The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Translational Regulation Via L11: Molecular Switches on the Ribosome Turned on and Off by Thiostrepton and Micrococcin.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| molecule keywords |
50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
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| total genus |
19
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M1K O; 5JVG L; 1KC8 O; 1VQO N; 1Q7Y O; 3PIP L; 5GAE P; 1QVG M; 1N8R O; 5H1S Q; 1YJ9 N; 1KQS M; 3I55 N; 5MLC Q; 3J7Z O; 2QEX N; 1YHQ N; 3CCJ N; 3G71 N; 2QA4 N; 5DM6 L; 3CCS N; 1VQL N; 2ZJP L; 2ZJR L; 3CPW M; 4WFB L; 5GAG P; 1Q82 O; 3CCV N; 4IOA L; 3CD6 N; 3CMA N; 3CCE N; 2OTJ N; 3CCR N; 1VQ7 N; 1NJI O; 1M90 O; 1VQ8 N; 5HL7 L; 3OW2 M; 1YJN N; 3CCU N; 1VQP N; 3DLL L; 1VQ5 N; 4IOC L; 1VQ6 N; 2OTL N; 1ILY A; 4UY8 O; 3G4S N; 1QVF M; 4U67 L; 1K9M O; 5GAH P; 1VQN N; 1OVY A; 4WF9 L; 1KD1 O; 1Q86 O; 1YJW N; 1W2B M; 3CCL N; 3CCQ N; 1VQK N; 1JJ2 M; 4IO9 L; 1Q81 O; 3CME N; 3PIO L; 1VQ9 N; 1S72 N; 1K73 O; 4WCE L; 3CXC M; 1YIJ N; 4WFA L; 1VQ4 N; 3CF5 L; 5JVH L; 3CC2 N; 1VQM N; 3CC7 N; 1K8A O; 3I56 N; 3CCM N; 4WFN L; 1YIT N; 3G6E N; 2ZJQ L; 1YI2 N; 5DM7 L; 3CC4 N; 5GAD P; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CJ7 A; 3HP6 A; 4W5O A; 4CBW A; 3LAL A; 1GLD G; 5M1O A; 3HM9 A; 1RIL A; 1U6Z A; 2VWB A; 4KKO A; 2R7Y A; 1X9M A; 5H1S Q; 4BE1 A; 3I55 N; 2QI2 A; 3KJV A; 2D5R A; 3WUH A; 2D0C A; 4MQ3 A; 2IS3 A; 4GV9 A; 1IG9 A; 4MDB A; 1L3U A; 3OYE A; 1Q8I A; 3CJC A; 3G0Z A; 3AAP A; 4AQY K; 3O9S A; 5I42 A; 2A5X A; 4DWI A; 2FSK A; 4TSX A; 1XHX A; 3DLR A; 1EP4 A; 4JI2 K; 4O0J A; 4AHU A; 4F8R A; 3CPE A; 1B9F A; 2XY5 A; 3AVK A; 2OTJ N; 3ENO A; 1SKR A; 5EX5 A; 2P9I B; 5KRT A; 3OW2 M; 1YJN N; 5C2F A; 4B9V A; 4CF9 A; 3SCX A; 3AO4 A; 4JNE A; 4HCC A; 4MFB A; 4B3M K; 2P9S A; 1SS6 A; 4HWI A; 2O8C A; 1NBW A; 4YOY A; 3MX5 A; 5M1N A; 2WUS A; 2Q31 A; 1HRH A; 1QS4 A; 1WNS A; 3AAQ A; 3HOS A; 4FJL A; 4PKI A; 4IG0 A; 3EY1 A; 1LW0 A; 4FM2 A; 4CGD A; 2GUI A; 4DV0 K; 3THX A; 4J2E A; 3T19 A; 1REV A; 4KO0 A; 3B6P A; 5J1E A; 1E4G T; 4LH4 A; 1CZB A; 1KVA A; 4JI5 K; 1JXB A; 1TL3 A; 3DLB A; 1P90 A; 3DLG A; 2D0O A; 4QS7 A; 4PWD A; 3NBP A; 2Q97 A; 3EKU A; 2HMP A; 4IJN A; 4CFA A; 4KBO A; 4BRP A; 4FJ9 A; 3LP0 A; 4PKH A; 3KKR A; 3O1W A; 2O8E B; 5HRR A; 4X62 K; 2V51 B; 3OJU A; 2BDP A; 3VA0 A; 1QQN A; 3LP1 A; 4CED A; 5DM7 L; 5BRH A; 4K41 A; 1LWC A; 3KLH A; 2F9T A; 1K8K B; 3IUC A; 3WXM B; 3QNN A; 5JVG L; 2XRI A; 1Q18 A; 1J5E K; 4BWM A; 3HK2 A; 5KRS A; 3MXJ A; 3OYC A; 3MN7 A; 1E4F T; 2D0P A; 1RBS A; 1C0U A; 1RBV A; 3V6D A; 4CJR A; 4FLW A; 1ITG A; 2P9P A; 4ISF A; 5C42 A; 3KWI A; 4CEO A; 3SMS A; 3HSC A; 1GOA A; 1J9A A; 1WBD A; 1L3T A; 2YJF A; 4FM0 A; 1U45 A; 4OJR A; 4EZ9 A; 1SAZ A; 4M7X A; 3HI0 A; 2KKZ A; 2KLA A; 2ZE2 A; 3LAK A; 4W5R A; 3OYD A; 4LF9 K; 1C0F A; 3TAG A; 3RR7 A; 3KD1 E; 4NLC A; 2HHW A; 4JK8 A; 3BZC A; 4OLB A; 4PY5 A; 1T3V A; 3ID6 A; 4C8M A; 4X64 K; 1HJR A; 3OYI A; 2P5G A; 5GIN A; 3VOV A; 4QAG A; 4AM7 A; 1GLB G; 5CZ2 A; 4CES A; 4PL7 A; 3SJH A; 2RN2 A; 3HPG A; 2VG6 A; 1YUW A; 5J2P A; 2RPI A; 1ZBF A; 4PQU A; 5HOO A; 3ULE B; 5EXW A; 3VQA A; 3OYG A; 2P9I A; 5AQH A; 3DMJ A; 2D0B A; 1JLG A; 1S1X A; 3C6U A; 3CM6 A; 1X3N A; 2HB5 A; 2D1K A; 3HVR A; 4GVE A; 4B3S K; 3V9X A; 4FSV A; 3QLH A; 2AP1 A; 4NB4 A; 4FLT A; 4BR5 A; 2VWJ A; 1G15 A; 1EWR A; 5LY3 A; 2LSN A; 3Q7B A; 4JKA A; 4WCE L; 4M3T A; 3K58 A; 3CFR A; 3LPT A; 1HNX K; 3CJ1 A; 1K6Y A; 1WSJ A; 1CZA N; 2EWS A; 2GWK A; 4H5R A; 4CGI A; 3M5R A; 4CFB A; 3UE5 A; 1XHZ A; 4H0T B; 3OS0 A; 5AQN A; 2CGL A; 3ZYY X; 4ICL A; 3LM2 A; 1VQO N; 4M42 A; 3ATV A; 2P9N B; 3SPY A; 4JKG B; 2W6L A; 3SAG A; 4BQZ A; 3FZM A; 3RSE B; 3MEG A; 3HP9 A; 4A2B A; 2O8E A; 3D45 A; 4CD1 A; 4B1W B; 3OHR A; 3V1Q A; 4DTU A; 3H45 C; 4Y1C A; 4JYA K; 2YHX A; 1OH8 A; 3DOL A; 2NZT A; 1K8K A; 4E7K A; 1WSE A; 3MCA B; 1X3M A; 2GV9 A; 3O80 A; 4CJF A; 3OJS A; 4B3T K; 4ELV A; 3IRX A; 2VG5 A; 4LF7 K; 3O5B A; 1JXE A; 2QWQ A; 1SV5 A; 4X65 K; 3QIN A; 1YXQ A; 2P5O A; 1FKP A; 4NCA A; 2UUB K; 4ISG A; 1QQO A; 1LAV A; 4FWP A; 2E6M A; 2E5L K; 3QES A; 3U3G A; 2NRW A; 3HT3 A; 4H8K A; 4GY2 B; 1BHL A; 4FJG A; 2A40 A; 3C6H A; 1S3X A; 2OAN A; 4JI1 K; 1SKS A; 4LFC K; 4OO1 J; 2ASP A; 1YTA A; 2GTD A; 1VQN N; 1LAW A; 1JJ2 M; 1Q81 O; 4BAC A; 5GIO A; 4DU4 A; 4DFP A; 3K9J A; 4QCL A; 4DB3 A; 4CHZ A; 4CHO A; 1N6Q A; 4EHU A; 3THW A; 3ULE A; 4YOW A; 4JI8 K; 1ZBI A; 3K0S A; 1WSI A; 4LD0 A; 5JMV A; 2DFF A; 2Y1I A; 1IKY A; 3ZT1 A; 1LWF A; 4YOV A; 3FR0 A; 3AGK A; 2QWN A; 3PV8 A; 3NGZ A; 1JCG A; 4DG1 A; 4JLH A; 4CW7 B; 5GAD P; 4CZG A; 5IWA K; 1FKO A; 3DRR A; 5F2R A; 4CEA A; 4YDU A; 4CGG A; 4Z4I A; 3AVM A; 4LF8 K; 3NGY A; 4CJE A; 4YFU A; 3L4Q A; 4A62 A; 2D0A A; 1QVG M; 3VEW A; 5HRP A; 3MN6 A; 3VQ8 A; 1RFQ A; 1Z26 A; 5HLF A; 2V7Y A; 4CEE A; 4I6M B; 3P1G A; 4H0Y B; 3HPH A; 3MXI A; 1WN7 A; 4IFY A; 1XUP O; 4JD2 B; 3OYM A; 1B92 A; 3BUZ B; 2YHY A; 4KRF A; 3AO1 A; 4CJS A; 2P9N A; 4LY7 A; 3WQT A; 1UWB A; 1DT9 A; 4DTO A; 3TSQ A; 2FC0 A; 3E9P A; 3RSE A; 4F4K A; 2HMI A; 1S22 A; 3ISN C; 4DUY K; 4B9L A; 1NGJ A; 3LL3 A; 4GV3 A; 4C8L A; 3CCE N; 1ZBS A; 1CXQ A; 4CIF A; 3AVI A; 3SQ0 A; 3S3O A; 3HYF A; 4DS4 A; 1O13 A; 1VHX A; 1VQP N; 3T1Y K; 1RDC A; 4Y0W A; 3L3U A; 1U49 A; 2QXL A; 2WC9 A; 1P8Z A; 4CGH A; 1BOT O; 4I9L A; 2E2N A; 1XMQ K; 3AVG A; 4UY8 O; 3TAM A; 4A5A A; 1VSK A; 3A5O C; 1W7A A; 2E2P A; 4K42 A; 3SMP A; 3L4I A; 1W97 L; 4CZE A; 4B1X B; 3L2Q A; 1KD1 O; 3LZJ A; 4KHS A; 4HTU A; 4BG8 A; 4HUG A; 4C8O A; 4AHS A; 1KFS A; 4CEQ A; 4OGE A; 5ADX H; 4PHT X; 4RWT A; 3DOK A; 1NG9 A; 4CER A; 3EE8 A; 3ATU A; 2JWL A; 4BGA A; 2I7N A; 3DLH A; 4GNI A; 2UUC K; 3U9D A; 3AVH A; 1CZ9 A; 1TL1 A; 2CH5 A; 3BZK A; 4DLE A; 1XNR K; 3K57 A; 2YNH A; 5ADX A; 4G1Q A; 4JHD B; 1J6Z A; 4EP5 A; 3HO1 A; 3QER A; 4DQS A; 4M3W A; 3VPZ A; 1BCO A; 1IKW A; 3EZ5 A; 1RT1 A; 4FOE A; 2QTD A; 1N32 K; 3IDH A; 2UXC K; 3O3H A; 1QSY A; 4B1Z A; 3ZX3 A; 5AJ3 K; 3E1Y A; 1Q7Y O; 1NWK A; 5HBM A; 4LH5 A; 1TKX A; 4BRG A; 4C1N I; 1N36 K; 4CF8 A; 2QXF A; 4DR4 K; 3L8B A; 4DTR A; 2KHO A; 2CGK A; 3LWL A; 1R0A A; 1TAQ A; 1L3V A; 3N4Q A; 3D2F A; 3DI6 A; 4DR6 K; 3TU5 A; 4DUZ K; 4DV7 K; 1QQM A; 4OPH A; 2AJQ A; 3QFP A; 3AVN A; 3NF8 A; 1BIS A; 2BAN A; 2PZS A; 3ZSX A; 4AIL C; 4I6M A; 1LOT B; 4W5N A; 4AHR A; 4IEI A; 3CI5 A; 4HVJ A; 1VQ8 N; 1TKZ A; 4JD2 A; 3VQ5 A; 5BPN A; 4L3Q A; 4CFC A; 5AQG A; 4M63 C; 3O9Q A; 1VQ5 N; 3BGR A; 2PAV A; 5E84 A; 3TSP A; 2P9S B; 4FJK A; 3VTH A; 3SLC A; 4XIU A; 3WNH A; 3SJJ A; 3FLC O; 1XC9 A; 5AQI A; 4DTN A; 2F96 A; 1SQK A; 5AQF A; 1GLC G; 3SI6 A; 4DSE A; 3GG4 A; 4FWL A; 5AQU A; 3NF9 A; 4JS5 A; 5HP1 A; 1S6Q A; 4B1Y B; 1JCF A; 1VQK N; 3FZL A; 4CHQ A; 4KH5 A; 3KTQ A; 2W40 A; 5SWM A; 4B9U A; 4M3Z A; 5AQS A; 3JXU A; 3VQP A; 3SZ2 A; 3ALY A; 1JLB A; 1YAG A; 4BC3 A; 4ELU A; 1UOC A; 2HND A; 2Q0R A; 1VQ4 N; 4BWJ A; 3T1H K; 5ELZ A; 2VWK A; 2F8T A; 3K2P A; 3CC7 N; 1JLF A; 3MDQ A; 3VET A; 4Z4C A; 2VYP A; 4W5Q A; 1HNI A; 4G9Z A; 4NYF A; 1DTT A; 2F4V K; 3G10 A; 3TTC A; 1BO5 O; 3MEC A; 3DM2 A; 3ZEU A; 5D3G A; 4DQR A; 1KTQ A; 3FE1 A; 2H3G X; 5BRE A; 3P31 A; 4DU1 A; 1JL2 A; 4JHD A; 2IVP A; 3A5L C; 5MLC Q; 4H5V A; 3CQY A; 2NLX A; 1VSL A; 5I3U A; 1YHQ N; 3MWT A; 2OPS A; 1YVN A; 3HTV A; 4LSL A; 5BR9 A; 3ZX2 A; 4I2P A; 1SL1 A; 3BP8 A; 4CZF A; 5E26 A; 5EY4 A; 3R1X A; 5AQL A; 5AQK A; 4IXC A; 4CBX A; 3IS9 A; 3TAQ A; 3QIO A; 1OH5 A; 4LFB K; 2FSJ A; 1A5X A; 1EXQ A; 3LM9 A; 4CGF A; 1EQY A; 3IKM A; 3AV9 A; 1OH6 A; 4FK0 A; 2OYQ A; 1GLJ O; 3CCU N; 1EWQ A; 3MN9 A; 4H03 B; 3C6T A; 3C95 A; 4DTM A; 1UA1 A; 4CJT A; 5CYQ A; 4DR5 K; 2A1S A; 1Q9X A; 2PYL A; 3H08 A; 4CJ3 A; 3MED A; 3JAM O; 3KD5 E; 2ATQ A; 4JN4 A; 4CZH A; 4DHY A; 4DSI A; 4CD3 A; 4YHH K; 4BE2 A; 5AQT A; 3O4N A; 1IBK K; 1HKC A; 5AQV A; 4FJJ A; 1C1B A; 3E9L A; 4FJI A; 1JKH A; 4FJ8 A; 2QWO A; 3TPQ A; 4K0K K; 4GV6 A; 5EU7 A; 3PIO L; 2Y1J A; 1NGI A; 2IGI A; 1O1W A; 3HPO A; 4FZX C; 4BRF A; 4FLV A; 1HX1 A; 2ZM6 K; 2YHW A; 2HST A; 4B8C A; 1WUA A; 1GLL O; 4BC2 A; 2JWK A; 2BGG A; 3U3Y A; 2CH6 A; 4RW6 A; 4X66 K; 4DTX A; 1WOQ A; 4RW9 A; 1X9J A; 5JIC A; 3WXL A; 4KB1 A; 1J5O A; 1UAX A; 3QFU A; 3CM5 A; 4JKH A; 2O4I A; 1BI4 B; 4H0O A; 1HNW K; 1U04 A; 3L2R A; 1J53 A; 4BR9 A; 2YCH A; 3AVL A; 3CET A; 3J7Y P; 1WSG A; 1KSP A; 4FK4 A; 4ZTJ A; 1C6V A; 1MDU B; 3ZET A; 1KLN A; 3OYA A; 1N33 K; 1HPM A; 3VF2 A; 4CZL A; 1BIU A; 2YNI A; 3UKU B; 3C65 A; 2FBV A; 3E01 A; 3O3G A; 3MK6 A; 2UXD K; 4CE9 A; 3SQ2 A; 1RDU A; 4H4M A; 1TV6 A; 2ZJR L; 2GUP A; 1ATS A; 4IOX A; 3VEZ A; 5LJV A; 5E41 A; 1NGB A; 2FBT A; 3FZK A; 1S1W A; 1Y64 A; 4M3R A; 1GLE G; 1YF5 L; 1NGD A; 2E1Z A; 3LDO A; 3HVT A; 1B9D A; 4CJP A; 2G8W A; 3P5J A; 2HBL A; 4BRQ A; 2HHU A; 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3J80 O; 4IFE A; 1FW6 A; 3VGL A; 1WSF A; 1RT2 A; 3ENH A; 3UKU A; 2NNW A; 3LZI A; 5AZI A; 4IEE A; 4DFK A; 3OYJ A; 2E4L A; 2A41 A; 1WB9 A; 3VQQ A; 2ITM A; 1ZC6 A; 4BGB A; 2BE2 A; 4IBN A; 4NCB A; 3G4S N; 2OPP A; 3VQ4 A; 5AZJ A; 1I39 A; 1TKT A; 4CGJ A; 1H1V A; 1RBT A; 2DFE A; 3DAW A; 1BA0 A; 3KIO A; 4B1U B; 2FSN A; 4KH4 A; 1X9S A; 4KH6 A; 4HUE A; 3MN5 A; 4H0X B; 4B9Q A; 3KKS A; 4M3Y A; 4O8K A; 1RT3 A; 4CBU A; 2O8D A; 1XI1 A; 3CXC M; 4BC5 A; 4FJ7 A; 2WTU A; 4DQQ A; 3LP2 A; 3VQB A; 2QKK A; 4CF1 A; 4ILG B; 5JVH L; 4FLZ A; 2O8F B; 2OPQ A; 1VQM N; 2HW3 A; 1HR0 K; 4CJ5 A; 3MX2 A; 5AQP A; 2W41 A; 4DTP A; 4GMJ B; 3OYK A; 5CR4 A; 3DXK A; 3ULD A; 3TR8 A; 4OKE A; 2QWR A; 1OVQ A; 1VRT A; 1U48 A; 1HNZ K; 3J81 O; 3KLE A; 3VQE A; 1NM1 A; 2HVH A; 4BVO A; 4BRD A; 4A59 A; 1NKC A; 3PO4 A; 3TAN A; 2E20 A; 3V1O A; 1RT7 A; 3BF1 A; 1ASW A; 4A5B A; 1YJ9 N; 5C10 A; 4CF0 A; 2PY5 A; 5J2N A; 2F8S A; 2HHH K; 4CCH A; 3WNF A; 1HJO A; 3CQ8 A; 3H46 O; 4H0V B; 4JRP A; 2RE2 A; 3CCS N; 4EHT A; 4RG8 A; 1S1U A; 3CPW M; 3HJF A; 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