2Z1IA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k/q113r/q115k)
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1iA00
4DF8A 3DI6A 3TAGA 1VSLA 4DQIA 3CQ8A 3KLGA 3D45A 1BCMA 1HRHA 4ICLA 3S9HA 3TAQA 2OPQA 5J2NA 1SUQA 4HCBA 2P5OA 1S5JA 4O44A 4HUGA 3V6DA 1BGXT 1U45A 5DMRA 1D9DA 4Z0UA 4CECA 3KLFA 3SUOA 4KB0A 4Z4EA 1FKPA 2X6NA 3AV9A 4CGHA 3QNOA 3LZIA 2G8UA 3BDPA 4M3WA 1JLQA 1LAVA 4MFBA 3TAEA 1YVUA 3PY8A 4CERA 3VQ9A 4O0IA 1IG9A 3ZSOA 3ZT3A 2GUIA 2VWJA 1VSKA 1WAFA 4OKKA 4KTWA 3LZJA 4KREA 4CFAA 4RW7A 3RTVA 3CG7A 2D0AA 4CF0A 2XY6A 1QSLA 3AA3A 4DFMA 4W5RA 2DTUA 3MEDA 3L2WA 1JXEA 1EX4A 2IDOA 1KLMA 4CJUA 1REVA 3A2FA 4IFVA 3QEVA 1U04A 5C24A 2G8FA 3K5LA 2Y1IA 1TAUA 1HYSA 2ATQA 2Z1GA 3AO5A 3T1AA 3VQBA 4DLEA 1EKEA 3MXJA 1NK9A 3OYMA 4FJ9A 2JLEA 4DTPA 3ZT1A 2E6LA 5HBMA 3OYJA 2IOCA 2W42A 1NJYA 5HRPA 1U47A 3ZT4A 2IGIA 4CGJA 1LW2A 4KKOA 3V9XA 1NK5A 1NJZA 3OY9A 3V1OA 1BI4B 4CEAA 4QCLA 3HSTB 4MQ3A 3AVMA 2IC3A 3SUPA 4CF2A 4E7LA 1KFSA 5CZ1A 4CHZA 2G8KA 3RMBA 1WSHA 2EHGA 1VSJA 1RBRA 1X1PA 3L8BA 2XHBA 2BDPA 3U3YA 4CIFA 4N56A 3KLEA 3DRPA 4H4MA 1XHZA 3LP3A 4DQPA 4F3OA 3CFOA 5JS1A 3G0ZA 3QEPA 4ELUA 1UAXA 4ZHRA 3OYGA 2KW4A 2VWKA 3M8PA 3AVKA 4E1MA 4OJRA 3HM9A 3THVA 1JL1A 1ITGA 3LDSA 4K8XA 4QOZB 4O5BA 4Y1DA 4CGFA 3V9ZA 5HRSA 3ISNC 3K57A 4FLUA 1IKYA 3FFIA 4FJGA 4N41A 3TAMA 4DG1A 1RTJA 3G10A 3OS0A 4CEOA 2XO7A 3SQ0A 2Q3SA 3SNNA 1VRUA 1JL2A 1RT2A 1TGOA 3ZSXA 4DU3A 2YNFA 1LV5A 1B92A 1DTQA 1FXXA 1BHLA 2HHWA 1CZ9A 1W0HA 1WAJA 3NF9A 4KV8A 4OVLA 5SZTA 4Q5VA 3EZ5A 4CJVA 3PX4A 4FZYA 4AHUA 4FK0A 4J2BA 5KGXA 1RILA 3LPTA 4M3XA 4CJPA 4M3UA 2HHUA 4DTNA 4C8KA 4BDPA 1IKWA 3NGIA 1WSGA 1S9EA 1RBVA 5KRSA 4M3TA 4I2QA 3NAEA 4E7JA 4AHSA 2HVIA 2X78A 3NHGA 2RF2A 2YNHA 2IS3A 4JRQA 3SI6A 1HQUA 4DTXA 3LP2A 1C6VA 1NKEA 1EXQA 3SPYA 4E7IA 3RWUA 3CM5A 3OYNA 3K2PA 2YHBA 4DLGA 3DOLA 3V9UA 4K8ZA 3OJSA 4RW6A 4FVMA 4E1NA 1YTAA 1TL3A 4I2PA 4O0JA 4I9LA 4CJQA 3CFPA 4CCHA 4FJ8A 4CGDA 4N5SA 3SZ2A 3AVNA 3OYDA 3EYZA 4CJKA 2DFEA 4KHSA 4M3YA 2WOMA 3AVIA 4DFKA 4CHOA 3HK2A 4Y1CA 5FRNA 4CJEA 5HP1A 1NJWA 1RBSA 3NF6A 3DLEA 5I3UA 3LP1A 3ZCMA 3MXMA 4FK2A 3M8QA 4IFYA 1EP4A 1JKHA 3V1QA 1RT7A 1WNSA 2GV9A 3OYFA 1D8YA 1N6QA 2XY8A 1S6QA 3KLHA 3L2VA 4IDKA 5C42A 1CXUA 4CJ3A 4FLTA 5KGWA 5T7BA 4DTRA 3M8RA 1A5XA 4BE2A 4E0DA 5FROA 3ZT0A 4EP4A 4FM2A 4FW1A 3I0SA 4C8MA 3MEGA 3VQ5A 1T03A 3MXIA 1KVCA 1WLJA 1VSHA 5HRNA 4FM1A 4E7KA 3NH1A 3DLGA 3AVLA 3RR8A 1ASWA 1RNHA 2VG5A 3F9KA 3IG1A 2HMIA 2E6MA 2HHTA 3VQAA 3HT3A 1HNVA 4CK2A 3L3VA 1BQNA 3KJVA 1Y97A 4CHQA 1RBUA 1HPZA 1BIZA 2RN2A 1TKXA 2Y1JA 3KTQA 3QETA 1RTDA 1T8EA 3O3GA 3L2QA 1GOAA 3ZSQA 3QINA 3HXMA 4BWJA 4CEBA 1UOCA 2YKNA 1NK0A 3KK1A 1O1WA 4W5OA 4DQQA 3V1RA 4J2EA 1C0UA 4O55A 1RTIA 3HYFA 3SCXA 4FM0A 4CF9A 3PV8A 4NCBA 3SUNA 4BWMA 4FJXA 2O4IA 2D0BA 1XHXA 5HLFA 4DMNA 1ZYQA 1NOZA 2HVHA 1I39A 3C6UA 4IKFA 4JLHA 4KHYA 4CGIA 4F2RA 3VQ8A 4LSLA 4DF4A 4DS4A 4LH5A 4YFUA 3P5JA 4I9QA 4CHYA 2YNIA 3RR7A 1L3UA 4OPKA 2ZD1A 3AA5X 2HNYA 4PUOA 3PUFA 4C8LA 4FZZA 4CIGA 1BQMA 3AVJA 4N76A 1KCFA 4WE1A 1X9MA 3P1GA 4CJ4A 4CFDA 3O3FA 3PO4A 4AHVA 3VA0A 4NYNA 4CEFA 1X9WA 1TK8A 3NBPA 3CYMA 3MAQA 4E3SA 4AILC 4HTUA 3VQDA 1RDAA 1WN7A 3L3UA 3SQ4A 4DS5A 2PZSA 3RMDA 2QKBA 4DU1A 1SKRA 1TK0A 1C1CA 4RW4A 4OGCA 2OZSA 4Z4FA 1NKCA 4KB1A 3QIOA 3OYAA 3QEIA 4CJLA 3PX6A 4HUEA 1KTQA 5SWMA 1QQCA 3VQ6A 4E89A 1FK9A 2ETJA 4FJNA 3AO1A 1BL3A 3DRSA 1SL0A 3WNGA 4CEDA 1VSDA 4CEQA 3I0RA 4B9UA 4DSJA 1HYZA 4KHNA 4NCGA 3L2RA 1ASUA 1RBTA 5D3GA 3DLRA 2PY5A 1B9FA 1G15A 4CK1A 4CFBA 1FKOA 4B9NA 2PYJA 1ZBIA 1CZBA 3NFAA 4DFPA 4FJIA 2YKMA 3PX0A 3TI0A 3OVNA 3IS9A 3KK3A 4FW2A 3S3NA 4Z4GA 1IH7A 5CYMA 2ZQBA 5K14A 1L3VA 2F96A 3DLBA 1IKVA 5J2QA 4CJRA 3LANA 3HL8A 4LD0A 3V9WA 4CHPA 1TV6A 1WSFA 1DTTA 1QSSA 3C6TA 1A5VA 2E4LA 1DLOA 4GMJB 4E19A 3OYEA 4DTUA 3TR8A 3AVBA 3OS1A 4FJLA 4HUFA 3NF7A 4BE0A 5FRMA 4OLAA 1TVRA 5KRTA 3KIOA 4LH4A 4LSNA 3D0PA 5CYQA 4J2AA 2DFFA 1YTUA 4RW9A 4LY7A 4CGGA 2LSNA 4GW6A 1U48A 2G8WA 4FK4A 1IKXA 1U49A 3AA4A 4F8RA 2BGGA 1BI4A 4FZXC 2HW3A 1C1BA 4F3TA 1HNIA 4DSKA 1JLGA 3VQPA 3B6OA 2A1RA 3T19A 1L3TA 4M3ZA 2F8TA 3WNHA 4R5PA 5E41A 4CK3A 4HHTA 2B4JA 4ELVA 3DM2A 3AVHA 2HB5A 3NGYA 4IG3A 4KO0A 3NF8A 4OKEA 3CFRA 4CJ5A 1TK5A 3O4NA 3VQQA 4FJHA 2IAJA 1RDBA 4G1QA 1J54A 1T05A 3JSMA 3HO1A 2NUBA 4CF1A 4DQRA 2X6SA 1KLNA 5HROA 5FDLA 1Q8IA 3M8SA 4CIEA 1NK4A 4CJFA 4FJMA 3T3FA 4Z4CA 4PQUA 3AVGA 3RRHA 1Q9YA 1SL1A 2GBZA 4CE9A 1VSMA 1J53A 3SQ1A 2KFNA 4H8KA 1RDCA 3AVAA 1SV5A 3TAPA 1UA1A 1Q9XA 3SPZA 1ZBLA 3AO3A 3ASMA 4KHUA 1S1WA 4EP5A 3OS2A 1NOYA 4CEZA 4CJWA 1RDDA 1S6PA 1VK0A 2OA8A 3LAKA 2Z1JA 1JLCA 3U3GA 3LWLA 3HP9A 4ZTFA 3ZSRA 4OKJA 1J9AA 1VSIA 1JLEA 2FBXA 3ZSWA 3P83D 2VG7A 2WONA 3VQ7A 1NK7A 3SV3A 3K5MA 1A5WA 1RT1A 1EETA 3RMCA 2HNZA 2JGUA 4KRFA 2HHSA 2B5JA 3OYCA 1CLQA 3VQCA 1LWFA 2RPIA 2QXFA 4BE1A 4B8AB 1YT3A 4KHWA 2QKKA 1XWLA 4F2SA 4KI4A 2QK9A 2HHVA 4AH9A 1RT5A 3AVFA 2XRIA 1D9FA 3F73A 4J2DA 4EZ6A 4DFJA 3NGZA 1NK8A 3LP0A 4E7HA 4BDYA 3NCIA 4EZ9A 2B6AA 1KVBA 1TL1A 4DSFA 4OGEA 1C0MA 3H08A 4FJ7A 3S3OA 1QS4A 2RKIA 5CZ2A 3I8DA 4B9VA 2HHQA 1ZBHA 4AHCA 1ZBFA 4DTMA 3DLHA 1BISA 3TWHA 4CJTA 3TANA 3KD1E 2ITGA 2O4GA 1W9HA 3QERA 2FC0A 3QNNA 1VSFA 3PO5A 3WNFA 3HPOA 3LAMA 3K5NA 4KI6A 3KKSA 4KFBA 3C95A 1HMVA 3NDKA 3V81A 4DWIA 2FBYA 4RW8A 3EY1A 3K58A 3SYZA 1JLBA 4QAGA 2P1JA 4DSEA 3HJFA 1HYVA 1QTMA 4H4OA 2YNGA 4IBNA 1KRPA 2G8IA 3K59A 4O4GA 4ELTA 4ID1A 1LAWA 3VQ4A 1KFDA 4DTOA 2EX3A 4CFCA 3OYBA 3QIPA 2KZMA 3HVTA 3DMJA 1BCOA 4AHRA 1L3SA 4OPJA 1QSYA 1S1UA 1WSJA 2DFHA 1JLFA 4DSLA 3LWMA 3TAFA 2HHXA 3DYAA 2I5JA 4CJSA 1RT4A 2ZE2A 3SV4A 4AHTA 3HVRA 4JRPA 1RTHA 4FJKA 4XIUA 5J2PA 3V9SA 4DTJA 3U6FA 4KTQA 4FLVA 2DY4A 3VA3A 1F21A 3BGRA 3QLHA 1JXBA 2D0CA 3VQEA 1NKBA 4B9MA 4B08A 4TSXA 2BANA 1UWBA 1K6YA 4CESA 4UQGA 2VG6A 5HRRA 3ZT2A 3LALA 2PYLA 3AVCA 3TABA 2F8SA 1VRTA 2OPPA 1S9GA 4CEEA 4FLYA 3ALYA 1KVAA 1Z25A 4NCAA 2OPSA 4DTSA 2YHAA 1RT6A 2OPRA 4M45A 2D5RA 4KPYA 1BIUA 3ITHA 3HP6A 4C8NA 2XY5A 1S1XA 3MEEA 4N47A 5C25A 3OJUA 3K5OA 4NYFA 2R7YA 2P5GA 4Q0BA 2KTQA 1RCHA 3HPHA 1S1VA 4BACA 1CXQA 2G8VA 3KD5E 1LWCA 3HPGA 3SQ2A 3QO9A 1J5OA 4Z4IA 3IAYA 4ZTJA 2FBTA 4GVMA 4F4KA 1D5AA 4KTZA 4B8CA 4FLZA 1MU2A 3OYIA 2XY7A 4C8OA 4FJJA 1Z26A 4M3RA 2X74A 1X9SA 3RRGA 3B6PA 1SKWA 4PA1A 4FJ5A 3AA2A 3KK2A 3O4QA 4HVJA 5JS2A 1QE1A 5DK5A 3ZSVA 3OYHA 1WSEA 3L2UA 1TKZA 3TARA 1C1AA 1U4BA 4B9SA 1RT3A 5J1EA 1XI1A 3UIQA 3QEWA 4L8RB 4FYDA 3ZSYA 5I42A 4PWDA 3IRXA 1HQEA 3NH2A 3QEXA 2OYQA 4FXDA 1IO2A 3S3MA 4FLWA 3E01A 3JYTA 1GOCA 1S1TA 1JLAA 2Z1IA 3ULDA 2P51A 1VSEA 4FLXA 1XC9A 4FCYA 3CM6A 5KTQA 1UA0A 2OZMA 4B9TA 4YNQA 3OYKA 4DU4A 3VN5A 4W5QA 3DLKA 3NE6A 3KKRA 3WNEA 3SUQA 4Z4HA 4BDZA 1I3AA 3QESA 3NH0A 3KLIA 2Z1HA 5CY4A 3AO4A 4PY5A 1TKTA 5J2MA 4B9LA 1ZBUA 4M42A 1GOBA 4JS4A 1R0AA 1L5UA 1NJXA 2KFZA 4OLBA 3DRRA 4JS5A 1NK6A 1LWEA 2FBVA 1T7PA 2HNDA 3MECA 3ZSZA 3OYLA 4CF8A 2BE2A 4W5TA 3AO2A 2YV0X 3LPUA 1QHTA 3O3HA 4CHNA 5KI6A 1KSPA 3RMAA 2G8HA 1N5YA 3SJJA 1TKDA 4DQSA 3C94A 4IG0A 2A1SA 4I7FA 5EU7A 1SL2A 4KAZA 3V4IA 1HJRA 4KHQA 2AJQA 4B3OA 1ASVA 4M41A 2KQ2A 4W5NA 1B9DA 1WSIA 4RG8A 1LW0A 1SKSA 4ID5A 2KZZA 1C0TA 3DOKA 4HCCA 1TAQA 4DSIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DI6A 2P9UB 3N4QA 3TAGA 3CQ8A 4BROA 1V4SA 1HRHA 3TAQA 2AP1A 2NRVA 5J2NA 4YOTA 4HCBA 2P5OA 2E2QA 4O44A 2BH1A 5DMRA 4KB0A 1ATSA 2QM1A 4IEEA 2H3GX 4CVNE 4BRAA 4Z4EA 3UKRB 3CCLN 2G8UA 3LZIA 3FLCO 4CERA 4JEPA 5EX5A 2GUIA 3ZT3A 4BRIA 2VWJA 5AJ3K 3CHWA 4H03B 3LM9A 4KTWA 5KPZA 4KREA 4RW7A 4DUZK 4GV6A 4DFMA 1T6DA 4RCHA 3C7NA 4IFVA 3CERA 2Y1IA 3OYMA 1YUWA 4QS8A 5AQYA 3ZT4A 4OO1J 1LW2A 1NGGA 4BRHA 1NK5A 1O13A 4MQ3A 2IC3A 3ATVA 4DR1K 4CHZA 2GELA 1WSHA 1VSJA 1RBRA 2BDPA 4BR0A 5BR9A 3KLEA 3DXKA 3LP3A 3WQTA 2VWKA 3M8PA 4E1MA 4OJRA 3HM9A 1ZC6A 4QOZB 4A57A 4YY3K 1KAXA 4XEIA 2WTUA 3O9RA 3QMLA 5ADXH 4CEOA 2NRWA 1VRUA 1JL2A 1RT2A 1TGOA 1B92A 1FXXA 3G6EN 3NF9A 4Q5VA 3PX4A 4FK0A 4M3XA 4CJPA 1IKWA 1WSGA 2UUCK 5KRSA 2IS3A 1HQUA 3VGKA 3CM5A 2NRRA 3EE9A 2YHBA 3OJSA 4B3RK 4I9LA 3SAGA 3AVNA 3CCMN 4CJKA 2QWQA 2DFEA 4M3YA 4BR4A 2WOMA 3IKMA 1X3MA 5AZJB 2FSKA 1N34K 5HP1A 2VGMA 1KXPA 1RT7A 3B8AX 1W7AA 1D8YA 4KHPK 3VF6A 2XY8A 2D0OA 1S6QA 3KLHA 1Q7YO 2V51B 5C42A 3WXLA 4CJ3A 4IOCL 4E0DA 2NRTA 4C8MA 1Q18A 3SBGA 1WLJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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