2X74A

Human foamy virus integrase - catalytic core.
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
189
structure length
187
Chain Sequence
RPQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 55
structure length 187
sequence length 189
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x74A00
4DSKA 3V9UA 2YNGA 3NF7A 1Q9YA 2XY6A 1C0TA 1CZBA 1NK0A 3AVGA 4AILC 3S9HA 4CK3A 1FXXA 1RTHA 3HYFA 3O3GA 3PX4A 1D9DA 2OA8A 4CJRA 3RWUA 5HRRA 1VSFA 3OYEA 3LDSA 4FM2A 3AVIA 3M8SA 2E6MA 4DFMA 3OYHA 3NE6A 3V9ZA 4N47A 1FK9A 4E7JA 1IH7A 3SNNA 3ZT4A 4EP5A 3HK2A 1L3TA 3PO5A 3ZSVA 4KKOA 3KJVA 1HPZA 4CJFA 1RILA 4PY5A 1L3VA 4CFDA 1JLCA 2EX3A 1WSFA 2KZMA 4F4KA 4KI4A 3KLGA 4CHPA 2VWJA 1ZBLA 2HHQA 1Y97A 3EY1A 1VSLA 3QEVA 4O55A 3AA2A 5HROA 1NKEA 3SQ1A 1QSLA 1VSMA 4CE9A 1MU2A 3NH1A 3I0SA 4I7FA 1VRUA 3AVNA 3VQCA 1HYZA 4AHSA 5HRSA 1ZBHA 3QEPA 2OPRA 4H4OA 2XRIA 4CEQA 4Z4CA 4DTNA 1TV6A 1GOCA 4DTRA 1TKDA 3TAFA 1BQNA 1TAUA 3DMJA 4XIUA 4ZTFA 2KTQA 1ITGA 1VSJA 1RBUA 4IBNA 3DM2A 4LSLA 4CEFA 2F96A 4G1QA 4FK2A 2YKNA 4KAZA 1WSJA 1LWCA 3KLHA 3SV4A 3VQBA 1TAQA 1L3UA 4HUEA 4FZZA 1ASVA 2HHSA 4FJKA 1UAXA 1KCFA 4CFCA 4IFVA 1L5UA 1KVAA 3CM5A 1I3AA 3JSMA 4B8AB 2ITGA 1S9EA 4W5NA 1ASWA 4N5SA 3K57A 3OYLA 4DS4A 4CJKA 1KLMA 1XHZA 4FW1A 2G8VA 3TAPA 3NF6A 1T8EA 1QE1A 2IOCA 1LW2A 1BCOA 3VQ6A 4CEEA 4FM0A 5HP1A 3SUOA 1D9FA 3QEWA 4CGGA 1NJXA 3O3FA 4HVJA 1NK7A 3BDPA 4KHYA 3D0PA 1HQUA 3KD1E 4K8XA 2P51A 4FJ8A 3TANA 3AVLA 1J53A 3TARA 1JL1A 1T03A 3QO9A 4M45A 1I39A 4CERA 1EETA 1TVRA 4NYFA 1KVCA 4H8KA 2Y1JA 1C1BA 3HT3A 4DF8A 1X9MA 3HPGA 2O4IA 4IDKA 1BIZA 4CF0A 1TKXA 1GOAA 2O4GA 4O0IA 2XY7A 4AHCA 3LP2A 4DU1A 3RMAA 2A1RA 1QS4A 3DYAA 3ZSRA 5T7BA 3OYGA 1X9WA 3DRRA 4N41A 3MXJA 4Z4FA 3G0ZA 4BDYA 3LANA 3L2VA 1N5YA 3AVKA 4CIGA 3NGYA 2FBXA 4CGDA 3VN5A 3RTVA 4CEBA 4O4GA 1VSIA 3V1RA 3ZSZA 3M8PA 3O4QA 3O3HA 4NCBA 2PZSA 4BWJA 2KW4A 4RW7A 4FW2A 4R5PA 3K5NA 4FLYA 5J2MA 4ZTJA 4DQPA 2HMIA 3H08A 1RT3A 4KB1A 4PUOA 4IKFA 3HSTB 2IC3A 4I2PA 4DQQA 2PYJA 4DMNA 3OYMA 4Y1DA 1IO2A 2X6NA 3AO4A 1HJRA 2ZD1A 1XWLA 4OPJA 3CFRA 4Z4EA 4DTUA 4F2RA 3DOKA 3V1QA 3ALYA 3QLHA 2BGGA 4K8ZA 4CIFA 4B9MA 2HW3A 3ZT1A 1NKBA 4HHTA 4W5OA 3K5LA 2HNZA 1UOCA 4N76A 4LH5A 5CZ2A 4FJ9A 4CECA 2HHWA 4DLEA 4AHTA 3T19A 4DSLA 3F73A 2I5JA 2VG6A 1UA0A 1KFSA 3RRGA 1S1XA 3MEGA 1C0MA 4E7KA 3B6OA 3L3UA 1F21A 3AVBA 3QIOA 4KTWA 4LD0A 1VRTA 1X1PA 2ATQA 2GBZA 3KK2A 1VSEA 4DSIA 3LAKA 3AVAA 4CGIA 4DU4A 4BWMA 2Z1IA 2P5GA 1YTUA 3OYAA 4CF9A 1C0UA 4FK4A 1C6VA 3B6PA 4CGHA 4FJ5A 3OYFA 3AVCA 3AV9A 5D3GA 4F3OA 4CJ4A 4UQGA 3T3FA 3U6FA 2D0CA 1HNIA 4J2BA 3AVJA 2YKMA 2Y1IA 4JRPA 2B6AA 3TWHA 3ZCMA 4NCAA 1JL2A 2FBTA 1W9HA 3F9KA 4E1MA 1TL3A 4WE1A 1KLNA 4ELUA 1ASUA 3LALA 2Z1JA 1XI1A 3AVFA 1QTMA 4OKKA 1VSDA 4DLGA 4KHQA 3DLKA 4QCLA 1RT1A 3OYBA 3LP0A 3NCIA 4RG8A 4Z4IA 3ZT3A 4F2SA 4KTQA 3ZT2A 1XC9A 5KRSA 3CYMA 3CFPA 3AO1A 1VSKA 3LP1A 4CIEA 5FRMA 4KHUA 4FZXC 1TK5A 1JXBA 1CLQA 4GMJB 1RBSA 1ZBUA 4FLZA 1Q9XA 4FJJA 1SKRA 4FVMA 3ZSOA 1RT2A 1WAFA 4CESA 3KLFA 2YNHA 1RT7A 2WOMA 1D8YA 4FLUA 1WLJA 1RT6A 4BACA 3P83D 1SL2A 5CZ1A 2VWKA 3D45A 4IFYA 4M41A 1VSHA 4DQRA 2X6SA 2B5JA 4DTPA 3HVTA 3SUPA 3RRHA 4OGEA 3LAMA 3V9XA 3ZSXA 2Z1GA 3OYKA 2DFFA 3EYZA 3NGIA 2G8WA 4CCHA 3G10A 5DMRA 4CEDA 3MAQA 3L2QA 4JS4A 1SV5A 4PA1A 4IG0A 1TK8A 4CJ3A 4ZHRA 1CZ9A 1WAJA 3DLRA 4CJLA 3NFAA 3HPOA 1G15A 2XY5A 3OYIA 1BHLA 3SV3A 2E6LA 1RT5A 5CY4A 4DWIA 4KI6A 4B9TA 3VQPA 1SKWA 1SUQA 4M3TA 4O44A 1U04A 2HVIA 2ZE2A 3AO5A 1RBRA 2X74A 1IKWA 4CJVA 1BQMA 3K5OA 3S3OA 2OYQA 3WNEA 4EZ9A 2YNIA 5EU7A 4DG1A 2HNYA 4FLVA 1NOZA 2VG7A 4CHNA 3OYDA 4M3YA 1GOBA 2DTUA 1A5XA 1Q8IA 3K2PA 3LZIA 3SUNA 1C1AA 2QXFA 4CK1A 5JS1A 3TAQA 3V6DA 4DSFA 4B9UA 3HL8A 3V9SA 1NKCA 3WNFA 1RBTA 3C95A 4OKJA 3BGRA 4DTXA 1YT3A 3OS1A 3PO4A 4DQIA 4Z4GA 2F8TA 3SCXA 4M42A 3DOLA 4OLBA 2DFHA 2VG5A 4JLHA 1JLEA 3P5JA 3SYZA 1Z26A 2BDPA 1LWEA 3KKSA 4KHNA 3I8DA 1NK9A 4FJIA 1U49A 3HP6A 1TGOA 5C25A 1IKVA 2NUBA 2JGUA 4MFBA 4AHRA 4B9NA 4B9SA 3IAYA 3WNHA 1O1WA 4KRFA 2IS3A 1ZBFA 3TABA 4CEZA 2ZQBA 4B8CA 3QNNA 5CYMA 1NK4A 2KFZA 1JLAA 4C8NA 1L3SA 2FC0A 1U4BA 4TSXA 3SPYA 1CXUA 1WNSA 4KFBA 3OYCA 1S6PA 3DLEA 4FJNA 3ZSQA 4DFPA 3NF9A 3E01A 1T05A 4MQ3A 1SL1A 2G8IA 3LPTA 1J54A 1RDAA 2E4LA 3PV8A 2PY5A 1SL0A 4LY7A 1RTJA 2OPSA 2QK9A 1NK5A 1VK0A 5HRNA 4RW9A 4ELVA 2A1SA 3VQ9A 3NAEA 4AHVA 4DSJA 3OVNA 4E19A 1IKXA 3O4NA 3KK3A 3DLHA 3HJFA 4DF4A 4OPKA 3ASMA 3CM6A 4CJTA 2IAJA 4J2EA 3PY8A 4RW8A 4CGFA 1S1UA 4CFAA 1KTQA 3ZSWA 2B4JA 1S9GA 3QESA 4E7LA 4C8LA 3MEEA 5K14A 4EZ6A 4CHZA 5DK5A 2YHBA 5KGWA 1S1TA 1B92A 1B9DA 3L2WA 3RMDA 1J5OA 4DS5A 1ZBIA 5C42A 3MXIA 3AO3A 3NF8A 4CJ5A 4I9QA 1KFDA 1JLGA 1LAWA 3U3YA 4FLWA 5J2PA 1JLBA 1UWBA 1W0HA 2OPPA 3I0RA 3OS2A 4DTMA 2HNDA 4DTJA 4FJGA 3LPUA 1JKHA 3AO2A 1EKEA 4CJEA 4CEOA 3DI6A 3OY9A 3SI6A 2DFEA 3VQQA 1NJYA 4M3XA 1A5WA 2WONA 4KV8A 4OLAA 3FFIA 1NJWA 1R0AA 2Z1HA 2BE2A 3NH0A 3M8QA 4H4MA 4F8RA 2RF2A 4AH9A 4KHSA 3CQ8A 1WSIA 4FXDA 3AA5X 3C6TA 4CGJA 1WSHA 1LV5A 4IG3A 1S1VA 1Z25A 4PWDA 4BDZA 3S3NA 3TI0A 3NDKA 3VQ4A 1BGXT 4FM1A 3SZ2A 2BANA 3V4IA 1EXQA 1YVUA 2Q3SA 3NGZA 3K58A 4FYDA 3QETA 3HPHA 4E89A 1NK8A 3WNGA 3VQDA 3OJUA 4J2AA 3IS9A 4ID1A 1BI4B 3QEIA 1FKPA 4FJLA 4LSNA 4O0JA 1WN7A 2QKKA 2IGIA 4C8KA 4J2DA 1JXEA 4B08A 2OPQA 4KHWA 4KTZA 1K6YA 5J1EA 4KB0A 1QQCA 3QERA 3JYTA 5HBMA 1S6QA 3C94A 3IRXA 4GVMA 1REVA 4ELTA 3ZT0A 5I3UA 1RNHA 4BE1A 4FCYA 1BCMA 3QINA 3PX0A 4RW6A 4CF1A 5KI6A 4M3ZA 4CFBA 5I42A 1RBVA 1WSEA 2D5RA 1U48A 2XY8A 4M3RA 2EHGA 3AVMA 3LWMA 3SQ2A 3QEXA 3V1OA 5SZTA 3KLEA 3VQ5A 3VQ7A 5FROA 3QIPA 1S1WA 2PYLA 3PUFA 3DRPA 1D5AA 3QNOA 4B9LA 3M8RA 5HRPA 4CJSA 4Y1CA 1HYVA 4F3TA 4Q0BA 2X78A 4OKEA 3HVRA 3L8BA 2GV9A 1TKTA 4E7HA 5J2QA 1XHXA 4B3OA 3SJJA 2G8UA 1TL1A 4BE2A 3TAGA 2JLEA 4CEAA 1RTIA 2KQ2A 3NH2A 3OS0A 4DU3A 3A2FA 3K59A 2R7YA 1TK0A 4W5QA 3IG1A 4PQUA 1EP4A 1TKZA 2D0BA 3NBPA 4OJRA 3SQ4A 2QKBA 4ID5A 3SQ0A 2HHUA 3KLIA 5J2NA 1KVBA 2KZZA 1C1CA 4CF2A 2G8KA 2HHVA 2HB5A 3THVA 1HNVA 4QOZB 3HP9A 3C6UA 1UA1A 4CHQA 5KGXA 4FK0A 4DTSA 5KTQA 3TR8A 1J9AA 4FJXA 5HLFA 1HMVA 4CJUA 4B9VA 2OZSA 2RPIA 1BL3A 4CF8A 4O5BA 1WSGA 4KREA 1YTAA 4N56A 4FLXA 3T1AA 2GUIA 3VQEA 1NK6A 3RR8A 3VQAA 4LH4A 4CK2A 4DFKA 1LWFA 4FLTA 3DLGA 3AA4A 1HYSA 5KRTA 2FBVA 4QAGA 3UIQA 4E0DA 4HCCA 2RKIA 3DRSA 4Z4HA 3TAEA 1N6QA 1BI4A 1FKOA 4W5TA 1T7PA 1RDDA 1JLFA 3AA3A 2YHAA 4CHYA 1KSPA 1RCHA 3HO1A 4W5RA 1NJZA 4OGCA 1QHTA 2D0AA 3PX6A 3K5MA 3CG7A 4M3WA 3OJSA 4BE0A 3KD5E 4NYNA 3OYJA 4DSEA 1IG9A 1RDCA 5C24A 4I2QA 3L2RA 3ITHA 3SUQA 3NHGA 4CJPA 1DTQA 4YFUA 1BISA 4FJ7A 3LP3A 4JRQA 3HXMA 4E7IA 3KIOA 1ZYQA 3L3VA 2LSNA 1HQEA 3MECA 3KK1A 4AHUA 1B9FA 4FJHA 3KKRA 1KRPA 1EX4A 1X9SA 3DLBA 4FZYA 4C8MA 1S5JA 2ETJA 2YNFA 3RR7A 1RDBA 1NOYA 3TAMA 4RW4A 3OYNA 4KPYA 1DTTA 4HUGA 3V9WA 3V81A 4CJQA 3ISNC 2HHTA 4ICLA 3EZ5A 2XHBA 4HTUA 3VA0A 2P1JA 4I9LA 2XO7A 4YNQA 1A5VA 1BIUA 4OVLA 3MXMA 2FBYA 3ZSYA 2HVHA 4JS5A 1U47A 1DLOA 3HM9A 2OZMA 2G8HA 1CXQA 4FJMA 1IKYA 4EP4A 3AVHA 4BDPA 3RMCA 4DTOA 5FRNA 4HUFA 3LZJA 2KFNA 4Z0UA 5FDLA 4HCBA 4L8RB 2F8SA 4Q5VA 4KO0A 3MEDA 1HRHA 5E41A 2AJQA 2DY4A 2HHXA 1RT4A 2IDOA 1SKSA 4M3UA 3KTQA 1LW0A 1JLQA 4CJWA 2YV0X 4CHOA 2P5OA 5JS2A 3P1GA 2W42A 3CFOA 4NCGA 3RMBA 4DQSA 1U45A 4E3SA 1QSSA 3S3MA 2RN2A 4DFJA 5CYQA 3VA3A 1LAVA 1RTDA 3U3GA 3VQ8A 4GW6A 3LWLA 3ULDA 4C8OA 5SWMA 3L2UA 2G8FA 4E1NA 1QSYA 3SPZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NF7A 1Q9YA 2XY6A 3O9UA 3AVGA 1FXXA 3RWUA 2OA8A 5HRRA 3OYEA 1NWKA 2FF6A 3NE6A 1YXQA 4CD1A 1IH7A 3HK2A 3KJVA 4PY5A 3NVKA 4CFDA 1JCGA 4B1ZA 2HHQA 4DR5K 1QSLA 1NKEA 3SQ1A 2BUPA 3LDQA 2NRHA 1ATRA 4IFEA 3I0SA 1N8RO 4AHSA 3PSIA 2HF3A 2XRIA 2ZF5O 3CXCM 1U2VB 2QWRA 4JI7K 1BQNA 1TAUA 4XIUA 1VSJA 3LM2A 1DKGD 4LSLA 4MO4A 4CEFA 4G1QA 1J6ZA 2YKNA 4KAZA 2NRXA 5BN8A 3KLHA 1ESVA 3VQBA 1L3UA 1EWRA 2HHSA 1ASVA 1KCFA 3OBYA 1N33K 2I7NA 5IT9O 1TYQB 4B8AB 1S9EA 5M1NA 2A42A 1KLMA 3LDNA 5AJ3K 1M90O 2G8VA 1T8EA 1LW2A 1BCOA 3QEWA 1NJXA 3O3FA 2VYPA 1J53A 3ZX3A 4M45A 3HSCA 3HT3A 4DF8A 4X62K 1GLDG 1TKXA 3C6AA 1Q81O 2W6LA 3LP2A 3DYAA 3ZSRA 5GAEP 1X9WA 2NNWA 1MDUB 5B8HA 1N5YA 2E2NA 1OH8A 2UUAK 2QWMA 1LOTB 3ATUA 2FBXA 3QBWA 4BY9C 3V1RA 3O4QA 3UE5A 4BWJA 3EO3A 4KB1A 4DQPA 2HMIA 3VGMA 4DMNA 4Y1DA 3AO4A 3BF1A 5AQTA 4Z4EA 4DTUA 4F2RA 3IKMA 2HW3A 1NKBA 4MLHA 5JLFA 3K5LA 4N76A 5LL6Z 3CMAN 5CZ2A 4CECA 2HHWA 4DLEA 4DSLA 4CZKA 1RFQA 2I5JA 3RSEA 1VQKN 4LD0A 4B1UB 1VSEA 1T6CA 3AVAA 3TTFA 4CGIA 4DU4A 2P5GA 1W97L 5EY4A 1YTUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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