2X78A

Human foamy virus integrase - catalytic core.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
187
structure length
171
Chain Sequence
QKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTSKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 53
structure length 171
sequence length 187
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x78A00
3OYAA 1XHXA 4IFVA 3V4IA 3KD5E 2Z1JA 5HRPA 3ASMA 4OGEA 4C8NA 3CFPA 4FM1A 5J2MA 3SI6A 2WOMA 3AA2A 3ALYA 3HVTA 3VQEA 1L5UA 3OYKA 2W42A 3IAYA 3PUFA 4OGCA 1UOCA 2ZE2A 3BGRA 4CJ4A 1C0UA 1R0AA 1RDDA 4FCYA 4N41A 1IKYA 4HCCA 4N47A 4B8AB 4ZTFA 3OYDA 4Z4CA 1EXQA 4CFBA 4FJGA 2BDPA 3F73A 4CGDA 1VSLA 4E7JA 1NK4A 4M3YA 3TAQA 3ZT4A 4BWJA 1NKEA 1QSYA 4DTUA 4KHYA 2IAJA 3RRHA 1RNHA 4CJLA 3SQ1A 3WNEA 3NH2A 3LWLA 4CK2A 4FXDA 3OYJA 3PY8A 4OPJA 4HUGA 4O55A 2FBYA 3SNNA 4NYFA 1UA1A 1G15A 3OYGA 1IKWA 3LPTA 3OYLA 3M8SA 1L3SA 4NCAA 3KJVA 2KFZA 3K5OA 1EKEA 1L3VA 1RTIA 3VQ6A 4BDPA 4DU3A 4CEFA 5C25A 4JRPA 3LANA 2E6MA 1KCFA 4I2PA 4DTMA 1QE1A 4EZ6A 4L8RB 3MEDA 1CZBA 3QINA 4RW7A 3TAFA 4M42A 2O4IA 4FZYA 2FC0A 2HNDA 2OZMA 2RKIA 1N6QA 3AVMA 4KB1A 4AILC 2R7YA 1I39A 3DM2A 2YNGA 3VQ7A 4CIGA 1LAVA 4CJPA 1T05A 1BI4B 3E01A 1VSKA 3QIOA 1WNSA 3OVNA 3QEIA 3KD1E 3LAMA 3DLBA 1BL3A 1BCOA 4FZZA 2GUIA 3DRSA 3MAQA 1YVUA 1U04A 4CE9A 4QOZB 5JS2A 4GW6A 4Q5VA 1KTQA 4B9TA 4OJRA 3AA5X 4DSFA 3CQ8A 2G8FA 3HT3A 4AHUA 2P51A 4FJMA 1RT6A 2HVIA 1ITGA 4MFBA 1RDAA 3DLRA 4BE0A 3DRPA 1RT3A 4N5SA 1NJWA 1Z26A 3HM9A 4FLTA 3DI6A 4CFCA 3AVBA 4EP5A 1ASVA 2DFEA 1F21A 1MU2A 2Z1GA 3AO3A 3T3FA 1BISA 2BE2A 2Z1IA 4I2QA 3SJJA 3SUPA 5J2NA 3WNHA 4O4GA 1VSFA 2YV0X 3DLKA 1ZBHA 4KHNA 2IGIA 3V9WA 4MQ3A 3V81A 1T7PA 4ELTA 3DOKA 4FM2A 3MXJA 4B9SA 3RWUA 3B6OA 4E1NA 1VRTA 1J5OA 1KVBA 2HHQA 3MEEA 4CF1A 4H8KA 4CECA 4FVMA 3U3GA 1IO2A 4FJHA 3AVCA 4CHQA 4E3SA 2P1JA 1SKWA 2DFHA 3LAKA 3BDPA 5KRSA 3K57A 5HLFA 2X6SA 3OYCA 4PUOA 4K8XA 4AHCA 4KHUA 4ID5A 4DFMA 2D5RA 2GBZA 2VG7A 3AVAA 4KKOA 5C24A 1QQCA 4W5RA 3V9UA 4Y1DA 4DTPA 4CHYA 1GOAA 2PYLA 4DSIA 2KQ2A 1NJYA 3AA4A 3DLGA 3NGYA 2IC3A 4FK0A 2HVHA 2DY4A 3ZT2A 4HTUA 5KGXA 1QTMA 4FJ9A 1RT2A 4ICLA 5HP1A 4DWIA 1Q8IA 4AHRA 2KTQA 2F8TA 3AVHA 4E7IA 3L3UA 4ID1A 1KVAA 5SWMA 4DSLA 4F2SA 5K14A 3B6PA 1S1VA 2BANA 3OJUA 4KPYA 3IRXA 4CGHA 3SYZA 4FJXA 4B08A 4OKKA 3LZJA 3ZSVA 4KV8A 1T8EA 1FK9A 3O3FA 1NK7A 4RW9A 1JLFA 4CGFA 4DFJA 1D9FA 4BDZA 2IS3A 3S3NA 2VG5A 1HYSA 3C6TA 1ASWA 2YKNA 1HJRA 4KHSA 3FFIA 4B9NA 2IOCA 4IFYA 2X78A 4FLVA 1QSSA 1VK0A 2FBXA 4AHVA 2FBTA 1C0TA 3F9KA 2A1RA 4QCLA 1S9EA 2BGGA 1U45A 1ZBIA 1QHTA 2HNYA 3L2QA 1BCMA 3NGZA 1XHZA 2OZSA 1BQMA 4BWMA 3HO1A 1FKPA 3AVGA 2HHXA 4FJNA 4KI4A 5CYQA 1B92A 2EX3A 3OYEA 3KK1A 2ZQBA 1C0MA 3S9HA 3T1AA 1DTTA 1BI4A 3V1QA 1VRUA 4CJSA 3IG1A 1J53A 3HSTB 4H4OA 3HPHA 3SPZA 4J2DA 2RPIA 5EU7A 4JS4A 3ZSRA 4FK2A 3LDSA 1C1CA 1ASUA 4F8RA 4Y1CA 3VQ5A 4KI6A 2QKKA 1X1PA 4CEOA 3SQ2A 1XC9A 2ATQA 2IDOA 3MXIA 1JLEA 4CHNA 4FJ8A 3CYMA 3HPGA 1Y97A 3NH1A 1RTJA 4DFPA 1LWFA 3SV3A 1IKXA 4YNQA 4LD0A 4J2AA 1KRPA 4FJ5A 2F8SA 4FM0A 2QKBA 4IDKA 3VQPA 1WSFA 4CJQA 4DTRA 3PO5A 3VQDA 4R5PA 3C95A 2KZZA 2OPRA 4CHZA 4CFAA 3AVKA 4I9LA 3NFAA 4RW4A 3OJSA 2G8WA 1DLOA 3RMDA 1VSMA 3WNFA 4DSJA 4LSLA 4B3OA 4LH5A 4CF0A 1RT5A 3CM6A 3VQAA 4F4KA 4FLUA 3LWMA 4AHTA 4DLEA 1JL2A 1VSEA 1JLQA 3V9ZA 3QO9A 3KIOA 4M41A 4BE1A 3TAPA 3RRGA 4M3WA 4DFKA 5KRTA 1TK5A 1JKHA 2Q3SA 3KKSA 1RT7A 4DU4A 4F2RA 3AO4A 5HRNA 4DSEA 3QEVA 4JS5A 1SUQA 5JS1A 4RG8A 4E7KA 1KLMA 4DTSA 3RMCA 5HBMA 1L3UA 3RTVA 3K58A 4CIEA 5D3GA 3OS0A 3G0ZA 3LP3A 4KAZA 1IH7A 3QESA 1Z25A 1SL2A 3QNNA 3VQ8A 1K6YA 3QETA 2B6AA 1LAWA 1S1XA 4E7LA 3A2FA 3ZSXA 1SKRA 4FYDA 1NK9A 4W5QA 3M8QA 4PY5A 4PWDA 3ZSYA 2HHUA 3JYTA 3AO5A 4CJEA 2G8HA 2OPPA 5FRMA 3I0RA 3SZ2A 1BIUA 1WAFA 3ISNC 1SKSA 3KTQA 3ZCMA 1QS4A 3HK2A 5HRRA 1BGXT 4IG0A 3RMBA 4Z4EA 2YKMA 3QERA 1RBTA 3MECA 2YNFA 4ELUA 3NE6A 4N76A 3OS1A 1RBSA 3SV4A 3QEWA 1WSJA 1O1WA 4NYNA 4CESA 1B9FA 1RBRA 3V1RA 4CK3A 2KZMA 4TSXA 1JL1A 4E1MA 4CJRA 3AA3A 3OS2A 5KGWA 1TL3A 3SPYA 1RT4A 2JLEA 1WSGA 5SZTA 3SCXA 4FK4A 2B5JA 4DU1A 3M8PA 1RBVA 3KLFA 3TI0A 1S5JA 2ETJA 4KHQA 4Z4GA 5FRNA 4FW1A 4CIFA 2XRIA 4E7HA 2VWKA 2YNIA 4BACA 1CXQA 1J9AA 3TR8A 4W5TA 1QSLA 2E6LA 1NKBA 3ZSOA 4KFBA 4IG3A 1S6PA 4O5BA 3HP6A 5J2PA 4J2BA 1D5AA 4F3OA 1CZ9A 1GOBA 2PYJA 4C8MA 4B9MA 4J2EA 3OYFA 2ITGA 4B9VA 4DTOA 1ZBFA 4C8KA 3S3MA 1HMVA 3ITHA 4E89A 2P5GA 2G8KA 4CEZA 4M3XA 1BHLA 4OKJA 1RCHA 3G10A 1HPZA 4GVMA 1ZYQA 1RTDA 1EETA 4HUEA 4JLHA 4LY7A 3V6DA 4KREA 3ZT1A 5C42A 3V1OA 2D0CA 3TABA 5J1EA 4BE2A 2PY5A 4CJUA 3VA3A 2ZD1A 1WSEA 3OY9A 4CJVA 1X9SA 3HXMA 5CZ1A 2HHVA 4O0JA 3KK3A 4CGGA 3I0SA 1ZBUA 3QEXA 4FJKA 1B9DA 4DQRA 3EZ5A 1U49A 1NOZA 2AJQA 3U3YA 3THVA 1RILA 1REVA 4E0DA 1KFDA 3EY1A 1NK0A 3CG7A 1HNIA 4M3TA 4NCGA 5DMRA 3TANA 1TV6A 1SL0A 3O3HA 1N5YA 1TKDA 1VSHA 4OVLA 2X6NA 4E19A 4FLZA 4LH4A 4CERA 3NDKA 1BIZA 3DMJA 4Q0BA 4KTWA 3PX0A 3LP1A 3CM5A 1YTAA 2Z1HA 5CY4A 4M3ZA 4OKEA 4QAGA 3L2RA 2QK9A 4FJJA 1S1UA 2RF2A 3C6UA 5DK5A 1A5XA 3VQ4A 1RDCA 5I42A 1HNVA 1LWEA 2HMIA 1DTQA 2G8IA 3NF6A 3QEPA 2OPSA 3PX6A 1IG9A 2HB5A 2DTUA 3K5LA 1KVCA 1Q9YA 4DTXA 4B9UA 1ZBLA 1LV5A 4K8ZA 3O3GA 3PX4A 2QXFA 3SUNA 3ZSWA 3TARA 3SUQA 1IKVA 2LSNA 1JLCA 1RDBA 4CJKA 1CLQA 1HRHA 3D45A 3NF9A 2XY8A 4KRFA 4M3RA 2F96A 3ZT0A 1SV5A 4IBNA 2O4GA 1HYZA 2D0BA 3P1GA 4O0IA 3CFRA 1TK8A 3SUOA 1J54A 2XY7A 1VSDA 3QIPA 4HUFA 3L2UA 2XY6A 1NJXA 4FW2A 2HNZA 4C8OA 3K2PA 4CJTA 1HQUA 4DTNA 2G8VA 3OYHA 4CJ5A 4YFUA 3ZSQA 4ZTJA 4FLXA 3AVNA 3AVJA 4N56A 3HVRA 3KLEA 2HHSA 3I8DA 3L8BA 3V9XA 3DLHA 3IS9A 5KTQA 1TAUA 3TAEA 3MXMA 1TK0A 2OYQA 3QLHA 4NCBA 4F3TA 1HQEA 1U48A 4DS5A 2G8UA 1A5VA 3DRRA 3M8RA 1TAQA 3S3OA 1KFSA 1XI1A 4CEAA 2GV9A 2WONA 4CEBA 4FJ7A 2HW3A 2EHGA 4W5OA 4DF8A 1C1BA 1RBUA 3OYBA 3JSMA 2Y1JA 1NKCA 4M45A 3HPOA 3SQ4A 2P5OA 3HJFA 1LW2A 4CFDA 3U6FA 4KTQA 1GOCA 2DFFA 3PV8A 1I3AA 3RR7A 1S9GA 3VQ9A 4I9QA 1KSPA 3DOLA 3AVLA 4G1QA 1S1TA 4OPKA 3EYZA 2E4LA 4Z4FA 4FJIA 1X9WA 4OLAA 4FZXC 1Q9XA 1EX4A 1X9MA 1JXBA 3SQ0A 3AV9A 1L3TA 3PO4A 1VSIA 1WAJA 3TAMA 1C1AA 3VN5A 4LSNA 3ZT3A 3CFOA 4CHOA 4KTZA 4DG1A 5HRSA 4DLGA 4DQQA 3UIQA 3LP2A 3T19A 3AVIA 1WSHA 2YHAA 3LP0A 1S6QA 3DLEA 1TGOA 4RW6A 1WLJA 2I5JA 1WSIA 4B8CA 4CJWA 4CJ3A 4JRQA 1U4BA 4CCHA 2Y1IA 4CJFA 1TVRA 3NCIA 3K5MA 1W9HA 4FLWA 4DQIA 4OLBA 4PA1A 1XWLA 5J2QA 4WE1A 4EP4A 3K59A 4ELVA 2OPQA 1A5WA 3NF8A 5HROA 1C6VA 3KLGA 4KB0A 1U47A 4CGIA 3AO2A 3TAGA 2D0AA 3L2WA 3OYNA 1UAXA 2X74A 4KO0A 4UQGA 1NK8A 3P5JA 4GMJB 3RR8A 3AVFA 3OYMA 1JLBA 1LW0A 4DSKA 5T7BA 4HCBA 4CEQA 3O4NA 4CF9A 1KLNA 5FDLA 4C8LA 2KW4A 4M3UA 1JLGA 5CZ2A 4O44A 3H08A 4Z4IA 3D0PA 4CF2A 1RTHA 2FBVA 1UA0A 3RMAA 4B9LA 3KLHA 3VQCA 3HYFA 4CEEA 1CXUA 4XIUA 3NHGA 3O4QA 3NGIA 3MEGA 4DQSA 3VA0A 2PZSA 1UWBA 4FJLA 1BQNA 3K5NA 3LPUA 3V9SA 2YNHA 1NK6A 2XY5A 1TKZA 2A1SA 4CHPA 3HL8A 3C94A 3VQBA 1TKXA 4AH9A 3OYIA 2RN2A 3P83D 5FROA 2XHBA 2JGUA 3NF7A 4FLYA 5E41A 1YT3A 4PQUA 3NH0A 2NUBA 4HHTA 1FXXA 1NJZA 2VWJA 5CYMA 4Z4HA 3L2VA 3ZSZA 4DQPA 2B4JA 2VG6A 4ZHRA 3TWHA 2HHWA 4CEDA 2OA8A 4CF8A 2XO7A 1TKTA 1NK5A 1D9DA 1TL1A 4DTJA 1JXEA 1T03A 1SL1A 4HVJA 1EP4A 3VQQA 1FKOA 4DMNA 2YHBA 1NOYA 4EZ9A 1S1WA 4KHWA 2KFNA 3LALA 1LWCA 3ULDA 2HHTA 4CGJA 1W0HA 4BDYA 4AHSA 3DYAA 4H4MA 1D8YA 4RW8A 3NAEA 4Z0UA 3KLIA 3HP9A 3KKRA 3L3VA 5KI6A 3LZIA 4I7FA 3QNOA 1VSJA 3KK2A 1RT1A 1WN7A 4DS4A 1JLAA 3NBPA 1YTUA 4W5NA 5I3UA 4DF4A 3AO1A 4IKFA 4CK1A 1HYVA 3WNGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYAA 3V4IA 3MN7A 3CFPA 4OGEA 1OKJA 2WOMA 3AA2A 3ALYA 1L5UA 2QTDA 3IAYA 2OTJN 3PUFA 2ZE2A 3UKUB 1C0UA 1JJ2M 1RDDA 4N47A 3OYDA 4YHHK 4FJGA 3F73A 3SBGA 2NRHA 3TAQA 1HNWK 4KHYA 4I6MB 3WNEA 4JKAA 5AQLA 4FXDA 1YF5L 4WCEL 4FPBA 4CZMA 4HUGA 1JCEA 5EX5A 2FBYA 3WXIA 1IBLK 4NYFA 3OYGA 3LPTA 3CQYA 4FWPA 4B3RK 1NGAA 4DU3A 1HR0K 4A2BA 1P90A 3LANA 1KCFA 4I2PA 5LMNK 2BUPA 4FZYA 2FC0A 2HNDA 1K8KB 3ZETB 5BN9A 2UYTA 3VMFB 2R7YA 3ZX0A 2WTUA 3CMEN 2E2OA 2YNGA 1T05A 1BUPA 3QIOA 1VSKA 3QEIA 4AF1A 1NG9A 5ELZA 4FZZA 2GUIA 3DRSA 1NWKA 1YVUA 3WQUA 1YJ9N 1U04A 3CQ8A 3HT3A 2P51A 3CERA 1X3MA 4MFBA 4BE0A 4JEPA 3DRPA 3UKRB 1RT3A 1Z26A 3L4IA 3S41A 4CFCA 2D4WA 2Z1GA 2BE2A 3SUPA 3DLKA 1ZBHA 4MQ3A 1T7PA 3T1YK 3DOKA 3O8MA 3E9LA 4EFHA 1TYQA 1VRTA 1BU6O 4CF1A 4H8KA 3BY5A 1RDUA 4FVMA 3U3GA 4FJHA 4NO7A 3ZYYX 3K57A 4KHUA 2D5RA 2VG7A 1QQCA 4CW7B 4W5RA 3V9UA 2PYLA 5AZJB 4NLCA 1QQNA 3DLGA 5EY4A 2IC3A 3J81O 2HVHA 1RT2A 4YOTA 5HP1A 4DWIA 1Q8IA 3L4QA 3L3UA 4ILHA 2V7YA 4DSLA 5K14A 4FJXA 2ZGYA 3SYZA 4FWRA 3LZJA 5AQTA 4H03B 2NRTA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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