The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Interactions of designer antibiotics and the bacterial ribosome aminoacyl-tRNA site
pubmed doi rcsb |
| total genus |
23
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UXD K; 4DUY K; 5A2Q O; 1N33 K; 1J5E K; 3J80 O; 4YY3 K; 5FLX O; 4X62 K; 4JI4 K; 5IWA K; 1N36 K; 4LFB K; 4DR3 K; 1HR0 K; 2VQE K; 3T1Y K; 4DV4 K; 3T1H K; 2UXC K; 5LL6 Z; 4JI8 K; 4V19 S; 4DV5 K; 4DV3 K; 4LF8 K; 2F4V K; 3JAM O; 4B3T K; 4X65 K; 4JI2 K; 4OX9 K; 4LF6 K; 4KHP K; 4CVN E; 4DV6 K; 4LF7 K; 3J81 O; 1XMO K; 1I94 K; 4K0K K; 4NXM K; 2VQF K; 4DR7 K; 4X66 K; 4JI6 K; 4JI5 K; 2UXB K; 5LMN K; 4DR6 K; 3J7Y P; 4JI7 K; 3OTO K; 1HNZ K; 4X64 K; 5AJ3 K; 4DR2 K; 4DV7 K; 1N32 K; 3J7A P; 4NXN K; 4LF9 K; 4JI3 K; 4AQY K; 4DV0 K; 2UUC K; 2HHH K; 4LF4 K; 2UUA K; 1IBK K; 1XMQ K; 4DR1 K; 4DV2 K; 4DR5 K; 1XNQ K; 4LF5 K; 4JV5 K; 4DV1 K; 4DUZ K; 1IBM K; 4YHH K; 4CW7 B; 4JI0 K; 5IT9 O; 4JI1 K; 4LFA K; 4JYA K; 4B3R K; 4GKK K; 1HNW K; 1FJG K; 4B3M K; 2E5L K; 2UU9 K; 4B3S K; 1HNX K; 2UUB K; 1IBL K; 5BR8 K; 2ZM6 K; 5LMU K; 4GKJ K; 1N34 K; 4DR4 K; 1XNR K; 4LFC K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WB9 A; 3MWP A; 4KH5 A; 5C42 A; 3MDQ A; 3KLE A; 3QEV A; 4Z4I A; 4AHT A; 5BRF A; 1J5O A; 4DQP A; 5BPN A; 4WCE L; 2WOM A; 1NMN A; 1HR0 K; 3QIP A; 1EET A; 3P38 A; 4K43 A; 2UXC K; 1GLL O; 4FWO A; 3M8S A; 4IOX A; 1VQO N; 3SQ2 A; 1REV A; 3ZT4 A; 3MEC A; 5TKW A; 1NGH A; 3K5O A; 3HO1 A; 3WUH A; 2CH6 A; 5GAD P; 3DLE A; 3PX4 A; 4M3T A; 4BWJ A; 5B8H A; 1NJX A; 3LP2 A; 3EZW A; 4CJS A; 3K59 A; 4M3Y A; 3KIO A; 4H5V A; 3FZM A; 4KHP K; 1UA0 A; 3K0S A; 3AVF A; 3WXJ A; 3P31 A; 1U4B A; 1ESV A; 2FBT A; 3OYF A; 4YOT A; 4HCC A; 3H08 A; 5D3G A; 2VQF K; 3HPO A; 4BRK A; 3VTH A; 1MWK A; 3HXM A; 3ULE A; 4I7F A; 2A41 A; 3MN7 A; 4QS7 A; 1BOT O; 1OVQ A; 3M5R A; 1TK8 A; 4IKF A; 5AJ3 K; 3DXK A; 2A40 A; 2DFH A; 5LJW A; 1VSE A; 1YJN N; 4CBW A; 3OVN A; 2WFB A; 1S6P A; 3SAF A; 1L3V A; 1U04 A; 1BG3 A; 2IAJ A; 4CFB A; 3OYL A; 2E1Y A; 1CXQ A; 2NRH A; 4IEI A; 5I9E B; 1NK0 A; 4IG0 A; 2DFF A; 2E6L A; 3GL1 A; 4BRL A; 3PY8 A; 4CBU A; 1GLA G; 3ENH A; 1TKZ A; 4JI1 K; 4I2Q A; 3H1V X; 3ZX3 A; 4FZZ A; 2Q0R A; 5GAE P; 1YF5 L; 4BRI A; 4MO4 A; 5AQX A; 3G71 N; 2W40 A; 2Z1J A; 4CJ4 A; 1G99 A; 4DSI A; 4IOA L; 4C8L A; 4LFC K; 1U2V A; 1YTU A; 2HHU A; 2YKM A; 5A2Q O; 4Z0U A; 4B8C A; 4B9L A; 4CHP A; 4H0P A; 3U9Z A; 4OGC A; 1N36 K; 3AVI A; 3OYG A; 1HYV A; 4OVL A; 4DTU A; 3VF2 A; 3T1Y K; 2VWB A; 2VWK A; 1D9D A; 1SQK A; 2XHB A; 1BA0 A; 5LL6 Z; 3MXJ A; 5C24 A; 4I9Q A; 4DTN A; 2I7P A; 5GIN A; 3TSQ A; 3VOV A; 4FO0 A; 3PUF A; 3V9W A; 1YJ9 N; 3CJ7 A; 2QW9 A; 4DU4 A; 5GIO A; 4E7I A; 2HHS A; 1JJ2 M; 2ETJ A; 3Q7C A; 1K9M O; 4CJ3 A; 5GIP A; 3D6R A; 3PX6 A; 4GW6 A; 3TAN A; 1M90 O; 4XEI A; 3AA5 X; 4CJF A; 4BRH A; 1KAY A; 3KLI A; 4K25 A; 4CIG A; 3NVM A; 2B4J A; 4JI5 K; 4DR6 K; 3J7Y P; 3AY9 A; 2F9W A; 2OPR A; 1P90 A; 2JGU A; 4J2E A; 1QZ5 A; 4DV7 K; 5HOO A; 4OKE A; 4RTF D; 3KKR A; 1YIJ N; 1EKE A; 3OY9 A; 1X3M A; 3CM6 A; 3BZK A; 3WT0 A; 3AAQ A; 3UKU A; 2P9K A; 3DWL A; 3SNN A; 4DQS A; 3I8D A; 2IOC A; 3L2R A; 4PHT X; 3BY5 A; 2GUI A; 4L3Q A; 5AQW A; 3IMX A; 3M8Q A; 4F3T A; 3H1Q A; 1S5J A; 4CCH A; 5IT9 O; 1X3N A; 4WF9 L; 3HOT A; 2GEL A; 4EZ9 A; 4JYA K; 4CE9 A; 4B3R K; 3SQ4 A; 3K2P A; 4CJV A; 4BDP A; 4JKA A; 4CIE A; 1NGA A; 3L6Q A; 4CZE A; 4M63 C; 1N34 K; 4IXC A; 4RCH A; 5K14 A; 1EXQ A; 3SYZ A; 3SBG A; 3ZSO A; 4ELV A; 1Z25 A; 3OYJ A; 4B1U B; 4DUY K; 1IO2 A; 4WQ5 C; 4G1Q A; 1DLO A; 2VYP A; 3O3H A; 1TAQ A; 3WXM B; 3OYE A; 1XI1 A; 5HRR A; 2G8I A; 3SAH A; 2GWK A; 3TI0 A; 4KFB A; 4FJ5 A; 4DSJ A; 1KSP A; 4BRQ A; 3NAE A; 4DV3 K; 3AO4 A; 4CF9 A; 4LC9 B; 1NGD A; 1EWR A; 1VSL A; 5CE3 A; 3VQA A; 1T6C A; 4B08 A; 5FPN A; 1VSF A; 3FFK B; 1VQ5 N; 2EX3 A; 1JCF A; 5AQI A; 3VQ4 A; 4KTZ A; 1T44 A; 3CCL N; 4MDA A; 3TTC A; 2HBL A; 3AVH A; 1IJJ A; 3OBY A; 4ID5 A; 4JN4 A; 2O8B A; 1QZ6 A; 2ZQB A; 1RBU A; 3OYK A; 4A2B A; 4AIL C; 4KO0 A; 4QOZ B; 4QS9 A; 4MO5 A; 4JI6 K; 4CGD A; 4B9V A; 5GAH P; 4OPH A; 4GVE A; 4DQ8 A; 4F2S A; 2OTJ N; 4C8O A; 4I2P A; 2F7T A; 2QKB A; 4JKF A; 4WQ5 A; 1VQ7 N; 5BPL A; 1NKB A; 3FE1 A; 1IKX A; 2E4L A; 3SLC A; 1BQM A; 3LPT A; 4AQY K; 2YCH A; 3KLH A; 1VQL N; 3NCI A; 3VEX A; 3VTI A; 4B1V A; 2KLA A; 3KZB A; 3MAQ A; 3NFA A; 1BGX T; 4Q5V A; 4AHR A; 3K5M A; 4GY2 B; 2CGL A; 2FSK A; 3M8P A; 3CCQ N; 3CC2 N; 3RMA A; 3O3F A; 3LDL A; 3M6G A; 3OA9 A; 4B9Q A; 2P9P B; 3LDQ A; 5JLF A; 4FLT A; 3E9P A; 2NLX A; 5FPD A; 1YHQ N; 5C0Y A; 3OYA A; 2IDO A; 1NOZ A; 5AQG A; 1FJG K; 1MU2 A; 2CGK A; 5M1Q A; 3CF5 L; 1Q8I A; 1V4T A; 4PWD A; 5DM6 L; 3MK6 A; 1IBL K; 2ZM6 K; 5LMU K; 2A3Z A; 3QB0 A; 3KD5 E; 2BGG A; 2P9U B; 4KHS A; 1BIZ A; 5AQH A; 4BE0 A; 4YDU C; 4MLE A; 4BRF A; 3K9J A; 4JS4 A; 4C8M A; 4CZL A; 3R3L A; 1Q7Y O; 3VQB A; 3CJ9 A; 4DFK A; 1S9E A; 3VQP A; 4PA1 A; 1KRP A; 3C7N B; 1RT3 A; 3DJC A; 3ISN C; 4ZTJ A; 3QFP A; 2P9I B; 4LF8 K; 4DTJ A; 5KGW A; 2HW3 A; 1ZBU A; 5FRN A; 2E2N A; 5EY4 A; 5AFU H; 3E1Y A; 4AHU A; 4AF1 A; 4X65 K; 1LCU A; 4A5B A; 3CQY A; 1DT9 A; 3EYZ A; 3S3N A; 4B1Y B; 3U3Y A; 4FJJ A; 2D4W A; 4CZM A; 3A5O C; 3HJF A; 5KTQ A; 3TTD A; 4LF7 K; 1Z05 A; 3SAG A; 2KZZ A; 2X74 A; 1WOQ A; 3DM2 A; 4DSE A; 4ILH A; 4NXM K; 1WBB A; 1X9S A; 1K6Y A; 1SL0 A; 3V1R A; 1VQN N; 3C65 A; 1LW0 A; 3LAN A; 3P4I A; 4JI7 K; 3F73 A; 3IKM A; 4NLC A; 4FWK A; 4YDU A; 4C8K A; 1NOY A; 2O4I A; 2GEM A; 1YVU A; 4DTP A; 2Q31 A; 4H0Y B; 4E1N A; 1HYZ A; 2H3G X; 1WSF A; 4N41 A; 4OKK A; 3ZCM A; 1BWF O; 3SCX A; 2QEX N; 3LP3 A; 3ALY A; 3C0B A; 1XHX A; 4KTW A; 4RW4 A; 4M42 A; 1VQP N; 4F2R A; 1QS4 A; 4DR1 K; 1TV6 A; 4BRA A; 4HVJ A; 1IG9 A; 3DOK A; 3WXK A; 1S1T A; 2RPI A; 1S1X A; 3PO5 A; 3V6D A; 2HMP A; 1BCM A; 3HSC A; 4JI0 K; 4BAC A; 1D8Y A; 4B9M A; 2OAN A; 2P9L A; 1ATS A; 2E8A A; 3KD1 E; 4H4O A; 1DTQ A; 3LWM A; 1HMV A; 1RT6 A; 2KTQ A; 4O4G A; 1HNX K; 3T19 A; 3ZSX A; 4Y1C A; 5AQM A; 2IVN A; 1VSD A; 4CGF A; 3THY B; 3UB5 A; 3WNF A; 3QDK A; 4YOX A; 2NRX A; 1BA1 A; 4EAH D; 2O8E A; 1VRT A; 4LFB K; 1VQ4 N; 4OJR A; 4IFV A; 4DR3 K; 5FDL A; 1ZXO A; 4DFJ A; 2ZWH A; 1KAX A; 1RDB A; 4A61 A; 4H0O A; 3WXI A; 4KTQ A; 4B9U A; 3ZT0 A; 5T7B A; 3QIO A; 2DPN A; 2NZT A; 4B3T K; 1KLM A; 1OH6 A; 3A5N C; 4WYB A; 3TSU A; 2X78 A; 1NU0 A; 3PX0 A; 5KI6 A; 2FSJ A; 1KXP A; 1ASU A; 5AZI A; 1QHT A; 4O44 A; 4BE2 A; 1YTA A; 4E7H A; 2XY5 A; 3OYM A; 4FPA A; 2ZE2 A; 3ZT2 A; 3F9M A; 3KWI A; 3KWG A; 3CER A; 3VEO A; 1W97 L; 4NB4 A; 2PYL A; 5EX5 A; 2HBK A; 3LDO A; 4NYF A; 5AQU A; 1QQC A; 3A0I X; 4CJL A; 4LH4 A; 4CZG A; 1RBS A; 2ASO A; 3HPH A; 4W5O A; 4H5N A; 4FOI A; 4BC2 A; 2NRT A; 2QKK A; 1SKS A; 1GLJ O; 3QEW A; 2OPS A; 2O8F B; 4KBO A; 3VQ5 A; 1DKG D; 3AV9 A; 2BUP A; 1JXB A; 2AP1 A; 4E1J A; 2BH1 A; 3BF3 A; 3VER A; 1LWC A; 2FSN A; 3VF6 A; 3KLF A; 3B6O A; 5JMV A; 3V1O A; 2E6M A; 3C94 A; 3I0S A; 3SK3 A; 3KTQ A; 4Y0W A; 1J54 A; 2V7Z A; 4YOU A; 1DGK N; 1TYQ B; 4DTR A; 4FWR A; 5M1P A; 3U3G A; 4RWT A; 1OH8 A; 4NCB A; 4O5F A; 4JHD B; 4OO1 J; 1GLF O; 3CET A; 3BEX A; 1D4X A; 4JD2 A; 1B92 A; 4CEO A; 2QTD A; 3NVK A; 3O6W A; 5C2D A; 2O4G A; 3KK3 A; 1ITG A; 1JLG A; 1CXU A; 4Q0B A; 4CEC A; 1X9W A; 2HHX A; 5KRT A; 3OYB A; 1SZ2 A; 4FJG A; 1Q9Y A; 4FW1 A; 5AQY A; 3AVN A; 3NHG A; 1M1K O; 3C6T A; 3M3Z A; 3NMU A; 4MQ3 A; 3O3G A; 3V9S A; 2VGM A; 3ZSW A; 1NJI O; 3CIP A; 1TUU A; 3GDQ A; 3ZYY X; 3DXM B; 4YOW A; 1JLB A; 3TAF A; 4M7Y A; 1XC3 A; 3PSF A; 4DU1 A; 1NK6 A; 4BC5 A; 2P9P A; 4JKE A; 3F2K A; 4E0D A; 3AVK A; 3DLK A; 1ATN A; 4IJN A; 5KGX A; 4H0T B; 3C6A A; 4LY7 A; 4PUO A; 4CVN E; 3WXL A; 1NK8 A; 3SV3 A; 4CGJ A; 3J81 O; 1XMO K; 4EP5 A; 2UYT A; 2P9U A; 4LH5 A; 3MCA B; 4AM6 A; 3EKU A; 4IBN A; 3LZI A; 2W6L A; 4A59 A; 2W41 A; 5KRS A; 3QML A; 4O5B A; 1NK5 A; 5BRE A; 3OYI A; 3J7A P; 4NXN K; 2YHY A; 1BIS A; 2F96 A; 1RBT A; 3AA2 A; 4FJH A; 4CEE A; 1HPM A; 2P9I A; 2V52 B; 3R8E A; 3HVT A; 4C8N A; 4DF8 A; 4XH4 A; 1E3M A; 3VEW A; 1S3X A; 1HYS A; 4J2B A; 4TSX A; 1SUQ A; 4IG3 A; 5J2Q A; 3O4Q A; 1C0F A; 3O9U A; 1NJY A; 3HVR A; 4WQ4 A; 4CHZ A; 3DAW A; 1CZB A; 2G8K A; 1EWQ A; 3CM5 A; 4FPB A; 4PY5 A; 4OPJ A; 3I0R A; 3A8Y A; 4JK8 A; 4FWS A; 4Z94 A; 4BY9 C; 4DTS A; 2Q36 A; 1V4S A; 4IFE A; 4FWN A; 4IFY A; 4E3S A; 1BI4 B; 3LAM A; 2RN2 A; 1FKO A; 1KD1 O; 4A62 A; 3MEG A; 4AM7 A; 4YFU A; 2QWM A; 4IDK A; 4BC4 A; 1KFS A; 3K57 A; 1RT1 A; 3GBT A; 1HLU A; 1RBR A; 1SAZ A; 3VQ8 A; 3DMJ A; 4CEB A; 4KHN A; 1HNV A; 2O8C B; 3K5N A; 4Z4F A; 3HYF A; 4FJ9 A; 3OBW A; 4FLZ A; 3I33 A; 4JNE A; 4RW8 A; 1HQE A; 3H6E A; 1SKR A; 1JXE A; 3N4P A; 1WUA A; 4ISE A; 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3A2F A; 3O1B A; 5H1S Q; 4FJK A; 4OX9 K; 3VPZ A; 1S9G A; 2O8D B; 1YVN A; 4CJP A; 5JVH L; 2FXU A; 3SJH A; 1HJR A; 2EHG A; 2Q2R A; 3R9P A; 3BF1 A; 1RDA A; 1X9J A; 3R6M A; 4FVM A; 1VQM N; 1HUX A; 2UXB K; 2RF2 A; 5LY3 A; 1WN7 A; 1YXQ A; 3AA4 A; 5LMN K; 3THX B; 4DWI A; 3LM9 A; 4BR0 A; 2B6A A; 4CZH A; 3EL2 A; 1TKX A; 1C1A A; 4M41 A; 1RTD A; 4KKO A; 5AQL A; 4I6M A; 3O80 A; 3O4W A; 4JI3 K; 2ASM A; 1Q18 A; 4M7X A; 1SS6 A; 4DV0 K; 3DOL A; 5AQR A; 3SQ1 A; 2OPP A; 4NYN A; 3GOI A; 2HBJ A; 4JEP A; 1RBV A; 3UKR B; 3TAR A; 1XUP O; 4E7L A; 3PIO L; 3RWU A; 3RMD A; 1KAZ A; 3OYH A; 3S3M A; 2GWJ A; 3FZK A; 1RDC A; 4DLG A; 2NRV A; 1W0H A; 4KAZ A; 3VES A; 3CJ1 A; 4QCL A; 4FM2 A; 4PQU A; 5I42 A; 4IWV A; 3QIN A; 3L2V A; 4HTL A; 1J53 A; 2E5L K; 1VQ9 N; 1UWB A; 1JLQ A; 1WAJ A; 2YJF A; 2YV0 X; 4BRD A; 4JKD A; 1O13 A; 4EHU A; 1WLJ A; 4ISG A; 4W5R A; 1N33 K; 1JCE A; 4H5R A; 4CIF A; 4HTU A; 4CEA A; 2YJE A; 1H1V A; 3WNE A; 3P5J A; 4F4K A; 3OW2 M; 1CZA N; 1NWK A; 4CJK A; 4ILJ A; 4N5S A; 4M45 A; 3O5B A; 5I3U A; 3CG7 A; 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