 4RW7A 1NOYA 3DLGA 3V6DA 3AA5X 3I8DA 3K5MA 3QEPA 3PX0A 5K14A 4HTUA 3ZSWA 1JL2A 5DMRA 3VN5A 3TAFA 4I7FA 2YNGA 3BGRA 3EZ5A 2EX3A 4FJHA 4CHYA 3OS0A 4GVMA 4CJPA 3IS9A 4FLWA 4F4KA 1TAQA 3E01A 1QSYA 3D0PA 3DRPA 3ULDA 4LSLA 1NOZA 4FJXA 1IKYA 4FXDA 1U47A 4JS4A 3QETA 5HBMA 1LAVA 3K5OA 3M8PA 4ID5A 4CGDA 3S3NA 1XC9A 1B92A 1ZBHA 3KKRA 2W42A 4DFPA 4LH5A 1J9AA 3OYJA 4FW2A 2HHWA 2HVHA 3THVA 1TV6A 3AVCA 5SZTA 3ALYA 3WNGA 4BDZA 4M42A 4FVMA 2D0AA 2ITGA 3OYIA 2FBYA 1NK6A 3NF8A 1HYZA 3RMDA 1KVBA 1S5JA 3ZSQA 3C6UA 2JLEA 5KRTA 3OJUA 3KJVA 1Q9YA 5CZ1A 3LP0A 3LZIA 2XRIA 4QAGA 4O4GA 1U4BA 1JLCA 4DSEA 1WSGA 1KLNA 3CM6A 3CFPA 4DFKA 3V9XA 4FK4A 4NYNA 4I2QA 1NK7A 1RT5A 1GOBA 2RPIA 4CHZA 1L3TA 3LALA 3CM5A 4LY7A 1HQEA 2X74A 4CJWA 4W5RA 3UIQA 3ZT0A 1YT3A 4CESA 3G0ZA 4M3TA 1ZBFA 1JKHA 1Q8IA 1VSLA 3DYAA 3NGIA 4FZYA 3KD5E 1C1BA 2Z1GA 4JRPA 2ATQA 4JS5A 2VG6A 4CK1A 4BDYA 4DF4A 1NK8A 4KHUA 4OLAA 1NJWA 2O4GA 1UA0A 3KD1E 3AVMA 3QEVA 2P51A 1S6QA 1LW2A 4CHPA 1Y97A 2X6NA 3L2QA 3FFIA 3WNHA 4E1MA 2I5JA 3TANA 2F8TA 5DK5A 3NF6A 3EY1A 3OYBA 1D5AA 3TABA 1SUQA 3L2UA 3P5JA 4CEQA 4KV8A 1TK8A 4FLXA 5FROA 1ITGA 1KFDA 1S1UA 1I39A 3RRGA 3CG7A 2YHBA 2YV0X 1L3VA 3ZT1A 2O4IA 1TKDA 2HB5A 1ASWA 1RTIA 1WAJA 3U6FA 2YHAA 4FJGA 3C6TA 3KKSA 3V1OA 1LWEA 1RDBA 4OPJA 3OYEA 3SI6A 3QERA 1SKSA 1QSSA 4KRFA 1VK0A 3VQPA 4CJ5A 4RW6A 1T05A 4FZZA 1W9HA 3O4NA 1EXQA 5KRSA 4DU4A 4DMNA 1UWBA 4FLTA 3JSMA 2XHBA 3ZT3A 3IRXA 2EHGA 1WSFA 2YNIA 2Y1JA 4B8CA 3QIOA 4AHCA 4Y1DA 4BE0A 4KHNA 3AA4A 1QHTA 3DLRA 5KI6A 1TK0A 1X9SA 2OZMA 3DOKA 3HVTA 4E7LA 2JGUA 1BCOA 1X9WA 4O55A 4YNQA 4F2RA 4FZXC 3ZSYA 3PX6A 5HRPA 1KFSA 4FJ5A 3AA3A 4PQUA 5CYQA 1WSJA 2B6AA 3AV9A 3IG1A 2GV9A 3H08A 3ZT4A 4CJLA 2A1RA 3OYKA 1NKCA 3NGYA 4NCAA 1GOCA 4HUEA 4H4OA 4F2SA 4CJFA 3HM9A 3DLBA 4DSFA 4KI6A 4CIEA 4FYDA 4CK2A 4CJVA 3TAMA 1WSEA 2E6LA 1NKBA 4CEDA 4O5BA 4C8MA 4KKOA 1D9FA 1HQUA 2YNHA 2QXFA 1BISA 4CF1A 2G8FA 3AVIA 4FK0A 1O1WA 4E7IA 4FJLA 3K58A 3OS1A 1HNVA 3HO1A 4B08A 3PY8A 5E41A 1WNSA 3F9KA 1BI4A 5FRMA 1Z25A 1HYSA 3V9WA 2GUIA 1RT1A 2Z1HA 3KIOA 4CK3A 4AHUA 2HHUA 1RDCA 4HCCA 4FJ9A 3NF9A 2OPRA 3VQDA 1A5WA 3LPTA 5KTQA 4DQSA 3TAQA 4OGCA 4GW6A 2IAJA 1EKEA 4W5QA 3SQ0A 1NKEA 4F3OA 1CZ9A 1WAFA 5D3GA 3T1AA 1SKWA 2HHXA 1N6QA 2PZSA 4J2BA 3L3UA 3VA0A 1ZBLA 2HNZA 2HHVA 1NJXA 2FBXA 3KTQA 3QEXA 4CJ3A 3ASMA 1BCMA 4FLYA 4FM2A 3RWUA 5CZ2A 3ISNC 4BACA 1S1VA 3V9ZA 3NE6A 4FLZA 3RRHA 1KRPA 3HP9A 2R7YA 4N5SA 3QNNA 3OYGA 1S6PA 3S3MA 2IDOA 4H4MA 3DMJA 3NH2A 2Y1IA 3SPYA 4FJ7A 3VQ6A 5J1EA 4IG3A 5J2MA 3VQ5A 1C1CA 1RTJA 1GOAA 4IG0A 2DFEA 4ZTJA 1KLMA 1A5VA 1RT2A 3QNOA 2Z1JA 1R0AA 4F8RA 4E89A 2HHQA 1VSHA 4G1QA 3RMAA 4CGIA 4DSLA 4E0DA 4W5NA 2PY5A 3AO3A 4IDKA 3DI6A 1KVAA 3SNNA 4HHTA 4HUGA 1G15A 3QINA 3VQCA 5T7BA 4FW1A 1T03A 1CXUA 4DSKA 5FDLA 3CYMA 1HNIA 4I9LA 3OY9A 3HSTB 3TWHA 1A5XA 4EZ9A 1JLAA 2XY7A 3AO2A 3AVKA 3OVNA 4OPKA 4B9TA 4PA1A 3KLFA 4O0JA 2ZD1A 4ZHRA 3SUPA 3L2RA 4TSXA 3A2FA 4M3RA 3ZSOA 4EP5A 3P83D 4KHWA 1HYVA 4KHQA 4CEFA 1I3AA 3VQEA 1JXEA 3KLIA 4HCBA 2F96A 4UQGA 4OLBA 4CFAA 4YFUA 3IAYA 1DTQA 3OYCA 4L8RB 5HROA 3M8QA 3NH1A 1UA1A 3O3HA 4CJQA 1NK0A 4Z4IA 5EU7A 4CE9A 1TK5A 2HMIA 4HUFA 4KREA 2B4JA 3NHGA 1SKRA 2QKBA 4CIFA 4KHSA 1UOCA 4OJRA 4DS5A 1J5OA 4Q0BA 2VG7A 1JL1A 1NJYA 1JLGA 3D45A 1VSKA 3LP2A 1HMVA 4OKKA 4FK2A 2OPSA 4FJKA 1Q9XA 1S9GA 1EP4A 3AVFA 4E1NA 4DTPA 4C8NA 1X1PA 2IC3A 3V4IA 1NJZA 4AHVA 3ZT2A 4E7JA 4ELVA 2AJQA 4BE1A 3NF7A 4CF8A 3QO9A 1F21A 1RBSA 2HHTA 4N41A 3T3FA 3SV3A 4PUOA 4B9NA 3K5LA 2RKIA 4KPYA 2P5GA 4E19A 4M3YA 3DOLA 2KW4A 2G8WA 4DQPA 3VQ8A 2BDPA 2BE2A 3M8SA 2F8SA 2KFNA 2D5RA 4FLVA 1D9DA 1CZBA 1KTQA 2BANA 2DFFA 3L2VA 1J53A 4Z4GA 2FBVA 2B5JA 1KVCA 4FCYA 4QOZB 1RILA 4C8KA 1RTHA 1QQCA 4N56A 3ITHA 3P1GA 3LWMA 4KO0A 1SL2A 2HNDA 4BWMA 1L5UA 2P1JA 4LH4A 1UAXA 1BHLA 1MU2A 4DWIA 4MFBA 3F73A 1TGOA 4CCHA 2HW3A 4Z4EA 1EETA 4CERA 3PO5A 1IKWA 1ASUA 2RN2A 4CFCA 2YKNA 4AHTA 3TAPA 3HP6A 4IKFA 3KLEA 4M3XA 2X6SA 2YNFA 1U48A 4NCBA 3NH0A 4RW8A 5KGWA 4RW4A 1NK4A 4M45A 3HJFA 4DQRA 4B9SA 1RBRA 4DQQA 2VWKA 4W5TA 2OA8A 1RBVA 3WNFA 1CLQA 4B8AB 4B9LA 1FK9A 3KLGA 5SWMA 4BDPA 2OPPA 4OVLA 3SZ2A 1VRTA 4NCGA 3L2WA 3SUOA 5I42A 4K8ZA 3VQ9A 2D0BA 5I3UA 4DSIA 2XY5A 1S9EA 4CGFA 4M3UA 1WSHA 4CFBA 2D0CA 3V1QA 4DU3A 1Z26A 2GBZA 3DLKA 4DTRA 1U49A 4FJMA 5J2NA 1TKTA 2IS3A 5CYMA 4J2DA 4DQIA 3RMBA 4KHYA 5C25A 2VWJA 2Z1IA 1K6YA 3B6PA 3V9UA 5J2QA 1NK5A 2P5OA 1XHZA 4E7KA 3PV8A 1RTDA 4N76A 3VQAA 2A1SA 4DTUA 3DLHA 5JS2A 4DTSA 1L3UA 4BWJA 2ZQBA 3RTVA 2IGIA 1IG9A 4M3ZA 3MEEA 3CFRA 4EP4A 4Z4FA 1JLBA 3AVNA 3HL8A 1IKVA 1KCFA 4CGJA 5J2PA 4CFDA 2HNYA 3PX4A 3AO4A 3O3FA 4FLUA 4DTJA 3OYNA 1BIZA 4R5PA 4CGHA 3O4QA 3CFOA 4KTQA 5KGXA 1FXXA 4CIGA 3VQ4A 2HHSA 3L3VA 4IFVA 5JS1A 3ZSVA 4CJEA 4IFYA 4FJ8A 1LAWA 3RR7A 1FKPA 4LD0A 1TL3A 3TI0A 1LWCA 3LPUA 1YTAA 3AO5A 3LAMA 1C0UA 4DF8A 5HRNA 1B9FA 3SV4A 4CEBA 1WLJA 4HVJA 3S3OA 2QKKA 4F3TA 4CEZA 2FC0A 4CHOA 2G8HA 2DY4A 1T8EA 4C8OA 4QCLA 3OYHA 1YTUA 1KSPA 4KFBA 1J54A 1C0MA 4OKJA 4CJRA 3SJJA 4J2EA 3VQ7A 4ID1A 4NYFA 1LW0A 3K57A 2OYQA 3MXJA 5HRSA 3AVJA 4E3SA 4CF0A 4JRQA 1VSFA 3SYZA 4W5OA 3QEWA 1QE1A 1U04A 4RG8A 3RMCA 4B9VA 2WONA 1W0HA 2XO7A 2G8UA 3ZSRA 1RT3A 3MXMA 3VQQA 3HPOA 4FM0A 4PY5A 4DS4A 4FJJA 1RNHA 4WE1A 4DG1A 1SV5A 4FJIA 4K8XA 2ZE2A 1VSIA 4ICLA 1ZBIA 2YKMA 2IOCA 3K2PA 3SQ2A 3B6OA 3ZSXA 3OYFA 4LSNA 1SL1A 1TL1A 3LWLA 3MEGA 4AHRA 5HLFA 3OYMA 2VG5A 2FBTA 1X9MA 2Q3SA 3LANA 4Z4HA 4KB1A 1C1AA 3HPHA 1C0TA 1RCHA 4O44A 4AH9A 1XWLA 1HPZA 4CEEA 4DFMA 3OYAA 3SUQA 1N5YA 4H8KA 3DM2A 1WSIA 4DTXA 3MAQA 4ELUA 3ZSZA 3SCXA 3AVGA 3HYFA 3C94A 1VSJA 1TKZA 1RBUA 2E6MA 4CJUA 4DFJA 1ZYQA 1FKOA 2KTQA 1RT6A 4CJTA 4CECA 4C8LA 4I2PA 4FJNA 1S1TA 2OPQA 4DLEA 1HJRA 4KTWA 3AVLA 1JXBA 4AHSA 4CJSA 4PWDA 1DTTA 3NFAA 4CF2A 2DFHA 4EZ6A 3DRSA 3KK3A 3LDSA 1L3SA 2HVIA 3AVAA 1D8YA 4FM1A 4DLGA 1JLQA 3AVBA 3NAEA 1ZBUA 4KAZA 1IO2A 1IH7A 4CJ4A 1BI4B 1RDAA 3V81A 4Y1CA 3V1RA 3SUNA 1RT4A 3HT3A 1VSMA 4J2AA 1LV5A 3I0RA 3HXMA 1BIUA 1QS4A 3HK2A 3OYLA 3CQ8A 2PYLA 3QLHA 1TKXA 3U3GA 4CEOA 3S9HA 4B9UA 3M8RA 3EYZA 4ELTA 3VA3A 1C6VA 3KK1A 3TR8A 3WNEA 1BQMA 1RBTA 2KQ2A 3OS2A 3OJSA 3MXIA 2G8KA 3BDPA 3AVHA 4Z0UA 3U3YA 4KB0A 1ASVA 4DSJA 4DU1A 1JLEA 3DRRA 2XY8A 4Q5VA 2ETJA 1XHXA 4XIUA 3SPZA 2QK9A 4GMJB 4O0IA 5FRNA 1LWFA 4CEAA 3NDKA 3SQ1A 1RDDA 3HPGA 1CXQA 4KTZA 2XY6A 4B3OA 5CY4A 1TVRA 2OZSA 5HRRA 4MQ3A 4I9QA 3AO1A 1T7PA 4AILC 4B9MA 4OKEA 3LP1A 3TAGA 2WOMA 4ZTFA 3MECA 4JLHA 1B9DA 3HVRA 3QESA 1BL3A 4IBNA 1S1WA 3SQ4A 2KFZA 1TAUA 1REVA 1QTMA 1VSEA 2RF2A 5HP1A 1VSDA 1HRHA 1S1XA 3ZCMA 1QSLA 3LP3A 3LZJA 3QEIA 3MEDA 3NGZA 3K59A 1U45A 4KI4A 2PYJA 1JLFA 1VRUA 4M3WA 3RR8A 3T19A 1IKXA 4N47A 3O3GA 1RT7A 2X78A 1NK9A 3C95A 3QIPA 4BE2A 4E7HA 2BGGA 3PUFA 2G8IA 1EX4A 2E4LA 2KZMA 1DLOA 3NBPA 3DLEA 1WN7A 2LSNA 3K5NA 1XI1A 3NCIA 3KLHA 4CJKA 3JYTA 3G10A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CBXA 2NNWA 3L6QA 3RSEA 2P9SA 3LAKA 4BC2A 2VGNA 3CMEN 3AA2A 3OYDA 4JI6K 4CF9A 3TARA 4M41A 3SMPA 1VQ9N 5AQKA 4DV2K 4JKGA 3ZETA 4IJAA 3QEPA 3ZSWA 2Q2RA 4CZGA 4FJHA 2EX3A 1IBLK 4LC9B 4CJPA 1TAQA 1QSYA 4IWVA 3I33A 5HBMA 4BC4A 1LAVA 4CGDA 3M8PA 1XC9A 3J81O 4XH5A 1B92A 3MDQA 4A57A 3OYJA 2WBNA 1TV6A 1D4XA 4M42A 4FVMA 5AQOA 1HYZA 1ILYA 2JLEA 1Q9YA 4DUYK 5CZ1A 4DR2K 3LP0A 2UU9K 2CGJA 5BRHA 1WSGA 3R1XA 4FK4A 4ISFA 2VQFK 1RT5A 1GOBA 1L3TA 3THWB 5BN8A 4W5RA 1Q86O 3ZT0A 1ZBFA 1Q8IA 4FZYA 3NGIA 1WOQA 4JRPA 4GVEA 3J7ZO 2VG6A 1N32K 1NNEA 4IJNA 3FZKA 2F9TA 5AQSA 3TANA 2F8TA 5DK5A 3O9QA 3C6AA 3TABA 1SUQA 3ZX3A 5FROA 1ITGA 3B8AX 3RRGA 3CG7A 2YV0X 2O4IA 2HB5A 1ASWA 4FJGA 2YHAA 3VGLA 5C12A 4CZHA 3V1OA 3OYEA 3DLLL 4CVNE 1VK0A 4RW6A 4FZZA 5KRSA 4DU4A 4FLTA 2WTUA 3ZT3A 2EHGA 1N8RO 4YORA 3C6HA 2HF3A 5KI6A 1TK0A 4B3RK 2QM1A 1KAZA 4BR9A 5LJVA 5GIOA 2W40A 3G71N 3AA3A 4PQUA 4JD2A 1WSJA 2B6AA 3AV9A 3IG1A 3ZT4A 3H08A 2A41A 2E1ZA 2BH1A 5KQ8A 4CIEA 4KH4A 4OO1J 4JYAK 4CEDA 2YNHA 5FPDA 3EKUA 4FJLA 3WT0A 4DQ8A 3OS1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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