2G8VA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (reaction product)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8vA00
2YNHA 2ATQA 4CEZA 3AA5X 3EZ5A 3MEEA 1JLFA 2D5RA 3DM2A 2JGUA 4DQSA 4PY5A 3RMDA 1GOCA 1UWBA 4KHQA 3AA2A 4HVJA 3O3GA 4B8CA 1TKTA 1ZBFA 3TARA 1Q9XA 1RNHA 4BWJA 3G10A 3HO1A 5JS1A 2IGIA 1B9FA 4NCGA 3K5MA 1BCOA 3PX6A 3V9XA 1RT2A 3AVKA 2B6AA 1CXUA 4OPKA 1HRHA 3LP3A 3KJVA 1EP4A 3CYMA 2XHBA 5J2NA 3RMCA 2FBXA 4CEEA 4EP5A 4Q0BA 4CESA 4J2DA 3WNHA 4OJRA 1RT1A 3NF7A 3PX0A 4CF1A 4OLAA 2HW3A 4DTSA 1D5AA 4HUFA 1Q8IA 2RF2A 3NF9A 1B9DA 4E89A 3NAEA 3RMBA 3MXJA 4CHNA 2YHBA 4GVMA 5KI6A 1HNVA 1WLJA 1DLOA 3NF8A 2E6LA 5J2PA 3HPHA 4CJQA 3SNNA 3L8BA 3HPGA 4E1MA 1SKWA 1VSDA 3ZT4A 3LWLA 1C0MA 3QIPA 1VRTA 3HP9A 4O44A 4E7IA 4FJ8A 1IKYA 1IKVA 4FM0A 3HVRA 1RDDA 3ZT0A 1T7PA 4CF2A 4DTXA 1TL1A 1VSIA 1YVUA 4BDYA 4CJUA 3RRGA 2KZZA 2HHSA 3NCIA 1NOYA 1Z26A 3SPYA 2A1RA 1Z25A 4CK3A 3RTVA 5HLFA 1XHZA 4FJIA 1NK4A 2XY5A 2FBYA 4OLBA 4O5BA 1WSJA 3C6TA 3ZSZA 4M3ZA 1NKBA 2DY4A 4OGEA 1TKXA 5HRNA 4DS4A 4OGCA 4W5RA 3ZT3A 1RDBA 3L2UA 1L3UA 2F8TA 1NK0A 3NBPA 1SKSA 4E7JA 2ZD1A 4FJ9A 4E0DA 1TGOA 4CHPA 2HHUA 4BDPA 2WONA 3I0RA 4YNQA 1HQUA 2XY6A 1DTQA 4DLEA 3IS9A 1VSHA 3HYFA 3VQCA 4E1NA 1EKEA 3LPTA 4O0IA 4BACA 2D0AA 3KK3A 3I0SA 1RTHA 3K5OA 1L3TA 4KHUA 3NFAA 1RBTA 4DU4A 1WSHA 4DMNA 1R0AA 1SV5A 3NGZA 5I3UA 4ZTFA 3KD5E 1JXBA 1VSJA 4RW7A 2D0BA 3QEXA 1LAWA 1BGXT 1S6QA 3L2RA 3SCXA 1U45A 3D45A 4LY7A 2Y1IA 4CJFA 3ZSYA 4ELUA 1JLCA 3K58A 4CIEA 3VQ8A 3DLKA 4FK0A 4DFKA 3L2QA 4QAGA 3RWUA 5KRSA 1RT3A 1U47A 4FYDA 1SL1A 2X78A 2G8FA 5JS2A 1ASWA 4HCBA 3CFPA 4N76A 3M8SA 1Q9YA 3D0PA 4G1QA 3VQ7A 3F9KA 5CY4A 4FLVA 1WAFA 3NDKA 5C42A 3TAFA 3OYDA 4W5TA 5CYMA 1IO2A 1RDCA 4N41A 1HYSA 3C94A 1UOCA 2YHAA 3S3NA 1YTAA 5C25A 4KTZA 4IG0A 4LD0A 5HROA 3BDPA 4HUEA 4DTJA 1F21A 2DFFA 2YNFA 5KTQA 3SYZA 1Y97A 2ZE2A 4DSKA 4DU1A 1QSSA 4NCAA 3B6PA 1LAVA 4KI4A 4C8NA 4AHTA 4DFPA 2VG5A 5SZTA 1S9EA 4DTPA 3BGRA 3IRXA 4LSLA 2OZSA 4B9VA 2F96A 3PO5A 4C8MA 3CFOA 3VQQA 3QEPA 2ZQBA 4DFMA 4CK2A 4RW8A 2HMIA 3DI6A 2EX3A 4CE9A 4C8KA 3QIOA 1ZBHA 3VQ5A 4DF4A 1JLAA 1TAQA 3K57A 3RRHA 4CJTA 4FK4A 4LH4A 1C1BA 3OVNA 4I2PA 5KGXA 4NCBA 4DSFA 4E7HA 4Z4CA 4B9SA 4JS5A 3TI0A 2X6NA 3RR8A 3QEIA 4DU3A 1FK9A 4LH5A 4M3YA 4QOZB 5T7BA 2PYJA 4FJKA 2VG7A 4CHZA 1VSLA 2BANA 1JLGA 4CJSA 4LSNA 3DRRA 2G8UA 3ZSVA 1LV5A 1VSFA 3H08A 3SI6A 1J5OA 4CFBA 1UA1A 4E3SA 1GOAA 4Z4FA 3DLGA 4XIUA 4FJHA 3IAYA 1I3AA 4CEFA 3AVCA 3PV8A 4K8XA 2AJQA 1KRPA 1JLQA 4FVMA 3LAMA 4N5SA 3TAMA 4FLZA 4DSLA 3CM6A 4CJ3A 2RKIA 4DQQA 3NH1A 5J1EA 4Z4HA 3ITHA 1UAXA 4RW9A 3OYBA 1NK8A 4E7LA 1SL2A 2G8VA 3K2PA 1VRUA 4C8OA 2HVHA 4B8AB 4UQGA 3ALYA 3P5JA 1U4BA 3L3UA 2YKMA 3QINA 4DLGA 4CK1A 4DF8A 1NKEA 2IC3A 4HCCA 2RN2A 4CGHA 4Q5VA 2QXFA 1CZBA 1FXXA 3KIOA 1K6YA 4M3WA 1TK0A 4CIFA 4F2SA 2DFEA 2GUIA 3OJSA 3ZSWA 3ZT1A 3T1AA 4DSIA 3AVAA 3DYAA 4EZ9A 4FM1A 4CGGA 3OYFA 4J2BA 5I42A 5CZ2A 3QNOA 1ASVA 3L3VA 1S1XA 3ZSRA 3FFIA 1LW2A 3KLFA 4HHTA 4CERA 4AILC 3SQ0A 4B9NA 1BI4B 1KLNA 3HVTA 1NJWA 4CFCA 1MU2A 1W9HA 4I9QA 3MXMA 4FJNA 1I39A 4FJ7A 1U49A 4GW6A 2PYLA 4BE1A 2YNGA 3HL8A 2A1SA 4MQ3A 2KW4A 1KVCA 4CEAA 3ZSQA 3IG1A 4CJ5A 3SQ2A 2HHTA 1NKCA 4FZZA 1X9MA 1QQCA 2OA8A 3KLIA 3OYKA 3V4IA 4AHVA 1LWCA 2P51A 4FJLA 3LZJA 3MEGA 1IKXA 2P1JA 4M3TA 1KTQA 2Q3SA 2IAJA 3PO4A 4M42A 2G8IA 4ID1A 3NH2A 1QTMA 1C1CA 1JLEA 1WSEA 5HRPA 3OYJA 1KFDA 1T03A 4Z4GA 3DLEA 3L2WA 2GBZA 3TAPA 4W5QA 4KHNA 3NGYA 4ICLA 3ZSXA 4DTNA 3NH0A 1RT5A 3SUQA 4B9MA 4IBNA 2XO7A 1S1UA 3AVBA 4JRQA 1QSLA 2HB5A 2KTQA 1JL2A 3KKSA 4I9LA 4BE0A 3HJFA 1U48A 4EP4A 1KFSA 1TVRA 4FZXC 2VG6A 1HYVA 1JXEA 4CJRA 5SWMA 1RDAA 1RTDA 2D0CA 4IDKA 2Y1JA 4DTUA 3AO1A 1KCFA 1S6PA 1RT6A 3DOLA 2HNYA 3V1OA 3M8RA 4J2EA 4F8RA 4M3XA 3AVIA 3DRPA 3HPOA 3TANA 1VSMA 2PZSA 2F8SA 4N47A 1C6VA 4JLHA 2X74A 3AA3A 3VQAA 1LWEA 3SUOA 1XC9A 4FJGA 4DFJA 2RPIA 1XWLA 4NYFA 2FBTA 1A5WA 4ZHRA 2BDPA 4NYNA 4M45A 4CHOA 3DLBA 4C8LA 3THVA 1BISA 4KAZA 2R7YA 2VWKA 2P5GA 1BQNA 3HSTB 2HHVA 4BWMA 1WNSA 4FM2A 4CJPA 3VN5A 1WSGA 4H4OA 3K5LA 3S3OA 3QESA 4M3UA 4FLXA 4O55A 1A5VA 3AVHA 3HK2A 1J54A 4PQUA 3DOKA 3V1QA 3QETA 5K14A 3JYTA 1S1TA 4CJKA 3NGIA 3V9WA 3KK2A 4CJ4A 3O3FA 1GOBA 3P83D 1DTTA 4ZTJA 5E41A 4J2AA 1IKWA 4K8ZA 1C1AA 4KFBA 3CFRA 1RTIA 3A2FA 2B5JA 3V9SA 1C0TA 1NK5A 3TWHA 4FLWA 4Z4EA 3VQ6A 1O1WA 1ZBLA 4CGDA 2YKNA 3SUPA 3TAGA 4OVLA 2NUBA 3VQ9A 3G0ZA 3VQEA 3ULDA 3S3MA 3KLEA 1WAJA 4CECA 3MXIA 3UIQA 3F73A 3WNFA 1IG9A 2HHWA 1BI4A 1JKHA 3ISNC 1S5JA 4O0JA 4DQPA 4TSXA 1ZBIA 1ZBUA 3ZSOA 3L2VA 3QEWA 2O4IA 3V6DA 4JRPA 2KQ2A 3OS0A 3JSMA 3OYAA 4KB0A 1YT3A 3KD1E 4E7KA 1IH7A 3KTQA 1CXQA 4CF0A 4E19A 4BDZA 1RT7A 1NK9A 4OKKA 2G8KA 5FDLA 4F4KA 3VA0A 4ELVA 1EETA 1UA0A 2LSNA 1NJYA 4B3OA 4IG3A 3OYLA 1HPZA 1VK0A 1KSPA 1BHLA 4I7FA 3NHGA 4KTQA 3KLGA 3SUNA 3QEVA 4CF8A 3O3HA 1B92A 1RILA 4PA1A 1WSFA 3U6FA 1EX4A 3QLHA 1EXQA 2YV0X 2GV9A 4FXDA 3PX4A 2XY8A 4DTMA 4OKJA 2OPQA 1NK7A 3MECA 5CZ1A 1N5YA 4DSEA 2QKKA 3AVMA 3AV9A 4CJWA 3EY1A 3LPUA 4AHUA 1RBUA 2WOMA 3KKRA 3OY9A 4F2RA 1HMVA 3V9ZA 3K5NA 4B08A 2HNZA 3OYIA 3LAKA 2ETJA 2EHGA 2O4GA 4KV8A 3OS2A 3AVGA 3ASMA 3U3GA 3OYCA 2QKBA 4FLYA 4H8KA 4DQIA 5DK5A 1JLBA 3SQ4A 1G15A 1RBSA 4RW6A 3KK1A 1X9WA 4FZYA 4KTWA 4F3TA 1QHTA 5HRSA 1BIUA 3TAEA 2P5OA 4KREA 4OPJA 4FJJA 1RBVA 1RT4A 3AO5A 3WNGA 3CQ8A 3LZIA 2DTUA 4Y1CA 1REVA 3O4NA 4M41A 4JS4A 1TL3A 3SV4A 4KI6A 5FRNA 1N6QA 3OYMA 1U04A 1BL3A 3AVNA 3LP2A 1W0HA 3MEDA 3P1GA 2FC0A 4ID5A 2IOCA 1X1PA 3VQPA 4N56A 5EU7A 3OYNA 2Z1JA 3T3FA 2OPSA 5J2QA 4CHQA 3QNNA 1BQMA 3SPZA 3AA4A 4RG8A 5C24A 1BIZA 1RBRA 1YTUA 3PUFA 4CGJA 4PUOA 3AO3A 4CFAA 1TK8A 1X9SA 1FKPA 3VQBA 2G8WA 2BE2A 2VWJA 3SZ2A 2OPRA 3OYEA 4DQRA 1NOZA 2X6SA 1TV6A 4CJLA 3MAQA 1C0UA 3AO2A 4CEDA 4KO0A 1TAUA 4FW2A 4O4GA 4B9UA 4FJXA 3VQ4A 3CM5A 5CYQA 3C95A 1KVBA 4CJVA 1L3VA 4FW1A 3M8PA 1VSKA 2I5JA 3HP6A 4FLUA 4DG1A 3VA3A 4KHWA 4M3RA 2KZMA 3T19A 1SUQA 3AVJA 2B4JA 4DSJA 1KLMA 3EYZA 3LDSA 3TAQA 2OPPA 3HT3A 3TABA 2DFHA 2E4LA 3RR7A 1L3SA 1NK6A 2PY5A 3V1RA 2JLEA 1L5UA 4FJMA 1LWFA 1XHXA 1S9GA 5FROA 3K59A 4BE2A 4DTRA 4EZ6A 4FLTA 2YNIA 4CIGA 4KHYA 2E6MA 4Z0UA 3OJUA 1TKDA 1T05A 1CZ9A 1VSEA 1HJRA 1SKRA 1RCHA 4PWDA 1XI1A 1D8YA 1QS4A 3DRSA 4CGIA 1QE1A 1J53A 5D3GA 1J9AA 3NE6A 1D9DA 3OYHA 4IFYA 1NJXA 4CGFA 3SJJA 1ZYQA 4OKEA 4R5PA 3I8DA 1HQEA 5HRRA 4QCLA 5FRMA 1QSYA 3CG7A 1CLQA 1TK5A 2FBVA 2OZMA 3HXMA 4AHRA 4CEBA 3KLHA 4FK2A 1JL1A 1A5XA 5HP1A 4W5OA 1T8EA 3ZT2A 4DS5A 3PY8A 3TR8A 1HYZA 1TKZA 3QERA 4Y1DA 4ELTA 4KB1A 2HHXA 4MFBA 3E01A 4AHCA 2OYQA 4B9TA 2Z1IA 3DMJA 4DWIA 3OS1A 1WN7A 5KGWA 3ZCMA 4CEQA 3O4QA 4W5NA 2IDOA 3AVLA 4B9LA 4KHSA 2Z1HA 3S9HA 1D9FA 3AVFA 4GMJB 2G8HA 4DTOA 1ITGA 3DLHA 1ASUA 4IFVA 4FJ5A 3LWMA 3LP0A 4CJEA 2Z1GA 4IKFA 3C6UA 4CF9A 2HHQA 4KPYA 3LALA 3OYGA 2HVIA 4CEOA 2XRIA 1HNIA 4WE1A 4CCHA 2KFNA 3AO4A 4H4MA 3SV3A 3DLRA 2W42A 4AHSA 1FKOA 3V9UA 4CFDA 1BCMA 4KKOA 3SQ1A 4L8RB 2KFZA 5DMRA 3B6OA 5KRTA 4KRFA 1WSIA 3LP1A 5J2MA 1SL0A 4HUGA 2BGGA 3WNEA 3RMAA 4FCYA 1RTJA 2IS3A 3M8QA 4RW4A 1S1VA 2ITGA 3NF6A 4YFUA 3V81A 1LW0A 3HM9A 2XY7A 5HBMA 3U3YA 4Z4IA 2QK9A 3QO9A 3VQDA 1S1WA 4I2QA 4HTUA 2HNDA 3LANA 4CHYA 1NJZA 1KVAA 4AH9A 4F3OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AA5X 4A5BA 4BVOA 1GOCA 5BRHA 4M63C 4HVJA 3TARA 1Q9XA 5JS1A 1B9FA 4X62K 3K5MA 3EE8A 4K43A 1N33K 2V7ZA 3CYMA 2XHBA 4CW7B 4CEEA 1OH6A 4BY9C 4OJRA 2HW3A 1MA9B 4DTSA 1Q8IA 1HUXA 2RF2A 4E89A 3RMBA 2O8EA 4I6MA 5KI6A 1QHAA 3VPZA 3H46O 3C6AA 1K8KB 3L8BA 4WQ4A 3THWA 3NVMA 4E1MA 1IBKK 1VSDA 3ZT4A 3CC4N 3BEXA 4O44A 3L6QA 4E7IA 4JKDA 2YJEA 4FWOA 1RDDA 3ZT0A 5AQIA 2OANA 4BDYA 2KZZA 1WB9A 3EKSA 2D4WA 4C1NI 3SPYA 2FBYA 1WSJA 3ZSZA 4M3ZA 2DY4A 4OGEA 5HRNA 4OGCA 3VGKA 1RDBA 4FO0A 4GNIA 3H1VX 3CCMN 2RE2A 3I0RA 4YNQA 3F9MA 3LDQA 4O0IA 1ATRA 3HYFA 4E1NA 4BACA 3LPTA 1EO1A 3VENA 4CZJA 3FFKB 5GIPA 4BC2A 4QS9A 1L3TA 1ATNA 5AQVA 1RBTA 3LL3A 4DMNA 3NGZA 5I3UA 1VQON 5I9EB 4RW7A 3CERA 4JI1K 2I7NA 4JEPA 3L2RA 4GV9A 2Y1IA 1T6CA 1JLCA 2P9IA 3K58A 3VQ8A 1E4FT 4QAGA 3H3OB 1SL1A 3ZX2A 5JS2A 3CCQN 4HCBA 1Y64A 1NGGA 3ZX3A 3FZKA 1HYSA 5AFUA 4JKGA 1UOCA 2YHAA 5C25A 4IG0A 4LD0A 1EQYA 3SLCA 3K0SA 3D6RA 4PKGA 1QSSA 4K42A 3E9PA 1LAVA 4KI4A 2VG5A 2CGKA 1OVQA 2ZJRL 1K8AO 3IRXA 4LSLA 4IZ9A 4B1UB 4FWNA 4CK2A 1VAZA 2EX3A 2HF3A 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4NYNA 4KAZA 1NGAA 4AM7A 5AQUA 1BQNA 4BWMA 1WNSA 3SBTA 3HBTA 2UUAK 3K5LA 3QESA 4V19S 4PQUA 4O55A 1A5VA 3Q7CA 2BH1A 4JV5K 4G9ZA 3E9OA 5EXWA 1S1TA 5LJWA 3V9WA 4CJ4A 2ZM6K 1YI2N 1DTTA 4ZTJA 4J2AA 3C7NA 3OTOK 4L3QA 1RTIA 3V9SA 3ENHA 1Q86O 1NK5A 1O1WA 3E66A 4CGDA 3MN5A 3F73A 1BA1A 3ISNC 4DQPA 3P31A 4YDUC 3QEWA 3V6DA 1C0GA 3SJHA 4JKEA 3OYAA 3KD1E 1D4XA 1RFQA 1CXQA 4E19A 4YOUA 1U2VA 2G8KA 4LFCK 1EETA 2LSNA 3ZYYX 5LY3A 2FSKA 3SUNA 3CJBA 4OPAA 3MN6A 2GV9A 2XY8A 2E1ZA 3D2FA 3ATUA 1N5YA 2QKKA 3AVMA 4CJWA 3LPUA 1RBUA 3KKRA 3OY9A 2ZF5O 1HMVA 1VQ6N 3K5NA 3SAHA 2EHGA 3KZBA 2QKBA 4DR7K 4BRFA 4FLYA 4GVEA 3QDKA 4DQIA 2IVOA 1RBSA 1HNZK 3KVGA 3CCLN 3TAEA 2P5OA 4FJJA 1P90A 1RBVA 5AQRA 4Y1CA 1REVA 3O4NA 4BRMA 1TL3A 3SV4A 4KI6A 1DEJA 1N6QA 3THXA 4ID5A 2HMPA 4N56A 4DSLA 2IOCA 1X1PA 3T3FA 1NNEA 3SPZA 3AA4A 3TSQA 1BIZA 1RBRA 3LM2A 5AQYA 1TK8A 3EKUA 3FE1A 2G8WA 3SZ2A 3MAQA 2QA4N 4KO0A 4FW2A 4O4GA 3C95A 1XMOK 1L3VA 3M8PA 3HP6A 4DG1A 4XH5A 4FWRA 4JKFA 3BY5A 2PAVA 2QTDA 2E8AA 5B8HA 3TAQA 3RR7A 2JLEA 2UUBK 1LWFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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