2X6NA

Human foamy virus integrase - catalytic core. manganese-bound structure.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
PQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSGSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 60
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x6nA00
1S1XA 1S6QA 4Z4CA 1ZBLA 2IAJA 4K8XA 2D0AA 4DSEA 1Z25A 2BANA 3LANA 4M3TA 1RT3A 4F3TA 4M45A 4DF8A 3PV8A 3KLFA 1C1AA 3O4QA 2FBYA 3F73A 4CF0A 2Y1IA 3TARA 3QLHA 1TKDA 4E1MA 4FK2A 2KTQA 4FZYA 2G8KA 1ZBUA 4E3SA 5HRSA 1IH7A 1NK6A 1C1CA 2KFNA 2JLEA 3DLKA 1MU2A 4NCBA 1A5XA 1JL1A 3RMDA 4CGIA 2IS3A 5C42A 4KKOA 1Q9YA 4YNQA 4E7LA 5KRTA 1TV6A 4CJ4A 2G8IA 3ITHA 4KTWA 3NFAA 3PY8A 4J2EA 4LY7A 3CFOA 3QNOA 1U04A 3MECA 2JGUA 3HM9A 3V6DA 3K57A 2WOMA 2B6AA 3KK3A 2FBVA 3V9XA 4CGDA 1TK0A 3DMJA 3DLGA 3WNFA 5EU7A 2ZQBA 4CK3A 4O0IA 1ZYQA 1S9GA 2GBZA 4PWDA 3V1QA 1VRUA 3RR8A 4B9SA 3K5LA 3S3NA 3S3MA 4KB1A 3ISNC 4CESA 1SKWA 3ZT3A 4DU3A 2AJQA 3G10A 4Z4HA 4FLUA 1WSGA 4CHZA 3KJVA 1D9DA 3DM2A 1UOCA 4CHYA 3LZIA 4HTUA 3HVTA 1L5UA 5I42A 1X9SA 3V81A 3ZSXA 1SV5A 3QO9A 4IBNA 1WN7A 5KGXA 1U45A 1YVUA 1JLAA 3OYMA 3OYIA 1S1UA 1IKWA 1VSHA 2VWKA 4OGCA 3RWUA 3MEEA 4AHUA 4B8AB 1VSLA 4CF1A 3OJSA 1TVRA 4FM1A 5CZ2A 3A2FA 1F21A 4ELUA 3V9ZA 1EP4A 1HRHA 4CHNA 1NJZA 3VQPA 3QEIA 4CJ3A 3NF9A 4HUGA 1HYSA 1BCOA 1UWBA 5KI6A 1ZBIA 1TK5A 3OYKA 2A1RA 2PY5A 3CM6A 2G8VA 1JLEA 1JLBA 2D5RA 3P83D 4KREA 4OPKA 3KLHA 1B9DA 3AVLA 2X6SA 4Y1CA 4Q5VA 1IO2A 3LWMA 5J2MA 4KTZA 3DLEA 1W9HA 1GOAA 5HRNA 2R7YA 1VSDA 4FK4A 3HK2A 4PY5A 3HVRA 1RTDA 3L2WA 1UAXA 1KVAA 1KFDA 1CXQA 4O55A 4CIGA 4E7IA 4DFJA 1RBUA 1VSFA 1Y97A 3QEPA 3HT3A 5E41A 1T05A 4ELTA 4W5OA 3C94A 4N56A 1NK4A 3ALYA 4LSLA 1D9FA 2G8FA 4FLYA 1HQUA 1XHXA 1RDDA 3AA4A 4FVMA 1NK9A 2HNDA 4O0JA 2HNZA 3H08A 3KLIA 2VWJA 2IGIA 3AA3A 2XY6A 3LP2A 2GV9A 1SKRA 1LAWA 2D0CA 3AA2A 3KIOA 4M41A 2PZSA 3T1AA 3AVJA 5HBMA 1GOCA 4RW4A 1G15A 3OYDA 2KZZA 3V1RA 3O3FA 1LWCA 5J2PA 3OYAA 3T3FA 1JKHA 4M3XA 5KTQA 2HW3A 4RW8A 3L2UA 2DY4A 1YTUA 3WNGA 4W5TA 3PUFA 4C8KA 3SQ2A 1VK0A 3AVCA 5J2NA 4E1NA 2D0BA 3AVKA 5CY4A 1C6VA 5CYQA 3AVIA 3OYGA 3DRRA 4BDZA 5D3GA 3AA5X 4DLEA 4Z4EA 3CG7A 2HMIA 3PO4A 3K5NA 3DLHA 1RTHA 3SQ0A 4CJUA 3OYCA 3TABA 2O4GA 1TAQA 2P51A 3M8PA 4DFPA 4MQ3A 4ZTJA 1SKSA 1WSJA 2QK9A 4ZTFA 1O1WA 1NK0A 1JLQA 1RT7A 4AHSA 4CEZA 3KLGA 1QSSA 3ZSYA 3SUQA 3VQ4A 1NK7A 3V9WA 3TI0A 1HYVA 4Z0UA 4CFBA 1NK8A 3DI6A 5CZ1A 5SWMA 5J1EA 4KHQA 4N41A 1KSPA 4CJKA 1L3SA 4QAGA 1RBSA 5T7BA 4CEDA 5HROA 4Q0BA 1XHZA 2KFZA 1RT2A 4KAZA 1TKZA 1D5AA 4CGFA 3C6UA 4DS5A 2HHWA 2A1SA 3QEXA 1NJYA 3RRGA 4FJNA 1Q9XA 4I2PA 4LSNA 4C8OA 3LPUA 4HCBA 3ZSVA 1S1TA 3JYTA 1C1BA 4C8NA 4IFYA 4RW7A 1TK8A 3SUPA 4M3YA 1LWEA 4CEFA 4E7HA 1KVCA 4HUFA 2QXFA 1BQNA 1N6QA 5FROA 2X74A 2ATQA 2G8HA 4LH4A 3HO1A 3C6TA 1S1VA 4DSLA 4O5BA 3LPTA 4DQIA 2YKNA 3DYAA 4KRFA 1NK5A 1RDBA 2VG6A 4I7FA 3O3GA 4DLGA 4CHQA 4JLHA 3QEVA 1XWLA 4M3RA 4AHVA 3NGIA 1QHTA 1KLNA 4NCGA 4DTNA 3V1OA 2NUBA 4LD0A 2GUIA 4YFUA 5SZTA 2OPQA 4B9UA 1I39A 1S1WA 4DTMA 3VQCA 5I3UA 3L3VA 3SCXA 4E7JA 2FBTA 3NCIA 4FYDA 4CGHA 4KHYA 4EZ6A 2RPIA 3MXJA 3LZJA 4IG0A 3NH2A 3OYBA 4CIFA 4DSFA 1ITGA 3AVNA 3PX0A 1S6PA 3VQ8A 3ZT0A 2OPSA 4I2QA 4CK1A 4BDYA 1B9FA 3OY9A 2XY5A 4FJKA 2HNYA 1HPZA 3CYMA 4KV8A 5FDLA 3K59A 3I8DA 1K6YA 3ULDA 1SL2A 4HUEA 4E7KA 2ZD1A 4AHRA 2P5OA 3OS0A 1JLFA 3OS1A 3CFRA 1FKPA 4FLTA 4AHCA 1BHLA 3TAGA 2FBXA 4E19A 1EXQA 3ZSOA 3O4NA 4OKKA 3TAFA 4CJQA 2OZMA 3SJJA 3CQ8A 3SNNA 3HYFA 3TANA 4CJEA 2DTUA 4CJWA 3QESA 1ZBFA 2Z1JA 3OYLA 4CF8A 1CZBA 4AH9A 4DTSA 1J54A 1XC9A 4OLAA 5JS2A 3IS9A 3EY1A 2YHAA 4DS4A 3TAQA 4LH5A 4M3WA 1DTQA 4H8KA 1JXEA 4E89A 1L3VA 3DLBA 4DQPA 1RT1A 4CECA 2YHBA 3MEDA 3LAMA 4E0DA 1RILA 1FK9A 3DLRA 2BGGA 4OPJA 4XIUA 4FJGA 1RTIA 1JLCA 3QNNA 4J2DA 4PQUA 2KQ2A 4FM0A 1EKEA 2OPRA 4ID1A 1WLJA 4N5SA 2XO7A 4ELVA 1QSYA 3RRHA 4FZZA 4R5PA 3E01A 1TL3A 4CFAA 3BGRA 2Y1JA 3NDKA 4J2AA 3AVHA 4BE0A 3EYZA 4CFDA 4FM2A 1S5JA 4I9LA 3LP3A 4B08A 4KO0A 4BE2A 3VA0A 2E4LA 3OYHA 1UA0A 4KHUA 2ZE2A 4C8LA 4CHPA 3M8SA 4AILC 1L3UA 4CCHA 1BIUA 4L8RB 1WSHA 3F9KA 2HB5A 4CJVA 4B9LA 2F96A 1SUQA 3VQ5A 3OYFA 2HHQA 1HJRA 4DU4A 4DSJA 3AO3A 1T7PA 3AO4A 4CGJA 4DFKA 1IKYA 1CZ9A 5C25A 4W5NA 4FJ8A 4DQSA 1YT3A 3M8RA 3NGZA 4DSIA 1RCHA 4CJ5A 4W5QA 4HHTA 2Z1IA 3RMCA 1Q8IA 1J9AA 4BWMA 3M8QA 2X6NA 1SL1A 2W42A 3EZ5A 4JRQA 3ZSQA 3KK1A 1NKEA 3KK2A 1CLQA 1W0HA 1BCMA 3NE6A 4BDPA 4B9NA 3KD5E 3THVA 2EX3A 2YKMA 3VQ7A 3LWLA 3HXMA 1HYZA 2XHBA 4DQQA 1BGXT 4JRPA 5KGWA 1QTMA 1S9EA 4B9VA 1ASWA 1RDCA 2F8TA 3NHGA 3VQQA 4B9MA 2OZSA 1LW0A 2E6MA 3AV9A 2HHSA 2RKIA 4CJTA 3L2QA 4N76A 2HHUA 1JL2A 2VG5A 1KVBA 3SV3A 4DTRA 4HCCA 3RMAA 3K2PA 4FJIA 1T03A 3ZT1A 4CEAA 2PYLA 3NAEA 3NH0A 4DTXA 4CF2A 1EETA 4CJRA 3VN5A 3AO2A 1FXXA 2FC0A 3VQEA 3MXIA 2OA8A 4FJMA 1VRTA 3NF7A 2ITGA 3VQ6A 2WONA 3ZT4A 3V9SA 3LP0A 3U3YA 4ICLA 4DTPA 5HRRA 3KKSA 3QINA 3G0ZA 2B5JA 1RBRA 4QOZB 1IG9A 4KTQA 3IG1A 1LW2A 1SL0A 4MFBA 4O44A 3T19A 3VQAA 4DTJA 3DOKA 2ETJA 2BDPA 4KHSA 1RT6A 4IDKA 3ZCMA 4BWJA 4RW9A 3ZSZA 3IAYA 3NH1A 3HPHA 2QKBA 3VQDA 4FJ5A 4W5RA 4H4OA 1VSMA 4KHWA 3P5JA 4CF9A 3OVNA 4EP4A 3D0PA 2XRIA 3MAQA 4I9QA 3HP9A 3AVBA 3U6FA 3AO5A 4F2SA 3NBPA 1RT5A 4GVMA 4Y1DA 3AVMA 1VSJA 3DRSA 4B8CA 4DU1A 2HVIA 3CM5A 3SUOA 3BDPA 1WSFA 4NYNA 1TAUA 4CERA 5HRPA 4M3UA 3WNHA 4EZ9A 1JLGA 4FLXA 1ASVA 1QE1A 3I0SA 2RF2A 1NKCA 1HQEA 2IC3A 3VQBA 4Z4FA 1BISA 2P1JA 2YNFA 2O4IA 3SYZA 2YNHA 3MXMA 4GW6A 5DMRA 1T8EA 4HVJA 1LV5A 1QSLA 3S9HA 4FZXC 1KFSA 1J53A 1YTAA 3KD1E 4CHOA 1LWFA 2EHGA 4CJLA 1X9MA 3HL8A 3IRXA 1EX4A 4OVLA 4C8MA 4AHTA 4BACA 3VQ9A 1A5VA 4CEEA 1TKXA 4FJHA 3PO5A 1D8YA 3KTQA 4RW6A 1B92A 3CFPA 3PX4A 4CFCA 1NKBA 1U48A 3AVAA 1C0UA 1KLMA 3D45A 3NF6A 4FW2A 4H4MA 4FLVA 1I3AA 4GMJB 4EP5A 4F4KA 5C24A 4KHNA 3OJUA 1NOZA 3SZ2A 4DF4A 3HJFA 4FCYA 1WAFA 2OYQA 3LAKA 3LALA 4CEBA 4CEQA 4DTUA 2B4JA 4N47A 2LSNA 3SPYA 3NGYA 4F8RA 3SV4A 4QCLA 2IOCA 2DFEA 1KRPA 4NCAA 1N5YA 3B6PA 2KZMA 4BE1A 1RBTA 4DG1A 2OPPA 1HMVA 1RDAA 4WE1A 2DFHA 3RR7A 2Q3SA 1QS4A 1RTJA 4CIEA 2PYJA 4M42A 2HHVA 3LDSA 3ZT2A 5FRMA 3I0RA 3PX6A 1A5WA 4O4GA 4DMNA 4JS5A 5HP1A 1HNIA 2DFFA 4CJSA 5DK5A 4CEOA 1IKVA 2I5JA 3HP6A 3VA3A 3V4IA 4B9TA 4KPYA 1U47A 4FJ7A 5J2QA 1U49A 2Z1HA 3C95A 1WNSA 1R0AA 3MEGA 3JSMA 4IFVA 4FLZA 3QETA 1J5OA 4FJ9A 4OGEA 3FFIA 3HPOA 1XI1A 4FJLA 3K58A 4CJPA 3B6OA 4KFBA 3QERA 1WSIA 2F8SA 2RN2A 5CYMA 3ASMA 1ASUA 4FJJA 1WSEA 4OKEA 3QEWA 3QIOA 3V9UA 1BIZA 4JS4A 4F3OA 1NJWA 2HHTA 3OYEA 2X78A 3HSTB 5K14A 3TWHA 2P5GA 2XY8A 3QIPA 3ZSRA 3TAEA 4DSKA 4FXDA 1NJXA 2Z1GA 3L2RA 1VSIA 4TSXA 2YNIA 1GOBA 2BE2A 2XY7A 3U3GA 1LAVA 5HLFA 3NF8A 1RNHA 4OJRA 5KRSA 4CE9A 3P1GA 3O3HA 4PA1A 2HVHA 3TAMA 4DTOA 4FJXA 3L2VA 3OYJA 4Z4IA 1Z26A 3UIQA 1HNVA 4K8ZA 4CJFA 4RG8A 3TAPA 1CXUA 2G8WA 4FW1A 4CGGA 4DWIA 4KI4A 5FRNA 3OYNA 1REVA 4OLBA 2YNGA 3AVGA 2YV0X 1QQCA 3LP1A 3KLEA 3SUNA 1ZBHA 1U4BA 2VG7A 4DQRA 2G8UA 4Z4GA 1TKTA 3K5OA 1NOYA 4ZHRA 4UQGA 1VSKA 3TR8A 4DFMA 1X9WA 1UA1A 4KB0A 4CK2A 3SPZA 4J2BA 1BI4A 1X1PA 4OKJA 3SI6A 2QKKA 4PUOA 3WNEA 4IG3A 1RT4A 1WAJA 1C0MA 2IDOA 4NYFA 3RMBA 1BL3A 4M3ZA 1KTQA 2E6LA 4FK0A 1L3TA 1TL1A 5JS1A 1VSEA 2KW4A 3L3UA 3KKRA 4B3OA 1IKXA 4ID5A 3AVFA 1BQMA 3OS2A 3S3OA 4F2RA 4IKFA 1FKOA 3L8BA 3RTVA 4KI6A 3K5MA 1TGOA 1BI4B 3ZSWA 3HPGA 2HHXA 1DTTA 3SQ4A 3DRPA 4G1QA 1RBVA 1KCFA 1JXBA 3AO1A 1DLOA 3DOLA 3SQ1A 1C0TA 4FLWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S1XA 1ATSA 2IAJA 3ENOA 2D0AA 4DKWA 3LANA 3M1FA 3HI0A 4WQ5A 5AQKA 4F3TA 4DF8A 3KLFA 1Q18A 3CCMN 1VQ4N 3T7ZA 3QLHA 2KTQA 4FZYA 3O9QA 4EIAA 1NK6A 1C1CA 2JLEA 3DLKA 1MU2A 1JL1A 3RMDA 3DJCA 1Q9YA 4KKOA 2G8IA 3THYB 1HKGA 1U2VA 1MWMA 2YI1A 4JKGA 3QNOA 2JGUA 2WFBA 4BRNA 3K9KA 3DLGA 3WNFA 3NVKA 4BROA 4H5VA 3RR8A 3K5LA 3ISNC 1SKWA 2AJQA 2QEXN 1Q82O 1K8KA 5KPZA 4HTUA 3HVTA 5I42A 1X9SA 3ZSXA 4LFAK 3OYMA 2V52B 3THWA 3RWUA 4M63C 2WTUA 4AHUA 3CC2N 4B3RK 2W6KA 1ATNA 3D2FA 5EX5A 3VGLA 3A2FA 1F21A 1EP4A 4CHNA 3QEIA 3K9JA 4CJ3A 3NF9A 4DCHA 4HUGA 4PKGA 3AY9A 3CM6A 1JLEA 2F7TA 4OPKA 3KLHA 3CCUN 3AVLA 4Y1CA 4KTZA 3DLEA 2R7YA 2V51B 3O1WA 1UAXA 5KQ8A 3T69A 4ELTA 4IFEA 2O8EB 1NM1A 1GLAG 1NK4A 2V7ZA 1NGEA 3WUHA 4IJNA 1RDDA 3AA4A 2HNZA 4U7BA 4FSVA 4H0PA 1SKRA 3AGKA 2PZSA 2UXDK 3AVJA 1G15A 3OYDA 2KZZA 1LWCA 5AQNA 4PKIA 4RW8A 3L2UA 4LF6K 3EO3A 3WNGA 5J2NA 1QHAA 3BF1A 5BRDA 4CBXA 4DR3K 3AVKA 5FPDA 3OYGA 3AVIA 3DRRA 1YIJN 3AA5X 1TYQA 2OCEA 4ILGB 5BRHA 1RTHA 3OYCA 3M5RA 2O4GA 1TAQA 4YDUC 3F2KA 3M8PA 4GKKK 1WSJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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