2QKKA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 14-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
154
Chain Sequence
GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3'
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 154
sequence length 154
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, R, S, W
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkkA00
3TAMA 1VSDA 3B6OA 5CZ2A 4Z4GA 4KHQA 4CJFA 1FKPA 4B9MA 4DQSA 4FJ5A 3VQDA 5KRSA 4BWMA 3PY8A 4OPKA 1IKVA 1NK6A 1RBTA 1RDBA 3WNGA 1RILA 3LP2A 3QERA 1QS4A 2O4GA 3KKRA 5CZ1A 3NH1A 3EY1A 1LV5A 1U45A 3RRGA 1BISA 1EX4A 4CF0A 3HVRA 1L3VA 4HUGA 1MU2A 2YNGA 3O4QA 4B9NA 2O4IA 5KGWA 3VQAA 3DRSA 4CERA 3MECA 2GBZA 4DTPA 4FW1A 4DMNA 3QEIA 4FK2A 1RBSA 4C8LA 4DTOA 5I3UA 4FJNA 4UQGA 4GVMA 4CHYA 1NJXA 3D45A 5KRTA 1IH7A 1RTJA 3IAYA 4CEBA 4KKOA 5DMRA 3P1GA 4FLTA 4E7IA 1J5OA 1QSSA 1LAVA 3I0SA 2HHUA 3HPHA 1JXEA 4Z4IA 4DTJA 3QEXA 3SQ4A 3OYKA 4OPJA 1Q9XA 1UA0A 4CIFA 2ATQA 3MEDA 1SUQA 4CIGA 1WNSA 4AILC 3L3VA 3AA2A 1WSIA 4CECA 3KK1A 3LWLA 2KFZA 4ID1A 4OKEA 3SV4A 4DFKA 4CJ5A 5HLFA 1NK8A 4PA1A 3PO5A 4ELUA 1S5JA 4CF2A 3JYTA 3LPTA 5FRNA 3NBPA 3TABA 4FM2A 3SJJA 1B9DA 1NK5A 4PY5A 2ZE2A 4KB1A 3BGRA 1FKOA 1RT6A 2I5JA 3NH2A 3ITHA 2B6AA 1VSFA 2A1SA 3THVA 1W0HA 1K6YA 4FJ7A 4AHTA 4CGFA 4ELVA 3DI6A 1NKBA 4F3TA 2B4JA 3RMDA 1C6VA 1KSPA 4KO0A 4FJGA 1HMVA 4KREA 4E7KA 3S3NA 4W5QA 5K14A 4FCYA 3G0ZA 3LALA 4FJIA 2D5RA 3LAMA 3QNNA 3NAEA 3LPUA 3NF7A 3SI6A 1ZYQA 3OJUA 4MFBA 3U3GA 4JS5A 2YKNA 3HJFA 4NCAA 2VG6A 1HNIA 4FJMA 4LSNA 4B9TA 4B9LA 4ELTA 3O3FA 3F9KA 1TK8A 3AVJA 2DFHA 5JS1A 1UA1A 3LWMA 1WSFA 3RMBA 4DF4A 3S3MA 3RMAA 3V81A 4F4KA 3DLRA 4DWIA 4DTUA 3VQ7A 1SKWA 4PUOA 1TL1A 1GOAA 2XY5A 3P5JA 3C6TA 1C1AA 2XY8A 3ZSOA 4CJLA 3AA3A 4NCBA 3MXJA 4CF9A 2BE2A 4JRPA 4KRFA 1TKDA 1S1XA 3ZCMA 3DLHA 4H8KA 4RG8A 1RBUA 2VG5A 2PYLA 4DSLA 1TKTA 4DSIA 1T05A 4E89A 1J54A 1RCHA 1WSGA 3DLEA 1C0TA 3KK2A 1NJZA 2AJQA 3HT3A 1QE1A 5CYMA 3KK3A 2OA8A 1BQNA 2IS3A 4AHCA 4CGHA 3K58A 4IG3A 1TAQA 4AHUA 4B8CA 3L2RA 2Z1JA 3OYHA 1T7PA 3E01A 3NF6A 4KV8A 4F2SA 2KZZA 2D0BA 3SQ0A 4FVMA 4CFBA 3TR8A 4CFAA 3QLHA 3AO1A 4R5PA 3K5NA 3K57A 3LZIA 5HRRA 3ZT0A 4Q0BA 1EETA 3LAKA 4DTXA 1TK5A 1TKZA 4DQIA 2HHXA 4QCLA 4O55A 4KB0A 1RT4A 3P83D 1KRPA 4FZZA 1UOCA 3M8PA 4DS4A 4J2BA 2YKMA 4FYDA 3KLHA 4Q5VA 2W42A 2XY7A 2QKBA 3AO5A 4N56A 4BWJA 1Q9YA 3HP6A 1FXXA 1QHTA 1NK0A 3G10A 2IC3A 1S1WA 1HYVA 3D0PA 4DTMA 4M3TA 2HHVA 5CYQA 4L8RB 2G8UA 4BDPA 1FK9A 4Y1DA 1LWCA 1QTMA 3ZT1A 4DSJA 4FJ9A 2Z1IA 5HRPA 1CXUA 4Z4CA 1Q8IA 2OPPA 3QIOA 4O4GA 3V9SA 3KD5E 4IBNA 3VQBA 4EP5A 5J2MA 3RR8A 2JLEA 2IDOA 4F3OA 1BCOA 5J2NA 4CGJA 1HJRA 4QOZB 4CEAA 1T03A 1DLOA 3TAPA 4HUFA 3TI0A 3DOLA 3VQQA 1HYSA 3PX4A 4EP4A 4W5RA 4OGEA 2XHBA 2HHSA 3V1RA 3QEPA 3K5OA 2G8KA 3RR7A 1TGOA 4H4MA 4E1MA 2YHAA 4ZTJA 2HMIA 2OYQA 2E6MA 4CHZA 5SWMA 2KTQA 3T19A 4O5BA 1U49A 5HBMA 3M8SA 3OS1A 3WNEA 4BDZA 3AVGA 1XHXA 4CJKA 3HK2A 3FFIA 1NJWA 2RF2A 4FJ8A 4JLHA 3CG7A 3CFOA 2Z1HA 1W9HA 2FBTA 2YNFA 3VQPA 5J2PA 4M41A 4CHNA 1IG9A 2HB5A 2D0AA 1NK4A 1A5VA 1RBVA 1WSJA 3AVFA 2VG7A 4KHYA 1TAUA 1A5WA 1KTQA 4O44A 1JLCA 3DOKA 1RT2A 2A1RA 3AVAA 4BE2A 1VSEA 1EP4A 4BE0A 4DLGA 4CJ3A 3NH0A 3OJSA 2QK9A 1I3AA 4W5TA 2YNHA 4BACA 1X9MA 4AHSA 3ZSYA 3SNNA 3LP0A 1YT3A 1HYZA 4DSKA 3PV8A 3DMJA 3IRXA 4I2PA 1BI4A 2G8WA 4CJPA 4AH9A 1ZBIA 4FW2A 3OYGA 4KFBA 3K5MA 3L2WA 1JKHA 1D8YA 1S6QA 3HM9A 4RW7A 1XWLA 4M3RA 3L8BA 4CK3A 4WE1A 3ZT2A 3KLFA 4FJXA 3ZSQA 4CEEA 1IKWA 2OPQA 3QESA 1NKEA 1Z26A 4E7HA 1JLBA 4HHTA 1N6QA 3K2PA 4FJLA 4OKJA 1VSLA 4FJJA 1RTIA 3BDPA 3QINA 4CIEA 4RW8A 3JSMA 4M3WA 1LW2A 2P5OA 1VRTA 1ZBFA 3WNFA 3EZ5A 3UIQA 1C0UA 4YNQA 1YVUA 1CZ9A 3DRPA 4F8RA 1X9WA 2IAJA 4B3OA 4CESA 3NHGA 3AO4A 2HHWA 4FM0A 4FXDA 2E4LA 4CEOA 2OZMA 3QEWA 2KQ2A 4HCBA 1WSEA 4TSXA 4CHOA 1GOCA 3AVNA 1ZBUA 5HP1A 2P1JA 1U4BA 4DU4A 3U3YA 2F8TA 4Z4HA 2LSNA 3CM6A 1NKCA 1BL3A 4CEFA 3AVLA 1WAFA 4C8OA 4E7JA 4CJTA 3SZ2A 3KLIA 2OZSA 4N41A 4KHSA 1RDAA 4M3YA 5T7BA 1HQUA 2XRIA 3OY9A 4CCHA 3KKSA 1JLAA 4DLEA 1DTTA 1RT1A 2HNZA 3C95A 3ZSVA 4KI6A 3ISNC 4K8XA 1C1CA 3KTQA 3OYLA 3KJVA 2RKIA 1SKRA 1NJYA 1JLGA 4QAGA 4CGGA 4I9LA 3CM5A 4E19A 4IDKA 3C94A 2G8VA 4KHWA 2HHTA 3TAEA 3AVHA 4HUEA 2YHBA 2P5GA 4XIUA 4FLYA 3SV3A 1SKSA 3ZSWA 4E3SA 3LANA 4KTWA 3OS2A 4FLXA 3H08A 1S6PA 1S1VA 2HHQA 4AHRA 3VQ4A 3OS0A 3WNHA 4EZ9A 1S9EA 3B6PA 1IKYA 3KIOA 1VSMA 3O3GA 4CFDA 3QO9A 3RRHA 1EXQA 2WONA 3AVIA 2BANA 4CEZA 3T1AA 3HXMA 3NFAA 2B5JA 2HNDA 3HVTA 2EX3A 3DYAA 3VA3A 2HNYA 3A2FA 5FRMA 1CLQA 1LWEA 4H4OA 3DRRA 2F8SA 2X6NA 4FZYA 1YTAA 3AA5X 5J1EA 1U48A 2G8HA 1A5XA 4ICLA 4BE1A 4DTRA 3KD1E 4CJQA 4FLVA 1UAXA 4MQ3A 3K5LA 4I9QA 1BI4B 1JL2A 2DFEA 4EZ6A 1IKXA 1ZBHA 3I8DA 4CJUA 1VSHA 1Y97A 1S1TA 3OVNA 1JLEA 3HL8A 4C8KA 1BHLA 1ZBLA 5FROA 4IFYA 1L5UA 4Z4FA 1ITGA 1UWBA 3CQ8A 3V9WA 1KFSA 2JGUA 1RTHA 2WOMA 3QETA 4OJRA 2GUIA 4JRQA 3L3UA 1SV5A 3AVBA 3S9HA 3TARA 2F96A 3SUQA 3PO4A 4DQPA 4KTQA 3ZSRA 1TK0A 2BDPA 2FBYA 3NCIA 3NDKA 2XO7A 3OYNA 4DFMA 4DSFA 4OLAA 3V4IA 3L2UA 4FLWA 2RN2A 4Z4EA 1REVA 1BGXT 2KW4A 1RT3A 3CYMA 3MAQA 3F73A 4CEDA 1VK0A 2X74A 4DS5A 4O0IA 1DTQA 1C1BA 3O4NA 3I0RA 4CJRA 3OYMA 3ULDA 4DTNA 4B8AB 5HRSA 3PX0A 5KI6A 1KLNA 4M3XA 4IFVA 2Q3SA 2GV9A 3IS9A 3NGYA 4FJHA 4KHUA 1KLMA 2Y1JA 3AO3A 4OGCA 1U04A 1RBRA 1ASUA 1CXQA 3CFRA 4DQRA 4N47A 3VQ6A 3C6UA 2YNIA 2YV0X 3MEEA 4OVLA 4PQUA 4E7LA 1RNHA 4N5SA 4JS4A 1NK7A 2R7YA 4DTSA 2QXFA 4CJWA 1X1PA 1VSKA 3VQ8A 1B9FA 2VWKA 4CJVA 3HPGA 4DSEA 4AHVA 5C42A 4C8MA 4RW9A 1T8EA 1TV6A 3ZT3A 4IKFA 3VN5A 3V9ZA 1TL3A 1BQMA 4G1QA 3V6DA 2DTUA 4PWDA 3ALYA 4FZXC 1IO2A 5HROA 3DLGA 3DLKA 4CGDA 3DM2A 1L3SA 1WSHA 4OLBA 5D3GA 3NE6A 1KVAA 1HPZA 2G8IA 3O3HA 4M42A 5C25A 3PX6A 1BIUA 4DG1A 4FK4A 2ZQBA 3OYBA 1RTDA 4KI4A 3V1OA 3NGIA 1X9SA 2KFNA 4K8ZA 4KPYA 4NCGA 4M45A 4LH5A 2X6SA 5FDLA 2KZMA 1XI1A 4B08A 3SCXA 2EHGA 1BCMA 2PZSA 4E1NA 1L3TA 3OYFA 4RW6A 1KVBA 4CE9A 4CF8A 4CJSA 4B9VA 2P51A 3AA4A 1S1UA 3ZSZA 4I7FA 3V1QA 1LW0A 4HVJA 4DU3A 3S3OA 1U47A 4B9SA 4FM1A 1LAWA 1SL2A 1CZBA 1C0MA 1EKEA 5KGXA 1D5AA 2PYJA 4CEQA 3DLBA 1R0AA 1JL1A 3MEGA 4J2DA 4RW4A 1KFDA 3QNOA 3ZSXA 3KLGA 2X78A 1TVRA 3IG1A 1XC9A 4M3UA 2OPRA 3HO1A 1F21A 1N5YA 4Z0UA 5HRNA 4LSLA 4CGIA 3V9UA 1B92A 4CK1A 2OPSA 3QEVA 4M3ZA 4F2RA 1J53A 2HVIA 1HQEA 3CFPA 4B9UA 4N76A 4C8NA 5DK5A 3OYIA 1KVCA 2BGGA 4ZHRA 5C24A 4I2QA 4J2EA 4CF1A 5SZTA 2NUBA 3AO2A 4CK2A 4LY7A 4J2AA 2E6LA 4O0JA 2DY4A 4FJKA 4E0DA 3OYCA 4BDYA 1JXBA 1G15A 2HVHA 4DFPA 1NOYA 3AVMA 1I39A 3SUPA 1O1WA 3AVCA 3LP3A 1LWFA 3VQ9A 2HW3A 2FBVA 4W5OA 4LH4A 3AVKA 2ZD1A 4CJEA 4DQQA 3L2VA 3SYZA 2ETJA 1VSIA 4NYFA 4KAZA 4IG0A 1RT5A 3M8RA 3T3FA 4CFCA 3U6FA 1D9FA 3RWUA 3SPYA 3HP9A 3ASMA 5KTQA 1RDCA 3RMCA 4Y1CA 3TWHA 1J9AA 1Z25A 2D0CA 4LD0A 2DFFA 3VQCA 3NF8A 3V9XA 2XY6A 1XHZA 1QSYA 2PY5A 3AV9A 4CHPA 3PUFA 1QSLA 4FK0A 3ZT4A 2G8FA 1YTUA 4ZTFA 3NF9A 1GOBA 1WAJA 1QQCA 3L2QA 4KTZA 3MXIA 4DFJA 3TAGA 4HTUA 3TAQA 1VSJA 3VQEA 3VA0A 1ASWA 2ITGA 1D9DA 2FBXA 2IOCA 4NYNA 1RDDA 3EYZA 1NOZA 4CHQA 3LDSA 1KCFA 3OYJA 1SL0A 3SQ1A 3OYEA 3OYAA 3HPOA 3TANA 5EU7A 1NK9A 3QIPA 3VQ5A 2IGIA 4DU1A 5J2QA 4W5NA 4YFUA 2VWJA 1S9GA 3LP1A 2Y1IA 3SQ2A 3TAFA 3HYFA 4DF8A 1SL1A 4ID5A 3NGZA 1HRHA 3K59A 4FLUA 3SPZA 4GW6A 4OKKA 3HSTB 1TKXA 3SUNA 2FC0A 1JLQA 3KLEA 1BIZA 4HCCA 3SUOA 1JLFA 1L3UA 3M8QA 2Z1GA 3MXMA 1ASVA 1HNVA 5I42A 3OYDA 4KHNA 4GMJB 5CY4A 1RT7A 4CJ4A 1WLJA 1WN7A 2QKKA 1VRUA 3RTVA 5E41A 2RPIA 4FLZA 3LZJA 5JS2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VEWA 5CZ2A 5FLXO 1GLDG 1NMNA 1FKPA 4DQSA 5KRSA 4BWMA 3MDQA 1IKVA 1RBTA 1RILA 3LP2A 2O4GA 3RRGA 1LV5A 3HVRA 4J8FA 1QVGM 4HUGA 1QZ5A 5KGWA 3MECA 3CERA 5LMUK 5HOOA 4BRDA 4FK2A 4C8LA 3THXB 4FJNA 4GVMA 5AQYA 1NJXA 3J7ZO 2VQFK 5DMRA 4BREA 2QWLA 1HJOA 3FZLA 1HNWK 2HHUA 4MLEA 1VQPN 1YJNN 1JXEA 3BUZB 3ZETA 1WUAA 2UXBK 3AA2A 1J5EK 3KK1A 2KFZA 5H1SQ 4ID1A 1NK8A 5HLFA 4CJ5A 4CF2A 4B1YB 4PY5A 2ZE2A 2I5JA 4H0VB 4OO1J 2B6AA 4ELVA 3DI6A 3RMDA 2CGLA 4FJGA 1HMVA 4E7KA 2YX6A 5K14A 3LALA 3CMEN 2D5RA 4JI0K 4FWQA 3MX2A 5CHIA 3LM2A 1GLFO 5KQDA 3SI6A 1ZYQA 4CZMA 5GIPA 3U3GA 5AZIB 2OANA 2YKNA 3VOVA 4NCAA 5BR9A 3F9KA 3AVJA 5TKYA 3LWMA 1WSFA 3H1QA 3S3MA 5IT9O 3DLRA 1SKWA 2QWQA 2XY5A 3C6TA 1C1AA 2NRXA 3ZSOA 4JI8K 2HF4A 3MXJA 2A3ZA 3WT0A 4H8KA 4RG8A 2VG5A 1J54A 2AA4A 1WSGA 3DLEA 2IS3A 3T1HK 3K58A 4IG3A 3L2RA 4B1UB 1Q86O 2W40A 3E01A 2D1KA 3QFUA 4F2SA 2F7TA 2D0BA 2V7YA 4IOAL 3CC4N 3K57A 3LAKA 3O8MA 4KB0A 5AQWA 4WF9L 4CD1A 4Q5VA 4O8UA 2XY7A 2QKBA 4A2BA 3SAGA 1FXXA 4DTMA 3D0PA 1HYVA 5AQJA 2E2NA 5CYQA 1O13A 2G8UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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