2QK9A

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 18-mer rna/dna hybrid
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
SHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Homo sapiens
molecule keywords 5'-R(*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qk9A00
1T05A 1JLFA 1RBSA 1S9EA 4JRQA 3PO5A 4J2DA 3G10A 3S3MA 4DSKA 3H08A 4CGDA 1RTHA 2G8IA 1TKZA 3ZT1A 4PWDA 3DYAA 4OVLA 3PX4A 4KI6A 1RT5A 3CG7A 1RT1A 4CE9A 4FLXA 1JXEA 4FK4A 3K58A 4RG8A 2Z1HA 1RT7A 3L3UA 3LP1A 1KLMA 5KRTA 3KK1A 4CEOA 1SL0A 1VSMA 2OZSA 3DOKA 1LWEA 4KRFA 3ZT3A 4OGEA 4DS5A 4K8XA 1TL1A 1HPZA 4CHYA 3LP2A 2RN2A 3D45A 4NYFA 3U6FA 4GW6A 4K8ZA 1J54A 1WAJA 3OVNA 3ITHA 2O4IA 3KLHA 3JYTA 4ELTA 3DM2A 4FJ7A 3BGRA 1U47A 4DG1A 4JLHA 3HP6A 1DTQA 3NH0A 2IDOA 3RRHA 1RDBA 1FXXA 2ITGA 3SI6A 1C1AA 1N5YA 2G8WA 2VWJA 1IKYA 3AVKA 3SQ1A 1X9WA 4AHTA 1UAXA 2HHUA 4CJ3A 3CFPA 1EX4A 4PUOA 2Z1JA 4ELUA 1L3SA 3PY8A 4DWIA 1EP4A 1ZBHA 1LAWA 4CGGA 3LAKA 3SUNA 2PYJA 1G15A 1S1UA 1WAFA 4Z4CA 1ZBLA 4OLBA 3QLHA 3VQEA 3T1AA 1VK0A 4CFBA 1FKOA 4FJKA 1T03A 3I8DA 2KZZA 2BE2A 2ZD1A 4DTOA 4FZZA 1GOAA 3LANA 2JGUA 3ULDA 3MXIA 2D0CA 4CEFA 1WSFA 1XHXA 1YVUA 5T7BA 4B3OA 2EHGA 4BDZA 3QIPA 4CEDA 2P5OA 3KKSA 3ZSYA 2FC0A 3OYBA 3O3HA 3SJJA 2YNGA 3L2VA 4WE1A 3SV3A 2QK9A 4HCCA 4M42A 3QERA 4DLEA 1NJWA 1GOBA 2HHTA 4CF8A 3FFIA 3DLHA 1HRHA 3AVBA 3T19A 4N56A 4DTMA 5E41A 5HLFA 2E6MA 4E7HA 4FCYA 3KLGA 4FJNA 3KJVA 2Z1GA 4OPJA 3KD5E 4FJ9A 3PUFA 5HROA 2KZMA 2YNHA 3E01A 1C0TA 3KD1E 2RPIA 2R7YA 3QEVA 1TAUA 1L3TA 3I0RA 3AVIA 3CM6A 5HRNA 3QEXA 2KFZA 4Z4FA 1W0HA 3AVFA 4ID1A 3TAQA 2HHSA 4AHVA 4QCLA 2GUIA 3VQ4A 4LSNA 4FLWA 4E7LA 4DFMA 3AVNA 5KGXA 3OJUA 4C8OA 3NF8A 3QESA 3ASMA 2B5JA 5J2PA 4HTUA 1HYSA 1XWLA 3RMCA 2HNZA 3P5JA 3OYHA 4DQIA 3M8RA 1IH7A 1UOCA 3RMBA 4KHWA 1KFSA 1VSHA 4AHSA 1HQUA 3CFRA 2HHXA 1U48A 3V1RA 1VSJA 3VA3A 1JLAA 4NCAA 3DLBA 1SKWA 1QS4A 4IBNA 5HP1A 4R5PA 1TK8A 3V4IA 3OYGA 4IKFA 2E4LA 1CZ9A 4AHRA 1R0AA 4FYDA 1NKBA 4Z0UA 3V1QA 4CHPA 4CJEA 3TANA 4LY7A 2B6AA 4W5RA 2NUBA 3V9WA 4YNQA 1KCFA 4DS4A 3ZSZA 3RWUA 4KTQA 3KK3A 3OY9A 2XY5A 1NOYA 4LH5A 4ZTJA 1RDDA 3ZCMA 1X1PA 4CGHA 1Q8IA 3B6OA 3O3FA 1IKXA 4FK0A 4FJMA 1C6VA 4Q5VA 3HVRA 3SCXA 3AO2A 3V6DA 2KTQA 4E0DA 1TK0A 4CGIA 5HRSA 2GV9A 1WSGA 2DFFA 1N6QA 1U04A 2WOMA 1QSYA 4OGCA 3O4NA 4CJSA 4KREA 4CJVA 4CFDA 4Z4EA 3HXMA 4IG0A 1YTUA 4CHZA 4CJQA 2OYQA 1Z26A 4HVJA 1HYVA 1X9MA 1IG9A 5JS1A 4W5QA 3NCIA 3VQQA 3L2QA 1NJYA 4FXDA 4E1NA 1BCOA 1NKEA 4E3SA 2OPQA 5CYQA 4B9VA 3MXJA 4CJ5A 2PY5A 2BDPA 1TAQA 5KRSA 4B9MA 2G8VA 5K14A 4M3TA 4CIEA 1VSIA 3KLIA 1ASVA 4RW4A 4CEAA 4FLUA 4M3XA 3V1OA 4DQQA 2VG6A 1ZBUA 4NYNA 4F2SA 4ICLA 3VQ9A 4CEBA 5CYMA 4RW7A 2IGIA 4C8LA 1NK0A 2RKIA 4O4GA 1J5OA 1VSLA 1JLBA 2PYLA 3K59A 3DLRA 4CEZA 4BE0A 2KW4A 3HL8A 4DTXA 2X6SA 3AVJA 4CJKA 4PA1A 2Y1IA 1WSHA 1SKSA 3RR7A 3IRXA 4QAGA 3SQ0A 3IS9A 4O44A 3EZ5A 4KHUA 3HSTB 4W5NA 2YHBA 1B9DA 2X74A 3C94A 4KFBA 5EU7A 4FJIA 2KFNA 2IS3A 3L8BA 3CM5A 1D9DA 5FRMA 2HW3A 2YKMA 1LAVA 2P51A 3K5OA 4CF1A 1S5JA 3DI6A 3ALYA 4CJFA 1RTDA 3S3OA 2OPRA 3DRPA 2HHWA 3VQBA 3OS0A 4B08A 1XI1A 3VQ5A 3VQAA 4CHNA 3WNGA 3LPTA 1D9FA 4Z4HA 4M3ZA 4DSIA 1EXQA 3MEGA 4BE2A 3HPOA 1NK9A 4J2AA 3ISNC 4L8RB 1ZYQA 1VSKA 3AVLA 4NCGA 4F4KA 4HUGA 4CEQA 2FBVA 3AVHA 3C95A 2YV0X 3NF7A 4M45A 3WNFA 5SWMA 3MAQA 4JS5A 1UA1A 1IKVA 1IO2A 4KKOA 4CECA 3LZIA 3TAEA 4CK3A 3HJFA 1QQCA 2RF2A 2ZQBA 3NH1A 3L2WA 5J2MA 4UQGA 5DK5A 3QEWA 4OKKA 1IKWA 5JS2A 4DLGA 4DSJA 1QSLA 4I7FA 1SL1A 1TVRA 4KPYA 2KQ2A 5DMRA 3K5NA 2OPPA 4F8RA 4KB0A 1A5VA 1C1BA 4DTUA 1U49A 3TARA 3MEDA 5HRPA 3AVAA 4KHQA 2HHVA 1JLQA 3AVGA 1KLNA 3AO5A 3EYZA 2B4JA 1S6QA 3K57A 4KV8A 3UIQA 1LWFA 5J2NA 1T7PA 3KTQA 3C6TA 4FM0A 1CXQA 3PV8A 3KLEA 3WNEA 4CGFA 3IAYA 1TKDA 2HVIA 3SUPA 1HYZA 1TGOA 3LWLA 3CQ8A 3TAMA 2IC3A 3VQ7A 3O4QA 4N41A 3NH2A 3HT3A 4DF8A 3SUOA 2DY4A 5FROA 2G8FA 3RMDA 1S1XA 1SUQA 2YNFA 4KHNA 3NF9A 5KTQA 2DFHA 4RW6A 1VRUA 3ZT2A 3OYFA 5J2QA 1TL3A 3VQCA 3OS2A 3AA2A 3ZT4A 3OYAA 4JS4A 2D0BA 1KTQA 2VWKA 1WSIA 4ID5A 4BE1A 4AILC 1KSPA 1BGXT 3S3NA 2W42A 2D0AA 4FLZA 1BCMA 3HP9A 1BQMA 5FDLA 4EP4A 4DU3A 4HUEA 1BL3A 4H4MA 3K5MA 2F8SA 1KVAA 1ASWA 1TKXA 5HBMA 2F8TA 1RT3A 1RTIA 4KI4A 3LALA 3ZSOA 1BIZA 1BHLA 2HVHA 3VQ8A 4CIFA 3QEPA 4E19A 2HHQA 3THVA 4FLTA 1O1WA 4AHUA 2X78A 4E7KA 4DU4A 3DLKA 1QTMA 4CFAA 3TI0A 4CJTA 4DQSA 2P5GA 1Q9XA 1WSEA 4DTNA 4KHSA 4OKJA 2FBYA 1I3AA 4KB1A 2XY7A 1S6PA 1CXUA 3DRSA 2DTUA 2QKKA 1FK9A 4O0JA 3QIOA 1LV5A 1KRPA 2F96A 3KLFA 3LWMA 1WLJA 3NGYA 4E7JA 3QNNA 4Y1CA 4B8CA 3OYMA 4I9QA 4KO0A 1S9GA 2JLEA 3B6PA 3VQDA 3BDPA 1S1TA 1JKHA 3ZSRA 4CF9A 1C0UA 1DLOA 3C6UA 4CJ4A 1HNVA 1RILA 3PX0A 4LD0A 1XHZA 3OYCA 2Z1IA 4YFUA 3AO3A 4Q0BA 1B92A 1NK8A 4DSLA 4CJPA 1ASUA 3P83D 4FM2A 2XRIA 1NJZA 1XC9A 4IFVA 4G1QA 4CIGA 3TABA 1EETA 1TV6A 4NCBA 4F3TA 2HB5A 3DLGA 3RMAA 4CESA 1RBVA 5C25A 3LP3A 3I0SA 5CZ1A 4CHQA 3TAFA 2XY6A 3DMJA 1YTAA 1ZBIA 1CZBA 2IOCA 4B8AB 1SV5A 4B9UA 3A2FA 4FM1A 3NBPA 4BACA 1QE1A 2E6LA 1JLCA 3QO9A 4CCHA 3NGIA 2HNYA 3NE6A 4BDPA 2YNIA 3HM9A 3V81A 4FZYA 2PZSA 4DU1A 3SQ2A 3L2RA 4DSEA 4J2EA 3HPHA 3LZJA 2YKNA 3MECA 4M3WA 1RNHA 2IAJA 1J53A 4CJUA 4GVMA 5KGWA 3OYKA 3NF6A 4I2QA 3WNHA 1TK5A 1Y97A 1WNSA 3VQPA 1NOZA 3SZ2A 4XIUA 4M3UA 2Q3SA 2O4GA 4Z4GA 2XY8A 3AA4A 3RRGA 4EZ9A 1JL1A 3DRRA 2HMIA 3G0ZA 3F9KA 1NK7A 3SPYA 3KIOA 1L5UA 1HMVA 4M3RA 1CLQA 4JRPA 3U3GA 2VG7A 1JLGA 4B9LA 1C0MA 2D5RA 2Y1JA 1YT3A 1JL2A 1RDCA 1RBUA 3CYMA 4GMJB 3OYEA 1SL2A 1A5WA 3HYFA 3V9XA 3PX6A 3M8SA 3O3GA 2XHBA 3AA5X 1BIUA 3ZSVA 3NGZA 1ITGA 1HJRA 5CY4A 4N47A 3L2UA 1VSEA 1T8EA 3KK2A 4BWMA 3NDKA 3HPGA 3AVMA 4I2PA 4OPKA 4F2RA 4ZHRA 2QXFA 1NJXA 1UA0A 1KFDA 4DTRA 4E1MA 3QETA 2I5JA 4LH4A 4AHCA 4CF2A 3TAGA 2G8KA 2OA8A 5I3UA 4DFPA 4MQ3A 3K5LA 3V9UA 3F73A 4PY5A 2ATQA 3LAMA 3M8PA 3SV4A 3LPUA 2FBXA 3DOLA 3OS1A 1U45A 3JSMA 4J2BA 4W5TA 1W9HA 5C24A 2EX3A 1DTTA 4O55A 3VQ6A 4CJLA 1ZBFA 1LW0A 4BDYA 1Q9YA 4PQUA 4ZTFA 5I42A 1BISA 1LWCA 4FVMA 3ZSWA 3LP0A 1K6YA 5D3GA 1JXBA 4FJLA 1D5AA 3DLEA 1S1VA 5KI6A 4W5OA 4RW9A 3S9HA 3SQ4A 4M3YA 1L3VA 4Z4IA 1KVBA 1FKPA 4CGJA 3OYNA 3OYIA 4B9SA 2YHAA 1KVCA 1VSDA 1NK6A 4DTSA 1NK4A 4DSFA 1HQEA 2XO7A 2X6NA 4FJ5A 4C8MA 4FJHA 4CFCA 4HUFA 4FW2A 4F3OA 3RTVA 3SUQA 2G8UA 4IDKA 2OPSA 2DFEA 4KTWA 4DMNA 3T3FA 4CEEA 1L3UA 1B9FA 4IFYA 2BGGA 1BI4A 4OKEA 5C42A 3QNOA 4E89A 3PO4A 2QKBA 2WONA 1RT6A 1D8YA 4CK1A 5J1EA 4HHTA 3TAPA 4H8KA 4I9LA 4H4OA 3OYJA 1C1CA 1GOCA 4CERA 2LSNA 4DTJA 4QOZB 4EZ6A 1RDAA 3ZSQA 3P1GA 1MU2A 1Z25A 4DF4A 2A1RA 3KKRA 1S1WA 3SYZA 4B9NA 3AO1A 1TKTA 1X9SA 1RCHA 2ZE2A 4FJGA 1RBRA 4RW8A 4MFBA 4CF0A 4DTPA 3VN5A 3MXMA 1RT4A 4IG3A 4CJWA 4FZXC 4OJRA 3TR8A 1BI4B 1I39A 1UWBA 1WN7A 4FLVA 4M41A 2VG5A 3CFOA 3MEEA 1LW2A 4C8NA 3AV9A 3L3VA 1SKRA 4B9TA 4Y1DA 3LDSA 2AJQA 2OZMA 3NHGA 4OLAA 2FBTA 4C8KA 3V9ZA 1HNIA 3SNNA 2A1SA 4TSXA 3AO4A 4CJRA 3VA0A 1EKEA 4AH9A 3EY1A 3OYLA 4DFKA 4DQPA 4FW1A 3K2PA 3QINA 2BANA 4DFJA 2G8HA 3TWHA 1A5XA 4ELVA 1RT2A 4FJ8A 4FK2A 1VRTA 4N5SA 4HCBA 3NFAA 1NKCA 4EP5A 3ZT0A 1WSJA 4O5BA 4FLYA 1F21A 4BWJA 4N76A 3D0PA 3HO1A 1J9AA 1JLEA 2GBZA 3AA3A 4LSLA 4FJXA 4KAZA 3NAEA 3IG1A 1U4BA 1NK5A 1QSSA 2P1JA 4DQRA 3OYDA 4KTZA 3RR8A 5CZ2A 4CHOA 1BQNA 3V9SA 4O0IA 3OJSA 4E7IA 3SPZA 5FRNA 3AVCA 4CK2A 3HVTA 3ZSXA 2ETJA 4FJJA 3HK2A 5SZTA 3QEIA 2HNDA 3U3YA 1QHTA 1RBTA 5HRRA 3M8QA 1REVA 1VSFA 4KHYA 1RTJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E9LA 1BA0A 4NLCA 1RBSA 3DJCA 4BR2A 3H08A 4CGDA 1RTHA 3PX4A 2F9TA 4KI6A 1RT1A 5LL6Z 2Z1HA 3LP1A 4Y0WA 3FFKB 1LWEA 4KRFA 2A42A 3CHWA 1NGHA 2RN2A 3U6FA 4A2AA 4GW6A 1J54A 1Y64A 2O4IA 3CCQN 2P9UA 4A5BA 1E4FT 5BPMA 3H1QA 4JKCA 3HP6A 1X9WA 3OA9A 1UAXA 4AHTA 4CW7B 4GY2B 1EP4A 1LAWA 2ASOA 3LAKA 4CGGA 1G15A 1ZBLA 1WAFA 2QEXN 3MDQA 1VK0A 1K8AO 1T03A 4JK8A 2O8FA 2HF3A 5GIOA 3I8DA 2QXLA 4AM6A 1VQ8N 2BE2A 1YJNN 1GOAA 2P9UB 3MXIA 4CEFA 5JICA 1XHXA 4NLBA 3B8AX 5M1PA 2P9PA 3SV3A 1ATNA 4BRFA 4M42A 3KWGA 2HHTA 2QW9A 3AVBA 4DTMA 2O8FB 5E41A 5HLFA 4FJNA 5BN9A 2KHOA 3FZMA 1BU6O 2Q1NA 1HNXK 2FSNA 1NJIO 1K9MO 3E01A 3KD1E 4BRGA 2NNWA 2R7YA 5AR0A 2UUBK 3I0RA 3AVIA 2P9PB 3T1YK 3TAQA 1HX1A 2HHSA 4AHVA 1XNQK 4CZJA 1NLVA 5JVGL 3CJBA 1TUYA 4LSNA 1VQ9N 4DFMA 3MK6A 3AAQA 1BA1A 3QESA 4HTUA 4DQIA 1IH7A 3FZKA 1UOCA 4DV1K 3RMBA 4KHWA 1VSHA 4ILJA 4FWNA 1VSJA 4QS7A 1SKWA 2QM1A 2E1YA 2E4LA 4IOXA 4DV0K 1R0AA 1C0GA 3ZETB 3I56N 4LFCK 2NUBA 3D6RA 3I55N 3V9WA 3KK3A 1NOYA 5LMNK 4LH5A 1RDDA 4PL8A 4BG8A 3ZCMA 1IKXA 1C6VA 3V6DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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