2LSNA

Solution structure of pfv rnase h domain
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GAMGQYEGVFYTDGSAIKSPDPTKSNNAGMGIVHATYKPEYQVLNQWSIPLGNHTAQMAEIAAVEFACKKALKIPGPVLVITDSFYVAESANKELPYWKSNGFVNNKKKPLKHISKWKSIAECLSMKPDITIQHEKGHQPTNTSIHTEGNALADKLATQGSYVVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The solution structure of the prototype foamy virus RNase H domain indicates an important role of the basic loop in substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNase H
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 41
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2lsnA00
2DFHA 3TAMA 4CEBA 1HJRA 4LD0A 5DK5A 4CHOA 4RW4A 4LSLA 3SPYA 1ITGA 1TAQA 4JRPA 4CK3A 5J2PA 3SUPA 2HW3A 1TKTA 4OKKA 4CGDA 4YFUA 1A5VA 1XI1A 3AVLA 3NF8A 1JL2A 1FXXA 4CHNA 1NKEA 3U3YA 3S3MA 4DWIA 1FKOA 3SUQA 4AHUA 3SQ2A 4FJMA 4JS5A 1C1BA 4QOZB 2GV9A 2XY6A 3SCXA 3I0SA 1C0UA 3AVCA 1NJXA 1SV5A 4CIGA 1QSLA 4LSNA 1NJZA 1RT2A 2ETJA 3CM5A 1T7PA 4FLTA 1J54A 4CHZA 4OPJA 2OYQA 3SQ4A 4L8RB 2IS3A 2PYLA 2Y1IA 4KREA 2IOCA 4ZTJA 2Q3SA 1JLFA 3ZT1A 1ZBHA 1Q8IA 2G8UA 4N76A 4FJ8A 3S3NA 1IKXA 5K14A 4KAZA 4CJSA 2RPIA 1BIUA 1RCHA 4KO0A 1K6YA 1EP4A 3KK3A 1BQNA 3RMCA 3KTQA 2DFFA 4Q0BA 3HYFA 4EP5A 4IDKA 2G8WA 4W5QA 4RG8A 3QIOA 4OPKA 2YKNA 5C42A 1RDDA 1WSFA 5SZTA 3HK2A 1VSDA 2RKIA 2DTUA 4Z4HA 3HT3A 3KJVA 3SZ2A 4HUEA 4FZYA 3KD5E 1TK0A 2D5RA 4AHSA 4I9LA 2X78A 3OVNA 2OPSA 4FYDA 1GOCA 4ICLA 1VSJA 3L2UA 3EY1A 3D0PA 3MXMA 4CEEA 4PWDA 4OJRA 4FLYA 1JLGA 3RWUA 3ISNC 4CJWA 1XWLA 4DQPA 2HHVA 4FJXA 3DRPA 3O3GA 4BE2A 4E1MA 3KIOA 5KRSA 3L2RA 1RT7A 4B9NA 3A2FA 4FXDA 4FK0A 3D45A 2EHGA 1CXUA 3CFPA 4KHUA 1NK0A 3CM6A 3HVTA 3V9ZA 4F2RA 3RRGA 1S6QA 2QXFA 4CFBA 4F8RA 3LP0A 1X9WA 4DSFA 4DFPA 1EX4A 3AVGA 3ZSYA 4E7KA 4JRQA 1QSSA 1IO2A 1WSGA 4CJEA 4B9MA 3OYDA 1Z25A 4KPYA 1MU2A 1LWEA 3AA3A 3OYKA 3K57A 2XY7A 4O4GA 2XY5A 4FJLA 1TL3A 1KFDA 2JLEA 3SUNA 4B9LA 3ZSRA 2KFZA 5KGXA 3OYFA 3NGZA 3VA0A 1HNVA 4B08A 4KHSA 5CYMA 1L3VA 3OS2A 4GW6A 4W5RA 1BCMA 1S1WA 1W0HA 3HP9A 3QERA 3K5NA 3OYMA 3E01A 1ZBIA 3BGRA 3ZT0A 1RT5A 3LWMA 4FJNA 3QETA 3T3FA 4CE9A 3ULDA 3K2PA 1IKWA 5CYQA 4CGFA 4ZTFA 1TKXA 3K5OA 3V9WA 3BDPA 1TL1A 5HRNA 4DQSA 4H4MA 4C8MA 3OYAA 5HBMA 1J5OA 4RW9A 1R0AA 1SL0A 1U47A 1ASUA 1YTUA 3VQQA 3NH2A 2KZMA 1JLEA 1YT3A 2ATQA 3HL8A 3HO1A 5HP1A 4KRFA 1QS4A 4CEFA 2ZD1A 1KCFA 2XHBA 4CF2A 5FRMA 4FK4A 1RBUA 4CEDA 4KI6A 3TANA 2BGGA 1RTHA 3K59A 2Y1JA 1I39A 4M42A 3M8SA 1LW2A 3QEIA 4F3OA 3VQ7A 4NYNA 3NF7A 1WN7A 2FBXA 2FBVA 4LH5A 3EYZA 5J2MA 4DFMA 3DRSA 3KK2A 1NJWA 1L3SA 3DYAA 3MECA 3VQPA 3HJFA 3C95A 1JLCA 3VQEA 1U48A 3G10A 4B9SA 5J2NA 1CXQA 3PX6A 4IBNA 4E7HA 5EU7A 1A5XA 2OPQA 4CEAA 4E7LA 3HM9A 4E3SA 3F73A 2YHBA 1B9DA 3VN5A 2OZMA 3ZT4A 3L8BA 4RW6A 4FM0A 4E19A 5HLFA 4M45A 3TR8A 2BE2A 3PO5A 4CCHA 1S1TA 2X74A 2VWKA 2P5OA 3ASMA 3OYJA 4PQUA 4C8LA 5C24A 2G8IA 4DTRA 4CK1A 1QQCA 3DRRA 3AA2A 4CJUA 3JSMA 4DTJA 1UOCA 3NF6A 4N41A 1U49A 2B4JA 3KLHA 3V81A 4Z4GA 4FZXC 2G8KA 1KVCA 3NAEA 4Z4IA 4CFDA 4KB0A 1C0TA 2VG7A 1HPZA 2HHXA 3ZCMA 2PYJA 3QINA 3ZSZA 1RT3A 4DU3A 4CGIA 4HTUA 3V1RA 1HNIA 3B6PA 1JKHA 3VQDA 4G1QA 3OYCA 3SV4A 2HVHA 2E4LA 1NJYA 4CF8A 4DTNA 5FRNA 1G15A 3I0RA 1BCOA 5JS2A 2G8HA 3OYIA 5SWMA 4DLGA 1RBTA 2D0BA 3RMAA 3K58A 1TK8A 1HQEA 3SNNA 4CF9A 2XO7A 1YTAA 3QNNA 3MAQA 2VG5A 4B9UA 1RDBA 3AVFA 3NGIA 3DLBA 3MXIA 4CJKA 3RMBA 4K8XA 3LP2A 4AHRA 1VSKA 4B8CA 2KW4A 2F96A 1UAXA 3LAMA 2G8FA 4I9QA 1IH7A 1CZBA 4W5TA 4CHPA 2HHWA 4IG3A 3KKRA 3VQAA 4HCCA 2QKBA 2KTQA 1Q9YA 3AO3A 2GUIA 4CF1A 4CIEA 1S9GA 3OY9A 4BE1A 1BIZA 1IKYA 4NCBA 1HYSA 3S3OA 1XHZA 4CJQA 4AHTA 4FLZA 3NH1A 3OS1A 1Y97A 3C6UA 2VWJA 1C1AA 2OPRA 1TKZA 1RBRA 1T03A 1NK6A 3KLFA 4O5BA 3TI0A 4KI4A 3O3FA 3DLEA 3QNOA 4FJ9A 1A5WA 3M8RA 1O1WA 1YVUA 4H4OA 5CZ2A 4CECA 1RDCA 3OYLA 2R7YA 1D9DA 4FCYA 3PX4A 1QTMA 5KRTA 4BDZA 1U04A 1U45A 4DSLA 4FZZA 2A1RA 3TWHA 2Z1HA 4MFBA 4FJ7A 1JL1A 2ITGA 2O4GA 3V9XA 2B5JA 4NCGA 4YNQA 5D3GA 4HVJA 1S1XA 3MEGA 1LWCA 3QLHA 3AO1A 4ELVA 3CFOA 3VQ8A 3LALA 1JLQA 4DU4A 3H08A 1BQMA 4CK2A 4CJPA 4M3TA 3THVA 2HHQA 5JS1A 3TAGA 1VRUA 2A1SA 3B6OA 1D5AA 3L3UA 1NK8A 4WE1A 4PA1A 1RBVA 1ZBUA 1LWFA 1I3AA 4Y1CA 4DQQA 4NCAA 4CHYA 1J9AA 3KKSA 3OS0A 3T19A 4B8AB 3U6FA 3ALYA 4F4KA 1KRPA 2KFNA 3MXJA 1TK5A 4ELUA 4CGHA 3OYEA 4ID5A 3V1OA 1NOZA 4DTMA 3QESA 4Z4FA 3V1QA 2IC3A 3IRXA 1S1UA 2YHAA 4TSXA 3OYHA 4M41A 4BDPA 1UA1A 5HRSA 1N6QA 1L3TA 2BDPA 3NFAA 4EZ9A 3PX0A 3AVIA 1X1PA 4CEZA 4ID1A 3L2WA 1S1VA 3RRHA 4DMNA 3V4IA 4CEOA 3AV9A 3ZSQA 3SV3A 1XC9A 2NUBA 4DQRA 3SI6A 3SPZA 4E1NA 3LP1A 1T05A 4IG0A 4CGJA 4KV8A 4M3ZA 1VSHA 3M8PA 3V6DA 4M3YA 3DMJA 4OGEA 3QEPA 3MEDA 4FW2A 4Z4EA 4DG1A 3QEVA 4KTZA 1FKPA 4QCLA 1VSEA 1GOAA 1N5YA 1GOBA 1D8YA 4AHCA 1KLNA 3KK1A 2HHSA 1QE1A 1VSLA 3LPTA 1RILA 1TV6A 2Z1IA 3OYNA 4BDYA 4FLWA 1JXBA 4BE0A 1IG9A 1C0MA 2Z1JA 2QK9A 4KHYA 5CZ1A 2OPPA 3LPUA 4DTPA 3AVMA 4OLAA 3SUOA 5FDLA 1C1CA 4PY5A 2ZE2A 4RW8A 4R5PA 3KLIA 2F8SA 1NOYA 1B9FA 1KVAA 2HMIA 4AHVA 2D0AA 4E7IA 1RTDA 3RTVA 4FJKA 1U4BA 4CJVA 4N56A 3WNHA 4KTWA 3CFRA 4HHTA 1SKWA 5I42A 4FJ5A 4UQGA 2IGIA 1TGOA 3TAEA 4W5NA 3UIQA 3K5MA 4DTXA 1L3UA 5HRPA 1NK7A 3LZIA 4O0IA 2RN2A 3NE6A 3DI6A 3AO4A 3DLGA 3C6TA 4DFJA 3AVHA 1BI4A 3HPGA 3WNGA 2OZSA 4KB1A 4DU1A 1KVBA 4C8KA 3PO4A 3VA3A 4PUOA 4CESA 2YNHA 2Z1GA 3TARA 1C6VA 5KTQA 3NBPA 4HCBA 2DY4A 1HYVA 3L2VA 3AVAA 3C94A 1KFSA 1SKRA 4DLEA 1X9MA 3I8DA 4GMJB 4M3RA 4RW7A 5DMRA 3DLHA 2O4IA 4FM2A 3AA5X 3P1GA 4N47A 1SL2A 2X6SA 3SQ1A 4CJFA 4KTQA 3L3VA 1BHLA 2DFEA 3DM2A 4FK2A 3QIPA 3NGYA 1WNSA 4IKFA 3O3HA 3OYBA 4GVMA 3V9UA 3NF9A 4DF4A 3VQ6A 1KLMA 1VK0A 3PY8A 1RTJA 1HRHA 3TABA 2YV0X 2IDOA 1CLQA 1LW0A 5KI6A 4Q5VA 3CYMA 2JGUA 1KTQA 4MQ3A 3PV8A 3QEXA 1X9SA 3NCIA 1ZBFA 1TKDA 3SQ0A 4B9TA 5HROA 4KFBA 1VRTA 2BANA 4CERA 4HUFA 1LAVA 3VQCA 4CGGA 5J1EA 4M3WA 1DTTA 1LAWA 2YKMA 4NYFA 2YNIA 4DF8A 2WOMA 1RT4A 2KQ2A 4KHNA 1JLBA 5KGWA 3HPHA 4CIFA 3QO9A 4LY7A 3TAFA 1S9EA 1WAFA 3HSTB 4KHQA 2ZQBA 1XHXA 4E89A 1NKCA 2I5JA 2FBYA 1W9HA 2P51A 1J53A 3AVNA 3ITHA 3U3GA 1SL1A 2QKKA 3RR7A 1RT1A 5HRRA 2LSNA 4OKEA 3OJUA 3AO5A 4FLUA 3V9SA 2F8TA 4E7JA 1DTQA 4DTOA 1RNHA 1BL3A 4K8ZA 1NK9A 3HXMA 4FVMA 4CJ5A 3NDKA 3RMDA 3S9HA 4FJHA 1WSJA 2HVIA 3HVRA 2HHUA 2KZZA 3HPOA 3DLKA 4FLVA 1WLJA 4JS4A 4DSIA 3MEEA 3G0ZA 4XIUA 4M3UA 2HB5A 1LV5A 4CJ3A 4DTUA 4OVLA 4AILC 1Q9XA 3P83D 3DOLA 2G8VA 3O4NA 3JYTA 2B6AA 3LANA 2W42A 4Z4CA 3LWLA 4IFVA 4DQIA 1RBSA 3ZSXA 3IS9A 5J2QA 4Z0UA 4FJGA 3ZSVA 2X6NA 4B9VA 3FFIA 4DSEA 3KD1E 4EP4A 1WSIA 1T8EA 3OJSA 1QHTA 1FK9A 1Z26A 4CJRA 2E6MA 4DSJA 1HYZA 1BISA 1CZ9A 1BGXT 4M3XA 3CG7A 3SJJA 1VSIA 2P1JA 5C25A 4O55A 1REVA 4Y1DA 5E41A 3KLEA 2GBZA 2EX3A 5I3UA 4EZ6A 1RDAA 3KLGA 4BWMA 1NK5A 2P5GA 1WSEA 2YNFA 1NKBA 3IAYA 3M8QA 4CJLA 1ASWA 1S5JA 4OGCA 4CJ4A 3OYGA 1UA0A 1QSYA 4H8KA 3WNFA 1SUQA 3VQ9A 1EKEA 2XRIA 4QAGA 3VQBA 4DFKA 1ZYQA 3WNEA 1VSFA 5CY4A 4FLXA 5T7BA 3EZ5A 4CHQA 3HP6A 4CFAA 5FROA 4FM1A 2XY8A 3TAPA 1EETA 4FJJA 3P5JA 4CJTA 1SKSA 4W5OA 3L2QA 1RT6A 3T1AA 2IAJA 3AO2A 1S6PA 2HNYA 3AVKA 4ZHRA 4FJIA 4CEQA 1ZBLA 4J2BA 4DS5A 3PUFA 4I2QA 4LH4A 2HNZA 4O0JA 1BI4B 2FC0A 1JXEA 1EXQA 1TVRA 1WSHA 2E6LA 3F9KA 4C8NA 1DLOA 3O4QA 3IG1A 2RF2A 1D9FA 1JLAA 4FW1A 4J2EA 1HQUA 1L5UA 4F2SA 4AH9A 4OKJA 2WONA 2HNDA 3RR8A 4F3TA 3LAKA 4BWJA 4ELTA 1WAJA 4IFYA 3QEWA 1KSPA 2AJQA 1TAUA 1F21A 1IKVA 1VSMA 3AVBA 3SYZA 4KKOA 1UWBA 1RTIA 3ZSWA 4KHWA 1ASVA 4O44A 2FBTA 3DOKA 3NHGA 3LDSA 1B92A 3LP3A 3NH0A 3AVJA 4I7FA 3AA4A 4OLBA 4BACA 3DLRA 3ZSOA 4N5SA 2PY5A 4J2AA 4HUGA 4DS4A 2PZSA 4J2DA 3ZT3A 2YNGA 2D0CA 4CF0A 3K5LA 1HMVA 4I2PA 4B3OA 1NK4A 4JLHA 4DTSA 2HHTA 3VQ4A 3CQ8A 4DSKA 3VQ5A 3LZJA 2VG6A 4CFCA 3TAQA 4C8OA 4E0DA 3ZT2A 2OA8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHOA 4RW4A 5FPNA 1TKTA 4YFUA 5BPMA 1XI1A 3PIOL 3VGMA 4CHNA 5MLCQ 1NKEA 1LOTB 4B1YB 4DWIA 1FKOA 4FJMA 4JS5A 1C1BA 3VEWA 2XY6A 3WXLA 3AVCA 1SV5A 4JAXA 2Q1NA 5GAEP 1VQ5N 1NJZA 4DKWA 1TYQB 3DAWA 4A61A 1YJNN 3ULEA 4ZTJA 1SZ2A 3JAMO 5M1NA 5JVGL 4C1NI 2ZJRL 2UUCK 2E1ZA 5AFUA 4Q0BA 3SBGA 3I56N 1VQ4N 1ZBSA 4W5QA 4RG8A 1Q86O 2YKNA 1DKGD 4YOUA 1WSFA 3ZX3A 4IEEA 4B1ZA 2PFUA 2IVNA 4FZYA 1Q7YO 4JI3K 1ESVA 2O8EB 3CJ7A 1T3VA 3U4LA 3AGRA 3QBWA 1VSJA 4K42A 4CEEA 1JLGA 3T69A 1YJ9N 4Y0WA 4BE2A 2OCEA 4H5RA 4OPAA 3B8AX 2AA4A 2EHGA 4CBWA 3CM6A 4WFNL 4F2RA 2QXFA 1BA1A 4DFPA 3OBYA 5AQSA 3ZSYA 1QSSA 4OPHA 4JRQA 1IO2A 1WSGA 1BOTO 5AQKA 4CJEA 1Z25A 1XMOK 2XY7A 2VGNA 3E9PA 2JLEA 4CZMA 4I6MB 4DR6K 4B08A 4KHSA 3H6EA 3U9ZA 3VF2A 1K8KB 3QERA 3K5NA 3A5LC 1NG9A 2F4VK 1DEJA 3LWMA 5H1SQ 2UXBK 3MCAB 4BGBA 4GY2B 5CYQA 1NGIA 4M63C 4JI5K 5EXWA 3TSPA 4DQSA 2E2OA 4RW9A 1OKJA 1U47A 2ASMA 2KZMA 2NLXA 3HL8A 3HO1A 5AQQA 4CEFA 2XHBA 3TTDA 3TANA 2BGGA 3TTFA 3K59A 1QVGM 1I39A 3J81O 4F3OA 1NJWA 4DFMA 1NGEA 3KK2A 1L3SA 3VQPA 3HJFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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