2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
3AA5X 4CF2A 2DFFA 3TAGA 4W5TA 1VRUA 4FJNA 1BGXT 2D0BA 3WNHA 3TABA 2YKMA 3CM6A 3L8BA 3OYIA 4J2EA 2HHSA 3DLRA 4QCLA 4LSNA 2GV9A 5J2MA 2F8TA 2ITGA 1KVBA 3E01A 4Z4FA 4IDKA 3QEWA 3NH1A 2D5RA 1RTIA 4MFBA 3ZSWA 3MXJA 3I0SA 3AVHA 4OVLA 4DSIA 3OYNA 3O4NA 4HCBA 4E7KA 2WOMA 4FLUA 4B8AB 3NF7A 1SUQA 1U45A 3LAKA 1D9DA 3KK3A 3AO3A 1B9DA 3AVMA 4AHSA 1RTDA 1TKDA 3DYAA 1WSGA 1KRPA 4Q0BA 4DSLA 3OVNA 1JLQA 3DM2A 4W5RA 1HQEA 1VSEA 4KO0A 3EYZA 5J2NA 3U3YA 4OGEA 4CGIA 3VQCA 2ETJA 2ZE2A 3L2VA 2HHWA 3DRPA 4CCHA 3LWLA 1TAQA 3ZT1A 4CGHA 5HBMA 3CYMA 4B08A 3JYTA 4DTMA 3VQBA 4E3SA 1XI1A 4CHQA 1SL0A 1RT7A 3V9WA 3CG7A 4N76A 3SV4A 4FJ5A 1FKPA 1TKXA 2HNYA 1T8EA 3NHGA 3RWUA 1RTHA 3ZSQA 4CEQA 4OPJA 3QIPA 4FJXA 4Q5VA 3NF9A 4OKKA 3S3MA 4E7IA 4WE1A 2EHGA 4LH5A 5KGXA 1U04A 4OGCA 1D5AA 2YNFA 2ZQBA 4IFVA 5CZ1A 3KK1A 4DQPA 4K8ZA 1K6YA 1L3UA 3HYFA 3SUOA 1WSJA 3S9HA 2KFZA 3HPOA 4E7LA 4CEAA 3RR8A 3RMCA 1L3SA 1LWCA 3O3GA 3VN5A 3OS0A 4NCGA 1RILA 1RBUA 4CJVA 2PYJA 3PO5A 3HO1A 3ZT4A 1ZBHA 1C0MA 3T3FA 3OYEA 4MQ3A 3KJVA 1RDDA 4W5QA 4BDZA 4ICLA 5C42A 1LV5A 3PX4A 4KAZA 4CF0A 3H08A 3LP3A 4KHSA 1NK5A 4FJLA 2E6MA 1HPZA 1BI4B 3NF6A 1GOCA 1QSYA 4PQUA 1HNIA 3NDKA 3NH0A 2HHVA 3IAYA 2FBYA 4NCAA 1NK6A 4M41A 3HXMA 3P83D 1L3VA 3RTVA 1KTQA 4I9LA 1IKWA 1MU2A 3I8DA 4H4MA 3MXMA 5HLFA 4CEEA 3VQ9A 4GW6A 4AHCA 4CJKA 5J1EA 2Y1JA 3SQ0A 1DLOA 4BE0A 4FJIA 3OS1A 1D8YA 4B9UA 3LZIA 3EY1A 3WNFA 3K2PA 4KFBA 1JLBA 2DY4A 2AJQA 4KREA 3L2QA 4M42A 1Z26A 3A2FA 3NCIA 3SUNA 4DTJA 3K59A 5HRSA 4E0DA 4KHNA 2HHUA 3TANA 3NH2A 2OPRA 3K5MA 1HNVA 4Z4GA 1Z25A 4Z4CA 2P5OA 4C8MA 4CHOA 3NAEA 4CECA 3OYGA 4ID1A 3KK2A 2LSNA 4DQIA 1RT6A 3B6OA 3HK2A 1JXBA 4EP5A 2XO7A 1S9EA 4FK0A 4HVJA 2VWJA 1CLQA 3T19A 1F21A 1IG9A 1BCOA 5T7BA 4QOZB 2B6AA 4C8KA 1B92A 1WAFA 1QSSA 4N41A 5JS1A 3CFPA 2QKBA 2HHTA 4LH4A 3ZSZA 4KI6A 2YNHA 3AA3A 4ZTFA 4DMNA 4CF8A 3K5LA 3PX6A 4DLGA 4KRFA 4DTPA 4F8RA 4CJEA 4BACA 4EZ9A 2Z1GA 1T03A 3AVNA 3IG1A 5K14A 3VQPA 3QINA 1NK8A 5SWMA 1VSKA 4M3TA 3AVGA 2P51A 4CEFA 2B4JA 4OKJA 4CIFA 1BISA 5DMRA 3MEEA 2EX3A 3AVBA 4HHTA 2X78A 3SUPA 2HB5A 3SQ4A 3QEXA 1IKVA 1ZBUA 4KTWA 3TAMA 2Q3SA 3HT3A 3C6UA 4DQQA 1ZBIA 4DF4A 3ITHA 2OZMA 5KGWA 5J2QA 3IRXA 4F3TA 2YV0X 3ZSOA 1QE1A 4W5OA 4KHWA 3TR8A 3V9XA 1REVA 1N6QA 2JLEA 4KTZA 3T1AA 4FJ8A 4B8CA 3FFIA 4KHQA 4DLEA 2HHXA 2P5GA 2DFEA 1FKOA 3IS9A 3NGYA 4IG3A 4QAGA 1R0AA 2OZSA 4TSXA 3SQ2A 1QS4A 1RBVA 4M45A 3ZSRA 5KRTA 1TAUA 4CJUA 4O0JA 4FM1A 3QEPA 4I7FA 1YT3A 4ELUA 2OPQA 2VG6A 1IH7A 4RW9A 1VSIA 1D9FA 4UQGA 4GVMA 2PZSA 4IFYA 1C1BA 3K57A 3QETA 3SPZA 2OA8A 1VSMA 4CHYA 2X74A 3O3FA 1FXXA 2FC0A 3TAPA 3AA4A 4DG1A 4YFUA 3BDPA 2QK9A 1RT4A 4AH9A 3L2WA 4DF8A 4CJPA 4M3XA 1GOAA 3AVAA 4J2BA 4Y1DA 3I0RA 1JLFA 1UAXA 1KFDA 1IO2A 1NJXA 4HCCA 4KB1A 1U49A 3QERA 1QQCA 4BDPA 3M8QA 3MAQA 3QEVA 3L2RA 1ASVA 2F96A 2WONA 1JLAA 2Z1JA 3OJSA 3KIOA 3C6TA 5J2PA 4BWJA 3DOLA 4FJ9A 1NK7A 2XHBA 3C94A 1EETA 3M8RA 4FM2A 1VK0A 3KKRA 3V1QA 1S1TA 3MECA 3VQ5A 4HTUA 5EU7A 4XIUA 3V9ZA 2XY5A 5HP1A 4LSLA 3V9UA 3HJFA 5DK5A 4RW8A 4FLVA 3KTQA 1RBTA 4O0IA 2KZMA 3AVLA 1YTAA 4E1MA 1UA1A 3LALA 3SV3A 2IAJA 4NYFA 4DTOA 4FLXA 4DTUA 3DLHA 2G8FA 2Z1IA 4M3UA 3L3UA 5FRMA 3SPYA 4PY5A 3VQ7A 3P1GA 1U4BA 5C25A 4CHPA 1S1WA 1WSIA 3SI6A 1X1PA 2ATQA 1SKWA 1J5OA 3VQ8A 1JLCA 1NOZA 1NOYA 2E4LA 4FJJA 1C0UA 3ZT0A 2Y1IA 1HYSA 1S1UA 2D0AA 4LY7A 4JRPA 4DFJA 4KPYA 3K58A 1WSEA 5KI6A 4CJSA 5HRPA 4FLTA 1IKXA 1ASWA 1VSJA 1NKEA 3G10A 4CJFA 1JKHA 3RMAA 1HYVA 3QIOA 3QLHA 3PV8A 4DTXA 4FYDA 3P5JA 4FM0A 1EP4A 4FJGA 1VSFA 2YNGA 3PX0A 1RDCA 1WAJA 3QO9A 1TKZA 3L3VA 3VQAA 4AHVA 3KLFA 3HP6A 3LZJA 2YNIA 4GMJB 4BE1A 2KTQA 1LW0A 3ZT3A 4HUEA 4BWMA 4KTQA 2P1JA 3B6PA 3V9SA 1CXQA 1VRTA 4FLWA 4FW1A 1WSHA 1HMVA 3TWHA 2GUIA 4B9VA 3LP0A 3OYAA 1X9SA 3NE6A 1W0HA 2G8VA 2RF2A 5FDLA 3AVIA 1J54A 1LAVA 4H8KA 3DLEA 2KFNA 3L2UA 4IKFA 1TL3A 1WSFA 2BDPA 4FLZA 4F2SA 4FCYA 1N5YA 1S6PA 4DTSA 1HJRA 1RCHA 4C8NA 4CK3A 3DLGA 5SZTA 3S3NA 4NYNA 5KRSA 4CEDA 3SCXA 3KKSA 4K8XA 3O4QA 3ZSXA 4F3OA 2G8HA 2HHQA 4OPKA 3O3HA 4B9SA 4FZXC 1TK5A 4FZYA 4RW6A 1LAWA 2HVIA 1HYZA 2XY7A 3M8PA 3VA0A 3UIQA 4KV8A 2JGUA 1KSPA 1VSLA 1C1AA 3PUFA 3NGIA 3ULDA 3RRHA 1C6VA 4O44A 3ZCMA 3NGZA 2RKIA 1XWLA 2RN2A 1CZ9A 1UOCA 3V1OA 4CJ3A 2BANA 4DTRA 3LANA 2KW4A 4CFBA 3OJUA 4ELTA 1NJZA 4M3ZA 4L8RB 1I3AA 3ZT2A 4N47A 4DSJA 4E1NA 1NK0A 4PA1A 4OLBA 1JXEA 1RDAA 2BGGA 3HP9A 5D3GA 1S6QA 4ZTJA 1TK8A 4CGJA 1RTJA 4C8LA 3CFOA 3NF8A 4CFAA 2OYQA 3DLKA 3QEIA 1TKTA 4N5SA 5JS2A 4DFMA 3RR7A 4CHNA 1NK4A 2O4GA 2XY8A 3PO4A 1QSLA 3LP2A 4DQSA 3AA2A 3RMDA 2QKKA 1WLJA 3SJJA 1QTMA 4RW7A 3M8SA 4DSFA 4CHZA 4FVMA 3VQ6A 5I3UA 3AO4A 2FBVA 4NCBA 1W9HA 4OJRA 1WN7A 1SL1A 2E6LA 1RT5A 1S9GA 4CERA 1NK9A 2QXFA 1Q8IA 3V81A 3DI6A 1HRHA 3NBPA 5FROA 4DSKA 1KVCA 1KFSA 1BCMA 4CGDA 1EKEA 4E7JA 2G8WA 4B9NA 3HM9A 4CJRA 3CFRA 2OPPA 1NJYA 1SL2A 1EXQA 1JL1A 3HL8A 4DSEA 4O55A 2XRIA 1XHZA 3KD5E 3F9KA 2PY5A 3V4IA 1C1CA 4CK1A 1RDBA 1RT3A 3LP1A 4FW2A 1IKYA 4OLAA 4W5NA 3WNGA 1NKBA 1YTUA 4FLYA 2D0CA 5KTQA 3MEGA 3KLGA 4CEZA 4I2PA 4RG8A 4Z0UA 4CEBA 1S1VA 3DRRA 3AO5A 3U3GA 3BGRA 1TK0A 1S1XA 4FZZA 3SZ2A 4F2RA 4O5BA 3NFAA 4IBNA 3KLHA 2OPSA 3TAEA 1Q9XA 2NUBA 5CY4A 4BE2A 4CJLA 4Z4HA 1WNSA 1BQMA 2VWKA 4DFKA 3QESA 3OS2A 1Y97A 4HUFA 3AVFA 5CYMA 2IS3A 4DU1A 3V6DA 1KLMA 4PUOA 3SNNA 2HNDA 4CJWA 1ITGA 1SKRA 2G8IA 5E41A 4B3OA 3ZSYA 1UA0A 1TVRA 4I2QA 2FBTA 1JL2A 3QNNA 3K5OA 3OYBA 4BDYA 3HVTA 1SKSA 3RRGA 4FK2A 4OKEA 1VSHA 3OYCA 1X9WA 1X9MA 5C24A 1DTTA 3C95A 4ID5A 2A1SA 5CYQA 4E89A 1XC9A 2KZZA 1ZBFA 4AHUA 4F4KA 4DU3A 4B9TA 4CJ4A 1VSDA 4O4GA 1ZBLA 1ASUA 3ZSVA 1RNHA 4RW4A 4CGFA 4CJQA 3THVA 4I9QA 1BIZA 3AVJA 4CIGA 1TGOA 4DTNA 4KI4A 2XY6A 1LW2A 1JLEA 3SYZA 1ZYQA 2B5JA 3AVCA 4CJTA 4J2DA 3QNOA 3WNEA 3KLIA 4Z4IA 5CZ2A 3D0PA 1BI4A 3U6FA 4KKOA 1KLNA 4KB0A 3HSTB 3RMBA 3LAMA 4KHUA 4CF9A 1Q9YA 3F73A 4FK4A 3VQEA 4M3WA 1A5WA 3OYKA 1EX4A 4CESA 2VG5A 3JSMA 4DQRA 4DFPA 3LWMA 5HROA 2G8UA 4KHYA 1GOBA 2IDOA 1UWBA 5I42A 3VQQA 2A1RA 2O4IA 1J9AA 3OY9A 3VQ4A 3HVRA 5FRNA 3MEDA 3PY8A 3CM5A 2YKNA 4B9LA 1A5XA 2BE2A 1BIUA 4N56A 1T7PA 2HW3A 1HQUA 3VQDA 1I39A 2IOCA 4CF1A 1TV6A 1YVUA 2HNZA 1G15A 3TARA 4AHRA 4YNQA 1RBSA 4ZHRA 3OYJA 2G8KA 4E7HA 3VA3A 4CGGA 2R7YA 1C0TA 4M3YA 3HPHA 4LD0A 1TL1A 5HRRA 3OYDA 3S3OA 1T05A 3KD1E 1CXUA 3AV9A 3OYFA 2F8SA 4H4OA 3DRSA 4JS5A 2KQ2A 4CEOA 1RT2A 2VG7A 1XHXA 3DOKA 4FJMA 1A5VA 1RT1A 3SQ1A 2IC3A 3LPTA 4CJ5A 4FJHA 3AO2A 4JRQA 4DS5A 1JLGA 1KVAA 3DLBA 2I5JA 3ISNC 1CZBA 1U47A 2YHAA 3DMJA 1LWFA 3AVKA 3OYMA 4C8OA 1J53A 3HPGA 4G1QA 4EP4A 2HMIA 4ELVA 4J2AA 1BHLA 4JS4A 3MXIA 1L3TA 1BQNA 1BL3A 3ASMA 3TAFA 1S5JA 4AILC 4FXDA 4Z4EA 4JLHA 3D45A 1O1WA 4EZ6A 1RBRA 4IG0A 1LWEA 2DTUA 2GBZA 4M3RA 1B9FA 3SUQA 3TAQA 3OYHA 1NKCA 2PYLA 4Y1CA 3EZ5A 4B9MA 4CIEA 4CFDA 1L5UA 3K5NA 3V1RA 2W42A 4FJ7A 2X6SA 5HRNA 1QHTA 3AO1A 1NJWA 4HUGA 4DWIA 2DFHA 1DTQA 2ZD1A 4CK2A 4DU4A 4CFCA 4DS4A 3KLEA 4PWDA 4CE9A 3ALYA 2X6NA 3G0ZA 1KCFA 4E19A 4AHTA 2Z1HA 3LPUA 2YHBA 3OYLA 1FK9A 4R5PA 2RPIA 1U48A 3CQ8A 4FJKA 1SV5A 2IGIA 3LDSA 3TI0A 2FBXA 2HVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5TA 4H0XB 1VRUA 1BGXT 3CCRN 3L8BA 3OYIA 5AQWA 4IOAL 5J2MA 1Q18A 1HKCA 2ITGA 2RE2A 4Z4FA 5AQGA 4MFBA 3AVHA 2BUPA 4K41A 4HCBA 4WQ4C 3NF7A 3L4QA 3AO3A 1B9DA 3AVMA 1RTDA 5DM6L 4Q0BA 5BRHA 1JLQA 3DM2A 1HQEA 3ZEUB 1VSEA 1T3VA 1NBWA 3DAWA 2P9KB 5BR9A 4IZ9A 5EXWA 4G9ZA 3ZT1A 2QXLA 3M3ZA 1EQYA 2P9SB 4BRMA 3ATUA 4N76A 2HNYA 3NHGA 1XC3A 2F9WA 4CEQA 4FJXA 3NF9A 3VEOA 3S3MA 2EHGA 1YHQN 4LH5A 4JKGA 1U04A 3N4QA 3ULEA 3SBGA 4YDUC 3SUOA 1WSJA 3HPOA 2OCEA 3WT0A 4CEAA 4FWLA 5GAHP 3OS0A 4CJVA 1ZBHA 1C0MA 3T3FA 3OYEA 3NVMA 4YY3K 4W5QA 4ICLA 5C42A 3WQUA 3BY5A 3WXJA 3LP3A 4KHSA 1NK5A 1GOCA 1QSYA 1HNZK 3NDKA 1BU6O 4NCAA 2FBYA 1NJIO 4M41A 3HXMA 1EWQA 3P83D 1MA9B 3RTVA 3I8DA 3MXMA 4CJKA 1K73O 3HI0A 4BRGA 4B1WB 1D8YA 4OO1J 4B9UA 3LZIA 2Q0UA 4KFBA 2QWLA 2DY4A 1WOQA 4M42A 4GKJK 3A2FA 3NCIA 4DTJA 4E0DA 3TANA 4H0PA 3JXUA 4OPAA 3K5MA 4K25A 4Z4GA 2P9UB 3NAEA 4CECA 4DQIA 3ZETA 2LSNA 3PSIA 4FWMA 4FWRA 1S9EA 4FK0A 4HVJA 2VWJA 1J6ZA 2QKBA 3VESA 4LH4A 4DMNA 4CF8A 3PX6A 2D4WA 3SAHA 4A2AA 3VQPA 4CD3A 3D2EB 4JV5K 5F1XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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