2YV0X

Structural and thermodynamic analyses of e. coli ribonuclease hi variant with quintuple thermostabilizing mutations
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYAAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEPCEVILSTDSQYLRQGITQWIHNWKKRGWKTADGKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCHELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and thermodynamic analyses of Escherichia coli RNase HI variant with quintuple thermostabilizing mutations.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2yv0X00
3OYHA 2ITGA 1VSKA 5KRTA 1Z26A 1QSSA 1NJZA 4CHPA 4DS4A 4I2QA 4DS5A 3JYTA 1NK0A 4EZ6A 4I9QA 2ZD1A 3RTVA 4NCBA 4DTMA 4M3YA 3B6OA 4OLAA 3CYMA 3HYFA 3VN5A 4AHRA 4CHZA 4FJ5A 1VRTA 1VSDA 4DTSA 2HB5A 3CFOA 3RRHA 3T1AA 1JLCA 1S9EA 1B92A 3V9WA 1C0UA 3VQCA 1SV5A 1TGOA 3IRXA 3HK2A 1EXQA 1RT3A 3E01A 3TAFA 2E4LA 4B8AB 1XHXA 1SL1A 2XY5A 1U48A 4DSLA 3I0RA 3ZSZA 1TAUA 1WN7A 2KZZA 1RT7A 1LAVA 2AJQA 1RBRA 2RKIA 2XHBA 3SCXA 1VSMA 2F8SA 4E7LA 3SQ1A 3B6PA 4UQGA 1BI4B 4PWDA 4LSNA 4F2RA 4RW6A 3ASMA 3G0ZA 3SUQA 4B9TA 1HMVA 3NHGA 2X6SA 1D8YA 1WSHA 3OYIA 1BISA 2W42A 3NF8A 4AH9A 1JLAA 3K59A 2YNHA 3ZSOA 1XHZA 4CEFA 4WE1A 3M8RA 1B9DA 3KD5E 3OYFA 4CF1A 4KI4A 4ID5A 4KKOA 1DTQA 3SQ2A 2RN2A 4B9LA 3IS9A 4NYFA 3CFPA 2OYQA 1RT1A 3OYJA 3M8QA 2X78A 2GBZA 4CJEA 3LPUA 1QSYA 4E0DA 4HCCA 3MXJA 1KLMA 4ID1A 3D0PA 3TAGA 4FJ9A 2KW4A 3DI6A 2YKMA 3L3UA 1UOCA 3VQDA 1KVAA 3QEXA 1RBUA 4F3TA 3KD1E 3KLFA 1Q9XA 4CHOA 3S3MA 1LV5A 2P51A 2YHBA 2ZQBA 3K5OA 3LP0A 3VQAA 4BWMA 3LDSA 4FCYA 4FW1A 1CZ9A 2XY8A 5HRSA 2HNZA 1Q9YA 1RT2A 3S9HA 5HRRA 1VSIA 2VG6A 4KB1A 2FC0A 3SV4A 3VA3A 1BHLA 1C1AA 4AHSA 3T3FA 2I5JA 1C1CA 3CM6A 1ZYQA 1KFDA 4M3TA 4CGGA 2PZSA 4FM0A 1RNHA 1VSEA 3U3YA 4IG3A 4FLWA 1JLFA 4Y1CA 5KI6A 3SNNA 1TK8A 4C8OA 3QIOA 2B5JA 2LSNA 4B9MA 4AHTA 1JLEA 3V1OA 4IFVA 3DOLA 3HVTA 3K5LA 3RMBA 4QOZB 3KLGA 2HW3A 2YKNA 1YVUA 3PX4A 2HHVA 1D9DA 1RDAA 1BCMA 3OY9A 1IO2A 1WSFA 5DMRA 1U49A 1QHTA 3L2RA 4KHUA 1ASVA 3TARA 1NJYA 4B9NA 2R7YA 3RWUA 3ZSVA 3AO2A 4NCGA 4E19A 4CFBA 4OKJA 4CJ4A 3RMAA 3AVJA 3TAQA 4FLZA 2O4GA 1REVA 4IBNA 3S3NA 3DLRA 1KSPA 4PUOA 1FK9A 3PUFA 3PO5A 4K8ZA 2HHWA 4BWJA 2OPRA 1B9FA 2RPIA 4E7KA 2XY6A 4DTRA 3K2PA 1SL2A 4CCHA 1MU2A 3TABA 3LPTA 1G15A 4ZTJA 1RTDA 4DU4A 4KRFA 4DTNA 3V9UA 4RW9A 3M8SA 1S1TA 1HRHA 3SI6A 4DF4A 4M41A 4CJLA 2YNGA 4NCAA 3VQ4A 3ZCMA 4RW4A 4AILC 3PY8A 1S5JA 4CGIA 4DWIA 3AA2A 3OS2A 2O4IA 1NKBA 1CLQA 1WAJA 4M3ZA 4CF9A 4H8KA 4KFBA 4CJFA 3OYMA 3OYCA 1RBSA 1RBTA 3AO1A 4DSKA 4KTQA 4KHNA 2HHTA 1NJXA 4DLGA 1SKSA 4IKFA 5HBMA 5CZ1A 1XI1A 2G8IA 1JLGA 5FRMA 2HNYA 4GW6A 3OYNA 3SYZA 4N47A 2KZMA 1WSIA 4B8CA 2X74A 4DF8A 4DQQA 3TANA 3IG1A 2D5RA 3O3GA 2EX3A 3AA3A 3AVKA 4KHWA 4M3UA 1X9SA 4DLEA 1TK5A 2EHGA 3HPGA 4JS4A 3ZSYA 3LZIA 4ELVA 4DMNA 3PX6A 3EY1A 4FJLA 2ATQA 3HJFA 1UA0A 1TL3A 4CGHA 3D45A 3ZSXA 3K5NA 1WSJA 1JL1A 1O1WA 1S6QA 2OPQA 2Q3SA 3P1GA 3NCIA 3TI0A 3ZT3A 1NK7A 1FXXA 4O55A 4CIGA 4CIEA 4DTUA 3LP2A 2D0BA 3SUNA 3ZT1A 4CJRA 2YNIA 3QETA 2B4JA 3WNEA 3HPHA 4M3XA 5I3UA 1ZBIA 3P83D 2G8WA 3V9SA 4B08A 2G8VA 4KI6A 4K8XA 1LW0A 4OGEA 1T7PA 4BDPA 1J54A 1SUQA 5CYMA 2HHXA 1FKPA 4FLTA 2BDPA 4DG1A 3ZSRA 4PQUA 4FJ7A 5DK5A 4LH5A 1TK0A 4RG8A 2PY5A 2VG5A 1BI4A 2A1RA 3S3OA 1TKTA 4CF0A 4DTJA 1S9GA 4OVLA 5CZ2A 3QEVA 1S6PA 1LW2A 3SPYA 4CEBA 2G8FA 2Y1JA 3LANA 4JLHA 3THVA 2G8HA 1KLNA 4FZZA 4DQRA 2P5GA 5FRNA 1QE1A 2E6MA 2OZMA 4E7IA 1NK6A 4C8LA 3MEGA 3AA5X 1HJRA 3OYLA 1CZBA 1Y97A 2D0CA 4CEEA 4JRQA 2PYLA 3ZSWA 2VG7A 4FK2A 3SQ4A 3VQ5A 3V9XA 1BL3A 1SL0A 1RT5A 1R0AA 5JS1A 5SWMA 4W5OA 3OJUA 4BACA 4CJPA 4CF2A 4CFAA 2QK9A 3C94A 4EP4A 3MXIA 1K6YA 2IGIA 1N5YA 4CEDA 2F96A 1S1XA 5J2QA 3AVIA 3I0SA 4CGFA 4C8MA 1NK8A 4CHNA 3RR8A 4FJ8A 2HHQA 3AO5A 2IOCA 1WAFA 1KVBA 3VQQA 2FBYA 4CIFA 4RW7A 4N76A 3DRPA 3MAQA 3KIOA 3NFAA 4CJ3A 4N56A 1ZBHA 4O0IA 1HYVA 3MEDA 4DSEA 1TAQA 1X9MA 2IAJA 3WNHA 3AA4A 4CFCA 4CJWA 3I8DA 1C6VA 4OKEA 3NH0A 3L2VA 3NDKA 3NGIA 5J2MA 4AHCA 4HUGA 5C25A 3PX0A 1HYSA 4W5QA 4OJRA 4E7JA 2Z1JA 1BQMA 4I2PA 4OGCA 3F73A 4FM2A 3HL8A 2DTUA 3QERA 4FW2A 1GOBA 4M45A 1HNIA 3V81A 4B9SA 4CE9A 4J2EA 1VSHA 3CG7A 4CJ5A 3QEWA 3SQ0A 2F8TA 1C0TA 4M3WA 4FLUA 2Z1IA 1ZBUA 3M8PA 4DFJA 1VSLA 3K58A 1J53A 5KGWA 1SKRA 5J2PA 1N6QA 1WSGA 5J2NA 5C42A 4CK3A 4FJNA 4LSLA 4TSXA 4E1MA 3HO1A 1TKDA 1U47A 4JS5A 4BE1A 4Z4HA 3KK3A 3DM2A 3MXMA 5CYQA 4I9LA 3HVRA 1T05A 3HSTB 3AO4A 2IDOA 3DRRA 3DLKA 1L5UA 4O44A 3SJJA 1U45A 2HVHA 3VQ6A 3FFIA 1NK4A 2P1JA 1KRPA 3PO4A 1VSFA 3NGYA 3CQ8A 4PY5A 1I39A 3KK1A 4EZ9A 4IDKA 1RDBA 3OYEA 1HQUA 3NGZA 3OJSA 3EYZA 1EKEA 2HHSA 1IKVA 3HXMA 1T8EA 3SUOA 1S1VA 3KTQA 4DSJA 1RBVA 1NKEA 4HTUA 4AHVA 4W5RA 2DFFA 3C95A 3KJVA 4Z4GA 5SZTA 3MEEA 1EETA 4CEQA 1NK5A 4H4MA 5C24A 3VA0A 2HMIA 3DLBA 2WOMA 2KFNA 1YTAA 3OVNA 1KFSA 1WLJA 1D5AA 5HLFA 3O3FA 4EP5A 3L2WA 3TWHA 4E7HA 4F2SA 4KB0A 3JSMA 1HNVA 2OPSA 3LP3A 4Z0UA 5HRPA 5D3GA 4KHYA 3HP9A 4F3OA 3HP6A 5KRSA 4W5NA 1RTIA 3VQ8A 4CEOA 2GUIA 1RDDA 5KTQA 4KHQA 4ELUA 4ZHRA 4O5BA 2OZSA 2QKBA 4AHUA 3KLHA 4DQSA 2OA8A 4J2AA 3NF7A 3T19A 3O4QA 5JS2A 4G1QA 4FLYA 4CHYA 3TAEA 1KTQA 3VQ7A 1KCFA 5FROA 3C6TA 3DYAA 3OYDA 1RT4A 2KFZA 2YNFA 3V4IA 2HVIA 4Z4IA 4KTZA 4O4GA 1A5VA 1JLQA 1VSJA 4C8NA 2Z1GA 3HPOA 4DFKA 5I42A 1QTMA 1RCHA 1TKZA 3LWLA 4HUFA 1HPZA 4I7FA 3RR7A 1LWCA 4E1NA 2RF2A 3QEIA 3TAPA 3PV8A 3C6UA 1X1PA 4DFPA 1J9AA 1TV6A 3NF6A 2QKKA 3OYKA 5HROA 4YFUA 4E3SA 2BGGA 1RT6A 1YT3A 2YHAA 3LZJA 3NH2A 1UA1A 1XWLA 4DU1A 3DRSA 2DY4A 1DTTA 3TAMA 3DMJA 4FK4A 2ZE2A 3ZSQA 4FXDA 2Z1HA 4Z4CA 4Z4FA 4N5SA 4F4KA 4H4OA 4CGJA 1TKXA 3AVCA 4CGDA 3BDPA 3ITHA 1JLBA 4L8RB 1S1UA 4CK1A 4F8RA 1RDCA 3QNOA 4LY7A 4Z4EA 1IKYA 1TVRA 4HUEA 4CJSA 4FM1A 1QSLA 2VWKA 1QS4A 3LAKA 4DSIA 3K57A 1ITGA 4FLVA 4Q0BA 2DFHA 4J2DA 1D9FA 3O3HA 2X6NA 1BCOA 4BE2A 1U04A 4MFBA 3RMDA 1BIZA 3NAEA 2IC3A 4KREA 1LWFA 1HYZA 3L2QA 3NBPA 3ALYA 3BGRA 5HRNA 4JRPA 5HP1A 3UIQA 3NH1A 1F21A 3CFRA 4DTPA 3KKRA 4QCLA 4J2BA 4DFMA 1IG9A 4CECA 3V9ZA 1DLOA 3EZ5A 1YTUA 5KGXA 3KLEA 1BIUA 1VK0A 5J1EA 4HHTA 1RILA 1UAXA 4BDZA 1NOYA 4KPYA 3OS0A 5K14A 1GOCA 1JXBA 3U6FA 4HCBA 4FVMA 4MQ3A 4DQPA 3ZT0A 3ULDA 3VQEA 1LAWA 1WNSA 4FJHA 4N41A 1W0HA 3L3VA 3MECA 4E89A 4BE0A 1TL1A 1Z25A 1X9WA 3P5JA 2QXFA 1I3AA 4RW8A 4CJUA 3SV3A 4DQIA 2BE2A 4B3OA 2XO7A 3LAMA 4Y1DA 1UWBA 3ISNC 5T7BA 1JXEA 4KO0A 4CK2A 4CJTA 4Q5VA 3SUPA 3AO3A 4FJJA 1KVCA 4PA1A 4DTXA 3AVAA 2NUBA 4W5TA 4OPJA 4FLXA 4XIUA 3AV9A 2JLEA 3ZT4A 2XY7A 2BANA 4KHSA 1IKWA 4FYDA 1RTHA 3DLHA 3IAYA 4CFDA 4CJKA 3QLHA 4CF8A 2G8KA 2P5OA 2HHUA 3QESA 2GV9A 2DFEA 2JGUA 3A2FA 1A5WA 1BQNA 4O0JA 4FJXA 1T03A 3G10A 4M42A 3AVHA 4LH4A 5E41A 2KTQA 1IKXA 3ZT2A 3AVMA 4LD0A 1C1BA 3QO9A 3AVLA 1IH7A 4GVMA 3AVNA 3WNGA 2WONA 4CERA 1VRUA 3QINA 3OYGA 2FBXA 1C0MA 1S1WA 1L3TA 4ICLA 2OPPA 4GMJB 4IFYA 3SZ2A 1L3VA 1EX4A 3QNNA 1WSEA 2KQ2A 1J5OA 4CESA 3F9KA 1CXQA 3KKSA 4FJGA 4YNQA 4CEZA 3RRGA 2ETJA 4KTWA 2XRIA 3TR8A 1FKOA 4FJKA 3CM5A 3SPZA 4DTOA 3OYBA 2IS3A 1Q8IA 3NF9A 3L2UA 2HNDA 4BDYA 3OS1A 1XC9A 2A1SA 4OKKA 1U4BA 4KV8A 5CY4A 3LP1A 3V1RA 1L3SA 3KK2A 1HQEA 3LWMA 4M3RA 4DU3A 4IG0A 3VQ9A 3WNFA 1NJWA 1ASUA 1SKWA 4HVJA 4FZYA 4NYNA 1GOAA 1W9HA 3K5MA 2Y1IA 1ZBLA 4R5PA 1NKCA 4FJMA 2D0AA 1NOZA 3DOKA 3V6DA 4B9VA 3AVFA 4CEAA 4ZTFA 1NK9A 1L3UA 1BGXT 4FJIA 1QQCA 3H08A 4CJVA 4DSFA 3O4NA 3QIPA 1EP4A 4B9UA 4CHQA 2FBTA 4C8KA 3RMCA 2E6LA 3AVBA 1RTJA 2G8UA 3OYAA 2VWJA 1LWEA 4ELTA 4KAZA 4FK0A 3KLIA 2B6AA 2YV0X 3V1QA 3NE6A 1CXUA 1JKHA 1JL2A 1ZBFA 3U3GA 3VQBA 4QAGA 3VQPA 4FZXC 5FDLA 1A5XA 3QEPA 4OLBA 3AVGA 3LALA 4CJQA 2PYJA 2FBVA 3DLGA 1ASWA 3HT3A 3HM9A 5EU7A 4OPKA 3L8BA 3DLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ITGA 3UKRB 1Z26A 4YOYA 4CZJA 4I9QA 2ZD1A 1VQON 3LDQA 4OLAA 4YOVA 4CJ7A 4X65K 1VSDA 1HUXA 3VOVA 1JLCA 1S9EA 3V9WA 1SV5A 4BGBA 4JKCA 3HK2A 1EXQA 1RT3A 3TAFA 2XY5A 3ZSZA 5KPZA 1TAUA 2PFUA 5C12A 1RT7A 1KQSM 1NGEA 5EY4A 1N36K 4E7LA 4UQGA 4PWDA 1ESVA 4F2RA 4FWKA 1WBDA 3CHWA 3O9QA 4FWQA 1DGKN 4JI1K 4A2AA 3OYIA 2ZJPL 4AH9A 1JLAA 1KC8O 1B9DA 4CF1A 4KI4A 1DTQA 3KVGA 5AQSA 4JV5K 4B9LA 3IS9A 1GLEG 2X78A 2GBZA 2ZJQL 3LPUA 3MXJA 1KLMA 3WXMB 2YKMA 1UOCA 1RBUA 1VQ4N 4IJNA 1K73O 1Y64A 4R79A 4H03B 5AQIA 1LV5A 2ZQBA 3K5OA 3CCRN 3TTFA 4BWMA 5B8HA 2HNZA 1RT2A 5HRRA 2VG6A 5BN9A 3ENOA 2GWKA 3VA3A 4IEIA 3CCSN 4HTLA 1C1CA 3CJ1A 3CM6A 1KFDA 2PZSA 1GLDG 3J81O 4FM0A 3SNNA 4FLWA 1JLFA 4Y1CA 1TK8A 4FJ5A 2B5JA 4B9MA 3DOLA 1HPMA 2HHVA 1D9DA 1RDAA 1U49A 2E2OA 3L2RA 4JK9A 1NJYA 4NCGA 4OKJA 1ILYA 2ZF5O 1KSPA 4PUOA 4K8ZA 2OPRA 3WXJA 1MU2A 3TABA 4ZTJA 3V9UA 4JNEA 4MLEA 4DV7K 4M41A 4JKFA 3O5BA 3ZETA 1YF5L 1S5JA 2VWBA 5BN8A 4DWIA 1QVFM 3BY5A 5LMNK 2E1ZA 3KWIA 3HTVA 1RBTA 2HHTA 3BP8A 3H3OB 1IJJA 1JLGA 3OYNA 5AQPA 5IT9O 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DTX A;  4OPJ A;  2NRX A;  4FLX A;  4XIU A;  3AV9 A;  2JLE A;  4KHS A;  2BAN A;  4FYD A;  1RTH A;  3T1H K;  3QLH A;  2P5O A;  4BC4 A;  3QIC A;  2KKZ A;  4B3T K;  5C2D A;  3G10 A;  4LH4 A;  1TYQ B;  5AQF A;  4KB1 A;  4BRK A;  4GVM A;  4L3Q A;  3AVL A;  4CER A;  3OYG A;  3WXL A;  3O1B A;  1EX4 A;  3QNN A;  1VQN N;  3F9K A;  3CQX A;  4YNQ A;  5AQX A;  1YUW A;  5KPR A;  2D1K A;  3OYB A;  4BRH A;  3NF9 A;  3L2U A;  2HND A;  3TTC A;  3OS1 A;  1XC9 A;  4FSV A;  3V1R A;  1L3S A;  3LWM A;  4M3R A;  4G9Z A;  4IG0 A;  3THX A;  1M90 O;  1ASU A;  4BRA A;  2FXU A;  4NYN A;  4JEP A;  4EAH D;  2D0A A;  3EE9 A;  4JI4 K;  4IWV A;  1N33 K;  1BGX T;  3H08 A;  3QIP A;  4CHQ A;  2FBT A;  1YXQ A;  1RTJ A;  2G8U A;  4ELT A;  2B6A A;  3V1Q A;  1ATR A;  1JKH A;  1JL2 A;  4QAG A;  1XNQ K;  5KQ8 A;  1A5X A;  3AVG A;  1SAZ A;  4CJQ A;  2PYJ A;  3HT3 A;  3HZ6 A;  5A2Q O;  2E1Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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