2ITGA

Catalytic domain of hiv-1 integrase: ordered active site in the f185h construct
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The catalytic domain of human immunodeficiency virus integrase: ordered active site in the F185H mutant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 37
structure length 160
sequence length 160
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2itgA00
1XI1A 3V9ZA 1I39A 3O3HA 3AO5A 3CFPA 3RTVA 1KCFA 2KQ2A 1QSLA 1VSFA 3AO3A 1B9FA 3DLGA 5DK5A 3ZSQA 1R0AA 4FZZA 1WSEA 3I8DA 4CCHA 1RTJA 4Z4FA 3CM5A 5KGWA 1TVRA 4CEOA 2VG5A 4CF2A 5J2MA 1QS4A 3OVNA 1ZBIA 4CJKA 4ELTA 4QOZB 3QEXA 4C8OA 3PY8A 3PO5A 1C6VA 1TAQA 5FRNA 3EZ5A 1L3UA 4FCYA 5FRMA 4CEAA 1LWFA 4C8KA 4CHPA 4DTRA 1RDDA 4IFYA 4CJQA 3HT3A 3PX6A 1UA0A 1QTMA 2G8WA 4CK1A 4FJIA 1HNIA 3IG1A 4CJEA 1LWCA 4CJ4A 2HHWA 4BDYA 4FLZA 4CF1A 3L3UA 2HHSA 3PV8A 3V9SA 4KHWA 5K14A 1RT5A 3VA0A 4OPKA 1J53A 3VA3A 2FBTA 3HPGA 3TAQA 4K8XA 3QEVA 4CGIA 1X9WA 4PA1A 4CEEA 3V1OA 4CIEA 2A1RA 1TGOA 3NHGA 4EP5A 2DFFA 4MFBA 4E89A 3QEIA 5C25A 4BDZA 1A5WA 3F9KA 3NF6A 3LALA 4J2DA 3LAMA 3AO4A 1W9HA 1J9AA 3RMCA 3DLKA 4E19A 3SUPA 1S5JA 4O44A 3VQ7A 4FXDA 4DSEA 2VWKA 3AV9A 3OYAA 1VSHA 4DSLA 4W5NA 3K2PA 3RR8A 3U3YA 3HP6A 2O4IA 3OYBA 3MAQA 4DS4A 2GBZA 1VRUA 1FK9A 1UWBA 3OS0A 1CXQA 2IDOA 1I3AA 4LSNA 4NCBA 4ZTFA 4OGCA 4CGGA 1TAUA 1RDBA 3KLIA 3OJSA 1WN7A 4OKKA 1J5OA 1BCOA 2G8UA 2GUIA 4C8NA 2XHBA 5SWMA 3HVTA 4CJVA 1S6PA 3NF9A 3ZSWA 3T1AA 1TKZA 4DU4A 1W0HA 2QXFA 1JLBA 3P5JA 4ZTJA 3LP2A 4DS5A 1YTAA 4DFPA 3QLHA 4E7IA 2IAJA 4FLXA 3LP1A 4HCBA 2XY7A 2F8TA 1Z25A 1BQNA 3K5LA 3VQAA 4FYDA 1L3TA 4HUFA 3RWUA 1Q9YA 3DYAA 3QIOA 2ITGA 4N56A 1UOCA 4FW2A 1WNSA 4FJ8A 1DTQA 3PUFA 1TK5A 1WAJA 4FJNA 3G10A 1FKPA 1WSGA 3SI6A 1IKXA 1RTDA 3NDKA 2VWJA 1U04A 1X9SA 3IRXA 3VQ5A 1RT4A 2OPQA 1S1UA 3LPUA 4KO0A 4DTJA 1NJYA 1Q9XA 3KLHA 3THVA 4KPYA 1HYVA 1D9DA 2JGUA 2HW3A 2KZZA 2RKIA 4LH4A 3V9XA 4FLWA 2XY8A 4W5TA 1YT3A 4W5RA 3TANA 2O4GA 1BIUA 4B9TA 2BANA 2X6NA 4CJWA 3MXIA 3VQEA 1A5VA 1NK4A 1XHZA 1UAXA 3VQ4A 3NE6A 2HVIA 1RT2A 4FLUA 3LPTA 3ZCMA 4CF0A 4CGHA 3NGYA 4CJUA 3ISNC 3U3GA 3HO1A 4RW8A 3AVLA 2ETJA 4JRQA 1T05A 4KAZA 1O1WA 1L5UA 1TL1A 2YKMA 2OPRA 4CEZA 1ITGA 1NOYA 4KB0A 1XC9A 4E7HA 2DY4A 2RN2A 3KD5E 3V9UA 2OYQA 3OYNA 1EETA 3L3VA 3MXJA 4Z4HA 4DQIA 2E6MA 1GOCA 2EHGA 1DLOA 4EP4A 4DTOA 3SPZA 1TKTA 1UA1A 5HLFA 4FLTA 4BE1A 3K5OA 4CK3A 4AH9A 1TKXA 3DOLA 4DSKA 4CF9A 5HRRA 2Z1JA 1KVCA 4KB1A 4FJKA 4E7JA 4FM2A 1HYSA 1BI4A 2OPPA 4ICLA 3MEGA 4FW1A 5JS1A 1REVA 4OVLA 3OYKA 4CFAA 1NJXA 2DFEA 2XO7A 3C6TA 1NK7A 3K5NA 1BQMA 3ZT0A 3LZIA 4I2PA 3NFAA 4IBNA 4KHSA 2X74A 2ZD1A 1HNVA 2PZSA 3L2UA 3U6FA 3EY1A 1D5AA 1D8YA 1SKWA 3CG7A 4TSXA 4B08A 3HP9A 4JS4A 3SCXA 3KK2A 2Z1IA 4WE1A 1IH7A 4W5QA 1VRTA 5KGXA 4CJTA 3NGZA 1BIZA 4NYFA 1VSJA 3ZSXA 3OYIA 3P1GA 1JLQA 2ZQBA 1S9EA 4OGEA 4N5SA 1KLNA 4CGDA 4OKJA 3AVMA 4DFKA 3OYFA 4JLHA 1XWLA 5KI6A 4Z4GA 3AA5X 3AVCA 3NF7A 4YNQA 3DRPA 2BE2A 4JRPA 1VSIA 3SV4A 2NUBA 1SUQA 5FDLA 3CFOA 2VG7A 1BI4B 2HHXA 1RTIA 4B3OA 1JLGA 3BGRA 4CJLA 4JS5A 2GV9A 3CFRA 4CGFA 3HYFA 1NK0A 1LW0A 4YFUA 2KFNA 2Z1GA 3V4IA 3DM2A 3V9WA 5FROA 4DF4A 1N5YA 4FZYA 1FKOA 1NKCA 3ZSZA 2PYJA 4FJJA 1YTUA 4FJ7A 4K8ZA 3WNHA 4DTXA 1RBUA 4N47A 4KHYA 4HVJA 4BE0A 4UQGA 2A1SA 4KV8A 5HRPA 4DWIA 1RILA 4FJHA 4B9VA 4C8LA 4F2SA 4OLBA 2QKKA 1NK8A 4F3OA 3DMJA 1U49A 3QEWA 4E7KA 4AHRA 3ITHA 4CJ3A 1SL2A 1TK8A 3ZT1A 3V1RA 1C1BA 5T7BA 3O4NA 1EXQA 1X1PA 1LV5A 1IKWA 3DLHA 4RG8A 1IO2A 1T03A 3T19A 4DLGA 2XY5A 3LP3A 4CIFA 1RBVA 1RT1A 4DTSA 1NK9A 4OJRA 2FBVA 4GVMA 1RCHA 4O55A 3L2WA 2WOMA 4IDKA 3ZT4A 1ASVA 4DSJA 4DTMA 5CYQA 3SQ4A 5HRNA 3SNNA 1VSDA 3I0RA 3NBPA 3ZSOA 3OJUA 2G8FA 1A5XA 4LY7A 4E7LA 1WSHA 4HCCA 5CZ2A 1VK0A 4CHQA 5JS2A 4H8KA 3SYZA 1NJWA 1NKEA 2DTUA 1YVUA 1HJRA 1NOZA 2D0CA 2IOCA 3TAPA 2RF2A 4DQRA 4CFDA 3ZSVA 4DQPA 4CHOA 2P51A 1GOBA 5CY4A 4IKFA 4B9NA 1ZBFA 4CEFA 2JLEA 4GMJB 1RTHA 1RDAA 4I7FA 1ASWA 3WNGA 1BCMA 1WSJA 4E1NA 3NGIA 4FJGA 3QNNA 3QNOA 1RBRA 3DLEA 4FJ9A 3A2FA 4ID5A 3SQ0A 1Y97A 4CJPA 3QESA 2G8KA 3NAEA 1NK6A 4FLYA 1B92A 1FXXA 4M3ZA 1S6QA 4F3TA 4FLVA 3WNEA 3AVGA 2Y1JA 3DLRA 3KLEA 1JL2A 2BDPA 3OS1A 4NYNA 4CJRA 4ELVA 4PY5A 3MEDA 4KHQA 4C8MA 4DFMA 3BDPA 4AHUA 1JLAA 2YNHA 3QIPA 2HNYA 3RRHA 2G8HA 3TWHA 1CXUA 1SL0A 2IS3A 4DF8A 4CF8A 2OZSA 4KRFA 2HHQA 4O0IA 2D0AA 4KTQA 1QQCA 3QETA 3AVKA 1TL3A 1S9GA 4O4GA 3OYLA 3L8BA 3TAFA 2YNFA 1QSSA 4J2BA 4N41A 4ID1A 1LWEA 1KLMA 3HVRA 1XHXA 1RNHA 3PX0A 4FK0A 3DRRA 3ULDA 3WNFA 2QKBA 3LWLA 4CJSA 3HK2A 2WONA 1BL3A 4F4KA 1BISA 3HXMA 3TAGA 3S9HA 1VSKA 2FC0A 1JL1A 3AA2A 1KVAA 2B4JA 1EP4A 1SKRA 2YHBA 3QERA 4Z0UA 3VQDA 4KI6A 2KW4A 4Z4EA 1IG9A 4DFJA 2XY6A 5C24A 2PYLA 1JKHA 4LH5A 4B9LA 3K57A 3RMDA 3HPOA 2BGGA 5HROA 2B6AA 3L2VA 3M8QA 1C0MA 4CESA 2ATQA 4LD0A 4OKEA 4CGJA 3KK3A 5C42A 1N6QA 2G8IA 1WLJA 4B8AB 4CIGA 3OYMA 3AO2A 4IFVA 4CEDA 4J2AA 1Z26A 3L2RA 2E6LA 1F21A 3AVNA 4FM0A 4CFBA 3AA3A 3DI6A 4KKOA 3DOKA 3NH0A 4MQ3A 1VSLA 1IKVA 4M3WA 4CHZA 1EKEA 4DQSA 5HRSA 3QEPA 1JLFA 3AVFA 4BWMA 5SZTA 3TAMA 1X9MA 1JXEA 1QHTA 1CZ9A 4Y1CA 1T8EA 1S1WA 4CERA 3AVAA 4OPJA 2OPSA 3OYJA 4DTNA 1JLEA 4B9UA 3HJFA 1SL1A 3LP0A 3O3GA 4F8RA 1C0UA 2IC3A 2HNZA 2DFHA 1HQUA 3S3MA 3V81A 2RPIA 2P1JA 2HB5A 4DU3A 4B9SA 4L8RB 1T7PA 4EZ9A 4DU1A 3RMBA 1U48A 3RR7A 1WAFA 3B6OA 3CYMA 3G0ZA 5J1EA 5J2NA 4E3SA 5KTQA 1HMVA 5HBMA 3VQQA 3NH2A 1S1VA 3K58A 3S3OA 2F8SA 3C6UA 3LANA 4I9LA 4FK4A 1K6YA 3NH1A 1HPZA 4H4MA 4H4OA 4LSLA 4M41A 3AVHA 1LAVA 1RT6A 3VQ9A 3VQCA 2W42A 3K59A 1GOAA 3CM6A 1KRPA 1ZBHA 4M3TA 4CECA 3P83D 4PQUA 3V6DA 3DRSA 4PUOA 4Q0BA 1G15A 4CE9A 3O3FA 1C0TA 3ZT2A 4AILC 1TK0A 4M3XA 3KD1E 3AO1A 4KFBA 4FK2A 3KKSA 3C95A 1C1AA 3HSTB 3MEEA 5DMRA 1ZBUA 1L3SA 4PWDA 2X6SA 3V1QA 4B9MA 3JYTA 5J2QA 3D45A 2VG6A 3K5MA 2Q3SA 2LSNA 2YNIA 4F2RA 1Q8IA 3HL8A 2Y1IA 4I9QA 3LWMA 3RRGA 3KKRA 4DG1A 4M3RA 4FVMA 4FJMA 1WSIA 3PX4A 1U45A 1L3VA 1RDCA 3L2QA 2KZMA 4Z4CA 1CLQA 1QSYA 2HNDA 3ALYA 5E41A 5HP1A 4BWJA 2FBXA 4AHSA 4XIUA 2KFZA 1MU2A 4G1QA 3OYDA 3I0SA 4M42A 4IG3A 1VSMA 3AVBA 3KTQA 2P5GA 4HUGA 3DLBA 4FZXC 3LZJA 4Z4IA 3TABA 2I5JA 3AVJA 1NKBA 5J2PA 1QE1A 1HRHA 3M8SA 1BHLA 1JXBA 4GW6A 3OY9A 3VN5A 3OYHA 3OYEA 1NJZA 1DTTA 1HYZA 1WSFA 4BE2A 4BACA 4HTUA 2HHTA 1LW2A 4QCLA 1SKSA 4J2EA 4RW7A 2KTQA 4B8CA 2EX3A 4CEBA 5D3GA 4QAGA 1U4BA 3KLFA 3PO4A 2AJQA 4O0JA 4W5OA 3OS2A 3KLGA 4HUEA 3D0PA 3B6PA 1CZBA 3QO9A 3IAYA 4Y1DA 3T3FA 4AHCA 5CZ1A 4KTZA 2QK9A 2YV0X 4OLAA 2D5RA 2YKNA 4Q5VA 3S3NA 1ASUA 4BDPA 4FJ5A 4KHUA 3MXMA 4N76A 4CEQA 3LAKA 4CHYA 4DTPA 4FJLA 2OA8A 2HVHA 3M8PA 3SPYA 4DSIA 2IGIA 4DSFA 3FFIA 3JSMA 2ZE2A 4AHTA 4I2QA 3VQ6A 4CFCA 1J54A 1TV6A 3HM9A 2YHAA 3TR8A 1D9FA 4NCAA 1C1CA 3NF8A 1VSEA 4KHNA 3M8RA 4HHTA 4KTWA 2E4LA 1RBSA 2F96A 1LAWA 4DQQA 4E0DA 4KI4A 1KVBA 3SQ1A 3OYGA 5EU7A 3UIQA 1RT7A 3TAEA 3ZSYA 2R7YA 3QINA 3IS9A 4M3UA 2D0BA 3AA4A 4RW4A 4M3YA 2HHVA 2HMIA 3NCIA 2G8VA 4RW6A 3ZT3A 4ZHRA 5I3UA 4IG0A 4FM1A 3SQ2A 4ELUA 1KTQA 3O4QA 3VQPA 3LDSA 4O5BA 3KK1A 1S1XA 1RBTA 3C94A 4RW9A 2B5JA 3AVIA 3ASMA 3H08A 3SUNA 3TI0A 1U47A 3SV3A 1TKDA 2Z1HA 4R5PA 1BGXT 4AHVA 1EX4A 1JLCA 1KSPA 1KFDA 1SV5A 2PY5A 4CJ5A 1B9DA 3VQBA 3OYCA 3CQ8A 3F73A 3SZ2A 1NK5A 4DTUA 1KFSA 4DMNA 1ZBLA 4CJFA 3RMAA 1S1TA 5CYMA 3EYZA 3MECA 3KIOA 3SUOA 4E1MA 4NCGA 1ZYQA 1RT3A 1HQEA 1IKYA 2XRIA 3SJJA 3HPHA 3KJVA 3SUQA 4EZ6A 4KREA 2HHUA 5KRSA 4DLEA 2P5OA 3TARA 3VQ8A 3ZSRA 2OZMA 5I42A 2FBYA 2X78A 5KRTA 4CHNA 2YNGA 4CK2A 3E01A 4M45A 4FJXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V9ZA 3CFPA 3AO5A 3LDQA 3EKSA 3AO3A 3CC4N 3DLGA 3ZSQA 1R0AA 4FZZA 3I8DA 4CCHA 2ZJQL 3CM5A 3T1HK 4CEOA 5J2MA 1N8RO 1QS4A 4YDUA 2E5LK 3PY8A 5FRNA 1WUAA 3EZ5A 1L3UA 4KH6A 5AJ3K 4C8KA 4LF4K 3PX6A 4IFYA 1UA0A 3HT3A 2AA4A 2G8WA 4FPBA 1HNIA 3IG1A 4CJEA 3VETA 1LWCA 4CJ4A 3THXA 3FR0A 4FVUA 2HHSA 1YVNA 2YJEA 5K14A 3VA0A 4JK7A 5C10A 4K8XA 3CC2N 3O9SA 2Q2RA 4EP5A 4B9UA 1K8KA 4MFBA 3QEIA 4FJ8A 4J2DA 3NF6A 3RMCA 2QWPA 3H46O 3AV9A 4DSLA 3RR8A 3OYBA 1ZC6A 1C0FA 1YJWN 1UWBA 4LSNA 4C23A 4NCBA 4ZTFA 4OGCA 1WN7A 1BCOA 3FZFA 2GUIA 4C8NA 5SWMA 4U7BA 3THXB 1S6PA 3T1AA 4DU4A 1JLBA 3P5JA 2ZWHA 2QTDA 4PL7A 3E9LA 4DS5A 4DFPA 4E7IA 2IAJA 3LP1A 4HCBA 2F8TA 2JWLA 4B3MK 1L3TA 4HUFA 1K8KB 2H3GX 4GV6A 3GG4A 1Q9YA 3DYAA 4FW2A 2ITMA 4H0TB 1NGGA 1DTQA 1M90O 2OCEA 5AQUA 5A2QO 3O80A 5F0XA 2JWKA 1BOTO 1U04A 4KO0A 4DTJA 4A57A 4MLHA 4H5WA 2GWJA 3THVA 1HYVA 1D9DA 3V9XA 4FLWA 2XY8A 3CCEN 3CJ1A 3VQ4A 2HVIA 3WQUA 3ZCMA 4CGHA 3ISNC 3AVLA 1RFQA 2BH1A 3A5OC 4OPHA 2OPRA 4KB0A 1ITGA 3KD5E 4U67L 1N34K 3OYNA 1EETA 4Z4HA 5EX5A 2E6MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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