2G8VA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (reaction product)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8vA00
1NK4A 2D0CA 4CEOA 4DTXA 3V9WA 4E7HA 1RT4A 1QSLA 3SYZA 4O5BA 3QLHA 4RW9A 3DRSA 1LW2A 4CF2A 4FK4A 4FJ7A 5J2MA 4GVMA 3OS1A 4LSLA 1GOCA 3KIOA 3NH0A 4JRQA 3AA3A 2FC0A 2ZQBA 3V1RA 3UIQA 1XHXA 4CJLA 4I9QA 1BIZA 3E01A 3ZSVA 4CJPA 3KJVA 1JL1A 1U4BA 1WSHA 4CEQA 3KK2A 4ID1A 4W5NA 4FK2A 3OS2A 3NF7A 2XO7A 3TABA 4DMNA 5HBMA 3ZT3A 4FJLA 4DG1A 3OYHA 3KK1A 1RILA 1C6VA 3L2UA 1RT6A 1B9DA 4FCYA 5CYMA 2HVIA 1XC9A 2BE2A 1A5VA 3L3VA 5C25A 3AO2A 3AVAA 3C6TA 3VQEA 1QSSA 1JLAA 4PA1A 4EP4A 1UAXA 5FDLA 3LAKA 1NK6A 4M3TA 2KZZA 2DFFA 4Z4GA 4RW7A 4J2AA 3RR7A 3V6DA 4R5PA 3L2QA 2P1JA 1CLQA 3TWHA 4HUFA 3H08A 1CXQA 5CZ2A 3LP2A 4E7JA 3QEIA 4ELUA 2XY5A 3IAYA 4KHYA 4CFDA 1L3SA 2Z1GA 1KSPA 1BCMA 1U45A 1JKHA 4Z4EA 2HHQA 4FZXC 2EX3A 1S6PA 1BHLA 4OGEA 1L3TA 4CFBA 4I2PA 3MXIA 4FJIA 3AVLA 3K57A 2IC3A 3C94A 5CY4A 4E89A 1L3UA 3IG1A 3OVNA 4CF1A 3ZT4A 2PZSA 1XWLA 1RCHA 4B9VA 3AVBA 1TAUA 4ZHRA 4EP5A 1WSIA 1ZYQA 3RMCA 1VRTA 4CHQA 3CFPA 4FZZA 5C42A 1RBVA 1VSKA 5J2QA 4FLTA 3VQ9A 1I39A 1VSIA 5KGWA 1RT5A 5HRNA 4QOZB 1IKVA 4DWIA 3OJUA 4CJQA 2NUBA 2QXFA 2VG6A 3CM6A 3LAMA 4L8RB 4NYFA 4B9UA 5JS1A 3RMBA 3HPHA 1ZBLA 4Q0BA 1IKYA 4PQUA 1ITGA 3WNGA 1T03A 1S1TA 4FLXA 4I9LA 3L8BA 4Z4CA 1ZBFA 3KKRA 2X78A 3OYJA 4NYNA 4BACA 3NF9A 1LW0A 2KW4A 4ICLA 5HP1A 3DOKA 4Y1CA 1BI4A 1HNVA 2FBYA 1F21A 4BE2A 3RMAA 3AA4A 4DTMA 5J2NA 1TK0A 4DTJA 2WONA 3HT3A 3F9KA 4KRFA 3D45A 2DFHA 1FKPA 2YNHA 1R0AA 1HNIA 1ASVA 4IKFA 3AA2A 3SCXA 2HNZA 3LP3A 4B08A 4DTRA 4DTPA 3SV4A 4DU3A 1A5WA 1QE1A 2HNDA 3DI6A 2O4GA 1N6QA 4B9TA 4CCHA 4Z4HA 4FJKA 3OYLA 2OPPA 3L2WA 1Z25A 3VA3A 1BL3A 1BQNA 4M3WA 3SQ2A 4C8NA 3AVNA 1CZBA 4KV8A 4DF8A 3DOLA 1VSHA 4CJFA 3TR8A 1Q9XA 3AVJA 2VG7A 1BCOA 4FJNA 2YNGA 2YV0X 2P5OA 4DS5A 1J5OA 2FBVA 4FJ5A 1NK5A 2OPRA 4CJ5A 1NK0A 4PWDA 4CIEA 3BDPA 1SKSA 3SUNA 2DY4A 4E19A 3DLGA 3F73A 1KVCA 2I5JA 4KHWA 1SV5A 3U6FA 4KFBA 3HK2A 2X6SA 3NH1A 3QEVA 4M45A 4N76A 2A1SA 3HP6A 1T7PA 2HHUA 2B5JA 2F96A 2RPIA 2YKMA 4RW8A 3OYMA 3PV8A 1XHZA 3O3GA 4E3SA 4NCBA 3RRHA 4B9LA 3QEWA 3PO4A 3OY9A 4CGFA 3AVGA 1ASWA 3AVMA 3L3UA 4GMJB 2Y1IA 4LSNA 1SL1A 4F3OA 3V1OA 2DTUA 3AV9A 1UA0A 4I2QA 3OYEA 1UWBA 4E7LA 1RDDA 1IKWA 1WSEA 4PY5A 4ID5A 1WNSA 3MEGA 3DRPA 5D3GA 4B9MA 3IS9A 4CE9A 4XIUA 2FBXA 1RBTA 1S9GA 3V9XA 1JLQA 1CZ9A 4CEBA 5KGXA 1WAFA 3JSMA 3K5LA 4FM2A 3O3FA 3SZ2A 1NKBA 2AJQA 1NKCA 3QEXA 3TAEA 1LWEA 1S1UA 4E7KA 4O55A 1IG9A 4B9NA 4ELVA 4KTQA 4N41A 1N5YA 4HTUA 3HVRA 1TVRA 3NE6A 2IGIA 2WOMA 5E41A 4N5SA 3HM9A 1KVBA 1T05A 1X9MA 3VQ5A 4CJEA 3OYIA 3ZSWA 1TK5A 4ELTA 4JS4A 4CJWA 1G15A 1IKXA 3K58A 4DQSA 4DFKA 5KRSA 2G8WA 3BGRA 1S1XA 5CYQA 3OYNA 3K2PA 1NJXA 1J53A 4H4OA 3NDKA 1HYSA 1NK8A 1C0UA 3NH2A 2KZMA 4CJRA 1KRPA 4ZTJA 3C6UA 3LPUA 1BISA 1LAVA 2GUIA 4IFVA 3QETA 1B92A 5CZ1A 4DS4A 4KI6A 1TKZA 5I3UA 3ASMA 1TAQA 2HMIA 2BDPA 2IOCA 1NJZA 4FJXA 2HW3A 3MXJA 3DLEA 3TAGA 5KI6A 1HQUA 5DK5A 4M3XA 3VN5A 4CHZA 2D0BA 2IDOA 2E6MA 4IFYA 3S3MA 4OPJA 3WNHA 3QNOA 1IO2A 3K5NA 1UA1A 3HVTA 3I0SA 3LWMA 2RKIA 3CM5A 1YVUA 4DTSA 4FJJA 2DFEA 4AHRA 3OYBA 1KCFA 3MEEA 4TSXA 4HUEA 3SQ0A 3DRRA 4CK1A 4RW6A 2IAJA 3S3OA 4BDPA 4CIGA 4YFUA 1J9AA 2PYLA 2KTQA 3T1AA 4NCAA 4AHSA 4JRPA 3OJSA 3LALA 1RT1A 3ZSXA 3RTVA 3ZT2A 3B6OA 4OLBA 2GV9A 4KB0A 2KQ2A 1ZBIA 5JS2A 4LD0A 2VWJA 5FROA 3OS0A 3IRXA 1HMVA 4DFMA 3KTQA 3OYAA 3V4IA 4OKEA 4CJ4A 1XI1A 4KHUA 3MXMA 1GOAA 2A1RA 3SJJA 1SL2A 1LWFA 4BWMA 4CJUA 5HRPA 4HUGA 3QERA 3NHGA 1REVA 3SPZA 1JL2A 1CXUA 2JGUA 1EP4A 4FM1A 4B9SA 4IBNA 4CHNA 4LH4A 1GOBA 2YHAA 4CERA 1U04A 4BWJA 2ETJA 2R7YA 3LDSA 1WN7A 5KRTA 3P83D 3QNNA 4CEDA 3VQQA 3FFIA 3P1GA 1TGOA 4DSFA 4MFBA 1YTUA 4HVJA 3SUPA 4C8MA 1U47A 1VSDA 4C8LA 1WLJA 3KLIA 4CESA 2D5RA 5T7BA 2BANA 4Q5VA 4F8RA 1T8EA 1EETA 3RR8A 1BI4B 1S6QA 2OA8A 2FBTA 3CQ8A 3HSTB 4DQPA 1NJWA 3KLEA 1VSJA 4OVLA 3ZSYA 1L3VA 4CJ3A 3ULDA 3KD1E 3K5OA 4E1MA 2ITGA 3QEPA 1L5UA 3NGYA 4CEEA 4CFCA 4CEAA 4DSKA 3VQBA 3SUOA 1NK9A 2ATQA 3CG7A 4RW4A 3ZSQA 2Z1JA 3DLKA 3O4NA 1FK9A 2B6AA 3AO1A 2E6LA 1VK0A 4PUOA 4G1QA 5FRNA 1C1AA 3U3GA 3DLBA 1KTQA 4Y1DA 4DFJA 2VWKA 3THVA 3HL8A 1DLOA 2XY8A 3V9ZA 4CGGA 2Z1HA 4QAGA 3WNFA 4FJ9A 4CJVA 1LAWA 2G8UA 1JLEA 1QHTA 3RMDA 4DLGA 1S1VA 3AO4A 1JXEA 2Y1JA 3CFRA 3SPYA 3M8RA 1RT7A 1JLCA 4H4MA 2X6NA 3ZT0A 1SUQA 3PX4A 4O4GA 5HRRA 1JLGA 2QKBA 4CJSA 1I3AA 2PYJA 3G10A 3V9SA 1DTTA 3DM2A 3PUFA 4BDYA 1RDBA 4B3OA 2OPSA 1D9DA 1D8YA 4FK0A 5KTQA 1HJRA 3DMJA 1D9FA 5K14A 4DSIA 1RT3A 4KHSA 4I7FA 1VSEA 1RTIA 4KHQA 2YNFA 4E0DA 2X74A 3I0RA 3D0PA 4DQIA 3HYFA 1NKEA 3TAMA 2OYQA 1BIUA 1FXXA 4CHOA 1A5XA 3ITHA 3DLHA 2HHTA 4O44A 2O4IA 3S3NA 3RRGA 1IH7A 4F4KA 4FZYA 4YNQA 4K8ZA 2HHVA 1HQEA 1O1WA 3AVFA 1U48A 3AO3A 3WNEA 4W5TA 4DSJA 4M3RA 3KLGA 3SQ1A 1S9EA 1QSYA 3B6PA 4KO0A 3C95A 4B8AB 1KFDA 3KLFA 3VQDA 4AHUA 1BQMA 3RWUA 2RN2A 3VA0A 1Q9YA 1BGXT 4M41A 3KLHA 2HVHA 3O4QA 3A2FA 3TAQA 4KPYA 1QQCA 3EY1A 3SUQA 3TANA 1C0MA 3ZSZA 4KB1A 4NCGA 4FLYA 4JLHA 1ZBHA 1ASUA 1W9HA 1RBRA 4KHNA 4CIFA 5J1EA 3NGIA 1X1PA 4HHTA 3S9HA 1HYZA 5C24A 1X9WA 4J2BA 3OYFA 4AHCA 3QO9A 3LP0A 3VQPA 4DFPA 2KFZA 2G8KA 5HLFA 3L2RA 2G8VA 4DTOA 1TL3A 1VSFA 1RBUA 1WAJA 3HO1A 4HCBA 3V81A 3KKSA 1C1BA 3PO5A 1LWCA 4OJRA 1S1WA 5SWMA 4IG3A 3NCIA 1EX4A 2YKNA 2EHGA 4AHTA 4O0IA 1RTHA 2D0AA 3OYDA 3TAFA 3HP9A 4FJGA 4FJHA 4Z4FA 3VQ6A 2XHBA 2OPQA 3AO5A 4W5OA 3VQ8A 2G8FA 2GBZA 4OGCA 2G8HA 3M8PA 1KFSA 4CGJA 1WSJA 3MECA 2YNIA 5J2PA 1JLBA 3TAPA 2QKKA 1SKRA 2G8IA 3I8DA 2Q3SA 1VSLA 3LANA 2W42A 2HHWA 4FVMA 5SZTA 1C0TA 1TL1A 3DYAA 3K59A 4OKJA 3HXMA 4E7IA 1Y97A 4F2RA 3QINA 4FW2A 3T19A 3MEDA 2P51A 4DTNA 1HPZA 1YT3A 3MAQA 4H8KA 4AH9A 4AILC 3PX0A 4OLAA 4CF0A 1QTMA 1Z26A 4FM0A 4FLZA 2BGGA 2HHSA 2XY7A 3EYZA 3V9UA 2YHBA 4CEFA 4FXDA 2HNYA 1EXQA 4DSLA 4W5RA 4K8XA 3QIOA 3OYKA 4KAZA 1KLNA 1KVAA 3AVHA 4RG8A 1RBSA 4BDZA 3SV3A 3SQ4A 3ZSRA 2HB5A 1KLMA 2XRIA 5HROA 4UQGA 3QIPA 2E4LA 3NGZA 2JLEA 1VSMA 4KKOA 4OPKA 3LZIA 3KD5E 3TI0A 3HPGA 4JS5A 3VQAA 4MQ3A 2LSNA 1TKDA 3AVCA 4M42A 3ZCMA 2IS3A 1JXBA 1ZBUA 3G0ZA 4CHYA 4FLUA 4DSEA 4DTUA 4F3TA 1C1CA 4FYDA 1TKTA 1SKWA 1TKXA 1WSGA 3AVKA 4DQQA 3O3HA 4AHVA 3SI6A 1NOYA 4IDKA 4GW6A 4DQRA 2OZMA 4CGDA 3PX6A 3HJFA 3TARA 2KFNA 1RDAA 4CGIA 3NF8A 3NF6A 1DTQA 4EZ6A 3VQ4A 1RTDA 3CFOA 4M3YA 4M3ZA 3ISNC 4J2DA 3LPTA 1RTJA 3EZ5A 4EZ9A 1SL0A 3ZT1A 4J2EA 4LH5A 1HRHA 1JLFA 3CYMA 4FLWA 2PY5A 3ALYA 2P5GA 2F8TA 4KTZA 2RF2A 4ZTFA 2OZSA 2HHXA 4CJKA 4KI4A 4QCLA 3VQ7A 1EKEA 1TK8A 4F2SA 1D5AA 3M8SA 1NJYA 1K6YA 1LV5A 4OKKA 2ZE2A 4WE1A 5EU7A 4FJ8A 4LY7A 3NFAA 4CK3A 3LWLA 4DLEA 4N47A 2F8SA 4Z0UA 4DF4A 4CHPA 1Q8IA 2B4JA 3VQCA 1S5JA 4CF8A 1W0HA 4CGHA 3OYGA 3ZSOA 1RNHA 1UOCA 2Z1IA 2ZD1A 3QESA 1TV6A 1RT2A 1X9SA 1MU2A 4C8KA 3U3YA 3JYTA 4IG0A 3K5MA 4CEZA 4DU4A 4M3UA 3LZJA 4N56A 4W5QA 4Z4IA 3SNNA 1U49A 4C8OA 2XY6A 1VRUA 4CFAA 4E1NA 3PY8A 3DLRA 4BE1A 1RDCA 3M8QA 2VG5A 4FJMA 1NOZA 1WSFA 3OYCA 3HPOA 4BE0A 4KREA 2QK9A 1J54A 3KK3A 5DMRA 1HYVA 1YTAA 4CF9A 4B8CA 4DU1A 5I42A 3LP1A 4CECA 3P5JA 3V1QA 3AVIA 3AA5X 4KTWA 4HCCA 1QS4A 4O0JA 1FKOA 4CK2A 1NK7A 5FRMA 4FLVA 4FW1A 3NAEA 4CJTA 3NBPA 5HRSA 1B9FA 3T3FA 3L2VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D0CA 1ESVA 5AFUH 4GVMA 3OS1A 4CW7B 2FC0A 1QZ5A 2WBNA 4CEQA 3WUHA 1VQ9N 3OS2A 2XO7A 5HBMA 5AQOA 5EX5A 4DG1A 4FJLA 1RILA 1C6VA 4YDUC 1B9DA 4EFHA 4JKDA 5F2RA 1XC9A 2HVIA 3M1FA 3AO2A 3VQEA 2A41A 4BQZA 1QSSA 1VQNN 2CH6A 1OVYA 3LAKA 5FDLA 3ZX3A 2DFFA 5EXWA 3V6DA 4R5PA 3L6QA 3L2QA 1W97L 3QEIA 3LP2A 3TSPA 4JI6K 3IAYA 1KSPA 3D2EA 3VEYA 4BRLA 4I2PA 3AVLA 3C94A 3IG1A 3OW2M 4B9VA 4GVEA 1TAUA 4EP5A 4GV6A 1WSIA 3C6HA 1VSIA 4FWPA 1RT5A 1U2VB 2O8BB 4KHPK 3G71N 3CM6A 3CMEN 3LAMA 3O08A 4FOEA 1S1TA 4FLXA 1VQ5N 4NYNA 3BEXA 5F1XA 3EEQA 1HNVA 3EO3A 3RMAA 4DTMA 3SBGA 1TK0A 2WONA 4CVNE 3HT3A 3A8YA 3HI0A 4YHHK 5KPRA 3AA2A 4IKFA 4B08A 4DTRA 3SV4A 1QE1A 2H3GX 2HNDA 1GLEG 3DI6A 2QWOA 4C1NK 1N6QA 4FJKA 3OYLA 3CC7N 3DXMB 3DOLA 1VSHA 1BCOA 3A5OC 2YV0X 4BRGA 3BDPA 1SKSA 4E19A 4B3SK 3F73A 2Q36A 1U6ZA 3D6RA 1SV5A 3FZHA 4KFBA 4FSVA 3J7ZO 4CZGA 2A1SA 1T7PA 2RPIA 2YKMA 4B3TK 5LY3A 3MCPA 4E1JA 3PSIA 4X62K 3AVGA 4GMJB 1SL1A 2A6AA 1BDGA 4FWQA 3U4LA 3AV9A 2W40A 3DAWA 4I2QA 3OYEA 1S72N 1UWBA 4K25A 4E7LA 1WSEA 2P9SA 3GE1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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