3AA2A

A52i e. coli rnase hi
Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
KQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAIIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (18-28)AH4 (128-142)S1 (5-13)S3 (31-42)TIV1 (15-18)TII2 (124-127)AH1 (44-58)S4 (63-69)AH3 (101-112)AH2 (72-88)TI1 (92-95)S5 (114-120)TIV2 (27-30)TII1 (98-101)TI2 (148-151)TI'2 (88-91)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa2A00
4IG3A 1LWEA 4HVJA 4IDKA 4CHQA 1WNSA 3CM6A 4C8NA 2BDPA 3AV9A 5KRSA 1W9HA 2O4GA 1SKWA 3VQ8A 4KTQA 4CJTA 1KVCA 3VA0A 4E7IA 1L3VA 2KQ2A 2HHQA 1EX4A 1UA1A 4B8CA 4DTXA 1Y97A 1TK8A 3NF8A 1EXQA 1HPZA 3F9KA 4IFYA 1MU2A 4KB0A 4FJNA 4KRFA 2QKBA 3WNHA 4BE1A 2EHGA 3O3FA 4JS4A 1B9FA 1JXEA 4W5TA 1WSEA 4CGGA 4E1MA 3D45A 4O0JA 1A5WA 4DU1A 3PO4A 3NBPA 4GMJB 1VSDA 4CEQA 2PYJA 4J2AA 3C6TA 1RT7A 5I42A 3AA5X 4WE1A 2KW4A 1KLNA 3OVNA 1JLQA 4CEBA 3TR8A 4FM0A 3AVBA 4KHNA 1UOCA 3TANA 3O4QA 4CK2A 5KGWA 4B9SA 3RR7A 4FYDA 1C1BA 1RTJA 3MXIA 3OJSA 3SUQA 3DLBA 3M8PA 4CJVA 4DF4A 3HL8A 2F96A 4B9NA 3TWHA 2ZD1A 1S1UA 4AILC 4O4GA 3OYBA 4FLWA 1Z26A 3OYAA 4E7KA 2E6MA 1VSFA 3PX6A 4ZTFA 3DRRA 3KJVA 1J5OA 1TK0A 4EP4A 3CFOA 5I3UA 4HCBA 1RDCA 4H4MA 3KTQA 3KD1E 4HHTA 1YTUA 1SL0A 4Z4EA 4M3XA 3LDSA 3LP2A 3LWLA 4E89A 1W0HA 4LSNA 4I9QA 1NOZA 4BWMA 1NK5A 1RDBA 5HRPA 3THVA 3NF9A 1BHLA 1JLCA 3L2QA 2F8SA 3AVCA 3ALYA 3U3GA 2BANA 4CHOA 1NK4A 1UWBA 3DMJA 3KKRA 3DLHA 1ZBIA 1TK5A 1A5XA 3OY9A 2ITGA 4CJKA 3V81A 1T03A 1U4BA 1VSJA 5CYMA 3PV8A 1C0TA 3A2FA 4DF8A 4Z0UA 2XY6A 4CGHA 4AHTA 3QINA 1YT3A 4CK3A 3SUNA 3UIQA 4KFBA 3IAYA 1KTQA 3DRSA 2OZMA 1JLAA 5EU7A 5J2MA 3SJJA 3WNGA 3K5NA 5JS1A 1GOAA 3VN5A 5FRMA 4CIGA 3P1GA 3NH2A 4J2DA 4KHUA 4RG8A 1JLFA 4N76A 3VQPA 4FJ8A 2OPPA 3B6OA 3T3FA 2X6SA 4ICLA 1NK0A 4ELVA 2KZZA 4FJ9A 4F2SA 5C24A 2HVHA 4F8RA 4ID1A 1SL2A 3QEXA 3VQ5A 4FJLA 3QIPA 5E41A 4BDZA 3WNEA 1TKDA 4PWDA 1B92A 4PA1A 3VQ7A 3NH0A 3AVKA 3V1QA 4LH4A 4OKKA 4OGEA 3KKSA 3SQ1A 3RRGA 4H4OA 4KPYA 2QKKA 3V9SA 4C8KA 3NAEA 3CQ8A 4H8KA 3PO5A 3VQ6A 3MAQA 1RCHA 1HJRA 2YNHA 4BWJA 2P51A 3F73A 3V9UA 4M3WA 3K5MA 3P5JA 3CFRA 2OPSA 4M41A 4RW6A 3HM9A 2Y1IA 1U48A 1CLQA 4IKFA 1NJXA 1RTDA 1Z25A 4E7HA 2X78A 2HHWA 4BDYA 4PY5A 3HPGA 5DK5A 4FZZA 5JS2A 5HRNA 4TSXA 5J2PA 3QEVA 2D0BA 1D8YA 1F21A 1S1TA 1J9AA 4CJSA 4F3TA 4DTJA 1NK9A 1WAJA 1UA0A 4DSEA 3TABA 4CJUA 4FLTA 3U3YA 3HK2A 3AVHA 4CJEA 1C6VA 3ZT2A 3VQBA 3G0ZA 4FK0A 1C0MA 3C95A 3FFIA 1LW2A 2ZE2A 2IS3A 3KLIA 1J54A 3QLHA 4LSLA 4F2RA 4DS4A 4FK4A 4PUOA 3ASMA 3LALA 3DLRA 1CZ9A 4Z4GA 1O1WA 3RR8A 1BI4A 2XY7A 1CXUA 4KB1A 3TI0A 1S1VA 2B4JA 4CHYA 4J2BA 3SV4A 4OGCA 2NUBA 4CEFA 3OS0A 4FLUA 1BIZA 3H08A 1RBTA 1X1PA 1NJYA 4M3ZA 1SKSA 4DSJA 2RKIA 5KTQA 2VWKA 5C25A 2KTQA 2G8KA 3M8SA 3SYZA 3E01A 1QSLA 4B9TA 4FZXC 4FJMA 1IKVA 3AVFA 3S3MA 4CESA 4KHQA 1L3UA 3ZSVA 3NGIA 3HP6A 3HSTB 3HP9A 4OVLA 3V9ZA 1L5UA 3NCIA 4BE0A 4DTMA 1XHZA 4C8MA 4CJ3A 1WSFA 4FM1A 2E4LA 3OS2A 4CFBA 1C0UA 1SUQA 4KTWA 3C94A 3OS1A 3QNNA 5DMRA 4JRPA 3L8BA 4GW6A 1X9MA 2B5JA 4Y1CA 4E7JA 1LAWA 1VSKA 1ZBFA 1XC9A 2XY8A 3MECA 3ZSZA 1JXBA 4KV8A 1U04A 3I0RA 4CHZA 5KRTA 4OPKA 3SI6A 1ZBUA 1HNIA 2JLEA 4EP5A 4M3RA 4EZ6A 1HMVA 1RT5A 1BL3A 1RT1A 4M45A 3PX4A 3MXJA 4KAZA 4FJGA 2IGIA 2GV9A 5SWMA 2E6LA 3NE6A 4RW4A 1WSHA 5T7BA 2DFEA 5HBMA 4KTZA 4DFKA 3T1AA 4YFUA 3NH1A 3SUPA 4E0DA 1JLGA 3ULDA 3D0PA 1KFDA 4B9VA 2OPRA 3O3GA 4DMNA 1HYZA 5C42A 4CF2A 2DFHA 3L2RA 4BACA 3G10A 2HNDA 3KIOA 1D9FA 3L3VA 4AH9A 4DG1A 1G15A 3SCXA 4IBNA 4N56A 1FKOA 3DYAA 3OYMA 2P5OA 3LAMA 3ZSRA 1NK8A 4FW1A 4CECA 1NKCA 4F4KA 5J2QA 3OYHA 4DSKA 4DFMA 1BQNA 1VRTA 3OJUA 3HPOA 4E3SA 3ISNC 4K8XA 1REVA 4MFBA 4CF1A 4DU3A 1FK9A 4NCGA 4CIFA 3DLEA 3RMAA 3RMBA 2FC0A 4CHNA 3EY1A 2KFZA 3O3HA 4DLGA 4LY7A 4DSLA 4FZYA 1GOBA 2Y1JA 2XHBA 3CG7A 4M42A 3IS9A 4IG0A 3NF7A 1LAVA 4HUEA 3RTVA 4FJ7A 1DTTA 3OYIA 4B8AB 3ZSQA 1NJWA 1IKWA 2PY5A 4B9UA 4C8LA 3NHGA 2OZSA 4DU4A 1BCMA 1FKPA 3LP0A 5D3GA 3KLEA 4W5NA 4CJLA 4DSIA 4DWIA 2AJQA 4M3YA 4CK1A 4W5OA 1A5VA 1NK6A 3TAQA 4DTPA 3AVLA 2Q3SA 2EX3A 3AVAA 4KO0A 2VWJA 3V9WA 2IC3A 3WNFA 3C6UA 4Y1DA 4FLYA 1S9GA 1X9WA 2HHTA 1RT6A 1KRPA 4CJFA 2P1JA 1JL2A 2HNZA 1S6QA 4FCYA 1JLBA 2VG5A 3PUFA 1X9SA 2G8FA 3VQQA 1HQUA 1I3AA 3AO3A 2D0CA 5J1EA 3OYLA 3HXMA 3DM2A 4DTRA 1TKTA 3AVNA 1KFSA 1D5AA 4MQ3A 3LZJA 1SV5A 4FLVA 3ZSWA 3L2UA 2GUIA 3K59A 2B6AA 3CFPA 2HHVA 3AO5A 1VSMA 1BISA 4FM2A 3LZIA 1LV5A 4F3OA 4XIUA 2WONA 3MEEA 4RW9A 3AA4A 4B9LA 4M3TA 3HT3A 1KSPA 3SQ2A 3MXMA 2R7YA 3TAFA 4FLZA 1KCFA 1S9EA 4KHSA 4OJRA 3K5OA 3ZT4A 3TAGA 1IKXA 4DQPA 3B6PA 4Q5VA 2ETJA 1FXXA 2ZQBA 3OYFA 2ATQA 4DQSA 4FK2A 2W42A 3LANA 4Z4IA 4JS5A 1CXQA 2HHUA 3P83D 3T19A 4FLXA 2Z1JA 3ZT1A 4LD0A 2HB5A 2WOMA 3KD5E 3V1OA 1TVRA 1WN7A 1QS4A 2FBXA 1ASWA 4RW8A 1IKYA 1LWFA 4CIEA 3MEGA 2F8TA 1HQEA 5CY4A 3QNOA 3HVTA 3KK1A 2DFFA 1WSGA 1N6QA 4BDPA 4CJWA 2DY4A 1TL3A 1RBRA 2YNIA 2P5GA 3VQAA 1RT2A 4M3UA 1VSLA 3KLHA 4O0IA 4KKOA 4E1NA 3M8QA 4OLAA 3V4IA 1NKBA 3DLKA 1QHTA 4GVMA 4I2PA 4LH5A 1KVAA 3DOKA 3AO4A 2FBVA 1VSIA 4AHVA 2XRIA 3VQDA 4CJQA 1RBSA 1RNHA 2DTUA 5HLFA 4CGFA 2FBYA 3OYCA 2BGGA 3IRXA 3DI6A 3NDKA 1T8EA 2G8WA 1JL1A 3O4NA 5KI6A 1LW0A 4NCBA 4Z4FA 3I0SA 3CYMA 4BE2A 5KGXA 3BDPA 3ZT0A 3AVIA 3HO1A 1WAFA 4CCHA 4CFCA 2YNFA 4AHUA 2BE2A 3RRHA 1JLEA 1TAUA 2G8HA 3TAPA 1Q9XA 3JSMA 4DQIA 1ASVA 2X6NA 3ITHA 4RW7A 3K58A 3QESA 3CM5A 3KK3A 3SQ0A 4B9MA 3L2VA 1U47A 1TV6A 4CGIA 4DTNA 1RTIA 3SZ2A 1T05A 1TKZA 4ELTA 3EZ5A 3RMCA 1U45A 4CFAA 4W5RA 1EKEA 3DRPA 4JLHA 4CHPA 4L8RB 4KI4A 4CERA 2OYQA 1Q9YA 3QEIA 3OYKA 2HNYA 4CEDA 1TGOA 3ZT3A 4DFPA 3SUOA 1BGXT 2KFNA 1IG9A 1QE1A 1U49A 3KLFA 1VSEA 2OPQA 3ZCMA 5HROA 4ZTJA 4C8OA 5HRRA 2G8IA 1BIUA 1DTQA 4DQQA 3DOLA 2A1RA 4CJ4A 3LPTA 4KI6A 1UAXA 2VG7A 4DFJA 4E19A 1QQCA 2YKMA 4FJJA 1C1AA 1S6PA 4YNQA 4QCLA 2PYLA 4CEEA 4PQUA 3VA3A 4AHCA 3K5LA 3LPUA 4DTUA 4HUFA 3OYNA 3LP1A 3JYTA 3LAKA 5J2NA 3QO9A 4AHRA 1L3TA 3NGYA 3KLGA 5FDLA 4FJXA 5FRNA 1QTMA 1EETA 1LWCA 3K57A 1NJZA 3ZSOA 3PX0A 3ZSYA 4NYNA 1RTHA 3QIOA 3OYGA 3AO1A 3AA2A 1RDDA 4ID5A 4ELUA 1YVUA 4I7FA 4Z4CA 4NCAA 2JGUA 4NYFA 4QAGA 4CEOA 1ZBHA 3ZSXA 1S1WA 1ZBLA 2A1SA 4N41A 3AA3A 2D5RA 5K14A 4CF8A 4HUGA 3V6DA 2RN2A 2HMIA 2HVIA 2HHSA 4OKEA 4DTOA 4FJHA 3RMDA 1DLOA 3M8RA 1RILA 2QXFA 1HRHA 4W5QA 5HRSA 2YV0X 2Z1HA 2YHAA 2G8VA 4J2EA 1TKXA 3KK2A 4HCCA 4Q0BA 1VSHA 1BI4B 3TAEA 3QETA 3NFAA 3HPHA 3TARA 2I5JA 3HYFA 4B3OA 1WSJA 2GBZA 1GOCA 4DS5A 2Z1IA 2KZMA 4CJPA 4B08A 3AVJA 1RDAA 4CEAA 4FXDA 2O4IA 3QEWA 4I9LA 5FROA 1R0AA 1IH7A 4FJ5A 1QSYA 2RPIA 1XWLA 3PY8A 1NK7A 4O44A 1L3SA 4OKJA 2XY5A 1SKRA 1WSIA 1NOYA 5HP1A 1IO2A 2LSNA 2IAJA 4OLBA 1S5JA 3L2WA 1ITGA 1CZBA 4CJRA 3LP3A 1KLMA 1WLJA 2IOCA 3K2PA 3MEDA 3OYJA 4CEZA 3S9HA 3V9XA 4FJKA 3TAMA 2HW3A 4FVMA 2YHBA 1K6YA 1VK0A 1VRUA 1NKEA 4IFVA 4KREA 1EP4A 1JKHA 1RBUA 2Z1GA 2X74A 4DTSA 4JRQA 2HHXA 3SNNA 1J53A 4E7LA 1SL1A 2QK9A 1BQMA 2RF2A 2YKNA 4AHSA 4CF0A 3OYEA 1T7PA 4FW2A 2XO7A 4CGJA 3NF6A 3AVMA 1BCOA 2D0AA 3QERA 3I8DA 4HTUA 4I2QA 4CE9A 1RT3A 1HNVA 4N5SA 4DQRA 4DSFA 3OYDA 1TAQA 4K8ZA 3NGZA 3SV3A 1XHXA 4R5PA 4UQGA 3BGRA 5CZ1A 1Q8IA 3VQCA 3AO2A 2G8UA 3RWUA 4CFDA 3S3NA 3L3UA 4N47A 2PZSA 3VQ4A 4KHWA 4QOZB 3HVRA 4DLEA 3SPYA 1RBVA 4Z4HA 5SZTA 4OPJA 1HYSA 1B9DA 1C1CA 3SQ4A 4CJ5A 1S1XA 1I39A 3IG1A 3LWMA 3U6FA 1N5YA 2OA8A 1TL1A 4EZ9A 1XI1A 1ZYQA 3EYZA 4ZHRA 2FBTA 3SPZA 3QEPA 2IDOA 2YNGA 4G1QA 4FJIA 4O55A 3VQ9A 1ASUA 1YTAA 4CF9A 4KHYA 1HYVA 1RT4A 5CZ2A 3V1RA 2VG6A 5CYQA 3VQEA 3AVGA 4CGDA 3S3OA 1KVBA 3HJFA 1QSSA 1D9DA 4O5BA 3DLGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1KA 1LWEA 1WNSA 3CM6A 3E9PA 1HJOA 3VERA 2O4GA 5BN9A 5AJ3K 1KVCA 2P9UA 4BQZA 4E7IA 1L3VA 5BR9A 3DLLL 4B8CA 3CCUN 3D6RA 1Y97A 3MCAB 3K0SA 1EXQA 1TUUA 1HPZA 4A5AA 3G71N 4IFYA 3TSQA 5LMNK 5IT9O 2QKBA 3WNHA 4BE1A 2EHGA 2ZGZA 1M90O 3O3FA 4JS4A 1B9FA 2UXBK 1JXEA 4E1MA 2AP1A 2PYJA 4J2AA 3C6TA 4IO8A 1KAZA 3AA5X 2KW4A 3SLCA 4FYDA 1C1BA 3DLBA 3SUQA 3DXKA 4B9NA 4O4GA 4CZIA 3OYBA 1N32K 1T6CA 3DRRA 3CJ7A 3KJVA 1TK0A 3SMSA 4EP4A 1I94K 4HCBA 4HHTA 1YTUA 5BRFA 4Z4EA 3LDSA 3LP2A 4E89A 4LSNA 4BRHA 4BWMA 5HRPA 4JK9A 3THVA 3L2QA 3ALYA 1NK4A 1UWBA 1TK5A 1A5XA 3OY9A 1VSJA 4H0OA 4DF8A 2FF3B 4CK3A 1YT3A 3ATVA 2OZMA 1O13A 4BRAA 5JVGL 1Q7YO 3VN5A 4J2DA 2OPPA 3B6OA 4A61A 4ELVA 2E20A 4F2SA 2HVHA 4F8RA 3J7YP 4CZFA 2A6AA 3QEXA 3THXA 3QIPA 5E41A 4KH6A 3NH0A 3H46O 4FOIA 3SQ1A 4OGEA 3RRGA 1D4XA 3HTVA 4KPYA 3NAEA 4H8KA 3VQ6A 1RCHA 2YNHA 3F73A 2YHWA 2P9KB 3P5JA 3VENA 4M41A 4XH5A 4RW6A 2Y1IA 3LM9A 3M1FA 5FLXO 1Z25A 1GLJO 2X78A 4PY5A 5HRNA 4TSXA 4X62K 5J2PA 2D0OA 4CJSA 4DTJA 4QS9A 1RFQA 3DAWA 1Y64A 4KBOA 5JICA 4CJUA 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 4B08 A;  4FXD A;  1W97 L;  2F9W A;  4I9L A;  4YHH K;  2HMP A;  5BRD A;  3PY8 A;  4O44 A;  3DXM B;  2XY5 A;  1GLF O;  1NOY A;  1IO2 A;  1IV0 A;  3CCS N;  3L2W A;  4I6M A;  1CZB A;  3OYJ A;  3LP3 A;  4FJM A;  5KPZ A;  2A41 A;  4J8F A;  1NWK A;  2HW3 A;  1DKG D;  1VK0 A;  1VRU A;  4IFV A;  1U2V B;  4JRQ A;  2E88 A;  1SL1 A;  1BQM A;  4AHS A;  2V7Z A;  4FW2 A;  4MLH A;  4CGJ A;  4ISG A;  4B3M K;  4I2Q A;  1RT3 A;  1HNV A;  5AQW A;  3MN5 A;  3M5R A;  1NGE A;  3T1Y K;  3NGZ A;  3SMP A;  4YY3 K;  3AO2 A;  3FR0 A;  2G8U A;  3RWU A;  4JI7 K;  3IFR A;  2D4W A;  4N47 A;  3VQ4 A;  3D2E A;  3HVR A;  1T3V A;  4Z4H A;  5SZT A;  4WCE L;  1P8Z A;  1VHX A;  1S1X A;  1I39 A;  4ZHR A;  2FBT A;  5GAH P;  3QEP A;  3KVG A;  3M6G A;  4A5B A;  2E1Y A;  4O55 A;  3VQ9 A;  3ZX3 A;  1YTA A;  4CF9 A;  3UE5 A;  5BPL A;  4FWN A;  4C23 A;  4CGD A;  3S3O A;  3GL1 A;  2WTU A;  4LF4 K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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