2ITGA

Catalytic domain of hiv-1 integrase: ordered active site in the f185h construct
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The catalytic domain of human immunodeficiency virus integrase: ordered active site in the F185H mutant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 INTEGRASE
total genus 37
structure length 160
sequence length 160
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2itgA00
1WLJA 3NF8A 1YTUA 3F73A 3OYGA 4KHWA 1IH7A 4ELVA 3LZJA 1U4BA 1S6PA 3DMJA 1RBTA 3PV8A 2GUIA 5HLFA 3KLIA 3EZ5A 4FJMA 1HQEA 4HUFA 1KFSA 3CFRA 1CZ9A 3I0RA 1QE1A 4OKEA 1VSDA 4LY7A 3V1RA 3ZSVA 3VA3A 1IO2A 1EP4A 1SL2A 2AJQA 2XO7A 1VRUA 3OS1A 3UIQA 3AO4A 3OYFA 2GV9A 4E7KA 4G1QA 1QSYA 2G8FA 3A2FA 4B08A 2FC0A 3LAMA 1KLNA 4F8RA 2Q3SA 3SPZA 3CFOA 4KHUA 3NH2A 1NOYA 4OGEA 4OLAA 2HW3A 4O4GA 3AO3A 3S3NA 1TK5A 1JKHA 4JS4A 2G8KA 5CY4A 4KRFA 3RMCA 4BDZA 4HCCA 3AVFA 3O3HA 4I9QA 1IKVA 1B9FA 1I39A 4MFBA 2YNHA 3CG7A 2I5JA 1D9DA 1TKTA 2RKIA 4B9NA 4DQSA 3RMDA 2Y1JA 2VWKA 4BE0A 1NK8A 3V1OA 3DOLA 1LV5A 4F3OA 1WSJA 4O5BA 2D0AA 4CEFA 3OYMA 1BI4A 2RN2A 3LZIA 4FZXC 4M3XA 4PWDA 4ZHRA 5HRPA 1TGOA 3I0SA 2OPRA 4KTZA 2F8TA 1JL2A 3ZT0A 3SQ4A 2IGIA 3RRGA 1HNIA 1WSHA 3K58A 1SKSA 1DTTA 3ZSRA 3OYCA 5T7BA 3SV3A 4FM2A 3DLHA 2VG5A 3VQ8A 3P5JA 2EX3A 5CZ2A 3OS2A 4O0IA 1ZBUA 4FW1A 2HNDA 4CHNA 4NYNA 1JLEA 1L3TA 1ZBHA 3O4NA 2XY7A 4CEOA 2X6NA 5J2MA 3S9HA 3MEEA 1HJRA 3HYFA 4IDKA 1F21A 3LAKA 4FJ8A 4Z4EA 3ASMA 2G8HA 3QNNA 3TR8A 1S1TA 2OZMA 3KD5E 1BI4B 1XWLA 1S5JA 1NOZA 1IG9A 4KHSA 3SCXA 5FRNA 4M3YA 3MEGA 5CZ1A 4FJ9A 3HT3A 2KQ2A 4BE1A 1WN7A 3PO4A 3VQ9A 1WAJA 2Z1HA 3HM9A 2QKKA 1UAXA 4LH5A 3DLRA 1NJZA 3OJUA 3SUQA 5HRRA 4AHUA 4FM1A 2GBZA 3D45A 3TABA 3U3YA 3LP3A 3OYNA 4PY5A 4F2SA 4DU4A 1VSIA 3PX4A 4CF9A 2X78A 3O3FA 4DTNA 1QTMA 4DSLA 1T8EA 1TKDA 2F8SA 3HVTA 3C6UA 3DOKA 3SUNA 4CJFA 5C42A 4FJIA 1BL3A 4C8NA 1T03A 4LD0A 4RW7A 1RDAA 4CEZA 2ITGA 3LANA 3OY9A 4K8ZA 2B5JA 4CEQA 3ZT1A 3CM6A 4DTXA 4M42A 4IKFA 1VSMA 4M41A 4CERA 3IS9A 5J2QA 3SV4A 4F2RA 1NJXA 1VSLA 3NGIA 2PYJA 2IAJA 1J54A 4CJKA 1S1WA 1BQMA 1D9FA 4FLYA 3QEPA 4FLUA 1RTHA 1LWCA 3RR8A 4C8KA 3PX6A 1RBUA 4GVMA 4PQUA 3TAGA 4I2QA 4DG1A 4DTUA 1ZBFA 2A1SA 3LWLA 3PUFA 1RT3A 5HBMA 3S3OA 1L3VA 1TAUA 1QSLA 3S3MA 1KRPA 1LW0A 1JXBA 3OVNA 3MEDA 3C6TA 4CF2A 4FXDA 3DRSA 2VG7A 4HUGA 4CGDA 4GMJB 3V9XA 2LSNA 2B4JA 1QHTA 4Z0UA 3QO9A 1Q8IA 4CJSA 4CGFA 4OLBA 1C0MA 4FVMA 3SUOA 2HVHA 1ZYQA 4FZYA 4FJHA 3L3VA 1IKWA 1VSJA 4CJUA 3RWUA 1RT5A 4N47A 4DTOA 4KB0A 1LW2A 4JLHA 2KW4A 4M3UA 2KTQA 4DSKA 2KZZA 1DLOA 4CEAA 1X1PA 4KHYA 1JLCA 1UA0A 1UWBA 1VK0A 4UQGA 1FKPA 4QOZB 1HYSA 3NHGA 4AHRA 3SQ1A 3F9KA 4KTWA 4FLWA 1TL1A 1IKYA 1BIUA 3U6FA 3ZSQA 2VWJA 3MAQA 4FJ7A 3L8BA 4DU3A 3DRPA 1NKBA 2HHXA 1KVAA 3SQ0A 4FZZA 3TAEA 1CLQA 4PUOA 3ISNC 4FJ5A 4CIGA 2W42A 4CGJA 2BGGA 3D0PA 2IOCA 2FBYA 1U45A 1NK0A 1HNVA 4CJVA 5JS2A 3KK1A 3O4QA 4CHPA 4FJLA 3QEWA 3LP0A 3ZSOA 3ULDA 5J1EA 1HMVA 4E1MA 3K5NA 1DTQA 4DSJA 2XRIA 2KFNA 4M3RA 4FLTA 2Y1IA 4DLGA 4FM0A 3LPUA 4LSNA 4CEBA 1A5XA 1U04A 4DTPA 1SL1A 3WNHA 4DTMA 4CE9A 3RMBA 3RMAA 3OYEA 1YT3A 3SUPA 1VSEA 3KK3A 4W5QA 3CFPA 1D5AA 3KTQA 2O4GA 4CK3A 4H4MA 4W5RA 1L5UA 3L2UA 3HP9A 4N41A 4DU1A 3BDPA 3H08A 1EETA 1RBVA 2OPPA 1RDBA 4IFVA 3V1QA 4AHCA 4CFDA 5SWMA 1CXQA 3M8SA 3LP2A 3L2RA 4DF4A 3DLEA 1L3UA 1TKXA 2OYQA 5HP1A 3NBPA 2JGUA 3DI6A 3NGYA 1U49A 1JL1A 1D8YA 4B9MA 4KAZA 1NKCA 3AVHA 3HP6A 4DQPA 1ASUA 3AV9A 2PY5A 2D5RA 2QXFA 3K59A 1TVRA 1VRTA 3WNFA 2RPIA 3OYLA 4ELUA 4DF8A 3KKRA 3NF7A 4BACA 2P5GA 1RT7A 3VQCA 4B9LA 4C8MA 4FLVA 1G15A 1C1BA 3KJVA 4E7LA 3MXMA 4Z4IA 4KTQA 5KRTA 1RTIA 4Z4GA 2O4IA 2P51A 3AA4A 4J2AA 4OJRA 3P1GA 4CJTA 2DFHA 1C1CA 1TK8A 1FKOA 5I3UA 3HSTB 4EP4A 3OS0A 2Z1IA 4EZ6A 5C24A 1S9EA 4KO0A 3SQ2A 4DQQA 2DTUA 4RW4A 3RRHA 4OKKA 4ICLA 2RF2A 4AHSA 1TKZA 4CJLA 4E3SA 3KK2A 1KCFA 3ZCMA 3V9UA 5FDLA 1IKXA 4CJPA 4KKOA 3LDSA 3TWHA 1B92A 4CJ5A 3K5MA 3VQQA 3QEXA 3VA0A 1RT6A 2YNGA 3M8QA 5KTQA 4DTSA 1BISA 4CF8A 4CJQA 1LWFA 4I9LA 4HVJA 2A1RA 2R7YA 2E6LA 1GOAA 5CYMA 4CCHA 3AO2A 3DM2A 4B3OA 4NYFA 4B9VA 3AA5X 4W5NA 3AVIA 3EY1A 3V4IA 4N56A 2QK9A 4W5OA 1KSPA 2G8UA 2P5OA 2IDOA 3QLHA 1EX4A 3AVGA 4E7HA 1T7PA 4OKJA 2FBTA 1RDCA 4M3TA 2HHVA 3C94A 1WAFA 3KKSA 4E7JA 3ZT2A 3CM5A 4CF0A 1SKWA 4IBNA 1L3SA 2HHUA 3BGRA 4CK1A 1TL3A 2VG6A 3MXJA 3NF6A 4DLEA 4E19A 3QEIA 3QEVA 3DYAA 1XI1A 1NK5A 1NKEA 5K14A 4B8CA 1ASVA 4KHNA 4OPJA 1TAQA 3V9ZA 4DQRA 2PZSA 4KI6A 3L2QA 4ELTA 3VQDA 4BDPA 1KLMA 2YKNA 3T1AA 3AVBA 4AH9A 4ZTFA 3NDKA 4CFBA 2P1JA 3AVAA 3T19A 3TAMA 4NCGA 3SI6A 4I7FA 1X9SA 1BGXT 2BANA 3OYAA 4E1NA 3L2VA 2DY4A 5JS1A 3VQEA 2Z1JA 3WNEA 4F3TA 1UA1A 3HXMA 1RT4A 4NCBA 2WONA 2KFZA 5KRSA 3AA3A 5C25A 3HPOA 4HHTA 1A5VA 1CZBA 3IG1A 3DLKA 3IRXA 2OPQA 3KIOA 3MECA 4CJEA 4RW8A 3HVRA 4DQIA 3TANA 4J2BA 5J2PA 3QESA 4CIEA 3WNGA 2HVIA 1BHLA 3VQ7A 5KGXA 3DLBA 3G0ZA 4L8RB 3HJFA 4CHYA 3NAEA 4Z4HA 2OA8A 3NGZA 1SKRA 1EKEA 5SZTA 2YHBA 1LAWA 1S1UA 3AVJA 4KV8A 1K6YA 4FW2A 4RG8A 1RNHA 3NF9A 4DTJA 2DFFA 4B9SA 4B9TA 1GOCA 1RTJA 2E6MA 1SL0A 5D3GA 1QQCA 3ZSXA 3ZSZA 3PY8A 3K5LA 4ZTJA 2FBXA 4CHOA 2HNYA 1A5WA 2Z1GA 1EXQA 4DFMA 3SPYA 1J53A 4ID5A 1TV6A 1X9MA 2IC3A 2G8WA 4C8OA 3K5OA 1RCHA 3NE6A 4JRPA 2D0CA 2JLEA 1SUQA 4E89A 3RTVA 3NFAA 2YV0X 1VSKA 2NUBA 1FXXA 3JSMA 2HB5A 3IAYA 4CHQA 4C8LA 1QS4A 1Z26A 1JLQA 4IG0A 4HTUA 4LH4A 1NJWA 3JYTA 2X74A 4M3ZA 4LSLA 1J9AA 1RT1A 2BDPA 1RBRA 2ZQBA 4CEEA 4BE2A 4FLZA 2XY6A 1Q9YA 1VSFA 3T3FA 1NK7A 4EZ9A 4CGIA 3NCIA 2ZD1A 3VQ4A 3L3UA 3AVNA 4K8XA 3KLGA 4OGCA 1O1WA 4CK2A 1JLBA 1HYZA 1WSFA 4DTRA 1R0AA 2OZSA 3PX0A 1YTAA 4O0JA 4AHVA 4E0DA 1BQNA 1HPZA 2X6SA 4MQ3A 1RBSA 1RDDA 4CIFA 3QETA 4BWJA 4CFAA 1RT2A 1ZBIA 3G10A 3ZSYA 3AO5A 3LPTA 4KB1A 2HHSA 4YNQA 1HYVA 3QINA 4KFBA 4I2PA 4YFUA 3KD1E 2YNFA 3QIPA 4R5PA 1N6QA 3E01A 4HUEA 1U47A 1JLGA 4FK2A 4H8KA 1C6VA 1I3AA 1S1VA 5FROA 4AILC 4KI4A 4FYDA 4CJ4A 1SV5A 3V9SA 1QSSA 2F96A 4DMNA 4FJKA 4O44A 3M8PA 1C0TA 1Y97A 4Q0BA 3AVLA 2E4LA 3ZSWA 3SJJA 3EYZA 1S6QA 3AVKA 4O55A 1WNSA 3NH1A 2B6AA 1ZBLA 1YVUA 4JRQA 4CJ3A 3VQ5A 3O3GA 1XC9A 2OPSA 1KVBA 4XIUA 1BCMA 4DS5A 1KVCA 2YKMA 3M8RA 3TAQA 4CHZA 4CEDA 3HPHA 2HMIA 2FBVA 3AVMA 1ITGA 4CFCA 1XHZA 1BCOA 1MU2A 3NH0A 4OPKA 3THVA 1VSHA 4IG3A 4JS5A 4DSIA 4Q5VA 3PO5A 4DFJA 4J2DA 3C95A 4DWIA 2DFEA 4CJWA 2HHQA 4ID1A 3SZ2A 3VQBA 3V81A 4CJRA 4CGHA 2HHTA 5I42A 5KI6A 3ALYA 1U48A 3VQAA 5FRMA 3HL8A 2XHBA 1S1XA 3V6DA 4QCLA 1NK4A 4DFPA 4DSFA 1WSIA 5HROA 4KPYA 1RILA 1WSGA 1JLFA 3TARA 1B9DA 3TAFA 4Z4FA 4RW6A 3P83D 4FJNA 3CYMA 4N5SA 4PA1A 2IS3A 4EP5A 4Y1DA 3V9WA 1CXUA 3TI0A 5CYQA 3I8DA 1S9GA 4TSXA 3OYJA 3B6OA 4FLXA 1GOBA 3RR7A 4J2EA 3CQ8A 3ZT3A 4OVLA 3KLHA 1W0HA 3SYZA 3QIOA 1KTQA 1JXEA 2HHWA 1N5YA 3AO1A 3VQ6A 4DS4A 1FK9A 4IFYA 5E41A 2G8VA 4N76A 4DSEA 2KZMA 3VN5A 1NK6A 4FJJA 1T05A 3AVCA 4BWMA 2PYLA 2YHAA 3KLFA 1REVA 5HRNA 3L2WA 4GW6A 1TK0A 4WE1A 1NJYA 3TAPA 4KREA 4Z4CA 1HRHA 5DMRA 3QNOA 1NK9A 3HK2A 4CECA 4M3WA 4DFKA 4B9UA 3K57A 4FJXA 5KGWA 3LP1A 3DRRA 1RTDA 4CGGA 4KHQA 2XY8A 1X9WA 1LWEA 3HO1A 4CF1A 4E7IA 1Z25A 4FJGA 3OYKA 2ZE2A 3U3GA 1BIZA 1W9HA 4RW9A 3KLEA 1WSEA 4BDYA 2G8IA 2QKBA 4B8AB 4FK4A 5DK5A 3VQPA 4H4OA 3AA2A 3HPGA 2BE2A 2ATQA 4NCAA 4AHTA 3FFIA 3LALA 1KFDA 4FCYA 1ASWA 1JLAA 1XHXA 2WOMA 2D0BA 4QAGA 2XY5A 3OYDA 3MXIA 1J5OA 3SNNA 5J2NA 2EHGA 3ITHA 2YNIA 1C0UA 3OYBA 1LAVA 2ETJA 1Q9XA 2HNZA 5HRSA 3ZT4A 4HCBA 3K2PA 3LWMA 5EU7A 4CESA 1UOCA 4W5TA 4FK0A 4Y1CA 4F4KA 4M45A 3OYHA 3OJSA 3QERA 3B6PA 3DLGA 3OYIA 1C1AA 1HQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PHTX 3NF8A 1HR0K 2EWSA 1YTUA 1E4GT 1S6PA 4A5AA 1RBTA 3ZEUA 3W3DA 3ZX2A 4HUFA 1KFSA 3QMLA 3I0RA 1QE1A 4FOIA 4LY7A 3A8YA 1SL2A 3H46O 3CMAN 1VRUA 3UIQA 2AJQA 2G8FA 1NG9A 3A2FA 5LMNK 1GLEG 2FC0A 3LAMA 5C2FA 4KHUA 4FWNA 3C6AA 2HW3A 4O4GA 1I94K 2G8KA 3AVFA 3ZLJA 1I39A 2QM1A 2YNHA 1YUWA 5AQRA 1D9DA 1TKTA 2RKIA 4DQSA 2VWKA 3DOLA 3UB5A 2VWBA 4O5BA 4JEPA 3ZEUB 1BI4A 3LZIA 3JAMO 3I0SA 4KTZA 2F8TA 3ZT0A 4PL8A 1P90A 3HZ6A 2ASMA 4DR4K 3K58A 1DTTA 5E84A 4DR2K 4FM2A 4BR7A 2EX3A 5CZ2A 3OS2A 2HNDA 3FZMA 4NYNA 1YJ9N 3FZLA 2J4RA 3E9OA 4HWIA 2X6NA 4A57A 3MEEA 1J6ZA 3HYFA 5IWAK 3I8BA 2ZJPL 3KD5E 1BI4B 1S5JA 1NOZA 2GWJA 3SCXA 4M3YA 3MEGA 4YDUA 4FJ9A 2KQ2A 1Q7YO 1WN7A 2QWRA 4JHDA 3WXIA 4LH5A 3TPQA 3EKUA 2E1ZA 4AHUA 2GBZA 3GOIA 3D45A 3TABA 3SMPA 4BRKA 2X78A 4DSLA 1T8EA 3HVTA 3VESA 3SUNA 3G25A 1T6CA 4YOVA 3CCEN 4LD0A 4RW7A 2ITGA 3ZT1A 3CM6A 4M42A 3EO3A 2PYJA 3MCAB 4JI5K 1D9FA 4JHDB 4H0YB 4WQ5C 5AQQA 2GUPA 1RTHA 3RR8A 2VGMA 4PQUA 4GKJK 2P9IA 4DG1A 3S3MA 4H0TB 1N34K 2O8FA 1JXBA 3C6TA 4CF2A 3SAHA 2VG7A 3THYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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