2HB5A

Crystal structure of the moloney murine leukemia virus rnase h domain
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
155
structure length
150
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQEGQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHLTSEGKEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCGHSAEARGNRMADQAARKAAITETPDTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
molecule tags Hydrolase
source organism Moloney murine leukemia virus
total genus 38
structure length 150
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2hb5A00
2E4LA 1KVBA 1CLQA 4J2AA 1G15A 2KFNA 2ETJA 1NK0A 4AHCA 5C24A 2YHBA 1U45A 1RILA 1TK5A 2O4IA 3RMCA 4FJ8A 2HNZA 1U04A 1T03A 3V9ZA 1A5XA 4FJMA 3S3NA 4CHZA 3I0SA 4DSEA 3QEIA 4M3RA 2ZD1A 4MFBA 2X74A 2Z1JA 1RNHA 2ZE2A 4C8KA 2OZMA 4CEDA 3DLEA 5KGWA 1UAXA 3CFOA 4CF8A 3OYBA 3M8RA 4M3WA 1FKPA 4W5OA 3OS2A 4C8OA 4L8RB 4RW8A 1XWLA 4WE1A 1RCHA 2IDOA 4E19A 3QEXA 2I5JA 1ITGA 2P51A 4YNQA 3U6FA 3IAYA 3JYTA 1RT5A 1ZBFA 4Z0UA 3AVGA 3V9UA 4H8KA 4FK4A 4O5BA 1REVA 3AVFA 5JS2A 1SKWA 4OKKA 3RR8A 4CJ4A 4FJLA 3P83D 4LY7A 3SI6A 3QLHA 1TAQA 3VQDA 3I8DA 4NCGA 4FJIA 1JLEA 3FFIA 4E1NA 2A1RA 4M3UA 4CJLA 3PX4A 2G8IA 4IFYA 1HMVA 3VQAA 1RDBA 4CGDA 4FLZA 4DTOA 4HCBA 3K5NA 4PY5A 1SL0A 1L3TA 4FZZA 2WOMA 2WONA 4Z4CA 4M3TA 3OYDA 4PUOA 3RRHA 1TL3A 3MXMA 1C0UA 1BHLA 3O3FA 1UA1A 3DI6A 1NK4A 4CJVA 1JLGA 2Q3SA 1HNVA 1CZ9A 3QESA 3L2VA 4CGJA 4FLUA 3L3VA 3QNNA 1XI1A 1I3AA 1L5UA 4OPJA 3KK1A 3LALA 1RBUA 1B9DA 3DOLA 2HVHA 4CEOA 4CJEA 1Q9YA 2OPPA 2VG6A 2D0BA 2YV0X 3K5MA 3HYFA 3L2WA 4M3YA 3OYJA 2KTQA 3DMJA 3QERA 2GUIA 1JL2A 2NUBA 1U49A 4ZHRA 4CE9A 1X1PA 4DSKA 2HHTA 2DFFA 3DOKA 3QNOA 3PUFA 4DS5A 1C6VA 3WNEA 1C1CA 4F8RA 3MXIA 5CZ2A 4GMJB 2XO7A 1RDCA 1WSIA 3SUPA 2QXFA 2OPRA 2BGGA 4FLTA 3ZCMA 1S9EA 4RW6A 4DG1A 5KRTA 2PYLA 4PQUA 3WNHA 4KB0A 3O3HA 1KCFA 4HHTA 4FJHA 1QE1A 4DTNA 1TAUA 4AH9A 2BDPA 1JLFA 4CFCA 5HP1A 1RBVA 1Z25A 4CFAA 1KLMA 1ASWA 3OYGA 3VQBA 3SCXA 1Y97A 3MAQA 2XRIA 3VQ7A 3OS1A 1K6YA 5T7BA 1S6QA 1C0TA 2W42A 4DF8A 1U48A 4FJGA 4KHSA 5CYMA 4PWDA 1L3SA 2B4JA 1ASUA 1NK8A 1HPZA 4CFDA 2JLEA 1RDAA 3V4IA 4JLHA 2HHWA 4DQSA 2XY5A 3QEWA 1W0HA 2XY8A 4HUGA 1J5OA 4CHNA 1A5WA 1LW0A 4IBNA 4CF2A 1QSYA 1NOZA 1RTDA 1RBSA 3KD5E 1S6PA 4CJSA 4K8ZA 1RT2A 4BE1A 2F96A 3QIPA 4CHPA 3PO4A 1VK0A 3DLKA 4B9UA 3KK2A 3TAFA 4O0IA 4B9TA 4B8AB 1RT4A 3OYMA 1FXXA 4ID5A 1YVUA 4DFPA 4FK0A 4IDKA 5KGXA 3S3MA 1ZBHA 5HROA 1CZBA 2E6LA 4DSIA 1VRTA 5HRRA 1J53A 1NOYA 3AVCA 2D5RA 1VSEA 1XHXA 2FC0A 4FW2A 3PV8A 1QSSA 3VQCA 1WLJA 4Q5VA 1BCOA 3HP6A 3RMBA 3KLHA 1YTAA 3HVRA 4NCAA 4CESA 3DRPA 4KAZA 3KKSA 5CYQA 1QTMA 1TL1A 4XIUA 1LV5A 1NKEA 2FBTA 3T3FA 3NF6A 4N56A 3HM9A 1VSHA 4FJNA 3MECA 4CEZA 3ISNC 3I0RA 1GOCA 4FM1A 3MXJA 4NYFA 4Y1DA 1B9FA 3RR7A 3LAKA 3CM6A 2IGIA 4NCBA 3NF9A 4HCCA 5J1EA 2X6NA 2Z1GA 3O3GA 1BI4B 2ATQA 3OYAA 3SV4A 3ASMA 4C8MA 1EKEA 4J2EA 2YHAA 2HMIA 3ZT2A 3TARA 4BDZA 4KTZA 2XHBA 2F8TA 1WN7A 1IKVA 4KV8A 3VA0A 3VQ5A 1NJWA 4FJKA 3D0PA 4CGHA 3LZIA 3TAGA 3F73A 3C95A 4FJ9A 1LWCA 4CJFA 4CK3A 3SYZA 2KFZA 1WAJA 2R7YA 3ZSOA 2F8SA 4F3TA 4I7FA 3K5OA 4M41A 3NDKA 3ITHA 2DFHA 4NYNA 1B92A 3VQ6A 5E41A 1DTQA 4UQGA 3OY9A 4RW9A 1N6QA 2HHSA 2Z1HA 1NKCA 1C1BA 2E6MA 2VG7A 3AVBA 3M8PA 4YFUA 1JLQA 3RWUA 2PYJA 3IG1A 4BWJA 3ALYA 1WSEA 2GBZA 1NK6A 3LANA 5J2PA 3LPUA 3ZSRA 3LWMA 4E1MA 5DMRA 4DWIA 4W5NA 2OPSA 3RRGA 3PY8A 1ZBLA 1RBRA 1N5YA 4AHRA 4CF1A 3HVTA 3H08A 4W5QA 1X9WA 3HSTB 5HLFA 3CQ8A 4CJPA 4FLXA 1R0AA 1KTQA 3KLEA 1JLCA 3L2RA 4RW4A 3E01A 3THVA 1SKSA 2YKNA 4CGGA 3EZ5A 4ELTA 4EZ6A 3HPHA 1IKXA 3CM5A 3TABA 4AHVA 3LP1A 1L3UA 3LP2A 3VQEA 2X6SA 3IRXA 4BE0A 5D3GA 5KTQA 3AVMA 3C6TA 5FRNA 4CJKA 3U3YA 2KQ2A 1BIZA 1IKYA 3QEPA 5EU7A 4KRFA 4JS4A 4KHQA 5I3UA 4FM0A 1UWBA 3LP3A 4FXDA 3OJUA 2VWJA 3QETA 2PZSA 3TR8A 4DFJA 3NF7A 5I42A 1S9GA 4N41A 1HJRA 3LP0A 3TI0A 1X9MA 1RBTA 4E7HA 5FRMA 4HUEA 1BGXT 4KI4A 2DFEA 1QHTA 1BQNA 3ULDA 3B6PA 1KVAA 1DTTA 4I2PA 4I9QA 4OVLA 3G0ZA 2EX3A 4G1QA 4MQ3A 4KFBA 1JLBA 1RT6A 1VSKA 2YNHA 1HYVA 2RN2A 1VSIA 3LZJA 1ZBUA 4B08A 5C25A 5JS1A 4E7IA 4DFKA 3QINA 1F21A 3U3GA 4FLWA 4QCLA 1D8YA 2DTUA 2P5OA 4M42A 3OYFA 2IC3A 1TKTA 2BE2A 3AV9A 1HYZA 5J2NA 4DTMA 4CF0A 3KLIA 3DRSA 3V9WA 3V1QA 1NK5A 3AVAA 3EYZA 2HVIA 5J2MA 2O4GA 4CJUA 4KB1A 4OJRA 2HHXA 1S1XA 3HPGA 4JS5A 1DLOA 3ZSXA 3NGIA 3DRRA 5FROA 1T8EA 3OYNA 1TKZA 3UIQA 1HQUA 1Q8IA 4DQRA 3F9KA 4DQQA 1HQEA 1LW2A 3VQQA 3DLHA 4ELUA 4HUFA 3HJFA 3NH0A 1QS4A 2OPQA 3ZT1A 3V9SA 1J54A 3RTVA 4BACA 3TAMA 3CFRA 1GOAA 4JRQA 4HTUA 1T05A 3B6OA 4CEBA 4DMNA 5DK5A 2BANA 1S5JA 1YT3A 3C94A 3CYMA 2G8KA 3IS9A 3HXMA 2OZSA 3QIOA 4Y1CA 4N76A 4B3OA 4OLAA 4DTXA 3ZSQA 1KSPA 4CIGA 2HB5A 3AO3A 4QAGA 1S1VA 1HYSA 4FVMA 1SUQA 4E7LA 1CXUA 3QEVA 1NJXA 3MEGA 3O4QA 5C42A 4CHYA 4KKOA 4CK1A 1XHZA 3HO1A 3VN5A 2B6AA 3HK2A 2HNDA 4BDPA 1IKWA 3V9XA 2IAJA 2G8FA 2GV9A 4B8CA 3KD1E 4CK2A 2XY6A 1ASVA 1S1WA 4ZTJA 4KTQA 1W9HA 1Z26A 2EHGA 4OPKA 4DQIA 3AO1A 4RG8A 1EP4A 4CHQA 3SQ2A 5HBMA 2IS3A 1TV6A 4F2SA 3ZT0A 2YNIA 4FLVA 2AJQA 1BI4A 2QK9A 4DS4A 4CIFA 2X78A 4GW6A 3K5LA 3K2PA 3CG7A 2YNGA 1S1TA 3DLGA 3LAMA 1TK0A 5KRSA 4CFBA 1BCMA 4M3ZA 1JXEA 4CERA 4FM2A 3MEEA 2Y1JA 2G8VA 1IG9A 3AO4A 4E3SA 2HHVA 5CZ1A 4LH5A 2HW3A 4CF9A 1NK9A 2VG5A 4DLEA 3EY1A 4KHUA 3OYLA 1RTJA 4OKEA 4F4KA 4FZXC 3ZSYA 3ZT4A 3M8SA 1EXQA 2VWKA 1KRPA 4CJQA 2PY5A 2G8HA 2G8UA 4CIEA 4OGCA 3TANA 1ZYQA 3ZSZA 1TK8A 1BIUA 4O55A 1QQCA 1WSJA 3CFPA 3HP9A 4Z4FA 4DU4A 4KREA 3S3OA 1I39A 4E0DA 3OVNA 4FW1A 2FBYA 5SZTA 1A5VA 1U4BA 1JLAA 3AO5A 4Z4GA 4FCYA 3AA5X 4B9VA 3NF8A 4Q0BA 3L2UA 4JRPA 3OS0A 3V6DA 1T7PA 3SPYA 1KFSA 3AVJA 5HRSA 3KLGA 3AVKA 3SQ4A 3LWLA 1TVRA 3KKRA 4LH4A 4HVJA 3OYIA 4DSJA 5J2QA 3OYHA 3AA4A 4M45A 4ID1A 4LSLA 4CCHA 1WSGA 3BDPA 1S1UA 1HRHA 1ZBIA 3DYAA 4C8NA 4ELVA 4B9SA 2FBXA 3NGYA 1RT3A 3KJVA 1YTUA 4CGIA 2LSNA 1TKDA 3OJSA 4W5RA 1J9AA 3AA2A 1C1AA 1FKOA 3BGRA 4AHUA 4H4MA 4AHSA 4DQPA 3WNGA 2XY7A 1CXQA 4CHOA 4J2DA 1D9FA 4N47A 1NK7A 2KZMA 3SNNA 4E7JA 4K8XA 1GOBA 4KO0A 4LSNA 3T19A 4DF4A 3VQ9A 4N5SA 3L3UA 4B9NA 2QKBA 3V1RA 3A2FA 3AO2A 5HRPA 4DSLA 3TAPA 2IOCA 3VQ4A 4Z4HA 1JXBA 3NH1A 3VQPA 3RMDA 3NAEA 4DLGA 3L8BA 4BWMA 3SQ1A 1KLNA 3WNFA 2QKKA 4RW7A 4I9LA 3SQ0A 3V81A 4CEEA 2HHQA 1U47A 1BQMA 3KIOA 1O1WA 4CEQA 2Y1IA 3SUNA 2RKIA 5K14A 1SL1A 1D9DA 1LWFA 2HNYA 2OA8A 4IKFA 3PX6A 1X9SA 4W5TA 3DLBA 4OLBA 2HHUA 3O4NA 4KHWA 3MEDA 4EZ9A 2D0AA 3AVIA 1WAFA 4DU3A 3LPTA 1RT1A 2B5JA 1FK9A 3KTQA 3ZSVA 2Z1IA 3G10A 1RTIA 4O0JA 3NHGA 1SKRA 4FZYA 1VSDA 1KVCA 1SV5A 4H4OA 4KTWA 4LD0A 3SV3A 3ZSWA 5SWMA 3K58A 3NCIA 4PA1A 1TKXA 2D0CA 1LAWA 3OYKA 2P5GA 3L2QA 3OYCA 4DTRA 4AILC 4KI6A 3V1OA 3KK3A 4CJ5A 4DFMA 3T1AA 3VQ8A 4CECA 1VSMA 3KLFA 1RDDA 3LDSA 1IH7A 5FDLA 2P1JA 1Q9XA 4FJJA 3TAEA 1JL1A 4J2BA 4KHNA 4BE2A 3S9HA 4IG3A 1L3VA 4R5PA 4FJXA 3M8QA 4KHYA 1EETA 3AA3A 4CJRA 3NFAA 4DTSA 1LWEA 4CJWA 3PO5A 4O44A 3AVHA 3AVNA 1IO2A 4QOZB 2RF2A 3SZ2A 5KI6A 4E89A 3SUQA 4FK2A 3K59A 1C0MA 3D45A 1VSJA 3PX0A 3P5JA 4ICLA 3K57A 1WSHA 4CEFA 4F3OA 4EP4A 4B9MA 2KZZA 1BL3A 4DTJA 3RMAA 4DU1A 4E7KA 1NJYA 1WSFA 1D5AA 3C6UA 2OYQA 4DTUA 4KPYA 4F2RA 4B9LA 5CY4A 4CJTA 3NBPA 4OKJA 3P1GA 4C8LA 4EP5A 4M3XA 4I2QA 1HNIA 2DY4A 1JKHA 2ZQBA 1RT7A 3QO9A 1TGOA 1EX4A 1UA0A 4DSFA 4CEAA 4O4GA 2RPIA 4CJ3A 1BISA 4FJ5A 1NJZA 1LAVA 4FYDA 3JSMA 4TSXA 1KFDA 3SJJA 3SPZA 1MU2A 3HPOA 3NGZA 2KW4A 2ITGA 4BDYA 1VSFA 4DTPA 1SL2A 4CGFA 1WNSA 4IG0A 3OYEA 4Z4IA 1VRUA 3NH2A 5HRNA 3HT3A 2JGUA 3DM2A 1UOCA 2YKMA 1RTHA 4OGEA 2YNFA 4GVMA 4AHTA 3VA3A 3ZT3A 4ZTFA 1XC9A 1QSLA 1VSLA 3HL8A 1NKBA 4FLYA 3TWHA 3SUOA 2A1SA 3TAQA 2G8WA 4FJ7A 4Z4EA 2FBVA 3AVLA 4IFVA 3NE6A 3DLRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KVBA 4J2AA 1G15A 5H1SQ 5EX5A 2YHBA 4DCHA 4FJ8A 2HNZA 1U04A 5C15A 1A5XA 3S3NA 4B3SK 3I0SA 4DSEA 3PSIA 1N32K 2X74A 1RNHA 3OBWA 1W7AA 1U2VA 1DKGD 3DLEA 4JI6K 4CF8A 3OYBA 3M8RA 4M3WA 1KD1O 5M1KA 3OS2A 4RW8A 1XWLA 4WE1A 5BN9A 1RCHA 2ZGYA 3ZLJA 1SQKA 2I5JA 5IT9O 1ITGA 3U6FA 1BG3A 5LY3A 4LF5K 1ZBFA 1U2VB 2YJFA 3VTIA 1S72N 1REVA 5KPRA 5C2FA 4LY7A 3BZCA 3CQXA 4NCGA 4LF6K 1NGJA 4M3UA 4CJLA 3PX4A 2G8IA 4IFYA 3VQAA 4CGDA 3CCMN 3QFUA 4FLZA 4CZLA 1SL0A 4FZZA 4M3TA 2E2OA 2E1ZA 4K25A 4WQ4C 4IWVA 2UUBK 3RRHA 3MXMA 1N8RO 4IOAL 3DI6A 5AQOA 4CJVA 1NK4A 2D4WA 2Q3SA 5GIPA 5GADP 1CZ9A 3L3VA 1L5UA 3A5LC 5JMVA 1MDUB 3LALA 1RBUA 3DOLA 4CEOA 3C6HA 1ZXOA 2VG6A 2D0BA 4M3YA 3L2WA 1DEJA 3OYJA 2JWKA 2WUSA 4A5BA 2YI1A 3O6WA 1NLVA 1X1PA 2DFFA 1N34K 2E2NA 3F9MA 1W2BM 5FPNA 5CZ2A 4FSVA 4GMJB 3SUPA 4A61A 4FLTA 4FVUA 2PYLA 3KWIA 3WNHA 3CC7N 1JCGA 3O3HA 4HHTA 3LDPA 4FJHA 3ULEA 3LDQA 1ESVA 1KLMA 4IOCL 3OYGA 3VQBA 3SCXA 3MAQA 3K9KA 1I94K 3OS1A 5T7BA 1S6QA 1U48A 4PWDA 1NK8A 3ULEB 4CFDA 2W6LA 3SBGA 3V4IA 2W40A 2HHWA 3RSEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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