3AA2A

A52i e. coli rnase hi
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
KQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAIIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa2A00
1JLFA 1SL1A 1HMVA 1BL3A 2JLEA 3KLHA 3LZIA 1J54A 3TI0A 3AVMA 4DSIA 4CK2A 4DTUA 2HHUA 4H8KA 4LSNA 3QIPA 3ULDA 4PUOA 4ELUA 3KLFA 3OJSA 1HYZA 5HRPA 3L2WA 3KD5E 3SJJA 5HRSA 2HHWA 3DRSA 1JLAA 3KK3A 3ZT4A 2OPPA 4DTJA 4O0JA 1N5YA 2X78A 4DTPA 2XY6A 4ELTA 4C8OA 1QE1A 2Z1JA 5J2QA 3UIQA 2Z1IA 2Z1HA 3V1QA 3QETA 3PX0A 4OLAA 2AJQA 1U04A 3PUFA 4CJTA 5KRSA 3CFRA 1BQNA 1DLOA 1VK0A 4N5SA 1TKTA 4E3SA 2B6AA 3V9SA 1SL2A 3DM2A 3AO5A 4CEEA 4R5PA 4DSEA 4M3ZA 4F3OA 2YHBA 1XC9A 4LSLA 4BE2A 4CJFA 3HO1A 4O4GA 1LV5A 3TAMA 1F21A 3AVCA 4DQQA 1S9EA 1HNIA 3G0ZA 4DU3A 3OYCA 1RT1A 1YT3A 4M3UA 4C8MA 2ZE2A 3AVGA 1A5XA 4H4MA 4IFYA 5HRRA 4N56A 4H4OA 3OYIA 4AHUA 1L3SA 4F2SA 1JLGA 2IDOA 3SUQA 1FXXA 1NK9A 1S1VA 3NH0A 1BCMA 3NH1A 4FLVA 1WAFA 1QQCA 2P5GA 3VQ8A 3D45A 4CHPA 4DQSA 3T3FA 3NHGA 3L2RA 1FKOA 1RTHA 1NK7A 3V1OA 4KI4A 4CGIA 1SV5A 3VQ4A 3VQCA 2VG6A 4C8NA 4CF0A 3KLEA 3K5LA 3S3NA 4E89A 4Z4FA 3OVNA 4J2AA 3HP9A 1SKSA 1Y97A 4GVMA 4OGCA 1T05A 4BDPA 2X6SA 3VQ7A 2NUBA 3LP3A 3KKSA 3VQEA 3SV4A 4KHQA 3O3GA 3QERA 3K2PA 2ATQA 1I39A 3RRHA 2RF2A 4K8XA 3QEXA 4W5OA 1VSMA 2ETJA 2Z1GA 1KFDA 3PV8A 4Q0BA 2P5OA 1JLQA 3DRRA 4DWIA 3LAMA 1L5UA 1NK8A 2BGGA 4C8LA 3VQQA 1RT5A 4BDZA 4HCBA 2RPIA 4W5NA 3HP6A 3OS0A 1G15A 3NE6A 3AA4A 3D0PA 5EU7A 3E01A 4CJVA 1JLBA 4FZZA 4FM1A 1WSGA 1QSLA 4FLTA 1NOZA 3AVJA 4GMJB 4AHVA 3DLEA 1TVRA 3SCXA 2E4LA 5HLFA 3V9UA 3S3MA 3O3FA 2E6MA 3LP0A 3TAGA 1TK5A 4KREA 3AVHA 3ZSZA 3C94A 3ALYA 1HQUA 4CGHA 2YNFA 3P1GA 1TL1A 4O44A 1C1AA 3KKRA 4C8KA 4BE1A 4B9TA 4F8RA 4CESA 2YNGA 4OGEA 4FJNA 1TAUA 3MEGA 4FZYA 1VSHA 1KVBA 4CK3A 3O4QA 2Y1JA 4CJEA 3HPOA 3M8RA 3SUNA 1NKEA 1KVAA 5CYMA 2D0BA 2OZMA 3OYKA 3NDKA 3CFOA 1S1XA 4CIGA 4NCBA 3HK2A 4E7IA 1KFSA 3WNHA 1WSHA 1RT6A 4DF8A 4E0DA 3AA2A 1JLEA 5FRMA 4CJWA 5CZ2A 4B9SA 3RR8A 4CJ4A 1U45A 3HT3A 3OYBA 3V9WA 4KV8A 1GOCA 1NK4A 3RR7A 1KVCA 1BCOA 4F4KA 2O4GA 4CFAA 3TAFA 1S1UA 2XY8A 1J9AA 4O0IA 3HVRA 1NJYA 2F8TA 2HVHA 3OYHA 5E41A 4FJ9A 2VWJA 1ITGA 3LP2A 1LWFA 3LWMA 1IG9A 4HUEA 4FJ7A 4O5BA 2DFEA 1TK0A 4AILC 5T7BA 4CFBA 1TK8A 3QNNA 3VA3A 1RCHA 5FDLA 4FLXA 3AO1A 4IBNA 5K14A 1C0TA 4DMNA 5KGXA 4DFJA 3DLBA 3VN5A 1BIZA 1ASUA 1RT2A 3BDPA 3OYLA 3K5NA 1RDCA 4CJ3A 2OPSA 1XI1A 1RDBA 4IG0A 4FJJA 2PYJA 4KB1A 4N76A 4CFCA 3OY9A 4KB0A 3WNEA 4FLUA 1KLMA 1Z25A 3AVIA 4BWJA 4ID5A 1Q9YA 4CEFA 2HMIA 3QESA 4RW4A 4LH4A 4JRQA 4GW6A 1X9MA 1KRPA 4ZTFA 1VSJA 2EHGA 4E7LA 1HJRA 5KTQA 4E7HA 1ZBLA 3LDSA 4KPYA 3KK1A 2HHTA 4PA1A 1S1TA 3OYFA 3LWLA 4KAZA 4FJLA 4NCGA 1BI4B 4CEQA 1HNVA 3LZJA 4HTUA 1K6YA 1D9DA 1RBUA 4JS5A 1KSPA 3OYNA 1NK0A 2PY5A 1RBTA 2ZD1A 4AHTA 1SUQA 3OYGA 1IKWA 1QSSA 3EYZA 4I7FA 4CE9A 2QKKA 3VQAA 2W42A 4CFDA 1NJXA 4KO0A 4RW8A 4K8ZA 2WONA 4EZ9A 5DMRA 4QOZB 1CZ9A 3PO5A 1C1CA 3U6FA 1VSDA 4UQGA 1RNHA 4CHOA 3ZSOA 4M3XA 1CZBA 1TAQA 2X6NA 3HYFA 4B08A 5SZTA 3C6UA 3ZT1A 3WNFA 3ZSVA 4FJXA 3CM6A 2O4IA 1J53A 3PX6A 3SUOA 4MFBA 3DOKA 3MEEA 5KGWA 4CIEA 4CIFA 2IS3A 4DTRA 1QS4A 4TSXA 4B9LA 1CXQA 1BIUA 4FXDA 4KTZA 4KHUA 3DOLA 3IS9A 2B5JA 4B9UA 3MEDA 1ZYQA 1TKXA 3SV3A 1BISA 4DTOA 1UWBA 4Z0UA 3F9KA 2BE2A 4LH5A 4EP4A 2G8IA 3B6OA 1JL2A 1YTAA 2B4JA 4CHNA 4CEDA 4AHRA 2E6LA 3L8BA 4BE0A 4JS4A 4F2RA 2LSNA 4OPJA 1ASWA 5J1EA 5J2PA 3SUPA 1EKEA 3S3OA 2G8KA 4DS4A 2FBTA 2RN2A 4DSJA 4KHNA 1C0MA 1NK5A 1RTIA 4CEZA 3IRXA 1UA0A 1HRHA 4Z4GA 2HHXA 4CF8A 3ZT0A 4OKKA 3EZ5A 3PX4A 1TGOA 2YNHA 3OYAA 2EX3A 3TAPA 3DLHA 2VG5A 4FJGA 4DSLA 4G1QA 5JS2A 2Q3SA 3S9HA 3P5JA 2OPQA 3TWHA 4Q5VA 4DTNA 5FRNA 3M8QA 3NAEA 4CJRA 4B9MA 5HP1A 2D5RA 1DTQA 1UA1A 4FJIA 1RBRA 5KI6A 3DYAA 2KZMA 1CLQA 1YTUA 3TAEA 4M3YA 4DU4A 4RW7A 4DS5A 3U3GA 4N41A 4DSFA 3NF8A 3U3YA 3TABA 5I42A 1T7PA 3AA3A 4E1NA 2G8UA 4AH9A 4W5TA 5J2NA 4RG8A 1IKYA 1O1WA 2F96A 4EP5A 3OS2A 2YKNA 1TL3A 1CXUA 4FW2A 3RTVA 4E7KA 3MXMA 3HJFA 4PWDA 1NOYA 3LALA 4KFBA 4FJ5A 3ZT3A 2A1SA 3SQ0A 4YNQA 1YVUA 1X1PA 3MECA 3T19A 4OKJA 4DFKA 2F8SA 3O3HA 4FJHA 1WSJA 1T03A 3KLIA 2QK9A 5J2MA 3RMBA 1R0AA 4HUFA 3CYMA 3DLKA 3HM9A 1TKDA 1WNSA 5CYQA 3RRGA 1A5VA 1BHLA 2JGUA 4EZ6A 4CJKA 1LAVA 2QKBA 4FCYA 1LW2A 3AA5X 3FFIA 4B8AB 4DFMA 1B9FA 4CHQA 3AO4A 2FBYA 1RBSA 3JSMA 3V9XA 2XY5A 2HHSA 3T1AA 2HHQA 2YKMA 1NKBA 1NJZA 4RW9A 3PY8A 2HNYA 1S6PA 1IKVA 4M3RA 4DF4A 4M42A 4E1MA 1RDAA 2KW4A 2D0AA 4DTXA 4FVMA 1S5JA 1D5AA 1NK6A 3AVLA 5I3UA 4IG3A 1BI4A 1KLNA 3V1RA 3OYEA 4DU1A 1Q8IA 1L3UA 2G8WA 2ITGA 1JLCA 1S1WA 3K5OA 3V6DA 2GV9A 3MXIA 2VWKA 3V9ZA 1WSFA 2GUIA 3V81A 2IAJA 1L3VA 4Z4EA 3CG7A 3QEIA 3VA0A 2PYLA 4FYDA 3SPYA 2IOCA 3AVNA 4CJPA 1EETA 4CJUA 1A5WA 1RBVA 3RMDA 3KD1E 4FM0A 1EP4A 4J2BA 2A1RA 4RW6A 1RDDA 2FC0A 3QEVA 1U49A 5KRTA 2OPRA 3I8DA 4J2EA 5JS1A 4HVJA 3EY1A 4LD0A 4FM2A 1RTJA 1RTDA 4DTSA 3LAKA 4E7JA 3M8PA 2GBZA 4B9NA 5FROA 4L8RB 1J5OA 1Z26A 5C25A 1JXEA 2HB5A 1X9WA 4CK1A 1C6VA 1LAWA 4QAGA 3TAQA 3K59A 1VSFA 3ITHA 4DLEA 4CEOA 4BACA 3LPUA 4PQUA 3ISNC 4DSKA 4E19A 4CJ5A 3OYDA 1D8YA 3ZCMA 4DQRA 3PO4A 1B9DA 4CGGA 1SKWA 1ZBHA 4DLGA 3DMJA 3ZSQA 3SI6A 3QO9A 2FBXA 4DQIA 4B8CA 1W0HA 1RT4A 3THVA 4CF2A 3DLGA 2XRIA 1VSKA 5DK5A 4XIUA 2HW3A 1HYSA 2PZSA 3C6TA 3ZSYA 4FK0A 2FBVA 1JXBA 5D3GA 3TANA 2HNDA 2OA8A 1RILA 1XWLA 3A2FA 1WSIA 4LY7A 4CGDA 4IKFA 4FK2A 1UOCA 4FK4A 3HL8A 3NBPA 4KTWA 5C42A 1T8EA 3HSTB 4CECA 4YFUA 4FLWA 3V4IA 1VSEA 4FLYA 1U47A 4CEBA 2HVIA 2VG7A 2DFFA 1FK9A 4OJRA 2KQ2A 3AVBA 3AO2A 3B6PA 1W9HA 4AHCA 4CGFA 3SPZA 3QNOA 2WOMA 1N6QA 3G10A 4FZXC 4OPKA 4BWMA 2XY7A 2HHVA 3NFAA 1GOBA 1S9GA 2Y1IA 3VQ9A 1U4BA 3ZSXA 3AVKA 4KRFA 4Z4IA 3MXJA 4W5QA 1ZBIA 1NKCA 2G8FA 3L3VA 4ZHRA 3CFPA 4WE1A 3L3UA 4W5RA 2P1JA 2DFHA 3I0RA 3KIOA 3HXMA 3CQ8A 4HCCA 4F3TA 4IDKA 3HPHA 5CZ1A 3OS1A 3M8SA 3MAQA 2HNZA 2DY4A 2KZZA 3P83D 4ID1A 2IGIA 3NF6A 1EXQA 3BGRA 3NF9A 1C1BA 4ZTJA 4KHWA 1IH7A 3NGIA 1QTMA 2BDPA 1UAXA 2XO7A 1TV6A 3HVTA 3ASMA 5HROA 4QCLA 3SQ2A 4CF9A 1WAJA 3LANA 4I9QA 2D0CA 3NCIA 1XHXA 1D9FA 1WLJA 3WNGA 1LWCA 1B92A 2I5JA 4CJSA 2G8HA 3HPGA 4PY5A 4J2DA 2YHAA 3H08A 1DTTA 1HYVA 2IC3A 4FJMA 4DFPA 2X74A 3QEPA 3OJUA 1Q9XA 3VQ5A 1S6QA 5HBMA 3NGZA 3L2UA 1TKZA 1WSEA 1VRTA 3VQDA 3ZSWA 5HRNA 3OYMA 3JYTA 3QEWA 3NGYA 4DQPA 4KHSA 3NF7A 5CY4A 3F73A 2KFNA 2DTUA 4M3TA 1U48A 4N47A 2QXFA 3VQBA 4Y1CA 1JKHA 4BDYA 4FLZA 1LW0A 3O4NA 1ZBUA 4DTMA 3SQ1A 1FKPA 3C95A 1KTQA 4ELVA 4I9LA 4CEAA 1SL0A 1JL1A 5SWMA 4Y1DA 4DG1A 3AVAA 3TR8A 3VQ6A 4CF1A 4CGJA 1WN7A 3NH2A 1NJWA 4Z4HA 1ASVA 3AO3A 4B9VA 4KHYA 1LWEA 1X9SA 3RWUA 1RT7A 4I2QA 1HPZA 2RKIA 3I0SA 4CJQA 4KTQA 2YV0X 1C0UA 3SYZA 3TARA 4I2PA 3ZSRA 2OYQA 1RT3A 4M45A 1L3TA 4KKOA 4CCHA 1VSLA 3VQPA 3KK2A 1VRUA 1QSYA 1REVA 4ICLA 1IKXA 1GOAA 1VSIA 3LPTA 3K58A 1SKRA 3L2QA 3K57A 3IAYA 4OKEA 2KTQA 1ZBFA 3QLHA 3RMAA 3KJVA 4CHZA 3QINA 2YNIA 5C24A 4FJ8A 1EX4A 2R7YA 3LP1A 3DLRA 4AHSA 4FJKA 3AVFA 4CHYA 3AV9A 3SQ4A 4NYNA 2P51A 4OVLA 3SNNA 1XHZA 1HQEA 1IO2A 4JLHA 3CM5A 3RMCA 3K5MA 3SZ2A 4FW1A 3OYJA 3DI6A 2BANA 4CERA 2G8VA 4KI6A 3KLGA 4MQ3A 2ZQBA 3DRPA 4O55A 3QIOA 2OZSA 4OLBA 4M3WA 1MU2A 4CJLA 4NYFA 3ZT2A 4IFVA 2KFZA 1QHTA 4HUGA 1I3AA 1BQMA 4Z4CA 3KTQA 2XHBA 4B3OA 4HHTA 4M41A 3IG1A 4NCAA 4JRPA 1BGXT 3L2VA 1KCFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PIPL 1SS6A 4MO4A 4DSIA 3AVMA 4DTUA 4LSNA 1OH5A 4F9OA 3D7EO 3HI0A 3L0QA 5IWAK 4DR7K 3THYA 2FSNA 3OBYA 4O0JA 1N5YA 1I94K 4ELTA 5KQ8A 2Z1IA 3AARA 2Z1HA 3V1QA 4OLAA 3K9JA 2NRHA 3CFRA 3CCUN 3OTOK 4H5VA 1SL2A 4MLEA 4PKHA 4ISGA 3CETA 4IO9L 4DSEA 4M3ZA 4LFBK 1XC9A 4LSLA 5FPNA 4O4GA 1LV5A 4DQQA 3F9MA 1BWFO 4M3UA 2ZE2A 4IFYA 4WFNL 4F2SA 3ATUA 2VQEK 4FLVA 4CHPA 4H0XB 4DQSA 3NHGA 3RVCA 3L2RA 4B3TK 1RTHA 4BR2A 4CZFA 1EO1A 3S3NA 4CF0A 4E89A 4JKAA 4IOAL 1YAGA 1KAXA 4GVMA 4OGCA 4BDPA 3CC2N 5AQLA 3HZ6A 1YJNN 4M7XA 1I39A 4K8XA 4W5OA 2W41A 2P5OA 3DRRA 3LAMA 1QZ6A 1NK8A 2AA4A 5M1KA 4BROA 4IDHA 4IWVA 1V4SA 4BDZA 4HCBA 1M1KO 4M63C 4JK8A 4JKCA 1RDUA 3AA4A 4JKFA 4ILJA 2O8DB 1NOZA 1TVRA 3SCXA 4KREA 3I55N 2BTFA 3O3FA 1YJ9N 1TK5A 3AVHA 3ALYA 1HQUA 1TYQA 1HKGA 1TL1A 4C8KA 3KKRA 4F8RA 4CESA 4FZYA 5AQFA 2Y1JA 2OZMA 1KVAA 5CYMA 2D0BA 3WXKA 2P9SA 3HK2A 1KFSA 3WNHA 3AA2A 4CJWA 5MLCQ 4B9SA 4CJ4A 3J7AP 1NK4A 1S1UA 2XY8A 1NJYA 3U9DA 2BUPA 4LF8K 5KQDA 2DFEA 3CC4N 2GEMA 4BR4A 2V7ZA 5BR9A 1S3XA 3SAFA 5K14A 1C0TA 4CD1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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