2G8WA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with ca2+ and rna/dna hybrid
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
KEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8wA00
1BGXT 4RW8A 5C24A 4FLZA 3THVA 4CJEA 2Q3SA 3QESA 3RMDA 2R7YA 4CGIA 1L5UA 4B9MA 3C94A 3DOKA 1JLBA 2EHGA 3NF6A 4CHPA 3QERA 1K6YA 4DFKA 2WONA 1RTHA 3L3UA 2QKBA 2VG7A 5KTQA 4OKKA 3OYKA 5J2MA 1O1WA 1S1VA 2HB5A 3SV4A 4DTOA 3TAPA 1NKCA 4M3YA 4OKEA 1VSLA 3CM5A 3NF8A 1EX4A 1GOBA 2VG6A 4W5QA 3MEGA 1UAXA 1TK0A 3LAMA 1RBSA 1J9AA 2IAJA 3LDSA 2HMIA 1RDBA 4I9QA 2D0AA 4HHTA 4C8NA 3HP6A 4NYNA 3K58A 3E01A 4B9LA 4N47A 4F3TA 4DG1A 4RW7A 1BL3A 3VN5A 3HK2A 3HPGA 4Z4CA 1WSJA 3L8BA 2KFNA 4ZHRA 3KK3A 2RPIA 3JYTA 1U49A 4GVMA 4FLWA 1NJXA 4IG3A 4F2RA 4HCCA 3NBPA 2IDOA 1RILA 3V9WA 4FJ8A 4CHZA 3AVFA 2ETJA 2Y1IA 2FC0A 1ZBFA 4DWIA 2RN2A 3LANA 4M3RA 4ZTFA 3KLHA 4MQ3A 4HUGA 3KK2A 1JXEA 4Y1CA 2HHWA 4HVJA 1RT3A 4CESA 3TR8A 2F8SA 1IKVA 3SPZA 2OPPA 1NJYA 1RT7A 1QE1A 1DTTA 1L3TA 1TKTA 4CHOA 1LV5A 4NCBA 4DU1A 4KI6A 2Z1GA 4FW2A 3SI6A 4E0DA 3DRPA 3V9UA 2JGUA 5SWMA 1I3AA 3SV3A 1BHLA 3DMJA 3I0SA 5CZ2A 4R5PA 4FJHA 2HVHA 2HHXA 1QS4A 1T7PA 3KIOA 3ZT4A 2X6NA 4ELUA 1ZBIA 3KLGA 3ZT0A 5CYQA 4CGFA 3SUQA 3ALYA 3OJSA 1CXUA 1U04A 3ZT3A 2FBYA 4FJMA 1D5AA 1VSIA 1VSDA 3V81A 3BDPA 4E7LA 2OPRA 2DFEA 4EP5A 2OA8A 1VRTA 4LSNA 2G8VA 3KJVA 4E7JA 3HVRA 4DTPA 1C0MA 3MAQA 4CIFA 4HCBA 3NDKA 1UOCA 1TAUA 3QEWA 1QSYA 1CXQA 2G8UA 3CFRA 1WN7A 3IS9A 2E6LA 3P5JA 4B8AB 4B8CA 1RDDA 1KLMA 4E1MA 1HQUA 4CHYA 1MU2A 1L3UA 2HNDA 3VQ6A 1NK7A 4FW1A 5I3UA 3PO4A 2WOMA 3AO1A 3ZSRA 4CK3A 5SZTA 1FKPA 2I5JA 4DTSA 4DLGA 3F73A 4IFYA 1NK9A 3TWHA 3ZT1A 4C8OA 3QNOA 1X1PA 1JLEA 3C95A 4B9SA 3L2UA 4CJ3A 5HP1A 4KREA 1RT1A 1RBRA 4OVLA 4KPYA 3SCXA 2B6AA 1RT5A 4RW9A 4BACA 2DTUA 2AJQA 1LAWA 4BDZA 3OVNA 1XWLA 2HHQA 1GOAA 3QINA 1I39A 3ASMA 3KK1A 4H4OA 4Q5VA 2G8KA 4ELTA 4FK2A 4CK1A 1VSJA 4E7HA 4FJLA 4FLYA 1JLAA 3HSTB 1HRHA 4FM1A 3LP0A 2YHBA 1TL1A 1G15A 4DSIA 1HQEA 3SUNA 3NHGA 3TABA 4B3OA 4Z4FA 3VQ7A 3K5MA 4NCGA 4N76A 4DF8A 2YNFA 1TV6A 1FXXA 3P1GA 1QSLA 4KB0A 2QKKA 5HROA 2D5RA 3DM2A 4O5BA 4CGJA 3LZIA 2KZZA 4H4MA 1BCMA 2OPSA 1J54A 3CFOA 3NF9A 1NOYA 1Z26A 2RF2A 3T19A 3IAYA 1TK5A 4GW6A 1Q9XA 2GV9A 4LSLA 3ZSXA 1FKOA 3SUOA 4O0JA 1RBUA 1NJWA 3HPOA 1TKZA 5KRTA 3MEEA 4CJLA 2BE2A 4M41A 4NCAA 4CFBA 3QETA 4IG0A 4CJQA 1VRUA 4PA1A 4FZYA 1A5WA 1S6QA 3AV9A 3AVKA 3TAEA 1ZYQA 1D9FA 4DS5A 1KVAA 4I2PA 2O4GA 5EU7A 4UQGA 4M3WA 3V9SA 2DY4A 2A1SA 1KVCA 4G1QA 4ZTJA 3OYHA 3RRHA 1SKWA 1IG9A 1YT3A 4LD0A 1SUQA 4CEOA 4Z4EA 4RW4A 1WSGA 1RBTA 4W5OA 3V1OA 4KO0A 3DLKA 3ULDA 2P5GA 1TL3A 2IOCA 3AO4A 2GUIA 4OGEA 4KRFA 1S1UA 4QOZB 5KGWA 3AVMA 4DFJA 4FJKA 3HO1A 3AVBA 4AHCA 1QTMA 3IRXA 1B9FA 1BIUA 3SQ1A 2HHVA 3KKRA 3VQ9A 1KFDA 5C42A 4OJRA 3G10A 1C0TA 1SL1A 1JXBA 2IGIA 1T05A 2YNGA 4EP4A 4CIEA 3NF7A 1IKYA 1SL2A 1JLQA 3PV8A 4MFBA 1BI4B 4B08A 4FVMA 3L2VA 4CJPA 4OPKA 4E7KA 4DTNA 1IH7A 1QSSA 1RBVA 4DSEA 3FFIA 1KRPA 3QLHA 3CYMA 3KD1E 3V9XA 3K5OA 1JL2A 3DLBA 1X9SA 2YV0X 3B6OA 1YVUA 4CF1A 2HVIA 3CFPA 4CGHA 2KZMA 1KCFA 2YKNA 3VQ5A 3K5NA 3AA2A 2D0CA 1RT6A 4DFMA 4JS5A 3AA4A 3LP1A 4O4GA 4KHQA 3OYEA 3MXJA 3IG1A 3QIPA 3SYZA 1HMVA 4C8LA 4PUOA 5FRNA 1ASUA 2YNIA 1ZBUA 2ZE2A 1LWCA 2Z1JA 3AVGA 4N56A 4DQIA 3VQAA 1DTQA 3OYAA 4FJ5A 3BGRA 4ID5A 4BWJA 3OYMA 3OYIA 4CEDA 1HNVA 5T7BA 1NK6A 1EXQA 1VSKA 3NE6A 1DLOA 4KTWA 4I2QA 3ZSVA 4Q0BA 3QEIA 4Z4HA 2P51A 5J1EA 4LY7A 3PY8A 4FJXA 5D3GA 4FJ7A 1T03A 3LP3A 1GOCA 1RT2A 3AVHA 4Z0UA 4JRQA 3U3YA 3RMBA 1CZ9A 4DSKA 1TK8A 3NH0A 3SZ2A 3ZSQA 5DK5A 3AO5A 1U47A 3AVLA 4DS4A 1RTDA 3D0PA 3VQ4A 4AHRA 4O0IA 1HJRA 5HLFA 4IKFA 3LPUA 4DU3A 1C1BA 2VG5A 4BDPA 3UIQA 3WNHA 5KI6A 3ZSYA 4E19A 2G8FA 2XY5A 2KFZA 1D9DA 1B92A 4B9NA 3MXMA 3OYJA 1HYSA 4F2SA 4DTJA 1BQMA 3DLEA 3TAMA 4QCLA 3LWMA 3DOLA 4OKJA 3AO2A 2P5OA 1KLNA 4BDYA 4KFBA 3NGIA 1BCOA 1BIZA 1J5OA 4DU4A 1TAQA 3WNFA 1S6PA 3OYFA 3EZ5A 5JS2A 4DSFA 1D8YA 2XRIA 1ASVA 1T8EA 4CF2A 1LW2A 3M8QA 4FCYA 3QNNA 1EP4A 4AILC 3RMAA 3RR7A 4CGGA 3S3NA 4AHUA 4FLXA 5HRPA 4W5RA 1LWFA 1WAFA 1N6QA 3OS2A 5J2PA 3U6FA 3T3FA 3RR8A 2D0BA 3VA0A 3NGYA 4IFVA 1S9GA 1KVBA 1VSEA 2VWJA 4DFPA 3V1RA 1NK5A 4B9UA 4W5NA 1S9EA 1WSEA 4KV8A 4AHSA 3LAKA 2KTQA 3HM9A 3L2RA 2GBZA 4FJJA 2QK9A 1WLJA 3V6DA 1R0AA 5CY4A 4JS4A 2E6MA 1WSIA 4QAGA 4DQQA 3V9ZA 3TARA 1W0HA 1S1XA 2Z1HA 3RTVA 2HNYA 1RTIA 3C6TA 4CJKA 4CJTA 3OYDA 2ATQA 3AVNA 3LWLA 1BI4A 3CQ8A 4YNQA 3SNNA 3S9HA 1NKEA 3PUFA 2QXFA 3F9KA 1RDCA 1CLQA 1JLCA 4CEBA 2XY7A 3SQ0A 1NK8A 1RT4A 4J2AA 1JLFA 1SV5A 2VWKA 4C8MA 4B9VA 4CECA 3HL8A 1W9HA 2XHBA 4LH5A 1VK0A 2E4LA 3OYNA 3LZJA 3VA3A 4IDKA 4BWMA 4FLTA 1UWBA 1RDAA 3SJJA 2XY8A 3K57A 1NKBA 4KHSA 2HHUA 3ZSWA 2B4JA 4CEFA 4I9LA 1HNIA 2G8IA 1A5XA 3KLIA 2DFHA 3KD5E 1C1CA 1NJZA 1XI1A 5KRSA 4DQPA 1IKXA 4AHTA 5I42A 3QO9A 4B9TA 1J53A 4O55A 4CIGA 1NK0A 2PZSA 3CM6A 4CFCA 1RTJA 3RMCA 1C0UA 3SPYA 4CFAA 2ITGA 4GMJB 5K14A 3NGZA 3L3VA 4HUFA 1TKDA 4FJIA 5DMRA 4DTRA 1FK9A 2HHSA 4RG8A 5E41A 4DSJA 4E89A 3O3HA 4M3UA 4KTQA 4DF4A 2XY6A 4CCHA 1XC9A 2G8WA 3D45A 4DSLA 3SQ4A 4CJ4A 1N5YA 4F3OA 4M45A 1U4BA 1LW0A 4IBNA 1ZBHA 3I8DA 4ICLA 4FZXC 3MXIA 3O3GA 3SQ2A 5HRRA 5FROA 4I7FA 4KTZA 3AVCA 4O44A 3HXMA 3K59A 3PX6A 1ASWA 3NFAA 3OY9A 3SUPA 1Q9YA 4F8RA 3TAGA 4FK4A 2IC3A 3ZSOA 2X74A 4Z4IA 2BANA 1S1TA 3M8SA 1CZBA 3A2FA 3H08A 4W5TA 4CJ5A 1YTUA 3OS1A 1REVA 3S3MA 1LAVA 4PY5A 1Z25A 1QQCA 2NUBA 2KW4A 2X6SA 5CYMA 3KLEA 3K2PA 2OZMA 4CF0A 4K8XA 4C8KA 4M3TA 4FXDA 3C6UA 1X9WA 5KGXA 1WNSA 4CEAA 3VQ8A 4PQUA 4FM0A 3AVJA 1S1WA 4CJWA 4FJNA 3AA5X 3AVAA 3ZSZA 3NAEA 5FDLA 3P83D 4CF8A 2RKIA 3TANA 4OPJA 3I0RA 1KTQA 3QIOA 3L2QA 3TAQA 4KB1A 4CJFA 1WAJA 3AA3A 4DQRA 1XHXA 2Y1JA 2PY5A 2OZSA 1ITGA 1Y97A 4CK2A 4CF9A 2JLEA 4CJVA 3T1AA 2BDPA 4CE9A 4CHQA 2FBVA 3M8PA 3DLHA 2ZD1A 4EZ6A 2Z1IA 1L3SA 3LP2A 4CFDA 1TGOA 3QEXA 2BGGA 2W42A 2HNZA 3U3GA 4HTUA 2O4IA 4FLVA 1JLGA 3RWUA 2ZQBA 2DFFA 1JL1A 3LPTA 4LH4A 3DI6A 1U45A 3PO5A 3LALA 3KLFA 3V4IA 2HHTA 4DQSA 4FZZA 4M42A 1UA0A 3VQPA 1RCHA 4KKOA 2F96A 1UA1A 4TSXA 3O4QA 4ELVA 2YHAA 4OLBA 3DRSA 3O4NA 3HPHA 1YTAA 2B5JA 2G8HA 1F21A 3NH1A 4DMNA 3TAFA 4CGDA 3VQBA 3HVTA 4NYFA 3OYBA 1KSPA 1WSHA 3NH2A 2X78A 3G0ZA 4F4KA 3AVIA 4EZ9A 3TI0A 3QEPA 4KI4A 3KTQA 1WSFA 1NOZA 3ZCMA 4JLHA 4AH9A 4CJSA 3KKSA 4FM2A 4FJGA 2YNHA 4CHNA 3JSMA 4FYDA 4WE1A 4N41A 2KQ2A 3MECA 4JRPA 2F8TA 4KHYA 2PYLA 1IO2A 1VSFA 3DYAA 3V1QA 3OJUA 4FLUA 3DRRA 1NK4A 3OS0A 1EKEA 3ZT2A 4BE1A 2OYQA 4N5SA 1KFSA 4J2EA 2IS3A 4CEQA 3O3FA 4DTUA 1ZBLA 4DTMA 3HP9A 1JKHA 5CZ1A 4XIUA 1HPZA 4E1NA 1HYZA 5J2QA 4KHNA 4PWDA 1C6VA 1EETA 1C1AA 1QHTA 3HYFA 4DLEA 3QEVA 3B6PA 5HBMA 4KHUA 1VSHA 2YKMA 3OYLA 4M3ZA 3EYZA 4ID1A 3OYCA 4CEZA 2OPQA 1B9DA 1RNHA 4J2DA 4FJ9A 1XHZA 1SL0A 3VQQA 1TKXA 4BE0A 2PYJA 2P1JA 4BE2A 3OYGA 3AO3A 4AHVA 3M8RA 4Z4GA 3CG7A 4CERA 1BISA 4KHWA 4HUEA 2EX3A 1SKRA 4CJUA 4KAZA 3NCIA 1S5JA 1VSMA 3WNEA 4CJRA 3S3OA 3ISNC 5C25A 2XO7A 4M3XA 2FBTA 5HRSA 3PX0A 4K8ZA 2FBXA 4E3SA 1SKSA 1U48A 4Y1DA 3PX4A 4OLAA 3VQEA 1L3VA 2LSNA 4H8KA 1IKWA 4FK0A 3DLGA 1LWEA 5HRNA 4RW6A 5JS1A 1A5VA 3HT3A 2HW3A 3ITHA 3DLRA 1X9MA 4CEEA 3K5LA 4J2BA 1HYVA 2A1RA 3RRGA 3VQCA 5FRMA 4L8RB 1Q8IA 3MEDA 3WNGA 3EY1A 4YFUA 5J2NA 1BQNA 4OGCA 3HJFA 1TVRA 3VQDA 3L2WA 4E7IA 4DTXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BGXT 4LFCK 3THVA 3CQXA 5AQFA 4CGIA 1L5UA 1IBLK 3C94A 4IJAA 1JLBA 3CJ1A 5DM7L 3VETA 2VG7A 4M3YA 1NKCA 4OKEA 1VSLA 3CM5A 3THXA 1YHQN 5BR8K 2E20A 3LDLA 2VG6A 2KLAA 2HOEA 1UAXA 3LDSA 3VGKA 5F0XA 1VQ6N 2AP1A 2PBDA 4Z94A 1NGAA 3CCVN 4B9LA 4F3TA 4DG1A 2WTUA 1WSJA 3UKUB 3O4WA 5AZJB 4FLWA 2IDOA 4FJ8A 3SAHA 2FC0A 1ZBFA 1GLLO 3EKSA 3LANA 3KLHA 2P9NB 3C6HA 3P31A 1RT3A 3TR8A 2OPPA 4BR7A 1NJYA 1DTTA 1FJGK 3ATVA 1LV5A 4DU1A 3CCEN 2HF4A 1NGCA 2E1YA 2Z1GA 4FW2A 3SI6A 4FJHA 1I3AA 3SV3A 2HHXA 3DMJA 2E88A 1NBWA 4ILGB 5CYQA 3O9TA 3A0IX 2QEXN 1D5AA 5GAGP 4WQ4A 4LSNA 2G8VA 4DB3A 3HVRA 3R8EA 1C0MA 4CIFA 1UOCA 3SMSA 3CFRA 2E6LA 2Q0RA 4CHYA 1L3UA 4A59A 1MU2A 5JLFA 3PO4A 4FW1A 5I3UA 2IIRA 4JKFA 3AO1A 3ZSRA 4CK3A 2I5JA 4DTSA 1XNQK 3F73A 3TWHA 3ZT1A 3ID8A 3C95A 5AQNA 4B9SA 1RT1A 1RBRA 3AY9A 3EO3A 4BACA 2VQFK 4I6MA 5ADXA 4CK1A 4FJLA 4FLYA 5AQRA 1J6ZA 4X64K 5A2QO 4BR0A 1SQKA 1G15A 1JJ2M 4B3OA 3NHGA 4Z4FA 3O9QA 4NCGA 1VQLN 2YNFA 1FXXA 4FO0A 1QSLA 1NGFA 4JKCA 5HROA 3VEXA 3CFOA 3NF9A 3T19A 2GV9A 3J7ZO 1FKOA 1RBUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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