2G8KA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with ca2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 42
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8kA00
1EETA 3IG1A 3ZT0A 1LAVA 3LANA 2KFNA 2RN2A 3HM9A 4CEZA 4FCYA 1D8YA 3D0PA 1A5XA 4CJTA 2KW4A 3T1AA 2DFEA 2X78A 3NE6A 3L2UA 2XY6A 2D0BA 3O3FA 1NJWA 4DQQA 1HRHA 3SQ4A 4J2AA 1VSDA 3TAQA 3AO3A 1RDBA 3KKSA 1FKPA 4ID1A 4FJHA 3ZSZA 1RNHA 3AVBA 4DTPA 4KHSA 2HHXA 1YVUA 1L5UA 3LP1A 3SQ1A 2F8SA 5CZ1A 1BIUA 3TAGA 2HNDA 1C1AA 1S9EA 2ATQA 4CFCA 4KB0A 2X6SA 4OKKA 3KKRA 3OYKA 3THVA 4KRFA 4CK2A 1D5AA 3V9SA 1C6VA 2OPPA 3WNGA 4G1QA 4IKFA 1JL1A 1J9AA 3VQ8A 3V9XA 1X9MA 1S1WA 1EKEA 1L3VA 4B3OA 2HW3A 3HO1A 5J1EA 3OVNA 2P51A 1T05A 3SQ0A 4CJSA 1HYSA 2G8KA 3VQPA 1RT2A 4AH9A 1BCMA 3SUOA 3VQ9A 2LSNA 2G8HA 3ZSYA 1JLFA 3O4NA 1TAQA 2WONA 1WSGA 3S3MA 5HLFA 4NCAA 3DI6A 4FM0A 4K8XA 1CXUA 3DM2A 4FLTA 4E7JA 5CYMA 4DTRA 4OLBA 4CCHA 1IKYA 2YHAA 3WNHA 5FRNA 4CJFA 3HPOA 4C8OA 1VSJA 1YTAA 4B8AB 4O55A 4JRPA 1ZBIA 5HRRA 3TANA 3S9HA 1G15A 2Y1IA 1TAUA 4FJLA 4CESA 4CECA 3PO5A 4ZTJA 4FLXA 4DTMA 1JLAA 4HUFA 4B9SA 3HYFA 4BE2A 2Y1JA 4J2BA 4FK4A 4F2RA 1ZBFA 3OYJA 1QTMA 4FZXC 2XY5A 3F9KA 3C94A 4PUOA 4I2PA 4UQGA 1K6YA 4Y1DA 2G8IA 3HSTB 3LALA 1TV6A 2OPQA 4IFVA 4B9NA 4B9LA 2HMIA 2QKBA 1NK6A 3EY1A 4CHQA 1XWLA 3K2PA 3OYAA 3LP3A 3QEIA 1QSSA 1D9FA 3G10A 4H4OA 1ITGA 4ELTA 4FYDA 3AO5A 3HPGA 1NK8A 2PY5A 4FW2A 2KZMA 2D0AA 1SL2A 2XY8A 3KLFA 3KD1E 5C25A 1I3AA 1KTQA 5KI6A 1MU2A 1TKXA 1JXBA 2NUBA 4CGHA 3NFAA 5HRPA 3SV4A 1NKBA 1N6QA 4CJ4A 4BDZA 4FJXA 1EXQA 4E1NA 1TVRA 1ASVA 3KJVA 1UAXA 1VK0A 5KTQA 4J2DA 4I2QA 1S1XA 3ALYA 3OYMA 2GBZA 5KGWA 4QCLA 1Q8IA 3E01A 4RW4A 3VQ5A 1GOCA 2IS3A 3SNNA 3MEGA 3ZSOA 3DLGA 1HQUA 4CJVA 1SKWA 5K14A 3AVFA 1B92A 1SUQA 1JL2A 3AO1A 1RILA 3VQEA 4FVMA 4CIEA 3DMJA 4ELUA 4AHSA 3UIQA 3TAMA 2YNHA 4DTUA 1DTQA 3WNFA 3DYAA 1GOAA 2FC0A 3OYGA 3P1GA 2ZQBA 3O3HA 3PV8A 4M3XA 4AHRA 3LZIA 4W5NA 4CHNA 3KLEA 3K58A 4CJ3A 3D45A 3VQAA 1BCOA 3TWHA 1J5OA 1HQEA 3K59A 3VA0A 4BE1A 3RWUA 3NAEA 3ITHA 3RR8A 3CQ8A 4DLGA 3CYMA 5C42A 4CJPA 3OJSA 2Q3SA 3L2QA 4BDYA 4OLAA 4DFMA 3MECA 1U47A 1BISA 3K5MA 4N41A 3KK2A 1BQNA 3OYHA 4CERA 3AVLA 4E89A 3LDSA 2VWKA 1NK9A 2BGGA 1X9WA 3SCXA 3ZSRA 3AO2A 4CJRA 4FLWA 3VN5A 1S1UA 2XHBA 1RBSA 1LV5A 1JLCA 1WN7A 3HP6A 3CFOA 2OPSA 3DLBA 1VRTA 4DSJA 4CJLA 3OYDA 4AHVA 5HRSA 4CEQA 2RF2A 3NDKA 1NKEA 1KSPA 4OKJA 4IG3A 4OVLA 4IDKA 3AVJA 1IH7A 4OGEA 1IG9A 3KTQA 2G8WA 4I9QA 4N56A 1FKOA 1O1WA 4WE1A 4B9UA 1JLBA 2IDOA 4FM2A 2B5JA 1NOZA 4CF0A 4DSFA 2JGUA 2YKNA 1L3UA 4DFKA 3HVRA 1WSFA 3QLHA 3C6UA 3ZSVA 2PZSA 4ELVA 4Q0BA 3AVAA 1IO2A 3AA4A 2OA8A 4BACA 1KLNA 4HCCA 2YNFA 4CIFA 1TK8A 4CFBA 1NK7A 3SV3A 4C8KA 3NH1A 4DU1A 5HBMA 3OY9A 3KK3A 1JXEA 2Z1JA 2VG5A 1IKVA 4NCGA 3JYTA 4FJGA 4FJJA 1XC9A 4FJKA 4LD0A 4QAGA 2A1SA 3PX4A 4E19A 1C0MA 2Z1IA 3DRRA 3L3VA 4CEFA 4JRQA 4DU3A 4C8LA 1RDDA 1JLQA 4Z4HA 3QNNA 2P5OA 3M8RA 1HMVA 4M3YA 3SUNA 2ZD1A 3ZT4A 1GOBA 4DQSA 5CYQA 3MXIA 3AVIA 3NH0A 1JKHA 3A2FA 5HP1A 2A1RA 2HVHA 2WOMA 1RT3A 1YT3A 3AVGA 3NHGA 1VSIA 2HHUA 2E6MA 3HPHA 3CFPA 1HNVA 1U4BA 3SJJA 1NK4A 4HHTA 1ASWA 4CHOA 4CGIA 1EX4A 2P1JA 4NYFA 4LH5A 1F21A 2YV0X 3ISNC 4OKEA 2G8UA 3FFIA 4FJ8A 4CFAA 1REVA 1J53A 1FXXA 3QIOA 1C1CA 3ZT3A 3SZ2A 5I3UA 1U45A 4M3RA 1RBVA 3KIOA 1Z25A 4DTXA 1SKSA 2YNGA 3AVCA 1RTJA 5CZ2A 3OYBA 4FLUA 3ZT1A 1WSEA 4E7LA 1IKWA 2D0CA 1S1TA 3QEVA 1Q9YA 1I39A 3P5JA 3SPZA 2RPIA 4KHQA 3LP2A 4AILC 1LWCA 2IC3A 1X9SA 3OYFA 2GUIA 1NOYA 1LAWA 4CJUA 4O5BA 2E6LA 3AV9A 1HPZA 4Z0UA 4R5PA 3NBPA 1S6QA 2KQ2A 1L3TA 3K5LA 4M3WA 5C24A 1RT1A 4B08A 4FZZA 3NH2A 1VRUA 4FJ7A 1RBUA 4CJEA 4DS5A 1VSKA 3SQ2A 1YTUA 3NF8A 3HVTA 2XY7A 3DLKA 3V1QA 3MAQA 1RBTA 4HTUA 3PX0A 3AVMA 3MXJA 4GMJB 1S1VA 3ZSQA 4B8CA 2Z1GA 1VSHA 3WNEA 2AJQA 5KRSA 1HNIA 1WSIA 4RW9A 1XHXA 4ID5A 4O0IA 4LH4A 3JSMA 3V9UA 1JLGA 2HHWA 4KREA 2DTUA 4CK1A 1LW0A 3LPTA 4NYNA 1Y97A 4H4MA 1XI1A 1D9DA 4LY7A 1TL3A 1N5YA 4B9VA 1LWEA 4M3ZA 2ETJA 3QO9A 3NGIA 4DU4A 1RT6A 1TK0A 1RTDA 2ITGA 3G0ZA 1HJRA 4BDPA 4CHZA 4DQIA 4FK2A 3RR7A 3MXMA 4N5SA 4Z4GA 3S3NA 4TSXA 4KHNA 3OYIA 3RMCA 3T19A 1RTHA 3T3FA 4KFBA 4CF1A 4Q5VA 4DTOA 2PYLA 2FBVA 3QEWA 1T7PA 3BGRA 4M45A 4K8ZA 2O4IA 4NCBA 3VQCA 4C8NA 3AA2A 1C1BA 3DLEA 4KTZA 3V6DA 3O4QA 4F4KA 2VG7A 1RTIA 5EU7A 1C0UA 2HHSA 4CJQA 2QKKA 3ZCMA 1LWFA 4CF2A 3U6FA 5I42A 3ZSXA 3L2WA 2E4LA 4W5OA 3LWMA 4DQRA 4DLEA 3OS1A 3V1RA 1LW2A 2FBTA 3V4IA 3QETA 3KLIA 4FLZA 3TAEA 1NJYA 1U48A 2BE2A 3B6PA 3V1OA 4FZYA 4E3SA 4F2SA 3VQDA 1WAFA 5J2NA 2DFFA 3U3GA 3KK1A 4DS4A 3AA5X 4KHYA 1WLJA 1DLOA 2JLEA 3RMAA 1RCHA 3K5OA 3EZ5A 4FLYA 1EP4A 3RMDA 2B6AA 3L2VA 1WAJA 5T7BA 3RRGA 3I0RA 5KGXA 3QNOA 4OGCA 1C0TA 1T03A 4DFPA 1QSYA 4O0JA 3KLHA 4M42A 1VSFA 3IS9A 3SYZA 1U49A 3NGZA 3LZJA 3OS2A 3PY8A 2I5JA 4ZTFA 1TKDA 4GW6A 1QQCA 2XRIA 3C6TA 4EZ6A 4DWIA 4FM1A 2F8TA 1WSJA 4CHYA 1RDAA 1BIZA 1KVBA 1TKTA 4CF9A 3KD5E 3OYLA 2GV9A 5E41A 3VA3A 4E7HA 1R0AA 1ZYQA 4FJIA 4CEAA 4CGJA 1TGOA 4W5TA 4HVJA 1NJXA 3LWLA 4N76A 3LPUA 1J54A 4LSLA 4E7IA 5SWMA 3M8QA 3CG7A 1BGXT 1HYVA 4KHUA 4CEOA 2HHVA 1RT7A 4DSIA 4FLVA 1JLEA 5SZTA 1U04A 1QE1A 2HNYA 4W5QA 1RBRA 1S9GA 1W0HA 5FROA 4KI6A 4CEEA 4CE9A 1DTTA 1QSLA 1B9DA 3OYNA 3SUQA 1KCFA 2YNIA 3S3OA 5DMRA 1SKRA 2VWJA 4AHTA 3M8SA 2RKIA 4CGFA 1NK0A 4Z4CA 4O4GA 4CJWA 3HL8A 1FK9A 3RTVA 4DSEA 4F8RA 1HYZA 1RT5A 2O4GA 3SI6A 4E7KA 3TAPA 1UA1A 4E1MA 3QESA 1Z26A 2G8FA 3VQ6A 4KB1A 3AVHA 3VQ7A 3BDPA 4CEDA 4Z4IA 1IKXA 4PY5A 4M41A 4KHWA 3NF6A 4CIGA 4DFJA 1X1PA 2D5RA 3OYEA 4B9TA 3LAMA 3H08A 4BWJA 4CGGA 2DY4A 4L8RB 5J2MA 3OYCA 1UOCA 5D3GA 5HROA 3V81A 3DRSA 1UWBA 1KFDA 4PA1A 4HUGA 1BI4A 4DTSA 4F3TA 4CGDA 1ZBUA 3IAYA 3I0SA 4AHCA 1KRPA 3AVKA 3VQ4A 3OJUA 4RW7A 1XHZA 4JS5A 5CY4A 1CXQA 3QIPA 4AHUA 4HUEA 3HP9A 2EX3A 4FW1A 3TAFA 1BHLA 4CEBA 4ZHRA 4DMNA 5KRTA 4DTNA 3ASMA 1ZBLA 4KTQA 3VQBA 2EHGA 1SL1A 3K5NA 3IRXA 1TKZA 4MFBA 3SPYA 2P5GA 5FRMA 4CJ5A 1S5JA 3AO4A 3HJFA 3C95A 4DG1A 2OZSA 3DRPA 1WSHA 1S6PA 2HNZA 2XO7A 1A5WA 2HHTA 1WNSA 4IBNA 4B9MA 2HHQA 5DK5A 1TL1A 2B4JA 3ULDA 4EP4A 2QK9A 2KZZA 5J2QA 3CM6A 4FK0A 3P83D 2BDPA 4CK3A 1ASUA 3TARA 4FJNA 4M3UA 4F3OA 4XIUA 3HXMA 1QS4A 4O44A 1TK5A 4EP5A 4RG8A 3V9WA 2VG6A 2BANA 4KO0A 5HRNA 4FJ5A 2IGIA 4CHPA 4CFDA 4CJKA 3HK2A 4QOZB 3KLGA 3O3GA 3CFRA 2YHBA 1A5VA 3AA3A 4OJRA 2IOCA 2QXFA 2ZE2A 3VQQA 4J2EA 2HVIA 2OPRA 1SV5A 4DSKA 4EZ9A 2KFZA 1CLQA 4KTWA 3DOLA 4N47A 3LAKA 4E0DA 5FDLA 1KLMA 2F96A 4I9LA 3PUFA 3NGYA 3K57A 1BI4B 4RW6A 3NCIA 3QEXA 3PX6A 1SL0A 4KPYA 1KVCA 5JS1A 3L3UA 3DLHA 4Z4FA 3OS0A 4M3TA 4C8MA 1RT4A 3TABA 5J2PA 2OZMA 1KFSA 2KTQA 4Y1CA 4KAZA 3HT3A 1NJZA 4I7FA 3NF7A 3M8PA 1VSEA 4MQ3A 1NK5A 4DSLA 2W42A 3AVNA 1CZ9A 4PQUA 3QINA 4DQPA 4DTJA 3DLRA 4FJMA 2OYQA 3NF9A 4YFUA 1T8EA 4Z4EA 4LSNA 1ZBHA 3TI0A 2G8VA 3RMBA 4CF8A 1CZBA 1KVAA 4BWMA 1B9FA 4JLHA 3F73A 3V9ZA 2Z1HA 1BQMA 4H8KA 4DF8A 2DFHA 2FBXA 1L3SA 1UA0A 1Q9XA 3I8DA 3TR8A 3MEEA 3ZT2A 2YKMA 2FBYA 3L8BA 4W5RA 2PYJA 4RW8A 2IAJA 4IFYA 3CM5A 3LP0A 5JS2A 3QERA 3QEPA 3L2RA 1NKCA 3SUPA 4HCBA 4FXDA 4ICLA 1BL3A 2X74A 4OPJA 4BE0A 4KI4A 3MEDA 1RDCA 4YNQA 2X6NA 4KV8A 4KKOA 2HB5A 4GVMA 4JS4A 1VSMA 4DF4A 3U3YA 4PWDA 3ZSWA 3PO4A 4FJ9A 2R7YA 3RRHA 4OPKA 3B6OA 1QHTA 1W9HA 3EYZA 1VSLA 3DOKA 4IG0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EAHD 2KFNA 2RN2A 2IVPA 5ADXA 3HM9A 3T1HK 3T1AA 3NE6A 3O3FA 3QFUA 4BRLA 4FJHA 3AVBA 5AZIB 1YVUA 1OH8A 3SQ1A 2F8SA 1OH5A 4JK9A 3WT0A 3GG4A 2HNDA 1C1AA 3KKRA 3G25A 2UUCK 3HSCA 1VQ7N 4KRFA 4G1QA 3VQ8A 3V9XA 1X9MA 1S1WA 4X64K 1T05A 3SQ0A 1HYSA 2CH6A 2ZWHA 2G8KA 3M6GA 1EWQA 3VTHA 4KHPK 5AQVA 1YF5L 4NCAA 3CJ7A 1IKYA 5AFUA 4GVEA 4WQ5A 4A5AA 2WFBA 3HPOA 3PSFA 1VSJA 2E20A 3S9HA 1TAUA 4CECA 3PO5A 2P9LA 1HX1A 4B3MK 4BE2A 4JHDB 3OYJA 1QTMA 5AZJA 3O9TA 4I2PA 3OHRA 4B9NA 5AQYA 4JI1K 5BREA 3ZEUA 3OYAA 3P4IA 3CCMN 1D9FA 5TKYA 3G10A 1ITGA 4ELTA 2YHXA 2KZMA 2D0AA 1SL2A 4BRKA 5KPZA 3FZMA 5C25A 4GY2B 1I3AA 2NUBA 3SV4A 4GV3A 4CJ4A 4BDZA 1XQSC 4BR5A 4E1NA 1TVRA 1ASVA 3KJVA 3LM2A 4I2QA 3TPQA 2GBZA 1HNWK 4DV5K 4QCLA 3E01A 1GOCA 1XUPO 2IS3A 3MEGA 3DLGA 1HQUA 4CJVA 4CZHA 1JL2A 2WUSA 1RILA 1S3XA 1NM1A 4WQ5C 3AY9A 2HHHK 3VERA 4JKEA 3DYAA 1GOAA 5M1KA 5AZIA 4AHRA 1MWKA 1JCEA 4PL8A 1VSLA 3KLEA 4O5FA 3K58A 3D45A 3T1YK 1J5OA 3VA0A 1DT9A 3RWUA 1VQ6N 2FF6A 3DXKB 3CQ8A 4DLGA 1IJJA 3OJSA 1N34K 4G9ZA 5DM7L 4DV7K 3C7NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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