2QKKA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 14-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
154
Chain Sequence
GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna/rna
molecule keywords 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3'
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 154
sequence length 154
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, R, S, W
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkkA00
4N47A 4O55A 4CEBA 3KLFA 1KSPA 1IH7A 3NDKA 1RT6A 3TR8A 2Z1HA 3SQ0A 1NKEA 1VSLA 3OYMA 4CIEA 1NK6A 2HMIA 4B8CA 3NF6A 3CFRA 1TKTA 2Z1GA 3V9WA 4CEEA 3MXMA 3TAPA 3OYLA 3V9UA 4B9VA 2QKKA 1IKXA 1N6QA 3NCIA 3VQEA 2G8UA 1U45A 3DLHA 3LAKA 5K14A 4HTUA 3KIOA 4FLUA 5FRMA 1YTUA 2HHXA 3NGIA 3RWUA 1LWEA 2BE2A 1DTTA 1D5AA 1JL1A 4CGGA 4G1QA 1S1WA 3MAQA 3B6PA 4Q0BA 1U04A 3V4IA 4DQIA 4ZHRA 3L2WA 3TAEA 3WNGA 3O4NA 4KB1A 3RR7A 4N41A 2YHAA 5KGXA 4DLEA 2P5GA 1SKWA 1NK9A 2DFEA 3ZT4A 3OS2A 3V9SA 3PO5A 3SQ4A 3HP6A 5SZTA 4KHUA 2FBXA 2OPQA 3ZSQA 4FM2A 4KHSA 1VSFA 4M42A 2VG5A 3HK2A 4OJRA 3L8BA 4ELVA 4RW7A 4DTSA 4CJ3A 4Z0UA 4C8KA 4CF0A 4KKOA 4DMNA 4E89A 1TGOA 1VRUA 5T7BA 1MU2A 1A5WA 4Z4HA 3OYCA 1SKSA 4FJGA 3G0ZA 3LWLA 4IBNA 1FKOA 1C0TA 3NF8A 3V1QA 4CGJA 4FK4A 2BDPA 1RCHA 3ZSWA 1WAJA 1GOBA 1VSHA 2B5JA 2NUBA 4LH4A 5KTQA 5E41A 3K5NA 4JS4A 3SUQA 4CJ4A 4ELTA 4KI6A 5KRTA 4OLBA 3G10A 3S3MA 4CJKA 2XY7A 1S1XA 4CGDA 4CHNA 1C1BA 3CG7A 1BGXT 4CESA 5JS1A 1LWFA 3HSTB 5DK5A 4BDZA 1L3VA 4CFDA 2IAJA 3JYTA 4KTWA 4FK0A 4J2AA 1C1AA 1VSDA 1RBRA 1RTJA 3DOKA 3L3UA 3WNEA 1VSIA 3AVJA 3OYNA 4CGHA 4AH9A 4HVJA 3D0PA 3ZSYA 1WSIA 1KFSA 4DSKA 2IC3A 2RPIA 3NGZA 4B8AB 3DLRA 3P1GA 4DTRA 4M3RA 4DFPA 4AHTA 3OYBA 2Y1JA 3TABA 4QCLA 1HQEA 1VSJA 3QIOA 1TL1A 4GVMA 4AHVA 4DTNA 4Z4CA 3RMCA 1FXXA 4Z4EA 2HVIA 2X74A 3VQ4A 1HPZA 2PYJA 4DTJA 3OY9A 1JLFA 1LAWA 5C24A 3ZT2A 4JRQA 4EZ9A 4FJMA 3CM5A 4FJLA 1JLCA 4CHYA 3VA0A 4KAZA 3AA3A 4W5NA 4CE9A 4IFVA 4R5PA 4FLYA 2GBZA 4I2PA 4AHRA 4CJLA 4Z4FA 2P5OA 3U3GA 1JLBA 4O0JA 3ZSVA 3KD5E 2YHBA 3QEPA 1SL2A 4DSLA 3AVCA 5CYQA 3ITHA 5HROA 1I39A 2DFFA 5EU7A 4BWMA 1QSSA 4B9LA 2Z1JA 2JLEA 4PQUA 1ZBIA 2O4GA 4NYNA 1N5YA 4ID5A 4PWDA 4E3SA 3WNHA 2PYLA 4F4KA 4NYFA 5HRNA 3V1RA 3NH0A 3HP9A 4OPJA 3PX4A 3AA4A 1RTIA 2YNFA 3DLGA 4E7IA 4BDPA 4DQQA 4F3TA 1U49A 3KJVA 2G8VA 1R0AA 3THVA 3T19A 3TAQA 4O44A 1DLOA 4M41A 3ZT3A 4CF2A 1I3AA 2VWKA 1JLQA 3C6UA 1RDBA 4C8NA 3C94A 3NHGA 1NK5A 1NJWA 3SQ1A 1CXQA 4DU1A 1ITGA 2ZQBA 2R7YA 3LZIA 1RT7A 3LPTA 4B08A 4AILC 3HL8A 3OYEA 4DQRA 4TSXA 2WONA 2FBYA 4CHPA 2RKIA 2W42A 3K59A 1X9MA 2D5RA 3M8RA 3OVNA 2AJQA 2KTQA 1BCMA 1RBVA 4CJPA 4E19A 1NK4A 2ETJA 4FVMA 3AVFA 4YNQA 1SKRA 3KLEA 2XY5A 3PX0A 1BI4B 4CJVA 3AO3A 2XY6A 4CGFA 3UIQA 2XY8A 1GOAA 1TK0A 1JLGA 3DLKA 4O0IA 4I7FA 3KLHA 5CY4A 3NH1A 3TARA 3NFAA 5J2PA 4CECA 4DLGA 1RBUA 1EKEA 4KRFA 3QERA 3KKSA 3MECA 3B6OA 3VQ8A 4CEQA 1J5OA 2HHVA 5KRSA 2QK9A 1TK5A 1JL2A 3IG1A 1Q9YA 3S3NA 4PUOA 1ZBHA 5FROA 3DM2A 3KD1E 3QETA 4ELUA 3I0RA 3NH2A 1KVCA 1B92A 4J2EA 3OS0A 4DSIA 4FM0A 3LPUA 3IAYA 1RDCA 5HLFA 3LP0A 3H08A 2PZSA 2IDOA 3AV9A 4QOZB 1CLQA 4CHQA 1J53A 5C42A 2VG6A 1IG9A 4JLHA 1SV5A 5HRPA 3OYJA 2B6AA 2A1RA 1L5UA 1TAQA 1HJRA 1RTHA 4Y1DA 1S1TA 2YKMA 4OGCA 3VQDA 4CJEA 4HUFA 4DTUA 1HYVA 4B9UA 1CZ9A 5I42A 1WSEA 2D0BA 3SV3A 4CEFA 3S3OA 1IKVA 5HBMA 3HT3A 3HXMA 1K6YA 1KVAA 4CK3A 2VWJA 2ATQA 1EXQA 4FLXA 2PY5A 2E6MA 4I9LA 4O4GA 5CZ2A 3PX6A 5FDLA 3SNNA 3NAEA 1U4BA 3MEEA 1BL3A 1O1WA 1QS4A 3U6FA 1KVBA 2YNIA 4H4MA 4CF1A 1QSYA 4FJ5A 3SUPA 3CFPA 3QEVA 3U3YA 3TANA 2HW3A 1J54A 1S9GA 1LAVA 5D3GA 4FZYA 4CJWA 4KTQA 2X6NA 3MEDA 1ZYQA 4E1NA 3SUOA 4FK2A 1FKPA 3CQ8A 3WNFA 3DRSA 4W5OA 3LAMA 4F2RA 2ZD1A 1NJZA 4KHWA 3F9KA 5KGWA 4B9SA 4KI4A 3QNOA 4LSNA 3SUNA 2IGIA 3QEWA 3RR8A 4FLWA 4DFMA 1NK8A 1D8YA 1YT3A 4IKFA 1JXEA 3VQPA 5I3UA 2HNDA 3M8SA 1KCFA 2VG7A 3K5MA 1KLNA 3SZ2A 1S6QA 4BE2A 4FM1A 3DMJA 3DRRA 5J1EA 3CM6A 1X1PA 1YTAA 4AHCA 4DS5A 3TAGA 4CJQA 4JRPA 4E1MA 1T8EA 4N76A 3OS1A 3DOLA 4BWJA 4DQPA 1FK9A 4CF9A 2B4JA 3K57A 3OJUA 3PO4A 3AVGA 1KFDA 4ZTJA 5CZ1A 4OLAA 1TL3A 4O5BA 4BACA 1A5XA 2HNZA 4BE0A 4FLZA 3IRXA 3HO1A 3V9XA 4GW6A 2Y1IA 3OYDA 2YNGA 1TKDA 1RBTA 2FBTA 3KK1A 4DFJA 2GV9A 5KI6A 1WNSA 4FXDA 3MEGA 4CIFA 1BISA 1Z26A 1RDDA 4L8RB 4KO0A 4HUGA 1VRTA 4N56A 1ASVA 2KW4A 4CFCA 4DG1A 3I0SA 3L2RA 1RBSA 1LV5A 2KZZA 4B3OA 1NOYA 3SCXA 1WSFA 2I5JA 4CEOA 4W5TA 1W9HA 1NKBA 1ZBUA 4CK1A 4C8LA 1B9FA 4MQ3A 1NJXA 1LW0A 3AVAA 4B9MA 3AVIA 3HM9A 4IG0A 3ZT0A 4HCBA 1JLEA 4KHQA 3ASMA 4CHZA 3OYHA 5SWMA 1Q8IA 3NBPA 1IKWA 1HRHA 1HNIA 4CJTA 1U47A 2EHGA 4OKKA 4J2DA 4XIUA 1NJYA 4CFAA 3V1OA 4FJ9A 1IKYA 2EX3A 3VN5A 1KRPA 4DU3A 4PY5A 2RF2A 4M3ZA 1TKXA 3RMAA 4CIGA 4F8RA 2FC0A 4DTOA 1QQCA 3F73A 4DFKA 2WOMA 4UQGA 4CERA 1ASUA 4DSFA 2IOCA 3VQAA 3EZ5A 3V6DA 4W5RA 2G8WA 4FJKA 1TAUA 2HHUA 4CJRA 4FYDA 3I8DA 1TVRA 3NE6A 4E7LA 4CCHA 3AO5A 3BDPA 1WSGA 4RW4A 1L3SA 1KLMA 4CJFA 3M8PA 3QEIA 1QE1A 1S1VA 4DTXA 3QESA 4IG3A 4RW8A 3SV4A 1RT4A 4DF8A 4I2QA 4AHUA 1BI4A 3ZSXA 3OYKA 1S6PA 1L3TA 3HVTA 1HQUA 1REVA 2P51A 3L3VA 1B9DA 3LANA 3ZCMA 3L2QA 1QSLA 1S9EA 4F2SA 3DLEA 1RT2A 4OGEA 4CK2A 3AVHA 3QINA 2JGUA 4HUEA 3VQ7A 3C6TA 4BE1A 4B9NA 4KFBA 4ID1A 1IO2A 4OPKA 1RT3A 3OYIA 3SJJA 1D9DA 4FZXC 3T1AA 4E7HA 4J2BA 4M3UA 2KFZA 4MFBA 1RT5A 1G15A 1WN7A 3CFOA 4IDKA 2E6LA 4NCBA 1NK0A 4DSJA 2XRIA 1JLAA 3O3FA 4F3OA 1SUQA 3LALA 3BGRA 4CF8A 3O3GA 1C0MA 4DF4A 4KTZA 3AVLA 4Z4IA 4Y1CA 3SI6A 4B9TA 1HYZA 1QHTA 1RTDA 1WSJA 3RRHA 4M3YA 1JXBA 2DFHA 3EYZA 1YVUA 3VQ5A 1GOCA 5HRSA 4KREA 1UWBA 1W0HA 3ALYA 1ZBLA 2OZSA 4FJHA 4FJ7A 3AVMA 4M3TA 3PV8A 5FRNA 3HPGA 2P1JA 3VQQA 1EX4A 4FCYA 3T3FA 4KB0A 3AA2A 3LP3A 3NF7A 3IS9A 4H8KA 3OYFA 4JS5A 4DU4A 3PUFA 2HVHA 1RDAA 2F8TA 3OJSA 3KK2A 1Q9XA 4M3XA 3E01A 3P83D 3JSMA 4M3WA 1F21A 3DLBA 4E0DA 1VSMA 3KKRA 4CJUA 2YV0X 3QEXA 2FBVA 5HP1A 2F8SA 4QAGA 1XWLA 2HHWA 2LSNA 3AO1A 4DS4A 2GUIA 3NF9A 1SL1A 2DTUA 3P5JA 2OZMA 4KHNA 2QKBA 3LP1A 1HNVA 1WAFA 3AVBA 4CHOA 4FJNA 4LD0A 3KK3A 2YNHA 4FJJA 1BIUA 4LH5A 3VQCA 2G8FA 1J9AA 3V81A 1JKHA 3AVKA 4FW1A 3NGYA 1BQMA 3ZT1A 3V9ZA 3K5LA 3ISNC 3S9HA 2IS3A 3KTQA 3HVRA 5J2MA 1EP4A 4RW6A 4EP4A 4FLVA 2G8KA 2XO7A 1C0UA 3LZJA 4FJ8A 3MXIA 1WLJA 1NKCA 1SL0A 3DRPA 2OPPA 3ULDA 3EY1A 3RTVA 4DSEA 1UA0A 2G8HA 2KZMA 1X9WA 3HPOA 5J2NA 4W5QA 1BCOA 3CYMA 5JS2A 3TAFA 3L2VA 3PY8A 3K58A 1ASWA 4LY7A 2BGGA 4ICLA 2Q3SA 1BHLA 2KFNA 3K2PA 3D45A 4CEZA 3ZSRA 3SYZA 1NOZA 1WSHA 2HHTA 2QXFA 4GMJB 1UOCA 4FLTA 3M8QA 4K8XA 4WE1A 1BQNA 3OYGA 1U48A 3LDSA 1CXUA 1RNHA 1BIZA 4HHTA 4CEAA 1LWCA 2OYQA 3OYAA 3O3HA 2KQ2A 1D9FA 4M45A 1UAXA 3VA3A 2BANA 4NCAA 4AHSA 3O4QA 4ZTFA 4CEDA 1RT1A 4DWIA 3TWHA 2X78A 1XI1A 3C95A 1VSEA 4BDYA 1XHZA 4K8ZA 4NCGA 3QNNA 4KV8A 4C8OA 2RN2A 2G8IA 1KTQA 1RILA 1S5JA 4C8MA 3ZSOA 5CYMA 3KLGA 3HYFA 4RW9A 4KHYA 3FFIA 4EZ6A 4OVLA 4I9QA 2XHBA 3LWMA 1DTQA 2A1SA 3KLIA 3QIPA 2ITGA 1C6VA 1NK7A 2OPSA 2HHQA 3AO4A 3DI6A 2X6SA 3HPHA 2D0CA 4IFYA 3VQ6A 3AVNA 1A5VA 5HRRA 4E7JA 3RMBA 3AO2A 1EETA 1Y97A 1VK0A 4CFBA 3SPZA 1HMVA 4OKEA 5J2QA 1QTMA 4HCCA 3ZSZA 1ZBFA 4EP5A 3A2FA 3TAMA 3VQBA 1TV6A 4CGIA 1T03A 1T05A 1HYSA 2HNYA 3TI0A 3SPYA 1TK8A 3LP2A 2Z1IA 2YKNA 2ZE2A 1L3UA 3VQ9A 1VSKA 4DQSA 4FZZA 2HHSA 4OKJA 4E7KA 4FW2A 1X9SA 1Z25A 4RG8A 1T7PA 3RRGA 1UA1A 4FJXA 4Z4GA 5C25A 4CJSA 2E4LA 2OPRA 4YFUA 2D0AA 4DTMA 2OA8A 3AA5X 1C1CA 1XHXA 4H4OA 4Q5VA 3K5OA 1XC9A 4N5SA 3RMDA 3L2UA 3HJFA 2O4IA 4PA1A 2HB5A 1CZBA 5DMRA 3QO9A 4CJ5A 1LW2A 3SQ2A 2DY4A 1TKZA 3MXJA 4FJIA 3QLHA 4LSLA 3DYAA 2F96A 4KPYA 1S1UA 4DTPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CHWA 4N47A 4CEBA 3KLFA 1IH7A 1HUXA 3QFUA 1K8KB 3TSQA 4K0KK 3TR8A 2Z1HA 1VSLA 1IBKK 1NK6A 3TPQA 1TKTA 1X9JA 2ZGYA 3V9WA 3D7EO 3TAPA 5BR9A 3V9UA 4FWSA 1XMQK 3VQEA 1BDGA 1QQNA 1JL1A 1S1WA 1U04A 3MX5A 2AA4A 4BC5A 4KB1A 2P5GA 1U2VA 3V9SA 3WXKA 3HP6A 5SZTA 4KHUA 4ISGA 4BR5A 4XH1A 2VG5A 4GY2B 3L8BA 4RW7A 3TSPA 4CJ3A 4KKOA 5LL6Z 1A5WA 4JKHA 4H5NA 4BY9C 3QDKA 1FKOA 5AZJA 3FZMA 4JD2A 1NMNA 3S3MA 1Y64A 3CG7A 3QMLA 3M3ZA 4CESA 1Q81O 4CFDA 3HOSA 4FK0A 3TTFA 1U6ZA 3L3UA 4JKGA 3D0PA 4B9QA 4IDHA 4DFPA 1VSJA 1TL1A 4DTNA 4Z4CA 3RMCA 4JN4A 4NO7A 3U9DA 2HVIA 1YI2N 2PYJA 3A8YA 3BEXA 1LAWA 3CM5A 4CZHA 4JKEA 3VA0A 3D2FB 3FLCO 4R5PA 4FLYA 1NGIA 2GBZA 4O0JA 1SL2A 5HROA 1QSSA 4WFBL 5GAGP 2Q2RA 1ZBIA 2O4GA 1N5YA 3LDPA 3RSEB 4E3SA 2PYLA 4JKCA 3VTIA 4NYFA 4F4KA 3HP9A 4OPJA 3AA4A 1RTIA 4A2AA 3ZLJA 4DQQA 4CBUA 3TAQA 4O44A 1ATNA 1DLOA 4JK9A 4GVEA 1I3AA 2VWKA 1JLQA 3C6UA 4H0VB 4CVNE 1NGAA 4C8NA 3SQ1A 1CXQA 1ITGA 3BY5A 5BREA 3BF1A 3LPTA 1NU0A 2BUPA 3OYEA 3CI5A 2FBYA 1O13A 2O8FB 3M8RA 3OVNA 1BI4B 3AO3A 3HI0A 3UIQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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