The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
Structures of Trnas with an Expanded Anticodon Loop in the Decoding Center of the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T1H K; 4NXN K; 4B3T K; 4JI1 K; 4K0K K; 4X62 K; 4DV0 K; 4YHH K; 1FJG K; 3OTO K; 4OX9 K; 4JI3 K; 4DR6 K; 1XNQ K; 1J5E K; 4LF5 K; 4DV1 K; 2VQF K; 2HHH K; 4DR7 K; 3JAM O; 1N32 K; 4DV3 K; 4CVN E; 4JI4 K; 2F4V K; 4GKJ K; 1HNZ K; 5A2Q O; 3J7Y P; 4JYA K; 4KHP K; 4JI7 K; 4LF9 K; 5LMU K; 4JI0 K; 4B3R K; 4DR3 K; 1XNR K; 4LFC K; 3T1Y K; 4X64 K; 4DV2 K; 4DV7 K; 3J7A P; 2ZM6 K; 1N33 K; 3J80 O; 4DR4 K; 4X66 K; 4DV4 K; 5IWA K; 4V19 S; 2E5L K; 4DR2 K; 4LF6 K; 1XMQ K; 3J81 O; 2UUA K; 2UUB K; 4JI2 K; 5LL6 Z; 5LMN K; 1N36 K; 4LF8 K; 4JI5 K; 4LF7 K; 1HR0 K; 5BR8 K; 4NXM K; 1HNX K; 4B3M K; 4LFB K; 4DUZ K; 1IBK K; 4DUY K; 4DV6 K; 4DR5 K; 2UXB K; 4GKK K; 4JV5 K; 5FLX O; 2UXD K; 4JI8 K; 4LF4 K; 4DV5 K; 2UXC K; 4B3S K; 1XMO K; 1N34 K; 4X65 K; 1IBL K; 1I94 K; 2UUC K; 1HNW K; 5IT9 O; 4CW7 B; 4AQY K; 2UU9 K; 5AJ3 K; 4DR1 K; 4JI6 K; 2VQE K; 4LFA K; 1IBM K; 4YY3 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RRG A; 3OS0 A; 1DEJ A; 2CH5 A; 4ISF A; 4AM7 A; 2GUP A; 2P9N A; 3L6Q A; 4X62 K; 3NCI A; 1Q81 O; 4OX9 K; 1NK8 A; 3O9R A; 4DV1 K; 3SPY A; 4FM0 A; 1TK5 A; 3TSU A; 3MWP A; 4JRQ A; 2P5G A; 3TI0 A; 3O4N A; 1JJ2 M; 4OLA A; 4CVN E; 3TAF A; 5DMR A; 1U48 A; 2AJQ A; 1HNZ K; 3K5N A; 1BG3 A; 1LWF A; 3FZL A; 3SMP A; 3VEZ A; 3ZSY A; 4XH5 A; 3ZSX A; 1ATR A; 3OYB A; 2W6L A; 1W2B M; 2YX6 A; 2B5J A; 1GLB G; 3TTC A; 4HWI A; 3ULE B; 1DTT A; 3LL3 A; 1C6V A; 4BY9 C; 1S22 A; 3C6T A; 4AF1 A; 1R59 O; 5GAH P; 2Q36 A; 1RIL A; 5AQV A; 1VSF A; 4BR5 A; 3ZX3 A; 3O6W A; 5HRN A; 1HYS A; 1VRT A; 5LMN K; 4JKC A; 3S9H A; 4A62 A; 3MN9 A; 3AAQ A; 3TAM A; 3KLE A; 1S9E A; 3RMB A; 1C1C A; 4MO5 A; 3AA4 A; 2HHV A; 1RDD A; 4KBO A; 3LWL A; 4LF7 K; 3ZSZ A; 5ADX A; 1HNX K; 2IOC A; 4KHN A; 3BZC A; 3FZM A; 4G9Z A; 3PLA A; 4DV6 K; 1JLE A; 1ZYQ A; 4B9M A; 3ULE A; 4I9Q A; 4KV8 A; 3BP8 A; 4WQ4 A; 5KQD A; 1HPZ A; 2HNY A; 3L2U A; 5MLC Q; 4KTW A; 2NRZ A; 2IC3 A; 3PY8 A; 3HXM A; 3SJH A; 3MCP A; 4LC9 B; 4X65 K; 1I94 K; 1L3U A; 1BA0 A; 4JK7 A; 3HRG A; 2XO7 A; 1LOT B; 4AQY K; 3V9S A; 4DLG A; 5AJ3 K; 4YNQ A; 3DAW A; 3OA9 A; 3VEO A; 4IG0 A; 3VEN A; 3U6F A; 3SJJ A; 3V9U A; 4BVO A; 3CQX A; 1VQL N; 4C8M A; 3P38 A; 1HLU A; 3AAP A; 2V52 B; 4CF2 A; 3MN7 A; 2A6A A; 2YV0 X; 1RTJ A; 3FGU A; 3AA2 A; 3VQ9 A; 5CE3 A; 2AP1 A; 5J2M A; 1S1W A; 1KAZ A; 2YCH A; 4A59 A; 1RDB A; 4DFM A; 1N8R O; 1VQ5 N; 3D2E B; 4H5R A; 3QIN A; 3L4Q A; 4B1U B; 4FM1 A; 4DR7 K; 1TYQ B; 3NH2 A; 4FSV A; 5H1S Q; 4CGJ A; 3ZYY X; 3H1V X; 3S3O A; 4CBU A; 4FPB A; 4WQ4 C; 5J2P A; 3OYJ A; 1KFS A; 4CJP A; 3CC7 N; 4HCC A; 3VEW A; 4LF9 K; 4CFA A; 4ELT A; 1YVU A; 4A5A A; 1YI2 N; 5LJV A; 3LAN A; 3AVK A; 4U67 L; 3Q7C A; 2Q31 A; 4BVP A; 4IEE A; 3HT3 A; 4DQ8 A; 5BR9 A; 1RNH A; 1YXQ A; 4GNI A; 4CZI A; 3D2E A; 5C10 A; 5E26 A; 1HKB A; 1TYQ A; 4GVM A; 2V7Y A; 4RG8 A; 1EWR A; 4HHT A; 2ZJR L; 2GWJ A; 3K9K A; 4A5B A; 3U9D A; 1IKW A; 4FLU A; 1Z6R A; 5M1Q A; 3THV A; 3P4I A; 4KH5 A; 4FJ5 A; 1VSD A; 4OKE A; 3WXK A; 4DTR A; 4JI5 K; 4OJR A; 5BR8 K; 3E9L A; 4DSJ A; 1UAX A; 3LDQ A; 1EET A; 3CCQ N; 2W41 A; 2CH6 A; 1XQS C; 2VG5 A; 3V6D A; 3O3F A; 2YNI A; 2IVN A; 3CFP A; 2O8B B; 1WSF A; 4Z4G A; 5BRF A; 2HMP A; 4JKA A; 3AVI A; 4CI6 A; 1VRU A; 2FSN A; 4MFB A; 2PY5 A; 2HBJ A; 1KQS M; 4PUO A; 4IO9 L; 3VA3 A; 4C8K A; 3A5N C; 1IBM K; 1RBT A; 1GOB A; 5AQZ A; 4GV6 A; 1N6Q A; 4PKI A; 1RT2 A; 2OAN A; 1GLF O; 3HP6 A; 3E66 A; 3C6A A; 3VGL A; 3BF1 A; 3V1Q A; 2VG7 A; 2O8B A; 4BRQ A; 4Y0W A; 4KRF A; 4CJT A; 2GEL A; 3P31 A; 5AQJ A; 2UYT A; 1NK5 A; 3QB0 A; 4FWM A; 1QZ6 A; 3C7N B; 3JAM O; 3KD5 E; 1QHT A; 2D4W A; 1LWE A; 1L3S A; 1ASU A; 1EQY A; 1VSJ A; 2Q97 A; 4FLZ A; 4LH5 A; 4FLT A; 4OLB A; 4CBX A; 4E3S A; 4FWN A; 4IDK A; 4KB1 A; 5CYM A; 4DV2 K; 4CIF A; 3CF5 L; 4AHR A; 3HTV A; 4XIU A; 4DQS A; 1KC8 O; 4IFE A; 1WBB A; 1NOZ A; 2QKK A; 4JS5 A; 1JLQ A; 4E1N A; 1WSH A; 3C7N A; 3L2W A; 1ESV A; 4WCE L; 3HL8 A; 1BWF O; 2OA8 A; 1OVQ A; 3TSP A; 3H08 A; 3AAR A; 4OPJ A; 5J2Q A; 1D9D A; 4M3X A; 4JS4 A; 1A5V A; 3DLH A; 4I7F A; 4W5O A; 4DG1 A; 3OYL A; 5I9E B; 4N56 A; 4CK1 A; 3DLL L; 3EE9 A; 4CJS A; 3NGZ A; 1SKW A; 4CGG A; 3N4Q A; 2UXB K; 4FYD A; 1HUX A; 2IGI A; 3K0S A; 4FK0 A; 4IFV A; 3WXL A; 1ATS A; 1NKE A; 4JN4 A; 3QBW A; 2E4L A; 4H0O A; 5FLX O; 4B8C A; 5C12 A; 4CHN A; 3AVL A; 5C42 A; 4JAX A; 3G25 A; 4IJA A; 2RF2 A; 2HST A; 4H0T B; 1RBS A; 1WLJ A; 3MX5 A; 1NK4 A; 1NJI O; 3Q7B A; 4YOT A; 1E4G T; 2W40 A; 5BRD A; 4HTL A; 4JI6 K; 3THX B; 3P1G A; 5C2D A; 3SI6 A; 5I3U A; 2OCE A; 4JHD B; 1SKS A; 2X74 A; 2IS3 A; 3MAQ A; 1RTD A; 1NGA A; 3AVJ A; 4DLE A; 4RTF D; 4CJE A; 2Q3S A; 3O4W A; 3EY1 A; 4BR9 A; 4AHS A; 3OS1 A; 4F2R A; 2GBZ A; 3NVK A; 3CC2 N; 3PX0 A; 1SKR A; 4UY8 O; 1ZBS A; 2NZT A; 3IAY A; 2HHH K; 4O5B A; 1KVA A; 1GOA A; 4N5S A; 3K9J A; 3WEE B; 1G15 A; 3MDQ A; 2BE2 A; 2GEM A; 5AQO A; 4H0V B; 2FSK A; 4GKJ K; 5DK5 A; 2H3G X; 4JI7 K; 3THX A; 2HVH A; 3IKM A; 3U9Z A; 4JD2 B; 4JHD A; 1KVC A; 4B1Z A; 4QS8 A; 4CF0 A; 3THW A; 2Y1J A; 1V4S A; 2R7Y A; 4OO1 J; 4QS9 A; 1KVB A; 4X66 K; 5KPR A; 5K14 A; 2YNG A; 3CIP A; 3K5M A; 3CMA N; 4YFU A; 3J81 O; 4B9V A; 2HHT A; 1IJJ A; 1RTH A; 4BC4 A; 3WEE A; 4E0D A; 2ZGZ A; 3DLK A; 4FZY A; 2G8I A; 4BAC A; 4PKH A; 3OYC A; 3A5L C; 4B9U A; 3L3U A; 3R9P A; 1NK6 A; 1KSP A; 4JD2 A; 1NNE A; 3NVM A; 2RPI A; 4MO4 A; 4AHV A; 4FK4 A; 1KXP A; 4NXM K; 4BR4 A; 3HPG A; 1TKD A; 4DUY K; 3C95 A; 3OYN A; 2NRT A; 3OYM A; 4MDB A; 4B08 A; 4H0X B; 4GVE A; 2VWB A; 4O5F A; 5AFU H; 3RTV A; 3KD1 E; 1YJW N; 4ISG A; 1T05 A; 3L0Q A; 2X6N A; 1QHA A; 1NK9 A; 4JLH A; 3C65 A; 2ITG A; 3WNG A; 4BR7 A; 5LY3 A; 3G4S N; 3WNE A; 3CJ7 A; 1XMO K; 5AQX A; 2ZE2 A; 4FXD A; 3SV3 A; 2ZD1 A; 1TKZ A; 4DTU A; 2ITM A; 4MDA A; 4NYF A; 4KHQ A; 2O4G A; 3SQ2 A; 3IMX A; 4DQP A; 1U4B A; 4IKF A; 3WXJ A; 1SV5 A; 3BZK A; 4H03 B; 4L3Q A; 5GAG P; 3NF7 A; 2QI2 A; 4F3O A; 1OH5 A; 4FO0 A; 3K58 A; 1S6P A; 1C1A A; 2G8F A; 4Y1D A; 1Z25 A; 1RT1 A; 2PYL A; 2EHG A; 3CME N; 3QFP A; 2O8D A; 3VMF B; 4GV9 A; 3AA5 X; 3ID6 A; 2Z1I A; 4R5P A; 1HNI A; 5AQY A; 3SCX A; 5GIN A; 2NUB A; 3VPZ A; 4PL7 A; 2ZWH A; 3TAP A; 3IS9 A; 1O1W A; 4AHT A; 1B92 A; 3A0I X; 1BU6 O; 2IAJ A; 1NJX A; 1J9A A; 4O8K A; 2BH1 A; 1H1V A; 3CCJ N; 1N5Y A; 2QWQ A; 4DTX A; 3MXJ A; 3AO4 A; 4DR4 K; 3CFR A; 3VQP A; 1C0M A; 1GLJ O; 4CIG A; 1QSL A; 5AZI B; 4LF6 K; 3U4L A; 3M8Q A; 4FVM A; 4I6M B; 4IJN A; 4M41 A; 1ASW A; 1BHL A; 3T69 A; 4OPH A; 1N36 K; 2P9S B; 2IIR A; 4A2A A; 1W97 L; 4AHC A; 3LWM A; 4IXC A; 4CF1 A; 1QSY A; 4BDY A; 4W5T A; 3JYT A; 4KO0 A; 4M7X A; 3F5T A; 4CJR A; 2YNH A; 5JS2 A; 4LSN A; 1FXX A; 1XWL A; 1GLD G; 2FLO A; 2PAV A; 1T3V A; 1VK0 A; 5EOY A; 2X78 A; 4NYN A; 5F2R A; 5AZI A; 3G10 A; 3WUH A; 4I6M A; 4ZTJ A; 3A5M C; 3VGM A; 5KPT A; 4YDU C; 3J7Z O; 4LF4 K; 3CD6 N; 1YTU A; 3QFU A; 3RMC A; 1IBL K; 4OPK A; 4NO7 A; 4C23 A; 4WF9 L; 3N4P A; 3DOK A; 4AIL C; 2P9S A; 3SMS A; 4OGC A; 5BPM A; 1IO2 A; 3HM8 A; 4H4M A; 5ADX H; 5HP1 A; 3TR8 A; 4YY3 K; 2P9N B; 3TAE A; 4GMJ B; 3I0R A; 1Q9X A; 4KHY A; 4CHO A; 4E7K A; 1TL1 A; 1LCU A; 1MWK A; 3TAN A; 3TTD A; 1YUW A; 2PFU A; 4DHY A; 4FCY A; 2DTU A; 4Q0B A; 2JGU A; 5GIO A; 3AA3 A; 3KHY A; 4R79 A; 2BDP A; 4FJI A; 3VQD A; 3I0S A; 4I9L A; 1W9H A; 1CXQ A; 4J8F A; 1QZ5 A; 1HQU A; 4AHU A; 4CJ4 A; 1T7P A; 3CET A; 4Q5V A; 3MXI A; 3C6H A; 5AQM A; 1X9S A; 3HJF A; 4PY5 A; 2F9T A; 3WXM B; 1NGH A; 2B6A A; 2FC0 A; 2YKN A; 3ULD A; 3QNO A; 4K8X A; 4CFB A; 4DU4 A; 4FOI A; 4DU3 A; 4CJQ A; 4JYA K; 2KFZ A; 3MED A; 3FZF A; 1NJZ A; 4Z0U A; 3CJC A; 3VQB A; 4O0J A; 4YOR A; 1T6C A; 2HND A; 3SAG A; 1BQM A; 1T8E A; 4DQR A; 1NG9 A; 4L8R B; 1WN7 A; 1Z26 A; 5BRH A; 4FJJ A; 4FJ8 A; 3O3G A; 1N33 K; 2FF3 B; 2VGN A; 4FWQ A; 4C1N K; 2OTL N; 1IKV A; 4CBW A; 4J2D A; 1KAX A; 4FLX A; 4J2B A; 1NK7 A; 2QXL A; 3SPZ A; 2P9P B; 5D3G A; 4ISE A; 4N41 A; 1MA9 B; 2ASO A; 1ILY A; 2KLA A; 2GTD A; 2YHX A; 1BIZ A; 4BRO A; 1WAJ A; 4CJ3 A; 1F21 A; 4IO8 A; 2A5X A; 3CCU N; 3LP3 A; 3KLG A; 4DS4 A; 3C0B A; 3VF2 A; 2E1Y A; 2VWK A; 4GW6 A; 2VGM A; 1VQM N; 1W0H A; 4WYB A; 5F0X A; 4JKD A; 1IG8 A; 1RBU A; 2ZJQ L; 4DTP A; 3P5J A; 5AQI A; 1JLA A; 2LSN A; 2P9P A; 2XHB A; 3MN6 A; 1JXB A; 4BE1 A; 1HMV A; 1NJY A; 3HP9 A; 3S3M A; 5KTQ A; 3OJU A; 2HHW A; 4CW7 B; 3FZK A; 3U3G A; 3CCV N; 2HMI A; 1RBR A; 4BE2 A; 1S1V A; 3KZB A; 3HOS A; 4DCH A; 1RDC A; 3V1O A; 3CHW A; 5CYQ A; 4C8N A; 4CZM A; 1TAQ A; 3L3V A; 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2G8K A; 1OKJ A; 4NLC A; 5KGX A; 1JXE A; 1NMN A; 3L2R A; 2UXC K; 5JLH A; 4NLB A; 3AO3 A; 2A1R A; 1WUA A; 3QEV A; 1ASV A; 2G8H A; 2VQE K; 2P9K A; 4Z4H A; 4K8Z A; 4CJ7 A; 2OYQ A; 4JI1 K; 5JMV A; 4CJF A; 2O4I A; 5M1F A; 1FJG K; 1A5W A; 1X3M A; 3EZ5 A; 1GLL O; 3H6E A; 3HZ6 A; 5JIC A; 1J5O A; 4FLY A; 4FW2 A; 3EE8 A; 1RT5 A; 1KLM A; 4M45 A; 3F9M A; 5LMU K; 1WSE A; 2D5R A; 4CEC A; 3OS2 A; 4M63 C; 1SL0 A; 1XNR K; 3O4Q A; 2ZM6 K; 3SQ0 A; 3A5O C; 1ATN A; 1REV A; 3SQ1 A; 3SUP A; 3S41 A; 3O80 A; 3L4I A; 1RGI A; 3M8R A; 4CER A; 3VES A; 3ZT2 A; 1U2V B; 4JEP A; 2QWO A; 3I8D A; 3ZET B; 5GIP A; 1DTQ A; 1XC3 A; 2IDO A; 2OPQ A; 3KLH A; 1JKH A; 3OYA A; 1R0A A; 2QM1 A; 1ZC6 A; 2KKZ A; 2I7P A; 3SK3 A; 2HNZ A; 5FPE A; 3PX6 A; 1IBK K; 4FWL A; 1YT3 A; 4HUG A; 1XUP O; 5J2N A; 3HVT A; 1S1T A; 1G99 A; 3AVM A; 2OPR A; 5FPM A; 2CGK A; 3ATU A; 5AQF A; 3ZSQ A; 3O1W A; 4CGI A; 3ZCM A; 3PX4 A; 2BGG A; 3WNF A; 4ZTF A; 1U2V A; 1N34 K; 4WE1 A; 2UUC K; 3ZET A; 1JL2 A; 4FWK A; 2ZJP L; 3PO4 A; 1O13 A; 2GUI A; 2UU9 K; 3K57 A; 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