2R7YA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain mutant d132n
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Selenium Derivatized RNA/DNA Hybrid in complex with RNase H CATALYTIC DOMAIN MUTANT D132N
rcsb
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords RNA (5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
total genus 38
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-09-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2r7yA00
3HYFA 3MXJA 5HRSA 3TAPA 1TKZA 2G8WA 1BISA 2D0BA 4CEFA 3VQPA 2HVHA 4I9QA 4KRFA 4PA1A 1F21A 3VQCA 3QIOA 1ITGA 1KVAA 4DTMA 1HJRA 3TAQA 5SWMA 4Z4FA 3K2PA 4Y1DA 3VN5A 4CJ5A 1YTUA 2KQ2A 4CJKA 1D5AA 3B6PA 3KK3A 1U47A 1L3SA 4HUEA 1YT3A 3WNGA 3DRPA 2OPQA 1D9DA 3CYMA 1CZBA 3O3HA 3ULDA 4FJMA 3QIPA 4N5SA 3QO9A 3PX0A 2BDPA 1C0TA 3RMBA 4M42A 1BL3A 3NF9A 3HK2A 3LPTA 1IKWA 4KTWA 3VQDA 4CGDA 4HUGA 1Z25A 2DTUA 4J2AA 3WNEA 3ZSQA 4CECA 2AJQA 3OJUA 3DRSA 4F2SA 4W5OA 3HP6A 2HHXA 1VRUA 3KKSA 3AVMA 1JXEA 2NUBA 1SUQA 1UWBA 3HL8A 4KHUA 2LSNA 3F9KA 3BGRA 2OPSA 3SUQA 2FBTA 3CG7A 4QAGA 1SKWA 1NK0A 4CJFA 1B9FA 1VSIA 3OYEA 3S3NA 4BDPA 4DU3A 1ASWA 3SQ1A 1CLQA 4OKEA 2I5JA 4WE1A 4DFJA 1S1UA 3U6FA 4FK2A 4LH5A 1EP4A 4RG8A 2Z1JA 4W5QA 2IS3A 1TK0A 4GMJB 4CJEA 1TL1A 4AHUA 3PV8A 4FZYA 3T19A 4BE0A 3L2UA 1RDCA 2GBZA 1VSKA 4CHYA 3AO5A 4K8XA 1RCHA 5HP1A 4OLBA 4FYDA 3NFAA 4HVJA 4FCYA 1J5OA 4AHVA 1NJXA 3OYGA 4AHTA 5CY4A 4KV8A 1N5YA 2HHQA 4EP4A 3E01A 4FJJA 4DF8A 4ELVA 2E6LA 3V9UA 3ZT1A 3RMAA 3L2RA 3WNFA 2F8SA 4OLAA 3TAGA 1UOCA 3OYBA 4CIFA 2G8UA 3RRGA 3CM6A 4DSLA 2PYLA 3UIQA 3CQ8A 4F3TA 5KGXA 2EX3A 4CEZA 4N41A 4KREA 3VQ7A 2XHBA 3MAQA 4DFMA 1C0MA 4CFBA 1RT2A 4NYNA 2G8KA 4CJWA 1WN7A 4BDYA 4GVMA 4DFKA 2VG7A 3ITHA 3T3FA 1TKTA 4Z4EA 3NH2A 1KVBA 1HYVA 5J2NA 4CGFA 2Y1JA 1DTQA 4B9SA 1RBUA 4E7HA 3VQ8A 1BGXT 1TL3A 3NF6A 2HW3A 4DTPA 1LAVA 2IOCA 4FLUA 2YV0X 1ASUA 3QNNA 4G1QA 1HYZA 4CEEA 4CE9A 3M8SA 2P5OA 2KZZA 1NJWA 1VSFA 3SZ2A 2XY5A 1RTJA 3NH1A 3KIOA 4CJSA 2W42A 4FLTA 1RBVA 1RBTA 1QSSA 3DYAA 3CFRA 1IKXA 2Z1IA 4DSKA 4C8LA 3AO3A 2QKBA 4NCAA 4KPYA 2Z1GA 1T03A 1RNHA 4KFBA 3SI6A 2A1RA 2FBXA 1VK0A 3MEDA 4N56A 1S6PA 4CK2A 4KB0A 4FLZA 4PWDA 4J2BA 1T8EA 4Q0BA 4FK0A 5D3GA 4XIUA 3ZT0A 3OYLA 3LP2A 4DQIA 4DTOA 3ZSYA 3D45A 3AVAA 4M45A 4CEDA 3NH0A 3OYAA 5FRMA 4RW9A 4RW7A 2X6SA 5T7BA 3KLEA 4CESA 4DTSA 1TVRA 1WNSA 4I9LA 4FJGA 4F8RA 3OYNA 1KVCA 3O3FA 4DU1A 1XI1A 3RR8A 3L3UA 2KZMA 4CJRA 4HCBA 1ZBIA 1BQMA 1TGOA 3RMCA 1WSGA 2A1SA 3WNHA 4B08A 1JLQA 4EP5A 1X1PA 4CERA 1XHZA 1ZBLA 1X9SA 1ZYQA 2G8HA 4OPJA 3EYZA 1I39A 3LP1A 3AA4A 3DRRA 1WSJA 3KLHA 4DQSA 3K5LA 1J53A 3NGYA 3PUFA 1WSFA 3QEIA 3RWUA 3NBPA 4FJLA 1JLGA 1NKBA 3D0PA 5CYMA 5KTQA 4DLGA 3PO5A 4FJHA 1B9DA 1HQUA 3HSTB 3SUOA 3QEVA 2HNZA 4PQUA 3K5OA 1WLJA 1L5UA 2VWJA 1FXXA 1HQEA 1BCMA 3V4IA 4ID1A 4N47A 4DQRA 2XY6A 1NK7A 4FJXA 5DMRA 1EXQA 1U04A 3O4NA 5KRSA 2IAJA 3LANA 3ISNC 3LAMA 4DTUA 5J2PA 3SJJA 4E89A 3ZT4A 1S9EA 4O4GA 4BWJA 1QE1A 3A2FA 1RTIA 2QK9A 3VQ4A 4FZZA 4FLXA 4FJ5A 4Z4IA 1JXBA 4CJTA 3OS1A 1NK9A 4IKFA 1BI4A 2OZMA 1SL2A 3AVFA 1KLMA 4DF4A 3HPOA 3QESA 1RT7A 3AA3A 3OVNA 4CFDA 4OJRA 1DLOA 3LPUA 4CF1A 3V6DA 1UAXA 1EX4A 1VSJA 2HMIA 2B5JA 1L3VA 4E7IA 4B9MA 2DY4A 1Q8IA 5C25A 4DQPA 1QS4A 3TANA 2HVIA 3AA2A 4CEQA 4EZ9A 1RILA 5HRPA 1NOZA 1B92A 1CZ9A 1TAUA 3TAMA 4DQQA 3ALYA 3RMDA 5JS2A 3BDPA 4CF2A 4KHSA 4FM2A 4CGIA 4KB1A 2GUIA 1JKHA 2BE2A 4E1MA 1JL2A 5KGWA 4DLEA 4FLVA 3SUNA 4KHWA 4I2QA 4CJPA 3OS0A 4DTXA 3QEWA 4CFAA 4KI6A 1ZBFA 1RBSA 3DLHA 2FC0A 3V1OA 4BDZA 3NCIA 4CGHA 1SL0A 4FZXC 2X6NA 4FJNA 1Q9XA 3QERA 1C0UA 4IBNA 4CF8A 3SPZA 4F2RA 3O4QA 3LP0A 2ZD1A 1NKEA 2PY5A 3NAEA 4Z4GA 2HHSA 4ZTFA 3T1AA 1TK8A 3AVCA 3DLBA 3NGZA 3NDKA 2EHGA 4JRQA 5DK5A 3I8DA 4RW8A 4ID5A 4BE1A 4KHQA 1A5XA 3C6UA 4CHZA 4Z4HA 4CFCA 5HRNA 5J2MA 1Y97A 4TSXA 2KW4A 3KTQA 3G10A 1KRPA 1W0HA 2RKIA 3DM2A 4CJUA 3ZCMA 3TABA 3C94A 1BIUA 2QKKA 2ETJA 3ZSXA 3QEPA 3S3MA 1BQNA 4KO0A 3DI6A 1VSMA 3V9SA 4CK3A 4C8MA 3NE6A 1WSEA 3EZ5A 3DLGA 2KFNA 4OKJA 3TAEA 3HPGA 3KLIA 4RW4A 3OYMA 5HRRA 3OYIA 4PY5A 1WAJA 4MFBA 4M3WA 2JLEA 4CCHA 2P1JA 4FJ8A 4DS5A 1X9MA 4C8KA 4OGCA 1WSHA 4C8OA 4FM0A 5C24A 5J1EA 4CEOA 3K59A 2F8TA 1CXUA 1HNVA 2YNIA 3V1QA 1U4BA 1EKEA 3G0ZA 3SV3A 4KHYA 2FBYA 2YNHA 4YNQA 4B9LA 3JYTA 2JGUA 1QHTA 1NK8A 2VG5A 3NF8A 4ZHRA 3M8PA 3HXMA 4CIGA 1G15A 1VSEA 3S9HA 2OPPA 4KTZA 2E6MA 4NCGA 3MEGA 4O44A 4CGGA 2ZQBA 4W5NA 3ASMA 1C1BA 3AVJA 3B6OA 3QETA 1TV6A 1U45A 1ASVA 4EZ6A 3H08A 2R7YA 3L2WA 1RTDA 3L8BA 1KFSA 4L8RB 4M41A 3HJFA 3V1RA 2WOMA 3LWLA 4DU4A 4CHNA 3LALA 1R0AA 2GV9A 2KTQA 3AVNA 5CYQA 2OPRA 3DLRA 4CJQA 4B9TA 3SNNA 1EETA 1U49A 4E1NA 4F4KA 2YKNA 1LW0A 3ZT3A 4YFUA 4Z4CA 3FFIA 3I0RA 3OS2A 1N6QA 4KI4A 4M3YA 4KAZA 4O0IA 1JLCA 4FM1A 4BE2A 4E0DA 1JL1A 3KK2A 3C95A 3U3GA 1JLBA 2DFHA 4M3ZA 1BI4B 2HNYA 2G8IA 4DTRA 4CIEA 4HHTA 1TKDA 4FJKA 3AO2A 2HNDA 2P51A 3AVIA 4IDKA 3S3OA 2F96A 1BIZA 3M8RA 4ELUA 4IG3A 5I42A 4DSIA 5EU7A 4E19A 3OYCA 1DTTA 2XY8A 4FLWA 4KHNA 5CZ2A 3MECA 4BWMA 3AO1A 3OYKA 3VQ6A 4O5BA 3OYHA 1XC9A 1L3UA 2G8FA 1UA0A 3ZSVA 4M3TA 1SL1A 4E3SA 4DTNA 4LD0A 1S1XA 1WAFA 1GOAA 1IG9A 4QOZB 3V9XA 1JLFA 3HO1A 2XY7A 4CEAA 2HHUA 2HHWA 3RR7A 1VSLA 4JLHA 3AO4A 2ZE2A 2HHVA 3HP9A 1S6QA 3O3GA 1C1CA 4C8NA 1NK5A 3OYFA 1SKSA 3NGIA 4Q5VA 2B4JA 4ICLA 4B8AB 1A5VA 3ZSOA 1Z26A 2RN2A 2ITGA 4RW6A 4CF9A 4UQGA 4FJIA 2G8VA 2IDOA 1LWCA 3HVTA 1K6YA 4E7JA 2YNGA 1KSPA 3PX4A 2OA8A 1C6VA 3OYJA 1VSDA 4FW2A 3P5JA 3QLHA 1LWFA 3AV9A 1I3AA 2DFFA 3KJVA 1RT6A 1W9HA 3P1GA 4AILC 1D8YA 2BGGA 5HROA 3SV4A 4DTJA 3PO4A 1MU2A 3SCXA 4FXDA 4CF0A 4FK4A 1S9GA 5FROA 2D0AA 3DOLA 3SYZA 3K5NA 3SQ2A 1FKPA 1HRHA 4LSLA 3LZJA 1VRTA 3MXIA 4CHPA 4AHSA 3KLFA 5K14A 1NK6A 2Z1HA 3V81A 2B6AA 2YKMA 5E41A 4W5RA 4HCCA 3VQ9A 3OYDA 3M8QA 3VA0A 3AVLA 1J9AA 4F3OA 1RDDA 3RTVA 3SQ0A 2OYQA 2VG6A 3QEXA 3F73A 1NOYA 4E7KA 1ZBHA 3VQQA 3L3VA 2RPIA 3K5MA 1T7PA 2QXFA 1XWLA 1UA1A 5HBMA 2RF2A 4IFYA 4H4MA 3VA3A 1RT1A 4O0JA 1CXQA 2ATQA 2VWKA 4FVMA 1IKVA 3TARA 4DWIA 1S5JA 3SQ4A 1FKOA 3OY9A 3EY1A 3HPHA 1WSIA 1QSLA 5FRNA 1IKYA 4DS4A 1C1AA 1YVUA 4QCLA 3V9WA 5FDLA 1JLEA 1FK9A 3DLKA 2WONA 3IS9A 4Z0UA 1U48A 1QTMA 3KD5E 1LAWA 4GW6A 3THVA 1S1VA 3KK1A 3I0SA 1HMVA 3DLEA 1Q9YA 4MQ3A 2XRIA 3ZSWA 3AVHA 3CFOA 3TWHA 2HB5A 4E7LA 2P5GA 4CHOA 4DSEA 2PYJA 4OGEA 4FLYA 4DSJA 2O4IA 2YNFA 4R5PA 1L3TA 4B9NA 1KTQA 4FJ9A 3DOKA 3U3YA 4M3RA 4JRPA 4N76A 4OKKA 4OVLA 4B3OA 4HUFA 3C6TA 4NCBA 3JSMA 2Y1IA 4Y1CA 3LAKA 1BCOA 2E4LA 1RTHA 3L2QA 1NKCA 1T05A 3AVBA 1RBRA 1S1TA 3DMJA 4CHQA 1HYSA 4I7FA 3LWMA 4CJVA 5SZTA 3LDSA 4DG1A 4DSFA 3KD1E 1REVA 2KFZA 4AHRA 4ZTJA 2XO7A 1KLNA 4ELTA 4H4OA 3HM9A 1A5WA 3CM5A 3ZSRA 4B9VA 1S1WA 3MEEA 2X74A 1J54A 1GOBA 5KRTA 3KKRA 1KFDA 3K57A 1RT5A 1X9WA 1QQCA 2HHTA 2IC3A 5I3UA 2X78A 1IH7A 4KKOA 2D5RA 3SPYA 4BACA 1KCFA 3TI0A 3PY8A 5JS1A 4NYFA 3TAFA 1RT3A 3VQ5A 3V9ZA 1JLAA 4CJ4A 3ZT2A 1NJZA 4K8ZA 3IG1A 3RRHA 3ZSZA 3PX6A 5J2QA 3MXMA 2YHAA 3AVGA 4M3XA 3IAYA 1ZBUA 2DFEA 2PZSA 4JS4A 1BHLA 3OJSA 5KI6A 1VSHA 2FBVA 1LWEA 1GOCA 3IRXA 1NK4A 1SKRA 1HPZA 3AA5X 4AH9A 1TKXA 1LW2A 1IO2A 2IGIA 3K58A 3L2VA 4DMNA 4CJLA 4IG0A 4B9UA 1TAQA 2O4GA 2YHBA 4I2PA 1RT4A 2BANA 1XHXA 4LSNA 3VQEA 3P83D 1RDBA 4JS5A 4H8KA 4CJ3A 4AHCA 4CGJA 4CEBA 3HVRA 4HTUA 4LH4A 1QSYA 1LV5A 3QNOA 3TR8A 4M3UA 4DFPA 4PUOA 4O55A 1D9FA 4J2DA 3LP3A 3LZIA 3SUPA 1RDAA 4IFVA 2D0CA 4FJ7A 4CK1A 3VQAA 3QINA 4OPKA 1YTAA 4FW1A 5HLFA 4B8CA 1O1WA 3NHGA 3CFPA 4J2EA 1HNIA 3AVKA 2OZSA 3VQBA 1SV5A 5C42A 4KTQA 4W5TA 3KLGA 3HT3A 1NJYA 1TK5A 2Q3SA 5CZ1A 3NF7A 4LY7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HYFA 2UUCK 3HI0A 3MXJA 5HRSA 2Q0UA 3VQPA 5F2RA 3QIOA 1BDGA 4BROA 4DTMA 3TAQA 3DXMA 3QFUA 3K2PA 3ULEB 2O8EA 4CJKA 1D5AA 1U47A 3KK3A 1HX1A 1YT3A 3VEVA 1CZBA 3O3HA 3ULDA 2ZM6K 3QO9A 3RMBA 4M42A 3LDLA 1IKWA 2CGKA 2P9LB 4FPAA 4M63C 3VQDA 3ZSQA 2HHXA 3DRSA 1VRUA 3KKSA 3AVMA 4KHUA 3SAFA 3F9KA 3HRGA 2YHXA 3KK7A 2P9PB 1B9FA 4BDPA 4OKEA 1OVQA 4LH5A 2Z1JA 2V7ZA 4W5QA 2IS3A 4FOIA 2QWRA 1TL1A 4FZYA 3VF4A 5KPTA 2GBZA 2HBMA 1RCHA 5C12A 3BEXA 4B1VA 4NLBA 5A2QO 4KV8A 3E9PA 4JD2B 2W6LA 1ATNA 3ZT1A 2F8SA 4OPHA 3TAGA 1UOCA 2XHBA 1C0MA 4JKDA 3ITHA 3T3FA 4DR2K 4B1UB 1KVBA 4JK7A 4IJAA 5J2NA 4JNEA 4NXMK 5AQPA 4BG8A 5FLXO 2JWLA 2QWNA 2AA4A 3VQ8A 1BGXT 3NF6A 3OBYA 4LFAK 4FLUA 4CE9A 4H0XB 3M8SA 1NJWA 4DUYK 2W42A 5M1FA 5AFUA 3VEYA 3GOIA 3CFRA 1IKXA 2Z1IA 3CCUN 5ELZA 1GLDG 5AQGA 2Z1GA 4OO1J 4FSVA 1RNHA 1VK0A 1S6PA 4CK2A 3MN5A 4FK0A 1VQ4N 1K8KB 3ZSYA 4CEDA 4DR1K 4RW7A 1BA1A 4BY9C 4FJGA 4F8RA 1KVCA 3O3FA 5C15A 4C1NK 1BQMA 1TGOA 3CXCM 3THYB 2HHHK 4DUZK 4LF6K 2ZGYA 3KHYA 1ZBLA 4A62A 3AA4A 4BRGA 2NNWA 5EY4A 3KLHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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