2Z1IA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k/q113r/q115k)
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1iA00
1L5UA 5HRRA 3LWMA 4CGDA 4DFJA 2E6MA 4AHTA 4AHCA 2Z1GA 3OYGA 3S9HA 4CFBA 2HNDA 4DSLA 3TARA 1EKEA 1XHZA 3KTQA 2I5JA 1CXQA 3C94A 1TAUA 4CEZA 3BDPA 1D9FA 1HMVA 2FBXA 3TI0A 3AVLA 1B92A 1LV5A 4J2BA 4CESA 3LP1A 3QEXA 1L3UA 5FRNA 3NHGA 4Z4GA 4I9LA 3PY8A 1JLQA 1EXQA 4CF0A 4DTSA 4HUEA 2F96A 2HB5A 5SZTA 1Q9YA 1KLNA 5CZ2A 4PA1A 4B9SA 1Z25A 1TKTA 4CHNA 3KIOA 4FZYA 1J9AA 1JL1A 4AHVA 4F8RA 3NF7A 3HO1A 4QAGA 4JLHA 3OYHA 3AV9A 3IS9A 4DFPA 1KVBA 1RT2A 4BDYA 3LANA 3HL8A 3K5LA 2HNYA 3HJFA 1IO2A 4IFYA 1JLBA 1HRHA 2KFZA 4W5RA 3L2UA 3ZSRA 3L2RA 3OYDA 1RBUA 2IGIA 1XC9A 4ZTJA 4CECA 4FM1A 4AH9A 1G15A 3B6PA 3OYAA 2HHWA 5FROA 3O3FA 4M41A 1TL3A 1VSDA 2KQ2A 3VQDA 3EYZA 4PWDA 2G8VA 1UAXA 1B9DA 2GV9A 3HSTB 4CHZA 1KLMA 3VQ8A 2YHBA 4CIEA 4BE0A 4FXDA 2E6LA 2GUIA 3SYZA 1WAJA 4DLEA 5DMRA 3QIOA 3OY9A 2DFHA 1GOBA 4PUOA 3VQAA 3CFRA 4W5NA 4ELUA 3P83D 4Q0BA 3PO4A 4OJRA 1U49A 1ZYQA 1QSLA 4DSJA 2DFFA 1HJRA 3SJJA 4K8XA 4LY7A 2Y1JA 1U48A 1JLAA 3DMJA 3DLHA 2XO7A 3AVIA 1A5VA 2HVIA 3WNGA 3V9WA 1T05A 1MU2A 3L3VA 3V6DA 4CJRA 4LSNA 2QKBA 4LH5A 4CGIA 2IDOA 1NKBA 3PUFA 4CK2A 3ZSQA 4KFBA 2A1RA 3K57A 4GW6A 4B9MA 4CF2A 3AVAA 2PY5A 3O3GA 3QIPA 4CE9A 3AVMA 3DOLA 3DLKA 4FJ9A 1Z26A 3TABA 1TKZA 2YKMA 2OZSA 3CM6A 1RDAA 3K5OA 4DMNA 3TAGA 3L2WA 1CZBA 4RW4A 4BDPA 2B5JA 4EZ9A 1FKOA 3ULDA 3DRRA 4WE1A 4C8OA 1C1BA 1S1XA 4CFCA 3OS1A 4DS4A 4E1MA 4IKFA 1HNVA 4KHWA 2BGGA 1I39A 2QK9A 4KREA 4FJLA 5C42A 5KGXA 1FKPA 2P1JA 4Z4CA 3NAEA 1VK0A 2JGUA 1BCOA 2JLEA 5CZ1A 4O0IA 2G8KA 3JSMA 4Q5VA 2HHQA 1N6QA 4E7LA 4CERA 1BIUA 3I8DA 5K14A 3ZSXA 4FJIA 1VSFA 1R0AA 2OA8A 3K5MA 1VSIA 3NH2A 3HK2A 4B3OA 4GVMA 3V81A 1RDCA 3VQ5A 3HPOA 4DSEA 4W5OA 3KK1A 4ZTFA 2ATQA 3A2FA 1T8EA 4I9QA 2BE2A 3RMCA 2PYLA 1KRPA 3VA0A 3VQ4A 4CFDA 4OLBA 1XWLA 4FLWA 4KV8A 3SZ2A 3ZT3A 4AILC 1IG9A 3CFPA 3KKRA 2HHUA 2YNHA 2YNFA 2XRIA 1KFDA 4FJ5A 3ALYA 4LSLA 2ITGA 4FLUA 1WSIA 3I0RA 3KLIA 3QO9A 2VG5A 3DLEA 5KI6A 4CF1A 4FCYA 3OYBA 1IH7A 4CEOA 3ZCMA 4FJ7A 4NCGA 3HYFA 4CJEA 3ZT2A 4E0DA 4KO0A 4FJ8A 4FLXA 2ZQBA 4MFBA 3AA3A 1SL0A 1ZBIA 1HYVA 3ZSYA 4O4GA 1BGXT 1HNIA 4OGEA 3VQEA 2YHAA 5DK5A 4M3RA 3V1RA 3M8QA 1X9MA 3OYEA 3SUQA 1LW0A 3NF9A 1JLEA 3S3OA 5JS1A 3U3GA 3AA5X 1REVA 3L3UA 3OYIA 3O3HA 1EETA 4NYNA 1WSHA 4CK1A 4CJKA 3NH0A 3K58A 1GOAA 3AA4A 2XY5A 1NOYA 3L8BA 3LALA 4B8AB 5J2PA 1RBVA 1LAVA 4FZXC 1C1CA 4CEFA 3LWLA 1L3SA 3EZ5A 1WSEA 1W0HA 3WNFA 3NH1A 3OYJA 3QETA 1JL2A 3AO1A 3OYCA 1ZBHA 2OPPA 2B6AA 1HPZA 4LH4A 2D0AA 4CEQA 4DTUA 1ZBLA 4FYDA 1SL2A 1SUQA 2HW3A 4UQGA 4I2PA 3SI6A 4E1NA 1BI4B 3ZSOA 3OYKA 1RCHA 3KD5E 4FJNA 3HVRA 3MXMA 1L3VA 2WONA 1RTHA 1WAFA 3K59A 2P51A 3VA3A 4JRQA 4DQSA 4NCBA 4M3ZA 4M3TA 2KW4A 3NCIA 4KHNA 4ELVA 4KRFA 4XIUA 4CJPA 1RT3A 4DTRA 2XY7A 2E4LA 4FW2A 2ZD1A 3BGRA 1S6QA 1A5WA 4DTNA 3B6OA 3ZT0A 4CJFA 1HYZA 3NE6A 4N47A 1NKCA 1SKRA 4KI4A 4KHUA 2HVHA 4B9LA 1KCFA 1K6YA 3AA2A 4BDZA 5KTQA 3VN5A 4EZ6A 4E89A 4FK0A 3JYTA 3NGYA 3MXJA 3T3FA 3MEEA 4GMJB 2NUBA 4OGCA 1VRTA 1WNSA 2HHTA 3TR8A 3DRPA 4IBNA 3VQ6A 3UIQA 2DY4A 4BWJA 4C8NA 5C25A 3DLRA 1TL1A 4FM2A 4F3OA 3V1OA 3AVFA 3LP3A 4F3TA 4B08A 3LAMA 4AHUA 1IKXA 3TANA 1NK4A 4CGHA 3IRXA 1YVUA 4CGFA 3IAYA 4CJTA 5HRSA 1YT3A 5SWMA 3OS0A 4E3SA 5J2MA 3NGZA 2P5OA 3PX6A 3LZJA 3SQ1A 4M3YA 2PYJA 4CEEA 3SNNA 1UOCA 3H08A 1RT7A 1DLOA 3HT3A 1CLQA 4F2SA 3QNNA 1GOCA 3ASMA 4I2QA 2G8UA 3VQCA 4LD0A 3VQPA 1T7PA 2BDPA 1S5JA 1KFSA 3TAMA 4DQIA 5FDLA 2G8HA 4O55A 4DQRA 1NJWA 1TKDA 3NF6A 4OKJA 1QHTA 1U4BA 1RTDA 1EX4A 3TAEA 3NDKA 4ZHRA 1S1TA 4AHSA 5J2QA 1RT1A 4BE1A 3D45A 4EP4A 4DF8A 2AJQA 1Q9XA 3CYMA 1IKYA 1I3AA 3KK2A 4DWIA 3O4NA 3AO4A 1Y97A 4HTUA 1QE1A 2RPIA 2QKKA 4L8RB 3LDSA 3D0PA 1S1VA 1KVCA 3VQBA 3AVHA 4H4OA 3ZSWA 3KLFA 1ZBUA 3LP2A 5KRTA 3MXIA 3ISNC 4OLAA 4TSXA 1C0UA 2R7YA 2KFNA 1VSHA 4CEBA 1LWFA 2F8SA 4PY5A 3AVGA 1RNHA 3HM9A 4DFMA 3U3YA 1D8YA 1NK8A 4DSFA 4J2EA 3HPGA 3TAQA 3F73A 1RDDA 4CJ5A 3OYNA 3AO3A 2X74A 4DLGA 2Y1IA 5E41A 3E01A 3DI6A 4M45A 1NK7A 1KSPA 4KB0A 1VSMA 1TGOA 1JXBA 4O44A 1TAQA 4B9VA 4K8ZA 3M8RA 3AVKA 2HMIA 3L2QA 3QNOA 3DLGA 4B8CA 4FLTA 3PO5A 3OJSA 4DSKA 3M8PA 4M3WA 4CJ3A 2VG6A 4BWMA 3CQ8A 1TK0A 1JLFA 3KK3A 3QERA 1JLCA 2VWJA 1NK6A 4J2DA 4CHYA 2HHXA 4O0JA 1SV5A 1RBSA 2A1SA 2D0BA 2D0CA 3AO2A 4CGJA 4KI6A 1YTUA 2BANA 3C95A 2B4JA 4C8MA 4N76A 4CIGA 3MAQA 4YNQA 1QSSA 4FZZA 5D3GA 4CHOA 4OKKA 1B9FA 3QEWA 4RW8A 1T03A 4CEAA 4KPYA 2KZZA 4FJMA 4RW7A 1TKXA 4FK4A 4C8LA 3HVTA 3I0SA 1VSJA 4CIFA 4Z0UA 3RMAA 1TVRA 2O4IA 2OPSA 1CZ9A 3C6TA 3OJUA 4CJVA 3PX4A 1QSYA 3PX0A 2Z1IA 4KTWA 3LZIA 4KHQA 4RW6A 4HVJA 4RW9A 3THVA 4M3XA 3RWUA 1BQMA 2RN2A 4IDKA 4MQ3A 1C0MA 1RBTA 4NYFA 2P5GA 1VRUA 4HUFA 3KD1E 3G0ZA 4CCHA 3T19A 3M8SA 4CGGA 1ASUA 4N5SA 4FVMA 3HXMA 4E7IA 4JRPA 1SKWA 2DTUA 1O1WA 3LAKA 1SL1A 2EHGA 4CJLA 4Z4FA 4DS5A 1ASVA 1VSLA 4FW1A 4FLZA 1X1PA 4CJ4A 4CJWA 4E7JA 4F4KA 1FXXA 1CXUA 1ITGA 3O4QA 4DU4A 2YV0X 2IOCA 1BIZA 3MEDA 4Z4IA 4OVLA 3KLHA 4FJGA 1EP4A 4E19A 4W5QA 2VG7A 3RTVA 1J5OA 2Q3SA 1DTQA 4Z4EA 2IC3A 1WSGA 4IFVA 5C24A 2RKIA 4R5PA 3AVBA 2IAJA 2Z1HA 4QCLA 4N56A 1C6VA 5EU7A 3TAPA 4J2AA 1VSKA 5HP1A 1U45A 4AHRA 3P1GA 2GBZA 4RG8A 3K5NA 1TV6A 1NK5A 1NJYA 1X9SA 4Z4HA 4DQQA 4FJKA 3V9XA 3EY1A 1WSJA 1S9GA 3DM2A 5CYQA 1S9EA 4CHQA 4FLVA 3V9SA 1LW2A 3NGIA 1QQCA 3VQQA 3SQ2A 4CJSA 4Y1CA 4CJQA 3ZT1A 4H4MA 1SKSA 4CK3A 3QEPA 3KLGA 4BACA 3G10A 4DF4A 1S6PA 2G8IA 1BI4A 1F21A 4Y1DA 3SUOA 3DOKA 1BISA 2G8WA 3HP6A 4HCCA 4KAZA 3SV4A 3AO5A 1BL3A 1S1UA 3ZSZA 3OYFA 4E7HA 4FJXA 4N41A 2OPRA 1BCMA 4CEDA 1JKHA 4PQUA 1LWCA 1HQEA 3DRSA 1ASWA 4DTJA 2W42A 3TWHA 3QEVA 1A5XA 3ZSVA 4F2RA 2DFEA 4B9UA 4HHTA 4W5TA 4DTMA 4JS5A 1XHXA 5JS2A 2OYQA 2FC0A 4HCBA 3KLEA 3SQ0A 4OPKA 4O5BA 3FFIA 4EP5A 4DFKA 1NK9A 2XHBA 4CF8A 1WSFA 3VQ7A 1IKWA 2VWKA 3OYMA 3QESA 4ID5A 3WNHA 4KTQA 4FLYA 5I42A 1Q8IA 1YTAA 1D5AA 5J2NA 5CY4A 1LWEA 2HNZA 3SUNA 1D9DA 4DSIA 1HYSA 4ELTA 4FK2A 3SUPA 1J54A 5KGWA 5HRNA 1DTTA 4ID1A 4KB1A 1QS4A 1RT5A 4DU3A 2X78A 1RT4A 2FBTA 4IG3A 3DYAA 4DG1A 3OYLA 4DTOA 3RMBA 4QOZB 1J53A 2G8FA 3NF8A 4B9TA 4CFAA 1C1AA 3V9UA 3PV8A 5KRSA 1RBRA 3K2PA 2PZSA 4E7KA 3MEGA 2RF2A 3CG7A 2F8TA 2XY8A 2ZE2A 3OVNA 4HUGA 1RTJA 3QLHA 4DTXA 3S3NA 4CHPA 3NBPA 4C8KA 4FJJA 3CM5A 3WNEA 4CJUA 1LAWA 4DU1A 1TK5A 4I7FA 5T7BA 1WLJA 1U47A 1RTIA 1HQUA 3NFAA 1NKEA 1L3TA 2X6NA 1KVAA 4KKOA 3RR7A 2KZMA 1X9WA 4KHSA 5I3UA 1JLGA 1TK8A 4OPJA 3AVJA 2IS3A 4IG0A 5HLFA 3CFOA 3P5JA 3KJVA 3F9KA 4JS4A 2XY6A 2YKNA 1U04A 1KTQA 1VSEA 3V9ZA 4M3UA 3RMDA 3VQ9A 2YNGA 3V4IA 2FBVA 5J1EA 2QXFA 2OPQA 1WN7A 1ZBFA 2EX3A 4FM0A 2OZMA 4OKEA 4CF9A 4DTPA 2HHSA 3DLBA 3QINA 3SV3A 1NJXA 4DQPA 1JXEA 3AVNA 1UWBA 3LP0A 5HROA 3SPZA 1NJZA 3ITHA 3RRHA 3RRGA 3IG1A 2ETJA 2LSNA 3RR8A 5HRPA 4H8KA 1RILA 4G1QA 3V1QA 1RT6A 4B9NA 1BHLA 2Z1JA 3LPTA 3OS2A 1IKVA 4M42A 3HPHA 1N5YA 2X6SA 3L2VA 3HP9A 5FRMA 1S1WA 5HBMA 3ZT4A 4BE2A 3SCXA 4NCAA 2HHVA 3QEIA 1UA1A 2FBYA 2KTQA 1XI1A 1C0TA 1QTMA 3T1AA 1W9HA 1NOZA 3SQ4A 3KKSA 1RDBA 1BQNA 3S3MA 1NK0A 3AVCA 3LPUA 2D5RA 3SPYA 3U6FA 2O4GA 3MECA 3C6UA 4KHYA 4YFUA 2WOMA 3TAFA 4ICLA 5CYMA 2YNIA 1FK9A 4FJHA 1UA0A 4KTZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L5UA 5HRRA 3LWMA 3VEZA 4DSLA 2E6MA 3CMAN 3CC7N 2QA4N 1D9FA 2FBXA 3CJ1A 3TI0A 3AVLA 3CCRN 4I6MB 2UUAK 4I9LA 2P9IB 4X65K 2WBNA 3TPQA 4DTSA 3CF5L 1JL1A 4JKBA 3IUCA 1NNEA 3HL8A 2QWPA 1JLBA 4W5RA 4CZFA 3ZSRA 4CECA 1HLUA 1GLCG 1G15A 3WQUA 3B6PA 1QQMA 3O1BA 3VQDA 2KQ2A 4PWDA 3JS6A 4Q0BA 3HSTB 4CIEA 5DMRA 3H46O 2DFHA 1SQKA 1NGEA 5AQOA 3PO4A 1U49A 1ZYQA 1QSLA 3SJJA 4LY7A 1T6CA 3DMJA 3V9WA 2HSTA 3L3VA 3V6DA 4CJRA 4LH5A 3PUFA 5AQKA 4KFBA 3J7ZO 4BGBA 3QIPA 2PAVA 2F7TA 1RDAA 3K5OA 2E8AA 4RW4A 3VF6A 5FLXO 2UU9K 3ULDA 4CFCA 3OS1A 2ZM6K 5F2RA 4LF7K 4DQ8A 4FJLA 1QVGM 3JSMA 2KLAA 1E4GT 4DR3K 1N6QA 4U67L 1VQ7N 1T3VA 5GIPA 1RDCA 3KWGA 1VQKN 4DSEA 3KK1A 4ZTFA 2BE2A 3VA0A 1RGIA 3B8AX 4CFDA 4BY9C 2NRXA 1IG9A 4YOTA 3VF2A 2YNFA 2XRIA 4FJ5A 1VAZA 3HOTA 4FWPA 3I0RA 3QO9A 4WCEL 3OYBA 3BZKA 2P9PA 2NRRA 3DXMB 4MFBA 3AA3A 3RSEA 1HYVA 4DV5K 3IMXA 1NGGA 2YHAA 3ZLJA 1JLEA 3O3HA 4DF4A 1J5EK 1JCGA 3AA4A 3ZEUB 4FZXC 1LCUA 3QICA 1QVFM 3VMFB 3VGMA 3SJHA 4WFBL 3WEEA 1ZBLA 1MWMA 4UQGA 4I2PA 1NGAA 3OYKA 1L3VA 5AZIB 5BPMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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