2Z1HA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t92k/q105k/q113r/q115k/n143k/t145k)
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMKPKLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 47
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1hA00
2HMIA 3O4NA 4G1QA 2G8HA 3VQBA 4CJVA 4HUEA 2EX3A 4FJJA 5HRPA 1VSMA 4DTNA 3MXJA 3V9UA 4C8OA 4OGCA 1HJRA 1ASUA 2P5OA 4CEQA 3MEEA 4AHRA 3S3NA 2JLEA 3TAEA 2YHBA 1A5VA 3DOKA 3HXMA 1J54A 2ZE2A 4B08A 4FK0A 4BWMA 4HVJA 3VQ8A 3HVRA 2F8SA 2W42A 1J9AA 2FBXA 3DYAA 2HNYA 1SKSA 4KI4A 1TKZA 2FC0A 1U47A 1J5OA 4OVLA 3K59A 1BIUA 1BCMA 4CJ4A 4CGGA 1JLEA 4J2BA 1QQCA 3T19A 1VRTA 4N5SA 2LSNA 3KLEA 3DRSA 2HHUA 4DQRA 3ALYA 1WSGA 4FJLA 3VQ7A 3NE6A 3KKRA 1KTQA 1VSJA 3B6PA 5HRSA 1WAJA 1JLQA 4EZ6A 4KREA 1EXQA 2YKMA 4CJPA 2RPIA 4CF0A 4UQGA 4AILC 2EHGA 2I5JA 4FLTA 3A2FA 4B9SA 3V4IA 4DSLA 3KLFA 4FJMA 1ZBHA 3RR8A 3VQ6A 3KTQA 4E7HA 3TABA 4ZTFA 3NH0A 3DLGA 2KFNA 5CZ2A 2FBYA 5KRTA 4FJ9A 3U3YA 1KLNA 4O55A 1WSIA 4CECA 4FJNA 4KB1A 3QO9A 4B8AB 3AVFA 1U4BA 2XY8A 3AVLA 3JYTA 4JRPA 3SZ2A 4E7LA 2ATQA 3S9HA 2HHSA 1TKXA 5KGXA 1ZBIA 2D0CA 4CGDA 2P1JA 4BE2A 1NK7A 1NK5A 1L3VA 1S1TA 3V9ZA 2DY4A 1YVUA 4CHOA 2HNDA 3KLIA 3SJJA 4DSJA 3LAKA 4DFMA 4F8RA 3DLEA 4L8RB 2PY5A 2D5RA 1C1BA 1QSSA 1EX4A 4NCAA 3RRHA 3V6DA 1C1AA 3LALA 1U04A 1VSLA 4DTXA 1JLAA 3P83D 4IKFA 1BI4A 3HVTA 1C0MA 3OYCA 3K5NA 4FLWA 1LWFA 1QSYA 1XHXA 1J53A 1HRHA 3WNHA 4OJRA 3ZT1A 3V9WA 3L3VA 1B9DA 4PA1A 3VQPA 4CEAA 1K6YA 4CERA 3SYZA 4N41A 3SI6A 3RMBA 1WSFA 4I9QA 4FZXC 4JS5A 3K57A 4I9LA 3RWUA 3NHGA 2PZSA 3SV3A 2DFEA 1Y97A 3KD1E 3LP0A 4DSEA 1JLGA 1S1XA 3AVAA 4Z4IA 4BWJA 4CJEA 1TK5A 3KK3A 1TK0A 4C8LA 3IG1A 4DLEA 1RNHA 4OKKA 4RW8A 3KJVA 5DK5A 1HQUA 1FXXA 3OYDA 4JRQA 2Z1IA 2GUIA 3LWMA 1YTUA 1ITGA 3KLGA 4CCHA 2GV9A 2YKNA 3L2WA 3HP9A 4JS4A 3VA3A 3OS2A 4BDPA 2HHTA 4DS4A 2G8VA 4KHWA 1X9MA 5C24A 3L2RA 3O3HA 1QTMA 1LW2A 3DLBA 4B9LA 4KHQA 4LH5A 3F9KA 2O4GA 4KKOA 1QSLA 1NKEA 3ZT4A 4CEOA 3AA3A 3AO5A 1FKPA 4M42A 3OS1A 4FJ8A 3EYZA 3CM6A 3SPYA 3AO3A 1T8EA 4IBNA 4H4OA 4IFVA 4KPYA 3ZT2A 1L3TA 4C8MA 4FJIA 3DLHA 4KI6A 3AA4A 1HYSA 3L3UA 3AVIA 1S6QA 3AVCA 3NDKA 1S9GA 3AO1A 1U45A 3NF9A 1B92A 3QINA 3SQ2A 1BGXT 4LSLA 2KTQA 4M3RA 3NF7A 3SV4A 1VRUA 3ZSOA 2G8IA 4B9VA 1D5AA 4ZTJA 4RW9A 1YT3A 2E6LA 3TARA 3CFRA 3L2QA 1DTQA 1KVCA 1RT4A 3AVHA 4B8CA 2Z1GA 4OPKA 3LZIA 3K5LA 2DFFA 4OKJA 4CEEA 2A1RA 5JS1A 4CF8A 4W5QA 3FFIA 1GOBA 3ZT0A 4HTUA 1D9FA 1FKOA 3QESA 1W9HA 5EU7A 3LP2A 3WNFA 3QEIA 3AO4A 1VK0A 3M8RA 3LPUA 1UA1A 1KCFA 1N5YA 4J2AA 3D45A 3LANA 1G15A 3V1RA 4CFDA 4DF4A 1SV5A 5HP1A 1BIZA 1NKCA 1SKWA 3VQ4A 3SUOA 2WONA 1RBVA 3OYNA 4FM0A 4HCBA 3KKSA 4KV8A 1TL1A 2BE2A 4IG0A 1C1CA 4CHPA 4RG8A 4KTZA 1TGOA 4QAGA 3LWLA 4FLXA 3TI0A 1S1WA 1VSFA 1S1VA 4O44A 4FJGA 4FJ5A 1BHLA 4W5OA 4DFKA 4DSKA 3AVNA 4J2EA 3VQDA 4HUGA 3OYJA 3VQAA 2F8TA 3AVMA 4I2PA 2XHBA 4E19A 3K5MA 5CY4A 5DMRA 3P5JA 4F3TA 4DG1A 3EY1A 1VSIA 1XHZA 3VN5A 4ICLA 4CJ3A 4NYNA 4CJTA 2G8KA 3QIOA 4M3ZA 3ZSRA 2VG7A 3ITHA 4CEFA 4MFBA 4R5PA 4RW7A 3G0ZA 4LH4A 1HNVA 3T1AA 3VQEA 4YNQA 3ULDA 2XY6A 1UWBA 1IKYA 3F73A 1NJWA 3PO4A 2X78A 4TSXA 1B9FA 2XO7A 1XC9A 1TAQA 2OPRA 4CJLA 3OYHA 5KRSA 1C0UA 4FM1A 4F2SA 3PY8A 1T7PA 3RRGA 3LZJA 4EZ9A 3L2UA 1HNIA 3QIPA 4CHNA 3NH1A 5SZTA 2R7YA 1RT1A 3SUPA 3SQ1A 1NOZA 3HPOA 2QKKA 4N76A 1GOCA 2HW3A 1BQMA 4RW6A 2HHVA 3DI6A 1FK9A 1VSHA 1TL3A 4ID1A 4BDZA 2KZMA 4HUFA 4FW1A 4O4GA 3RMDA 2A1SA 2KZZA 3MAQA 2E4LA 4F4KA 4OKEA 4Z4HA 3V9SA 4CGHA 1U49A 2OZSA 1CXUA 1QHTA 2RN2A 4DWIA 3PO5A 1RTIA 4B3OA 5HLFA 1REVA 1BCOA 1WSEA 1XI1A 4LD0A 2Y1IA 1EP4A 1JLFA 1RT7A 3TAMA 4CJKA 1D9DA 3C6TA 1DTTA 1CZBA 2Z1HA 3TAQA 2X74A 1BL3A 4JLHA 1KVBA 4F2RA 2FBTA 3OJUA 5HRRA 1HYVA 5C25A 3AO2A 2VG5A 4B9UA 3OYBA 5FRNA 4C8NA 1EKEA 3O3GA 1TAUA 2P51A 3NGYA 4CK1A 4C8KA 4B9TA 4CIGA 1W0HA 4I2QA 3OYKA 2JGUA 5JS2A 2IDOA 1X9WA 4DQIA 4DU1A 2YNGA 4CEZA 3PX0A 1SL1A 2PYLA 1QE1A 3C6UA 4H8KA 2ETJA 1ZBFA 2NUBA 3ZSZA 3OYFA 4DSIA 1SKRA 4HCCA 4QOZB 4AHCA 4CJ5A 3AVKA 2HHWA 5K14A 4PY5A 3KLHA 3HM9A 4CHYA 3V1OA 1ZYQA 4RW4A 2IAJA 4CK3A 1S6PA 3HPHA 3E01A 2HHXA 1ASVA 1NJXA 3DMJA 4IFYA 3SCXA 4Z4FA 1I3AA 2QK9A 1JXBA 2VWKA 4J2DA 2PYJA 4DFPA 4FLUA 2HB5A 1X9SA 4W5RA 1RBTA 4CGFA 2BDPA 1XWLA 3CG7A 4EP5A 4OPJA 4DFJA 3ZCMA 1LAWA 3K2PA 4Y1DA 3RMCA 1L5UA 4DTSA 4CJSA 3TANA 3THVA 1Z25A 3OYEA 3M8SA 1R0AA 1SUQA 2B6AA 3HL8A 3O3FA 3VQCA 3K5OA 1GOAA 4OLBA 4DS5A 3V1QA 3SUQA 4NCGA 4IDKA 2HVIA 2X6SA 4E89A 1KRPA 1KLMA 4FXDA 4DU4A 4ID5A 2AJQA 2YHAA 3CQ8A 4B9MA 1WSJA 2IGIA 2VG6A 4KAZA 4DTOA 1RTDA 4FK4A 3JSMA 3ZSXA 3LP3A 5J1EA 3VQ5A 3TWHA 4CFAA 1TKTA 5FDLA 4ELTA 1TV6A 2Q3SA 2XRIA 1SL2A 2ZD1A 3KIOA 1BISA 3LPTA 3PUFA 3HT3A 3CFOA 4CJFA 1LV5A 3P1GA 1IKWA 4K8XA 1IH7A 4BE1A 1Q9XA 1NOYA 1RT6A 3V9XA 1RT3A 1RTHA 3AVGA 3PV8A 2WOMA 4F3OA 4M41A 1UAXA 4CHZA 3NCIA 4KHNA 2BGGA 4FJ7A 3HJFA 1RDAA 3DRPA 1Q8IA 2HVHA 4KRFA 4AH9A 4M3YA 4CGIA 4GW6A 4N47A 1KSPA 3ZSVA 4KHSA 3OYLA 1WLJA 3OS0A 4K8ZA 1JLBA 2P5GA 4DF8A 2IOCA 4FZYA 4CFCA 3ZSWA 3NF8A 1RDCA 4DTJA 1NK9A 3KD5E 4KFBA 5CZ1A 5CYQA 3NH2A 4AHTA 2YNFA 4DTMA 3V81A 3PX4A 1D8YA 4BDYA 3I0RA 1RBUA 4PWDA 1NKBA 2QXFA 4DSFA 4E7JA 4CJRA 4DQPA 1Z26A 2F96A 3SUNA 4WE1A 5I3UA 1IKVA 3QEWA 4M3TA 1S5JA 4FLZA 1VSDA 1DLOA 1F21A 4ZHRA 4OGEA 4Z4GA 3MXIA 1X1PA 1NK0A 3NGIA 4CF9A 3AV9A 2OPPA 3I8DA 1LW0A 4CJWA 3LP1A 5CYMA 3AVBA 4CESA 5SWMA 1UA0A 3DM2A 1CXQA 3WNGA 3HSTB 4AHSA 2G8FA 4KHYA 3NF6A 5HRNA 5J2MA 2E6MA 3VQQA 4E0DA 4FJKA 3TR8A 4ELVA 3LDSA 4CIFA 2OPSA 1I39A 3DOLA 1T03A 1RT5A 4I7FA 1C0TA 1A5WA 3ZSYA 1CLQA 2G8UA 4MQ3A 2KW4A 3C94A 2FBVA 4M3XA 1JLCA 3IS9A 4PQUA 1QS4A 2HHQA 1BQNA 2HNZA 4M45A 1VSKA 1NJYA 3B6OA 2VWJA 1RTJA 4FW2A 3RR7A 2DFHA 4Q5VA 3QLHA 4BACA 1HPZA 3ASMA 4N56A 4H4MA 4FK2A 4DQSA 4DQQA 3RMAA 3WNEA 1RT2A 1L3SA 4IG3A 3VA0A 1TK8A 3U6FA 4XIUA 4KHUA 4B9NA 1HQEA 3BGRA 1A5XA 1ZBUA 3MECA 2IS3A 4FLVA 3TAFA 4CFBA 3O4QA 3S3MA 2OA8A 1N6QA 3QEPA 3NFAA 4CJUA 2YNHA 3HYFA 1KFDA 5C42A 5HROA 4NCBA 4GVMA 3OJSA 3SNNA 1KVAA 2OYQA 3ZSQA 3AA5X 3H08A 3DLRA 5D3GA 1HMVA 4O5BA 4E1NA 4FYDA 4CHQA 4YFUA 3OY9A 1JL2A 5KTQA 5E41A 4EP4A 2RF2A 4BE0A 1IO2A 4FVMA 4DTRA 2GBZA 3I0SA 1RDDA 3KK2A 4CJQA 1BI4B 3DRRA 4M3UA 4CGJA 5FRMA 2OPQA 1NJZA 2QKBA 1IKXA 2XY7A 3IRXA 4DTUA 3NBPA 4QCLA 1JL1A 2YV0X 2D0AA 1SL0A 1JXEA 4W5TA 3K58A 1HYZA 3T3FA 4E7KA 5J2NA 3L8BA 1TKDA 4FZZA 3EZ5A 3OYAA 5FROA 4Z4EA 4FJHA 1U48A 1O1WA 3OYGA 5HBMA 4CEBA 1RCHA 4OLAA 3UIQA 4E3SA 4O0IA 3QETA 1WNSA 1Q9YA 3CFPA 3MEDA 4O0JA 1WSHA 3KK1A 2X6NA 3QERA 1C6VA 4CIEA 4DMNA 5J2PA 3MEGA 1WAFA 4LSNA 1CZ9A 3QNNA 1NK8A 1RDBA 4Z0UA 2BANA 4DLGA 1L3UA 2KQ2A 4E1MA 4PUOA 4HHTA 1WN7A 2B5JA 1S1UA 3NGZA 4KTWA 3SPZA 4Z4CA 1UOCA 3CYMA 1LAVA 3L2VA 3MXMA 3OVNA 3NAEA 4GMJB 4Y1CA 4W5NA 2YNIA 3HPGA 5I42A 2G8WA 3LAMA 4LY7A 1RBRA 3QEVA 2ITGA 2B4JA 4E7IA 4DU3A 2OZMA 1RILA 1ASWA 4KO0A 4FJXA 1S9EA 1NK4A 4KTQA 4DTPA 2XY5A 3S3OA 2KFZA 3HP6A 4M3WA 3AVJA 1VSEA 3M8QA 1KFSA 3HK2A 4FCYA 1IG9A 4Q0BA 4NYFA 3SQ4A 2O4IA 4FM2A 3U3GA 5T7BA 3OYIA 2DTUA 5KGWA 2ZQBA 4CF2A 3BDPA 3HO1A 4CK2A 1RBSA 3VQ9A 2D0BA 1YTAA 3SQ0A 1EETA 2Z1JA 3OYMA 4AHUA 1LWCA 5KI6A 3PX6A 3CM5A 3TAGA 2RKIA 2Y1JA 3IAYA 3ZT3A 3QEXA 4CEDA 4AHVA 3C95A 4CE9A 3D0PA 5J2QA 1T05A 3AA2A 3M8PA 3ISNC 4KB0A 3DLKA 1JKHA 4FLYA 2IC3A 4ELUA 1MU2A 1TVRA 3RTVA 1ZBLA 1LWEA 1NK6A 3QNOA 3TAPA 3G10A 4CF1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXKA 3VQBA 4HUEA 2EX3A 5AQOA 5HRPA 1VSMA 5ELZA 4OGCA 4FVUA 4CEQA 1YJ9N 4AHRA 1DT9A 2JLEA 1A5VA 4AM6A 2ZE2A 5FPMA 3HVRA 1VQKN 2F8SA 1IBMK 1J5OA 1BIUA 3PSIA 3UKUB 4BC5A 3T19A 1VRTA 4M7YA 5AZIA 3PIOL 4JNEA 1WSGA 2CGJA 1VSJA 5HRSA 4EZ6A 1LCUA 4CF0A 4AILC 2EHGA 3AGKA 3A8YA 3LDPA 3H6EA 3KZBA 3THYA 3V4IA 4DSLA 5DM7L 3NH0A 5CZ2A 3U3YA 1KLNA 4O55A 4FJNA 4CZLA 4BR0A 3CXCM 3QO9A 4YOXA 1BO5O 2XY8A 4DV3K 3S9HA 3IMXA 4BE2A 2RHKA 3EO3A 3V9ZA 3KLIA 5LMNK 3AAQA 4DSJA 1J6ZA 3LAKA 4DFMA 4L8RB 4YY3K 2PY5A 1C1BA 3RRHA 3V6DA 1VSLA 3P83D 3HVTA 1C0MA 3BUZB 2F4VK 1ATNA 3L3VA 4PA1A 3VQPA 3SYZA 3RMBA 3O9TA 4JS5A 3K57A 4X64K 2HMPA 1JLGA 5AQIA 3KHYA 2FSNA 4ILHA 5ADXH 3IG1A 1DGKN 3CC7N 4RW8A 3B8AX 1HQUA 3VTIA 4B3TK 2Z1IA 4BR9A 1YF5L 3CCSN 1ITGA 3H46O 2O8CA 3SMPA 3VA3A 2HHTA 3VF6A 4KHWA 1X9MA 5C24A 3WUHA 2HBLA 4JK9A 4KHQA 2P9NA 3CCEN 4B3RK 3R1XA 4CBXA 3CPEA 4FJ8A 3J7ZO 3SPYA 3AO3A 1T8EA 3L3UA 1S6QA 1U45A 4BG8A 1BGXT 4JKDA 4OPHA 2HOEA 4B9VA 2G8IA 4GKJK 4X62K 3HSCA 4JAXA 1KVCA 3AVHA 2O8EB 4DB3A 2UUBK 1GLFO 3O6WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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