2G8IA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mn2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8iA00
4E0DA 2G8WA 3I8DA 3KD1E 1YVUA 1UWBA 2OPQA 5J2MA 4FW1A 2B6AA 4C8LA 4CHQA 4FJ9A 3PO5A 4J2EA 3EYZA 1ITGA 2YNFA 3DLKA 3O3FA 3KLEA 1L3TA 2OZSA 4DSKA 1JL2A 1KTQA 3T1AA 2BDPA 3HP9A 3CFPA 4B9MA 4KHSA 3K2PA 1VSDA 4CF1A 1CZBA 3AO3A 3IAYA 4FLYA 1ZBIA 3S3OA 2FBXA 4OKEA 4BE0A 3F73A 1ZYQA 4CJRA 2Z1GA 4Q0BA 4I2PA 4FCYA 4AHSA 3I0RA 5HBMA 3OYNA 1QS4A 4CEEA 4NCAA 1ZBHA 1EX4A 2KZZA 2G8UA 3HK2A 1TAQA 1XHXA 3AVHA 1QTMA 3AA2A 4O4GA 4KHQA 3AVAA 4OVLA 2DFEA 3PO4A 4Z4IA 3AVCA 1SKSA 3LP1A 3M8SA 2G8KA 1T7PA 3M8QA 4DFKA 4DQSA 1RDBA 1JLBA 3ZCMA 3TAEA 3B6PA 1Q9XA 4FJLA 2HVHA 4KI4A 4CFAA 4DTUA 3DLBA 4CHYA 4IDKA 1IH7A 3L2VA 4BACA 4NCGA 3D45A 3DLEA 3DOLA 4CJQA 3EY1A 3LZJA 2QK9A 1S1TA 4CJSA 3RRGA 4W5RA 4M41A 1WSGA 4DTNA 1IG9A 3C94A 1ASVA 3VQ7A 5KRTA 3C6TA 3NBPA 3PX0A 2ATQA 3OVNA 4E19A 4YNQA 3LDSA 2XRIA 2XHBA 1X9SA 4KREA 1J53A 1S1XA 2F8SA 2KFZA 4DFJA 4B08A 3NAEA 1C6VA 1HYVA 3VQEA 1RDCA 1TKTA 3SJJA 4N41A 4PY5A 3OYDA 3G0ZA 4NYNA 4FLVA 3V9SA 2G8HA 5JS1A 4OPKA 3DRPA 2EX3A 3OYMA 2W42A 4FM0A 3SI6A 4KRFA 2E6LA 3DMJA 3AVGA 3KLHA 4CHPA 4DFMA 1S1VA 4PUOA 1BISA 2KW4A 1HYZA 3QIOA 1JKHA 1KVBA 2XY8A 1LV5A 4O0JA 1D8YA 3TAFA 3ZSRA 3NH2A 1YT3A 3DLHA 4IFYA 3V1RA 4CGHA 4B8AB 4FM1A 3S3NA 4I7FA 2VG6A 3H08A 4CJEA 1I39A 4DS4A 2GV9A 1A5WA 1WSJA 3VQDA 3TI0A 4B9SA 3DYAA 1F21A 1WN7A 3OYHA 3KK2A 3QNNA 4W5NA 3QEIA 2B4JA 3TAPA 1S9GA 4DTJA 3VQ6A 3LALA 4FK0A 4FJKA 3QEPA 3MEDA 4RW7A 3NF8A 3OYIA 3ISNC 2PYJA 3P5JA 3SPZA 4F8RA 3MXMA 4DWIA 4E89A 1N6QA 3IS9A 3SNNA 1D9FA 2FC0A 4DSIA 4CK2A 3QETA 4JS5A 4E7JA 5T7BA 4AHRA 3QIPA 4AHUA 4QAGA 3HPHA 3QNOA 3DI6A 4KFBA 3QEXA 4M3UA 2D0CA 4FJIA 1QE1A 4ZTFA 3SCXA 3NHGA 1QSLA 3AVFA 5FDLA 1BGXT 3M8PA 2HNDA 2KQ2A 4DU4A 1NK8A 3OYLA 4AHTA 1NK9A 4FJXA 4N76A 3LP2A 2HVIA 4ICLA 2LSNA 3HPOA 1KRPA 2P5OA 1XHZA 1NKEA 2BANA 2P1JA 3MXIA 4E1MA 1BIZA 5FROA 2HHUA 4M3WA 3KKRA 3K58A 4E7LA 3JYTA 1LAVA 4RG8A 5EU7A 4C8MA 2JGUA 3TAMA 4AH9A 1SKWA 3QO9A 4DSJA 4FZZA 2HHQA 3OJUA 4LSNA 1W9HA 3OS0A 4Z0UA 3KLFA 2DFHA 3ZSWA 3RR7A 4J2AA 4H4MA 4N47A 1KVCA 1S6QA 3PY8A 2RPIA 4HTUA 3AVBA 3OYGA 1J9AA 4Y1DA 5E41A 2QKBA 4C8KA 4DQRA 2XY5A 3MEEA 4CJUA 3QEWA 2WONA 4DQPA 4KTZA 2Y1IA 3RMCA 3CG7A 1CZ9A 1LW0A 2OPPA 2DY4A 4CF2A 4FLXA 4O5BA 2X6NA 3NGYA 4EZ6A 2OPSA 1YTUA 1R0AA 4CEFA 1GOAA 1RBRA 4O44A 4JS4A 1U45A 4CHZA 1S1UA 1W0HA 2Z1HA 4DS5A 3TARA 3V9XA 1TGOA 3MEGA 1NK5A 2QKKA 4LSLA 4C8NA 3VA0A 4GW6A 4N5SA 3PV8A 1NKBA 2QXFA 3OYJA 3JSMA 3B6OA 5SWMA 4IBNA 4B8CA 1HNVA 4RW9A 4F2RA 2P51A 3T19A 1ZBUA 3SUOA 2IGIA 4OKKA 4EZ9A 4O0IA 3HO1A 3HT3A 3S3MA 1X9WA 1A5VA 3KIOA 3KD5E 4OLAA 3ZT1A 1QHTA 1GOCA 3CFOA 4CJ5A 4XIUA 4IKFA 3ZSQA 4CHNA 4DG1A 3C95A 2JLEA 3CM5A 4M42A 1EXQA 1XI1A 4CFDA 3DM2A 1VSIA 2P5GA 1D9DA 1LWFA 4AILC 3HM9A 4CFCA 4N56A 1WAJA 1QSSA 3OYCA 3HXMA 4CEAA 4DF8A 1RCHA 3C6UA 4OGCA 4J2BA 3MAQA 2VG5A 3AA5X 1BCMA 1RBUA 1NKCA 5KGXA 5HLFA 1CLQA 3TWHA 3SV4A 4CJLA 4HUFA 4FJ8A 1EETA 2RKIA 4ID5A 4HHTA 1X9MA 2RN2A 3LP0A 4GMJB 5KTQA 4IG0A 5HRRA 3SYZA 4F3OA 1WAFA 1KCFA 1YTAA 1X1PA 4G1QA 1TK5A 4KI6A 3KTQA 3AO2A 2IOCA 4FJJA 1C0MA 1C1BA 1NK0A 1ZBLA 4F3TA 2IC3A 3NF9A 4OLBA 2G8VA 4CGIA 4H8KA 3OJSA 1QSYA 3M8RA 4CIFA 3LAMA 3V81A 4FJHA 3AO5A 2YNGA 3ZSZA 1U04A 2B5JA 4B9LA 4KPYA 4CHOA 1C0UA 1BCOA 4DTRA 2G8IA 3IG1A 1WSFA 2Y1JA 5KI6A 4FZYA 4FJNA 1KFSA 2HB5A 1UOCA 4CK1A 3MECA 4FLZA 1BL3A 4I9LA 4CF8A 2PY5A 1HNIA 4DLGA 1VRUA 4KHYA 3K59A 1RILA 1CXQA 3L2UA 4BDYA 1JXBA 2RF2A 1Z25A 3DOKA 3I0SA 2D0AA 3K57A 3AA3A 3WNEA 3VQ8A 3ZT0A 4B9TA 1BIUA 3RWUA 3K5NA 4HCCA 4CEQA 1VSEA 4UQGA 4HUEA 3OS1A 1Q8IA 1VSLA 3OYFA 1RT7A 2A1RA 3V6DA 4DQIA 4MQ3A 4CFBA 1WSIA 1GOBA 1FKOA 2YHBA 1L5UA 4F4KA 1KLMA 1DTQA 4DTPA 1RT3A 2YNHA 1UA0A 3FFIA 3THVA 1FXXA 5C25A 4KHNA 1SL0A 2YKNA 1RBTA 2A1SA 3QEVA 2YV0X 4B9UA 3LWMA 4AHVA 4CJTA 3MXJA 3NH1A 1L3UA 3OYAA 3S9HA 4DTXA 4ID1A 4CJ3A 3V9ZA 3LZIA 1BI4B 1BQNA 1UAXA 2AJQA 3NF6A 4KKOA 4DSEA 2Z1JA 3UIQA 3KK1A 1S1WA 4MFBA 4CEDA 1U49A 1RT4A 3KKSA 5DK5A 5HROA 4KTQA 5FRNA 1WSHA 1IKWA 1HQEA 4KV8A 1EP4A 1HQUA 1TK8A 3V9WA 3VQ9A 5K14A 4W5TA 3NDKA 1JXEA 4CGDA 3VQQA 4O55A 1G15A 3AA4A 4W5OA 3WNGA 4LH5A 2ZQBA 4J2DA 2R7YA 5CZ1A 4CJ4A 1SUQA 3DLGA 3QINA 4Y1CA 4M45A 3O3GA 4HCBA 1D5AA 3CQ8A 4PQUA 3HL8A 3G10A 3V9UA 3O4NA 2GUIA 1DLOA 1ASUA 1L3SA 1VSHA 4EP5A 3RRHA 1HJRA 3SQ2A 4BDPA 4I9QA 1C1AA 2GBZA 4FXDA 4CIGA 2IDOA 3OY9A 3DRRA 3K5OA 3SUNA 1NK4A 1FK9A 2Q3SA 2X74A 1WLJA 4RW4A 4DSFA 4C8OA 4Z4EA 3ASMA 5C24A 1IKVA 4L8RB 1RBSA 3SUQA 2HHXA 3VQCA 2DTUA 1RTIA 3LAKA 3SUPA 2YKMA 1QQCA 5I42A 4LD0A 4JRPA 3HVRA 1RT6A 3VQAA 4KHWA 2BGGA 4CGFA 2F8TA 1VSMA 2FBTA 3LWLA 1KVAA 5KGWA 1U47A 3KLIA 3SZ2A 4WE1A 3PUFA 1VSKA 4YFUA 3K5LA 4BDZA 4KB0A 1BI4A 3RMDA 1JLAA 3AO1A 4B9NA 3TABA 5KRSA 3SQ0A 3AVLA 2D0BA 3SQ1A 4ELTA 4KB1A 4TSXA 3CFRA 1S9EA 4CJVA 4FLTA 4E1NA 3L8BA 1RDDA 3HYFA 4FLWA 1SKRA 1SV5A 3LPUA 2D5RA 1B9FA 2OPRA 4CERA 2HHSA 1C1CA 3IRXA 5CZ2A 3WNHA 3OS2A 2VWJA 1L3VA 3HJFA 5CYQA 4R5PA 3HSTB 4IFVA 3NE6A 4IG3A 3RTVA 4FJGA 4BWMA 1CXUA 1LWCA 5HRNA 3V1OA 3LANA 1EKEA 4OKJA 1LAWA 3V1QA 4EP4A 1J54A 1VSJA 1KLNA 1NJWA 3OYEA 4M3YA 3VQPA 1XWLA 2NUBA 3OYBA 4K8XA 1TL1A 1WNSA 2VWKA 3ITHA 5CY4A 3SQ4A 4Z4HA 4CJFA 4B3OA 2HHTA 3BGRA 2OZMA 1MU2A 2HHVA 1RT2A 1NJYA 2X78A 4JRQA 3PX4A 4E3SA 3KK3A 1Y97A 5CYMA 3L3VA 3ZSYA 3K5MA 4KHUA 3VN5A 3F9KA 4FM2A 2FBVA 3NFAA 3RMBA 2IS3A 3P1GA 4QOZB 1K6YA 1RNHA 1FKPA 5J2PA 4M3ZA 2HNYA 5HRPA 4DSLA 2OYQA 4CEOA 3DLRA 2F96A 3TR8A 3NF7A 4DU3A 3EZ5A 4ELUA 1JLQA 3L2WA 4LH4A 1RTJA 1WSEA 3ZSOA 1S6PA 3KJVA 4BE1A 4RW6A 4Z4CA 3QESA 3U3YA 4FJMA 1Z26A 2KTQA 2HHWA 1NJXA 4AHCA 3HP6A 4CECA 3O4QA 4FVMA 4FK4A 3RMAA 3LP3A 3RR8A 4CGGA 4DQQA 3AVMA 4K8ZA 1KFDA 1RTHA 1RTDA 3AO4A 3E01A 1NOZA 4Z4FA 1JL1A 2KZMA 4DTOA 1NK7A 3PX6A 4ELVA 4Z4GA 2Z1IA 1ASWA 4NYFA 4LY7A 3CM6A 3ZSXA 3ZSVA 2ETJA 2YNIA 4CF9A 4CEZA 3D0PA 4OGEA 3V4IA 1T03A 2HW3A 4FW2A 2ITGA 1C0TA 1O1WA 4BWJA 4DMNA 4E7HA 4DU1A 3TAQA 1HYSA 4CJKA 3VQ5A 1HPZA 1NK6A 4F2SA 4FZXC 3AVNA 3CYMA 4NCBA 5C42A 4CJPA 3L2QA 4FK2A 1B9DA 3NGZA 1JLEA 4PA1A 4CEBA 4Q5VA 1I3AA 3AVJA 3AV9A 5J2QA 1VK0A 5D3GA 2HNZA 3QERA 1VSFA 4M3XA 1REVA 1TKXA 3AVIA 1UA1A 1DTTA 2X6SA 4M3RA 1N5YA 1RT5A 4GVMA 4KTWA 3ZT4A 3T3FA 3L2RA 1S5JA 3VQBA 1LW2A 4QCLA 4OPJA 4CK3A 1TL3A 5JS2A 4CJWA 4JLHA 4KO0A 4ZHRA 3NCIA 1U4BA 1TKDA 1B92A 4DF4A 1NOYA 4FJ5A 3KLGA 3SPYA 1TV6A 5DMRA 3ZT3A 2O4IA 2XY7A 1IKYA 3VQ4A 1HMVA 3TAGA 1SL2A 3SV3A 1BHLA 4HVJA 3OYKA 3HVTA 4OJRA 2BE2A 4E7KA 4W5QA 2FBYA 3O3HA 5HP1A 4CGJA 3ALYA 4CCHA 1A5XA 5I3UA 3A2FA 1XC9A 4FJ7A 2IAJA 1IO2A 4CE9A 3ZT2A 3QLHA 5SZTA 2VG7A 4DFPA 1TAUA 2YHAA 2DFFA 3AVKA 1Q9YA 1TKZA 2E4LA 3LPTA 4FYDA 4I2QA 1TK0A 4DTMA 1NJZA 4M3TA 1KSPA 2EHGA 4DLEA 3ULDA 2XY6A 4HUGA 1U48A 2I5JA 4PWDA 3NGIA 2PZSA 2WOMA 3VA3A 1VRTA 4RW8A 1RDAA 5FRMA 4H4OA 2O4GA 4BE2A 5HRSA 3TANA 1SL1A 1RT1A 4CIEA 3NH0A 2G8FA 3U6FA 1LWEA 1IKXA 3DRSA 2PYLA 2ZD1A 4CESA 4E7IA 1T05A 1RBVA 1HRHA 2E6MA 4FLUA 4KAZA 4CF0A 1JLCA 1JLGA 2HMIA 4B9VA 1J5OA 2OA8A 5J2NA 2XO7A 1ZBFA 2ZE2A 4ZTJA 1BQMA 1TVRA 3P83D 1JLFA 3L3UA 5J1EA 3WNFA 1T8EA 3BDPA 2KFNA 4DTSA 3HPGA 3U3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OKJA 4CBUA 1YVUA 3ENBA 5J2MA 1L3TA 3O3FA 1NGCA 2OZSA 4DSKA 1KTQA 1QHAA 4CF1A 1CZBA 3IAYA 5GADP 4Q0BA 1ATRA 5M1PA 4CZFA 5AZIB 3Q7CA 2KZZA 1X9JA 1TAQA 3AA2A 4KHQA 4DB3A 4B1XB 2DFEA 2UXDK 1SKSA 3LP1A 3M8QA 4PL8A 4DFKA 1RDBA 3H6EA 5AQMA 2CH5A 1JLBA 4HWIA 4JAXA 4CFAA 4DTUA 4IDKA 1IH7A 3VTHA 4CJQA 3DOLA 2E1YA 3HI0A 1S1TA 4CJSA 3C0BA 4JKDA 4M41A 3MN9A 3WXKA 2FF6A 3C6TA 2BUPA 2V52B 4GV3A 2ATQA 3O9TA 2XRIA 1WBDA 3LM9A 1J53A 2H3GX 2ITMA 3EN9A 4ISFA 3NAEA 3VQEA 1RDCA 4FLVA 5AZIA 2EX3A 1JCGA 2QWRA 3AARA 4KRFA 2E6LA 1S1VA 1BISA 2O8FA 4BRLA 3QIOA 3VGKA 5FPEA 4O0JA 1D8YA 5BR8K 1VQNN 1YT3A 2V7YA 3JAMO 4FM1A 4B8AB 1BG3A 1VQKN 4I7FA 1WSJA 2HHHK 2P9IA 5GIPA 4A5BA 3QEIA 1BO5O 4YOUA 4X62K 4FJKA 4B1UB 4BGAA 3LDQA 3AAQA 2PYJA 2FSJA 3CI5A 4G9ZA 4DV7K 1D9FA 4QS7A 3FGUA 4E7JA 4AHRA 4JHDB 1N34K 3PIPL 4KFBA 4FJIA 1QE1A 1QSLA 5FDLA 1NK8A 4AHTA 1NK9A 4FJXA 5JVGL 3HPOA 3DXMB 3E9LA 1T6CA 2A40A 1LOTB 1MDUB 3EE9A 3PSFA 3D6RA 4HTUA 3AVBA 3OYGA 1U2VB 4Y1DA 3L4IA 3LL3A 4DQRA 5JICA 4BRQA 2XY5A 4A59A 4DV3K 2WONA 4KTZA 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 3ATV A;  1O1W A;  4DMN A;  4DU1 A;  1KAY A;  2P9N B;  4LF5 K;  3DLL L;  3VQ5 A;  4F2S A;  1YJN N;  4FZX C;  3L2Q A;  5FPM A;  3EL2 A;  3NGZ A;  4Q5V A;  1I3A A;  5F1X A;  4H0X B;  3QER A;  1VSF A;  3AVI A;  3VEW A;  4M3R A;  1YXQ A;  4GVM A;  3SBG A;  5BPL A;  3VQB A;  2W6L A;  2WTU A;  4FJN A;  3KHY A;  4CJW A;  4WFA L;  4KO0 A;  1NOY A;  1TKD A;  1U4B A;  3FR0 A;  4FJ5 A;  3SPY A;  4BQZ A;  2XY7 A;  2ZWH A;  1NG9 A;  1P90 A;  3OYK A;  3R8E A;  3DWL A;  3O3H A;  5I3U A;  3A2F A;  2QTD A;  1XC9 A;  3H1V X;  4BC3 A;  3N4Q A;  2P9N A;  3KZB A;  4LF6 K;  1GLC G;  4IOC L;  4DTM A;  3WXI A;  1RGI A;  4BRK A;  1NJZ A;  1KSP A;  2EHG A;  4PWD A;  2I5J A;  2QWQ A;  3NGI A;  2QEX N;  3VA3 A;  4RW8 A;  1RDA A;  1JCF A;  3NH0 A;  2G8F A;  1NLV A;  1T05 A;  4IOX A;  5BPM A;  1HPM A;  4CF0 A;  3SJH A;  4B9V A;  1J5O A;  4FPB A;  2XO7 A;  2UUB K;  1G99 A;  4IZ9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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