2G8WA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with ca2+ and rna/dna hybrid
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
KEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8wA00
2YKMA 3DLEA 1NK6A 3KLIA 1KRPA 5HRRA 1T8EA 5CY4A 1SV5A 3QESA 3IAYA 1HNVA 3OS2A 1JLQA 2KQ2A 4HTUA 3MEDA 2HB5A 4B3OA 3TAQA 4H8KA 4E7IA 4Z4CA 3V9XA 3CFRA 1QQCA 3AA5X 3KK1A 5KGWA 1ZBIA 2ZQBA 5J2MA 1NJWA 4RW8A 2PYLA 3KTQA 1NK7A 4E1MA 3L2WA 3OS0A 4CESA 2G8KA 3PUFA 3SUNA 3SQ1A 1W9HA 3OYAA 4KI6A 1GOCA 4ELTA 4F8RA 1RBRA 4DSEA 2HVHA 3NFAA 1CXUA 3AVFA 4E7LA 1VSHA 2OPQA 3T19A 4IG3A 1KVBA 3AO1A 1X1PA 2Y1JA 3O3HA 3AVLA 3SI6A 4J2EA 4DSJA 4N47A 3OJUA 1KFSA 3S9HA 4ZTJA 4KREA 3U3GA 1SKRA 1GOAA 4PWDA 3C95A 2XRIA 1UA1A 3ZT4A 3OYBA 1U45A 3QEIA 4CHZA 4DSIA 4OVLA 2G8IA 3AO2A 3HXMA 2P51A 1KVAA 1REVA 4W5TA 4DSFA 4O44A 4KB0A 4KRFA 4KHNA 1CLQA 3OYHA 2G8WA 1C0UA 3K58A 1TKZA 3VQQA 3LWLA 3SPYA 1VSDA 1DTQA 3MEGA 4EP5A 3KLFA 2W42A 2HHUA 1T7PA 1RT3A 4M3YA 4NCGA 1IKXA 1C0MA 1D8YA 3ZSYA 4H4MA 4AHCA 4FJ8A 4K8XA 4ICLA 4I9QA 4DQIA 3QINA 4I2PA 1RBTA 4CFCA 4XIUA 4QAGA 5KRSA 2HMIA 4CIGA 3QERA 4KTWA 2HHVA 3LPUA 4FLXA 4FJMA 1RT4A 4B8AB 4UQGA 3AVNA 3ZSRA 4NYFA 2I5JA 4B08A 1IO2A 2P5OA 1SL0A 1XWLA 3OYJA 4HUEA 5D3GA 4IDKA 4YFUA 4FK0A 1LWEA 1A5XA 4HUGA 1BIZA 5HRNA 3TABA 2IGIA 1HPZA 5CYMA 4CJ5A 1CZBA 3KK2A 1YTAA 4CHOA 3K5NA 1WAJA 1U49A 3CM6A 4GW6A 4CJUA 2HHSA 1WSFA 4BE0A 3JSMA 3QLHA 3K5LA 1R0AA 1WSJA 1KSPA 1U04A 2VG5A 4DFKA 3SV4A 1KLMA 2O4IA 1QS4A 3V9WA 1BI4A 1HNIA 3PO5A 4CF1A 4K8ZA 4CJVA 2DFHA 3SUQA 4B9LA 4FZZA 3V9SA 3QETA 4M3UA 3HVTA 4E1NA 1WSEA 1Q9YA 2OA8A 1IG9A 3WNGA 1BQMA 2ZE2A 4C8MA 1C1CA 4LY7A 3L2QA 1T05A 4CFAA 2G8UA 3S3OA 4I7FA 3KD1E 1LWCA 2JGUA 4OKJA 5C24A 5SZTA 1LAWA 4CERA 3OYFA 4FJLA 4KPYA 1C1AA 1Q8IA 1NK9A 2X78A 2KTQA 1A5VA 4JLHA 4NYNA 1K6YA 3NHGA 4C8LA 2F8SA 2B4JA 3K2PA 5C25A 1JXBA 3PX0A 4DTSA 3TANA 1NJYA 3HK2A 2DTUA 4FJ9A 4M3WA 1RDBA 1ZBHA 4CHNA 4HCCA 4CHPA 4CJPA 3ITHA 1L3UA 1D9FA 4E0DA 1BI4B 4DF8A 3TI0A 3U6FA 3SV3A 1FKOA 4DFJA 4EP4A 4FJ5A 4AH9A 4CEDA 1VSEA 3AVBA 1B92A 3NDKA 2Y1IA 4WE1A 2OPSA 1O1WA 5CYQA 1UWBA 4FLVA 1S1UA 4MFBA 3M8RA 1UA0A 3RWUA 2VWJA 1VSIA 3IG1A 1JLAA 1N6QA 3TR8A 3VQPA 3PV8A 2IS3A 1S6PA 2X6NA 3AVGA 3HM9A 4DTNA 2JLEA 2KZZA 4DMNA 2G8FA 2DY4A 1BISA 2GBZA 4H4OA 3OYCA 4Z4FA 4W5OA 5HROA 3VQ9A 4PA1A 3EZ5A 2HVIA 2KZMA 4CGIA 1BQNA 1VSFA 3DM2A 1F21A 3O3FA 1NOYA 4J2BA 5FRNA 1HYVA 1C6VA 1Z26A 4PUOA 4CFDA 4FCYA 5DMRA 3ZSQA 3OYMA 4FLZA 2D0AA 3VQ4A 3L2RA 4CEFA 3OYNA 4Z4HA 4OGCA 2YNGA 3VQBA 2AJQA 2IC3A 4CGDA 3V4IA 3DLGA 4DTPA 4HVJA 4ZHRA 2XY7A 3D0PA 2YNIA 4DTMA 4M3TA 4KHWA 2D0BA 4AHVA 4I9LA 1D5AA 4ELVA 3TAPA 4J2DA 1BIUA 3VQ8A 4IBNA 4HHTA 4FJ7A 3NGIA 3I0SA 1QE1A 2ZD1A 3AA3A 1WN7A 4CGFA 4F4KA 4CK1A 2X6SA 3LDSA 3IS9A 4FK2A 1FXXA 1NKEA 4DU1A 3LP3A 4CIEA 3DLHA 1RILA 2YV0X 3VQAA 3THVA 3G10A 3K59A 1QSLA 4CGGA 4TSXA 3SUOA 4FJKA 2Q3SA 4CECA 3AVKA 4CJTA 4BWJA 1TK5A 3ALYA 4CFBA 4B9TA 4OLBA 4ID1A 3LZIA 1Q9XA 4KHYA 4AHSA 4O4GA 3OYEA 1SUQA 3RR7A 5JS1A 1L3SA 1RTDA 2EHGA 3CYMA 1ZBFA 3MAQA 1SKSA 1BCMA 4FVMA 4DF4A 4AHRA 1EP4A 2XHBA 1L3VA 4NCBA 4DQRA 5DK5A 4M3RA 3ZSXA 1JLCA 1TK8A 3WNHA 3NGZA 2YNHA 4C8KA 2GV9A 1RBSA 1D9DA 3CFOA 4B9SA 3QNNA 3QEXA 4FYDA 4CJKA 3VQDA 3S3NA 4ELUA 4IG0A 3ULDA 1S1XA 1L5UA 3V1RA 1JLGA 2QXFA 4CF9A 4DQSA 4FW2A 3V1OA 1LV5A 1KLNA 4FJXA 4KI4A 3L8BA 3HYFA 4AHTA 2LSNA 1WAFA 2HW3A 3QEVA 2GUIA 3RTVA 1L3TA 2P5GA 1S1TA 2RN2A 3ZSWA 1S9GA 3E01A 2Z1IA 3CM5A 4E7KA 3MEEA 5EU7A 4DU3A 4FZYA 4DLGA 2DFFA 3TAGA 3C94A 2RF2A 2BDPA 3UIQA 5HP1A 1TKXA 4CEZA 3NF7A 1C1BA 1DLOA 3RRHA 3SUPA 4B8CA 1YT3A 5KTQA 3DMJA 3C6UA 5CZ2A 1WSGA 4CEAA 3PX6A 3F73A 4DSKA 1RTJA 4FJGA 3ASMA 4BWMA 3RMBA 4B9VA 4FZXC 4CJEA 3EYZA 1X9SA 2E6LA 5FRMA 1TL1A 2XO7A 3DOLA 4Y1DA 4N41A 4YNQA 4N76A 4CHYA 1JL1A 3C6TA 3CQ8A 1RTHA 4CF2A 3NF9A 4R5PA 4DLEA 1QSYA 3AO4A 5SWMA 5J2QA 2XY6A 1EETA 2WOMA 4Z4EA 4KKOA 2R7YA 1VRTA 1J54A 2E4LA 3AO3A 4LSLA 2P1JA 3MECA 2RKIA 3NE6A 1J5OA 5E41A 3NAEA 1YTUA 3NF6A 3DI6A 3WNFA 2ETJA 1B9DA 2OPPA 1RT7A 3MXMA 4RW4A 1KCFA 3V9UA 4RG8A 5I3UA 3SJJA 4Q5VA 3M8SA 3AO5A 3DRPA 3V9ZA 4EZ6A 4KAZA 4Y1CA 4DFPA 4KO0A 1TV6A 1BCOA 5T7BA 4MQ3A 2Z1GA 4DU4A 1WNSA 3KLEA 2QKKA 2PY5A 4F2RA 4BDPA 3P83D 1IH7A 2Z1HA 4E7JA 2YHAA 3QEPA 3S3MA 3D45A 3NBPA 1ZBUA 1S5JA 3VQ5A 4FM2A 1RBVA 2XY8A 3CG7A 1JLFA 4Z4IA 1J9AA 1RT1A 4GMJB 4FJNA 1DTTA 4JS4A 1WSIA 2IDOA 2O4GA 4OKEA 2VG7A 4C8NA 3A2FA 3SQ4A 1JKHA 2OYQA 3SNNA 1NK4A 1IKWA 1MU2A 1N5YA 4CF0A 3TARA 3M8QA 3OJSA 3AA2A 2BANA 3AVHA 1ASWA 2KW4A 1WSHA 3OYLA 1J53A 3ZSOA 1NKCA 2Z1JA 4AILC 1TAUA 3V1QA 3B6OA 4DTOA 2HNYA 4RW6A 4CE9A 3ZT0A 1ASVA 3T1AA 3I8DA 2HNDA 1CXQA 1QTMA 3K5MA 5I42A 3QO9A 4DTXA 3NCIA 2YNFA 1NK0A 4FM1A 1BHLA 5C42A 4DTRA 2NUBA 1XC9A 4KTQA 2F96A 1IKYA 4E3SA 1BL3A 4G1QA 3V6DA 3TWHA 3QIPA 1ASUA 1LAVA 1U48A 1JLEA 3RMDA 2HHTA 1VRUA 3KLHA 1X9MA 4PQUA 1QHTA 3DRSA 1VSJA 1HYZA 4W5QA 4FM0A 4CGJA 4OGEA 1HJRA 2FC0A 2YKNA 4C8OA 4M41A 5KGXA 3ISNC 3SCXA 3AV9A 3QIOA 1TGOA 2ITGA 3L3VA 4CJ4A 3KK3A 4CCHA 4KB1A 4FK4A 3EY1A 1VK0A 4DQQA 4I2QA 3OYDA 4N56A 3LALA 3O4QA 4O0JA 2FBVA 4IFVA 5HRSA 2B5JA 1TKDA 3PO4A 1KVCA 1T03A 2BE2A 5FROA 1VSLA 1I39A 4CF8A 1ZBLA 3I0RA 4L8RB 3OYKA 3VQ7A 3VA0A 4DSLA 1TK0A 3LP2A 3AVAA 5KRTA 4OPKA 4RW9A 3PY8A 3TAMA 3LANA 4NCAA 3RMCA 4CEEA 4M3ZA 3P5JA 3DLRA 4FLUA 3KIOA 3K5OA 5KI6A 3B6PA 3OY9A 4BE2A 1RDAA 1SL2A 4DS5A 4KV8A 2D0CA 4Z4GA 3DYAA 4BACA 4CGHA 3FFIA 1W0HA 5FDLA 5JS2A 2KFNA 4LH5A 1ITGA 1EXQA 3AVMA 3OVNA 4OJRA 4F3OA 1VSMA 1RTIA 1WLJA 3G0ZA 4W5NA 4QCLA 1RDDA 2YHBA 3NF8A 4Q0BA 3P1GA 4DTJA 1HMVA 4EZ9A 4FJHA 3VQEA 3IRXA 4O0IA 2E6MA 4JRQA 1NJZA 2DFEA 1UOCA 3KKSA 3L3UA 3HP6A 1U4BA 1Y97A 3BGRA 2A1SA 1EKEA 1LW0A 1HYSA 4CJSA 2D5RA 3AA4A 1GOBA 4OKKA 5HLFA 1YVUA 1XI1A 2IAJA 3KKRA 2OZSA 4IKFA 3RMAA 3QNOA 3ZSVA 1TVRA 3SYZA 1A5WA 4W5RA 1B9FA 1X9WA 3SQ2A 2B6AA 3HSTB 3MXIA 2PYJA 1HRHA 4OLAA 4E7HA 3HP9A 3U3YA 2EX3A 1RT2A 3NH0A 4E89A 4BDZA 4CJRA 1XHZA 4F3TA 3HL8A 2OPRA 2HHQA 4CEOA 5K14A 3M8PA 4FJJA 4HUFA 2HNZA 4CIFA 4F2SA 2FBTA 1SL1A 5J1EA 1LW2A 3ZT3A 5J2PA 3HPHA 1RBUA 3JYTA 1TKTA 4CJ3A 3KJVA 3L2UA 2BGGA 3LPTA 5CZ1A 4E19A 3WNEA 4CEBA 4BE1A 2QK9A 3MXJA 4CEQA 3ZT2A 4LSNA 3HVRA 3LZJA 4DG1A 2KFZA 1HQEA 4GVMA 4KFBA 4M42A 1EX4A 4M3XA 4FXDA 4FLWA 4B9NA 3AVJA 1Z25A 3CFPA 3O3GA 3TAFA 1NKBA 3KLGA 1IKVA 1RT6A 4AHUA 4DS4A 2F8TA 2FBYA 3NH1A 4J2AA 3TAEA 1NK8A 4FW1A 4KHUA 2VG6A 4IFYA 1KFDA 4Z0UA 1TL3A 5HBMA 4FLTA 1FK9A 4CJWA 3LP1A 3T3FA 5J2NA 4JS5A 1NJXA 3K57A 1LWFA 2OZMA 1I3AA 2G8VA 1VSKA 3OYGA 3LAMA 1ZYQA 4HCBA 4LH4A 3HO1A 2XY5A 4ZTFA 1CZ9A 1JL2A 2QKBA 3RRGA 2WONA 1C0TA 3NGYA 1S1VA 1XHXA 4N5SA 4JRPA 3SPZA 1U47A 3PX4A 4PY5A 3OS1A 1UAXA 4RW7A 4O55A 1TAQA 1S1WA 3V81A 3DOKA 2ATQA 4CJFA 3RR8A 4DWIA 4O5BA 4KHSA 3F9KA 1BGXT 3VQ6A 1G15A 1FKPA 4CK2A 3SZ2A 4DTUA 3AVIA 4CK3A 3DLKA 2PZSA 1NK5A 1JLBA 4FJIA 4DQPA 2A1RA 3VN5A 3SQ0A 3ZT1A 2X74A 3OYIA 5HRPA 4BDYA 3LP0A 3NH2A 3BDPA 3KD5E 1RCHA 1RT5A 3ZCMA 3AVCA 3HJFA 4OPJA 1JXEA 4KTZA 1QSSA 2IOCA 2HHWA 3VQCA 4CHQA 3QEWA 2G8HA 4QOZB 1SKWA 3HPGA 4LD0A 4FLYA 1NOZA 4ID5A 3ZSZA 3HPOA 4DFMA 1KTQA 4CJQA 3O4NA 3HT3A 3LWMA 4CJLA 4B9MA 3L2VA 2HHXA 1S6QA 3DLBA 3LAKA 4B9UA 1RNHA 2VWKA 3VA3A 4KHQA 3DRRA 2RPIA 3H08A 1S9EA 4M45A 2FBXA 1RDCA 1HQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LL3A 4ILGB 3DJCA 3KLIA 1NK6A 5HRRA 4GKJK 2UXCK 4B1WB 3IAYA 1HNVA 4HTUA 4LF5K 4B3OA 3E9OA 4H8KA 1I94K 3TTDA 2AP1A 5E26A 1NLVA 2DPNA 3KTQA 4CESA 5FPEA 2I7NA 1P8ZA 2W41A 4DV6K 4DV2K 4DUZK 2OTLN 4E7LA 1RGIA 4XH5A 3DXKA 4FWKA 4CBUA 1YI2N 4O8KA 3ZETB 4ZTJA 3U3GA 1XQSC 2XRIA 1Q86O 3OYBA 4OVLA 3AO2A 2P51A 1REVA 4W5TA 4O44A 3OBWA 3ZLJA 3OYHA 3K58A 1DTQA 3CI5A 3O80A 4ICLA 3QINA 4I2PA 1RBTA 3A8YA 4CFCA 4XIUA 5KRSA 4CIGA 2HHVA 3LPUA 4B8AB 4UQGA 2QWRA 3AVNA 2I5JA 3WT0A 4B08A 2P5OA 1SL0A 3A5MC 3LDPA 4H0PA 2YHXA 2NRTA 1YUWA 3TABA 4LF8K 1HPZA 2P9LB 2HHQA 4BR5A 1WAJA 3AAPA 1GLFO 4BGAA 4CJUA 5AFUA 2FXUA 4BE0A 3U9ZA 2A5XA 2QTDA 1KLMA 4K8ZA 4CF1A 2ZJPL 1XNQK 4BQZA 4CJVA 1WBDA 5AZIB 3QETA 1IG9A 3WNGA 1BQMA 3QICA 4C8MA 1C1CA 3FFKB 4BRDA 4B1YB 2UYTA 4CFAA 4BR0A 2G8UA 4I7FA 4CZIA 5SZTA 3OYFA 4CERA 4KPYA 1NK9A 2X78A 4JLHA 4JKDA 4CZLA 1K6YA 3NHGA 2NRVA 2HHHK 4FJ9A 4CI6A 1RDUA 4JD2A 1D9FA 3ITHA 4DF8A 3TI0A 4DFJA 1ZXOA 4FJ5A 3J7AP 1NMDA 4CBWA 2OCEA 4EHUA 5AZJA 1UA0A 1QHAA 3VEWA 4KH6A 3PV8A 4DTNA 3IMXA 1NGBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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