2G8HA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8hA00
3NGIA 1KLNA 1TGOA 5HRRA 1KVAA 4JS4A 4DFJA 5HP1A 1U49A 4FJLA 1NK0A 3DLBA 2DY4A 1C0TA 3KLEA 1A5XA 1RDBA 4FK0A 1JKHA 2PZSA 4DTOA 2NUBA 4GMJB 3PX0A 3KLHA 4FM2A 1BIZA 3MECA 4DFPA 1EX4A 3S9HA 4WE1A 1ASWA 4F2RA 1RBVA 3AVLA 4Y1CA 1LWFA 1QSLA 4HCCA 4FJJA 2YV0X 5T7BA 1IG9A 1YVUA 1EKEA 3BGRA 1BCMA 1BQNA 4KTZA 1TKXA 3TARA 3RWUA 1B92A 3C94A 4LD0A 1BQMA 4CJ3A 3V81A 3TABA 2O4IA 3TR8A 3L3UA 5KGXA 3DLHA 2HHSA 3I0RA 3VQCA 4DLEA 1Z25A 2ZD1A 4E7LA 4PA1A 4CJLA 4DF4A 4ELUA 1XI1A 1CZ9A 4LY7A 2Z1IA 1BGXT 1KSPA 4C8LA 1TV6A 2BANA 3RRHA 4DTSA 3TAQA 1XHZA 3RR8A 3DRPA 4KI4A 3AVKA 2VG7A 1EP4A 3T3FA 5FROA 4YNQA 3K58A 1WSJA 3A2FA 4E89A 5I42A 1TVRA 4RW4A 4DLGA 3AVMA 4FLUA 1D9DA 3NCIA 3ZCMA 1TAUA 2E6LA 1NK9A 3H08A 4MQ3A 3QEVA 2YKNA 1RTHA 2A1SA 4CF0A 3HO1A 5CYMA 3VQAA 4I9QA 3MEGA 1MU2A 3DM2A 3V1RA 4DSEA 2ITGA 2JLEA 3LP1A 3D0PA 1JXEA 2R7YA 2OZMA 3SUNA 5HROA 5HBMA 4FZZA 4FJ5A 3ALYA 2FBVA 2PY5A 3VQ7A 2ETJA 2KW4A 3NH1A 4F3TA 3ASMA 3HM9A 2DFFA 3AVBA 3EYZA 4HHTA 5FRMA 3OS0A 1C1CA 1S9GA 2G8FA 5SZTA 3VQ6A 1C1AA 3ZSWA 3O3FA 1TAQA 4AHVA 4EP5A 2KFZA 3RMAA 2IDOA 1SKSA 3U6FA 2GUIA 4JRQA 3QLHA 3MXJA 3VA0A 3AVNA 4GW6A 4FK2A 2OPPA 4B8AB 3K5MA 2XY5A 3PY8A 4DFKA 1WNSA 3TAGA 3RMBA 1RT5A 3CG7A 4CGIA 4BE1A 4KFBA 4OPJA 3V1QA 1ZBFA 1S1VA 1NK4A 4ID5A 3RTVA 3U3GA 1NK6A 3WNHA 2D5RA 1JLAA 1CXUA 3ZT2A 4EP4A 3DI6A 3LP3A 4DMNA 4HCBA 3TI0A 3V1OA 4CFDA 3LANA 4M3XA 1C0MA 5CZ2A 2DFHA 1WAFA 3ZT3A 3TAPA 4DU1A 1BCOA 4CESA 3FFIA 1YTAA 4DU3A 3QERA 4CJFA 1Q8IA 4H4OA 2KQ2A 4O44A 1ASUA 3DOLA 3AA3A 1EXQA 4FK4A 1DTQA 2P51A 1VSJA 1JL2A 3K57A 4E7KA 1S9EA 3ZSVA 1RT1A 3L2UA 1D9FA 4B9MA 4IBNA 3QETA 1QHTA 1LWEA 3LALA 4O55A 3KKSA 1SUQA 3HPOA 4Q5VA 2Q3SA 3V6DA 4IFYA 2ZQBA 1GOCA 3OYLA 4E7HA 1ZBLA 4DU4A 1JLCA 3HSTB 3F73A 2A1RA 4BDPA 4KAZA 4KB0A 4IG0A 2D0CA 3V9WA 1HYVA 1VSMA 4CJ4A 3VQDA 4CEZA 3PX6A 1LWCA 3MXMA 3KD5E 4FJ7A 3M8SA 1JLGA 4EZ9A 2Y1JA 4DFMA 3SJJA 3SYZA 1ZYQA 1RILA 1LW0A 2D0AA 3VQEA 1VK0A 2I5JA 4DWIA 4PQUA 4O0JA 3AO4A 3KJVA 3QINA 1S6QA 4CERA 1BHLA 4FZYA 1BI4A 5SWMA 4W5OA 1KRPA 3AO5A 4Z4HA 3QEIA 3SZ2A 1RTJA 3CQ8A 3L2WA 3S3OA 4JRPA 1VSKA 3AVAA 3VQPA 3E01A 1L3TA 4NCBA 3IAYA 4M3TA 3B6OA 4UQGA 2OA8A 4RW8A 3NF8A 4FJHA 4N41A 4Z4GA 1JLQA 2FC0A 4M3WA 3TANA 4CF9A 4DQSA 3NGZA 1K6YA 4KKOA 4E7IA 1HYZA 3QESA 3S3MA 1RT3A 3NH2A 4DSKA 4FW2A 4FXDA 3LAKA 1XHXA 4AH9A 4CGGA 2GV9A 3TAMA 3VA3A 2YKMA 1Z26A 1SV5A 2QKBA 1WSHA 3TAFA 3MEDA 3HP6A 2HHVA 1TL1A 3L2RA 3LWLA 1SL2A 3NF9A 1TK0A 3TAEA 3KLIA 4DSLA 3QO9A 2F96A 1Y97A 4ID1A 1XC9A 4FCYA 3V9SA 4CJTA 1SKWA 2HHTA 3OYHA 2EHGA 4OPKA 4HUGA 3LDSA 3IRXA 4CECA 1LAVA 4CHNA 3VQ8A 1JXBA 3ZT0A 4Z4FA 2W42A 1HPZA 4ICLA 4E1NA 2P5GA 1C0UA 5J2QA 1NK7A 2FBTA 4NCAA 3P5JA 1Q9YA 4CEFA 2XHBA 4CGJA 1BISA 4DG1A 3SUQA 4CEOA 1RT4A 4I9LA 4E19A 4DTXA 2G8VA 3OJSA 4B9NA 3SPYA 1VSHA 4DTUA 4CCHA 1BL3A 2X6NA 5HRPA 2D0BA 1N6QA 3K5OA 4DTMA 1NKCA 1X9WA 1B9DA 5DK5A 3CFPA 3SUOA 1L3SA 2AJQA 3DLEA 4CEDA 3IG1A 3BDPA 1T03A 4I2QA 3THVA 3OYJA 2HVIA 4C8KA 1LV5A 3UIQA 1C1BA 2IOCA 4PUOA 3MEEA 1N5YA 2B4JA 4FLZA 3KLGA 1ASVA 1LW2A 1I3AA 1NKEA 2YHAA 1J9AA 4B9LA 3NF6A 3SV3A 3WNFA 1NOYA 3AVCA 3OYDA 1B9FA 2XY8A 4KHNA 5KGWA 4OKKA 3OYNA 3QNOA 4F4KA 1RBRA 3AVGA 4K8XA 4W5RA 4O5BA 3OYCA 3V4IA 4KHYA 2X6SA 2X74A 3SNNA 2HB5A 2RKIA 2O4GA 3L2VA 1X1PA 5FDLA 3VQBA 3LWMA 4FM0A 3K2PA 2IAJA 1UWBA 3VQQA 4KO0A 1BIUA 4YFUA 3QEXA 1ZBUA 4OGEA 3G10A 4CFCA 3PX4A 1U45A 4M3YA 4FLTA 3SI6A 1JL1A 1U04A 3V9UA 3OJUA 3MAQA 4OVLA 3S3NA 1ITGA 2LSNA 2IS3A 4ZTFA 2P1JA 4M41A 4C8OA 4FZXC 4AHTA 4CEQA 1HRHA 3DMJA 4OLBA 1RT7A 3CM5A 2XRIA 5J1EA 4KHSA 3T19A 3HVTA 3P83D 4AHUA 2VWJA 3WNEA 3LPUA 4N5SA 4E7JA 4CEBA 3SV4A 3M8PA 4JLHA 3JSMA 4FLWA 3OYAA 4CEEA 2HNDA 1TK8A 4M3UA 2RPIA 3ZSXA 5KRTA 4TSXA 2EX3A 3AVIA 4RW9A 3OVNA 1RBTA 3AV9A 3U3YA 4DQIA 4ELTA 1S1WA 2RN2A 3KK1A 1TKTA 1KLMA 3HPGA 1C6VA 4F2SA 4E0DA 4NYFA 1F21A 2FBYA 4BE2A 3O4NA 4CHPA 1R0AA 3RMCA 3HL8A 4DQRA 4LH5A 4C8MA 1D8YA 2HVHA 1S1XA 3EY1A 4CK2A 3AO2A 3WNGA 1IO2A 2YNIA 3NAEA 4M42A 1FXXA 3OYFA 2YNFA 1RDDA 5J2NA 4B8CA 2G8WA 1HYSA 3AA5X 3QEWA 3OYIA 1QS4A 3NE6A 4DSFA 1L3VA 4CHYA 2OYQA 3NFAA 1J53A 4LSLA 1RT2A 3IS9A 3DRRA 5KRSA 3SUPA 4PY5A 3V9ZA 1X9MA 2G8KA 4CJPA 4HVJA 4B9VA 3KD1E 1HJRA 1NK5A 5K14A 4B08A 4F3OA 4O0IA 4Z4CA 3CFRA 3DLKA 3LZIA 3OYMA 1QSSA 4FJGA 4KTQA 2F8SA 3PO5A 4DSJA 2HNZA 1D5AA 3AVHA 3V9XA 1S6PA 5KI6A 4B9UA 1WSGA 4DS5A 2QKKA 4B9TA 1WSFA 1U4BA 1WLJA 4CE9A 5HRNA 4RW7A 1DLOA 2B6AA 2VWKA 1NJWA 1A5WA 1FKOA 4DTJA 4DS4A 1UOCA 3DLRA 1IH7A 1XWLA 4M3RA 4FM1A 4L8RB 1U48A 4B9SA 3TWHA 3L3VA 1UA0A 4FJNA 4CHQA 4FLVA 3QEPA 1L3UA 4OLAA 4KPYA 4KB1A 3ZSQA 3NDKA 4AHCA 1FKPA 4CJEA 3HVRA 1RBSA 2BDPA 4QAGA 3AA2A 1VSDA 4Z4EA 1RT6A 3HJFA 1NK8A 2Z1JA 4FLYA 3CYMA 5CY4A 4DQQA 1HMVA 1NJYA 1QTMA 2B5JA 4FJXA 1RDAA 3DRSA 4IG3A 3RR7A 3LP2A 4CJ5A 1HNIA 3C6TA 3LPTA 1I39A 4KREA 5E41A 3CFOA 4O4GA 2HHWA 3P1GA 3K5LA 1TKDA 3DYAA 1U47A 3NHGA 5HLFA 1HNVA 1KFDA 1QQCA 4PWDA 1YTUA 4KHQA 4N47A 4HUEA 3AVFA 1TL3A 2GBZA 3QIOA 3NF7A 2IGIA 3M8QA 3PV8A 5CYQA 4HUFA 1KVCA 3QIPA 4CK3A 4QCLA 2ZE2A 4I7FA 4Z4IA 1W0HA 3DLGA 1TK5A 4J2DA 4RG8A 1UA1A 3KIOA 2BGGA 4R5PA 3AO3A 3ZSZA 1RCHA 2E4LA 4Q0BA 1J5OA 2VG6A 1T7PA 1JLBA 5C24A 1WSIA 4DSIA 3LAMA 2P5OA 2YHBA 4CJSA 3VQ9A 4CFBA 3O3HA 4FLXA 1T05A 1O1WA 1VRTA 2QK9A 1UAXA 3HT3A 3SQ4A 4FW1A 3F9KA 2F8TA 2PYJA 3ZT1A 3SQ0A 4FYDA 2HHQA 3ZSYA 4IFVA 3KTQA 3HP9A 1L5UA 3AVJA 3NGYA 4J2EA 2HW3A 2XO7A 4DTNA 1TKZA 4LH4A 4W5NA 4CGFA 3VQ5A 3ULDA 2DTUA 1G15A 3C95A 4DF8A 4FJ9A 4OGCA 4CJKA 3OYGA 3D45A 3I0SA 3OY9A 1SL0A 4FJIA 4Y1DA 3SQ2A 4DQPA 1CXQA 4LSNA 5C42A 5J2PA 3AA4A 3I8DA 5I3UA 2HHXA 4CJQA 4W5QA 3G0ZA 2G8HA 4M3ZA 1QE1A 2E6MA 1NJXA 2Y1IA 2DFEA 3AO1A 4GVMA 4I2PA 2G8IA 4RW6A 4E1MA 2ATQA 4CF1A 1JLFA 3KK3A 1QSYA 1T8EA 1VRUA 1EETA 1J54A 1S5JA 5D3GA 1IKWA 4BDZA 3SPZA 1IKYA 4KHWA 3LZJA 5HRSA 1A5VA 2XY6A 5JS2A 3T1AA 4IKFA 2XY7A 1VSIA 1Q9XA 3ISNC 1DTTA 4BWJA 3OYEA 4EZ6A 1SKRA 1HQEA 4KRFA 1RBUA 1CLQA 3ZSOA 5KTQA 3B6PA 2OPSA 4OKJA 2JGUA 2WONA 3ZT4A 3OS2A 1KFSA 4DTPA 4B3OA 4C8NA 3VN5A 1RTIA 4BE0A 4CJWA 1YT3A 4W5TA 2RF2A 3NH0A 4QOZB 4ZTJA 5CZ1A 4M45A 3OS1A 3PO4A 1KCFA 5FRNA 4CF2A 2BE2A 1KTQA 4BACA 3VQ4A 4ELVA 4K8ZA 4CGHA 4CJUA 2Z1GA 4CEAA 1VSFA 4Z0UA 1SL1A 1WAJA 1S1TA 2OPRA 1VSEA 5C25A 4CHZA 2KFNA 3L2QA 4AILC 3HXMA 2IC3A 3MXIA 2HMIA 1LAWA 1RTDA 2HHUA 1CZBA 3OYKA 3SQ1A 4XIUA 2KTQA 4OJRA 4OKEA 3LP0A 5DMRA 4AHSA 2OZSA 2OPQA 5EU7A 4CIEA 3O3GA 2VG5A 4NCGA 3JYTA 1FK9A 4BDYA 3RRGA 4G1QA 1GOAA 1WSEA 2Z1HA 4CJRA 4CGDA 2QXFA 3RMDA 4H4MA 1REVA 1ZBIA 1IKXA 1VSLA 2FBXA 4CIFA 3O4QA 4J2BA 4MFBA 4N76A 3OYBA 3M8RA 3HPHA 1W9HA 4AHRA 2WOMA 4CJVA 4CFAA 3SCXA 1S1UA 4FVMA 4F8RA 4FJMA 1IKVA 1JLEA 4J2AA 4HTUA 4IDKA 1HQUA 1NOZA 3HK2A 2KZZA 3KK2A 4CIGA 4KV8A 3K59A 1NJZA 5JS1A 4JS5A 4CF8A 1NKBA 4FJKA 4CK1A 4BWMA 4ZHRA 3K5NA 2KZMA 3ITHA 1BI4B 1KVBA 3DOKA 4KTWA 3L8BA 3QNNA 2YNHA 1RDCA 4DTRA 1RNHA 4KHUA 2X78A 3KKRA 4FJ8A 3NBPA 4E3SA 2G8UA 1GOBA 3CM6A 3PUFA 4CHOA 2HNYA 1WN7A 3C6UA 3EZ5A 3ZSRA 5J2MA 2YNGA 1ZBHA 4NYNA 3HYFA 1X9SA 4KI6A 4N56A 2PYLA 4H8KA 3KLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DFJA 1KVAA 1U49A 4IEEA 4DQ8A 4JKGA 1JKHA 4DTOA 3O9RA 3PX0A 2P9KB 3MECA 1EX4A 4HWIA 2E1ZA 3N4QA 4KTZA 5CR4A 1QQMA 3RWUA 4LD0A 2O4IA 5KGXA 3EEQA 4DV7K 3D2FA 4JD2A 4E7LA 5KPZA 2J4RA 1JCGA 1OH7A 1KSPA 1TV6A 2BANA 3DRPA 4KI4A 4B1XB 3Q7CA 1EP4A 1WSJA 5I42A 3S41A 3NCIA 2E6LA 1VQLN 3THWB 3DM2A 1JXEA 2OZMA 3SUNA 2OANA 4FZZA 4FJ5A 3ALYA 2PY5A 3NH1A 1QZ6A 3AVBA 4B1WB 4DKWA 5FRMA 3OS0A 4BRKA 1C1CA 2FF3B 3LM2A 5GADP 5M1PA 4JI7K 2P9PA 5GAGP 4JI8K 1C1AA 3ZSWA 4JRQA 3VA0A 4GW6A 2XY5A 3K5MA 3WUHA 4H0OA 3TAGA 3BUZB 3OBWA 3CXCM 1S1VA 1NK4A 1IG8A 3U3GA 1NMDA 2D5RA 1CXUA 4JN4A 3DI6A 3LP3A 3EE8A 3N4PA 3LDQA 1BCOA 1OH8A 4DU3A 3QERA 4CJFA 4KH6A 2KQ2A 3DOLA 3AA3A 4X65K 4H5WA 3TSPA 1VSJA 3FZLA 3CJ1A 4E7KA 1S9EA 4CZFA 2WUSA 1SUQA 4Q5VA 4FWSA 4CBUA 2P9UA 4KB0A 3SBGA 2Q0UA 3F73A 4KAZA 3KD5E 1T6CA 3GDQA 3SJJA 3SYZA 1RILA 1LW0A 2D0AA 3VQEA 1SAZA 3R6MA 3QINA 3BF1A 5B8HA 5AQOA 1MWKA 3BZCA 3VQPA 3VERA 2OA8A 2V52B 3LM9A 1Q18A 3SBTA 4N41A 1U6ZA 3QICA 1K6YA 1HYZA 2BH1A 4PKGA 3MWTA 3LAKA 4AH9A 2GV9A 2YKMA 2A42A 2QKBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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