2HB5A

Crystal structure of the moloney murine leukemia virus rnase h domain
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
155
structure length
150
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQEGQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHLTSEGKEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCGHSAEARGNRMADQAARKAAITETPDTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Moloney murine leukemia virus
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
total genus 38
structure length 150
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2hb5A00
4NYFA 3VQ9A 3TAEA 4CESA 5SZTA 4DU1A 5K14A 2NUBA 3L2RA 3SQ2A 1RBVA 3KKSA 1B9DA 2O4GA 4B08A 4LH5A 3OYFA 5J2PA 3AA3A 4CEDA 4KTZA 2XO7A 3QEVA 3S9HA 2OZMA 1MU2A 4Z4FA 4DLEA 3G10A 4FW1A 4DFKA 2HHVA 2BE2A 1QSYA 3LP1A 4KHWA 2PYLA 1QTMA 2DFEA 1ZBLA 3ZSZA 3LAMA 2RF2A 1T8EA 4DQIA 3O3HA 3SUPA 3AA2A 4B8AB 3ZSVA 3OJSA 3PX6A 2HHSA 1UWBA 4E7JA 1S6PA 2IOCA 2Z1HA 3LP2A 5CZ2A 3DLBA 4CCHA 4HUGA 3S3NA 4C8OA 2P5GA 1R0AA 3HPGA 5KI6A 1C1CA 3M8SA 1SKSA 4KHSA 1KTQA 4CEFA 2FBYA 4B9TA 4CJ4A 1W9HA 2VG5A 2XHBA 3T19A 4DWIA 1B92A 1DTQA 4B9SA 3AA5X 4OKJA 3RWUA 1NK4A 4HCBA 3ZT2A 2O4IA 2Z1GA 1S9EA 2IGIA 4CFAA 3VA3A 3TAPA 4K8XA 2G8IA 3NH0A 3TABA 5KTQA 4CJ3A 3TAFA 4BDZA 1J5OA 3KIOA 3RR8A 3F9KA 3H08A 4GVMA 4CK2A 4KI6A 1ZBUA 1RTIA 1JLQA 5J2QA 3I0SA 5C25A 5KGWA 3ISNC 1I3AA 3E01A 4OPKA 3NFAA 3NBPA 4ID5A 3LPUA 1XC9A 4M3YA 4YNQA 4FLYA 3OYBA 4NYNA 3P83D 4JS4A 1TK5A 4OLAA 4FM1A 3RMDA 2P5OA 4EP5A 4DF4A 4KPYA 1CZBA 2HHQA 4BDYA 1UAXA 1S9GA 1VSFA 3IS9A 2HHWA 1HNVA 1HPZA 1YT3A 3NE6A 2OZSA 3P1GA 4Q5VA 4CERA 2VG6A 4IFVA 2XY6A 4IKFA 4KO0A 4N41A 5CYQA 4PWDA 1SL2A 1D9FA 2FBTA 3MXJA 1KLMA 3VQ8A 3TANA 2EX3A 4B3OA 1C0TA 4Z4HA 4CF9A 3OYJA 1L3SA 3LPTA 1RT2A 1C1AA 1TL1A 1WSGA 2E4LA 1QSLA 4OLBA 4CEQA 3QO9A 3KLEA 3CFRA 1KFSA 3OYKA 3OYLA 2IDOA 3NCIA 3MEEA 1UA1A 3T1AA 1TKXA 1WNSA 5JS1A 4H4OA 4G1QA 2G8WA 1WSFA 1X9WA 3CYMA 4GMJB 1NJWA 4KV8A 3OVNA 3ZSOA 3NF7A 3K2PA 3OYGA 3HVTA 3AVJA 4RG8A 3HPHA 3RMAA 3PX0A 1ZBIA 1B9FA 3C6TA 1EXQA 3QNOA 1NK8A 3PUFA 2OYQA 3OYAA 2YNGA 3B6PA 3AA4A 4CEZA 2A1RA 2ITGA 4CK1A 1NJXA 3VQ5A 2IAJA 4CGFA 4AILC 1J9AA 3KKRA 4FYDA 1ASUA 4KHNA 3CFPA 3QNNA 4J2EA 3MECA 2DFFA 4I7FA 4CIFA 3HP6A 1JLCA 3ZSYA 1LWCA 4K8ZA 3NHGA 4M3TA 2Q3SA 4BE1A 2GUIA 1BQNA 1RDAA 3SYZA 3OYIA 4ELTA 1O1WA 4F2SA 1RT6A 4KB1A 4FZXC 2OPQA 1WSJA 4FJIA 3K58A 3DOLA 3V9XA 1JLGA 1JL1A 3WNFA 4CGJA 1JLFA 4ZHRA 1L5UA 4CHYA 4FJGA 3AVLA 3ZT4A 3AO5A 4PA1A 1XI1A 4Q0BA 5J2MA 1BQMA 1RT7A 4I9QA 1FKPA 2HNYA 2EHGA 2FC0A 3V9SA 4DS5A 4FJ7A 1U4BA 4NCBA 2ZD1A 4DQQA 4E3SA 2KFNA 1TAQA 3O3FA 3L2UA 4CJFA 3VQQA 4FJ5A 3UIQA 4OPJA 4CJLA 3QEIA 4DMNA 1RBSA 1L3TA 1S6QA 1A5XA 3KLHA 4BACA 4DSJA 3SI6A 3SZ2A 4E7IA 4L8RB 3RR7A 4CK3A 1J53A 3LP0A 2FBXA 4YFUA 4Z4CA 3VQ6A 1IKXA 4DQPA 1RTJA 4CEBA 1NKBA 3QLHA 3L2VA 4OVLA 3V9ZA 3NF9A 4CFCA 3SQ0A 3U3YA 4DTNA 1WAJA 5KGXA 4PQUA 5C42A 4DQSA 2YNHA 3O4NA 2OPSA 3ITHA 3TI0A 3LWMA 4Z4GA 2LSNA 4DFPA 4HVJA 3LDSA 2HNDA 4I2PA 1YTUA 4DS4A 4KHUA 3DM2A 1A5VA 4IFYA 3CFOA 3HSTB 5E41A 3IAYA 3HO1A 4CJQA 3JYTA 1RBTA 4DLGA 2BANA 3S3MA 1QS4A 4C8KA 2HVHA 2B4JA 3C6UA 4TSXA 4DF8A 4CIGA 3BDPA 2RN2A 2YV0X 1NOZA 2Z1JA 4CJRA 1FKOA 4W5TA 1CLQA 3RRGA 4QAGA 4F2RA 3L8BA 4AHUA 1VSIA 1GOCA 2IS3A 2YNFA 4JRPA 4M41A 1SV5A 4FJ9A 3HM9A 3K5MA 1C1BA 3CG7A 3DYAA 4CJKA 4DSLA 1SL1A 3KD1E 1ZBHA 3QERA 4FJNA 1SUQA 2D0BA 3PV8A 4EZ6A 3V9WA 1D5AA 3KK1A 3HYFA 4CJUA 4NCAA 3D45A 1ZYQA 4FJ8A 4KHQA 4ELUA 1WSEA 4FLVA 2HW3A 2Y1IA 4O5BA 3AVIA 1W0HA 4DSEA 3QEXA 1QSSA 1EKEA 3ZT3A 1YVUA 4FXDA 1HMVA 4E19A 4F3OA 1RDBA 3VQAA 4R5PA 3K59A 3QEPA 3IG1A 4M3ZA 3AVGA 1CXUA 1TAUA 1JL2A 5DMRA 4FJXA 3KLFA 2Y1JA 1WAFA 2XY5A 3HPOA 2E6LA 4N76A 1IKWA 1S1UA 2ZQBA 4CE9A 3RRHA 1ITGA 3L3VA 1HYVA 3M8PA 1KLNA 3C95A 1LV5A 1VSEA 3DMJA 4Z4EA 3RMBA 1RT1A 1BCMA 1HQEA 4ZTFA 3EZ5A 4I2QA 3S3OA 4DTXA 1U48A 3AVHA 3NGYA 4KB0A 1Q9XA 1IO2A 3PY8A 4CGDA 3DRRA 2PYJA 1HRHA 4FLTA 2JLEA 4CJSA 1S1TA 4DTOA 2HVIA 1VSDA 2HHTA 1TK0A 1T7PA 3NF6A 2KZMA 4CF2A 4M3RA 4FLXA 3QINA 4FK4A 4FCYA 3QETA 4HUEA 4IDKA 3CM5A 1VRUA 1HQUA 2JGUA 4RW4A 4CHPA 2G8HA 3DI6A 1LWFA 4J2DA 4PUOA 4CGGA 1RBRA 1RCHA 2ETJA 5HRNA 4DSKA 3V1RA 1LAVA 4BDPA 3O3GA 3SUOA 4B9NA 3I8DA 4IBNA 4M3UA 1CZ9A 1TV6A 3KLGA 3NF8A 4HUFA 2R7YA 4RW6A 4IG3A 3ZSQA 2KW4A 2HHXA 3OYEA 4FK2A 1NK7A 1A5WA 5HLFA 3IRXA 3VQ4A 2B6AA 4ZTJA 4KHYA 4M3XA 1VSLA 5HRSA 3HK2A 4E1NA 5J1EA 3V81A 3L2WA 3SPZA 1TL3A 4M45A 1VSKA 5J2NA 3BGRA 1L3UA 4KRFA 3CQ8A 3RMCA 3FFIA 4KKOA 1WSHA 3JSMA 5HRPA 1QE1A 4ICLA 3DRPA 1RT4A 4DSIA 3NGIA 2YHAA 4FLUA 4DTUA 5CZ1A 4EP4A 3V6DA 2VWJA 3VQEA 1YTAA 3V9UA 1HYSA 4BWJA 1KVAA 2DY4A 1WN7A 2G8FA 3K5LA 3OYNA 1RDDA 1EP4A 2D0AA 4H4MA 4LSNA 4C8MA 4J2AA 3LWLA 1GOAA 1RT3A 4KREA 4OGCA 3HJFA 1X1PA 3THVA 2P1JA 3OS0A 3NAEA 1S5JA 4DSFA 1NJYA 2OPPA 3V1QA 4DQRA 3AVNA 3OJUA 3T3FA 3AVFA 1S1WA 4RW8A 4CEAA 3QIPA 1TVRA 3WNHA 3OYCA 3WNEA 4WE1A 5EU7A 4E1MA 4DG1A 4CHQA 4CEEA 3LZIA 3L2QA 4LSLA 1RDCA 4CF1A 1UA0A 1BI4B 1RNHA 3CM6A 1VSHA 3D0PA 4MFBA 4FW2A 3KLIA 2HHUA 5I42A 1EETA 2W42A 1TKTA 4DU3A 2OA8A 4W5OA 4ID1A 5T7BA 3SCXA 1Z25A 4I9LA 4B9UA 3HVRA 4HCCA 1KSPA 4EZ9A 4AHVA 4IG0A 4E89A 1RILA 4DU4A 3VQ7A 5C24A 1TKZA 3NGZA 3SQ4A 3WNGA 3TARA 1BCOA 1U45A 4PY5A 4CHOA 1JLEA 2WOMA 3QEWA 3TAGA 1NK9A 4M3WA 1G15A 4FJLA 2P51A 4B8CA 4CGHA 4AHTA 4DTSA 4O4GA 3A2FA 1X9SA 4W5NA 5CY4A 1KFDA 3SQ1A 1TGOA 3K5NA 1NK5A 1X9MA 3PO4A 4W5QA 2ATQA 4Z0UA 3B6OA 2WONA 3DRSA 3EY1A 1ZBFA 4LH4A 1LAWA 1JKHA 3DLGA 5HBMA 3LZJA 3SNNA 1U47A 4FZYA 4DTRA 1BISA 3AVKA 4E7KA 4BE2A 1Q9YA 4CJTA 3KD5E 1LW2A 1Y97A 1FK9A 3G0ZA 1HJRA 4GW6A 3VA0A 5I3UA 1U49A 1C0MA 4JRQA 4CHZA 1NKCA 1N6QA 4J2BA 4FVMA 2X74A 1QQCA 2DFHA 4CEOA 1Q8IA 3AO3A 2D5RA 4N56A 3ULDA 5D3GA 3SJJA 4OJRA 5FDLA 2AJQA 4C8NA 4DTMA 1BIZA 4FZZA 1T03A 5JS2A 1LW0A 2GBZA 4MQ3A 4Y1CA 3LP3A 3KK3A 4F3TA 4KFBA 3TWHA 1TKDA 1KRPA 2KFZA 4M42A 2YKMA 1RT5A 3U6FA 4CJ5A 3OYHA 1D9DA 2F8TA 2KZZA 3K57A 2PZSA 1BGXT 1JXBA 4OKKA 3LALA 1JLBA 3U3GA 4B9LA 1BI4A 3KTQA 1RTHA 4CHNA 5SWMA 4KAZA 3SV3A 1SKRA 4F4KA 4DFJA 3SUNA 3DLKA 2Z1IA 3ZSRA 2RKIA 2HMIA 1NJZA 3AO1A 2G8UA 2BDPA 1NKEA 2QKKA 1I39A 1IKYA 3LAKA 1HNIA 3ZT0A 1TK8A 4O0IA 4CF0A 2I5JA 3DLRA 4JLHA 4E7LA 1XWLA 3DLEA 1BL3A 1NOYA 3RTVA 3QIOA 1IKVA 1CXQA 4N47A 3TR8A 1HYZA 2HB5A 3I0RA 3OY9A 1KVCA 4OGEA 1C6VA 3OS1A 2FBVA 2X78A 4O0JA 5HRRA 3OS2A 4HHTA 4FJHA 4QOZB 2HNZA 1UOCA 1VRTA 2QXFA 1IG9A 1JXEA 3OYMA 4AH9A 4B9VA 4KTQA 5FROA 1WSIA 3OYDA 3SPYA 1IH7A 3AVMA 1N5YA 2QK9A 2BGGA 4LY7A 2YNIA 1RBUA 4CJPA 1BIUA 2D0CA 3TAMA 1S1VA 4CGIA 2X6SA 1EX4A 3V1OA 3AV9A 4BWMA 3VQPA 5CYMA 4DTPA 3PX4A 4FJMA 4QCLA 3HL8A 1K6YA 1C0UA 1XHXA 5HROA 3VQCA 4DTJA 4RW7A 3ZCMA 4CJWA 5FRNA 2IC3A 3DOKA 4E0DA 1SKWA 1FXXA 4FJKA 4O55A 3V4IA 4JS5A 2KQ2A 3K5OA 2YHBA 2E6MA 3HXMA 3F73A 3DLHA 2YKNA 3P5JA 1Z26A 1WLJA 2F8SA 4FLWA 1NK0A 4XIUA 1T05A 3QESA 4DFMA 4CFBA 4RW9A 3AO2A 1KCFA 1RTDA 3NH2A 3MXMA 4KTWA 1XHZA 3PO5A 1U04A 1DTTA 3MXIA 2G8VA 3VQBA 4FLZA 1D8YA 3ALYA 1GOBA 5DK5A 4AHCA 2VG7A 1VSJA 5KRTA 3VQDA 4NCGA 3SV4A 4F8RA 3ZSXA 3NDKA 3MEGA 1SL0A 5KRSA 2G8KA 1F21A 4FM0A 2GV9A 4CECA 4LD0A 2F96A 1S1XA 1ASVA 2B5JA 4AHSA 2VWKA 4CF8A 4CIEA 4FK0A 3AO4A 2DTUA 5HP1A 1VK0A 2XRIA 4ELVA 3AVAA 3ZT1A 4Y1DA 4C8LA 3ASMA 3L3UA 3KJVA 2ZE2A 4CJEA 3HT3A 1JLAA 1J54A 3SUQA 1L3VA 3KK2A 2PY5A 4KI4A 3MEDA 1QHTA 4HTUA 4W5RA 1ASWA 1LWEA 4H8KA 4FM2A 4E7HA 4BE0A 2OPRA 3C94A 3M8RA 3NH1A 2QKBA 3ZSWA 1DLOA 3LANA 5FRMA 1REVA 2XY8A 4B9MA 4AHRA 4O44A 4CJVA 3AVBA 3TAQA 1KVBA 3EYZA 1VSMA 4CFDA 2A1SA 2X6NA 4N5SA 4FJJA 3AVCA 2RPIA 3HP9A 3VN5A 2XY7A 4Z4IA 1BHLA 2KTQA 3O4QA 4OKEA 3M8QA 4UQGA 1NK6A 3MAQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CESA 1G99A 5K14A 5FPMA 4C8LA 4C1NI 3OYFA 5J2PA 3AA3A 4JNEA 4KTZA 1K8KB 3BY5A 3S9HA 2OZMA 1BA1A 3EKSA 3CMEN 1MU2A 4X65K 3FR0A 1K9MO 4DV0K 2DFEA 3LAMA 2RF2A 4DQIA 3SUPA 1NG9A 2HHHK 4LF9K 3AA2A 3OJSA 4KHPK 2HHSA 3LP2A 4C8OA 3H1QA 4G9ZA 3GL1A 1C1CA 1SKSA 4KHSA 1KTQA 2VG5A 2XHBA 4ILJA 4OKJA 3RWUA 3SMSA 2O4IA 3QBWA 1S9EA 2EWSA 4NXMK 2P9PA 4K8XA 4JKAA 3TABA 1IG8A 4BDZA 1K73O 1J5OA 3KIOA 4RTFD 3M3ZA 5IWAK 1RTIA 1R59O 3ISNC 5FPDA 3E01A 1XC9A 2E88A 3P31A 4U67L 2P9IB 4FM1A 4EP5A 4DF4A 1XNRK 1NMNA 3IS9A 1HNVA 1HPZA 1OH8A 3GOIA 2YJFA 3NE6A 2GWJA 4Q5VA 2VG6A 4LFCK 4IKFA 5CYQA 4K43A 3OYJA 2KHOA 1RT2A 1C1AA 1Y64A 5EXWA 2E4LA 4OLBA 3QO9A 4BROA 3GBTA 1W7AA 2HOEA 5TKWA 1QVFM 4NXNK 1TKXA 5JS1A 4G1QA 2QTDA 1X9WA 3ZSOA 4FWRA 3EKUA 3HPHA 3PX0A 3CCVN 3CERA 3VGMA 3MWPA 3EZWA 4YDUA 3BF1A 3PSIA 2P9UB 1NMDA 4CEZA 2V7ZA 4BRLA 4DV6K 2OTJN 3EEQA 4J2EA 3QNNA 4CJ7A 2O8FB 1JLCA 4K8ZA 2Q3SA 4PKGA 3MCPA 4BE1A 1RDAA 4FWLA 4DKWA 4KB1A 4FJIA 3DOLA 4BRIA 2UUCK 1JLGA 4IOXA 1WB9A 1OVQA 3AO5A 1XI1A 4AF1A 1OH6A 5EVZA 2YI1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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