2QKKA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 14-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
154
Chain Sequence
GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Homo sapiens
molecule keywords 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3'
total genus 45
structure length 154
sequence length 154
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, R, S, W
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkkA00
3RR8A 3AO1A 4CF2A 3SUOA 2FBYA 1TKTA 2Z1HA 3DM2A 5J1EA 5SZTA 3NH0A 4FJGA 1IKVA 3AO5A 1VSLA 1KRPA 2HMIA 4DMNA 3FFIA 1LWEA 1HYVA 5HROA 3QEPA 5FRMA 1ITGA 3OYMA 2Z1IA 4O0IA 3C95A 4CEDA 1TV6A 1JLGA 1KLMA 3SQ2A 3VA0A 3QESA 3KKSA 2G8FA 4RW9A 3PX6A 1SL2A 3AVFA 3HL8A 4JS5A 2GUIA 2KTQA 2KFNA 3HXMA 4B08A 3NF7A 3CFRA 1CZBA 4JRPA 3ZT3A 1ZBUA 3QIOA 3KK2A 2YHBA 3OYHA 1J5OA 4R5PA 4FZYA 4CJQA 4ZTJA 4FW2A 3LAKA 1FXXA 3LZIA 4DTNA 3PX0A 5HRSA 1F21A 3KLFA 3F73A 4MQ3A 4CEOA 4N76A 3VQAA 2ZQBA 5DMRA 3OS0A 4CFAA 2HHUA 1SKWA 4BACA 3RWUA 3ZT0A 2IC3A 2E4LA 1VRUA 3AVIA 2X6SA 4DLEA 5K14A 2XO7A 2PY5A 2RF2A 3CM6A 3NFAA 3E01A 1Z25A 4H4MA 3KLIA 1NJZA 4FJJA 1UWBA 2JLEA 3ZSWA 4CEBA 1JXBA 1BCOA 4E1MA 1IH7A 3AVBA 4NCGA 1S1UA 1GOBA 4B8CA 1RTDA 2PYJA 3LP1A 4IBNA 3K57A 1D8YA 4N47A 3IS9A 3T1AA 4Q0BA 2Z1JA 4RW6A 2Y1JA 2HW3A 3C6UA 4KV8A 1D5AA 5I3UA 1T7PA 5HRRA 4KHSA 5JS1A 4M42A 4LH5A 3KIOA 4OPJA 4L8RB 1N6QA 1VK0A 4ID1A 1HRHA 1MU2A 3O3HA 5I42A 3QEWA 4M3WA 4K8XA 1ZBIA 1RDDA 2BANA 4RG8A 2XHBA 1BQMA 3U6FA 3IG1A 1JLFA 3LAMA 4O5BA 3OVNA 4CK3A 1NJYA 3NF9A 4FLXA 1A5XA 3OS2A 1I3AA 1RNHA 1IG9A 1RT2A 3AVCA 4BWMA 4CJKA 3NH1A 4DTMA 2D0CA 1C1AA 3V9WA 1CXQA 1GOCA 3V9ZA 3MXIA 3DLBA 3DOKA 1R0AA 4CIGA 3TAGA 4FJMA 1A5WA 4CFBA 4FJKA 1RDBA 2XRIA 3EZ5A 3VQ9A 3LP3A 1Y97A 1NK4A 3KD5E 4CGDA 5JS2A 4CHZA 4HUEA 3HPHA 3SUNA 1T8EA 3AVKA 4KHQA 3TR8A 4CJWA 3OYCA 4GVMA 1RT4A 4NYNA 4CEEA 1TKDA 4CHPA 1C0UA 4E7IA 2XY5A 4W5RA 1Z26A 4AHUA 3OYFA 1ASVA 4WE1A 3SUPA 3OYJA 4DQQA 2F8TA 3SZ2A 1QSYA 1XC9A 4JLHA 3MXMA 4QAGA 5KRTA 4W5QA 3NH2A 1LAVA 3AA3A 4KKOA 3ZT4A 2E6MA 3V1OA 4CJ4A 1WSJA 2OPSA 3S3OA 4F3OA 3MEGA 3B6OA 1L3TA 2G8IA 1FKOA 4O0JA 3NBPA 2EHGA 4N41A 4DTOA 1BIUA 1O1WA 3KD1E 3DRPA 4I9QA 5KTQA 3K5LA 4CGFA 4DS5A 2FBTA 2P1JA 5CYQA 3QNNA 1SKRA 4DTJA 5CZ2A 4CEAA 2YNGA 4OGCA 5KRSA 3LANA 2VWKA 4CJTA 3DLEA 3KK3A 2YKNA 2HNYA 4FM0A 2HNZA 4IDKA 4O4GA 4ELUA 3ALYA 3SQ4A 5DK5A 4Y1CA 3ZCMA 4K8ZA 2DTUA 2OPRA 3VA3A 3C6TA 3KLGA 4B9NA 1S1VA 2DFHA 4CHYA 4DQPA 4W5NA 1S1XA 3HP9A 4EZ6A 4CESA 1WSGA 1ASWA 2JGUA 1Q8IA 4CHOA 2IAJA 3CYMA 1RT7A 4Z0UA 3HP6A 4KREA 2HHXA 4KO0A 4AILC 4DG1A 4CF8A 4OKKA 1QQCA 3HT3A 1VSMA 3OYEA 3I8DA 1HYZA 4AHRA 5CZ1A 1TL1A 3LP0A 2IS3A 3KJVA 4FJXA 3U3GA 1S6QA 3VQBA 3M8RA 1TAUA 4TSXA 4M3ZA 1YVUA 4M3TA 3LDSA 3V9UA 3TAPA 2B5JA 1U48A 1XWLA 3QINA 3L3UA 4BE0A 1EP4A 4FZZA 3DLRA 3V1RA 3RMDA 1A5VA 1RBUA 3SQ0A 1LAWA 1BL3A 1IO2A 1U45A 4FLTA 3SUQA 1XHZA 4CF9A 1RT3A 4FVMA 2BE2A 3V6DA 2B4JA 3TAMA 3HVTA 3OYDA 4BDPA 3CFOA 2QXFA 1BISA 2D0AA 3AVAA 2G8KA 2G8WA 4FLWA 1GOAA 1NJWA 1BHLA 1IKXA 4CJLA 4H4OA 1JLEA 4C8LA 3ZSQA 4KPYA 3U3YA 4OLAA 4FYDA 5FROA 1X9SA 1D9DA 2G8HA 5D3GA 3MEEA 3KTQA 2HHVA 2VG5A 4KFBA 3RMAA 4KHUA 4JRQA 3P83D 3VQDA 3OYAA 3AA4A 4CJUA 1VSKA 1NK6A 1KVAA 4CGJA 1KCFA 1TK8A 1TAQA 3VQEA 1LV5A 4DQRA 4C8KA 4IKFA 4F2RA 3SI6A 4LH4A 3DLGA 2A1RA 4BWJA 1VSHA 1NKBA 1VSFA 5J2NA 4CFDA 4PUOA 2HVHA 2AJQA 2OZMA 3AVNA 4E1NA 3P5JA 3SNNA 3OY9A 1VRTA 3PY8A 5KGWA 4G1QA 3AVMA 1BI4B 3ZSZA 1NK8A 1DLOA 2HHQA 1W0HA 1IKYA 3AO3A 1BIZA 2XY8A 3NGIA 3S9HA 3SPYA 1KFDA 4DSIA 3UIQA 2BGGA 3F9KA 1T03A 3OYLA 1L3VA 2YNFA 1QE1A 3A2FA 4CJVA 4M3XA 4CEFA 3L3VA 5FRNA 3C94A 1D9FA 4FLVA 4HCCA 3AO2A 3NCIA 1ASUA 1U4BA 1SL1A 1C0MA 3PV8A 4DU1A 4I2QA 1L3SA 3I0SA 1KTQA 2DY4A 4OLBA 2DFEA 4CERA 3VQPA 3T3FA 1DTTA 5C25A 4C8OA 4KB0A 2BDPA 1JLQA 1WSFA 4RW8A 5HBMA 2FBXA 1WN7A 4DSEA 1RBRA 4Q5VA 2W42A 5SWMA 3P1GA 3LZJA 1S9EA 4CEZA 3EYZA 3TAQA 1ZYQA 4ZTFA 1REVA 3K59A 1B9FA 2YNHA 4B9MA 3VQCA 1N5YA 1I39A 2I5JA 3ZSRA 1C1BA 3SV3A 4FLUA 1S1WA 1HQUA 1LW0A 3VQ7A 4CK2A 4YFUA 2KZMA 4CFCA 3DLKA 4FJLA 3QIPA 2KQ2A 3O3FA 3RMBA 4AHSA 1IKWA 1BCMA 3LWMA 4E3SA 3SCXA 4DTSA 1NKEA 1Q9YA 4KRFA 2HHSA 3IAYA 1KFSA 1C0TA 4CK1A 1NJXA 1U04A 3WNHA 4HCBA 3QO9A 4E7JA 3V1QA 4F8RA 4FJ8A 1QTMA 3NHGA 3RTVA 1X1PA 2QKBA 1BQNA 2ETJA 4KI4A 4QOZB 3LP2A 4ICLA 3CQ8A 1RTJA 1RTIA 2RN2A 4LSLA 4IG0A 3ZSVA 4E89A 4HTUA 3OS1A 3V81A 4B9SA 3K5NA 1EXQA 1KLNA 4F3TA 3SV4A 3VQ8A 4IFVA 4FW1A 3G0ZA 4FM1A 3LALA 3LPUA 3VN5A 1S9GA 3AVGA 4M41A 1QS4A 3DMJA 4F4KA 1S6PA 1WSIA 3QETA 4FK4A 4Z4HA 1LW2A 3OYKA 2F96A 1SL0A 1TKZA 3BGRA 4OVLA 2OZSA 3B6PA 2WONA 1B92A 2X78A 4CGGA 2LSNA 1W9HA 3DRSA 4RW4A 4DFMA 1RDAA 2HHTA 1CLQA 2IGIA 2X74A 5T7BA 4BE1A 3THVA 4FZXC 3SQ1A 2YV0X 3ASMA 2D5RA 4CJSA 3MAQA 3SYZA 3S3MA 4ELTA 5KI6A 3OJUA 1TGOA 3LWLA 4FK0A 2D0BA 4Z4IA 3OJSA 4I7FA 2OA8A 4OPKA 1X9WA 4B3OA 4DQSA 2Q3SA 3DI6A 1UAXA 4DLGA 4DTRA 2HB5A 4W5OA 3SJJA 4EP5A 4FJ5A 1UA0A 3DRRA 1KSPA 4GW6A 4DS4A 4B9VA 2XY6A 2HNDA 2VG6A 1XI1A 4FXDA 1EX4A 1RT5A 3AA2A 3ZSOA 4CJPA 4FJ7A 4NCAA 5C24A 1DTQA 1HNVA 3O4NA 3NDKA 2GBZA 1WLJA 4ZHRA 4DF4A 1NK7A 2QKKA 4DTPA 4FLZA 4DU3A 1SKSA 1NOYA 3L2WA 4PWDA 2RPIA 2VWJA 4MFBA 3V4IA 1L3UA 1HNIA 5HRPA 3HPGA 2ZD1A 4LSNA 2P51A 1LWFA 4HUGA 4HUFA 2KFZA 1EKEA 1VSDA 1S5JA 4CECA 1HMVA 2EX3A 4GMJB 4IFYA 3K5OA 4E19A 3RRHA 4FJ9A 4Z4GA 4AHTA 3NGZA 3OYGA 3AV9A 4DFKA 3PO5A 4Z4CA 4M3UA 4E7LA 3BDPA 3H08A 1J9AA 1TK0A 5E41A 3MEDA 2B6AA 4DU4A 3K5MA 3M8SA 3MXJA 1KVCA 4CCHA 1YTUA 2PZSA 4F2SA 3ULDA 4OKEA 4NYFA 4QCLA 1WSEA 3HSTB 2OYQA 4BDZA 4Y1DA 1S1TA 1U47A 2ZE2A 1RBVA 3DYAA 1ZBHA 4CJFA 5FDLA 3OYBA 3TWHA 4CIEA 3PUFA 4I9LA 4FCYA 3HM9A 5CY4A 3V9XA 3V9SA 1JLAA 1K6YA 1BGXT 2NUBA 3VQ6A 4FLYA 3TANA 2OPQA 3I0RA 4CHNA 4KB1A 1FKPA 2Y1IA 3CG7A 3KLHA 5HRNA 4Z4FA 1JLCA 1RT6A 3MECA 4CF1A 3G10A 4CJ3A 3AO4A 4N56A 3OYIA 1T05A 3HO1A 3M8QA 1NK9A 2QK9A 1TVRA 2X6NA 3NF8A 3VQQA 4CF0A 5J2QA 3L8BA 4M3RA 3DOLA 4EZ9A 3K2PA 3VQ4A 1U49A 1BI4A 3WNFA 2RKIA 5HP1A 4B9TA 1CZ9A 3HYFA 3AVLA 3D0PA 1QSSA 4FJNA 1JKHA 4EP4A 3AA5X 4O44A 5C42A 4NCBA 4CJEA 1JL1A 5CYMA 4HHTA 1FK9A 4B9LA 2GV9A 2F8SA 4M45A 5EU7A 4KAZA 3LPTA 1VSJA 4AH9A 4M3YA 1RT1A 3SPZA 4FJHA 1WSHA 2ITGA 4CJRA 4ID5A 2R7YA 4YNQA 4DSKA 4ELVA 3ZT1A 4IG3A 5J2PA 3S3NA 1C6VA 1G15A 3VQ5A 4BE2A 3AVHA 3KLEA 1C1CA 4AHCA 4HVJA 4J2AA 4FM2A 1TK5A 4J2DA 3EY1A 3NAEA 4DF8A 3L2QA 3QEXA 4PQUA 2A1SA 2KW4A 3ITHA 4KTZA 3T19A 4CIFA 4DTXA 1UA1A 2O4IA 4OJRA 1QHTA 4OKJA 1NOZA 3HPOA 1Q9XA 4J2EA 4XIUA 1SV5A 2YKMA 4DSFA 4KI6A 3TAFA 1TKXA 3AVJA 1HPZA 4O55A 1YTAA 4LD0A 3OYNA 3L2UA 4JS4A 4CJ5A 3O3GA 3RMCA 4FK2A 4KHNA 1L5UA 2Z1GA 4AHVA 2IDOA 4CGHA 1CXUA 1SUQA 5HLFA 3L2RA 2XY7A 1J53A 4KTQA 1WNSA 3O4QA 4C8MA 3ZSXA 2ATQA 2G8UA 1WAFA 1KVBA 1TL3A 4C8NA 4N5SA 3HVRA 4UQGA 3D45A 3RR7A 1XHXA 4B9UA 1RTHA 2IOCA 3M8PA 3NE6A 1JL2A 1JXEA 4PA1A 1X9MA 2PYLA 2VG7A 3NGYA 4E0DA 3PO4A 3HK2A 4B8AB 3JSMA 3CM5A 4DFPA 3QEVA 3IRXA 2KZZA 1RILA 3KKRA 3WNGA 3KK1A 2HVIA 1WAJA 4KTWA 4PY5A 1RDCA 3K58A 4DTUA 3PX4A 3TI0A 4LY7A 1EETA 1HYSA 4CE9A 2P5GA 3ISNC 1YT3A 1NK5A 2WOMA 3QLHA 4DQIA 1QSLA 1VSEA 2YNIA 2P5OA 4W5TA 4DWIA 4Z4EA 1RCHA 1RBTA 3TAEA 1HJRA 2E6LA 1ZBFA 2FBVA 3ZT2A 4CGIA 3QEIA 5KGXA 3QERA 1B9DA 4E7KA 2OPPA 2DFFA 2FC0A 4I2PA 3JYTA 1NK0A 4DSJA 1UOCA 4KHWA 4KHYA 4OGEA 4E7HA 2O4GA 4RW7A 3L2VA 4J2BA 1HQEA 2YHAA 4CHQA 4DFJA 4H8KA 3ZSYA 3WNEA 1ZBLA 4DSLA 3TARA 1VSIA 1LWCA 4FJIA 3HJFA 2HHWA 1NKCA 3TABA 3CFPA 3NF6A 5J2MA 4CEQA 3RRGA 3QNOA 2G8VA 1JLBA 1RBSA 3DLHA 4BDYA 1J54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5GAHP 3DLLL 3RR8A 3AO1A 4CF2A 3SUOA 1K9MO 1NGDA 4U67L 3AO5A 3CQYA 3LDLA 4JD2A 2YX6A 3THXA 5GINA 4WQ5C 2I7NA 1ITGA 2Z1IA 3CCMN 1JLGA 3JXUA 1EQYA 1Z05A 1Q7YO 3CD6N 2GELA 4BRHA 4IDHA 3ZEUB 2KFNA 3HXMA 4B08A 3NF7A 1CZBA 4BQLA 4BGBA 4JRPA 2KKZA 4ZTJA 1YJ9N 5ADXH 5HRSA 3UB5A 4BQZA 3CCVN 3OS0A 1RDWX 1SKWA 3ZT0A 3VF6A 3VERA 5H1SQ 4XEIA 1Z25A 1BCOA 3AVBA 5BPLA 1MA9B 1GOBA 1D8YA 4N47A 5TKWA 5AQIA 4FWPA 2Z1JA 2Y1JA 3A5NC 3AY9A 4KV8A 5I3UA 4QS8A 3UKRA 4M42A 2QTDA 4LH5A 1N6QA 5I42A 1MU2A 5M1OA 3QEWA 3TTDA 4RG8A 2Q1NA 1I3AA 4BRDA 2E2QA 4BWMA 3H3NO 3DOKA 3KWIA 5KQDA 1IBMK 4GVEA 4CIGA 3FE1A 1A5WA 4FJKA 3C7NB 3O4WA 3LP3A 3KD5E 3U8XA 1VQLN 3SUNA 3HPHA 1XMQK 2YCHA 3OYCA 4GVMA 4NYNA 3HOSA 2E1ZA 4AHUA 4BRCA 3CIPA 3EZWA 3OYJA 4DQQA 4QAGA 3AA3A 3ZT4A 1WSJA 3CCEN 4O0JA 4B3SK 3CQXA 4PL7A 3N4QA 5AFUH 3DRPA 3VGLA 3GE1A 5KTQA 3K5LA 4LF6K 5EXWA 2FBTA 3K9JA 3CJ9A 5CYQA 2P9UA 4BR2A 2E5LK 3LANA 3VGKA 4Y1CA 2OPRA 3C6TA 4LF4K 4CHYA 5ELZA 4CESA 4OX9K 1ASWA 2JGUA 1Q8IA 4MO4A 4BC3A 2IAJA 2EWSA 2BTFA 4WYBA 4KREA 4KO0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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